O Ajax é o primeiro club vencedor da Copa Intertoto, pero durante a década de 1960, segundo a Historia da Copa Intertoto da UEFA do sitio oficial da UEFA (uefa.com), o torneo estivo organizado por Ernst Thommen e Karl Rappan nunha época onde os únicos torneos recoñecidos e organizados pola UEFA eran a Copa de Europa (actual Liga de Campións) e a Recopa de Europa. Desde 1995 a Copa Intertoto adquire rango oficial ao ser organizada pola UEFA, desde 1995.
