MONCHY, Sébastien; SANCIU, Giovanna; JOBARD, Marlène; RASCONI, Serena; GERPHAGNON, Mélanie; CHABÉ, Magali; CIAN, Amandine. Exploring and quantifying fungal diversity in freshwater lake ecosystems using rDNA cloning/sequencing and SSU tag pyrosequencing. S. 1433–1453. Environmental Microbiology [online]. John Wiley & Sons, Inc., 9. březen 2011 [cit. 2020-10-13]. Svazek 13, čís. 6, s. 1433–1453. Dostupné v archivu pořízeném z originálu dne 2021-03-09. Dostupné také na: [7]. PDF [8]. ISSN1462-2920. DOI10.1111/j.1462-2920.2011.02444.x. PMID21635672. (anglicky)
aftol.org
Internetová stránka projektu AFTOL. aftol.org [online]. [cit. 2010-01-06]. Dostupné v archivu pořízeném z originálu dne 2017-01-21.
HAO WANG, Zhao Xu, Lei Gao, Bailin Hao. A fungal phylogeny based on 82 complete genomes using the composition vector method. S. 1–13. BMC Evolutionary Biology [online]. 10. srpna 2009 [cit. 2009-12-03]. Svazek 9, čís. 195, s. 1–13. Dostupné online. PDF [14]. ISSN1471-2148. DOI10.1186/1471-2148-9-195. (anglicky)
YU LIU; STEENKAMP, Emma T.; BRINKMANN, Henner, Lise Forget, Herve Philippe, B. Franz Lang. Phylogenomic analyses predict sistergroup relationship of nucleariids and Fungi and paraphyly of zygomycetes with significant support. S. 1–31. BMC Evolutionary Biology [online]. 25. listopad 2009 [cit. 2009-12-02]. 9 svazek, čís. 272, s. 1–31. Dostupné online. PDF [15]. ISSN1471-2148. DOI10.1186/1471-2148-9-272. (anglicky)
microbiomejournal.biomedcentral.com
TEDERSOO, Leho; BAHRAM, Mohammad; PUUSEPP, Rasmus; NILSSON, R. Henrik; JAMES, Timothy Y. Novel soil-inhabiting clades fill gaps in the fungal tree of life. Microbiome [online]. BioMed Central Ltd, part of Springer Nature, 8. duben 2017. Svazek 5, čís. 1:42. Dostupné online. Dostupné také na: [4]. Dále dostupné na: [5]. ISSN2049-2618. DOI10.1186/s40168-017-0259-5. PMID28388929. (anglicky)
imafungus.biomedcentral.com
MAY, Tom W.; REDHEAD, Scott A.; BENSCH, Konstanze; HAWKSWORTH, David L.; LENDEMER, James; LOMBARD, Lorenzo; TURLAND, Nicholas J. Chapter F of the International Code of Nomenclature for algae, fungi, and plants as approved by the 11th International Mycological Congress, San Juan, Puerto Rico, July 2018. IMA Fungus [online]. BioMed Central Ltd, part of Springer Nature, 27. prosinec 2019. Svazek 10, čís. 21. Dostupné online. ISSN2210-6359. DOI10.1186/s43008-019-0019-1. (anglicky)
cabdirect.org
SOKOLOVA, Ju. Ja. (Соколова Ю. Я.). Origin of Microsporidia and their systematic position among eukaryotes. Микология и фитопатология. 2009, svazek 43, čís. 3, s. 177–192. Dostupné online [abstrakt]. ISSN0026-3648. (anglicky)
cell.com
BOJKO, Jamie; REINKE, Aaron W.; STENTIFORD, Grant D.; WILLIAMS, Bryony; ROGERS, Martin S.J.; BASS, David. Microsporidia: a new taxonomic, evolutionary, and ecological synthesis. S. 642–659. Trends in Parasitology [online]. Elsevier Ltd., 2022-08 [cit. 2024-05-23]. Roč. 38, čís. 8, s. 642–659. Dostupné online. Dostupné také na: [11]. ISSN1471-5007. DOI10.1016/j.pt.2022.05.007. PMID35667993. (anglicky)
STRASSERT, Jürgen F.H.; MONAGHAN, Michael T. Phylogenomic insights into the early diversification of fungi. S. 3628–3635.e3. Current Biology [online]. 2022-08 [cit. 2024-10-14]. Roč. 32, čís. 16, s. 3628–3635.e3. Dostupné online. Dostupné také na: [19]. ISSN1879-0445. DOI10.1016/j.cub.2022.06.057. PMID35830854. (anglicky)
clarku.edu
HIBBETT, David S., Manfred Binder, Joseph F. Bischoff, Meredith Blackwell, Paul F. Cannon, Ove E. Eriksson, Sabine Huhndorf, Timothy James, Paul M. Kirk, Robert Lücking, H. Thorsten Lumbsch, François Lutzoni, P. Brandon Matheny, David J. McLaughlin, Martha J. Powell, Scott Redhead, Conrad L. Schoch, Joseph W. Spatafora, Joost A. Stalpers, Rytas Vilgalys, M. Catherine Aime, André Aptroot, Robert Bauer, Dominik Begerow, Gerald L. Benny, Lisa A. Castlebury, Pedro W. Crous, Yu-Cheng Dai, Walter Gams, David M. Geiser, Gareth W. Griffith, Cécile Gueidan, David L. Hawksworth, Geir Hestmark, Kentaro Hosaka, Richard A. Humber, Kevin D. Hyde, Joseph E. Ironside, Urmas Kõljalg, Cletus P. Kurtzman, Karl-Henrik Larsson, Robert Lichtwardt, Joyce Longcore, Jolanta Miądlikowska, Andrew Miller, Jean-Marc Moncalvo, Sharon Mozley-Standridge, Franz Oberwinkler, Erast Parmasto, Valérie Reeb, Jack D. Rogers, Claude Roux, Leif Ryvarden, José Paulo Sampaio, Arthur Schüßler, Junta Sugiyama, R. Greg Thorn, Leif Tibell, Wendy A. Untereiner, Christopher Walker, Zheng Wang, Alex Weir, Michael Weiss, Merlin M. White, Katarina Winka, Yi-Jian Yao, Ning Zhang. A higher-level phylogenetic classification of the Fungi. S. 509–547. Mycological Research [online]. 13. března 2007 [cit. 2009-12-03]. Svazek 111, čís. 5, s. 509–547. Dostupné v archivu pořízeném z originálu dne 2010-06-10. ISSN0953-7562. DOI10.1016/j.mycres.2007.03.004. (anglicky)
doi.org
dx.doi.org
