Doolittle W. F. You are what you eat: a gene transfer ratchet could account for bacterial genes in eukaryotic nuclear genomes. Trends in Genetics. 1998, roč. 14, čís. 8, s. 307–311. Dostupné online. DOI10.1016/S0168-9525(98)01494-2. (anglicky)
Sapp, Jan. The Prokaryote-Eukaryote Dichotomy: Meanings and Mythology. Microbiol Mol Biol Rev. June 2005, roč. 69, čís. 2, s. 292–305.. Dostupné online. (anglicky)
avcr.cz
ziva.avcr.cz
ČEPIČKA, Ivan. Diverzita protist. S. 220–223. Živa [online]. Academia, Středisko společných činností AV ČR, 17. říjen 2019. Roč. 2019, čís. 5, s. 220–223. Dostupné online. ISSN0044-4812.
berkeley.edu
ucmp.berkeley.edu
University of Berkeley. Life of the Vendian [online]. Dostupné online. (anglicky)
BURKI, Fabien; ROGER, Andrew J.; BROWN, Matthew W.; SIMPSON, Alastair G.B. The New Tree of Eukaryotes. S. 43–55. Trends in Ecology & Evolution [online]. Elsevier Ltd., 9. říjen 2019. Svazek 35, čís. 1, s. 43–55. Dostupné online. Dostupné také na: [7]. ISSN0169-5347. DOI10.1016/j.tree.2019.08.008. (anglicky)
cuni.cz
natur.cuni.cz
ČEPIČKA, Ivan; NEUSTUPA, Jiří; HAMPL, Vladimír. Protistologie: záznam přednášek na internetu [online]. Univerzita Karlova, Přírodovědná fakulta UK: 2009. Dostupné online.
doi.org
dx.doi.org
DERELLE, Romain; LANG, B. Franz. Rooting the Eukaryotic Tree with Mitochondrial and Bacterial Proteins. Molecular Biology and Evolution. 1. prosinec 2011, svazek 29, čís. 4, s. 1277–1289. Dostupné online [abstrakt, cit. 2012-03-21]. ISSN0737-4038. DOI10.1093/molbev/msr295. (anglicky)
LAX, Gordon; EGLIT, Yana; EME, Laura; BERTRAND, Erin M.; ROGER, Andrew J.; SIMPSON, Alastair G. B. Hemimastigophora is a novel supra-kingdom-level lineage of eukaryotes. S. 410–414. Nature [online]. Springer Nature Publishing AG, 14. listopad 2018. Svazek 564, čís. 7736, s. 410–414. Dostupné online. Dostupné také na: [1]. ISSN1476-4687. DOI10.1038/s41586-018-0708-8. PMID30429611. (anglicky)
TIKHONENKOV, Denis V.; MIKHAILOV, Kirill V.; GAWRYLUK, Ryan M. R.; BELYAEV, Artem O.; MATHUR, Varsha; KARPOV, Sergey A.; ZAGUMYONNYI, Dmitry G. Microbial predators form a new supergroup of eukaryotes. Nature [online]. Springer Nature Limited, 2022-12-07 [cit. 2022-12-09]. Online před tiskem. ISSN1476-4687. DOI10.1038/s41586-022-05511-5. PMID36477531. (anglicky)
YAZAKI, Euki; YABUKI, Akinori; IMAIZUMI, Ayaka. The closest lineage of Archaeplastida is revealed by phylogenomics analyses that include Microheliella maris. Open Biology. Roč. 12, čís. 4, s. 210376. Dostupné online [cit. 2022-07-15]. DOI10.1098/rsob.210376. PMID35414259.
EME, Laura; TAMARIT, Daniel; CACERES, Eva F.; STAIRS, Courtney W.; DE ANDA, Valerie; SCHÖN, Max E.; SEITZ, Kiley W. Inference and reconstruction of the heimdallarchaeial ancestry of eukaryotes. S. 992–999. Nature [online]. 2023-06-29. Roč. 618, čís. 7967, s. 992–999. DOI10.1038/s41586-023-06186-2. (anglicky)
YAMAGUCHI, Masashi; MORI, Yuko; KOZUKA, Yoshimichi; OKADA, Hitoshi; UEMATSU, Katsuyuki; TAME, Akihiro; FURUKAWA, Hiromitsu. Prokaryote or eukaryote? A unique microorganism from the deep sea. S. 423–431. Journal of Electron Microscopy [online]. The Japanese Society of Microscopy in Oxford University Press, 2012-09-28 [cit. 2021-09-30]. Svazek 61, čís. 6, s. 423–431. Dostupné online. ISSN2050-5701. DOI10.1093/jmicro/dfs062. PMID23024290. (anglicky)
BURKI, Fabien; ROGER, Andrew J.; BROWN, Matthew W. The New Tree of Eukaryotes. Trends in Ecology & Evolution. 2020-01-01, roč. 35, čís. 1, s. 43–55. Dostupné online [cit. 2020-06-03]. ISSN0169-5347. DOI10.1016/j.tree.2019.08.008. (anglicky)
KNOLL, Andrew H., Javaux, E. J., Hewitt, D., Cohen, P. Eukaryotic organisms in Proterozoic oceans. Philosophical Transactions of the Royal Society of London, Part B. 2006, roč. 361, čís. 1470, s. 1023–1038. Dostupné online. DOI10.1098/rstb.2006.1843. PMID16754612. (anglicky)
BROCKS, J. J., Logan, G. A., Buick, R. Summons, R. E. Archean Molecular Fossils and the Early Rise of Eukaryotes. Science. 13. August 1999, roč. 285, čís. 5430, s. 1033–1036. DOI10.1126/science.285.5430.1033. PMID10446042. (anglicky)
Martin W, Müller M. The hydrogen hypothesis for the first eukaryote. Nature. Mar 1998, čís. 392, s. 37–41. DOI10.1038/32033. PMID9510239. (anglicky)
