Интерактом (Russian Wikipedia)

TAIR - Home Page (англ.). The Arabidopsis Information Resource. www.arabidopsis.org. Дата обращения: 1 апреля 2017. Архивировано 19 апреля 2017 года.

asm.org

jb.asm.org

Mourad Sabri, Roman Häuser, Marc Ouellette, Jing Liu, Mohammed Dehbi. Genome Annotation and Intraviral Interactome for the Streptococcus pneumoniae Virulent Phage Dp-1 (англ.) // Journal of Bacteriology. — 2011-01-15. — Vol. 193, iss. 2. — P. 551–562. — ISSN 1098-5530 0021-9193, 1098-5530. — doi:10.1128/JB.01117-10. Архивировано 2 июня 2018 года.
Roman Häuser, Mourad Sabri, Sylvain Moineau, Peter Uetz. The Proteome and Interactome of Streptococcus pneumoniae Phage Cp-1 (англ.) // Journal of Bacteriology. — 2011-06-15. — Vol. 193, iss. 12. — P. 3135–3138. — ISSN 1098-5530 0021-9193, 1098-5530. — doi:10.1128/JB.01481-10. Архивировано 2 июня 2018 года.

baderlab.org

interactome.baderlab.org

HuRI | Home (англ.). Human Reference Protein Interactome Project. interactome.baderlab.org. Дата обращения: 31 марта 2017. Архивировано 1 апреля 2017 года.

cornell.edu

yulab.icmb.cornell.edu

Yu Lab - Cornell University (неопр.). yulab.icmb.cornell.edu. Дата обращения: 1 апреля 2017. Архивировано 1 апреля 2017 года.