WIJAYAWARDENE, Nalin N.; HYDE, Kevin D., Al-Ani L. K. T., Tedersoo L., Haelewaters D., Rajeshkumar K. C., Zhao R. L., Aptroot A., Leontyev D. V., Saxena R. K., Tokarev Y. S., Dai D. Q., Letcher P. M., Stephenson S. L., Ertz D., Lumbsch H. T., Kukwa M., Issi I. V., Madrid H., Phillips A. J. L., Selbmann L., Pfliegler W. P., Horváth E., Bensch K., Kirk P. M., Kolaříková K., Raja H. A., Radek R., Papp V., Dima B., Ma J., Malosso E., Takamatsu S., Rambold G., Gannibal P. B., Triebel D., Gautam A. K., Avasthi S., Suetrong S., Timdal E., Fryar S. C., Delgado G., Réblová M., Doilom M., Dolatabadi S., Pawłowska J., Humber R. A., Kodsueb R., Sánchez-Castro I., Goto B. T., Silva D. K. A., de Souza F. A., Oehl F., da Silva G. A., Silva I. R., Błaszkowski J., Jobim K., Maia L. C., Barbosa F. R., Fiuza P. O., Divakar P. K., Shenoy B. D., Castañeda-Ruiz R. F., Somrithipol S., Lateef A. A., Karunarathna S. C., Tibpromma S., Mortimer P. E., Wanasinghe D. N., Phookamsak R., Xu J., Wang Y., Tian F., Alvarado P., Li D. W., Kušan I., Matočec N., Maharachchikumbura S. S. N., Papizadeh M., Heredia G., Wartchow F., Bakhshi M., Boehm E., Youssef N., Hustad V. P., Lawrey J. D., Santiago A. L. C. M. A., Bezerra J. D. P., Souza-Motta C. M., Firmino A. L., Tian Q., Houbraken J., Hongsanan S., Tanaka K., Dissanayake A. J., Monteiro J. S., Grossart H. P., Suija A., Weerakoon G., Etayo J., Tsurykau A., Vázquez V., Mungai P., Damm U., Li Q. R., Zhang H., Boonmee S., Lu Y. Z., Becerra A. G., Kendrick B., Brearley F. Q., Motiejūnaitė J., Sharma B., Khare R., Gaikwad S., Wijesundara D. S. A., Tang L. Z., He M. Q., Flakus A., Rodriguez-Flakus P., Zhurbenko M. P., McKenzie E. H. C., Stadler M., Bhat D. J., Liu J. K., Raza M., Jeewon R., Nassonova E. S., Prieto M., Jayalal R. G. U., Erdoğdu M., Yurkov A., Schnittler M., Shchepin O. N., Novozhilov Y. K., Silva-Filho A. G. S., Liu P., Cavender J. C., Kang Y., Mohammad S., Zhang L. F., Xu R. F., Li Y. M., Dayarathne M. C., Ekanayaka A. H., Wen T. C., Deng C. Y., Pereira O. L., Navathe S., Hawksworth D. L., Fan X. L., Dissanayake L. S., Kuhnert E., Grossart H. P., Thines M. Outline of Fungi and fungus-like taxa. S. 1060–1456. Mycosphere [online]. Innovative Institute for Plant Health, Zhongkai University of Agriculture and Engineering, 18. březen 2020 [cit. 2020-09-05]. Svazek 11, čís. 1:8, s. 1060–1456. Dostupné online. ISSN2077-7019. DOI10.5943/mycosphere/11/1/8. (anglicky)
WIJAYAWARDENE, Nalin N.; PAWŁOWSKA, Julia; LETCHER, Peter M., et al. Notes for genera: basal clades of Fungi (including Aphelidiomycota, Basidiobolomycota, Blastocladiomycota, Calcarisporiellomycota, Caulochytriomycota, Chytridiomycota, Entomophthoromycota, Glomeromycota, Kickxellomycota, Monoblepharomycota, Mortierellomycota, Mucoromycota, Neocallimastigomycota, Olpidiomycota, Rozellomycota and Zoopagomycota). S. 43–129. Fungal Diversity [online]. Springer Nature Switzerland AG, 19. září 2018. Svazek 92, čís. 1, s. 43–129. Dostupné online. Dostupné také na: [1]. Dále dostupné na: [2]. ISSN1878-9129. DOI10.1007/s13225-018-0409-5. (anglicky)
HIBBETT, David S., Manfred Binder, Joseph F. Bischoff, Meredith Blackwell, Paul F. Cannon, Ove E. Eriksson, Sabine Huhndorf, Timothy James, Paul M. Kirk, Robert Lücking, H. Thorsten Lumbsch, François Lutzoni, P. Brandon Matheny, David J. McLaughlin, Martha J. Powell, Scott Redhead, Conrad L. Schoch, Joseph W. Spatafora, Joost A. Stalpers, Rytas Vilgalys, M. Catherine Aime, André Aptroot, Robert Bauer, Dominik Begerow, Gerald L. Benny, Lisa A. Castlebury, Pedro W. Crous, Yu-Cheng Dai, Walter Gams, David M. Geiser, Gareth W. Griffith, Cécile Gueidan, David L. Hawksworth, Geir Hestmark, Kentaro Hosaka, Richard A. Humber, Kevin D. Hyde, Joseph E. Ironside, Urmas Kõljalg, Cletus P. Kurtzman, Karl-Henrik Larsson, Robert Lichtwardt, Joyce Longcore, Jolanta Miądlikowska, Andrew Miller, Jean-Marc Moncalvo, Sharon Mozley-Standridge, Franz Oberwinkler, Erast Parmasto, Valérie Reeb, Jack D. Rogers, Claude Roux, Leif Ryvarden, José Paulo Sampaio, Arthur Schüßler, Junta Sugiyama, R. Greg Thorn, Leif Tibell, Wendy A. Untereiner, Christopher Walker, Zheng Wang, Alex Weir, Michael Weiss, Merlin M. White, Katarina Winka, Yi-Jian Yao, Ning Zhang. A higher-level phylogenetic classification of the Fungi. S. 509–547. Mycological Research [online]. 13. března 2007 [cit. 2009-12-03]. Svazek 111, čís. 5, s. 509–547. Dostupné v archivu pořízeném z originálu dne 2010-06-10. ISSN0953-7562. DOI10.1016/j.mycres.2007.03.004. (anglicky)
KARPOV, Sergej A.; MICHAJLOV, Kirill V.; MIRZAEVA, Gulnara S., MIRABDULLAEV, Iskandar M.; MAMKAEVA, Kira A.; TITOVA, Nina N.; ALJOŠIN, Vladimir V. Obligately Phagotrophic Aphelids Turned out to Branch with the Earliest-diverging Fungi. S. 195–205. Protist [online]. 9. říjen 2012. Svazek 164, čís. 2, s. 195–205. Dostupné online. ISSN1434-4610. DOI10.1016/j.protis.2012.08.001. PMID23058793. (anglicky)
JONES, Meredith D. M.; FORN, Irene; GADELHA, Catarina, Martin J. Egan, David Bass, Ramon Massana, Thomas A. Richards. Discovery of novel intermediate forms redefines the fungal tree of life. Nature. 11. květen 2011, svazek 474, čís. 7350, s. 200–203. Dostupné online [abstrakt]. ISSN0028-0836. DOI10.1038/nature09984. (anglicky)
KARPOV, Sergey A.; MAMKAEVA, Maria A.; NASSONOVA, Elena, LILJE, Osu; GLEASON, Frank H. Morphology, phylogeny, and ecology of the aphelids (Aphelidea, Opisthokonta) and proposal for the new superphylum Opisthosporidia. S. 1–11. Frontiers in Microbiology [online]. 28. březen 2014. Svazek 5, čís. 112, s. 1–11. Dostupné online. DOI10.3389/fmicb.2014.00112. (anglicky)
BAUER, Robert; GARNICA, Sigisfredo; OBERWINKLER, Franz, RIESS, Kai; WEISS, Michael; BEGEROW, Dominik. Entorrhizomycota: A New Fungal Phylum Reveals New Perspectives on the Evolution of Fungi. S. 1–19. PLoS ONE [online]. 22. červenec 2015. Svazek 10, čís. 7: e0128183, s. 1–19. Dostupné online. ISSN1932-6203. DOI10.1371/journal.pone.0128183. (anglicky)
ROSLING, Anna; COX, Filipa; CRUZ-MARTINEZ, Karelyn, Katarina Ihrmark, Gwen-Aëlle Grelet, Björn D. Lindahl, Audrius Menkis, Timothy Y. James. Archaeorhizomycetes: Unearthing an Ancient Class of Ubiquitous Soil Fungi. Science. 12. srpen 2011, svazek 333, čís. 6044, s. 876–879. Dostupné online [abstrakt]. ISSN0036-8075. DOI10.1126/science.1206958. (anglicky)
