«Rosette@home». Laboratori Baker. [Consulta: 22 octubre 2024].
«What is Rosetta@home?» (en anglès). Fòrums de Rosetta@home. Universitat de Washington. Arxivat de l'original el 2008-09-13. [Consulta: 7 setembre 2008].
«Rosetta@home: Research Overview» (en anglès). Rosetta@home. University of Washington, 2007. Arxivat de l'original el 2008-09-25. [Consulta: 7 octubre 2008].
«Disease Related Research» (en anglès). Rosetta@home. Universitat de Washington, 2008. Arxivat de l'original el 2008-09-23. [Consulta: 8 octubre 2008].
Lensink MF, Méndez R, Wodak SJ «Docking and scoring protein complexes: CAPRI 3rd Edition» (en anglès). Proteins, 69, 4, Desembre 2007, pàg. 704–18. DOI: 10.1002/prot.21804. PMID: 17918726.
Kopp J, Bordoli L, Battey JN, Kiefer F, Schwede T «Assessment of CASP7 predictions for template-based modeling targets» (en anglès). Proteins, 69 Suppl 8, 2007, pàg. 38–56. DOI: 10.1002/prot.21753. PMID: 17894352.
Read RJ, Chavali G «Assessment of CASP7 predictions in the high accuracy template-based modeling category» (en anglès). Proteins, 69 Suppl 8, 2007, pàg. 27–37. DOI: 10.1002/prot.21662. PMID: 17894351.
Jauch R, Yeo HC, Kolatkar PR, Clarke ND «Assessment of CASP7 structure predictions for template free targets» (en anglès). Proteins, 69 Suppl 8, 2007, pàg. 57–67. DOI: 10.1002/prot.21771. PMID: 17894330.
Das R, Qian B, Raman S, et al. «Structure prediction for CASP7 targets using extensive all-atom refinement with Rosetta@home» (en anglès). Proteins, 69 Suppl 8, 2007, pàg. 118–28. DOI: 10.1002/prot.21636. PMID: 17894356.
Wang C, Schueler-Furman O, Andre I, et al. «RosettaDock in CAPRI rounds 6–12» (en anglès). Proteins, 69, 4, desembre 2007, pàg. 758–63. DOI: 10.1002/prot.21684. PMID: 17671979.
Jiang L, Althoff EA, Clemente FR et al. «De novo computational design of retro-aldol enzymes» (en anglès). Science, 319, 5868, Març 2008, pàg. 1387–91. DOI: 10.1126/science.1152692. PMID: 18323453.
Hayden EC «Protein prize up for grabs after retraction» (en anglès). Nature, 13-02-2008. DOI: 10.1038/news.2008.569.
Kuhlman B i Baker D «Native protein sequences are close to optimal for their structures» (en anglès). Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 97, 19, Setembre 2000, pàg. 10383–8. DOI: 10.1073/pnas.97.19.10383. PMC: 27033. PMID: 10984534.
Thompson MJ, Sievers SA, Karanicolas J, Ivanova MI, Baker D i Eisenberg D «The 3D profile method for identifying fibril-forming segments of proteins» (en anglès). Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 103, 11, Març 2006, pàg. 4074–8. DOI: 10.1073/pnas.0511295103. PMC: 1449648. PMID: 16537487.
Wang C, Schueler-Furman O; Baker D «Improved side-chain modeling for protein–protein docking» (en anglès). Protein science : a publication of the Protein Society, 14, 5, Maig 2005, pàg. 1328–39. DOI: 10.1110/ps.041222905. PMC: 2253276. PMID: 15802647.
Gray JJ, Moughon S, Wang C, et al. «Protein–protein docking with simultaneous optimization of rigid-body displacement and side-chain conformations» (en anglès). Journal of molecular biology, 331, 1, Agost 2003, pàg. 281–99. DOI: 10.1016/S0022-2836(03)00670-3. PMID: 12875852.
Schueler-Furman O, Wang C i Baker D «Progress in protein-protein docking: atomic resolution predictions in the CAPRI experiment using RosettaDock with an improved treatment of side-chain flexibility» (en anglès). Proteins, 60, 2, Agost 2005, pàg. 187–94. DOI: 10.1002/prot.20556. PMID: 15981249.
Lacy DB, Lin HC, Melnyk RA, et al. «A model of anthrax toxin lethal factor bound to protective antigen» (en anglès). Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 102, 45, Novembre 2005, pàg. 16409–14. DOI: 10.1073/pnas.0508259102. PMC: 1283467. PMID: 16251269.