doi.org

dx.doi.org

William Hennah, David Porteous. The DISC1 Pathway Modulates Expression of Neurodevelopmental, Synaptogenic and Sensory Perception Genes (англ.) // PLOS ONE. — 2009-03-20. — Vol. 4, iss. 3. — P. e4906. — ISSN 1932-6203. — doi:10.1371/journal.pone.0004906. Архивировано 2 марта 2022 года.
Catherine Sanchez, Corinne Lachaize, Florence Janody, Bernard Bellon, Laurence Röder. Grasping at molecular interactions and genetic networks in Drosophila melanogaster using FlyNets, an Internet database (англ.) // Nucleic Acids Research. — 1999-01-01. — Vol. 27, iss. 1. — P. 89–94. — ISSN 0305-1048. — doi:10.1093/nar/27.1.89. Архивировано 4 июня 2018 года.
Lars Kiemer, Gianni Cesareni. Comparative interactomics: comparing apples and pears? // Trends in Biotechnology. — 2007-10. — Т. 25, вып. 10. — С. 448–454. — ISSN 0167-7799. — doi:10.1016/j.tibtech.2007.08.002. Архивировано 3 июня 2018 года.
Frank J. Bruggeman, Hans V. Westerhoff. The nature of systems biology // Trends in Microbiology. — 2007-01. — Т. 15, вып. 1. — С. 45–50. — ISSN 0966-842X. — doi:10.1016/j.tim.2006.11.003. Архивировано 12 июня 2018 года.
Marc Vidal, Michael E. Cusick, Albert-László Barabási. Interactome Networks and Human Disease // Cell. — 2011-03. — Т. 144, вып. 6. — С. 986–998. — ISSN 0092-8674. — doi:10.1016/j.cell.2011.02.016. Архивировано 13 мая 2018 года.
Ankush Sharma, Vasu K. Gautam, Susan Costantini, Antonella Paladino, Giovanni Colonna. Interactomic and Pharmacological Insights on Human Sirt-1 (англ.) // Frontiers in Pharmacology. — 2012. — Т. 3. — ISSN 1663-9812. — doi:10.3389/fphar.2012.00040.
Ankush Sharma, Susan Costantini, Giovanni Colonna. The protein–protein interaction network of the human Sirtuin family // Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Proteins and Proteomics. — 2013-10. — Т. 1834, вып. 10. — С. 1998–2009. — ISSN 1570-9639. — doi:10.1016/j.bbapap.2013.06.012. Архивировано 11 июня 2018 года.
David F. Klosik, Anne Grimbs, Stefan Bornholdt, Marc-Thorsten Hütt. The interdependent network of gene regulation and metabolism is robust where it needs to be (англ.) // Nature Communications. — 2017-09-14. — Т. 8, вып. 1. — ISSN 2041-1723. — doi:10.1038/s41467-017-00587-4. Архивировано 24 января 2022 года.
Michael P. H. Stumpf, Thomas Thorne, Eric de Silva, Ronald Stewart, Hyeong Jun An. Estimating the size of the human interactome // Proceedings of the National Academy of Sciences. — 2008-05-13. — Т. 105, вып. 19. — С. 6959–6964. — doi:10.1073/pnas.0708078105.
Thomas Rolland, Murat Taşan, Benoit Charloteaux, Samuel J. Pevzner, Quan Zhong. A Proteome-Scale Map of the Human Interactome Network // Cell. — 2014-11. — Т. 159, вып. 5. — С. 1212–1226. — ISSN 0092-8674. — doi:10.1016/j.cell.2014.10.050. Архивировано 14 мая 2018 года.
Andrew Chatr-aryamontri, Bobby-Joe Breitkreutz, Rose Oughtred, Lorrie Boucher, Sven Heinicke. The BioGRID interaction database: 2015 update (англ.) // Nucleic Acids Research. — 2014-11-26. — Vol. 43, iss. D1. — P. D470–D478. — ISSN 0305-1048 1362-4962, 0305-1048. — doi:10.1093/nar/gku1204. Архивировано 21 января 2022 года.
Peter Uetz, Andrei Grigoriev. The yeast interactome (англ.) // Encyclopedia of Genetics, Genomics, Proteomics and Bioinformatics. — Chichester: John Wiley & Sons, Ltd, 2005-04-15. — ISBN 0470849746, 9780470849743, 047001153X, 9780470011539. — doi:10.1002/047001153x.g303204.
Michael Costanzo, Anastasia Baryshnikova, Jeremy Bellay, Yungil Kim, Eric D. Spear. The Genetic Landscape of a Cell (англ.) // Science. — 2010-01-22. — Vol. 327, iss. 5964. — P. 425–431. — ISSN 1095-9203 0036-8075, 1095-9203. — doi:10.1126/science.1180823. Архивировано 3 августа 2017 года.
Laurent Terradot, Marie-Francoise Noirot-Gros. Bacterial protein interaction networks: puzzle stones from solved complex structures add to a clearer picture (англ.) // Integrative Biology. — 2011. — Vol. 3, iss. 6. — P. 645. — ISSN 1757-9708 1757-9694, 1757-9708. — doi:10.1039/c0ib00023j.
Anna Brückner, Cécile Polge, Nicolas Lentze, Daniel Auerbach, Uwe Schlattner. Yeast Two-Hybrid, a Powerful Tool for Systems Biology (англ.) // International Journal of Molecular Sciences. — 2009-06-18. — Vol. 10, iss. 6. — P. 2763–2788. — doi:10.3390/ijms10062763. Архивировано 2 апреля 2017 года.
Choogon Lee. Coimmunoprecipitation assay // Methods in Molecular Biology (Clifton, N.J.). — 2007-01-01. — Т. 362. — С. 401–406. — ISSN 1064-3745. — doi:10.1007/978-1-59745-257-1_31. Архивировано 3 апреля 2017 года.
R. Benjamin Free, Lisa A. Hazelwood, David R. Sibley. Identifying Novel Protein-Protein Interactions Using Co-Immunoprecipitation and Mass Spectroscopy (англ.) // Current Protocols in Neuroscience. — Hoboken, NJ, USA: John Wiley & Sons, Inc., 2009-01. — P. 5.28.1–5.28.14. — ISBN 0471142301, 9780471142300. — doi:10.1002/0471142301.ns0528s46.
Leandra M. Brettner, Joanna Masel. Protein stickiness, rather than number of functional protein-protein interactions, predicts expression noise and plasticity in yeast // BMC Systems Biology. — 2012-09-27. — Т. 6. — С. 128. — ISSN 1752-0509. — doi:10.1186/1752-0509-6-128.
Konark Mukherjee, Justin B. Slawson, Bethany L. Christmann, Leslie C. Griffith. Neuron-specific protein interactions of Drosophila CASK-β are revealed by mass spectrometry // Frontiers in Molecular Neuroscience. — 2014. — Т. 7. — С. 58. — ISSN 1662-5099. — doi:10.3389/fnmol.2014.00058. Архивировано 16 декабря 2014 года.
Vincent Navratil, Benoît de Chassey, Laurène Meyniel, Stéphane Delmotte, Christian Gautier. VirHostNet: a knowledge base for the management and the analysis of proteome-wide virus–host interaction networks (англ.) // Nucleic Acids Research. — 2009-01-01. — Vol. 37, iss. suppl_1. — P. D661–D668. — ISSN 0305-1048. — doi:10.1093/nar/gkn794. Архивировано 30 мая 2018 года.
Seesandra V. Rajagopala, Sherwood Casjens, Peter Uetz. The protein interaction map of bacteriophage lambda // BMC Microbiology. — 2011-09-26. — Т. 11. — С. 213. — ISSN 1471-2180. — doi:10.1186/1471-2180-11-213.
Paul L. Bartel, Jennifer A. Roecklein, Dhruba SenGupta, Stanley Fields. A protein linkage map of Escherichia coli bacteriophage T7 (англ.) // Nature Genetics. — 1996-01. — Т. 12, вып. 1. — С. 72–77. — ISSN 1546-1718 1061-4036, 1546-1718. — doi:10.1038/ng0196-72.
Mourad Sabri, Roman Häuser, Marc Ouellette, Jing Liu, Mohammed Dehbi. Genome Annotation and Intraviral Interactome for the Streptococcus pneumoniae Virulent Phage Dp-1 (англ.) // Journal of Bacteriology. — 2011-01-15. — Vol. 193, iss. 2. — P. 551–562. — ISSN 1098-5530 0021-9193, 1098-5530. — doi:10.1128/JB.01117-10. Архивировано 2 июня 2018 года.
Roman Häuser, Mourad Sabri, Sylvain Moineau, Peter Uetz. The Proteome and Interactome of Streptococcus pneumoniae Phage Cp-1 (англ.) // Journal of Bacteriology. — 2011-06-15. — Vol. 193, iss. 12. — P. 3135–3138. — ISSN 1098-5530 0021-9193, 1098-5530. — doi:10.1128/JB.01481-10. Архивировано 2 июня 2018 года.
Thorsten Stellberger, Roman Häuser, Armin Baiker, Venkata R. Pothineni, Jürgen Haas. Improving the yeast two-hybrid system with permutated fusions proteins: the Varicella Zoster Virus interactome // Proteome Science. — 2010-02-15. — Т. 8. — С. 8. — ISSN 1477-5956. — doi:10.1186/1477-5956-8-8.
Kapila Kumar, Jyoti Rana, R. Sreejith, Reema Gabrani, Sanjeev K. Sharma. Intraviral protein interactions of Chandipura virus (англ.) // Archives of Virology. — 2012-10-01. — Vol. 157, iss. 10. — P. 1949–1957. — ISSN 1432-8798 0304-8608, 1432-8798. — doi:10.1007/s00705-012-1389-5. Архивировано 30 мая 2018 года.
Even Fossum, Caroline C. Friedel, Seesandra V. Rajagopala, Björn Titz, Armin Baiker. Evolutionarily Conserved Herpesviral Protein Interaction Networks (англ.) // PLOS Pathogens. — 2009-09-04. — Vol. 5, iss. 9. — P. e1000570. — ISSN 1553-7374. — doi:10.1371/journal.ppat.1000570. Архивировано 15 июня 2022 года.
Nicole Hagen, Karen Bayer, Kathrin Rösch, Michael Schindler. The intraviral protein interaction network of hepatitis C virus // Molecular & cellular proteomics: MCP. — 2014-7. — Т. 13, вып. 7. — С. 1676–1689. — ISSN 1535-9484. — doi:10.1074/mcp.M113.036301. Архивировано 31 мая 2018 года.
Andreas Osterman, Thorsten Stellberger, Anna Gebhardt, Marisa Kurz, Caroline C. Friedel. The Hepatitis E virus intraviral interactome (англ.) // Scientific Reports. — 2015-10-14. — Т. 5, вып. 1. — ISSN 2045-2322. — doi:10.1038/srep13872. Архивировано 1 мая 2019 года.
Yu-Chi Chen, Seesandra Venkatappa Rajagopala, Thorsten Stellberger, Peter Uetz. Exhaustive benchmarking of the yeast two-hybrid system (англ.) // Nature Methods. — 2010/09. — Т. 7, вып. 9. — С. 667–668. — ISSN 1548-7105. — doi:10.1038/nmeth0910-667. Архивировано 25 мая 2021 года.
J. C. Rain, L. Selig, H. De Reuse, V. Battaglia, C. Reverdy. The protein-protein interaction map of Helicobacter pylori // Nature. — 2001-01-11. — Т. 409, вып. 6817. — С. 211–215. — ISSN 0028-0836. — doi:10.1038/35051615. Архивировано 23 июля 2018 года.
Roman Häuser, Arnaud Ceol, Seesandra V. Rajagopala, Roberto Mosca, Gabriella Siszler. A second-generation protein-protein interaction network of Helicobacter pylori // Molecular & cellular proteomics: MCP. — 2014-5. — Т. 13, вып. 5. — С. 1318–1329. — ISSN 1535-9484. — doi:10.1074/mcp.O113.033571. Архивировано 31 мая 2018 года.
Jodi R. Parrish, Jingkai Yu, Guozhen Liu, Julie A. Hines, Jason E. Chan. A proteome-wide protein interaction map for Campylobacter jejuni // Genome Biology. — 2007-07-05. — Т. 8. — С. R130. — ISSN 1474-760X. — doi:10.1186/gb-2007-8-7-r130.
Björn Titz, Seesandra V. Rajagopala, Johannes Goll, Roman Häuser, Matthew T. McKevitt. The Binary Protein Interactome of Treponema pallidum – The Syphilis Spirochete (англ.) // PLOS ONE. — 2008-05-28. — Vol. 3, iss. 5. — P. e2292. — ISSN 1932-6203. — doi:10.1371/journal.pone.0002292. Архивировано 17 июня 2022 года.
Pingzhao Hu, Sarath Chandra Janga, Mohan Babu, J. Javier Díaz-Mejía, Gareth Butland. Global Functional Atlas of Escherichia coli Encompassing Previously Uncharacterized Proteins (англ.) // PLOS Biology. — 2009-04-28. — Vol. 7, iss. 4. — P. e1000096. — ISSN 1545-7885. — doi:10.1371/journal.pbio.1000096. Архивировано 23 апреля 2022 года.
Seesandra V Rajagopala, Patricia Sikorski, Ashwani Kumar, Roberto Mosca, James Vlasblom. The binary protein-protein interaction landscape of Escherichia coli // Nature Biotechnology. — 2014-02-23. — Т. 32, вып. 3. — С. 285–290. — ISSN 1546-1696 1087-0156, 1546-1696. — doi:10.1038/nbt.2831. Архивировано 24 февраля 2021 года.
Yoshikazu Shimoda, Sayaka Shinpo, Mitsuyo Kohara, Yasukazu Nakamura, Satoshi Tabata. A Large Scale Analysis of Protein–Protein Interactions in the Nitrogen-fixing Bacterium Mesorhizobium loti (англ.) // DNA Research. — 2008-02-01. — Vol. 15, iss. 1. — P. 13–23. — ISSN 1340-2838. — doi:10.1093/dnares/dsm028. Архивировано 30 мая 2018 года.
Yi Wang, Tao Cui, Cong Zhang, Min Yang, Yuanxia Huang. Global protein-protein interaction network in the human pathogen Mycobacterium tuberculosis H37Rv // Journal of Proteome Research. — 2010-12-03. — Т. 9, вып. 12. — С. 6665–6677. — ISSN 1535-3907. — doi:10.1021/pr100808n. Архивировано 23 июля 2018 года.
Sebastian Kühner, Vera van Noort, Matthew J. Betts, Alejandra Leo-Macias, Claire Batisse. Proteome organization in a genome-reduced bacterium // Science (New York, N.Y.). — 2009-11-27. — Т. 326, вып. 5957. — С. 1235–1240. — ISSN 1095-9203. — doi:10.1126/science.1176343. Архивировано 31 мая 2018 года.
Shusei Sato, Yoshikazu Shimoda, Akiko Muraki, Mitsuyo Kohara, Yasukazu Nakamura. A Large-scale Protein–protein Interaction Analysis in Synechocystis sp. PCC6803 (англ.) // DNA Research. — 2007-01-01. — Vol. 14, iss. 5. — P. 207–216. — ISSN 1340-2838. — doi:10.1093/dnares/dsm021. Архивировано 30 мая 2018 года.
Artem Cherkasov, Michael Hsing, Roya Zoraghi, Leonard J. Foster, Raymond H. See. Mapping the Protein Interaction Network in Methicillin-ResistantStaphylococcus aureus (EN) // Journal of Proteome Research. — 2011-03-04. — Т. 10, вып. 3. — С. 1139–1150. — ISSN 1535-3907 1535-3893, 1535-3907. — doi:10.1021/pr100918u.
B. Schwikowski, P. Uetz, S. Fields. A network of protein-protein interactions in yeast // Nature Biotechnology. — 2000-12. — Т. 18, вып. 12. — С. 1257–1261. — ISSN 1087-0156. — doi:10.1038/82360. Архивировано 23 июля 2018 года.
Peter Uetz, Loic Giot, Gerard Cagney, Traci A. Mansfield, Richard S. Judson. A comprehensive analysis of protein–protein interactions inSaccharomyces cerevisiae (англ.) // Nature. — 2000-02. — Т. 403, вып. 6770. — С. 623–627. — ISSN 1476-4687 0028-0836, 1476-4687. — doi:10.1038/35001009. Архивировано 25 февраля 2021 года.
Nevan J. Krogan, Gerard Cagney, Haiyuan Yu, Gouqing Zhong, Xinghua Guo. Global landscape of protein complexes in the yeast Saccharomyces cerevisiae (англ.) // Nature. — 2006-03. — Т. 440, вып. 7084. — С. 637–643. — ISSN 1476-4687 0028-0836, 1476-4687. — doi:10.1038/nature04670. Архивировано 9 декабря 2019 года.
Vera Pancaldi, Ömer S. Saraç, Charalampos Rallis, Janel R. McLean, Martin Převorovský. Predicting the Fission Yeast Protein Interaction Network (англ.) // G3: Genes, Genomes, Genetics. — 2012-04-01. — Vol. 2, iss. 4. — P. 453–467. — ISSN 2160-1836. — doi:10.1534/g3.111.001560. Архивировано 30 мая 2018 года.
Vo T. V., Das J., Meyer M. J., Cordero N. A., Akturk N., Wei X., Fair B. J., Degatano A. G., Fragoza R., Liu L. G., Matsuyama A., Trickey M., Horibata S., Grimson A., Yamano H., Yoshida M., Roth F. P., Pleiss J. A., Xia Y., Yu H. A Proteome-wide Fission Yeast Interactome Reveals Network Evolution Principles from Yeasts to Human. (англ.) // Cell. — 2016. — Vol. 164, no. 1-2. — P. 310—323. — doi:10.1016/j.cell.2015.11.037. — PMID 26771498. [исправить]
B. de Chassey, V. Navratil, L. Tafforeau, M. S. Hiet, A. Aublin-Gex. Hepatitis C virus infection protein network // Molecular Systems Biology. — 2008. — Т. 4. — С. 230. — ISSN 1744-4292. — doi:10.1038/msb.2008.66. Архивировано 7 апреля 2018 года.
V. Navratil, B. de Chassey, L. Meyniel, F. Pradezynski, P. André. System-level comparison of protein-protein interactions between viruses and the human type I interferon system network // Journal of Proteome Research. — 2010-07-02. — Т. 9, вып. 7. — С. 3527–3536. — ISSN 1535-3907. — doi:10.1021/pr100326j. Архивировано 23 июля 2018 года.
Mohamed Ali Ghadie, Luke Lambourne, Marc Vidal, Yu Xia. Domain-based prediction of the human isoform interactome provides insights into the functional impact of alternative splicing (англ.) // PLOS Computational Biology. — 2017-08-28. — Vol. 13, iss. 8. — P. e1005717. — ISSN 1553-7358. — doi:10.1371/journal.pcbi.1005717. Архивировано 16 июня 2022 года.
Kevin R. Brown, Igor Jurisica. Online predicted human interaction database // Bioinformatics (Oxford, England). — 2005-05-01. — Т. 21, вып. 9. — С. 2076–2082. — ISSN 1367-4803. — doi:10.1093/bioinformatics/bti273. Архивировано 7 апреля 2018 года.
Haibin Gu, Pengcheng Zhu, Yinming Jiao, Yijun Meng, Ming Chen. PRIN: a predicted rice interactome network // BMC bioinformatics. — 2011-05-16. — Т. 12. — С. 161. — ISSN 1471-2105. — doi:10.1186/1471-2105-12-161. Архивировано 23 июля 2018 года.
Jing Guo, Huan Li, Ji-Wei Chang, Yang Lei, Sen Li. Prediction and characterization of protein-protein interaction network in Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99 A // Research in Microbiology. — December 2013. — Т. 164, вып. 10. — С. 1035–1044. — ISSN 1769-7123. — doi:10.1016/j.resmic.2013.09.001. Архивировано 23 июля 2018 года.
Jane Geisler-Lee, Nicholas O'Toole, Ron Ammar, Nicholas J. Provart, A. Harvey Millar. A predicted interactome for Arabidopsis // Plant Physiology. — October 2007. — Т. 145, вып. 2. — С. 317–329. — ISSN 0032-0889. — doi:10.1104/pp.107.103465. Архивировано 23 июля 2018 года.
Junyang Yue, Wei Xu, Rongjun Ban, Shengxiong Huang, Min Miao. PTIR: Predicted Tomato Interactome Resource // Scientific Reports. — 04 28, 2016. — Т. 6. — С. 25047. — ISSN 2045-2322. — doi:10.1038/srep25047. Архивировано 7 апреля 2018 года.
Jianhua Yang, Kim Osman, Mudassar Iqbal, Dov J. Stekel, Zewei Luo. Inferring the Brassica rapa Interactome Using Protein-Protein Interaction Data from Arabidopsis thaliana // Frontiers in Plant Science. — 2012. — Т. 3. — С. 297. — ISSN 1664-462X. — doi:10.3389/fpls.2012.00297. Архивировано 7 апреля 2018 года.
Guanghui Zhu, Aibo Wu, Xin-Jian Xu, Pei-Pei Xiao, Le Lu. PPIM: A Protein-Protein Interaction Database for Maize // Plant Physiology. — February 2016. — Т. 170, вып. 2. — С. 618–626. — ISSN 1532-2548. — doi:10.1104/pp.15.01821. Архивировано 7 апреля 2018 года.
Eli Rodgers-Melnick, Mark Culp, Stephen P. DiFazio. Predicting whole genome protein interaction networks from primary sequence data in model and non-model organisms using ENTS // BMC genomics. — 2013-09-10. — Т. 14. — С. 608. — ISSN 1471-2164. — doi:10.1186/1471-2164-14-608. Архивировано 23 июля 2018 года.
Tero Aittokallio, Benno Schwikowski. Graph-based methods for analysing networks in cell biology (англ.) // Briefings in Bioinformatics. — 2006-09-01. — Vol. 7, iss. 3. — P. 243–255. — ISSN 1467-5463. — doi:10.1093/bib/bbl022. Архивировано 13 мая 2018 года.
Thomas Rolland, Murat Taşan, Benoit Charloteaux, Samuel J. Pevzner, Quan Zhong. A proteome-scale map of the human interactome network // Cell. — 2014-11-20. — Т. 159, вып. 5. — С. 1212–1226. — ISSN 1097-4172. — doi:10.1016/j.cell.2014.10.050. Архивировано 13 июня 2017 года.
M. L. Goldstein, S. A. Morris, G. G. Yen. Problems with fitting to the power-law distribution (англ.) // The European Physical Journal B - Condensed Matter and Complex Systems. — 2004-09-01. — Vol. 41, iss. 2. — P. 255–258. — ISSN 1434-6036 1434-6028, 1434-6036. — doi:10.1140/epjb/e2004-00316-5. Архивировано 13 мая 2018 года.
A. Clauset, C. Shalizi, M. Newman. Power-Law Distributions in Empirical Data // SIAM Review. — 2009-11-04. — Т. 51, вып. 4. — С. 661–703. — ISSN 0036-1445. — doi:10.1137/070710111. Архивировано 19 октября 2019 года.
J. Janssen, P. PraŁat. Rank-Based Attachment Leads to Power Law Graphs // SIAM Journal on Discrete Mathematics. — 2010-01-01. — Т. 24, вып. 2. — С. 420–440. — ISSN 0895-4801. — doi:10.1137/080716967. Архивировано 28 января 2022 года.
Reiko Tanaka, Tau-Mu Yi, John Doyle. Some protein interaction data do not exhibit power law statistics (англ.) // FEBS Letters. — 2005-09-26. — Vol. 579, iss. 23. — P. 5140–5144. — ISSN 1873-3468. — doi:10.1016/j.febslet.2005.08.024. Архивировано 2 апреля 2017 года.
Gipsi Lima-Mendez, Jacques van Helden. The powerful law of the power law and other myths in network biology (англ.) // Molecular BioSystems. — 2009-01-01. — Vol. 5, iss. 12. — doi:10.1039/B908681A. Архивировано 2 апреля 2017 года.
Haiyuan Yu, Pascal Braun, Muhammed A. Yıldırım, Irma Lemmens, Kavitha Venkatesan. High-Quality Binary Protein Interaction Map of the Yeast Interactome Network (англ.) // Science. — 2008-10-03. — Vol. 322, iss. 5898. — P. 104–110. — ISSN 1095-9203 0036-8075, 1095-9203. — doi:10.1126/science.1158684. Архивировано 30 мая 2018 года.
Philip M. Kim, Long J. Lu, Yu Xia, Mark B. Gerstein. Relating Three-Dimensional Structures to Protein Networks Provides Evolutionary Insights (англ.) // Science. — 2006-12-22. — Vol. 314, iss. 5807. — P. 1938–1941. — ISSN 1095-9203 0036-8075, 1095-9203. — doi:10.1126/science.1136174. Архивировано 30 мая 2018 года.
Susan Dina Ghiassian, Jörg Menche, Albert-László Barabási. A DIseAse MOdule Detection (DIAMOnD) Algorithm Derived from a Systematic Analysis of Connectivity Patterns of Disease Proteins in the Human Interactome // PLOS Computational Biology. — 2015-04-08. — Т. 11, вып. 4. — С. e1004120. — ISSN 1553-7358. — doi:10.1371/journal.pcbi.1004120. Архивировано 14 июня 2022 года.
Madhavi K. Ganapathiraju, Mohamed Thahir, Adam Handen, Saumendra N. Sarkar, Robert A. Sweet. Schizophrenia interactome with 504 novel protein-protein interactions // NPJ schizophrenia. — 2016. — Т. 2. — С. 16012. — ISSN 2334-265X. — doi:10.1038/npjschz.2016.12. Архивировано 23 июля 2018 года.
Yanjun Qi, Harpreet K. Dhiman, Neil Bhola, Ivan Budyak, Siddhartha Kar. Systematic prediction of human membrane receptor interactions // Proteomics. — December 2009. — Т. 9, вып. 23. — С. 5243–5255. — ISSN 1615-9861. — doi:10.1002/pmic.200900259. Архивировано 23 июля 2018 года.
Yanjun Qi, Ziv Bar-Joseph, Judith Klein-Seetharaman. Evaluation of different biological data and computational classification methods for use in protein interaction prediction // Proteins. — 2006-05-15. — Т. 63, вып. 3. — С. 490–500. — ISSN 1097-0134. — doi:10.1002/prot.20865. Архивировано 23 июля 2018 года.
Sven Mika, Burkhard Rost. Protein-protein interactions more conserved within species than across species // PLoS computational biology. — 2006-07-21. — Т. 2, вып. 7. — С. e79. — ISSN 1553-7358. — doi:10.1371/journal.pcbi.0020079. Архивировано 8 апреля 2018 года.
Yi-Chao Han, Jia-Ming Song, Long Wang, Cheng-Cheng Shu, Jing Guo. Prediction and characterization of protein-protein interaction network in Bacillus licheniformis WX-02 (англ.) // Scientific Reports. — 2016-01-19. — Т. 6, вып. 1. — ISSN 2045-2322. — doi:10.1038/srep19486. Архивировано 19 февраля 2017 года.
Weerayuth Kittichotirat, Michal Guerquin, Roger E. Bumgarner, Ram Samudrala. Protinfo PPC: a web server for atomic level prediction of protein complexes // Nucleic Acids Research. — July 2009. — Т. 37, вып. Web Server issue. — С. W519–525. — ISSN 1362-4962. — doi:10.1093/nar/gkp306. Архивировано 8 апреля 2018 года.
Manoj Tyagi, Kosuke Hashimoto, Benjamin A. Shoemaker, Stefan Wuchty, Anna R. Panchenko. Large-scale mapping of human protein interactome using structural complexes // EMBO reports. — 2012-03-01. — Т. 13, вып. 3. — С. 266–271. — ISSN 1469-3178. — doi:10.1038/embor.2011.261. Архивировано 8 апреля 2018 года.
Thomas A. Hopf, Charlotta P. I. Schärfe, João P. G. L. M. Rodrigues, Anna G. Green, Oliver Kohlbacher. Sequence co-evolution gives 3D contacts and structures of protein complexes // eLife. — 2014-09-25. — Т. 3. — ISSN 2050-084X. — doi:10.7554/eLife.03430. Архивировано 8 апреля 2018 года.
Kushal Veer Singh, Lovekesh Vig. Improved prediction of missing protein interactome links via anomaly detection (англ.) // Applied Network Science. — 2017-01-28. — Т. 2, вып. 1. — С. 2. — ISSN 2364-8228. — doi:10.1007/s41109-017-0022-7. Архивировано 2 апреля 2017 года.
Robert Hoffmann, Martin Krallinger, Eduardo Andres, Javier Tamames, Christian Blaschke. Text mining for metabolic pathways, signaling cascades, and protein networks // Science's STKE: signal transduction knowledge environment. — 2005-05-10. — Т. 2005, вып. 283. — С. pe21. — ISSN 1525-8882. — doi:10.1126/stke.2832005pe21. Архивировано 8 апреля 2018 года.
Jason McDermott, Roger Bumgarner, Ram Samudrala. Functional annotation from predicted protein interaction networks (англ.) // Bioinformatics. — 2005-08-01. — Vol. 21, iss. 15. — P. 3217–3226. — ISSN 1367-4803. — doi:10.1093/bioinformatics/bti514. Архивировано 30 мая 2018 года.
Seesandra V. Rajagopala, Patricia Sikorski, J. Harry Caufield, Andrey Tovchigrechko, Peter Uetz. Studying protein complexes by the yeast two-hybrid system // Methods (San Diego, Calif.). — December 2012. — Т. 58, вып. 4. — С. 392–399. — ISSN 1095-9130. — doi:10.1016/j.ymeth.2012.07.015. Архивировано 23 июля 2018 года.
Albert-László Barabási, Zoltán N. Oltvai. Network biology: understanding the cell's functional organization // Nature Reviews. Genetics. — February 2004. — Т. 5, вып. 2. — С. 101–113. — ISSN 1471-0056. — doi:10.1038/nrg1272. Архивировано 25 января 2018 года.
Kwang-Il Goh, In-Geol Choi. Exploring the human diseasome: the human disease network // Briefings in Functional Genomics. — November 2012. — Т. 11, вып. 6. — С. 533–542. — ISSN 2041-2657. — doi:10.1093/bfgp/els032. Архивировано 8 апреля 2018 года.
Albert-László Barabási, Natali Gulbahce, Joseph Loscalzo. Network medicine: a network-based approach to human disease // Nature Reviews. Genetics. — January 2011. — Т. 12, вып. 1. — С. 56–68. — ISSN 1471-0064. — doi:10.1038/nrg2918. Архивировано 8 апреля 2018 года.
Roland A. Pache, Arnaud Céol, Patrick Aloy. NetAligner—a network alignment server to compare complexes, pathways and whole interactomes (англ.) // Nucleic Acids Research. — 2012-07-01. — Vol. 40, iss. W1. — P. W157–W161. — ISSN 0305-1048. — doi:10.1093/nar/gks446. Архивировано 30 мая 2018 года.
Laura Bonetta. Protein-protein interactions: Interactome under construction (англ.) // Nature. — 2010-12-09. — Vol. 468, iss. 7325. — P. 851–854. — ISSN 0028-0836. — doi:10.1038/468851a. Архивировано 2 апреля 2017 года.
Databases in peril (англ.) // Nature Cell Biology. — 2005-07-01. — Vol. 7, iss. 7. — P. 639–639. — ISSN 1465-7392. — doi:10.1038/ncb0705-639b. Архивировано 1 апреля 2017 года.
Sandra Orchard, Mais Ammari, Bruno Aranda, Lionel Breuza, Leonardo Briganti. The MIntAct project--IntAct as a common curation platform for 11 molecular interaction databases // Nucleic Acids Research. — 2014-1. — Т. 42, вып. Database issue. — С. D358–363. — ISSN 1362-4962. — doi:10.1093/nar/gkt1115. Архивировано 31 мая 2018 года.
Kai Xia, Dong Dong, Jing-Dong J. Han. IntNetDB v1.0: an integrated protein-protein interaction network database generated by a probabilistic model // BMC Bioinformatics. — 2006-01-01. — Т. 7. — С. 508. — ISSN 1471-2105. — doi:10.1186/1471-2105-7-508.

