Peak calling (Catalan Wikipedia)

Analysis of information sources in references of the Wikipedia article "Peak calling" in Catalan language version.

refsWebsite

Global rank Catalan rank

23doi.org

2^nd place

6^th place

18worldcat.org

5^th place

15nih.gov

4^th place

7^th place

4nature.com

234^th place

127^th place

3plos.org

2,112^th place

1,030^th place

2oup.com

485^th place

330^th place

2sciencemag.org

857^th place

278^th place

1biomedcentral.com

2,747^th place

771^st place

1ijbs.com

low place

1sciencedirect.com

149^th place

111^th place

1github.com

383^rd place

933^rd place

1biorxiv.org

5,061^st place

3,333^rd place

biomedcentral.com (Global: 2,747^th place; Catalan: 771^st place)

humgenomics.biomedcentral.com

Kim, Hyunmin; Kim, Jihye; Selby, Heather; Gao, Dexiang; Tong, Tiejun «A short survey of computational analysis methods in analysing ChIP-seq data» (en anglès). Human Genomics, 5, 2, 2011, pàg. 117. DOI: 10.1186/1479-7364-5-2-117. ISSN: 1479-7364. PMC: PMC3525234. PMID: 21296745.

biorxiv.org (Global: 5,061^st place; Catalan: 3,333^rd place)

Mumbach, Maxwell R.; Rubin, Adam J.; Flynn, Ryan A.; Dai, Chao; Khavari, Paul A. «HiChIP: Efficient and sensitive analysis of protein-directed genome architecture» (en anglès). bioRxiv, 08-09-2016, pàg. 073619. DOI: 10.1101/073619.

doi.org (Global: 2^nd place; Catalan: 6^th place)