Albrecht MT, Li H, Williamson ED, et al. «Human monoclonal antibodies against anthrax lethal factor and protective antigen act independently to protect against Bacillus anthracis infection and enhance endogenous immunity to anthrax» (en anglès). Infection and immunity, 75, 11, Novembre 2007, pàg. 5425–33. DOI: 10.1128/IAI.00261-07. PMC: 2168292. PMID: 17646360.
Sprague ER, Wang C, Baker D i Bjorkman PJ «Crystal structure of the HSV-1 Fc receptor bound to Fc reveals a mechanism for antibody bipolar bridging» (en anglès). PLoS biology, 4, 6, Juny 2006, pàg. e148. DOI: 10.1371/journal.pbio.0040148. PMC: 1450327. PMID: 16646632.
Windbichler N; Papathanos PA; Catteruccia F; Ranson H; Burt A; Crisanti A «Homing endonuclease mediated gene targeting in Anopheles gambiae cells and embryos» (en anglès). Nucleic Acids Research, 35, 17, 2007, pàg. 5922–33. DOI: 10.1093/nar/gkm632. PMC: 2034484. PMID: 17726053.
Ashworth J; Havranek JJ; Duarte CM; et al. «Computational redesign of endonuclease DNA binding and cleavage specificity» (en anglès). Nature, 441, 7093, juny 2006, pàg. 656–9. DOI: 10.1038/nature04818. PMC: 2999987. PMID: 16738662.
Nauli S; Kuhlman B; Baker D; «Computer-based redesign of a protein folding pathway» (en anglès). Nature Structural Biology, 8, 7, Juliol 2001, pàg. 602–5. DOI: 10.1038/89638. PMID: 11427890.
Kuhlman B; Dantas G; Ireton GC; Varani G; Stoddard BL; Baker D; «Design of a novel globular protein fold with atomic-level accuracy» (en anglès). Science, 302, 5649, Novembre 2003, pàg. 1364–8. Bibcode: 2003Sci...302.1364K. DOI: 10.1126/science.1089427. PMID: 14631033.
Jones DT «Structural biology. Learning to speak the language of proteins» (en anglès). Science, 302, 5649, Novembre 2003, pàg. 1347–8. DOI: 10.1126/science.1092492. PMID: 14631028.
von Grotthuss M; Wyrwicz LS; Pas J; Rychlewski L; «Predicting protein structures accurately». Science, 304, 5677, Juny 2004, pàg. 1597–9; resposta de l'autor 1597–9. DOI: 10.1126/science.304.5677.1597b. PMID: 15192202.
Gray JJ; Moughon SE; Kortemme T. et al. «Protein-protein docking predictions for the CAPRI experiment» (en anglès). Proteins, 52, 1, Juliol 2003, pàg. 118–22. DOI: 10.1002/prot.10384. PMID: 12784377.
Aloy P; Stark A; Hadley C; Russell RB «Predictions without templates: new folds, secondary structure, and contacts in CASP5» (en anglès). Proteins, 53 Suppl 6, 2003, pàg. 436–56. DOI: 10.1002/prot.10546. PMID: 14579333.
Tress M; Ezkurdia I; Graña O; López G; Valencia A «Assessment of predictions submitted for the CASP6 comparative modeling category» (en anglès). Proteins, 61 Suppl 7, 2005, pàg. 27–45. DOI: 10.1002/prot.20720. PMID: 16187345.
Battey JN; Kopp J; Bordoli L; Read RJ; Clarke ND; Schwede T «Automated server predictions in CASP7» (en anglès). Proteins, 69 Suppl 8, 2007, pàg. 68–82. DOI: 10.1002/prot.21761. PMID: 17894354.
Chivian D; Kim DE; Malmström L; Schonbrun J; Rohl CA; Baker D «Prediction of CASP6 structures using automated Robetta protocols» (en anglès). Proteins, 61 Suppl 7, 2005, pàg. 157–66. DOI: 10.1002/prot.20733. PMID: 16187358.
Malmström L, Riffle M, Strauss CE et al. «Superfamily assignments for the yeast proteome through integration of structure prediction with the gene ontology» (en anglès). PLoS Biology, 5, 4, Abril 2007, pàg. e76. DOI: 10.1371/journal.pbio.0050076. PMC: 1828141. PMID: 17373854.
«RosettaDock server» (en anglès). Laboratori Grey. Johns Hopkins University. [Consulta: 7 setembre 2008].
nih.gov
ncbi.nlm.nih.gov
Lensink MF, Méndez R, Wodak SJ «Docking and scoring protein complexes: CAPRI 3rd Edition» (en anglès). Proteins, 69, 4, Desembre 2007, pàg. 704–18. DOI: 10.1002/prot.21804. PMID: 17918726.