doi.org

Leandra M. Brettner, Joanna Masel. Protein stickiness, rather than number of functional protein-protein interactions, predicts expression noise and plasticity in yeast // BMC Systems Biology. — 2012-09-27. — Т. 6. — С. 128. — ISSN 1752-0509. — doi:10.1186/1752-0509-6-128.
Seesandra V. Rajagopala, Sherwood Casjens, Peter Uetz. The protein interaction map of bacteriophage lambda // BMC Microbiology. — 2011-09-26. — Т. 11. — С. 213. — ISSN 1471-2180. — doi:10.1186/1471-2180-11-213.
Thorsten Stellberger, Roman Häuser, Armin Baiker, Venkata R. Pothineni, Jürgen Haas. Improving the yeast two-hybrid system with permutated fusions proteins: the Varicella Zoster Virus interactome // Proteome Science. — 2010-02-15. — Т. 8. — С. 8. — ISSN 1477-5956. — doi:10.1186/1477-5956-8-8.
Jodi R. Parrish, Jingkai Yu, Guozhen Liu, Julie A. Hines, Jason E. Chan. A proteome-wide protein interaction map for Campylobacter jejuni // Genome Biology. — 2007-07-05. — Т. 8. — С. R130. — ISSN 1474-760X. — doi:10.1186/gb-2007-8-7-r130.

droidb.org

Welcome to DroID: The Comprehensive Drosophila Interactions Database (неопр.). www.droidb.org. Дата обращения: 1 апреля 2017. Архивировано 9 апреля 2017 года.
Drosophila Interactions database (неопр.). www.droidb.org. Дата обращения: 1 апреля 2017. Архивировано 12 апреля 2017 года.

dundee.ac.uk

compbio.dundee.ac.uk

University of Dundee. PIPs: Human Protein-Protein Interaction Prediction (неопр.). www.compbio.dundee.ac.uk. Дата обращения: 1 апреля 2017. Архивировано 15 июня 2017 года.

dundee.ac.uk

University of Dundee. University of Dundee (англ.). University of Dundee. Дата обращения: 1 апреля 2017. Архивировано 1 апреля 2017 года.

ebi.ac.uk

IntAct. http://www.ebi.ac.uk/intact/ (англ.). www.ebi.ac.uk. Дата обращения: 1 апреля 2017. Архивировано 8 апреля 2017 года.
IntAct. http://www.ebi.ac.uk/intact/about/statistics?conversationContext=8#it (англ.). www.ebi.ac.uk. Дата обращения: 1 апреля 2017. Архивировано 2 апреля 2017 года.
IntAct. http://www.ebi.ac.uk/intact/about/overview;jsessionid=F9BA9ECD507219503D95BBB7E3B21128 (англ.). www.ebi.ac.uk. Дата обращения: 1 апреля 2017. Архивировано 2 апреля 2017 года.

elsevier.com

linkinghub.elsevier.com

Lars Kiemer, Gianni Cesareni. Comparative interactomics: comparing apples and pears? // Trends in Biotechnology. — 2007-10. — Т. 25, вып. 10. — С. 448–454. — ISSN 0167-7799. — doi:10.1016/j.tibtech.2007.08.002. Архивировано 3 июня 2018 года.
Frank J. Bruggeman, Hans V. Westerhoff. The nature of systems biology // Trends in Microbiology. — 2007-01. — Т. 15, вып. 1. — С. 45–50. — ISSN 0966-842X. — doi:10.1016/j.tim.2006.11.003. Архивировано 12 июня 2018 года.
Marc Vidal, Michael E. Cusick, Albert-László Barabási. Interactome Networks and Human Disease // Cell. — 2011-03. — Т. 144, вып. 6. — С. 986–998. — ISSN 0092-8674. — doi:10.1016/j.cell.2011.02.016. Архивировано 13 мая 2018 года.
Ankush Sharma, Susan Costantini, Giovanni Colonna. The protein–protein interaction network of the human Sirtuin family // Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Proteins and Proteomics. — 2013-10. — Т. 1834, вып. 10. — С. 1998–2009. — ISSN 1570-9639. — doi:10.1016/j.bbapap.2013.06.012. Архивировано 11 июня 2018 года.
Thomas Rolland, Murat Taşan, Benoit Charloteaux, Samuel J. Pevzner, Quan Zhong. A Proteome-Scale Map of the Human Interactome Network // Cell. — 2014-11. — Т. 159, вып. 5. — С. 1212–1226. — ISSN 0092-8674. — doi:10.1016/j.cell.2014.10.050. Архивировано 14 мая 2018 года.

ernet.in

iisc.ernet.in

Shayantani Mukherjee, Sampali Bal and Partha Saha. Protein interaction maps using yeast two-hybrid assay (англ.) // Current Science : журнал. — 2001. — 10 сентябрь (т. 81, № 5). — С. 458—464. Архивировано 22 декабря 2012 года.

fbras.ru

Терентьев А. А., Молдогазиева Н. Т., Шайтан К. В. Динамическая протеомика в моделировании живой клетки. Белок-белковые взаимодействия (рус.) // Успехи биологической химии. — 2009. — Т. 49. — С. 429—480. Архивировано 10 мая 2018 года.

frontiersin.org

journal.frontiersin.org

Ankush Sharma, Vasu K. Gautam, Susan Costantini, Antonella Paladino, Giovanni Colonna. Interactomic and Pharmacological Insights on Human Sirt-1 (англ.) // Frontiers in Pharmacology. — 2012. — Т. 3. — ISSN 1663-9812. — doi:10.3389/fphar.2012.00040.

g3journal.org

Vera Pancaldi, Ömer S. Saraç, Charalampos Rallis, Janel R. McLean, Martin Převorovský. Predicting the Fission Yeast Protein Interaction Network (англ.) // G3: Genes, Genomes, Genetics. — 2012-04-01. — Vol. 2, iss. 4. — P. 453–467. — ISSN 2160-1836. — doi:10.1534/g3.111.001560. Архивировано 30 мая 2018 года.

genemania.org

GeneMANIA (неопр.). genemania.org. Дата обращения: 1 апреля 2017. Архивировано 20 апреля 2017 года.

harvard.edu

ccsb.dfci.harvard.edu

CCSB (англ.). Center for Cancer Systems Biology (CCSB). ccsb.dfci.harvard.edu. Дата обращения: 31 марта 2017. Архивировано 1 апреля 2017 года.

hu-berlin.de

informatik.hu-berlin.de

Christoph Doepmann. Survey on the Graph Alignment Problem and a Benchmark of Suitable Algorithms. Expose for Bachelor's Thesis. / Ulf Leser, Andre Koschmieder. — Humboldt-Universitaet zu Berlin, Institut fuer Informatik, 2013. Архивировано 2 апреля 2017 года.

igraph.org

Welcome to igraph's new home (англ.). igraph – The network analysis package. igraph.org. Дата обращения: 31 марта 2017. Архивировано 17 марта 2017 года.

machinelearning.ru

Классификация (рус.). MachineLearning.ru. www.machinelearning.ru. Дата обращения: 1 апреля 2017. Архивировано 29 апреля 2017 года.

mdpi.com

Anna Brückner, Cécile Polge, Nicolas Lentze, Daniel Auerbach, Uwe Schlattner. Yeast Two-Hybrid, a Powerful Tool for Systems Biology (англ.) // International Journal of Molecular Sciences. — 2009-06-18. — Vol. 10, iss. 6. — P. 2763–2788. — doi:10.3390/ijms10062763. Архивировано 2 апреля 2017 года.

moleculargenetics.it

molecular genetics group (англ.). www.moleculargenetics.it. Дата обращения: 1 апреля 2017. Архивировано 17 февраля 2017 года.

nature.com

David F. Klosik, Anne Grimbs, Stefan Bornholdt, Marc-Thorsten Hütt. The interdependent network of gene regulation and metabolism is robust where it needs to be (англ.) // Nature Communications. — 2017-09-14. — Т. 8, вып. 1. — ISSN 2041-1723. — doi:10.1038/s41467-017-00587-4. Архивировано 24 января 2022 года.
Paul L. Bartel, Jennifer A. Roecklein, Dhruba SenGupta, Stanley Fields. A protein linkage map of Escherichia coli bacteriophage T7 (англ.) // Nature Genetics. — 1996-01. — Т. 12, вып. 1. — С. 72–77. — ISSN 1546-1718 1061-4036, 1546-1718. — doi:10.1038/ng0196-72.
Andreas Osterman, Thorsten Stellberger, Anna Gebhardt, Marisa Kurz, Caroline C. Friedel. The Hepatitis E virus intraviral interactome (англ.) // Scientific Reports. — 2015-10-14. — Т. 5, вып. 1. — ISSN 2045-2322. — doi:10.1038/srep13872. Архивировано 1 мая 2019 года.
Yu-Chi Chen, Seesandra Venkatappa Rajagopala, Thorsten Stellberger, Peter Uetz. Exhaustive benchmarking of the yeast two-hybrid system (англ.) // Nature Methods. — 2010/09. — Т. 7, вып. 9. — С. 667–668. — ISSN 1548-7105. — doi:10.1038/nmeth0910-667. Архивировано 25 мая 2021 года.
Seesandra V Rajagopala, Patricia Sikorski, Ashwani Kumar, Roberto Mosca, James Vlasblom. The binary protein-protein interaction landscape of Escherichia coli // Nature Biotechnology. — 2014-02-23. — Т. 32, вып. 3. — С. 285–290. — ISSN 1546-1696 1087-0156, 1546-1696. — doi:10.1038/nbt.2831. Архивировано 24 февраля 2021 года.
Peter Uetz, Loic Giot, Gerard Cagney, Traci A. Mansfield, Richard S. Judson. A comprehensive analysis of protein–protein interactions inSaccharomyces cerevisiae (англ.) // Nature. — 2000-02. — Т. 403, вып. 6770. — С. 623–627. — ISSN 1476-4687 0028-0836, 1476-4687. — doi:10.1038/35001009. Архивировано 25 февраля 2021 года.
Nevan J. Krogan, Gerard Cagney, Haiyuan Yu, Gouqing Zhong, Xinghua Guo. Global landscape of protein complexes in the yeast Saccharomyces cerevisiae (англ.) // Nature. — 2006-03. — Т. 440, вып. 7084. — С. 637–643. — ISSN 1476-4687 0028-0836, 1476-4687. — doi:10.1038/nature04670. Архивировано 9 декабря 2019 года.
Predictive medicine - Latest research and news | Nature (англ.). www.nature.com. Дата обращения: 1 апреля 2017. Архивировано 6 мая 2017 года.
Yi-Chao Han, Jia-Ming Song, Long Wang, Cheng-Cheng Shu, Jing Guo. Prediction and characterization of protein-protein interaction network in Bacillus licheniformis WX-02 (англ.) // Scientific Reports. — 2016-01-19. — Т. 6, вып. 1. — ISSN 2045-2322. — doi:10.1038/srep19486. Архивировано 19 февраля 2017 года.
Laura Bonetta. Protein-protein interactions: Interactome under construction (англ.) // Nature. — 2010-12-09. — Vol. 468, iss. 7325. — P. 851–854. — ISSN 0028-0836. — doi:10.1038/468851a. Архивировано 2 апреля 2017 года.
Databases in peril (англ.) // Nature Cell Biology. — 2005-07-01. — Vol. 7, iss. 7. — P. 639–639. — ISSN 1465-7392. — doi:10.1038/ncb0705-639b. Архивировано 1 апреля 2017 года.