BROWN, J. R.; DOOLITTLE, W. F. Archaea and the Prokaryote-to-Eukaryote Transition. Microbiology and Molecular Biology Rewiews. Prosinec 1997, roč. 61, čís. 4, s. 456–502. DOI1092-2172/97/$04.0010. (anglicky)
Doolittle W. F. You are what you eat: a gene transfer ratchet could account for bacterial genes in eukaryotic nuclear genomes. Trends in Genetics. 1998, roč. 14, čís. 8, s. 307–311. Dostupné online. DOI10.1016/S0168-9525(98)01494-2. (anglicky)
BROOKE, Nina M., Holland, Peter W. H. The evolution of multicellularity and early animal genomes. Current Opinion in Genetics & Development. 2003-12, roč. 13, čís. 6, s. 599–603. Dostupné online. ISSN0959-437X. DOI14638321. (anglicky)
RUIZ-TRILLO, Ińaki, Gertraud Burger, Peter W. H. Holland, Nicole King, B. Franz Lang, Andrew J. Roger, Michael W. Gray. The origins of multicellularity: a multi-taxon genome initiative. Trends in Genetics: TIG. 2007-03, roč. 23, čís. 3, s. 113–8. Dostupné online. ISSN0168-9525. DOI10.1016/j.tig.2007.01.005. (anglicky)
CAVALIER-SMITH, Thomas. Only six kingdoms of life. Proceedings. Biological Sciences / The Royal Society. 2004, roč. 271, čís. 1545, s. 1251–62. Dostupné online. ISSN0962-8452. DOI15306349. (anglicky)
ZAREMBA-NIEDZWIEDZKA, Katarzyna; CACERES, Eva F.; SAW, Jimmy H.; BÄCKSTRÖM, Disa; JUZOKAITE, Lina; VANCAESTER, Emmelien; SEITZ, Kiley W., ANANTHARAMAN, Karthik; STARNAWSKI, Piotr; KJELDSEN, Kasper U.; STOTT, Matthew B.; NUNOURA, Takuro; BANFIELD, Jillian F.; SCHRAMM, Andreas; BAKER, Brett J.; SPANG, Anja; ETTEMA, Thijs J. G. Asgard archaea illuminate the origin of eukaryotic cellular complexity. S. 353–358. Nature [online]. Macmillan Publishers Limited, Springer Nature, 11. leden 2017 [cit. 2017-01-23]. Svazek 541, čís. 7637, s. 353–358. Dostupné online. PDF [2]. ISSN1476-4687. DOI10.1038/nature21031. PMID28077874. (anglicky)
CUNHA, Violette Da; GAIA, Morgan; GADELLE, Daniele; NASIR, Arshan; FORTERRE, Patrick. Lokiarchaea are close relatives of Euryarchaeota, not bridging the gap between prokaryotes and eukaryotes. S. 1–38. PLoS Genetics [online]. 12. červen 2017. Svazek 13, čís. 6: e1006810, s. 1–38. Dostupné online. ISSN1553-7404. DOI10.1371/journal.pgen.1006810. PMID28604769. (anglicky)
SPANG, Anja; EME, Laura; SAW, Jimmy H.; CACERES, Eva F.; ZAREMBA-NIEDZWIEDZKA, Katarzyna; LOMBARD, Jonathan; GUY, Lionel, ETTEMA, Thijs J. G. Asgard archaea are the closest prokaryotic relatives of eukaryotes. S. 1–4. PLoS Genetics [online]. 29. březen 2018. Svazek 14, čís. 3: e1007080, s. 1–4. Dostupné online. ISSN1553-7404. DOI10.1371/journal.pgen.1007080. PMID29596421. (anglicky)
ADL, Sina, et al. Revisions to the Classification, Nomenclature, and Diversity of Eukaryotes. S. 4–119. Journal of Eukaryotic Microbiology [online]. John Wiley & Sons, Inc., 26. září 2018. Svazek 66, čís. 1, s. 4–119. Dostupné online. Dostupné také na: [3]. PDF [4]. ISSN1550-7408. DOI10.1111/jeu.12691. PMID30257078. (anglicky)
PARFREY, L .W., Erika Barbero, Elyse Lasser, Micah Dunthorn, Debashish Bhattacharya, David J Patterson, Laura A Katz. Evaluating support for the current classification of eukaryotic diversity. PLoS Genetics. 2006, roč. 2, čís. 12, s. e220. Dostupné online. ISSN1553-7404. DOI06-PLGE-RA-0174R3. (anglicky)
BAURAIN, Denis; BRINKMANN, Henner; PETERSEN, Jörn, Naiara Rodríguez-Ezpeleta, Alexandra Stechmann, Vincent Demoulin, Andrew J. Roger, Gertraud Burger, B. Franz Lang, Hervé Philippe. Phylogenomic Evidence for Separate Acquisition of Plastids in Cryptophytes, Haptophytes, and Stramenopiles. Molecular Biology and Evolution. 1. březen 2010, svazek 27, čís. 7, s. 1698–1709. Dostupné online [cit. 2010-06-14]. ISSN0737-4038. DOI10.1093/molbev/msq059. (anglicky)
Burki F., Shalchian-Tabrizi K., Minge M., Skjæveland Å., Nikolaev S. I., et al. Phylogenomics Reshuffles the Eukaryotic Supergroups. PLoS ONE. 2007, roč. 2, čís. 8: e790, s. e790. DOI10.1371/journal.pone.0000790. (anglicky)
OKAMOTO, Noriko, Chitchai Chantangsi, Aleš Horák, Brian S. Leander, Patrick J. Keeling. Molecular Phylogeny and Description of the Novel Katablepharid Roombia truncata gen. et sp. nov., and Establishment of the Hacrobia Taxon nov. S. 1–11, e7080. PLoS ONE [online]. 17. září 2009 [cit. 2009-10-05]. Svazek 4, čís. 9, s. 1–11. Dostupné online. PDF [5]. DOI10.1371/journal.pone.0007080. (anglicky)