Kopp J, Bordoli L, Battey JN, Kiefer F, Schwede T «Assessment of CASP7 predictions for template-based modeling targets» (en anglès). Proteins, 69 Suppl 8, 2007, pàg. 38–56. DOI: 10.1002/prot.21753. PMID: 17894352.
Read RJ, Chavali G «Assessment of CASP7 predictions in the high accuracy template-based modeling category» (en anglès). Proteins, 69 Suppl 8, 2007, pàg. 27–37. DOI: 10.1002/prot.21662. PMID: 17894351.
Jauch R, Yeo HC, Kolatkar PR, Clarke ND «Assessment of CASP7 structure predictions for template free targets» (en anglès). Proteins, 69 Suppl 8, 2007, pàg. 57–67. DOI: 10.1002/prot.21771. PMID: 17894330.
Das R, Qian B, Raman S, et al. «Structure prediction for CASP7 targets using extensive all-atom refinement with Rosetta@home» (en anglès). Proteins, 69 Suppl 8, 2007, pàg. 118–28. DOI: 10.1002/prot.21636. PMID: 17894356.
Wang C, Schueler-Furman O, Andre I, et al. «RosettaDock in CAPRI rounds 6–12» (en anglès). Proteins, 69, 4, desembre 2007, pàg. 758–63. DOI: 10.1002/prot.21684. PMID: 17671979.
Jiang L, Althoff EA, Clemente FR et al. «De novo computational design of retro-aldol enzymes» (en anglès). Science, 319, 5868, Març 2008, pàg. 1387–91. DOI: 10.1126/science.1152692. PMID: 18323453.
Kuhlman B i Baker D «Native protein sequences are close to optimal for their structures» (en anglès). Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 97, 19, Setembre 2000, pàg. 10383–8. DOI: 10.1073/pnas.97.19.10383. PMC: 27033. PMID: 10984534.
Thompson MJ, Sievers SA, Karanicolas J, Ivanova MI, Baker D i Eisenberg D «The 3D profile method for identifying fibril-forming segments of proteins» (en anglès). Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 103, 11, Març 2006, pàg. 4074–8. DOI: 10.1073/pnas.0511295103. PMC: 1449648. PMID: 16537487.
Wang C, Schueler-Furman O; Baker D «Improved side-chain modeling for protein–protein docking» (en anglès). Protein science : a publication of the Protein Society, 14, 5, Maig 2005, pàg. 1328–39. DOI: 10.1110/ps.041222905. PMC: 2253276. PMID: 15802647.
Gray JJ, Moughon S, Wang C, et al. «Protein–protein docking with simultaneous optimization of rigid-body displacement and side-chain conformations» (en anglès). Journal of molecular biology, 331, 1, Agost 2003, pàg. 281–99. DOI: 10.1016/S0022-2836(03)00670-3. PMID: 12875852.
Schueler-Furman O, Wang C i Baker D «Progress in protein-protein docking: atomic resolution predictions in the CAPRI experiment using RosettaDock with an improved treatment of side-chain flexibility» (en anglès). Proteins, 60, 2, Agost 2005, pàg. 187–94. DOI: 10.1002/prot.20556. PMID: 15981249.
Lacy DB, Lin HC, Melnyk RA, et al. «A model of anthrax toxin lethal factor bound to protective antigen» (en anglès). Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 102, 45, Novembre 2005, pàg. 16409–14. DOI: 10.1073/pnas.0508259102. PMC: 1283467. PMID: 16251269.
Albrecht MT, Li H, Williamson ED, et al. «Human monoclonal antibodies against anthrax lethal factor and protective antigen act independently to protect against Bacillus anthracis infection and enhance endogenous immunity to anthrax» (en anglès). Infection and immunity, 75, 11, Novembre 2007, pàg. 5425–33. DOI: 10.1128/IAI.00261-07. PMC: 2168292. PMID: 17646360.
Sprague ER, Wang C, Baker D i Bjorkman PJ «Crystal structure of the HSV-1 Fc receptor bound to Fc reveals a mechanism for antibody bipolar bridging» (en anglès). PLoS biology, 4, 6, Juny 2006, pàg. e148. DOI: 10.1371/journal.pbio.0040148. PMC: 1450327. PMID: 16646632.
Windbichler N; Papathanos PA; Catteruccia F; Ranson H; Burt A; Crisanti A «Homing endonuclease mediated gene targeting in Anopheles gambiae cells and embryos» (en anglès). Nucleic Acids Research, 35, 17, 2007, pàg. 5922–33. DOI: 10.1093/nar/gkm632. PMC: 2034484. PMID: 17726053.
Ashworth J; Havranek JJ; Duarte CM; et al. «Computational redesign of endonuclease DNA binding and cleavage specificity» (en anglès). Nature, 441, 7093, juny 2006, pàg. 656–9. DOI: 10.1038/nature04818. PMC: 2999987. PMID: 16738662.