nih.gov

ncbi.nlm.nih.gov

Choogon Lee. Coimmunoprecipitation assay // Methods in Molecular Biology (Clifton, N.J.). — 2007-01-01. — Т. 362. — С. 401–406. — ISSN 1064-3745. — doi:10.1007/978-1-59745-257-1_31. Архивировано 3 апреля 2017 года.
Konark Mukherjee, Justin B. Slawson, Bethany L. Christmann, Leslie C. Griffith. Neuron-specific protein interactions of Drosophila CASK-β are revealed by mass spectrometry // Frontiers in Molecular Neuroscience. — 2014. — Т. 7. — С. 58. — ISSN 1662-5099. — doi:10.3389/fnmol.2014.00058. Архивировано 16 декабря 2014 года.
Nicole Hagen, Karen Bayer, Kathrin Rösch, Michael Schindler. The intraviral protein interaction network of hepatitis C virus // Molecular & cellular proteomics: MCP. — 2014-7. — Т. 13, вып. 7. — С. 1676–1689. — ISSN 1535-9484. — doi:10.1074/mcp.M113.036301. Архивировано 31 мая 2018 года.
J. C. Rain, L. Selig, H. De Reuse, V. Battaglia, C. Reverdy. The protein-protein interaction map of Helicobacter pylori // Nature. — 2001-01-11. — Т. 409, вып. 6817. — С. 211–215. — ISSN 0028-0836. — doi:10.1038/35051615. Архивировано 23 июля 2018 года.
Roman Häuser, Arnaud Ceol, Seesandra V. Rajagopala, Roberto Mosca, Gabriella Siszler. A second-generation protein-protein interaction network of Helicobacter pylori // Molecular & cellular proteomics: MCP. — 2014-5. — Т. 13, вып. 5. — С. 1318–1329. — ISSN 1535-9484. — doi:10.1074/mcp.O113.033571. Архивировано 31 мая 2018 года.
Yi Wang, Tao Cui, Cong Zhang, Min Yang, Yuanxia Huang. Global protein-protein interaction network in the human pathogen Mycobacterium tuberculosis H37Rv // Journal of Proteome Research. — 2010-12-03. — Т. 9, вып. 12. — С. 6665–6677. — ISSN 1535-3907. — doi:10.1021/pr100808n. Архивировано 23 июля 2018 года.
Sebastian Kühner, Vera van Noort, Matthew J. Betts, Alejandra Leo-Macias, Claire Batisse. Proteome organization in a genome-reduced bacterium // Science (New York, N.Y.). — 2009-11-27. — Т. 326, вып. 5957. — С. 1235–1240. — ISSN 1095-9203. — doi:10.1126/science.1176343. Архивировано 31 мая 2018 года.
B. Schwikowski, P. Uetz, S. Fields. A network of protein-protein interactions in yeast // Nature Biotechnology. — 2000-12. — Т. 18, вып. 12. — С. 1257–1261. — ISSN 1087-0156. — doi:10.1038/82360. Архивировано 23 июля 2018 года.
Vo T. V., Das J., Meyer M. J., Cordero N. A., Akturk N., Wei X., Fair B. J., Degatano A. G., Fragoza R., Liu L. G., Matsuyama A., Trickey M., Horibata S., Grimson A., Yamano H., Yoshida M., Roth F. P., Pleiss J. A., Xia Y., Yu H. A Proteome-wide Fission Yeast Interactome Reveals Network Evolution Principles from Yeasts to Human. (англ.) // Cell. — 2016. — Vol. 164, no. 1-2. — P. 310—323. — doi:10.1016/j.cell.2015.11.037. — PMID 26771498. [исправить]
B. de Chassey, V. Navratil, L. Tafforeau, M. S. Hiet, A. Aublin-Gex. Hepatitis C virus infection protein network // Molecular Systems Biology. — 2008. — Т. 4. — С. 230. — ISSN 1744-4292. — doi:10.1038/msb.2008.66. Архивировано 7 апреля 2018 года.
V. Navratil, B. de Chassey, L. Meyniel, F. Pradezynski, P. André. System-level comparison of protein-protein interactions between viruses and the human type I interferon system network // Journal of Proteome Research. — 2010-07-02. — Т. 9, вып. 7. — С. 3527–3536. — ISSN 1535-3907. — doi:10.1021/pr100326j. Архивировано 23 июля 2018 года.
Kevin R. Brown, Igor Jurisica. Online predicted human interaction database // Bioinformatics (Oxford, England). — 2005-05-01. — Т. 21, вып. 9. — С. 2076–2082. — ISSN 1367-4803. — doi:10.1093/bioinformatics/bti273. Архивировано 7 апреля 2018 года.
Haibin Gu, Pengcheng Zhu, Yinming Jiao, Yijun Meng, Ming Chen. PRIN: a predicted rice interactome network // BMC bioinformatics. — 2011-05-16. — Т. 12. — С. 161. — ISSN 1471-2105. — doi:10.1186/1471-2105-12-161. Архивировано 23 июля 2018 года.
Jing Guo, Huan Li, Ji-Wei Chang, Yang Lei, Sen Li. Prediction and characterization of protein-protein interaction network in Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99 A // Research in Microbiology. — December 2013. — Т. 164, вып. 10. — С. 1035–1044. — ISSN 1769-7123. — doi:10.1016/j.resmic.2013.09.001. Архивировано 23 июля 2018 года.
Jane Geisler-Lee, Nicholas O'Toole, Ron Ammar, Nicholas J. Provart, A. Harvey Millar. A predicted interactome for Arabidopsis // Plant Physiology. — October 2007. — Т. 145, вып. 2. — С. 317–329. — ISSN 0032-0889. — doi:10.1104/pp.107.103465. Архивировано 23 июля 2018 года.
Junyang Yue, Wei Xu, Rongjun Ban, Shengxiong Huang, Min Miao. PTIR: Predicted Tomato Interactome Resource // Scientific Reports. — 04 28, 2016. — Т. 6. — С. 25047. — ISSN 2045-2322. — doi:10.1038/srep25047. Архивировано 7 апреля 2018 года.
Jianhua Yang, Kim Osman, Mudassar Iqbal, Dov J. Stekel, Zewei Luo. Inferring the Brassica rapa Interactome Using Protein-Protein Interaction Data from Arabidopsis thaliana // Frontiers in Plant Science. — 2012. — Т. 3. — С. 297. — ISSN 1664-462X. — doi:10.3389/fpls.2012.00297. Архивировано 7 апреля 2018 года.
Guanghui Zhu, Aibo Wu, Xin-Jian Xu, Pei-Pei Xiao, Le Lu. PPIM: A Protein-Protein Interaction Database for Maize // Plant Physiology. — February 2016. — Т. 170, вып. 2. — С. 618–626. — ISSN 1532-2548. — doi:10.1104/pp.15.01821. Архивировано 7 апреля 2018 года.
Eli Rodgers-Melnick, Mark Culp, Stephen P. DiFazio. Predicting whole genome protein interaction networks from primary sequence data in model and non-model organisms using ENTS // BMC genomics. — 2013-09-10. — Т. 14. — С. 608. — ISSN 1471-2164. — doi:10.1186/1471-2164-14-608. Архивировано 23 июля 2018 года.
Thomas Rolland, Murat Taşan, Benoit Charloteaux, Samuel J. Pevzner, Quan Zhong. A proteome-scale map of the human interactome network // Cell. — 2014-11-20. — Т. 159, вып. 5. — С. 1212–1226. — ISSN 1097-4172. — doi:10.1016/j.cell.2014.10.050. Архивировано 13 июня 2017 года.
Madhavi K. Ganapathiraju, Mohamed Thahir, Adam Handen, Saumendra N. Sarkar, Robert A. Sweet. Schizophrenia interactome with 504 novel protein-protein interactions // NPJ schizophrenia. — 2016. — Т. 2. — С. 16012. — ISSN 2334-265X. — doi:10.1038/npjschz.2016.12. Архивировано 23 июля 2018 года.
Yanjun Qi, Harpreet K. Dhiman, Neil Bhola, Ivan Budyak, Siddhartha Kar. Systematic prediction of human membrane receptor interactions // Proteomics. — December 2009. — Т. 9, вып. 23. — С. 5243–5255. — ISSN 1615-9861. — doi:10.1002/pmic.200900259. Архивировано 23 июля 2018 года.
Yanjun Qi, Ziv Bar-Joseph, Judith Klein-Seetharaman. Evaluation of different biological data and computational classification methods for use in protein interaction prediction // Proteins. — 2006-05-15. — Т. 63, вып. 3. — С. 490–500. — ISSN 1097-0134. — doi:10.1002/prot.20865. Архивировано 23 июля 2018 года.
Sven Mika, Burkhard Rost. Protein-protein interactions more conserved within species than across species // PLoS computational biology. — 2006-07-21. — Т. 2, вып. 7. — С. e79. — ISSN 1553-7358. — doi:10.1371/journal.pcbi.0020079. Архивировано 8 апреля 2018 года.
Weerayuth Kittichotirat, Michal Guerquin, Roger E. Bumgarner, Ram Samudrala. Protinfo PPC: a web server for atomic level prediction of protein complexes // Nucleic Acids Research. — July 2009. — Т. 37, вып. Web Server issue. — С. W519–525. — ISSN 1362-4962. — doi:10.1093/nar/gkp306. Архивировано 8 апреля 2018 года.
Manoj Tyagi, Kosuke Hashimoto, Benjamin A. Shoemaker, Stefan Wuchty, Anna R. Panchenko. Large-scale mapping of human protein interactome using structural complexes // EMBO reports. — 2012-03-01. — Т. 13, вып. 3. — С. 266–271. — ISSN 1469-3178. — doi:10.1038/embor.2011.261. Архивировано 8 апреля 2018 года.
Thomas A. Hopf, Charlotta P. I. Schärfe, João P. G. L. M. Rodrigues, Anna G. Green, Oliver Kohlbacher. Sequence co-evolution gives 3D contacts and structures of protein complexes // eLife. — 2014-09-25. — Т. 3. — ISSN 2050-084X. — doi:10.7554/eLife.03430. Архивировано 8 апреля 2018 года.
Robert Hoffmann, Martin Krallinger, Eduardo Andres, Javier Tamames, Christian Blaschke. Text mining for metabolic pathways, signaling cascades, and protein networks // Science's STKE: signal transduction knowledge environment. — 2005-05-10. — Т. 2005, вып. 283. — С. pe21. — ISSN 1525-8882. — doi:10.1126/stke.2832005pe21. Архивировано 8 апреля 2018 года.
Seesandra V. Rajagopala, Patricia Sikorski, J. Harry Caufield, Andrey Tovchigrechko, Peter Uetz. Studying protein complexes by the yeast two-hybrid system // Methods (San Diego, Calif.). — December 2012. — Т. 58, вып. 4. — С. 392–399. — ISSN 1095-9130. — doi:10.1016/j.ymeth.2012.07.015. Архивировано 23 июля 2018 года.
Albert-László Barabási, Zoltán N. Oltvai. Network biology: understanding the cell's functional organization // Nature Reviews. Genetics. — February 2004. — Т. 5, вып. 2. — С. 101–113. — ISSN 1471-0056. — doi:10.1038/nrg1272. Архивировано 25 января 2018 года.
Kwang-Il Goh, In-Geol Choi. Exploring the human diseasome: the human disease network // Briefings in Functional Genomics. — November 2012. — Т. 11, вып. 6. — С. 533–542. — ISSN 2041-2657. — doi:10.1093/bfgp/els032. Архивировано 8 апреля 2018 года.
Albert-László Barabási, Natali Gulbahce, Joseph Loscalzo. Network medicine: a network-based approach to human disease // Nature Reviews. Genetics. — January 2011. — Т. 12, вып. 1. — С. 56–68. — ISSN 1471-0064. — doi:10.1038/nrg2918. Архивировано 8 апреля 2018 года.
G. D. Bader, I. Donaldson, C. Wolting, B. F. Ouellette, T. Pawson. BIND--The Biomolecular Interaction Network Database // Nucleic Acids Research. — 2001-01-01. — Т. 29, вып. 1. — С. 242–245. — ISSN 1362-4962. Архивировано 31 мая 2018 года.
Sandra Orchard, Mais Ammari, Bruno Aranda, Lionel Breuza, Leonardo Briganti. The MIntAct project--IntAct as a common curation platform for 11 molecular interaction databases // Nucleic Acids Research. — 2014-1. — Т. 42, вып. Database issue. — С. D358–363. — ISSN 1362-4962. — doi:10.1093/nar/gkt1115. Архивировано 31 мая 2018 года.

oup.com

academic.oup.com

Catherine Sanchez, Corinne Lachaize, Florence Janody, Bernard Bellon, Laurence Röder. Grasping at molecular interactions and genetic networks in Drosophila melanogaster using FlyNets, an Internet database (англ.) // Nucleic Acids Research. — 1999-01-01. — Vol. 27, iss. 1. — P. 89–94. — ISSN 0305-1048. — doi:10.1093/nar/27.1.89. Архивировано 4 июня 2018 года.
Andrew Chatr-aryamontri, Bobby-Joe Breitkreutz, Rose Oughtred, Lorrie Boucher, Sven Heinicke. The BioGRID interaction database: 2015 update (англ.) // Nucleic Acids Research. — 2014-11-26. — Vol. 43, iss. D1. — P. D470–D478. — ISSN 0305-1048 1362-4962, 0305-1048. — doi:10.1093/nar/gku1204. Архивировано 21 января 2022 года.
Vincent Navratil, Benoît de Chassey, Laurène Meyniel, Stéphane Delmotte, Christian Gautier. VirHostNet: a knowledge base for the management and the analysis of proteome-wide virus–host interaction networks (англ.) // Nucleic Acids Research. — 2009-01-01. — Vol. 37, iss. suppl_1. — P. D661–D668. — ISSN 0305-1048. — doi:10.1093/nar/gkn794. Архивировано 30 мая 2018 года.
Yoshikazu Shimoda, Sayaka Shinpo, Mitsuyo Kohara, Yasukazu Nakamura, Satoshi Tabata. A Large Scale Analysis of Protein–Protein Interactions in the Nitrogen-fixing Bacterium Mesorhizobium loti (англ.) // DNA Research. — 2008-02-01. — Vol. 15, iss. 1. — P. 13–23. — ISSN 1340-2838. — doi:10.1093/dnares/dsm028. Архивировано 30 мая 2018 года.
Shusei Sato, Yoshikazu Shimoda, Akiko Muraki, Mitsuyo Kohara, Yasukazu Nakamura. A Large-scale Protein–protein Interaction Analysis in Synechocystis sp. PCC6803 (англ.) // DNA Research. — 2007-01-01. — Vol. 14, iss. 5. — P. 207–216. — ISSN 1340-2838. — doi:10.1093/dnares/dsm021. Архивировано 30 мая 2018 года.
Tero Aittokallio, Benno Schwikowski. Graph-based methods for analysing networks in cell biology (англ.) // Briefings in Bioinformatics. — 2006-09-01. — Vol. 7, iss. 3. — P. 243–255. — ISSN 1467-5463. — doi:10.1093/bib/bbl022. Архивировано 13 мая 2018 года.
Jason McDermott, Roger Bumgarner, Ram Samudrala. Functional annotation from predicted protein interaction networks (англ.) // Bioinformatics. — 2005-08-01. — Vol. 21, iss. 15. — P. 3217–3226. — ISSN 1367-4803. — doi:10.1093/bioinformatics/bti514. Архивировано 30 мая 2018 года.
Roland A. Pache, Arnaud Céol, Patrick Aloy. NetAligner—a network alignment server to compare complexes, pathways and whole interactomes (англ.) // Nucleic Acids Research. — 2012-07-01. — Vol. 40, iss. W1. — P. W157–W161. — ISSN 0305-1048. — doi:10.1093/nar/gks446. Архивировано 30 мая 2018 года.

phoenixbioinformatics.org

Phoenix Home (англ.). Phoenix Bioinformatics. www.phoenixbioinformatics.org. Дата обращения: 1 апреля 2017. Архивировано 2 апреля 2017 года.

plos.org

journals.plos.org

William Hennah, David Porteous. The DISC1 Pathway Modulates Expression of Neurodevelopmental, Synaptogenic and Sensory Perception Genes (англ.) // PLOS ONE. — 2009-03-20. — Vol. 4, iss. 3. — P. e4906. — ISSN 1932-6203. — doi:10.1371/journal.pone.0004906. Архивировано 2 марта 2022 года.
Even Fossum, Caroline C. Friedel, Seesandra V. Rajagopala, Björn Titz, Armin Baiker. Evolutionarily Conserved Herpesviral Protein Interaction Networks (англ.) // PLOS Pathogens. — 2009-09-04. — Vol. 5, iss. 9. — P. e1000570. — ISSN 1553-7374. — doi:10.1371/journal.ppat.1000570. Архивировано 15 июня 2022 года.
Björn Titz, Seesandra V. Rajagopala, Johannes Goll, Roman Häuser, Matthew T. McKevitt. The Binary Protein Interactome of Treponema pallidum – The Syphilis Spirochete (англ.) // PLOS ONE. — 2008-05-28. — Vol. 3, iss. 5. — P. e2292. — ISSN 1932-6203. — doi:10.1371/journal.pone.0002292. Архивировано 17 июня 2022 года.
Pingzhao Hu, Sarath Chandra Janga, Mohan Babu, J. Javier Díaz-Mejía, Gareth Butland. Global Functional Atlas of Escherichia coli Encompassing Previously Uncharacterized Proteins (англ.) // PLOS Biology. — 2009-04-28. — Vol. 7, iss. 4. — P. e1000096. — ISSN 1545-7885. — doi:10.1371/journal.pbio.1000096. Архивировано 23 апреля 2022 года.
Mohamed Ali Ghadie, Luke Lambourne, Marc Vidal, Yu Xia. Domain-based prediction of the human isoform interactome provides insights into the functional impact of alternative splicing (англ.) // PLOS Computational Biology. — 2017-08-28. — Vol. 13, iss. 8. — P. e1005717. — ISSN 1553-7358. — doi:10.1371/journal.pcbi.1005717. Архивировано 16 июня 2022 года.
Susan Dina Ghiassian, Jörg Menche, Albert-László Barabási. A DIseAse MOdule Detection (DIAMOnD) Algorithm Derived from a Systematic Analysis of Connectivity Patterns of Disease Proteins in the Human Interactome // PLOS Computational Biology. — 2015-04-08. — Т. 11, вып. 4. — С. e1004120. — ISSN 1553-7358. — doi:10.1371/journal.pcbi.1004120. Архивировано 14 июня 2022 года.

pnas.org

Michael P. H. Stumpf, Thomas Thorne, Eric de Silva, Ronald Stewart, Hyeong Jun An. Estimating the size of the human interactome // Proceedings of the National Academy of Sciences. — 2008-05-13. — Т. 105, вып. 19. — С. 6959–6964. — doi:10.1073/pnas.0708078105.

profacgen.com

Co-Immunoprecipitation (Co-IP) (неопр.). Profacgen. Дата обращения: 1 апреля 2017. Архивировано 2 апреля 2017 года.

rjbc.ru

Иванов А. С., Згода В. Г., Арчаков А. И. Технологии белковой интерактомики (рус.) // Биоорганическая химия : журнал. — 2011. — Т. 37, № 1. — С. 8—21. Архивировано 10 мая 2018 года.

rsc.org

xlink.rsc.org

Laurent Terradot, Marie-Francoise Noirot-Gros. Bacterial protein interaction networks: puzzle stones from solved complex structures add to a clearer picture (англ.) // Integrative Biology. — 2011. — Vol. 3, iss. 6. — P. 645. — ISSN 1757-9708 1757-9694, 1757-9708. — doi:10.1039/c0ib00023j.

pubs.rsc.org

Gipsi Lima-Mendez, Jacques van Helden. The powerful law of the power law and other myths in network biology (англ.) // Molecular BioSystems. — 2009-01-01. — Vol. 5, iss. 12. — doi:10.1039/B908681A. Архивировано 2 апреля 2017 года.

sciencemag.org

science.sciencemag.org

Michael Costanzo, Anastasia Baryshnikova, Jeremy Bellay, Yungil Kim, Eric D. Spear. The Genetic Landscape of a Cell (англ.) // Science. — 2010-01-22. — Vol. 327, iss. 5964. — P. 425–431. — ISSN 1095-9203 0036-8075, 1095-9203. — doi:10.1126/science.1180823. Архивировано 3 августа 2017 года.
Haiyuan Yu, Pascal Braun, Muhammed A. Yıldırım, Irma Lemmens, Kavitha Venkatesan. High-Quality Binary Protein Interaction Map of the Yeast Interactome Network (англ.) // Science. — 2008-10-03. — Vol. 322, iss. 5898. — P. 104–110. — ISSN 1095-9203 0036-8075, 1095-9203. — doi:10.1126/science.1158684. Архивировано 30 мая 2018 года.
Philip M. Kim, Long J. Lu, Yu Xia, Mark B. Gerstein. Relating Three-Dimensional Structures to Protein Networks Provides Evolutionary Insights (англ.) // Science. — 2006-12-22. — Vol. 314, iss. 5807. — P. 1938–1941. — ISSN 1095-9203 0036-8075, 1095-9203. — doi:10.1126/science.1136174. Архивировано 30 мая 2018 года.

siam.org

epubs.siam.org

A. Clauset, C. Shalizi, M. Newman. Power-Law Distributions in Empirical Data // SIAM Review. — 2009-11-04. — Т. 51, вып. 4. — С. 661–703. — ISSN 0036-1445. — doi:10.1137/070710111. Архивировано 19 октября 2019 года.
J. Janssen, P. PraŁat. Rank-Based Attachment Leads to Power Law Graphs // SIAM Journal on Discrete Mathematics. — 2010-01-01. — Т. 24, вып. 2. — С. 420–440. — ISSN 0895-4801. — doi:10.1137/080716967. Архивировано 28 января 2022 года.

springer.com

link.springer.com

Kapila Kumar, Jyoti Rana, R. Sreejith, Reema Gabrani, Sanjeev K. Sharma. Intraviral protein interactions of Chandipura virus (англ.) // Archives of Virology. — 2012-10-01. — Vol. 157, iss. 10. — P. 1949–1957. — ISSN 1432-8798 0304-8608, 1432-8798. — doi:10.1007/s00705-012-1389-5. Архивировано 30 мая 2018 года.
M. L. Goldstein, S. A. Morris, G. G. Yen. Problems with fitting to the power-law distribution (англ.) // The European Physical Journal B - Condensed Matter and Complex Systems. — 2004-09-01. — Vol. 41, iss. 2. — P. 255–258. — ISSN 1434-6036 1434-6028, 1434-6036. — doi:10.1140/epjb/e2004-00316-5. Архивировано 13 мая 2018 года.

springeropen.com

appliednetsci.springeropen.com

Kushal Veer Singh, Lovekesh Vig. Improved prediction of missing protein interactome links via anomaly detection (англ.) // Applied Network Science. — 2017-01-28. — Т. 2, вып. 1. — С. 2. — ISSN 2364-8228. — doi:10.1007/s41109-017-0022-7. Архивировано 2 апреля 2017 года.

the-scientist.com

Jeffrey Perkel. Validating the Interactome | The Scientist Magazine® (неопр.). The Scientist (21 июня 2004). Дата обращения: 1 апреля 2017. Архивировано 2 апреля 2017 года.