SCHOCH, C.L.; WANG, Z.; TOWNSEND, J.P.; SPATAFORA, J.W. Geoglossomycetes cl. nov., Geoglossales ord. nov. and taxa above class rank in the Ascomycota Tree of Life. S. 129–138. Persoonia [online]. 5. červen 2009. Svazek 22, s. 129–138. Dostupné online. DOI10.3767/003158509X461486. (anglicky)
GAZIS, R.; MIADLIKOWSKA, J.; LUTZONI, F.; ARNOLD, A.E.; CHAVERRI, P. Culture-based study of endophytes associated with rubber trees in Peru reveals a new class of Pezizomycotina: Xylonomycetes. S. 294–304. Molecular Phylogenetics and Evolution [online]. Říjen 2012. Svazek 65, čís. 1, s. 294–304. Dostupné online. ISSN1055-7903. DOI10.1016/j.ympev.2012.06.019. (anglicky)
TEDERSOO, Leho; SÁNCHEZ-RAMÍREZ,, Santiago; KÕLJALG, Urmas; BAHRAM, Mohammad; DÖRING, Markus; SCHIGEL, Dmitry; MAY, Tom, RYBERG, Martin; ABARENKOV, Kessy. High-level classification of the Fungi and a tool for evolutionary ecological analyses. S. 135–159. Fungal Diversity [online]. Springer Netherlands, 16. květen 2018. Svazek 90, čís. 1, s. 135–159. Dostupné online. ISSN1878-9129. DOI10.1007/s13225-018-0401-0. (anglicky)
SJÖKVIST, Elisabet; PFEIL, Bernard E.; LARSSON, Ellen, LARSSON, Karl-Henrik. Stereopsidales - A New Order of Mushroom-Forming Fungi. S. 1–9. PLoS ONE [online]. 28. duben 2014. Svazek 9, čís. 4: e95227, s. 1–9. Dostupné online. Dostupné také na: [3]. ISSN1932-6203. DOI10.1371/journal.pone.0095227. PMID24777067. (anglicky)
GALINDO, Luis Javier; LÓPEZ-GARCÍA, Purificación; TORRUELLA, Guifré; KARPOV, Sergey; MOREIRA, David. Phylogenomics of a new fungal phylum reveals multiple waves of reductive evolution across Holomycota. Nature Communications [online]. Springer Nature Limited, 2021-12 [cit. 2022-10-06]. Roč. 12: 4973. Dostupné online. ISSN2041-1723. DOI10.1038/s41467-021-25308-w. (anglicky)
TEDERSOO, Leho; BAHRAM, Mohammad; PUUSEPP, Rasmus; NILSSON, R. Henrik; JAMES, Timothy Y. Novel soil-inhabiting clades fill gaps in the fungal tree of life. Microbiome [online]. BioMed Central Ltd, part of Springer Nature, 8. duben 2017. Svazek 5, čís. 1:42. Dostupné online. Dostupné také na: [4]. Dále dostupné na: [5]. ISSN2049-2618. DOI10.1186/s40168-017-0259-5. PMID28388929. (anglicky)
NAGAHAMA, Takahiko; TAKAHASHI, Eriko; NAGANO, Yuriko; ABDEL-WAHAB, Mohamed A.; MIYAZAKI, Masayuki. Molecular evidence that deep-branching fungi are major fungal components in deep-sea methane cold-seep sediments. S. 2359–2370. Environmental Microbiology [online]. John Wiley & Sons, Inc., 23. květen 2011 [cit. 2020-10-13]. Svazek 13, čís. 8, s. 2359–2370. Dostupné v archivu pořízeném z originálu dne 2021-03-09. Dostupné také na: [6]. ISSN1462-2920. DOI10.1111/j.1462-2920.2011.02507.x. PMID21605311. (anglicky)
MONCHY, Sébastien; SANCIU, Giovanna; JOBARD, Marlène; RASCONI, Serena; GERPHAGNON, Mélanie; CHABÉ, Magali; CIAN, Amandine. Exploring and quantifying fungal diversity in freshwater lake ecosystems using rDNA cloning/sequencing and SSU tag pyrosequencing. S. 1433–1453. Environmental Microbiology [online]. John Wiley & Sons, Inc., 9. březen 2011 [cit. 2020-10-13]. Svazek 13, čís. 6, s. 1433–1453. Dostupné v archivu pořízeném z originálu dne 2021-03-09. Dostupné také na: [7]. PDF [8]. ISSN1462-2920. DOI10.1111/j.1462-2920.2011.02444.x. PMID21635672. (anglicky)
MAY, Tom W.; REDHEAD, Scott A.; BENSCH, Konstanze; HAWKSWORTH, David L.; LENDEMER, James; LOMBARD, Lorenzo; TURLAND, Nicholas J. Chapter F of the International Code of Nomenclature for algae, fungi, and plants as approved by the 11th International Mycological Congress, San Juan, Puerto Rico, July 2018. IMA Fungus [online]. BioMed Central Ltd, part of Springer Nature, 27. prosinec 2019. Svazek 10, čís. 21. Dostupné online. ISSN2210-6359. DOI10.1186/s43008-019-0019-1. (anglicky)
CORSARO, Daniele; WYLEZICH, Claudia; VENDITTI, Danielle; MICHEL, Rolf; WALOCHNIK, Julia; WEGENSTEINER, Rudolf. Filling gaps in the microsporidian tree: rDNA phylogeny of Chytridiopsis typographi (Microsporidia: Chytridiopsida). S. 169–180. Parasitology Research [online]. Springer Nature Switzerland AG, 12. listopad 2018. Svazek 118, čís. 1, s. 169–180. Dostupné online. Dostupné také na: [10]. ISSN1432-1955. DOI10.1007/s00436-018-6130-1. PMID30421347. (anglicky)
BOJKO, Jamie; REINKE, Aaron W.; STENTIFORD, Grant D.; WILLIAMS, Bryony; ROGERS, Martin S.J.; BASS, David. Microsporidia: a new taxonomic, evolutionary, and ecological synthesis. S. 642–659. Trends in Parasitology [online]. Elsevier Ltd., 2022-08 [cit. 2024-05-23]. Roč. 38, čís. 8, s. 642–659. Dostupné online. Dostupné také na: [11]. ISSN1471-5007. DOI10.1016/j.pt.2022.05.007. PMID35667993. (anglicky)
SOUTH, Lilith R.; HURDEAL, Vedprakash G.; FAST, Naomi M. Genomics and phylogenetic relationships of microsporidia and their relatives. Journal of Eukaryotic Microbiology [online]. Society of Protozoologists in John Wiley & Sons, Inc., 2024-07-30 [cit. 2024-10-02]. Roč. 71, čís. 5: e13051. Dostupné online. ISSN1550-7408. DOI10.1111/jeu.13051. PMID39079911. (anglicky)
AMSES, Kevin R.; SIMMONS, D. Rabern; LONGCORE, Joyce E.; MONDO, Stephen J.; SETO, Kensuke; JERÔNIMO, Gustavo H.; BONDS, Anne E. Diploid-dominant life cycles characterize the early evolution of Fungi. S. e2116841119. Proceedings of the National Academy of Sciences [online]. 2022-09-06 [cit. 2022-11-29]. Roč. 119, čís. 36, s. e2116841119. Dostupné online. ISSN1091-6490. DOI10.1073/pnas.2116841119. (anglicky)
HARIDAS, S.; ALBERT, R.; BINDER, M.; BLOEM, J.; LABUTTI, K.; SALAMOV, A.; ANDREOPOULOS, B. 101 Dothideomycetes genomes: A test case for predicting lifestyles and emergence of pathogens. S. 141–153. Studies in Mycology [online]. Westerdijk Fungal Biodiversity Institute; in Elsevier B.V., 1. únor 2020 [cit. 2022-01-28]. Svazek 96, s. 141–153. Dostupné online. Dostupné také na: [12]. ISSN0166-0616. DOI10.1016/j.simyco.2020.01.003. PMID32206138. (anglicky)