Nauli S; Kuhlman B; Baker D; «Computer-based redesign of a protein folding pathway» (en anglès). Nature Structural Biology, 8, 7, Juliol 2001, pàg. 602–5. DOI: 10.1038/89638. PMID: 11427890.
Kuhlman B; Dantas G; Ireton GC; Varani G; Stoddard BL; Baker D; «Design of a novel globular protein fold with atomic-level accuracy» (en anglès). Science, 302, 5649, Novembre 2003, pàg. 1364–8. Bibcode: 2003Sci...302.1364K. DOI: 10.1126/science.1089427. PMID: 14631033.
Jones DT «Structural biology. Learning to speak the language of proteins» (en anglès). Science, 302, 5649, Novembre 2003, pàg. 1347–8. DOI: 10.1126/science.1092492. PMID: 14631028.
von Grotthuss M; Wyrwicz LS; Pas J; Rychlewski L; «Predicting protein structures accurately». Science, 304, 5677, Juny 2004, pàg. 1597–9; resposta de l'autor 1597–9. DOI: 10.1126/science.304.5677.1597b. PMID: 15192202.
Gray JJ; Moughon SE; Kortemme T. et al. «Protein-protein docking predictions for the CAPRI experiment» (en anglès). Proteins, 52, 1, Juliol 2003, pàg. 118–22. DOI: 10.1002/prot.10384. PMID: 12784377.
Aloy P; Stark A; Hadley C; Russell RB «Predictions without templates: new folds, secondary structure, and contacts in CASP5» (en anglès). Proteins, 53 Suppl 6, 2003, pàg. 436–56. DOI: 10.1002/prot.10546. PMID: 14579333.
Tress M; Ezkurdia I; Graña O; López G; Valencia A «Assessment of predictions submitted for the CASP6 comparative modeling category» (en anglès). Proteins, 61 Suppl 7, 2005, pàg. 27–45. DOI: 10.1002/prot.20720. PMID: 16187345.
Battey JN; Kopp J; Bordoli L; Read RJ; Clarke ND; Schwede T «Automated server predictions in CASP7» (en anglès). Proteins, 69 Suppl 8, 2007, pàg. 68–82. DOI: 10.1002/prot.21761. PMID: 17894354.
Chivian D; Kim DE; Malmström L; Schonbrun J; Rohl CA; Baker D «Prediction of CASP6 structures using automated Robetta protocols» (en anglès). Proteins, 61 Suppl 7, 2005, pàg. 157–66. DOI: 10.1002/prot.20733. PMID: 16187358.
Malmström L, Riffle M, Strauss CE et al. «Superfamily assignments for the yeast proteome through integration of structure prediction with the gene ontology» (en anglès). PLoS Biology, 5, 4, Abril 2007, pàg. e76. DOI: 10.1371/journal.pbio.0050076. PMC: 1828141. PMID: 17373854.
Pande Group. «Client Statistics by OS» (en anglès). Universitat Stanford, s'actualitza automàticament. Arxivat de l'original el 2013-05-13. [Consulta: 18 octubre 2011].
teampicard.com
«Interview with David Baker» (en anglès). Team Picard Distributed Computing, 2006. [Consulta: 23 desembre 2008].
«Kuhlman laboratory homepage» (en anglès). Kuhlman Laboratory. Universitat de Carolina del Nord. Arxivat de l'original el 2008-10-10. [Consulta: 7 setembre 2008].
rosettadesign.med.unc.edu
«RosettaDesign web server» (en anglès). Kuhlman Laboratory. Universitat de Carolina del Nord. [Consulta: 7 setembre 2008].
«What is Rosetta@home?» (en anglès). Fòrums de Rosetta@home. Universitat de Washington. Arxivat de l'original el 2008-09-13. [Consulta: 7 setembre 2008].
«Rosetta@home: Research Overview» (en anglès). Rosetta@home. University of Washington, 2007. Arxivat de l'original el 2008-09-25. [Consulta: 7 octubre 2008].
«Disease Related Research» (en anglès). Rosetta@home. Universitat de Washington, 2008. Arxivat de l'original el 2008-09-23. [Consulta: 8 octubre 2008].
«Kuhlman laboratory homepage» (en anglès). Kuhlman Laboratory. Universitat de Carolina del Nord. Arxivat de l'original el 2008-10-10. [Consulta: 7 setembre 2008].
Pande Group. «Client Statistics by OS» (en anglès). Universitat Stanford, s'actualitza automàticament. Arxivat de l'original el 2013-05-13. [Consulta: 18 octubre 2011].