thebiogrid.org

wiki.thebiogrid.org

BioGRID Database Statistics | BioGRID (англ.). wiki.thebiogrid.org. Дата обращения: 1 апреля 2017. Архивировано 23 февраля 2017 года.
About the BioGRID | BioGRID (англ.). wiki.thebiogrid.org. Дата обращения: 1 апреля 2017. Архивировано 2 апреля 2017 года.

thebiogrid.org

Mike Tyers Lab. BioGRID | Database of Protein, Chemical, and Genetic Interactions (англ.). thebiogrid.org. Дата обращения: 1 апреля 2017. Архивировано 11 сентября 2017 года.

thermofisher.com

Co-Immunoprecipitation (Co-IP) (англ.). www.thermofisher.com. Дата обращения: 1 апреля 2017. Архивировано 25 июля 2017 года.

ucla.edu

dip.doe-mbi.ucla.edu

Database of Interacting Proteins (неопр.). The DIP database. Дата обращения: 1 апреля 2017. Архивировано 14 марта 2009 года.

uniroma2.it

mint.bio.uniroma2.it

MINT (неопр.). MINT - The Molecular INTeraction Database. mint.bio.uniroma2.it. Дата обращения: 1 апреля 2017. Архивировано 5 мая 2017 года.

utoronto.ca

University of Toronto (англ.). www.utoronto.ca. Дата обращения: 1 апреля 2017. Архивировано 24 февраля 2011 года.