SUGITA, Ryosuke; TANAKA, Kazuaki. Thyridium revised: Synonymisation of Phialemoniopsis under Thyridium and establishment of a new order, Thyridiales. S. 147–176. MycoKeys [online]. Pensoft Publishers, 2022-02-01 [cit. 2024-02-14]. Roč. 86, s. 147–176. Dostupné online. Dostupné také na: [13]. ISSN1314-4049. DOI10.3897/mycokeys.86.78989. PMID35145340. (anglicky)
BAO, Dan-Feng; HYDE, Kevin D.; MAHARACHCHIKUMBURA, Sajeewa S. N.; PERERA, Rekhani H.; THIYAGARAJA, Vinodhini; HONGSANAN, Sinang; WANASINGHE, Dhanushka N. Taxonomy, phylogeny and evolution of freshwater Hypocreomycetidae (Sordariomycetes). S. 1–94. Fungal Diversity [online]. Springer Nature, 2023-07 [cit. 2023-11-30]. Roč. 121, čís. 1, s. 1–94. Dostupné online. ISSN1878-9129. DOI10.1007/s13225-023-00521-8. (anglicky)
ČADEŽ, Neža; DLAUCHY, Dénes; TOME, Miha; PÉTER, Gábor. Novakomyces olei sp. nov., the First Member of a Novel Taphrinomycotina Lineage. S. 301. Microorganisms [online]. MDPI, 2021-02-02 [cit. 2023-09-25]. Roč. 9, čís. 2, s. 301. Dostupné online. ISSN2076-2607. DOI10.3390/microorganisms9020301. (anglicky)
SHIROUZU, Takashi; UNO, Kunihiko; HOSAKA, Kentaro, HOSOYA, Tsuyoshi. Early-diverging wood-decaying fungi detected using three complementary sampling methods. S. 11–20. Molecular Phylogenetics and Evolution [online]. 2. únor 2016. Svazek 98, s. 11–20. Dostupné online. ISSN1055-7903. DOI10.1016/j.ympev.2016.01.015. PMID26850687. (anglicky)
KIJPORNYONGPAN, Teeratas; MONDO, Stephen J.; BARRY, Kerrie; SANDOR, Laura; LEE, Juna; LIPZEN, Anna; PANGILINAN, Jasmyn, LaBUTTI, Kurt; HAINAUT, Matthieu; HENRISSAT, Bernard; GRIGORIEV, Igor V.; SPATAFORA, Joseph W.; AIME, M. Catherine. Broad Genomic Sampling Reveals a Smut Pathogenic Ancestry of the Fungal Clade Ustilaginomycotina. S. 1840–1854. Molecular Biology and Evolution [online]. Society for Molecular Biology and Evolution, 15. květen 2018. Svazek 35, čís. 8, s. 1840–1854. Dostupné online. ISSN1537-1719. DOI10.1093/molbev/msy072. PMID29771364. (anglicky)
HAO WANG, Zhao Xu, Lei Gao, Bailin Hao. A fungal phylogeny based on 82 complete genomes using the composition vector method. S. 1–13. BMC Evolutionary Biology [online]. 10. srpna 2009 [cit. 2009-12-03]. Svazek 9, čís. 195, s. 1–13. Dostupné online. PDF [14]. ISSN1471-2148. DOI10.1186/1471-2148-9-195. (anglicky)
YU LIU; STEENKAMP, Emma T.; BRINKMANN, Henner, Lise Forget, Herve Philippe, B. Franz Lang. Phylogenomic analyses predict sistergroup relationship of nucleariids and Fungi and paraphyly of zygomycetes with significant support. S. 1–31. BMC Evolutionary Biology [online]. 25. listopad 2009 [cit. 2009-12-02]. 9 svazek, čís. 272, s. 1–31. Dostupné online. PDF [15]. ISSN1471-2148. DOI10.1186/1471-2148-9-272. (anglicky)
LARA, Enrique; MOREIRA, David; LÓPEZ-GARCÍA, Purificación. The Environmental Clade LKM11 and Rozella Form the Deepest Branching Clade of Fungi. Protist. Leden 2010, svazek 161, čís. 1, s. 116–121. Dostupné online [cit. 2010-01-04]. DOI10.1016/j.protis.2009.06.005. (anglicky)
EBERSBERGER, Ingo; MATOS SIMOES, Ricardo de; KUPCZOK, Anne, GUBE, Matthias; KOTHE, Erika; VOIGT, Kerstin; von HAESELER, Arndt. A Consistent Phylogenetic Backbone for the Fungi. S. 1319–1334. Molecular Biology and Evolution [online]. 22. listopad 2011. Svazek 29, s. 1319–1334. ISSN1537-1719. DOI10.1093/molbev/msr285. (anglicky)
ZHUANG, Wen-Ying; LIU, Chao-Yang. What an rRNA Secondary Structure Tells about Phylogeny of Fungi in Ascomycota with Emphasis on Evolution of Major Types of Ascus. S. 1–10. PLoS ONE [online]. 26. říjen 2012. Svazek 7, čís. 10: e47546, s. 1–10. Dostupné online. Dostupné také na: [16]. ISSN1932-6203. DOI10.1371/journal.pone.0047546. PMID23110078. (anglicky)
BEIMFORDE, Christina; FELDBERG, Kathrin; NYLINDER, Stephan, RIKKINEN, Jouko; TUOVILA, Hanna; DÖRFELT, Heinrich; GUBE, Matthias; JACKSON, Daniel J.; REITNER, Joachim; SEYFULLAH, Leyla J.; SCHMIDT, Alexander R. Estimating the Phanerozoic history of the Ascomycota lineages: Combining fossil and molecular data. S. 386–398. Molecular Phylogenetics and Evolution [online]. 30. duben 2014. Svazek 78, s. 386–398. Dostupné online. ISSN1055-7903. DOI10.1016/j.ympev.2014.04.024. (anglicky)
KOESTLER, Tina; EBERSBERGER, Ingo. Zygomycetes, microsporidia, and the evolutionary ancestry of sex determination. S. 186–194. Genome Biology and Evolution [online]. 9. únor 2011. Svazek 3, s. 186–194. Dostupné online. PDF [17]. ISSN1759-6653. DOI10.1093/gbe/evr009. (anglicky)
BROWN, Matthew W.; SPIEGEL, Frederick W.; SILBERMAN, Jeffrey D. Phylogeny of the “Forgotten” Cellular Slime Mold, Fonticula alba, Reveals a Key Evolutionary Branch within Opisthokonta. S. 2699–2709. Molecular Biology and Evolution [online]. 19. srpen 2009. Svazek 26, čís. 12, s. 2699–2709. Dostupné online. PDF [18]. ISSN1537-1719. DOI10.1093/molbev/msp185. (anglicky)
STRASSERT, Jürgen F.H.; MONAGHAN, Michael T. Phylogenomic insights into the early diversification of fungi. S. 3628–3635.e3. Current Biology [online]. 2022-08 [cit. 2024-10-14]. Roč. 32, čís. 16, s. 3628–3635.e3. Dostupné online. Dostupné také na: [19]. ISSN1879-0445. DOI10.1016/j.cub.2022.06.057. PMID35830854. (anglicky)
Sanchytriomycota. Index Fungorum, item 558519. Dostupné online (anglicky)
karolinum.cz
KALINA, Tomáš; VÁŇA, Jiří. Sinice, řasy, houby, mechorosty a podobné organismy v současné biologii. 1. vyd. Praha: Karolinum, prosinec 2005. 608 s., 32 s. obr. příl. Dostupné online. ISBN80-246-1036-1, ISBN978-80-246-1036-8. Kapitola 3.3 Říše: Houby – Fungi (syn. Mycetalia), s. 229–405.