HAMPL, Vladimír; HUG, Laura; LEIGH, Jessica W., Joel B. Dacks, B. Franz Lang, Alastair G. B. Simpson, Andrew J. Roger. Phylogenomic analyses support the monophyly of Excavata and resolve relationships among eukaryotic “supergroups”. Proceedings of the National Academy of Sciences of the USA. 10. březen 2009, svazek 106, čís. 10, s. 3859–3864. Dostupné online [cit. 2009-12-10]. DOI10.1073/pnas.0807880106. (anglicky)
BURKI, Fabien; ROGER, Andrew J.; BROWN, Matthew W.; SIMPSON, Alastair G.B. The New Tree of Eukaryotes. S. 43–55. Trends in Ecology & Evolution [online]. Elsevier Ltd., 9. říjen 2019. Svazek 35, čís. 1, s. 43–55. Dostupné online. Dostupné také na: [7]. ISSN0169-5347. DOI10.1016/j.tree.2019.08.008. (anglicky)
KATINKA, M. D., S. Duprat, E. Cornillot, G. Méténier, F. Thomarat, G. Prensier, V. Barbe, E. Peyretaillade, P. Brottier, P. Wincker, F. Delbac, H. El. Alaoui, P. Peyret, W. Saurin, M. Gouy, J. Weissenbach, C. P. Vivares. Genome sequence and gene compaction of the eukaryote parasite Encephalitozoon cuniculi. Nature. 2001, roč. 414, čís. 6862, s. 450–3. Dostupné online. ISSN0028-0836. DOI11719806. (anglicky)
MIRANDA-SAAVEDRA, Diego, Michael J. R. Stark, Jeremy C. Packer, Christian P. Vivares, Christian Doerig, Geoffrey J. Barton. The complement of protein kinases of the microsporidium Encephalitozoon cuniculi in relation to those of Saccharomyces cerevisiae and Schizosaccharomyces pombe. BMC Genomics. 2007, roč. 8, s. 309. Dostupné online. ISSN1471-2164. DOI1471-2164-8-309. (anglicky)
PARFREY, Laura Wegener, Daniel J. G. Lahr, Laura A. Katz. The dynamic nature of eukaryotic genomes. Molecular Biology and Evolution. 2008, roč. 25, čís. 4, s. 787–94. Dostupné online. ISSN1537-1719. DOImsn032. (anglicky)
genome.gov
Animals and Fungi: Common Origin, but Independent Approaches to Multicellularity [online]. Dostupné online. (anglicky)
LAX, Gordon; EGLIT, Yana; EME, Laura; BERTRAND, Erin M.; ROGER, Andrew J.; SIMPSON, Alastair G. B. Hemimastigophora is a novel supra-kingdom-level lineage of eukaryotes. S. 410–414. Nature [online]. Springer Nature Publishing AG, 14. listopad 2018. Svazek 564, čís. 7736, s. 410–414. Dostupné online. Dostupné také na: [1]. ISSN1476-4687. DOI10.1038/s41586-018-0708-8. PMID30429611. (anglicky)
ZAREMBA-NIEDZWIEDZKA, Katarzyna; CACERES, Eva F.; SAW, Jimmy H.; BÄCKSTRÖM, Disa; JUZOKAITE, Lina; VANCAESTER, Emmelien; SEITZ, Kiley W., ANANTHARAMAN, Karthik; STARNAWSKI, Piotr; KJELDSEN, Kasper U.; STOTT, Matthew B.; NUNOURA, Takuro; BANFIELD, Jillian F.; SCHRAMM, Andreas; BAKER, Brett J.; SPANG, Anja; ETTEMA, Thijs J. G. Asgard archaea illuminate the origin of eukaryotic cellular complexity. S. 353–358. Nature [online]. Macmillan Publishers Limited, Springer Nature, 11. leden 2017 [cit. 2017-01-23]. Svazek 541, čís. 7637, s. 353–358. Dostupné online. PDF [2]. ISSN1476-4687. DOI10.1038/nature21031. PMID28077874. (anglicky)
nhm.ac.uk
Roberts, Dave. Eukaryotes in extreme environments [online]. National History Museum. Dostupné online. (anglicky)
nih.gov
ncbi.nlm.nih.gov
LAX, Gordon; EGLIT, Yana; EME, Laura; BERTRAND, Erin M.; ROGER, Andrew J.; SIMPSON, Alastair G. B. Hemimastigophora is a novel supra-kingdom-level lineage of eukaryotes. S. 410–414. Nature [online]. Springer Nature Publishing AG, 14. listopad 2018. Svazek 564, čís. 7736, s. 410–414. Dostupné online. Dostupné také na: [1]. ISSN1476-4687. DOI10.1038/s41586-018-0708-8. PMID30429611. (anglicky)
TIKHONENKOV, Denis V.; MIKHAILOV, Kirill V.; GAWRYLUK, Ryan M. R.; BELYAEV, Artem O.; MATHUR, Varsha; KARPOV, Sergey A.; ZAGUMYONNYI, Dmitry G. Microbial predators form a new supergroup of eukaryotes. Nature [online]. Springer Nature Limited, 2022-12-07 [cit. 2022-12-09]. Online před tiskem. ISSN1476-4687. DOI10.1038/s41586-022-05511-5. PMID36477531. (anglicky)
YAZAKI, Euki; YABUKI, Akinori; IMAIZUMI, Ayaka. The closest lineage of Archaeplastida is revealed by phylogenomics analyses that include Microheliella maris. Open Biology. Roč. 12, čís. 4, s. 210376. Dostupné online [cit. 2022-07-15]. DOI10.1098/rsob.210376. PMID35414259.