web.archive.org

William Hennah, David Porteous. The DISC1 Pathway Modulates Expression of Neurodevelopmental, Synaptogenic and Sensory Perception Genes (англ.) // PLOS ONE. — 2009-03-20. — Vol. 4, iss. 3. — P. e4906. — ISSN 1932-6203. — doi:10.1371/journal.pone.0004906. Архивировано 2 марта 2022 года.
Терентьев А. А., Молдогазиева Н. Т., Шайтан К. В. Динамическая протеомика в моделировании живой клетки. Белок-белковые взаимодействия (рус.) // Успехи биологической химии. — 2009. — Т. 49. — С. 429—480. Архивировано 10 мая 2018 года.
Catherine Sanchez, Corinne Lachaize, Florence Janody, Bernard Bellon, Laurence Röder. Grasping at molecular interactions and genetic networks in Drosophila melanogaster using FlyNets, an Internet database (англ.) // Nucleic Acids Research. — 1999-01-01. — Vol. 27, iss. 1. — P. 89–94. — ISSN 0305-1048. — doi:10.1093/nar/27.1.89. Архивировано 4 июня 2018 года.
Иванов А. С., Згода В. Г., Арчаков А. И. Технологии белковой интерактомики (рус.) // Биоорганическая химия : журнал. — 2011. — Т. 37, № 1. — С. 8—21. Архивировано 10 мая 2018 года.
Lars Kiemer, Gianni Cesareni. Comparative interactomics: comparing apples and pears? // Trends in Biotechnology. — 2007-10. — Т. 25, вып. 10. — С. 448–454. — ISSN 0167-7799. — doi:10.1016/j.tibtech.2007.08.002. Архивировано 3 июня 2018 года.
Frank J. Bruggeman, Hans V. Westerhoff. The nature of systems biology // Trends in Microbiology. — 2007-01. — Т. 15, вып. 1. — С. 45–50. — ISSN 0966-842X. — doi:10.1016/j.tim.2006.11.003. Архивировано 12 июня 2018 года.
Marc Vidal, Michael E. Cusick, Albert-László Barabási. Interactome Networks and Human Disease // Cell. — 2011-03. — Т. 144, вып. 6. — С. 986–998. — ISSN 0092-8674. — doi:10.1016/j.cell.2011.02.016. Архивировано 13 мая 2018 года.
Ankush Sharma, Susan Costantini, Giovanni Colonna. The protein–protein interaction network of the human Sirtuin family // Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Proteins and Proteomics. — 2013-10. — Т. 1834, вып. 10. — С. 1998–2009. — ISSN 1570-9639. — doi:10.1016/j.bbapap.2013.06.012. Архивировано 11 июня 2018 года.
David F. Klosik, Anne Grimbs, Stefan Bornholdt, Marc-Thorsten Hütt. The interdependent network of gene regulation and metabolism is robust where it needs to be (англ.) // Nature Communications. — 2017-09-14. — Т. 8, вып. 1. — ISSN 2041-1723. — doi:10.1038/s41467-017-00587-4. Архивировано 24 января 2022 года.
Thomas Rolland, Murat Taşan, Benoit Charloteaux, Samuel J. Pevzner, Quan Zhong. A Proteome-Scale Map of the Human Interactome Network // Cell. — 2014-11. — Т. 159, вып. 5. — С. 1212–1226. — ISSN 0092-8674. — doi:10.1016/j.cell.2014.10.050. Архивировано 14 мая 2018 года.
Andrew Chatr-aryamontri, Bobby-Joe Breitkreutz, Rose Oughtred, Lorrie Boucher, Sven Heinicke. The BioGRID interaction database: 2015 update (англ.) // Nucleic Acids Research. — 2014-11-26. — Vol. 43, iss. D1. — P. D470–D478. — ISSN 0305-1048 1362-4962, 0305-1048. — doi:10.1093/nar/gku1204. Архивировано 21 января 2022 года.
Michael Costanzo, Anastasia Baryshnikova, Jeremy Bellay, Yungil Kim, Eric D. Spear. The Genetic Landscape of a Cell (англ.) // Science. — 2010-01-22. — Vol. 327, iss. 5964. — P. 425–431. — ISSN 1095-9203 0036-8075, 1095-9203. — doi:10.1126/science.1180823. Архивировано 3 августа 2017 года.
Anna Brückner, Cécile Polge, Nicolas Lentze, Daniel Auerbach, Uwe Schlattner. Yeast Two-Hybrid, a Powerful Tool for Systems Biology (англ.) // International Journal of Molecular Sciences. — 2009-06-18. — Vol. 10, iss. 6. — P. 2763–2788. — doi:10.3390/ijms10062763. Архивировано 2 апреля 2017 года.
Shayantani Mukherjee, Sampali Bal and Partha Saha. Protein interaction maps using yeast two-hybrid assay (англ.) // Current Science : журнал. — 2001. — 10 сентябрь (т. 81, № 5). — С. 458—464. Архивировано 22 декабря 2012 года.
Choogon Lee. Coimmunoprecipitation assay // Methods in Molecular Biology (Clifton, N.J.). — 2007-01-01. — Т. 362. — С. 401–406. — ISSN 1064-3745. — doi:10.1007/978-1-59745-257-1_31. Архивировано 3 апреля 2017 года.
Co-Immunoprecipitation (Co-IP) (неопр.). Profacgen. Дата обращения: 1 апреля 2017. Архивировано 2 апреля 2017 года.
Konark Mukherjee, Justin B. Slawson, Bethany L. Christmann, Leslie C. Griffith. Neuron-specific protein interactions of Drosophila CASK-β are revealed by mass spectrometry // Frontiers in Molecular Neuroscience. — 2014. — Т. 7. — С. 58. — ISSN 1662-5099. — doi:10.3389/fnmol.2014.00058. Архивировано 16 декабря 2014 года.
Vincent Navratil, Benoît de Chassey, Laurène Meyniel, Stéphane Delmotte, Christian Gautier. VirHostNet: a knowledge base for the management and the analysis of proteome-wide virus–host interaction networks (англ.) // Nucleic Acids Research. — 2009-01-01. — Vol. 37, iss. suppl_1. — P. D661–D668. — ISSN 0305-1048. — doi:10.1093/nar/gkn794. Архивировано 30 мая 2018 года.
Mourad Sabri, Roman Häuser, Marc Ouellette, Jing Liu, Mohammed Dehbi. Genome Annotation and Intraviral Interactome for the Streptococcus pneumoniae Virulent Phage Dp-1 (англ.) // Journal of Bacteriology. — 2011-01-15. — Vol. 193, iss. 2. — P. 551–562. — ISSN 1098-5530 0021-9193, 1098-5530. — doi:10.1128/JB.01117-10. Архивировано 2 июня 2018 года.
Roman Häuser, Mourad Sabri, Sylvain Moineau, Peter Uetz. The Proteome and Interactome of Streptococcus pneumoniae Phage Cp-1 (англ.) // Journal of Bacteriology. — 2011-06-15. — Vol. 193, iss. 12. — P. 3135–3138. — ISSN 1098-5530 0021-9193, 1098-5530. — doi:10.1128/JB.01481-10. Архивировано 2 июня 2018 года.
Kapila Kumar, Jyoti Rana, R. Sreejith, Reema Gabrani, Sanjeev K. Sharma. Intraviral protein interactions of Chandipura virus (англ.) // Archives of Virology. — 2012-10-01. — Vol. 157, iss. 10. — P. 1949–1957. — ISSN 1432-8798 0304-8608, 1432-8798. — doi:10.1007/s00705-012-1389-5. Архивировано 30 мая 2018 года.
Even Fossum, Caroline C. Friedel, Seesandra V. Rajagopala, Björn Titz, Armin Baiker. Evolutionarily Conserved Herpesviral Protein Interaction Networks (англ.) // PLOS Pathogens. — 2009-09-04. — Vol. 5, iss. 9. — P. e1000570. — ISSN 1553-7374. — doi:10.1371/journal.ppat.1000570. Архивировано 15 июня 2022 года.
Nicole Hagen, Karen Bayer, Kathrin Rösch, Michael Schindler. The intraviral protein interaction network of hepatitis C virus // Molecular & cellular proteomics: MCP. — 2014-7. — Т. 13, вып. 7. — С. 1676–1689. — ISSN 1535-9484. — doi:10.1074/mcp.M113.036301. Архивировано 31 мая 2018 года.
Andreas Osterman, Thorsten Stellberger, Anna Gebhardt, Marisa Kurz, Caroline C. Friedel. The Hepatitis E virus intraviral interactome (англ.) // Scientific Reports. — 2015-10-14. — Т. 5, вып. 1. — ISSN 2045-2322. — doi:10.1038/srep13872. Архивировано 1 мая 2019 года.
Yu-Chi Chen, Seesandra Venkatappa Rajagopala, Thorsten Stellberger, Peter Uetz. Exhaustive benchmarking of the yeast two-hybrid system (англ.) // Nature Methods. — 2010/09. — Т. 7, вып. 9. — С. 667–668. — ISSN 1548-7105. — doi:10.1038/nmeth0910-667. Архивировано 25 мая 2021 года.
J. C. Rain, L. Selig, H. De Reuse, V. Battaglia, C. Reverdy. The protein-protein interaction map of Helicobacter pylori // Nature. — 2001-01-11. — Т. 409, вып. 6817. — С. 211–215. — ISSN 0028-0836. — doi:10.1038/35051615. Архивировано 23 июля 2018 года.
Roman Häuser, Arnaud Ceol, Seesandra V. Rajagopala, Roberto Mosca, Gabriella Siszler. A second-generation protein-protein interaction network of Helicobacter pylori // Molecular & cellular proteomics: MCP. — 2014-5. — Т. 13, вып. 5. — С. 1318–1329. — ISSN 1535-9484. — doi:10.1074/mcp.O113.033571. Архивировано 31 мая 2018 года.
Björn Titz, Seesandra V. Rajagopala, Johannes Goll, Roman Häuser, Matthew T. McKevitt. The Binary Protein Interactome of Treponema pallidum – The Syphilis Spirochete (англ.) // PLOS ONE. — 2008-05-28. — Vol. 3, iss. 5. — P. e2292. — ISSN 1932-6203. — doi:10.1371/journal.pone.0002292. Архивировано 17 июня 2022 года.
Pingzhao Hu, Sarath Chandra Janga, Mohan Babu, J. Javier Díaz-Mejía, Gareth Butland. Global Functional Atlas of Escherichia coli Encompassing Previously Uncharacterized Proteins (англ.) // PLOS Biology. — 2009-04-28. — Vol. 7, iss. 4. — P. e1000096. — ISSN 1545-7885. — doi:10.1371/journal.pbio.1000096. Архивировано 23 апреля 2022 года.
Seesandra V Rajagopala, Patricia Sikorski, Ashwani Kumar, Roberto Mosca, James Vlasblom. The binary protein-protein interaction landscape of Escherichia coli // Nature Biotechnology. — 2014-02-23. — Т. 32, вып. 3. — С. 285–290. — ISSN 1546-1696 1087-0156, 1546-1696. — doi:10.1038/nbt.2831. Архивировано 24 февраля 2021 года.
Yoshikazu Shimoda, Sayaka Shinpo, Mitsuyo Kohara, Yasukazu Nakamura, Satoshi Tabata. A Large Scale Analysis of Protein–Protein Interactions in the Nitrogen-fixing Bacterium Mesorhizobium loti (англ.) // DNA Research. — 2008-02-01. — Vol. 15, iss. 1. — P. 13–23. — ISSN 1340-2838. — doi:10.1093/dnares/dsm028. Архивировано 30 мая 2018 года.
Yi Wang, Tao Cui, Cong Zhang, Min Yang, Yuanxia Huang. Global protein-protein interaction network in the human pathogen Mycobacterium tuberculosis H37Rv // Journal of Proteome Research. — 2010-12-03. — Т. 9, вып. 12. — С. 6665–6677. — ISSN 1535-3907. — doi:10.1021/pr100808n. Архивировано 23 июля 2018 года.
Sebastian Kühner, Vera van Noort, Matthew J. Betts, Alejandra Leo-Macias, Claire Batisse. Proteome organization in a genome-reduced bacterium // Science (New York, N.Y.). — 2009-11-27. — Т. 326, вып. 5957. — С. 1235–1240. — ISSN 1095-9203. — doi:10.1126/science.1176343. Архивировано 31 мая 2018 года.
Shusei Sato, Yoshikazu Shimoda, Akiko Muraki, Mitsuyo Kohara, Yasukazu Nakamura. A Large-scale Protein–protein Interaction Analysis in Synechocystis sp. PCC6803 (англ.) // DNA Research. — 2007-01-01. — Vol. 14, iss. 5. — P. 207–216. — ISSN 1340-2838. — doi:10.1093/dnares/dsm021. Архивировано 30 мая 2018 года.
B. Schwikowski, P. Uetz, S. Fields. A network of protein-protein interactions in yeast // Nature Biotechnology. — 2000-12. — Т. 18, вып. 12. — С. 1257–1261. — ISSN 1087-0156. — doi:10.1038/82360. Архивировано 23 июля 2018 года.
Peter Uetz, Loic Giot, Gerard Cagney, Traci A. Mansfield, Richard S. Judson. A comprehensive analysis of protein–protein interactions inSaccharomyces cerevisiae (англ.) // Nature. — 2000-02. — Т. 403, вып. 6770. — С. 623–627. — ISSN 1476-4687 0028-0836, 1476-4687. — doi:10.1038/35001009. Архивировано 25 февраля 2021 года.
Nevan J. Krogan, Gerard Cagney, Haiyuan Yu, Gouqing Zhong, Xinghua Guo. Global landscape of protein complexes in the yeast Saccharomyces cerevisiae (англ.) // Nature. — 2006-03. — Т. 440, вып. 7084. — С. 637–643. — ISSN 1476-4687 0028-0836, 1476-4687. — doi:10.1038/nature04670. Архивировано 9 декабря 2019 года.
Vera Pancaldi, Ömer S. Saraç, Charalampos Rallis, Janel R. McLean, Martin Převorovský. Predicting the Fission Yeast Protein Interaction Network (англ.) // G3: Genes, Genomes, Genetics. — 2012-04-01. — Vol. 2, iss. 4. — P. 453–467. — ISSN 2160-1836. — doi:10.1534/g3.111.001560. Архивировано 30 мая 2018 года.
B. de Chassey, V. Navratil, L. Tafforeau, M. S. Hiet, A. Aublin-Gex. Hepatitis C virus infection protein network // Molecular Systems Biology. — 2008. — Т. 4. — С. 230. — ISSN 1744-4292. — doi:10.1038/msb.2008.66. Архивировано 7 апреля 2018 года.
V. Navratil, B. de Chassey, L. Meyniel, F. Pradezynski, P. André. System-level comparison of protein-protein interactions between viruses and the human type I interferon system network // Journal of Proteome Research. — 2010-07-02. — Т. 9, вып. 7. — С. 3527–3536. — ISSN 1535-3907. — doi:10.1021/pr100326j. Архивировано 23 июля 2018 года.
Mohamed Ali Ghadie, Luke Lambourne, Marc Vidal, Yu Xia. Domain-based prediction of the human isoform interactome provides insights into the functional impact of alternative splicing (англ.) // PLOS Computational Biology. — 2017-08-28. — Vol. 13, iss. 8. — P. e1005717. — ISSN 1553-7358. — doi:10.1371/journal.pcbi.1005717. Архивировано 16 июня 2022 года.
Kevin R. Brown, Igor Jurisica. Online predicted human interaction database // Bioinformatics (Oxford, England). — 2005-05-01. — Т. 21, вып. 9. — С. 2076–2082. — ISSN 1367-4803. — doi:10.1093/bioinformatics/bti273. Архивировано 7 апреля 2018 года.
Haibin Gu, Pengcheng Zhu, Yinming Jiao, Yijun Meng, Ming Chen. PRIN: a predicted rice interactome network // BMC bioinformatics. — 2011-05-16. — Т. 12. — С. 161. — ISSN 1471-2105. — doi:10.1186/1471-2105-12-161. Архивировано 23 июля 2018 года.
Jing Guo, Huan Li, Ji-Wei Chang, Yang Lei, Sen Li. Prediction and characterization of protein-protein interaction network in Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99 A // Research in Microbiology. — December 2013. — Т. 164, вып. 10. — С. 1035–1044. — ISSN 1769-7123. — doi:10.1016/j.resmic.2013.09.001. Архивировано 23 июля 2018 года.
Jane Geisler-Lee, Nicholas O'Toole, Ron Ammar, Nicholas J. Provart, A. Harvey Millar. A predicted interactome for Arabidopsis // Plant Physiology. — October 2007. — Т. 145, вып. 2. — С. 317–329. — ISSN 0032-0889. — doi:10.1104/pp.107.103465. Архивировано 23 июля 2018 года.
Junyang Yue, Wei Xu, Rongjun Ban, Shengxiong Huang, Min Miao. PTIR: Predicted Tomato Interactome Resource // Scientific Reports. — 04 28, 2016. — Т. 6. — С. 25047. — ISSN 2045-2322. — doi:10.1038/srep25047. Архивировано 7 апреля 2018 года.
Jianhua Yang, Kim Osman, Mudassar Iqbal, Dov J. Stekel, Zewei Luo. Inferring the Brassica rapa Interactome Using Protein-Protein Interaction Data from Arabidopsis thaliana // Frontiers in Plant Science. — 2012. — Т. 3. — С. 297. — ISSN 1664-462X. — doi:10.3389/fpls.2012.00297. Архивировано 7 апреля 2018 года.
Guanghui Zhu, Aibo Wu, Xin-Jian Xu, Pei-Pei Xiao, Le Lu. PPIM: A Protein-Protein Interaction Database for Maize // Plant Physiology. — February 2016. — Т. 170, вып. 2. — С. 618–626. — ISSN 1532-2548. — doi:10.1104/pp.15.01821. Архивировано 7 апреля 2018 года.
Eli Rodgers-Melnick, Mark Culp, Stephen P. DiFazio. Predicting whole genome protein interaction networks from primary sequence data in model and non-model organisms using ENTS // BMC genomics. — 2013-09-10. — Т. 14. — С. 608. — ISSN 1471-2164. — doi:10.1186/1471-2164-14-608. Архивировано 23 июля 2018 года.
Tero Aittokallio, Benno Schwikowski. Graph-based methods for analysing networks in cell biology (англ.) // Briefings in Bioinformatics. — 2006-09-01. — Vol. 7, iss. 3. — P. 243–255. — ISSN 1467-5463. — doi:10.1093/bib/bbl022. Архивировано 13 мая 2018 года.
Thomas Rolland, Murat Taşan, Benoit Charloteaux, Samuel J. Pevzner, Quan Zhong. A proteome-scale map of the human interactome network // Cell. — 2014-11-20. — Т. 159, вып. 5. — С. 1212–1226. — ISSN 1097-4172. — doi:10.1016/j.cell.2014.10.050. Архивировано 13 июня 2017 года.
M. L. Goldstein, S. A. Morris, G. G. Yen. Problems with fitting to the power-law distribution (англ.) // The European Physical Journal B - Condensed Matter and Complex Systems. — 2004-09-01. — Vol. 41, iss. 2. — P. 255–258. — ISSN 1434-6036 1434-6028, 1434-6036. — doi:10.1140/epjb/e2004-00316-5. Архивировано 13 мая 2018 года.
A. Clauset, C. Shalizi, M. Newman. Power-Law Distributions in Empirical Data // SIAM Review. — 2009-11-04. — Т. 51, вып. 4. — С. 661–703. — ISSN 0036-1445. — doi:10.1137/070710111. Архивировано 19 октября 2019 года.
Welcome to igraph's new home (англ.). igraph – The network analysis package. igraph.org. Дата обращения: 31 марта 2017. Архивировано 17 марта 2017 года.
J. Janssen, P. PraŁat. Rank-Based Attachment Leads to Power Law Graphs // SIAM Journal on Discrete Mathematics. — 2010-01-01. — Т. 24, вып. 2. — С. 420–440. — ISSN 0895-4801. — doi:10.1137/080716967. Архивировано 28 января 2022 года.
Reiko Tanaka, Tau-Mu Yi, John Doyle. Some protein interaction data do not exhibit power law statistics (англ.) // FEBS Letters. — 2005-09-26. — Vol. 579, iss. 23. — P. 5140–5144. — ISSN 1873-3468. — doi:10.1016/j.febslet.2005.08.024. Архивировано 2 апреля 2017 года.
Gipsi Lima-Mendez, Jacques van Helden. The powerful law of the power law and other myths in network biology (англ.) // Molecular BioSystems. — 2009-01-01. — Vol. 5, iss. 12. — doi:10.1039/B908681A. Архивировано 2 апреля 2017 года.
Haiyuan Yu, Pascal Braun, Muhammed A. Yıldırım, Irma Lemmens, Kavitha Venkatesan. High-Quality Binary Protein Interaction Map of the Yeast Interactome Network (англ.) // Science. — 2008-10-03. — Vol. 322, iss. 5898. — P. 104–110. — ISSN 1095-9203 0036-8075, 1095-9203. — doi:10.1126/science.1158684. Архивировано 30 мая 2018 года.
Philip M. Kim, Long J. Lu, Yu Xia, Mark B. Gerstein. Relating Three-Dimensional Structures to Protein Networks Provides Evolutionary Insights (англ.) // Science. — 2006-12-22. — Vol. 314, iss. 5807. — P. 1938–1941. — ISSN 1095-9203 0036-8075, 1095-9203. — doi:10.1126/science.1136174. Архивировано 30 мая 2018 года.
Predictive medicine - Latest research and news | Nature (англ.). www.nature.com. Дата обращения: 1 апреля 2017. Архивировано 6 мая 2017 года.
Susan Dina Ghiassian, Jörg Menche, Albert-László Barabási. A DIseAse MOdule Detection (DIAMOnD) Algorithm Derived from a Systematic Analysis of Connectivity Patterns of Disease Proteins in the Human Interactome // PLOS Computational Biology. — 2015-04-08. — Т. 11, вып. 4. — С. e1004120. — ISSN 1553-7358. — doi:10.1371/journal.pcbi.1004120. Архивировано 14 июня 2022 года.
Классификация (рус.). MachineLearning.ru. www.machinelearning.ru. Дата обращения: 1 апреля 2017. Архивировано 29 апреля 2017 года.
Madhavi K. Ganapathiraju, Mohamed Thahir, Adam Handen, Saumendra N. Sarkar, Robert A. Sweet. Schizophrenia interactome with 504 novel protein-protein interactions // NPJ schizophrenia. — 2016. — Т. 2. — С. 16012. — ISSN 2334-265X. — doi:10.1038/npjschz.2016.12. Архивировано 23 июля 2018 года.
Yanjun Qi, Harpreet K. Dhiman, Neil Bhola, Ivan Budyak, Siddhartha Kar. Systematic prediction of human membrane receptor interactions // Proteomics. — December 2009. — Т. 9, вып. 23. — С. 5243–5255. — ISSN 1615-9861. — doi:10.1002/pmic.200900259. Архивировано 23 июля 2018 года.
Yanjun Qi, Ziv Bar-Joseph, Judith Klein-Seetharaman. Evaluation of different biological data and computational classification methods for use in protein interaction prediction // Proteins. — 2006-05-15. — Т. 63, вып. 3. — С. 490–500. — ISSN 1097-0134. — doi:10.1002/prot.20865. Архивировано 23 июля 2018 года.
University of Dundee. PIPs: Human Protein-Protein Interaction Prediction (неопр.). www.compbio.dundee.ac.uk. Дата обращения: 1 апреля 2017. Архивировано 15 июня 2017 года.
Sven Mika, Burkhard Rost. Protein-protein interactions more conserved within species than across species // PLoS computational biology. — 2006-07-21. — Т. 2, вып. 7. — С. e79. — ISSN 1553-7358. — doi:10.1371/journal.pcbi.0020079. Архивировано 8 апреля 2018 года.
Yi-Chao Han, Jia-Ming Song, Long Wang, Cheng-Cheng Shu, Jing Guo. Prediction and characterization of protein-protein interaction network in Bacillus licheniformis WX-02 (англ.) // Scientific Reports. — 2016-01-19. — Т. 6, вып. 1. — ISSN 2045-2322. — doi:10.1038/srep19486. Архивировано 19 февраля 2017 года.
Weerayuth Kittichotirat, Michal Guerquin, Roger E. Bumgarner, Ram Samudrala. Protinfo PPC: a web server for atomic level prediction of protein complexes // Nucleic Acids Research. — July 2009. — Т. 37, вып. Web Server issue. — С. W519–525. — ISSN 1362-4962. — doi:10.1093/nar/gkp306. Архивировано 8 апреля 2018 года.
Manoj Tyagi, Kosuke Hashimoto, Benjamin A. Shoemaker, Stefan Wuchty, Anna R. Panchenko. Large-scale mapping of human protein interactome using structural complexes // EMBO reports. — 2012-03-01. — Т. 13, вып. 3. — С. 266–271. — ISSN 1469-3178. — doi:10.1038/embor.2011.261. Архивировано 8 апреля 2018 года.
Thomas A. Hopf, Charlotta P. I. Schärfe, João P. G. L. M. Rodrigues, Anna G. Green, Oliver Kohlbacher. Sequence co-evolution gives 3D contacts and structures of protein complexes // eLife. — 2014-09-25. — Т. 3. — ISSN 2050-084X. — doi:10.7554/eLife.03430. Архивировано 8 апреля 2018 года.
Kushal Veer Singh, Lovekesh Vig. Improved prediction of missing protein interactome links via anomaly detection (англ.) // Applied Network Science. — 2017-01-28. — Т. 2, вып. 1. — С. 2. — ISSN 2364-8228. — doi:10.1007/s41109-017-0022-7. Архивировано 2 апреля 2017 года.
Robert Hoffmann, Martin Krallinger, Eduardo Andres, Javier Tamames, Christian Blaschke. Text mining for metabolic pathways, signaling cascades, and protein networks // Science's STKE: signal transduction knowledge environment. — 2005-05-10. — Т. 2005, вып. 283. — С. pe21. — ISSN 1525-8882. — doi:10.1126/stke.2832005pe21. Архивировано 8 апреля 2018 года.
Jason McDermott, Roger Bumgarner, Ram Samudrala. Functional annotation from predicted protein interaction networks (англ.) // Bioinformatics. — 2005-08-01. — Vol. 21, iss. 15. — P. 3217–3226. — ISSN 1367-4803. — doi:10.1093/bioinformatics/bti514. Архивировано 30 мая 2018 года.
Seesandra V. Rajagopala, Patricia Sikorski, J. Harry Caufield, Andrey Tovchigrechko, Peter Uetz. Studying protein complexes by the yeast two-hybrid system // Methods (San Diego, Calif.). — December 2012. — Т. 58, вып. 4. — С. 392–399. — ISSN 1095-9130. — doi:10.1016/j.ymeth.2012.07.015. Архивировано 23 июля 2018 года.
Albert-László Barabási, Zoltán N. Oltvai. Network biology: understanding the cell's functional organization // Nature Reviews. Genetics. — February 2004. — Т. 5, вып. 2. — С. 101–113. — ISSN 1471-0056. — doi:10.1038/nrg1272. Архивировано 25 января 2018 года.
Kwang-Il Goh, In-Geol Choi. Exploring the human diseasome: the human disease network // Briefings in Functional Genomics. — November 2012. — Т. 11, вып. 6. — С. 533–542. — ISSN 2041-2657. — doi:10.1093/bfgp/els032. Архивировано 8 апреля 2018 года.
Albert-László Barabási, Natali Gulbahce, Joseph Loscalzo. Network medicine: a network-based approach to human disease // Nature Reviews. Genetics. — January 2011. — Т. 12, вып. 1. — С. 56–68. — ISSN 1471-0064. — doi:10.1038/nrg2918. Архивировано 8 апреля 2018 года.
Jeffrey Perkel. Validating the Interactome | The Scientist Magazine® (неопр.). The Scientist (21 июня 2004). Дата обращения: 1 апреля 2017. Архивировано 2 апреля 2017 года.
Christoph Doepmann. Survey on the Graph Alignment Problem and a Benchmark of Suitable Algorithms. Expose for Bachelor's Thesis. / Ulf Leser, Andre Koschmieder. — Humboldt-Universitaet zu Berlin, Institut fuer Informatik, 2013. Архивировано 2 апреля 2017 года.
Roland A. Pache, Arnaud Céol, Patrick Aloy. NetAligner—a network alignment server to compare complexes, pathways and whole interactomes (англ.) // Nucleic Acids Research. — 2012-07-01. — Vol. 40, iss. W1. — P. W157–W161. — ISSN 0305-1048. — doi:10.1093/nar/gks446. Архивировано 30 мая 2018 года.
Laura Bonetta. Protein-protein interactions: Interactome under construction (англ.) // Nature. — 2010-12-09. — Vol. 468, iss. 7325. — P. 851–854. — ISSN 0028-0836. — doi:10.1038/468851a. Архивировано 2 апреля 2017 года.
Co-Immunoprecipitation (Co-IP) (англ.). www.thermofisher.com. Дата обращения: 1 апреля 2017. Архивировано 25 июля 2017 года.
HuRI | Home (англ.). Human Reference Protein Interactome Project. interactome.baderlab.org. Дата обращения: 31 марта 2017. Архивировано 1 апреля 2017 года.
CCSB (англ.). Center for Cancer Systems Biology (CCSB). ccsb.dfci.harvard.edu. Дата обращения: 31 марта 2017. Архивировано 1 апреля 2017 года.
MINT (неопр.). MINT - The Molecular INTeraction Database. mint.bio.uniroma2.it. Дата обращения: 1 апреля 2017. Архивировано 5 мая 2017 года.
molecular genetics group (англ.). www.moleculargenetics.it. Дата обращения: 1 апреля 2017. Архивировано 17 февраля 2017 года.
Database of Interacting Proteins (неопр.). The DIP database. Дата обращения: 1 апреля 2017. Архивировано 14 марта 2009 года.
G. D. Bader, I. Donaldson, C. Wolting, B. F. Ouellette, T. Pawson. BIND--The Biomolecular Interaction Network Database // Nucleic Acids Research. — 2001-01-01. — Т. 29, вып. 1. — С. 242–245. — ISSN 1362-4962. Архивировано 31 мая 2018 года.
Databases in peril (англ.) // Nature Cell Biology. — 2005-07-01. — Vol. 7, iss. 7. — P. 639–639. — ISSN 1465-7392. — doi:10.1038/ncb0705-639b. Архивировано 1 апреля 2017 года.
GeneMANIA (неопр.). genemania.org. Дата обращения: 1 апреля 2017. Архивировано 20 апреля 2017 года.
University of Toronto (англ.). www.utoronto.ca. Дата обращения: 1 апреля 2017. Архивировано 24 февраля 2011 года.
High-quality INTeractomes (неопр.). hint.yulab.org. Дата обращения: 1 апреля 2017. Архивировано 1 апреля 2017 года.
Yu Lab - Cornell University (неопр.). yulab.icmb.cornell.edu. Дата обращения: 1 апреля 2017. Архивировано 1 апреля 2017 года.
IntAct. http://www.ebi.ac.uk/intact/ (англ.). www.ebi.ac.uk. Дата обращения: 1 апреля 2017. Архивировано 8 апреля 2017 года.
Sandra Orchard, Mais Ammari, Bruno Aranda, Lionel Breuza, Leonardo Briganti. The MIntAct project--IntAct as a common curation platform for 11 molecular interaction databases // Nucleic Acids Research. — 2014-1. — Т. 42, вып. Database issue. — С. D358–363. — ISSN 1362-4962. — doi:10.1093/nar/gkt1115. Архивировано 31 мая 2018 года.
IntAct. http://www.ebi.ac.uk/intact/about/statistics?conversationContext=8#it (англ.). www.ebi.ac.uk. Дата обращения: 1 апреля 2017. Архивировано 2 апреля 2017 года.
IntAct. http://www.ebi.ac.uk/intact/about/overview;jsessionid=F9BA9ECD507219503D95BBB7E3B21128 (англ.). www.ebi.ac.uk. Дата обращения: 1 апреля 2017. Архивировано 2 апреля 2017 года.
Mike Tyers Lab. BioGRID | Database of Protein, Chemical, and Genetic Interactions (англ.). thebiogrid.org. Дата обращения: 1 апреля 2017. Архивировано 11 сентября 2017 года.
BioGRID Database Statistics | BioGRID (англ.). wiki.thebiogrid.org. Дата обращения: 1 апреля 2017. Архивировано 23 февраля 2017 года.
About the BioGRID | BioGRID (англ.). wiki.thebiogrid.org. Дата обращения: 1 апреля 2017. Архивировано 2 апреля 2017 года.
Welcome to DroID: The Comprehensive Drosophila Interactions Database (неопр.). www.droidb.org. Дата обращения: 1 апреля 2017. Архивировано 9 апреля 2017 года.
Drosophila Interactions database (неопр.). www.droidb.org. Дата обращения: 1 апреля 2017. Архивировано 12 апреля 2017 года.
TAIR - Home Page (англ.). The Arabidopsis Information Resource. www.arabidopsis.org. Дата обращения: 1 апреля 2017. Архивировано 19 апреля 2017 года.
Phoenix Home (англ.). Phoenix Bioinformatics. www.phoenixbioinformatics.org. Дата обращения: 1 апреля 2017. Архивировано 2 апреля 2017 года.
University of Dundee. University of Dundee (англ.). University of Dundee. Дата обращения: 1 апреля 2017. Архивировано 1 апреля 2017 года.
Welcome to PRIN - Predicted Rice Interactome Network (неопр.). Oryza sativa protein-protein interactions network. bis.zju.edu.cn. Дата обращения: 1 апреля 2017. Архивировано 11 января 2017 года.
Contact Us (неопр.). Oryza sativa protein-protein interactions network. bis.zju.edu.cn. Дата обращения: 1 апреля 2017. Архивировано 17 марта 2018 года.