mdpi.com
ČADEŽ, Neža; DLAUCHY, Dénes; TOME, Miha; PÉTER, Gábor. Novakomyces olei sp. nov., the First Member of a Novel Taphrinomycotina Lineage. S. 301. Microorganisms [online]. MDPI, 2021-02-02 [cit. 2023-09-25]. Roč. 9, čís. 2, s. 301. Dostupné online. ISSN2076-2607. DOI10.3390/microorganisms9020301. (anglicky)
mycosphere.org
WIJAYAWARDENE, Nalin N.; HYDE, Kevin D., Al-Ani L. K. T., Tedersoo L., Haelewaters D., Rajeshkumar K. C., Zhao R. L., Aptroot A., Leontyev D. V., Saxena R. K., Tokarev Y. S., Dai D. Q., Letcher P. M., Stephenson S. L., Ertz D., Lumbsch H. T., Kukwa M., Issi I. V., Madrid H., Phillips A. J. L., Selbmann L., Pfliegler W. P., Horváth E., Bensch K., Kirk P. M., Kolaříková K., Raja H. A., Radek R., Papp V., Dima B., Ma J., Malosso E., Takamatsu S., Rambold G., Gannibal P. B., Triebel D., Gautam A. K., Avasthi S., Suetrong S., Timdal E., Fryar S. C., Delgado G., Réblová M., Doilom M., Dolatabadi S., Pawłowska J., Humber R. A., Kodsueb R., Sánchez-Castro I., Goto B. T., Silva D. K. A., de Souza F. A., Oehl F., da Silva G. A., Silva I. R., Błaszkowski J., Jobim K., Maia L. C., Barbosa F. R., Fiuza P. O., Divakar P. K., Shenoy B. D., Castañeda-Ruiz R. F., Somrithipol S., Lateef A. A., Karunarathna S. C., Tibpromma S., Mortimer P. E., Wanasinghe D. N., Phookamsak R., Xu J., Wang Y., Tian F., Alvarado P., Li D. W., Kušan I., Matočec N., Maharachchikumbura S. S. N., Papizadeh M., Heredia G., Wartchow F., Bakhshi M., Boehm E., Youssef N., Hustad V. P., Lawrey J. D., Santiago A. L. C. M. A., Bezerra J. D. P., Souza-Motta C. M., Firmino A. L., Tian Q., Houbraken J., Hongsanan S., Tanaka K., Dissanayake A. J., Monteiro J. S., Grossart H. P., Suija A., Weerakoon G., Etayo J., Tsurykau A., Vázquez V., Mungai P., Damm U., Li Q. R., Zhang H., Boonmee S., Lu Y. Z., Becerra A. G., Kendrick B., Brearley F. Q., Motiejūnaitė J., Sharma B., Khare R., Gaikwad S., Wijesundara D. S. A., Tang L. Z., He M. Q., Flakus A., Rodriguez-Flakus P., Zhurbenko M. P., McKenzie E. H. C., Stadler M., Bhat D. J., Liu J. K., Raza M., Jeewon R., Nassonova E. S., Prieto M., Jayalal R. G. U., Erdoğdu M., Yurkov A., Schnittler M., Shchepin O. N., Novozhilov Y. K., Silva-Filho A. G. S., Liu P., Cavender J. C., Kang Y., Mohammad S., Zhang L. F., Xu R. F., Li Y. M., Dayarathne M. C., Ekanayaka A. H., Wen T. C., Deng C. Y., Pereira O. L., Navathe S., Hawksworth D. L., Fan X. L., Dissanayake L. S., Kuhnert E., Grossart H. P., Thines M. Outline of Fungi and fungus-like taxa. S. 1060–1456. Mycosphere [online]. Innovative Institute for Plant Health, Zhongkai University of Agriculture and Engineering, 18. březen 2020 [cit. 2020-09-05]. Svazek 11, čís. 1:8, s. 1060–1456. Dostupné online. ISSN2077-7019. DOI10.5943/mycosphere/11/1/8. (anglicky)
JONES, Meredith D. M.; FORN, Irene; GADELHA, Catarina, Martin J. Egan, David Bass, Ramon Massana, Thomas A. Richards. Discovery of novel intermediate forms redefines the fungal tree of life. Nature. 11. květen 2011, svazek 474, čís. 7350, s. 200–203. Dostupné online [abstrakt]. ISSN0028-0836. DOI10.1038/nature09984. (anglicky)
nih.gov
ncbi.nlm.nih.gov
KARPOV, Sergej A.; MICHAJLOV, Kirill V.; MIRZAEVA, Gulnara S., MIRABDULLAEV, Iskandar M.; MAMKAEVA, Kira A.; TITOVA, Nina N.; ALJOŠIN, Vladimir V. Obligately Phagotrophic Aphelids Turned out to Branch with the Earliest-diverging Fungi. S. 195–205. Protist [online]. 9. říjen 2012. Svazek 164, čís. 2, s. 195–205. Dostupné online. ISSN1434-4610. DOI10.1016/j.protis.2012.08.001. PMID23058793. (anglicky)
KARPOV, Sergey A.; MAMKAEVA, Maria A.; NASSONOVA, Elena, LILJE, Osu; GLEASON, Frank H. Morphology, phylogeny, and ecology of the aphelids (Aphelidea, Opisthokonta) and proposal for the new superphylum Opisthosporidia. S. 1–11. Frontiers in Microbiology [online]. 28. březen 2014. Svazek 5, čís. 112, s. 1–11. Dostupné online. DOI10.3389/fmicb.2014.00112. (anglicky)
SCHOCH, C.L.; WANG, Z.; TOWNSEND, J.P.; SPATAFORA, J.W. Geoglossomycetes cl. nov., Geoglossales ord. nov. and taxa above class rank in the Ascomycota Tree of Life. S. 129–138. Persoonia [online]. 5. červen 2009. Svazek 22, s. 129–138. Dostupné online. DOI10.3767/003158509X461486. (anglicky)
SJÖKVIST, Elisabet; PFEIL, Bernard E.; LARSSON, Ellen, LARSSON, Karl-Henrik. Stereopsidales - A New Order of Mushroom-Forming Fungi. S. 1–9. PLoS ONE [online]. 28. duben 2014. Svazek 9, čís. 4: e95227, s. 1–9. Dostupné online. Dostupné také na: [3]. ISSN1932-6203. DOI10.1371/journal.pone.0095227. PMID24777067. (anglicky)
TEDERSOO, Leho; BAHRAM, Mohammad; PUUSEPP, Rasmus; NILSSON, R. Henrik; JAMES, Timothy Y. Novel soil-inhabiting clades fill gaps in the fungal tree of life. Microbiome [online]. BioMed Central Ltd, part of Springer Nature, 8. duben 2017. Svazek 5, čís. 1:42. Dostupné online. Dostupné také na: [4]. Dále dostupné na: [5]. ISSN2049-2618. DOI10.1186/s40168-017-0259-5. PMID28388929. (anglicky)