YAMAGUCHI, Masashi; MORI, Yuko; KOZUKA, Yoshimichi; OKADA, Hitoshi; UEMATSU, Katsuyuki; TAME, Akihiro; FURUKAWA, Hiromitsu. Prokaryote or eukaryote? A unique microorganism from the deep sea. S. 423–431. Journal of Electron Microscopy [online]. The Japanese Society of Microscopy in Oxford University Press, 2012-09-28 [cit. 2021-09-30]. Svazek 61, čís. 6, s. 423–431. Dostupné online. ISSN2050-5701. DOI10.1093/jmicro/dfs062. PMID23024290. (anglicky)
KNOLL, Andrew H., Javaux, E. J., Hewitt, D., Cohen, P. Eukaryotic organisms in Proterozoic oceans. Philosophical Transactions of the Royal Society of London, Part B. 2006, roč. 361, čís. 1470, s. 1023–1038. Dostupné online. DOI10.1098/rstb.2006.1843. PMID16754612. (anglicky)
HAN, T. M.; RUNNEGAR, B. Megascopic eukaryotic algae from the 2.1-billion-year-old negaunee iron-formation, Michigan. Science. 1992, roč. 257, čís. 5067, s. 232–5. PMID1631544. (anglicky)
BROCKS, J. J., Logan, G. A., Buick, R. Summons, R. E. Archean Molecular Fossils and the Early Rise of Eukaryotes. Science. 13. August 1999, roč. 285, čís. 5430, s. 1033–1036. DOI10.1126/science.285.5430.1033. PMID10446042. (anglicky)
PISANI, D., Cotton J. A., McInerney J. O. Supertrees disentangle the chimerical origin of eukaryotic genomes. Mol Biol Evol. Aug 2007, roč. 24, čís. 8, s. 1752–60. Dostupné online. PMID17504772. (anglicky)
Martin W, Müller M. The hydrogen hypothesis for the first eukaryote. Nature. Mar 1998, čís. 392, s. 37–41. DOI10.1038/32033. PMID9510239. (anglicky)
BROOKE, Nina M., Holland, Peter W. H. The evolution of multicellularity and early animal genomes. Current Opinion in Genetics & Development. 2003-12, roč. 13, čís. 6, s. 599–603. Dostupné online. ISSN0959-437X. DOI14638321. (anglicky)
RUIZ-TRILLO, Ińaki, Gertraud Burger, Peter W. H. Holland, Nicole King, B. Franz Lang, Andrew J. Roger, Michael W. Gray. The origins of multicellularity: a multi-taxon genome initiative. Trends in Genetics: TIG. 2007-03, roč. 23, čís. 3, s. 113–8. Dostupné online. ISSN0168-9525. DOI10.1016/j.tig.2007.01.005. (anglicky)
PALENIK, Brian, Jane Grimwood, Andrea Aerts, Pierre Rouzé, Asaf Salamov, Nicholas Putnam, Chris Dupont, Richard Jorgensen, Evelyne Derelle, Stephane Rombauts, Kemin Zhou, Robert Otillar, Sabeeha S Merchant, Sheila Podell, Terry Gaasterland, Carolyn Napoli, Karla Gendler, Andrea Manuell, Vera Tai, Olivier Vallon, Gwenael Piganeau, Séverine Jancek, Marc Heijde, Kamel Jabbari, Chris Bowler, Martin Lohr, Steven Robbens, Gregory Werner, Inna Dubchak, Gregory J Pazour, Qinghu Ren, Ian Paulsen, Chuck Delwiche, Jeremy Schmutz, Daniel Rokhsar, Yves Van de Peer, Hervé Moreau, Igor V Grigoriev. The tiny eukaryote Ostreococcus provides genomic insights into the paradox of plankton speciation. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 2007, roč. 104, čís. 18, s. 7705–10. Dostupné online. ISSN0027-8424. PMID17460045. (anglicky)
Hedges S. B., Blair J. E., Venturi M. L., Shoe J. L. A molecular timescale of eukaryote evolution and the rise of complex multicellular life.. BMC Evol Biol. Jan 2004, čís. 28;4:2.. Dostupné online. PMID15005799. (anglicky)
WOESE, C. R.; BALCH, W. E.; MAGRUM, L. J.; FOX G. E.; WOLFE, R. S. An ancient divergence among the bacteria. Journal of Molecular Evolution. 1977, roč. 9, čís. 4, s. 305–311. PMID408502. (anglicky)
WOESE C.R.; KANDLER O.; WHEELIS M. L. Towards a natural system of organisms: proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.. 1990, roč. 87, čís. 12, s. 4576–4579. Dostupné online. PMID2112744. (anglicky)
Woese C. R., Kandler O., Wheelis M. L. Towards a natural system of organisms: proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.. 1990, roč. 87, čís. 12, s. 4576–9. Dostupné online. PMID2112744. (anglicky)
CAVALIER-SMITH, Thomas. Only six kingdoms of life. Proceedings. Biological Sciences / The Royal Society. 2004, roč. 271, čís. 1545, s. 1251–62. Dostupné online. ISSN0962-8452. DOI15306349. (anglicky)
Simpson A. G., Roger A. J. The real 'kingdoms' of eukaryotes. Curr Biol. 2004, roč. 14, čís. 17, s. R693 - R696. PMID15341755. (anglicky)