wikipedia.org

ru.wikipedia.org

Vo T. V., Das J., Meyer M. J., Cordero N. A., Akturk N., Wei X., Fair B. J., Degatano A. G., Fragoza R., Liu L. G., Matsuyama A., Trickey M., Horibata S., Grimson A., Yamano H., Yoshida M., Roth F. P., Pleiss J. A., Xia Y., Yu H. A Proteome-wide Fission Yeast Interactome Reveals Network Evolution Principles from Yeasts to Human. (англ.) // Cell. — 2016. — Vol. 164, no. 1-2. — P. 310—323. — doi:10.1016/j.cell.2015.11.037. — PMID 26771498. [исправить]

wiley.com

doi.wiley.com

Peter Uetz, Andrei Grigoriev. The yeast interactome (англ.) // Encyclopedia of Genetics, Genomics, Proteomics and Bioinformatics. — Chichester: John Wiley & Sons, Ltd, 2005-04-15. — ISBN 0470849746, 9780470849743, 047001153X, 9780470011539. — doi:10.1002/047001153x.g303204.
R. Benjamin Free, Lisa A. Hazelwood, David R. Sibley. Identifying Novel Protein-Protein Interactions Using Co-Immunoprecipitation and Mass Spectroscopy (англ.) // Current Protocols in Neuroscience. — Hoboken, NJ, USA: John Wiley & Sons, Inc., 2009-01. — P. 5.28.1–5.28.14. — ISBN 0471142301, 9780471142300. — doi:10.1002/0471142301.ns0528s46.

onlinelibrary.wiley.com

Reiko Tanaka, Tau-Mu Yi, John Doyle. Some protein interaction data do not exhibit power law statistics (англ.) // FEBS Letters. — 2005-09-26. — Vol. 579, iss. 23. — P. 5140–5144. — ISSN 1873-3468. — doi:10.1016/j.febslet.2005.08.024. Архивировано 2 апреля 2017 года.