dx.doi.org

Wilbanks, Elizabeth G.; Facciotti, Marc T. «Evaluation of Algorithm Performance in ChIP-Seq Peak Detection» (en anglès). PLOS ONE, 5, 7, 07-08-2010, pàg. e11471. DOI: 10.1371/journal.pone.0011471. ISSN: 1932-6203. PMC: PMC2900203. PMID: 20628599.
Stanton, Kelly P.; Jin, Jiaqi; Lederman, Roy R.; Weissman, Sherman M.; Kluger, Yuval «Ritornello: high fidelity control-free chromatin immunoprecipitation peak calling». Nucleic Acids Research, 45, 21, 01-12-2017, pàg. e173. DOI: 10.1093/nar/gkx799. ISSN: 1362-4962. PMC: 5716106. PMID: 28981893.
Boyle, Alan P.; Guinney, Justin; Crawford, Gregory E.; Furey, Terrence S. «F-Seq: a feature density estimator for high-throughput sequence tags». Bioinformatics, 24, 21, 01-11-2008, pàg. 2537–2538. DOI: 10.1093/bioinformatics/btn480. ISSN: 1367-4803. PMC: 2732284. PMID: 18784119.
John, Sam; Sabo, Peter J.; Thurman, Robert E.; Sung, Myong-Hee; Biddie, Simon C. «Chromatin accessibility pre-determines glucocorticoid receptor binding patterns» (en anglès). Nature Genetics, 43, 3, 3-2011, pàg. 264–268. DOI: 10.1038/ng.759. ISSN: 1546-1718. PMC: PMC6386452. PMID: 21258342.
Rashid, Naim U.; Giresi, Paul G.; Ibrahim, Joseph G.; Sun, Wei; Lieb, Jason D. «ZINBA integrates local covariates with DNA-seq data to identify broad and narrow regions of enrichment, even within amplified genomic regions». Genome Biology, 12, 7, 25-07-2011, pàg. R67. DOI: 10.1186/gb-2011-12-7-r67. ISSN: 1474-760X.
Koohy, Hashem; Down, Thomas A.; Spivakov, Mikhail; Hubbard, Tim «A Comparison of Peak Callers Used for DNase-Seq Data» (en anglès). PLoS ONE, 9, 5, 08-05-2014, pàg. e96303. DOI: 10.1371/journal.pone.0096303. ISSN: 1932-6203. PMC: PMC4014496. PMID: 24810143.
Zhang, Yong; Liu, Tao; Meyer, Clifford A; Eeckhoute, Jérôme; Johnson, David S «Model-based Analysis of ChIP-Seq (MACS)». Genome Biology, 9, 9, 2008, pàg. R137. DOI: 10.1186/gb-2008-9-9-r137. ISSN: 1465-6906. PMC: 2592715. PMID: 18798982.
Kharchenko, Peter V.; Tolstorukov, Michael Y.; Park, Peter J. «Design and analysis of ChIP-seq experiments for DNA-binding proteins» (en anglès). Nature Biotechnology, 26, 12, 12-2008, pàg. 1351–1359. DOI: 10.1038/nbt.1508. ISSN: 1546-1696.
Grytten, Ivar; Rand, Knut D.; Nederbragt, Alexander J.; Storvik, Geir O.; Glad, Ingrid K. «Graph Peak Caller: Calling ChIP-seq peaks on graph-based reference genomes» (en anglès). PLOS Computational Biology, 15, 2, 19-02-2019, pàg. e1006731. DOI: 10.1371/journal.pcbi.1006731. ISSN: 1553-7358. PMC: PMC6396939. PMID: 30779737.
Shi, Chenfu; Rattray, Magnus; Orozco, Gisela. «HiChIP-Peaks: A HiChIP peak calling algorithm», 27-06-2019. [Consulta: 3 desembre 2020].
Robertson, Gordon; Hirst, Martin; Bainbridge, Matthew; Bilenky, Misha; Zhao, Yongjun «Genome-wide profiles of STAT1 DNA association using chromatin immunoprecipitation and massively parallel sequencing» (en anglès). Nature Methods, 4, 8, 8-2007, pàg. 651–657. DOI: 10.1038/nmeth1068. ISSN: 1548-7091.
Xu, Han; Handoko, Lusy; Wei, Xueliang; Ye, Chaopeng; Sheng, Jianpeng «A signal–noise model for significance analysis of ChIP-seq with negative control» (en anglès). Bioinformatics, 26, 9, 01-05-2010, pàg. 1199–1204. DOI: 10.1093/bioinformatics/btq128. ISSN: 1460-2059.
Zang, Chongzhi; Schones, Dustin E.; Zeng, Chen; Cui, Kairong; Zhao, Keji «A clustering approach for identification of enriched domains from histone modification ChIP-Seq data» (en anglès). Bioinformatics, 25, 15, 01-08-2009, pàg. 1952–1958. DOI: 10.1093/bioinformatics/btp340. ISSN: 1460-2059. PMC: PMC2732366. PMID: 19505939.
Kim, Hyunmin; Kim, Jihye; Selby, Heather; Gao, Dexiang; Tong, Tiejun «A short survey of computational analysis methods in analysing ChIP-seq data» (en anglès). Human Genomics, 5, 2, 2011, pàg. 117. DOI: 10.1186/1479-7364-5-2-117. ISSN: 1479-7364. PMC: PMC3525234. PMID: 21296745.
Johnson, David S.; Mortazavi, Ali; Myers, Richard M.; Wold, Barbara «Genome-Wide Mapping of in Vivo Protein-DNA Interactions» (en anglès). Science, 316, 5830, 08-06-2007, pàg. 1497–1502. DOI: 10.1126/science.1141319. ISSN: 0036-8075. PMID: 17540862.
«TFmapper: A Tool for Searching Putative Factors Regulating Gene Expression Using ChIP-seq Data». DOI: 10.7150/ijbs.28850. [Consulta: 2 desembre 2020].
Pepke, Shirley; Wold, Barbara; Mortazavi, Ali «Computation for ChIP-seq and RNA-seq studies». Nature methods, 6, 11 0, 11-2009, pàg. S22–S32. DOI: 10.1038/nmeth.1371. ISSN: 1548-7091. PMC: 4121056. PMID: 19844228.
Neary, Jennifer L.; Carless, Melanie A. Chapter Nine - Methylated DNA immunoprecipitation sequencing (MeDIP-seq): Principles and applications (en anglès). 18. Academic Press, 2020, p. 157–179. DOI 10.1016/b978-0-12-819414-0.00009-4.
Feng, Jianxing; Liu, Tao; Qin, Bo; Zhang, Yong; Liu, Xiaole Shirley «Identifying ChIP-seq enrichment using MACS» (en anglès). Nature Protocols, 7, 9, 9-2012, pàg. 1728–1740. DOI: 10.1038/nprot.2012.101. ISSN: 1754-2189. PMC: PMC3868217. PMID: 22936215.
Kharchenko, Peter V.; Tolstorukov, Michael Y.; Park, Peter J. «Design and analysis of ChIP-seq experiments for DNA-binding proteins». Nature biotechnology, 26, 12, 12-2008, pàg. 1351–1359. DOI: 10.1038/nbt.1508. ISSN: 1087-0156. PMC: 2597701. PMID: 19029915.
Mumbach, Maxwell R.; Rubin, Adam J.; Flynn, Ryan A.; Dai, Chao; Khavari, Paul A. «HiChIP: Efficient and sensitive analysis of protein-directed genome architecture» (en anglès). bioRxiv, 08-09-2016, pàg. 073619. DOI: 10.1101/073619.
Lieberman-Aiden, Erez; Berkum, Nynke L. van; Williams, Louise; Imakaev, Maxim; Ragoczy, Tobias «Comprehensive Mapping of Long-Range Interactions Reveals Folding Principles of the Human Genome» (en anglès). Science, 326, 5950, 09-10-2009, pàg. 289–293. DOI: 10.1126/science.1181369. ISSN: 0036-8075. PMC: PMC2858594. PMID: 19815776.