NAGAHAMA, Takahiko; TAKAHASHI, Eriko; NAGANO, Yuriko; ABDEL-WAHAB, Mohamed A.; MIYAZAKI, Masayuki. Molecular evidence that deep-branching fungi are major fungal components in deep-sea methane cold-seep sediments. S. 2359–2370. Environmental Microbiology [online]. John Wiley & Sons, Inc., 23. květen 2011 [cit. 2020-10-13]. Svazek 13, čís. 8, s. 2359–2370. Dostupné v archivu pořízeném z originálu dne 2021-03-09. Dostupné také na: [6]. ISSN1462-2920. DOI10.1111/j.1462-2920.2011.02507.x. PMID21605311. (anglicky)
MONCHY, Sébastien; SANCIU, Giovanna; JOBARD, Marlène; RASCONI, Serena; GERPHAGNON, Mélanie; CHABÉ, Magali; CIAN, Amandine. Exploring and quantifying fungal diversity in freshwater lake ecosystems using rDNA cloning/sequencing and SSU tag pyrosequencing. S. 1433–1453. Environmental Microbiology [online]. John Wiley & Sons, Inc., 9. březen 2011 [cit. 2020-10-13]. Svazek 13, čís. 6, s. 1433–1453. Dostupné v archivu pořízeném z originálu dne 2021-03-09. Dostupné také na: [7]. PDF [8]. ISSN1462-2920. DOI10.1111/j.1462-2920.2011.02444.x. PMID21635672. (anglicky)
CORSARO, Daniele; WYLEZICH, Claudia; VENDITTI, Danielle; MICHEL, Rolf; WALOCHNIK, Julia; WEGENSTEINER, Rudolf. Filling gaps in the microsporidian tree: rDNA phylogeny of Chytridiopsis typographi (Microsporidia: Chytridiopsida). S. 169–180. Parasitology Research [online]. Springer Nature Switzerland AG, 12. listopad 2018. Svazek 118, čís. 1, s. 169–180. Dostupné online. Dostupné také na: [10]. ISSN1432-1955. DOI10.1007/s00436-018-6130-1. PMID30421347. (anglicky)
BOJKO, Jamie; REINKE, Aaron W.; STENTIFORD, Grant D.; WILLIAMS, Bryony; ROGERS, Martin S.J.; BASS, David. Microsporidia: a new taxonomic, evolutionary, and ecological synthesis. S. 642–659. Trends in Parasitology [online]. Elsevier Ltd., 2022-08 [cit. 2024-05-23]. Roč. 38, čís. 8, s. 642–659. Dostupné online. Dostupné také na: [11]. ISSN1471-5007. DOI10.1016/j.pt.2022.05.007. PMID35667993. (anglicky)
SOUTH, Lilith R.; HURDEAL, Vedprakash G.; FAST, Naomi M. Genomics and phylogenetic relationships of microsporidia and their relatives. Journal of Eukaryotic Microbiology [online]. Society of Protozoologists in John Wiley & Sons, Inc., 2024-07-30 [cit. 2024-10-02]. Roč. 71, čís. 5: e13051. Dostupné online. ISSN1550-7408. DOI10.1111/jeu.13051. PMID39079911. (anglicky)
HARIDAS, S.; ALBERT, R.; BINDER, M.; BLOEM, J.; LABUTTI, K.; SALAMOV, A.; ANDREOPOULOS, B. 101 Dothideomycetes genomes: A test case for predicting lifestyles and emergence of pathogens. S. 141–153. Studies in Mycology [online]. Westerdijk Fungal Biodiversity Institute; in Elsevier B.V., 1. únor 2020 [cit. 2022-01-28]. Svazek 96, s. 141–153. Dostupné online. Dostupné také na: [12]. ISSN0166-0616. DOI10.1016/j.simyco.2020.01.003. PMID32206138. (anglicky)
SUGITA, Ryosuke; TANAKA, Kazuaki. Thyridium revised: Synonymisation of Phialemoniopsis under Thyridium and establishment of a new order, Thyridiales. S. 147–176. MycoKeys [online]. Pensoft Publishers, 2022-02-01 [cit. 2024-02-14]. Roč. 86, s. 147–176. Dostupné online. Dostupné také na: [13]. ISSN1314-4049. DOI10.3897/mycokeys.86.78989. PMID35145340. (anglicky)
SHIROUZU, Takashi; UNO, Kunihiko; HOSAKA, Kentaro, HOSOYA, Tsuyoshi. Early-diverging wood-decaying fungi detected using three complementary sampling methods. S. 11–20. Molecular Phylogenetics and Evolution [online]. 2. únor 2016. Svazek 98, s. 11–20. Dostupné online. ISSN1055-7903. DOI10.1016/j.ympev.2016.01.015. PMID26850687. (anglicky)
KIJPORNYONGPAN, Teeratas; MONDO, Stephen J.; BARRY, Kerrie; SANDOR, Laura; LEE, Juna; LIPZEN, Anna; PANGILINAN, Jasmyn, LaBUTTI, Kurt; HAINAUT, Matthieu; HENRISSAT, Bernard; GRIGORIEV, Igor V.; SPATAFORA, Joseph W.; AIME, M. Catherine. Broad Genomic Sampling Reveals a Smut Pathogenic Ancestry of the Fungal Clade Ustilaginomycotina. S. 1840–1854. Molecular Biology and Evolution [online]. Society for Molecular Biology and Evolution, 15. květen 2018. Svazek 35, čís. 8, s. 1840–1854. Dostupné online. ISSN1537-1719. DOI10.1093/molbev/msy072. PMID29771364. (anglicky)
ZHUANG, Wen-Ying; LIU, Chao-Yang. What an rRNA Secondary Structure Tells about Phylogeny of Fungi in Ascomycota with Emphasis on Evolution of Major Types of Ascus. S. 1–10. PLoS ONE [online]. 26. říjen 2012. Svazek 7, čís. 10: e47546, s. 1–10. Dostupné online. Dostupné také na: [16]. ISSN1932-6203. DOI10.1371/journal.pone.0047546. PMID23110078. (anglicky)
STRASSERT, Jürgen F.H.; MONAGHAN, Michael T. Phylogenomic insights into the early diversification of fungi. S. 3628–3635.e3. Current Biology [online]. 2022-08 [cit. 2024-10-14]. Roč. 32, čís. 16, s. 3628–3635.e3. Dostupné online. Dostupné také na: [19]. ISSN1879-0445. DOI10.1016/j.cub.2022.06.057. PMID35830854. (anglicky)
oup.com
academic.oup.com