ZAREMBA-NIEDZWIEDZKA, Katarzyna; CACERES, Eva F.; SAW, Jimmy H.; BÄCKSTRÖM, Disa; JUZOKAITE, Lina; VANCAESTER, Emmelien; SEITZ, Kiley W., ANANTHARAMAN, Karthik; STARNAWSKI, Piotr; KJELDSEN, Kasper U.; STOTT, Matthew B.; NUNOURA, Takuro; BANFIELD, Jillian F.; SCHRAMM, Andreas; BAKER, Brett J.; SPANG, Anja; ETTEMA, Thijs J. G. Asgard archaea illuminate the origin of eukaryotic cellular complexity. S. 353–358. Nature [online]. Macmillan Publishers Limited, Springer Nature, 11. leden 2017 [cit. 2017-01-23]. Svazek 541, čís. 7637, s. 353–358. Dostupné online. PDF [2]. ISSN1476-4687. DOI10.1038/nature21031. PMID28077874. (anglicky)
CUNHA, Violette Da; GAIA, Morgan; GADELLE, Daniele; NASIR, Arshan; FORTERRE, Patrick. Lokiarchaea are close relatives of Euryarchaeota, not bridging the gap between prokaryotes and eukaryotes. S. 1–38. PLoS Genetics [online]. 12. červen 2017. Svazek 13, čís. 6: e1006810, s. 1–38. Dostupné online. ISSN1553-7404. DOI10.1371/journal.pgen.1006810. PMID28604769. (anglicky)
SPANG, Anja; EME, Laura; SAW, Jimmy H.; CACERES, Eva F.; ZAREMBA-NIEDZWIEDZKA, Katarzyna; LOMBARD, Jonathan; GUY, Lionel, ETTEMA, Thijs J. G. Asgard archaea are the closest prokaryotic relatives of eukaryotes. S. 1–4. PLoS Genetics [online]. 29. březen 2018. Svazek 14, čís. 3: e1007080, s. 1–4. Dostupné online. ISSN1553-7404. DOI10.1371/journal.pgen.1007080. PMID29596421. (anglicky)
ADL, Sina, et al. Revisions to the Classification, Nomenclature, and Diversity of Eukaryotes. S. 4–119. Journal of Eukaryotic Microbiology [online]. John Wiley & Sons, Inc., 26. září 2018. Svazek 66, čís. 1, s. 4–119. Dostupné online. Dostupné také na: [3]. PDF [4]. ISSN1550-7408. DOI10.1111/jeu.12691. PMID30257078. (anglicky)
KATINKA, M. D., S. Duprat, E. Cornillot, G. Méténier, F. Thomarat, G. Prensier, V. Barbe, E. Peyretaillade, P. Brottier, P. Wincker, F. Delbac, H. El. Alaoui, P. Peyret, W. Saurin, M. Gouy, J. Weissenbach, C. P. Vivares. Genome sequence and gene compaction of the eukaryote parasite Encephalitozoon cuniculi. Nature. 2001, roč. 414, čís. 6862, s. 450–3. Dostupné online. ISSN0028-0836. DOI11719806. (anglicky)
MIRANDA-SAAVEDRA, Diego, Michael J. R. Stark, Jeremy C. Packer, Christian P. Vivares, Christian Doerig, Geoffrey J. Barton. The complement of protein kinases of the microsporidium Encephalitozoon cuniculi in relation to those of Saccharomyces cerevisiae and Schizosaccharomyces pombe. BMC Genomics. 2007, roč. 8, s. 309. Dostupné online. ISSN1471-2164. DOI1471-2164-8-309. (anglicky)
PARFREY, Laura Wegener, Daniel J. G. Lahr, Laura A. Katz. The dynamic nature of eukaryotic genomes. Molecular Biology and Evolution. 2008, roč. 25, čís. 4, s. 787–94. Dostupné online. ISSN1537-1719. DOImsn032. (anglicky)
pubmedcentral.nih.gov
KNOLL, Andrew H., Javaux, E. J., Hewitt, D., Cohen, P. Eukaryotic organisms in Proterozoic oceans. Philosophical Transactions of the Royal Society of London, Part B. 2006, roč. 361, čís. 1470, s. 1023–1038. Dostupné online. DOI10.1098/rstb.2006.1843. PMID16754612. (anglicky)
PALENIK, Brian, Jane Grimwood, Andrea Aerts, Pierre Rouzé, Asaf Salamov, Nicholas Putnam, Chris Dupont, Richard Jorgensen, Evelyne Derelle, Stephane Rombauts, Kemin Zhou, Robert Otillar, Sabeeha S Merchant, Sheila Podell, Terry Gaasterland, Carolyn Napoli, Karla Gendler, Andrea Manuell, Vera Tai, Olivier Vallon, Gwenael Piganeau, Séverine Jancek, Marc Heijde, Kamel Jabbari, Chris Bowler, Martin Lohr, Steven Robbens, Gregory Werner, Inna Dubchak, Gregory J Pazour, Qinghu Ren, Ian Paulsen, Chuck Delwiche, Jeremy Schmutz, Daniel Rokhsar, Yves Van de Peer, Hervé Moreau, Igor V Grigoriev. The tiny eukaryote Ostreococcus provides genomic insights into the paradox of plankton speciation. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 2007, roč. 104, čís. 18, s. 7705–10. Dostupné online. ISSN0027-8424. PMID17460045. (anglicky)
Hedges S. B., Blair J. E., Venturi M. L., Shoe J. L. A molecular timescale of eukaryote evolution and the rise of complex multicellular life.. BMC Evol Biol. Jan 2004, čís. 28;4:2.. Dostupné online. PMID15005799. (anglicky)
PARFREY, L .W., Erika Barbero, Elyse Lasser, Micah Dunthorn, Debashish Bhattacharya, David J Patterson, Laura A Katz. Evaluating support for the current classification of eukaryotic diversity. PLoS Genetics. 2006, roč. 2, čís. 12, s. e220. Dostupné online. ISSN1553-7404. DOI06-PLGE-RA-0174R3. (anglicky)
osel.cz
MIHULKA, Stanislav. Eukaryotní buňky pocházejí z Ásgardu. OSEL.cz [online]. 22. leden 2017 [cit. 2017-01-23]. Dostupné online.