doi.org

Rashid, Naim U.; Giresi, Paul G.; Ibrahim, Joseph G.; Sun, Wei; Lieb, Jason D. «ZINBA integrates local covariates with DNA-seq data to identify broad and narrow regions of enrichment, even within amplified genomic regions». Genome Biology, 12, 7, 25-07-2011, pàg. R67. DOI: 10.1186/gb-2011-12-7-r67. ISSN: 1474-760X.

github.com (Global: 383^rd place; Catalan: 933^rd place)

«Advanced: Call peaks using MACS2 subcommands» (en anglès). Liu, T., 22-03-2017. [Consulta: 2 desembre 2020].

ijbs.com (Global: low place; Catalan: low place)

«TFmapper: A Tool for Searching Putative Factors Regulating Gene Expression Using ChIP-seq Data». DOI: 10.7150/ijbs.28850. [Consulta: 2 desembre 2020].

nature.com (Global: 234^th place; Catalan: 127^th place)

John, Sam; Sabo, Peter J.; Thurman, Robert E.; Sung, Myong-Hee; Biddie, Simon C. «Chromatin accessibility pre-determines glucocorticoid receptor binding patterns» (en anglès). Nature Genetics, 43, 3, 3-2011, pàg. 264–268. DOI: 10.1038/ng.759. ISSN: 1546-1718. PMC: PMC6386452. PMID: 21258342.
Kharchenko, Peter V.; Tolstorukov, Michael Y.; Park, Peter J. «Design and analysis of ChIP-seq experiments for DNA-binding proteins» (en anglès). Nature Biotechnology, 26, 12, 12-2008, pàg. 1351–1359. DOI: 10.1038/nbt.1508. ISSN: 1546-1696.
Robertson, Gordon; Hirst, Martin; Bainbridge, Matthew; Bilenky, Misha; Zhao, Yongjun «Genome-wide profiles of STAT1 DNA association using chromatin immunoprecipitation and massively parallel sequencing» (en anglès). Nature Methods, 4, 8, 8-2007, pàg. 651–657. DOI: 10.1038/nmeth1068. ISSN: 1548-7091.
Feng, Jianxing; Liu, Tao; Qin, Bo; Zhang, Yong; Liu, Xiaole Shirley «Identifying ChIP-seq enrichment using MACS» (en anglès). Nature Protocols, 7, 9, 9-2012, pàg. 1728–1740. DOI: 10.1038/nprot.2012.101. ISSN: 1754-2189. PMC: PMC3868217. PMID: 22936215.