KIJPORNYONGPAN, Teeratas; MONDO, Stephen J.; BARRY, Kerrie; SANDOR, Laura; LEE, Juna; LIPZEN, Anna; PANGILINAN, Jasmyn, LaBUTTI, Kurt; HAINAUT, Matthieu; HENRISSAT, Bernard; GRIGORIEV, Igor V.; SPATAFORA, Joseph W.; AIME, M. Catherine. Broad Genomic Sampling Reveals a Smut Pathogenic Ancestry of the Fungal Clade Ustilaginomycotina. S. 1840–1854. Molecular Biology and Evolution [online]. Society for Molecular Biology and Evolution, 15. květen 2018. Svazek 35, čís. 8, s. 1840–1854. Dostupné online. ISSN1537-1719. DOI10.1093/molbev/msy072. PMID29771364. (anglicky)
oxfordjournals.org
gbe.oxfordjournals.org
KOESTLER, Tina; EBERSBERGER, Ingo. Zygomycetes, microsporidia, and the evolutionary ancestry of sex determination. S. 186–194. Genome Biology and Evolution [online]. 9. únor 2011. Svazek 3, s. 186–194. Dostupné online. PDF [17]. ISSN1759-6653. DOI10.1093/gbe/evr009. (anglicky)
mbe.oxfordjournals.org
BROWN, Matthew W.; SPIEGEL, Frederick W.; SILBERMAN, Jeffrey D. Phylogeny of the “Forgotten” Cellular Slime Mold, Fonticula alba, Reveals a Key Evolutionary Branch within Opisthokonta. S. 2699–2709. Molecular Biology and Evolution [online]. 19. srpen 2009. Svazek 26, čís. 12, s. 2699–2709. Dostupné online. PDF [18]. ISSN1537-1719. DOI10.1093/molbev/msp185. (anglicky)
BAUER, Robert; GARNICA, Sigisfredo; OBERWINKLER, Franz, RIESS, Kai; WEISS, Michael; BEGEROW, Dominik. Entorrhizomycota: A New Fungal Phylum Reveals New Perspectives on the Evolution of Fungi. S. 1–19. PLoS ONE [online]. 22. červenec 2015. Svazek 10, čís. 7: e0128183, s. 1–19. Dostupné online. ISSN1932-6203. DOI10.1371/journal.pone.0128183. (anglicky)
ZHUANG, Wen-Ying; LIU, Chao-Yang. What an rRNA Secondary Structure Tells about Phylogeny of Fungi in Ascomycota with Emphasis on Evolution of Major Types of Ascus. S. 1–10. PLoS ONE [online]. 26. říjen 2012. Svazek 7, čís. 10: e47546, s. 1–10. Dostupné online. Dostupné také na: [16]. ISSN1932-6203. DOI10.1371/journal.pone.0047546. PMID23110078. (anglicky)
plosone.org
SJÖKVIST, Elisabet; PFEIL, Bernard E.; LARSSON, Ellen, LARSSON, Karl-Henrik. Stereopsidales - A New Order of Mushroom-Forming Fungi. S. 1–9. PLoS ONE [online]. 28. duben 2014. Svazek 9, čís. 4: e95227, s. 1–9. Dostupné online. Dostupné také na: [3]. ISSN1932-6203. DOI10.1371/journal.pone.0095227. PMID24777067. (anglicky)
researchgate.net
WIJAYAWARDENE, Nalin N.; PAWŁOWSKA, Julia; LETCHER, Peter M., et al. Notes for genera: basal clades of Fungi (including Aphelidiomycota, Basidiobolomycota, Blastocladiomycota, Calcarisporiellomycota, Caulochytriomycota, Chytridiomycota, Entomophthoromycota, Glomeromycota, Kickxellomycota, Monoblepharomycota, Mortierellomycota, Mucoromycota, Neocallimastigomycota, Olpidiomycota, Rozellomycota and Zoopagomycota). S. 43–129. Fungal Diversity [online]. Springer Nature Switzerland AG, 19. září 2018. Svazek 92, čís. 1, s. 43–129. Dostupné online. Dostupné také na: [1]. Dále dostupné na: [2]. ISSN1878-9129. DOI10.1007/s13225-018-0409-5. (anglicky)
GALINDO, Luis Javier; LÓPEZ-GARCÍA, Purificación; TORRUELLA, Guifré; KARPOV, Sergey; MOREIRA, David. Phylogenomics of a new fungal phylum reveals multiple waves of reductive evolution across Holomycota. Nature Communications [online]. Springer Nature Limited, 2021-12 [cit. 2022-10-06]. Roč. 12: 4973. Dostupné online. ISSN2041-1723. DOI10.1038/s41467-021-25308-w. (anglicky)
TEDERSOO, Leho; BAHRAM, Mohammad; PUUSEPP, Rasmus; NILSSON, R. Henrik; JAMES, Timothy Y. Novel soil-inhabiting clades fill gaps in the fungal tree of life. Microbiome [online]. BioMed Central Ltd, part of Springer Nature, 8. duben 2017. Svazek 5, čís. 1:42. Dostupné online. Dostupné také na: [4]. Dále dostupné na: [5]. ISSN2049-2618. DOI10.1186/s40168-017-0259-5. PMID28388929. (anglicky)
NAGAHAMA, Takahiko; TAKAHASHI, Eriko; NAGANO, Yuriko; ABDEL-WAHAB, Mohamed A.; MIYAZAKI, Masayuki. Molecular evidence that deep-branching fungi are major fungal components in deep-sea methane cold-seep sediments. S. 2359–2370. Environmental Microbiology [online]. John Wiley & Sons, Inc., 23. květen 2011 [cit. 2020-10-13]. Svazek 13, čís. 8, s. 2359–2370. Dostupné v archivu pořízeném z originálu dne 2021-03-09. Dostupné také na: [6]. ISSN1462-2920. DOI10.1111/j.1462-2920.2011.02507.x. PMID21605311. (anglicky)
MONCHY, Sébastien; SANCIU, Giovanna; JOBARD, Marlène; RASCONI, Serena; GERPHAGNON, Mélanie; CHABÉ, Magali; CIAN, Amandine. Exploring and quantifying fungal diversity in freshwater lake ecosystems using rDNA cloning/sequencing and SSU tag pyrosequencing. S. 1433–1453. Environmental Microbiology [online]. John Wiley & Sons, Inc., 9. březen 2011 [cit. 2020-10-13]. Svazek 13, čís. 6, s. 1433–1453. Dostupné v archivu pořízeném z originálu dne 2021-03-09. Dostupné také na: [7]. PDF [8]. ISSN1462-2920. DOI10.1111/j.1462-2920.2011.02444.x. PMID21635672. (anglicky)