oup.com
academic.oup.com
YAMAGUCHI, Masashi; MORI, Yuko; KOZUKA, Yoshimichi; OKADA, Hitoshi; UEMATSU, Katsuyuki; TAME, Akihiro; FURUKAWA, Hiromitsu. Prokaryote or eukaryote? A unique microorganism from the deep sea. S. 423–431. Journal of Electron Microscopy [online]. The Japanese Society of Microscopy in Oxford University Press, 2012-09-28 [cit. 2021-09-30]. Svazek 61, čís. 6, s. 423–431. Dostupné online. ISSN2050-5701. DOI10.1093/jmicro/dfs062. PMID23024290. (anglicky)
oxfordjournals.org
mbe.oxfordjournals.org
DERELLE, Romain; LANG, B. Franz. Rooting the Eukaryotic Tree with Mitochondrial and Bacterial Proteins. Molecular Biology and Evolution. 1. prosinec 2011, svazek 29, čís. 4, s. 1277–1289. Dostupné online [abstrakt, cit. 2012-03-21]. ISSN0737-4038. DOI10.1093/molbev/msr295. (anglicky)
PISANI, D., Cotton J. A., McInerney J. O. Supertrees disentangle the chimerical origin of eukaryotic genomes. Mol Biol Evol. Aug 2007, roč. 24, čís. 8, s. 1752–60. Dostupné online. PMID17504772. (anglicky)
BAURAIN, Denis; BRINKMANN, Henner; PETERSEN, Jörn, Naiara Rodríguez-Ezpeleta, Alexandra Stechmann, Vincent Demoulin, Andrew J. Roger, Gertraud Burger, B. Franz Lang, Hervé Philippe. Phylogenomic Evidence for Separate Acquisition of Plastids in Cryptophytes, Haptophytes, and Stramenopiles. Molecular Biology and Evolution. 1. březen 2010, svazek 27, čís. 7, s. 1698–1709. Dostupné online [cit. 2010-06-14]. ISSN0737-4038. DOI10.1093/molbev/msq059. (anglicky)
CUNHA, Violette Da; GAIA, Morgan; GADELLE, Daniele; NASIR, Arshan; FORTERRE, Patrick. Lokiarchaea are close relatives of Euryarchaeota, not bridging the gap between prokaryotes and eukaryotes. S. 1–38. PLoS Genetics [online]. 12. červen 2017. Svazek 13, čís. 6: e1006810, s. 1–38. Dostupné online. ISSN1553-7404. DOI10.1371/journal.pgen.1006810. PMID28604769. (anglicky)
SPANG, Anja; EME, Laura; SAW, Jimmy H.; CACERES, Eva F.; ZAREMBA-NIEDZWIEDZKA, Katarzyna; LOMBARD, Jonathan; GUY, Lionel, ETTEMA, Thijs J. G. Asgard archaea are the closest prokaryotic relatives of eukaryotes. S. 1–4. PLoS Genetics [online]. 29. březen 2018. Svazek 14, čís. 3: e1007080, s. 1–4. Dostupné online. ISSN1553-7404. DOI10.1371/journal.pgen.1007080. PMID29596421. (anglicky)
plosone.org
OKAMOTO, Noriko, Chitchai Chantangsi, Aleš Horák, Brian S. Leander, Patrick J. Keeling. Molecular Phylogeny and Description of the Novel Katablepharid Roombia truncata gen. et sp. nov., and Establishment of the Hacrobia Taxon nov. S. 1–11, e7080. PLoS ONE [online]. 17. září 2009 [cit. 2009-10-05]. Svazek 4, čís. 9, s. 1–11. Dostupné online. PDF [5]. DOI10.1371/journal.pone.0007080. (anglicky)
pnas.org
WOESE C.R.; KANDLER O.; WHEELIS M. L. Towards a natural system of organisms: proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.. 1990, roč. 87, čís. 12, s. 4576–4579. Dostupné online. PMID2112744. (anglicky)
Woese C. R., Kandler O., Wheelis M. L. Towards a natural system of organisms: proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.. 1990, roč. 87, čís. 12, s. 4576–9. Dostupné online. PMID2112744. (anglicky)
HAMPL, Vladimír; HUG, Laura; LEIGH, Jessica W., Joel B. Dacks, B. Franz Lang, Alastair G. B. Simpson, Andrew J. Roger. Phylogenomic analyses support the monophyly of Excavata and resolve relationships among eukaryotic “supergroups”. Proceedings of the National Academy of Sciences of the USA. 10. březen 2009, svazek 106, čís. 10, s. 3859–3864. Dostupné online [cit. 2009-12-10]. DOI10.1073/pnas.0807880106. (anglicky)
researchgate.net
LAX, Gordon; EGLIT, Yana; EME, Laura; BERTRAND, Erin M.; ROGER, Andrew J.; SIMPSON, Alastair G. B. Hemimastigophora is a novel supra-kingdom-level lineage of eukaryotes. S. 410–414. Nature [online]. Springer Nature Publishing AG, 14. listopad 2018. Svazek 564, čís. 7736, s. 410–414. Dostupné online. Dostupné také na: [1]. ISSN1476-4687. DOI10.1038/s41586-018-0708-8. PMID30429611. (anglicky)
ADL, Sina, et al. Revisions to the Classification, Nomenclature, and Diversity of Eukaryotes. S. 4–119. Journal of Eukaryotic Microbiology [online]. John Wiley & Sons, Inc., 26. září 2018. Svazek 66, čís. 1, s. 4–119. Dostupné online. Dostupné také na: [3]. PDF [4]. ISSN1550-7408. DOI10.1111/jeu.12691. PMID30257078. (anglicky)
royalsocietypublishing.org
YAZAKI, Euki; YABUKI, Akinori; IMAIZUMI, Ayaka. The closest lineage of Archaeplastida is revealed by phylogenomics analyses that include Microheliella maris. Open Biology. Roč. 12, čís. 4, s. 210376. Dostupné online [cit. 2022-07-15]. DOI10.1098/rsob.210376. PMID35414259.
sciencedirect.com
BURKI, Fabien; ROGER, Andrew J.; BROWN, Matthew W. The New Tree of Eukaryotes. Trends in Ecology & Evolution. 2020-01-01, roč. 35, čís. 1, s. 43–55. Dostupné online [cit. 2020-06-03]. ISSN0169-5347. DOI10.1016/j.tree.2019.08.008. (anglicky)
BURKI, Fabien; ROGER, Andrew J.; BROWN, Matthew W.; SIMPSON, Alastair G.B. The New Tree of Eukaryotes. S. 43–55. Trends in Ecology & Evolution [online]. Elsevier Ltd., 9. říjen 2019. Svazek 35, čís. 1, s. 43–55. Dostupné online. Dostupné také na: [7]. ISSN0169-5347. DOI10.1016/j.tree.2019.08.008. (anglicky)
spbu.ru
zoology.bio.spbu.ru
ADL, Sina, et al. Revisions to the Classification, Nomenclature, and Diversity of Eukaryotes. S. 4–119. Journal of Eukaryotic Microbiology [online]. John Wiley & Sons, Inc., 26. září 2018. Svazek 66, čís. 1, s. 4–119. Dostupné online. Dostupné také na: [3]. PDF [4]. ISSN1550-7408. DOI10.1111/jeu.12691. PMID30257078. (anglicky)
ELIÁŠ, Marek. Potíže s kořenem. S. 270–273. Vesmír [online]. 4. květen 2017 [cit. 2017-08-22]. Roč. 96, čís. 2017/5, s. 270–273. Dostupné v archivu pořízeném dne 2017-08-22. ISSN1214-4029.