nih.gov (Global: 4^th place; Catalan: 7^th place)

ncbi.nlm.nih.gov

Wilbanks, Elizabeth G.; Facciotti, Marc T. «Evaluation of Algorithm Performance in ChIP-Seq Peak Detection» (en anglès). PLOS ONE, 5, 7, 07-08-2010, pàg. e11471. DOI: 10.1371/journal.pone.0011471. ISSN: 1932-6203. PMC: PMC2900203. PMID: 20628599.
Stanton, Kelly P.; Jin, Jiaqi; Lederman, Roy R.; Weissman, Sherman M.; Kluger, Yuval «Ritornello: high fidelity control-free chromatin immunoprecipitation peak calling». Nucleic Acids Research, 45, 21, 01-12-2017, pàg. e173. DOI: 10.1093/nar/gkx799. ISSN: 1362-4962. PMC: 5716106. PMID: 28981893.
Boyle, Alan P.; Guinney, Justin; Crawford, Gregory E.; Furey, Terrence S. «F-Seq: a feature density estimator for high-throughput sequence tags». Bioinformatics, 24, 21, 01-11-2008, pàg. 2537–2538. DOI: 10.1093/bioinformatics/btn480. ISSN: 1367-4803. PMC: 2732284. PMID: 18784119.
John, Sam; Sabo, Peter J.; Thurman, Robert E.; Sung, Myong-Hee; Biddie, Simon C. «Chromatin accessibility pre-determines glucocorticoid receptor binding patterns» (en anglès). Nature Genetics, 43, 3, 3-2011, pàg. 264–268. DOI: 10.1038/ng.759. ISSN: 1546-1718. PMC: PMC6386452. PMID: 21258342.
Koohy, Hashem; Down, Thomas A.; Spivakov, Mikhail; Hubbard, Tim «A Comparison of Peak Callers Used for DNase-Seq Data» (en anglès). PLoS ONE, 9, 5, 08-05-2014, pàg. e96303. DOI: 10.1371/journal.pone.0096303. ISSN: 1932-6203. PMC: PMC4014496. PMID: 24810143.
Zhang, Yong; Liu, Tao; Meyer, Clifford A; Eeckhoute, Jérôme; Johnson, David S «Model-based Analysis of ChIP-Seq (MACS)». Genome Biology, 9, 9, 2008, pàg. R137. DOI: 10.1186/gb-2008-9-9-r137. ISSN: 1465-6906. PMC: 2592715. PMID: 18798982.
Grytten, Ivar; Rand, Knut D.; Nederbragt, Alexander J.; Storvik, Geir O.; Glad, Ingrid K. «Graph Peak Caller: Calling ChIP-seq peaks on graph-based reference genomes» (en anglès). PLOS Computational Biology, 15, 2, 19-02-2019, pàg. e1006731. DOI: 10.1371/journal.pcbi.1006731. ISSN: 1553-7358. PMC: PMC6396939. PMID: 30779737.
Zang, Chongzhi; Schones, Dustin E.; Zeng, Chen; Cui, Kairong; Zhao, Keji «A clustering approach for identification of enriched domains from histone modification ChIP-Seq data» (en anglès). Bioinformatics, 25, 15, 01-08-2009, pàg. 1952–1958. DOI: 10.1093/bioinformatics/btp340. ISSN: 1460-2059. PMC: PMC2732366. PMID: 19505939.
Kim, Hyunmin; Kim, Jihye; Selby, Heather; Gao, Dexiang; Tong, Tiejun «A short survey of computational analysis methods in analysing ChIP-seq data» (en anglès). Human Genomics, 5, 2, 2011, pàg. 117. DOI: 10.1186/1479-7364-5-2-117. ISSN: 1479-7364. PMC: PMC3525234. PMID: 21296745.
Johnson, David S.; Mortazavi, Ali; Myers, Richard M.; Wold, Barbara «Genome-Wide Mapping of in Vivo Protein-DNA Interactions» (en anglès). Science, 316, 5830, 08-06-2007, pàg. 1497–1502. DOI: 10.1126/science.1141319. ISSN: 0036-8075. PMID: 17540862.
Pepke, Shirley; Wold, Barbara; Mortazavi, Ali «Computation for ChIP-seq and RNA-seq studies». Nature methods, 6, 11 0, 11-2009, pàg. S22–S32. DOI: 10.1038/nmeth.1371. ISSN: 1548-7091. PMC: 4121056. PMID: 19844228.
Feng, Jianxing; Liu, Tao; Qin, Bo; Zhang, Yong; Liu, Xiaole Shirley «Identifying ChIP-seq enrichment using MACS» (en anglès). Nature Protocols, 7, 9, 9-2012, pàg. 1728–1740. DOI: 10.1038/nprot.2012.101. ISSN: 1754-2189. PMC: PMC3868217. PMID: 22936215.
Kharchenko, Peter V.; Tolstorukov, Michael Y.; Park, Peter J. «Design and analysis of ChIP-seq experiments for DNA-binding proteins». Nature biotechnology, 26, 12, 12-2008, pàg. 1351–1359. DOI: 10.1038/nbt.1508. ISSN: 1087-0156. PMC: 2597701. PMID: 19029915.
Lieberman-Aiden, Erez; Berkum, Nynke L. van; Williams, Louise; Imakaev, Maxim; Ragoczy, Tobias «Comprehensive Mapping of Long-Range Interactions Reveals Folding Principles of the Human Genome» (en anglès). Science, 326, 5950, 09-10-2009, pàg. 289–293. DOI: 10.1126/science.1181369. ISSN: 0036-8075. PMC: PMC2858594. PMID: 19815776.