worldcat.org

William Hennah, David Porteous. The DISC1 Pathway Modulates Expression of Neurodevelopmental, Synaptogenic and Sensory Perception Genes (англ.) // PLOS ONE. — 2009-03-20. — Vol. 4, iss. 3. — P. e4906. — ISSN 1932-6203. — doi:10.1371/journal.pone.0004906. Архивировано 2 марта 2022 года.
Catherine Sanchez, Corinne Lachaize, Florence Janody, Bernard Bellon, Laurence Röder. Grasping at molecular interactions and genetic networks in Drosophila melanogaster using FlyNets, an Internet database (англ.) // Nucleic Acids Research. — 1999-01-01. — Vol. 27, iss. 1. — P. 89–94. — ISSN 0305-1048. — doi:10.1093/nar/27.1.89. Архивировано 4 июня 2018 года.
Lars Kiemer, Gianni Cesareni. Comparative interactomics: comparing apples and pears? // Trends in Biotechnology. — 2007-10. — Т. 25, вып. 10. — С. 448–454. — ISSN 0167-7799. — doi:10.1016/j.tibtech.2007.08.002. Архивировано 3 июня 2018 года.
Frank J. Bruggeman, Hans V. Westerhoff. The nature of systems biology // Trends in Microbiology. — 2007-01. — Т. 15, вып. 1. — С. 45–50. — ISSN 0966-842X. — doi:10.1016/j.tim.2006.11.003. Архивировано 12 июня 2018 года.
Marc Vidal, Michael E. Cusick, Albert-László Barabási. Interactome Networks and Human Disease // Cell. — 2011-03. — Т. 144, вып. 6. — С. 986–998. — ISSN 0092-8674. — doi:10.1016/j.cell.2011.02.016. Архивировано 13 мая 2018 года.
Ankush Sharma, Vasu K. Gautam, Susan Costantini, Antonella Paladino, Giovanni Colonna. Interactomic and Pharmacological Insights on Human Sirt-1 (англ.) // Frontiers in Pharmacology. — 2012. — Т. 3. — ISSN 1663-9812. — doi:10.3389/fphar.2012.00040.
Ankush Sharma, Susan Costantini, Giovanni Colonna. The protein–protein interaction network of the human Sirtuin family // Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Proteins and Proteomics. — 2013-10. — Т. 1834, вып. 10. — С. 1998–2009. — ISSN 1570-9639. — doi:10.1016/j.bbapap.2013.06.012. Архивировано 11 июня 2018 года.
David F. Klosik, Anne Grimbs, Stefan Bornholdt, Marc-Thorsten Hütt. The interdependent network of gene regulation and metabolism is robust where it needs to be (англ.) // Nature Communications. — 2017-09-14. — Т. 8, вып. 1. — ISSN 2041-1723. — doi:10.1038/s41467-017-00587-4. Архивировано 24 января 2022 года.
Thomas Rolland, Murat Taşan, Benoit Charloteaux, Samuel J. Pevzner, Quan Zhong. A Proteome-Scale Map of the Human Interactome Network // Cell. — 2014-11. — Т. 159, вып. 5. — С. 1212–1226. — ISSN 0092-8674. — doi:10.1016/j.cell.2014.10.050. Архивировано 14 мая 2018 года.
Andrew Chatr-aryamontri, Bobby-Joe Breitkreutz, Rose Oughtred, Lorrie Boucher, Sven Heinicke. The BioGRID interaction database: 2015 update (англ.) // Nucleic Acids Research. — 2014-11-26. — Vol. 43, iss. D1. — P. D470–D478. — ISSN 0305-1048 1362-4962, 0305-1048. — doi:10.1093/nar/gku1204. Архивировано 21 января 2022 года.
Michael Costanzo, Anastasia Baryshnikova, Jeremy Bellay, Yungil Kim, Eric D. Spear. The Genetic Landscape of a Cell (англ.) // Science. — 2010-01-22. — Vol. 327, iss. 5964. — P. 425–431. — ISSN 1095-9203 0036-8075, 1095-9203. — doi:10.1126/science.1180823. Архивировано 3 августа 2017 года.
Laurent Terradot, Marie-Francoise Noirot-Gros. Bacterial protein interaction networks: puzzle stones from solved complex structures add to a clearer picture (англ.) // Integrative Biology. — 2011. — Vol. 3, iss. 6. — P. 645. — ISSN 1757-9708 1757-9694, 1757-9708. — doi:10.1039/c0ib00023j.
Choogon Lee. Coimmunoprecipitation assay // Methods in Molecular Biology (Clifton, N.J.). — 2007-01-01. — Т. 362. — С. 401–406. — ISSN 1064-3745. — doi:10.1007/978-1-59745-257-1_31. Архивировано 3 апреля 2017 года.
Leandra M. Brettner, Joanna Masel. Protein stickiness, rather than number of functional protein-protein interactions, predicts expression noise and plasticity in yeast // BMC Systems Biology. — 2012-09-27. — Т. 6. — С. 128. — ISSN 1752-0509. — doi:10.1186/1752-0509-6-128.
Konark Mukherjee, Justin B. Slawson, Bethany L. Christmann, Leslie C. Griffith. Neuron-specific protein interactions of Drosophila CASK-β are revealed by mass spectrometry // Frontiers in Molecular Neuroscience. — 2014. — Т. 7. — С. 58. — ISSN 1662-5099. — doi:10.3389/fnmol.2014.00058. Архивировано 16 декабря 2014 года.
Vincent Navratil, Benoît de Chassey, Laurène Meyniel, Stéphane Delmotte, Christian Gautier. VirHostNet: a knowledge base for the management and the analysis of proteome-wide virus–host interaction networks (англ.) // Nucleic Acids Research. — 2009-01-01. — Vol. 37, iss. suppl_1. — P. D661–D668. — ISSN 0305-1048. — doi:10.1093/nar/gkn794. Архивировано 30 мая 2018 года.
Seesandra V. Rajagopala, Sherwood Casjens, Peter Uetz. The protein interaction map of bacteriophage lambda // BMC Microbiology. — 2011-09-26. — Т. 11. — С. 213. — ISSN 1471-2180. — doi:10.1186/1471-2180-11-213.
Paul L. Bartel, Jennifer A. Roecklein, Dhruba SenGupta, Stanley Fields. A protein linkage map of Escherichia coli bacteriophage T7 (англ.) // Nature Genetics. — 1996-01. — Т. 12, вып. 1. — С. 72–77. — ISSN 1546-1718 1061-4036, 1546-1718. — doi:10.1038/ng0196-72.
Mourad Sabri, Roman Häuser, Marc Ouellette, Jing Liu, Mohammed Dehbi. Genome Annotation and Intraviral Interactome for the Streptococcus pneumoniae Virulent Phage Dp-1 (англ.) // Journal of Bacteriology. — 2011-01-15. — Vol. 193, iss. 2. — P. 551–562. — ISSN 1098-5530 0021-9193, 1098-5530. — doi:10.1128/JB.01117-10. Архивировано 2 июня 2018 года.
Roman Häuser, Mourad Sabri, Sylvain Moineau, Peter Uetz. The Proteome and Interactome of Streptococcus pneumoniae Phage Cp-1 (англ.) // Journal of Bacteriology. — 2011-06-15. — Vol. 193, iss. 12. — P. 3135–3138. — ISSN 1098-5530 0021-9193, 1098-5530. — doi:10.1128/JB.01481-10. Архивировано 2 июня 2018 года.
Thorsten Stellberger, Roman Häuser, Armin Baiker, Venkata R. Pothineni, Jürgen Haas. Improving the yeast two-hybrid system with permutated fusions proteins: the Varicella Zoster Virus interactome // Proteome Science. — 2010-02-15. — Т. 8. — С. 8. — ISSN 1477-5956. — doi:10.1186/1477-5956-8-8.
Kapila Kumar, Jyoti Rana, R. Sreejith, Reema Gabrani, Sanjeev K. Sharma. Intraviral protein interactions of Chandipura virus (англ.) // Archives of Virology. — 2012-10-01. — Vol. 157, iss. 10. — P. 1949–1957. — ISSN 1432-8798 0304-8608, 1432-8798. — doi:10.1007/s00705-012-1389-5. Архивировано 30 мая 2018 года.
Even Fossum, Caroline C. Friedel, Seesandra V. Rajagopala, Björn Titz, Armin Baiker. Evolutionarily Conserved Herpesviral Protein Interaction Networks (англ.) // PLOS Pathogens. — 2009-09-04. — Vol. 5, iss. 9. — P. e1000570. — ISSN 1553-7374. — doi:10.1371/journal.ppat.1000570. Архивировано 15 июня 2022 года.
Nicole Hagen, Karen Bayer, Kathrin Rösch, Michael Schindler. The intraviral protein interaction network of hepatitis C virus // Molecular & cellular proteomics: MCP. — 2014-7. — Т. 13, вып. 7. — С. 1676–1689. — ISSN 1535-9484. — doi:10.1074/mcp.M113.036301. Архивировано 31 мая 2018 года.
Andreas Osterman, Thorsten Stellberger, Anna Gebhardt, Marisa Kurz, Caroline C. Friedel. The Hepatitis E virus intraviral interactome (англ.) // Scientific Reports. — 2015-10-14. — Т. 5, вып. 1. — ISSN 2045-2322. — doi:10.1038/srep13872. Архивировано 1 мая 2019 года.
Yu-Chi Chen, Seesandra Venkatappa Rajagopala, Thorsten Stellberger, Peter Uetz. Exhaustive benchmarking of the yeast two-hybrid system (англ.) // Nature Methods. — 2010/09. — Т. 7, вып. 9. — С. 667–668. — ISSN 1548-7105. — doi:10.1038/nmeth0910-667. Архивировано 25 мая 2021 года.
J. C. Rain, L. Selig, H. De Reuse, V. Battaglia, C. Reverdy. The protein-protein interaction map of Helicobacter pylori // Nature. — 2001-01-11. — Т. 409, вып. 6817. — С. 211–215. — ISSN 0028-0836. — doi:10.1038/35051615. Архивировано 23 июля 2018 года.
Roman Häuser, Arnaud Ceol, Seesandra V. Rajagopala, Roberto Mosca, Gabriella Siszler. A second-generation protein-protein interaction network of Helicobacter pylori // Molecular & cellular proteomics: MCP. — 2014-5. — Т. 13, вып. 5. — С. 1318–1329. — ISSN 1535-9484. — doi:10.1074/mcp.O113.033571. Архивировано 31 мая 2018 года.
Jodi R. Parrish, Jingkai Yu, Guozhen Liu, Julie A. Hines, Jason E. Chan. A proteome-wide protein interaction map for Campylobacter jejuni // Genome Biology. — 2007-07-05. — Т. 8. — С. R130. — ISSN 1474-760X. — doi:10.1186/gb-2007-8-7-r130.
Björn Titz, Seesandra V. Rajagopala, Johannes Goll, Roman Häuser, Matthew T. McKevitt. The Binary Protein Interactome of Treponema pallidum – The Syphilis Spirochete (англ.) // PLOS ONE. — 2008-05-28. — Vol. 3, iss. 5. — P. e2292. — ISSN 1932-6203. — doi:10.1371/journal.pone.0002292. Архивировано 17 июня 2022 года.
Pingzhao Hu, Sarath Chandra Janga, Mohan Babu, J. Javier Díaz-Mejía, Gareth Butland. Global Functional Atlas of Escherichia coli Encompassing Previously Uncharacterized Proteins (англ.) // PLOS Biology. — 2009-04-28. — Vol. 7, iss. 4. — P. e1000096. — ISSN 1545-7885. — doi:10.1371/journal.pbio.1000096. Архивировано 23 апреля 2022 года.
Seesandra V Rajagopala, Patricia Sikorski, Ashwani Kumar, Roberto Mosca, James Vlasblom. The binary protein-protein interaction landscape of Escherichia coli // Nature Biotechnology. — 2014-02-23. — Т. 32, вып. 3. — С. 285–290. — ISSN 1546-1696 1087-0156, 1546-1696. — doi:10.1038/nbt.2831. Архивировано 24 февраля 2021 года.
Yoshikazu Shimoda, Sayaka Shinpo, Mitsuyo Kohara, Yasukazu Nakamura, Satoshi Tabata. A Large Scale Analysis of Protein–Protein Interactions in the Nitrogen-fixing Bacterium Mesorhizobium loti (англ.) // DNA Research. — 2008-02-01. — Vol. 15, iss. 1. — P. 13–23. — ISSN 1340-2838. — doi:10.1093/dnares/dsm028. Архивировано 30 мая 2018 года.
Yi Wang, Tao Cui, Cong Zhang, Min Yang, Yuanxia Huang. Global protein-protein interaction network in the human pathogen Mycobacterium tuberculosis H37Rv // Journal of Proteome Research. — 2010-12-03. — Т. 9, вып. 12. — С. 6665–6677. — ISSN 1535-3907. — doi:10.1021/pr100808n. Архивировано 23 июля 2018 года.
Sebastian Kühner, Vera van Noort, Matthew J. Betts, Alejandra Leo-Macias, Claire Batisse. Proteome organization in a genome-reduced bacterium // Science (New York, N.Y.). — 2009-11-27. — Т. 326, вып. 5957. — С. 1235–1240. — ISSN 1095-9203. — doi:10.1126/science.1176343. Архивировано 31 мая 2018 года.
Shusei Sato, Yoshikazu Shimoda, Akiko Muraki, Mitsuyo Kohara, Yasukazu Nakamura. A Large-scale Protein–protein Interaction Analysis in Synechocystis sp. PCC6803 (англ.) // DNA Research. — 2007-01-01. — Vol. 14, iss. 5. — P. 207–216. — ISSN 1340-2838. — doi:10.1093/dnares/dsm021. Архивировано 30 мая 2018 года.
Artem Cherkasov, Michael Hsing, Roya Zoraghi, Leonard J. Foster, Raymond H. See. Mapping the Protein Interaction Network in Methicillin-ResistantStaphylococcus aureus (EN) // Journal of Proteome Research. — 2011-03-04. — Т. 10, вып. 3. — С. 1139–1150. — ISSN 1535-3907 1535-3893, 1535-3907. — doi:10.1021/pr100918u.
B. Schwikowski, P. Uetz, S. Fields. A network of protein-protein interactions in yeast // Nature Biotechnology. — 2000-12. — Т. 18, вып. 12. — С. 1257–1261. — ISSN 1087-0156. — doi:10.1038/82360. Архивировано 23 июля 2018 года.
Peter Uetz, Loic Giot, Gerard Cagney, Traci A. Mansfield, Richard S. Judson. A comprehensive analysis of protein–protein interactions inSaccharomyces cerevisiae (англ.) // Nature. — 2000-02. — Т. 403, вып. 6770. — С. 623–627. — ISSN 1476-4687 0028-0836, 1476-4687. — doi:10.1038/35001009. Архивировано 25 февраля 2021 года.
Nevan J. Krogan, Gerard Cagney, Haiyuan Yu, Gouqing Zhong, Xinghua Guo. Global landscape of protein complexes in the yeast Saccharomyces cerevisiae (англ.) // Nature. — 2006-03. — Т. 440, вып. 7084. — С. 637–643. — ISSN 1476-4687 0028-0836, 1476-4687. — doi:10.1038/nature04670. Архивировано 9 декабря 2019 года.
Vera Pancaldi, Ömer S. Saraç, Charalampos Rallis, Janel R. McLean, Martin Převorovský. Predicting the Fission Yeast Protein Interaction Network (англ.) // G3: Genes, Genomes, Genetics. — 2012-04-01. — Vol. 2, iss. 4. — P. 453–467. — ISSN 2160-1836. — doi:10.1534/g3.111.001560. Архивировано 30 мая 2018 года.
B. de Chassey, V. Navratil, L. Tafforeau, M. S. Hiet, A. Aublin-Gex. Hepatitis C virus infection protein network // Molecular Systems Biology. — 2008. — Т. 4. — С. 230. — ISSN 1744-4292. — doi:10.1038/msb.2008.66. Архивировано 7 апреля 2018 года.
V. Navratil, B. de Chassey, L. Meyniel, F. Pradezynski, P. André. System-level comparison of protein-protein interactions between viruses and the human type I interferon system network // Journal of Proteome Research. — 2010-07-02. — Т. 9, вып. 7. — С. 3527–3536. — ISSN 1535-3907. — doi:10.1021/pr100326j. Архивировано 23 июля 2018 года.
Mohamed Ali Ghadie, Luke Lambourne, Marc Vidal, Yu Xia. Domain-based prediction of the human isoform interactome provides insights into the functional impact of alternative splicing (англ.) // PLOS Computational Biology. — 2017-08-28. — Vol. 13, iss. 8. — P. e1005717. — ISSN 1553-7358. — doi:10.1371/journal.pcbi.1005717. Архивировано 16 июня 2022 года.
Kevin R. Brown, Igor Jurisica. Online predicted human interaction database // Bioinformatics (Oxford, England). — 2005-05-01. — Т. 21, вып. 9. — С. 2076–2082. — ISSN 1367-4803. — doi:10.1093/bioinformatics/bti273. Архивировано 7 апреля 2018 года.
Haibin Gu, Pengcheng Zhu, Yinming Jiao, Yijun Meng, Ming Chen. PRIN: a predicted rice interactome network // BMC bioinformatics. — 2011-05-16. — Т. 12. — С. 161. — ISSN 1471-2105. — doi:10.1186/1471-2105-12-161. Архивировано 23 июля 2018 года.
Jing Guo, Huan Li, Ji-Wei Chang, Yang Lei, Sen Li. Prediction and characterization of protein-protein interaction network in Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99 A // Research in Microbiology. — December 2013. — Т. 164, вып. 10. — С. 1035–1044. — ISSN 1769-7123. — doi:10.1016/j.resmic.2013.09.001. Архивировано 23 июля 2018 года.
Jane Geisler-Lee, Nicholas O'Toole, Ron Ammar, Nicholas J. Provart, A. Harvey Millar. A predicted interactome for Arabidopsis // Plant Physiology. — October 2007. — Т. 145, вып. 2. — С. 317–329. — ISSN 0032-0889. — doi:10.1104/pp.107.103465. Архивировано 23 июля 2018 года.
Junyang Yue, Wei Xu, Rongjun Ban, Shengxiong Huang, Min Miao. PTIR: Predicted Tomato Interactome Resource // Scientific Reports. — 04 28, 2016. — Т. 6. — С. 25047. — ISSN 2045-2322. — doi:10.1038/srep25047. Архивировано 7 апреля 2018 года.
Jianhua Yang, Kim Osman, Mudassar Iqbal, Dov J. Stekel, Zewei Luo. Inferring the Brassica rapa Interactome Using Protein-Protein Interaction Data from Arabidopsis thaliana // Frontiers in Plant Science. — 2012. — Т. 3. — С. 297. — ISSN 1664-462X. — doi:10.3389/fpls.2012.00297. Архивировано 7 апреля 2018 года.
Guanghui Zhu, Aibo Wu, Xin-Jian Xu, Pei-Pei Xiao, Le Lu. PPIM: A Protein-Protein Interaction Database for Maize // Plant Physiology. — February 2016. — Т. 170, вып. 2. — С. 618–626. — ISSN 1532-2548. — doi:10.1104/pp.15.01821. Архивировано 7 апреля 2018 года.
Eli Rodgers-Melnick, Mark Culp, Stephen P. DiFazio. Predicting whole genome protein interaction networks from primary sequence data in model and non-model organisms using ENTS // BMC genomics. — 2013-09-10. — Т. 14. — С. 608. — ISSN 1471-2164. — doi:10.1186/1471-2164-14-608. Архивировано 23 июля 2018 года.
Tero Aittokallio, Benno Schwikowski. Graph-based methods for analysing networks in cell biology (англ.) // Briefings in Bioinformatics. — 2006-09-01. — Vol. 7, iss. 3. — P. 243–255. — ISSN 1467-5463. — doi:10.1093/bib/bbl022. Архивировано 13 мая 2018 года.
Thomas Rolland, Murat Taşan, Benoit Charloteaux, Samuel J. Pevzner, Quan Zhong. A proteome-scale map of the human interactome network // Cell. — 2014-11-20. — Т. 159, вып. 5. — С. 1212–1226. — ISSN 1097-4172. — doi:10.1016/j.cell.2014.10.050. Архивировано 13 июня 2017 года.
M. L. Goldstein, S. A. Morris, G. G. Yen. Problems with fitting to the power-law distribution (англ.) // The European Physical Journal B - Condensed Matter and Complex Systems. — 2004-09-01. — Vol. 41, iss. 2. — P. 255–258. — ISSN 1434-6036 1434-6028, 1434-6036. — doi:10.1140/epjb/e2004-00316-5. Архивировано 13 мая 2018 года.
A. Clauset, C. Shalizi, M. Newman. Power-Law Distributions in Empirical Data // SIAM Review. — 2009-11-04. — Т. 51, вып. 4. — С. 661–703. — ISSN 0036-1445. — doi:10.1137/070710111. Архивировано 19 октября 2019 года.
Barabási, Albert-László. Linked : the new science of networks. — Cambridge, Mass.: Perseus Pub, 2002. — 280 pages с. — ISBN 0738206679, 9780738206677.
J. Janssen, P. PraŁat. Rank-Based Attachment Leads to Power Law Graphs // SIAM Journal on Discrete Mathematics. — 2010-01-01. — Т. 24, вып. 2. — С. 420–440. — ISSN 0895-4801. — doi:10.1137/080716967. Архивировано 28 января 2022 года.
Reiko Tanaka, Tau-Mu Yi, John Doyle. Some protein interaction data do not exhibit power law statistics (англ.) // FEBS Letters. — 2005-09-26. — Vol. 579, iss. 23. — P. 5140–5144. — ISSN 1873-3468. — doi:10.1016/j.febslet.2005.08.024. Архивировано 2 апреля 2017 года.
Haiyuan Yu, Pascal Braun, Muhammed A. Yıldırım, Irma Lemmens, Kavitha Venkatesan. High-Quality Binary Protein Interaction Map of the Yeast Interactome Network (англ.) // Science. — 2008-10-03. — Vol. 322, iss. 5898. — P. 104–110. — ISSN 1095-9203 0036-8075, 1095-9203. — doi:10.1126/science.1158684. Архивировано 30 мая 2018 года.
Philip M. Kim, Long J. Lu, Yu Xia, Mark B. Gerstein. Relating Three-Dimensional Structures to Protein Networks Provides Evolutionary Insights (англ.) // Science. — 2006-12-22. — Vol. 314, iss. 5807. — P. 1938–1941. — ISSN 1095-9203 0036-8075, 1095-9203. — doi:10.1126/science.1136174. Архивировано 30 мая 2018 года.
Susan Dina Ghiassian, Jörg Menche, Albert-László Barabási. A DIseAse MOdule Detection (DIAMOnD) Algorithm Derived from a Systematic Analysis of Connectivity Patterns of Disease Proteins in the Human Interactome // PLOS Computational Biology. — 2015-04-08. — Т. 11, вып. 4. — С. e1004120. — ISSN 1553-7358. — doi:10.1371/journal.pcbi.1004120. Архивировано 14 июня 2022 года.
Madhavi K. Ganapathiraju, Mohamed Thahir, Adam Handen, Saumendra N. Sarkar, Robert A. Sweet. Schizophrenia interactome with 504 novel protein-protein interactions // NPJ schizophrenia. — 2016. — Т. 2. — С. 16012. — ISSN 2334-265X. — doi:10.1038/npjschz.2016.12. Архивировано 23 июля 2018 года.
Yanjun Qi, Harpreet K. Dhiman, Neil Bhola, Ivan Budyak, Siddhartha Kar. Systematic prediction of human membrane receptor interactions // Proteomics. — December 2009. — Т. 9, вып. 23. — С. 5243–5255. — ISSN 1615-9861. — doi:10.1002/pmic.200900259. Архивировано 23 июля 2018 года.
Yanjun Qi, Ziv Bar-Joseph, Judith Klein-Seetharaman. Evaluation of different biological data and computational classification methods for use in protein interaction prediction // Proteins. — 2006-05-15. — Т. 63, вып. 3. — С. 490–500. — ISSN 1097-0134. — doi:10.1002/prot.20865. Архивировано 23 июля 2018 года.
Sven Mika, Burkhard Rost. Protein-protein interactions more conserved within species than across species // PLoS computational biology. — 2006-07-21. — Т. 2, вып. 7. — С. e79. — ISSN 1553-7358. — doi:10.1371/journal.pcbi.0020079. Архивировано 8 апреля 2018 года.
Yi-Chao Han, Jia-Ming Song, Long Wang, Cheng-Cheng Shu, Jing Guo. Prediction and characterization of protein-protein interaction network in Bacillus licheniformis WX-02 (англ.) // Scientific Reports. — 2016-01-19. — Т. 6, вып. 1. — ISSN 2045-2322. — doi:10.1038/srep19486. Архивировано 19 февраля 2017 года.
Weerayuth Kittichotirat, Michal Guerquin, Roger E. Bumgarner, Ram Samudrala. Protinfo PPC: a web server for atomic level prediction of protein complexes // Nucleic Acids Research. — July 2009. — Т. 37, вып. Web Server issue. — С. W519–525. — ISSN 1362-4962. — doi:10.1093/nar/gkp306. Архивировано 8 апреля 2018 года.
Manoj Tyagi, Kosuke Hashimoto, Benjamin A. Shoemaker, Stefan Wuchty, Anna R. Panchenko. Large-scale mapping of human protein interactome using structural complexes // EMBO reports. — 2012-03-01. — Т. 13, вып. 3. — С. 266–271. — ISSN 1469-3178. — doi:10.1038/embor.2011.261. Архивировано 8 апреля 2018 года.
Thomas A. Hopf, Charlotta P. I. Schärfe, João P. G. L. M. Rodrigues, Anna G. Green, Oliver Kohlbacher. Sequence co-evolution gives 3D contacts and structures of protein complexes // eLife. — 2014-09-25. — Т. 3. — ISSN 2050-084X. — doi:10.7554/eLife.03430. Архивировано 8 апреля 2018 года.
Kushal Veer Singh, Lovekesh Vig. Improved prediction of missing protein interactome links via anomaly detection (англ.) // Applied Network Science. — 2017-01-28. — Т. 2, вып. 1. — С. 2. — ISSN 2364-8228. — doi:10.1007/s41109-017-0022-7. Архивировано 2 апреля 2017 года.
Robert Hoffmann, Martin Krallinger, Eduardo Andres, Javier Tamames, Christian Blaschke. Text mining for metabolic pathways, signaling cascades, and protein networks // Science's STKE: signal transduction knowledge environment. — 2005-05-10. — Т. 2005, вып. 283. — С. pe21. — ISSN 1525-8882. — doi:10.1126/stke.2832005pe21. Архивировано 8 апреля 2018 года.
Jason McDermott, Roger Bumgarner, Ram Samudrala. Functional annotation from predicted protein interaction networks (англ.) // Bioinformatics. — 2005-08-01. — Vol. 21, iss. 15. — P. 3217–3226. — ISSN 1367-4803. — doi:10.1093/bioinformatics/bti514. Архивировано 30 мая 2018 года.
Seesandra V. Rajagopala, Patricia Sikorski, J. Harry Caufield, Andrey Tovchigrechko, Peter Uetz. Studying protein complexes by the yeast two-hybrid system // Methods (San Diego, Calif.). — December 2012. — Т. 58, вып. 4. — С. 392–399. — ISSN 1095-9130. — doi:10.1016/j.ymeth.2012.07.015. Архивировано 23 июля 2018 года.
Albert-László Barabási, Zoltán N. Oltvai. Network biology: understanding the cell's functional organization // Nature Reviews. Genetics. — February 2004. — Т. 5, вып. 2. — С. 101–113. — ISSN 1471-0056. — doi:10.1038/nrg1272. Архивировано 25 января 2018 года.
Kwang-Il Goh, In-Geol Choi. Exploring the human diseasome: the human disease network // Briefings in Functional Genomics. — November 2012. — Т. 11, вып. 6. — С. 533–542. — ISSN 2041-2657. — doi:10.1093/bfgp/els032. Архивировано 8 апреля 2018 года.
Albert-László Barabási, Natali Gulbahce, Joseph Loscalzo. Network medicine: a network-based approach to human disease // Nature Reviews. Genetics. — January 2011. — Т. 12, вып. 1. — С. 56–68. — ISSN 1471-0064. — doi:10.1038/nrg2918. Архивировано 8 апреля 2018 года.
Roland A. Pache, Arnaud Céol, Patrick Aloy. NetAligner—a network alignment server to compare complexes, pathways and whole interactomes (англ.) // Nucleic Acids Research. — 2012-07-01. — Vol. 40, iss. W1. — P. W157–W161. — ISSN 0305-1048. — doi:10.1093/nar/gks446. Архивировано 30 мая 2018 года.
Cannataro, Mario, 1964-. Data management of protein interaction networks. — Hoboken, N.J.: Wiley, 2011. — 1 online resource (xxxiv, 182 pages) с. — ISBN 9781118103746, 1118103742, 1118103718, 9781118103715.
Laura Bonetta. Protein-protein interactions: Interactome under construction (англ.) // Nature. — 2010-12-09. — Vol. 468, iss. 7325. — P. 851–854. — ISSN 0028-0836. — doi:10.1038/468851a. Архивировано 2 апреля 2017 года.
G. D. Bader, I. Donaldson, C. Wolting, B. F. Ouellette, T. Pawson. BIND--The Biomolecular Interaction Network Database // Nucleic Acids Research. — 2001-01-01. — Т. 29, вып. 1. — С. 242–245. — ISSN 1362-4962. Архивировано 31 мая 2018 года.
Databases in peril (англ.) // Nature Cell Biology. — 2005-07-01. — Vol. 7, iss. 7. — P. 639–639. — ISSN 1465-7392. — doi:10.1038/ncb0705-639b. Архивировано 1 апреля 2017 года.
Sandra Orchard, Mais Ammari, Bruno Aranda, Lionel Breuza, Leonardo Briganti. The MIntAct project--IntAct as a common curation platform for 11 molecular interaction databases // Nucleic Acids Research. — 2014-1. — Т. 42, вып. Database issue. — С. D358–363. — ISSN 1362-4962. — doi:10.1093/nar/gkt1115. Архивировано 31 мая 2018 года.
Kai Xia, Dong Dong, Jing-Dong J. Han. IntNetDB v1.0: an integrated protein-protein interaction network database generated by a probabilistic model // BMC Bioinformatics. — 2006-01-01. — Т. 7. — С. 508. — ISSN 1471-2105. — doi:10.1186/1471-2105-7-508.

yulab.org

hint.yulab.org

High-quality INTeractomes (неопр.). hint.yulab.org. Дата обращения: 1 апреля 2017. Архивировано 1 апреля 2017 года.

zju.edu.cn

bis.zju.edu.cn

Welcome to PRIN - Predicted Rice Interactome Network (неопр.). Oryza sativa protein-protein interactions network. bis.zju.edu.cn. Дата обращения: 1 апреля 2017. Архивировано 11 января 2017 года.
Contact Us (неопр.). Oryza sativa protein-protein interactions network. bis.zju.edu.cn. Дата обращения: 1 апреля 2017. Архивировано 17 марта 2018 года.