Research Centre for Agricultural and Forest Environment; Polish Academy of Sciences. Globalisation and Biodiversity Protection [online]. Poznan: 2006 [cit. 2008-08-22]. Dostupné v archivu pořízeném dne 2007-07-13. (anglicky)
University of Berkeley. Cambrian: Life [online]. [cit. 2008-08-15]. Dostupné v archivu pořízeném dne 2008-08-01. (anglicky)
Journey into the Cell; Eukaryotic and Prokaryotic Cells [online]. [cit. 2008-08-18]. Dostupné v archivu pořízeném dne 2009-02-17. (anglicky)
ARMSTRONG, W.P. Physical Properties & Structure of Cells [online]. [cit. 2008-08-18]. Dostupné v archivu pořízeném dne 2008-11-19. (anglicky)
JENSEN, Mari N. Caulerpa, The World's Largest Single-celled Organism? [online]. [cit. 2008-08-18]. Dostupné v archivu pořízeném dne 2012-02-05. (anglicky)
wiley.com
onlinelibrary.wiley.com
ADL, Sina, et al. Revisions to the Classification, Nomenclature, and Diversity of Eukaryotes. S. 4–119. Journal of Eukaryotic Microbiology [online]. John Wiley & Sons, Inc., 26. září 2018. Svazek 66, čís. 1, s. 4–119. Dostupné online. Dostupné také na: [3]. PDF [4]. ISSN1550-7408. DOI10.1111/jeu.12691. PMID30257078. (anglicky)
EMELYANOV, Victor V. Mitochondrial connection to the origin of the eukaryotic cell. European Journal of Biochemistry. Roč. 270, čís. 8, s. 1599–1618. Dostupné online. (anglicky)[nedostupný zdroj]
worldcat.org
DERELLE, Romain; LANG, B. Franz. Rooting the Eukaryotic Tree with Mitochondrial and Bacterial Proteins. Molecular Biology and Evolution. 1. prosinec 2011, svazek 29, čís. 4, s. 1277–1289. Dostupné online [abstrakt, cit. 2012-03-21]. ISSN0737-4038. DOI10.1093/molbev/msr295. (anglicky)
ELIÁŠ, Marek. Potíže s kořenem. S. 270–273. Vesmír [online]. 4. květen 2017 [cit. 2017-08-22]. Roč. 96, čís. 2017/5, s. 270–273. Dostupné v archivu pořízeném dne 2017-08-22. ISSN1214-4029.
LAX, Gordon; EGLIT, Yana; EME, Laura; BERTRAND, Erin M.; ROGER, Andrew J.; SIMPSON, Alastair G. B. Hemimastigophora is a novel supra-kingdom-level lineage of eukaryotes. S. 410–414. Nature [online]. Springer Nature Publishing AG, 14. listopad 2018. Svazek 564, čís. 7736, s. 410–414. Dostupné online. Dostupné také na: [1]. ISSN1476-4687. DOI10.1038/s41586-018-0708-8. PMID30429611. (anglicky)
TIKHONENKOV, Denis V.; MIKHAILOV, Kirill V.; GAWRYLUK, Ryan M. R.; BELYAEV, Artem O.; MATHUR, Varsha; KARPOV, Sergey A.; ZAGUMYONNYI, Dmitry G. Microbial predators form a new supergroup of eukaryotes. Nature [online]. Springer Nature Limited, 2022-12-07 [cit. 2022-12-09]. Online před tiskem. ISSN1476-4687. DOI10.1038/s41586-022-05511-5. PMID36477531. (anglicky)
YAMAGUCHI, Masashi; MORI, Yuko; KOZUKA, Yoshimichi; OKADA, Hitoshi; UEMATSU, Katsuyuki; TAME, Akihiro; FURUKAWA, Hiromitsu. Prokaryote or eukaryote? A unique microorganism from the deep sea. S. 423–431. Journal of Electron Microscopy [online]. The Japanese Society of Microscopy in Oxford University Press, 2012-09-28 [cit. 2021-09-30]. Svazek 61, čís. 6, s. 423–431. Dostupné online. ISSN2050-5701. DOI10.1093/jmicro/dfs062. PMID23024290. (anglicky)
BURKI, Fabien; ROGER, Andrew J.; BROWN, Matthew W. The New Tree of Eukaryotes. Trends in Ecology & Evolution. 2020-01-01, roč. 35, čís. 1, s. 43–55. Dostupné online [cit. 2020-06-03]. ISSN0169-5347. DOI10.1016/j.tree.2019.08.008. (anglicky)
BROOKE, Nina M., Holland, Peter W. H. The evolution of multicellularity and early animal genomes. Current Opinion in Genetics & Development. 2003-12, roč. 13, čís. 6, s. 599–603. Dostupné online. ISSN0959-437X. DOI14638321. (anglicky)
RUIZ-TRILLO, Ińaki, Gertraud Burger, Peter W. H. Holland, Nicole King, B. Franz Lang, Andrew J. Roger, Michael W. Gray. The origins of multicellularity: a multi-taxon genome initiative. Trends in Genetics: TIG. 2007-03, roč. 23, čís. 3, s. 113–8. Dostupné online. ISSN0168-9525. DOI10.1016/j.tig.2007.01.005. (anglicky)
PALENIK, Brian, Jane Grimwood, Andrea Aerts, Pierre Rouzé, Asaf Salamov, Nicholas Putnam, Chris Dupont, Richard Jorgensen, Evelyne Derelle, Stephane Rombauts, Kemin Zhou, Robert Otillar, Sabeeha S Merchant, Sheila Podell, Terry Gaasterland, Carolyn Napoli, Karla Gendler, Andrea Manuell, Vera Tai, Olivier Vallon, Gwenael Piganeau, Séverine Jancek, Marc Heijde, Kamel Jabbari, Chris Bowler, Martin Lohr, Steven Robbens, Gregory Werner, Inna Dubchak, Gregory J Pazour, Qinghu Ren, Ian Paulsen, Chuck Delwiche, Jeremy Schmutz, Daniel Rokhsar, Yves Van de Peer, Hervé Moreau, Igor V Grigoriev. The tiny eukaryote Ostreococcus provides genomic insights into the paradox of plankton speciation. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 2007, roč. 104, čís. 18, s. 7705–10. Dostupné online. ISSN0027-8424. PMID17460045. (anglicky)