pubmed.ncbi.nlm.nih.gov

Stanton, Kelly P.; Jin, Jiaqi; Lederman, Roy R.; Weissman, Sherman M.; Kluger, Yuval «Ritornello: high fidelity control-free chromatin immunoprecipitation peak calling». Nucleic Acids Research, 45, 21, 01-12-2017, pàg. e173. DOI: 10.1093/nar/gkx799. ISSN: 1362-4962. PMC: 5716106. PMID: 28981893.

oup.com (Global: 485^th place; Catalan: 330^th place)

academic.oup.com

Xu, Han; Handoko, Lusy; Wei, Xueliang; Ye, Chaopeng; Sheng, Jianpeng «A signal–noise model for significance analysis of ChIP-seq with negative control» (en anglès). Bioinformatics, 26, 9, 01-05-2010, pàg. 1199–1204. DOI: 10.1093/bioinformatics/btq128. ISSN: 1460-2059.
Zang, Chongzhi; Schones, Dustin E.; Zeng, Chen; Cui, Kairong; Zhao, Keji «A clustering approach for identification of enriched domains from histone modification ChIP-Seq data» (en anglès). Bioinformatics, 25, 15, 01-08-2009, pàg. 1952–1958. DOI: 10.1093/bioinformatics/btp340. ISSN: 1460-2059. PMC: PMC2732366. PMID: 19505939.

plos.org (Global: 2,112^th place; Catalan: 1,030^th place)

journals.plos.org

Wilbanks, Elizabeth G.; Facciotti, Marc T. «Evaluation of Algorithm Performance in ChIP-Seq Peak Detection» (en anglès). PLOS ONE, 5, 7, 07-08-2010, pàg. e11471. DOI: 10.1371/journal.pone.0011471. ISSN: 1932-6203. PMC: PMC2900203. PMID: 20628599.
Grytten, Ivar; Rand, Knut D.; Nederbragt, Alexander J.; Storvik, Geir O.; Glad, Ingrid K. «Graph Peak Caller: Calling ChIP-seq peaks on graph-based reference genomes» (en anglès). PLOS Computational Biology, 15, 2, 19-02-2019, pàg. e1006731. DOI: 10.1371/journal.pcbi.1006731. ISSN: 1553-7358. PMC: PMC6396939. PMID: 30779737.

dx.plos.org

Koohy, Hashem; Down, Thomas A.; Spivakov, Mikhail; Hubbard, Tim «A Comparison of Peak Callers Used for DNase-Seq Data» (en anglès). PLoS ONE, 9, 5, 08-05-2014, pàg. e96303. DOI: 10.1371/journal.pone.0096303. ISSN: 1932-6203. PMC: PMC4014496. PMID: 24810143.

sciencedirect.com (Global: 149^th place; Catalan: 111^th place)

Neary, Jennifer L.; Carless, Melanie A. Chapter Nine - Methylated DNA immunoprecipitation sequencing (MeDIP-seq): Principles and applications (en anglès). 18. Academic Press, 2020, p. 157–179. DOI 10.1016/b978-0-12-819414-0.00009-4.

sciencemag.org (Global: 857^th place; Catalan: 278^th place)

science.sciencemag.org

Johnson, David S.; Mortazavi, Ali; Myers, Richard M.; Wold, Barbara «Genome-Wide Mapping of in Vivo Protein-DNA Interactions» (en anglès). Science, 316, 5830, 08-06-2007, pàg. 1497–1502. DOI: 10.1126/science.1141319. ISSN: 0036-8075. PMID: 17540862.
Lieberman-Aiden, Erez; Berkum, Nynke L. van; Williams, Louise; Imakaev, Maxim; Ragoczy, Tobias «Comprehensive Mapping of Long-Range Interactions Reveals Folding Principles of the Human Genome» (en anglès). Science, 326, 5950, 09-10-2009, pàg. 289–293. DOI: 10.1126/science.1181369. ISSN: 0036-8075. PMC: PMC2858594. PMID: 19815776.

worldcat.org (Global: 5^th place; Catalan: 5^th place)

Wilbanks, Elizabeth G.; Facciotti, Marc T. «Evaluation of Algorithm Performance in ChIP-Seq Peak Detection» (en anglès). PLOS ONE, 5, 7, 07-08-2010, pàg. e11471. DOI: 10.1371/journal.pone.0011471. ISSN: 1932-6203. PMC: PMC2900203. PMID: 20628599.
Stanton, Kelly P.; Jin, Jiaqi; Lederman, Roy R.; Weissman, Sherman M.; Kluger, Yuval «Ritornello: high fidelity control-free chromatin immunoprecipitation peak calling». Nucleic Acids Research, 45, 21, 01-12-2017, pàg. e173. DOI: 10.1093/nar/gkx799. ISSN: 1362-4962. PMC: 5716106. PMID: 28981893.
Boyle, Alan P.; Guinney, Justin; Crawford, Gregory E.; Furey, Terrence S. «F-Seq: a feature density estimator for high-throughput sequence tags». Bioinformatics, 24, 21, 01-11-2008, pàg. 2537–2538. DOI: 10.1093/bioinformatics/btn480. ISSN: 1367-4803. PMC: 2732284. PMID: 18784119.
John, Sam; Sabo, Peter J.; Thurman, Robert E.; Sung, Myong-Hee; Biddie, Simon C. «Chromatin accessibility pre-determines glucocorticoid receptor binding patterns» (en anglès). Nature Genetics, 43, 3, 3-2011, pàg. 264–268. DOI: 10.1038/ng.759. ISSN: 1546-1718. PMC: PMC6386452. PMID: 21258342.
Rashid, Naim U.; Giresi, Paul G.; Ibrahim, Joseph G.; Sun, Wei; Lieb, Jason D. «ZINBA integrates local covariates with DNA-seq data to identify broad and narrow regions of enrichment, even within amplified genomic regions». Genome Biology, 12, 7, 25-07-2011, pàg. R67. DOI: 10.1186/gb-2011-12-7-r67. ISSN: 1474-760X.
Koohy, Hashem; Down, Thomas A.; Spivakov, Mikhail; Hubbard, Tim «A Comparison of Peak Callers Used for DNase-Seq Data» (en anglès). PLoS ONE, 9, 5, 08-05-2014, pàg. e96303. DOI: 10.1371/journal.pone.0096303. ISSN: 1932-6203. PMC: PMC4014496. PMID: 24810143.
Zhang, Yong; Liu, Tao; Meyer, Clifford A; Eeckhoute, Jérôme; Johnson, David S «Model-based Analysis of ChIP-Seq (MACS)». Genome Biology, 9, 9, 2008, pàg. R137. DOI: 10.1186/gb-2008-9-9-r137. ISSN: 1465-6906. PMC: 2592715. PMID: 18798982.
Kharchenko, Peter V.; Tolstorukov, Michael Y.; Park, Peter J. «Design and analysis of ChIP-seq experiments for DNA-binding proteins» (en anglès). Nature Biotechnology, 26, 12, 12-2008, pàg. 1351–1359. DOI: 10.1038/nbt.1508. ISSN: 1546-1696.