CAVALIER-SMITH, Thomas. Only six kingdoms of life. Proceedings. Biological Sciences / The Royal Society. 2004, roč. 271, čís. 1545, s. 1251–62. Dostupné online. ISSN0962-8452. DOI15306349. (anglicky)
ZAREMBA-NIEDZWIEDZKA, Katarzyna; CACERES, Eva F.; SAW, Jimmy H.; BÄCKSTRÖM, Disa; JUZOKAITE, Lina; VANCAESTER, Emmelien; SEITZ, Kiley W., ANANTHARAMAN, Karthik; STARNAWSKI, Piotr; KJELDSEN, Kasper U.; STOTT, Matthew B.; NUNOURA, Takuro; BANFIELD, Jillian F.; SCHRAMM, Andreas; BAKER, Brett J.; SPANG, Anja; ETTEMA, Thijs J. G. Asgard archaea illuminate the origin of eukaryotic cellular complexity. S. 353–358. Nature [online]. Macmillan Publishers Limited, Springer Nature, 11. leden 2017 [cit. 2017-01-23]. Svazek 541, čís. 7637, s. 353–358. Dostupné online. PDF [2]. ISSN1476-4687. DOI10.1038/nature21031. PMID28077874. (anglicky)
CUNHA, Violette Da; GAIA, Morgan; GADELLE, Daniele; NASIR, Arshan; FORTERRE, Patrick. Lokiarchaea are close relatives of Euryarchaeota, not bridging the gap between prokaryotes and eukaryotes. S. 1–38. PLoS Genetics [online]. 12. červen 2017. Svazek 13, čís. 6: e1006810, s. 1–38. Dostupné online. ISSN1553-7404. DOI10.1371/journal.pgen.1006810. PMID28604769. (anglicky)
SPANG, Anja; EME, Laura; SAW, Jimmy H.; CACERES, Eva F.; ZAREMBA-NIEDZWIEDZKA, Katarzyna; LOMBARD, Jonathan; GUY, Lionel, ETTEMA, Thijs J. G. Asgard archaea are the closest prokaryotic relatives of eukaryotes. S. 1–4. PLoS Genetics [online]. 29. březen 2018. Svazek 14, čís. 3: e1007080, s. 1–4. Dostupné online. ISSN1553-7404. DOI10.1371/journal.pgen.1007080. PMID29596421. (anglicky)
ADL, Sina, et al. Revisions to the Classification, Nomenclature, and Diversity of Eukaryotes. S. 4–119. Journal of Eukaryotic Microbiology [online]. John Wiley & Sons, Inc., 26. září 2018. Svazek 66, čís. 1, s. 4–119. Dostupné online. Dostupné také na: [3]. PDF [4]. ISSN1550-7408. DOI10.1111/jeu.12691. PMID30257078. (anglicky)
PARFREY, L .W., Erika Barbero, Elyse Lasser, Micah Dunthorn, Debashish Bhattacharya, David J Patterson, Laura A Katz. Evaluating support for the current classification of eukaryotic diversity. PLoS Genetics. 2006, roč. 2, čís. 12, s. e220. Dostupné online. ISSN1553-7404. DOI06-PLGE-RA-0174R3. (anglicky)
BAURAIN, Denis; BRINKMANN, Henner; PETERSEN, Jörn, Naiara Rodríguez-Ezpeleta, Alexandra Stechmann, Vincent Demoulin, Andrew J. Roger, Gertraud Burger, B. Franz Lang, Hervé Philippe. Phylogenomic Evidence for Separate Acquisition of Plastids in Cryptophytes, Haptophytes, and Stramenopiles. Molecular Biology and Evolution. 1. březen 2010, svazek 27, čís. 7, s. 1698–1709. Dostupné online [cit. 2010-06-14]. ISSN0737-4038. DOI10.1093/molbev/msq059. (anglicky)
ČEPIČKA, Ivan. Diverzita protist. S. 220–223. Živa [online]. Academia, Středisko společných činností AV ČR, 17. říjen 2019. Roč. 2019, čís. 5, s. 220–223. Dostupné online. ISSN0044-4812.
BURKI, Fabien; ROGER, Andrew J.; BROWN, Matthew W.; SIMPSON, Alastair G.B. The New Tree of Eukaryotes. S. 43–55. Trends in Ecology & Evolution [online]. Elsevier Ltd., 9. říjen 2019. Svazek 35, čís. 1, s. 43–55. Dostupné online. Dostupné také na: [7]. ISSN0169-5347. DOI10.1016/j.tree.2019.08.008. (anglicky)
KATINKA, M. D., S. Duprat, E. Cornillot, G. Méténier, F. Thomarat, G. Prensier, V. Barbe, E. Peyretaillade, P. Brottier, P. Wincker, F. Delbac, H. El. Alaoui, P. Peyret, W. Saurin, M. Gouy, J. Weissenbach, C. P. Vivares. Genome sequence and gene compaction of the eukaryote parasite Encephalitozoon cuniculi. Nature. 2001, roč. 414, čís. 6862, s. 450–3. Dostupné online. ISSN0028-0836. DOI11719806. (anglicky)
MIRANDA-SAAVEDRA, Diego, Michael J. R. Stark, Jeremy C. Packer, Christian P. Vivares, Christian Doerig, Geoffrey J. Barton. The complement of protein kinases of the microsporidium Encephalitozoon cuniculi in relation to those of Saccharomyces cerevisiae and Schizosaccharomyces pombe. BMC Genomics. 2007, roč. 8, s. 309. Dostupné online. ISSN1471-2164. DOI1471-2164-8-309. (anglicky)
PARFREY, Laura Wegener, Daniel J. G. Lahr, Laura A. Katz. The dynamic nature of eukaryotic genomes. Molecular Biology and Evolution. 2008, roč. 25, čís. 4, s. 787–94. Dostupné online. ISSN1537-1719. DOImsn032. (anglicky)