Grytten, Ivar; Rand, Knut D.; Nederbragt, Alexander J.; Storvik, Geir O.; Glad, Ingrid K. «Graph Peak Caller: Calling ChIP-seq peaks on graph-based reference genomes» (en anglès). PLOS Computational Biology, 15, 2, 19-02-2019, pàg. e1006731. DOI: 10.1371/journal.pcbi.1006731. ISSN: 1553-7358. PMC: PMC6396939. PMID: 30779737.
Robertson, Gordon; Hirst, Martin; Bainbridge, Matthew; Bilenky, Misha; Zhao, Yongjun «Genome-wide profiles of STAT1 DNA association using chromatin immunoprecipitation and massively parallel sequencing» (en anglès). Nature Methods, 4, 8, 8-2007, pàg. 651–657. DOI: 10.1038/nmeth1068. ISSN: 1548-7091.
Xu, Han; Handoko, Lusy; Wei, Xueliang; Ye, Chaopeng; Sheng, Jianpeng «A signal–noise model for significance analysis of ChIP-seq with negative control» (en anglès). Bioinformatics, 26, 9, 01-05-2010, pàg. 1199–1204. DOI: 10.1093/bioinformatics/btq128. ISSN: 1460-2059.
Zang, Chongzhi; Schones, Dustin E.; Zeng, Chen; Cui, Kairong; Zhao, Keji «A clustering approach for identification of enriched domains from histone modification ChIP-Seq data» (en anglès). Bioinformatics, 25, 15, 01-08-2009, pàg. 1952–1958. DOI: 10.1093/bioinformatics/btp340. ISSN: 1460-2059. PMC: PMC2732366. PMID: 19505939.
Kim, Hyunmin; Kim, Jihye; Selby, Heather; Gao, Dexiang; Tong, Tiejun «A short survey of computational analysis methods in analysing ChIP-seq data» (en anglès). Human Genomics, 5, 2, 2011, pàg. 117. DOI: 10.1186/1479-7364-5-2-117. ISSN: 1479-7364. PMC: PMC3525234. PMID: 21296745.
Johnson, David S.; Mortazavi, Ali; Myers, Richard M.; Wold, Barbara «Genome-Wide Mapping of in Vivo Protein-DNA Interactions» (en anglès). Science, 316, 5830, 08-06-2007, pàg. 1497–1502. DOI: 10.1126/science.1141319. ISSN: 0036-8075. PMID: 17540862.
Pepke, Shirley; Wold, Barbara; Mortazavi, Ali «Computation for ChIP-seq and RNA-seq studies». Nature methods, 6, 11 0, 11-2009, pàg. S22–S32. DOI: 10.1038/nmeth.1371. ISSN: 1548-7091. PMC: 4121056. PMID: 19844228.
Feng, Jianxing; Liu, Tao; Qin, Bo; Zhang, Yong; Liu, Xiaole Shirley «Identifying ChIP-seq enrichment using MACS» (en anglès). Nature Protocols, 7, 9, 9-2012, pàg. 1728–1740. DOI: 10.1038/nprot.2012.101. ISSN: 1754-2189. PMC: PMC3868217. PMID: 22936215.
Kharchenko, Peter V.; Tolstorukov, Michael Y.; Park, Peter J. «Design and analysis of ChIP-seq experiments for DNA-binding proteins». Nature biotechnology, 26, 12, 12-2008, pàg. 1351–1359. DOI: 10.1038/nbt.1508. ISSN: 1087-0156. PMC: 2597701. PMID: 19029915.
Lieberman-Aiden, Erez; Berkum, Nynke L. van; Williams, Louise; Imakaev, Maxim; Ragoczy, Tobias «Comprehensive Mapping of Long-Range Interactions Reveals Folding Principles of the Human Genome» (en anglès). Science, 326, 5950, 09-10-2009, pàg. 289–293. DOI: 10.1126/science.1181369. ISSN: 0036-8075. PMC: PMC2858594. PMID: 19815776.

Peak calling (Catalan Wikipedia)

biomedcentral.com (Global: 2,747th place; Catalan: 771st place)

humgenomics.biomedcentral.com

biorxiv.org (Global: 5,061st place; Catalan: 3,333rd place)

doi.org (Global: 2nd place; Catalan: 6th place)