CORSARO, Daniele; WYLEZICH, Claudia; VENDITTI, Danielle; MICHEL, Rolf; WALOCHNIK, Julia; WEGENSTEINER, Rudolf. Filling gaps in the microsporidian tree: rDNA phylogeny of Chytridiopsis typographi (Microsporidia: Chytridiopsida). S. 169–180. Parasitology Research [online]. Springer Nature Switzerland AG, 12. listopad 2018. Svazek 118, čís. 1, s. 169–180. Dostupné online. Dostupné také na: [10]. ISSN1432-1955. DOI10.1007/s00436-018-6130-1. PMID30421347. (anglicky)
SOUTH, Lilith R.; HURDEAL, Vedprakash G.; FAST, Naomi M. Genomics and phylogenetic relationships of microsporidia and their relatives. Journal of Eukaryotic Microbiology [online]. Society of Protozoologists in John Wiley & Sons, Inc., 2024-07-30 [cit. 2024-10-02]. Roč. 71, čís. 5: e13051. Dostupné online. ISSN1550-7408. DOI10.1111/jeu.13051. PMID39079911. (anglicky)
AMSES, Kevin R.; SIMMONS, D. Rabern; LONGCORE, Joyce E.; MONDO, Stephen J.; SETO, Kensuke; JERÔNIMO, Gustavo H.; BONDS, Anne E. Diploid-dominant life cycles characterize the early evolution of Fungi. S. e2116841119. Proceedings of the National Academy of Sciences [online]. 2022-09-06 [cit. 2022-11-29]. Roč. 119, čís. 36, s. e2116841119. Dostupné online. ISSN1091-6490. DOI10.1073/pnas.2116841119. (anglicky)
SUGITA, Ryosuke; TANAKA, Kazuaki. Thyridium revised: Synonymisation of Phialemoniopsis under Thyridium and establishment of a new order, Thyridiales. S. 147–176. MycoKeys [online]. Pensoft Publishers, 2022-02-01 [cit. 2024-02-14]. Roč. 86, s. 147–176. Dostupné online. Dostupné také na: [13]. ISSN1314-4049. DOI10.3897/mycokeys.86.78989. PMID35145340. (anglicky)
BAO, Dan-Feng; HYDE, Kevin D.; MAHARACHCHIKUMBURA, Sajeewa S. N.; PERERA, Rekhani H.; THIYAGARAJA, Vinodhini; HONGSANAN, Sinang; WANASINGHE, Dhanushka N. Taxonomy, phylogeny and evolution of freshwater Hypocreomycetidae (Sordariomycetes). S. 1–94. Fungal Diversity [online]. Springer Nature, 2023-07 [cit. 2023-11-30]. Roč. 121, čís. 1, s. 1–94. Dostupné online. ISSN1878-9129. DOI10.1007/s13225-023-00521-8. (anglicky)
sciencedirect.com
KARPOV, Sergej A.; MICHAJLOV, Kirill V.; MIRZAEVA, Gulnara S., MIRABDULLAEV, Iskandar M.; MAMKAEVA, Kira A.; TITOVA, Nina N.; ALJOŠIN, Vladimir V. Obligately Phagotrophic Aphelids Turned out to Branch with the Earliest-diverging Fungi. S. 195–205. Protist [online]. 9. říjen 2012. Svazek 164, čís. 2, s. 195–205. Dostupné online. ISSN1434-4610. DOI10.1016/j.protis.2012.08.001. PMID23058793. (anglicky)
GAZIS, R.; MIADLIKOWSKA, J.; LUTZONI, F.; ARNOLD, A.E.; CHAVERRI, P. Culture-based study of endophytes associated with rubber trees in Peru reveals a new class of Pezizomycotina: Xylonomycetes. S. 294–304. Molecular Phylogenetics and Evolution [online]. Říjen 2012. Svazek 65, čís. 1, s. 294–304. Dostupné online. ISSN1055-7903. DOI10.1016/j.ympev.2012.06.019. (anglicky)
BOJKO, Jamie; REINKE, Aaron W.; STENTIFORD, Grant D.; WILLIAMS, Bryony; ROGERS, Martin S.J.; BASS, David. Microsporidia: a new taxonomic, evolutionary, and ecological synthesis. S. 642–659. Trends in Parasitology [online]. Elsevier Ltd., 2022-08 [cit. 2024-05-23]. Roč. 38, čís. 8, s. 642–659. Dostupné online. Dostupné také na: [11]. ISSN1471-5007. DOI10.1016/j.pt.2022.05.007. PMID35667993. (anglicky)
HARIDAS, S.; ALBERT, R.; BINDER, M.; BLOEM, J.; LABUTTI, K.; SALAMOV, A.; ANDREOPOULOS, B. 101 Dothideomycetes genomes: A test case for predicting lifestyles and emergence of pathogens. S. 141–153. Studies in Mycology [online]. Westerdijk Fungal Biodiversity Institute; in Elsevier B.V., 1. únor 2020 [cit. 2022-01-28]. Svazek 96, s. 141–153. Dostupné online. Dostupné také na: [12]. ISSN0166-0616. DOI10.1016/j.simyco.2020.01.003. PMID32206138. (anglicky)
SHIROUZU, Takashi; UNO, Kunihiko; HOSAKA, Kentaro, HOSOYA, Tsuyoshi. Early-diverging wood-decaying fungi detected using three complementary sampling methods. S. 11–20. Molecular Phylogenetics and Evolution [online]. 2. únor 2016. Svazek 98, s. 11–20. Dostupné online. ISSN1055-7903. DOI10.1016/j.ympev.2016.01.015. PMID26850687. (anglicky)
LARA, Enrique; MOREIRA, David; LÓPEZ-GARCÍA, Purificación. The Environmental Clade LKM11 and Rozella Form the Deepest Branching Clade of Fungi. Protist. Leden 2010, svazek 161, čís. 1, s. 116–121. Dostupné online [cit. 2010-01-04]. DOI10.1016/j.protis.2009.06.005. (anglicky)
BEIMFORDE, Christina; FELDBERG, Kathrin; NYLINDER, Stephan, RIKKINEN, Jouko; TUOVILA, Hanna; DÖRFELT, Heinrich; GUBE, Matthias; JACKSON, Daniel J.; REITNER, Joachim; SEYFULLAH, Leyla J.; SCHMIDT, Alexander R. Estimating the Phanerozoic history of the Ascomycota lineages: Combining fossil and molecular data. S. 386–398. Molecular Phylogenetics and Evolution [online]. 30. duben 2014. Svazek 78, s. 386–398. Dostupné online. ISSN1055-7903. DOI10.1016/j.ympev.2014.04.024. (anglicky)
STRASSERT, Jürgen F.H.; MONAGHAN, Michael T. Phylogenomic insights into the early diversification of fungi. S. 3628–3635.e3. Current Biology [online]. 2022-08 [cit. 2024-10-14]. Roč. 32, čís. 16, s. 3628–3635.e3. Dostupné online. Dostupné také na: [19]. ISSN1879-0445. DOI10.1016/j.cub.2022.06.057. PMID35830854. (anglicky)
sciencemag.org
ROSLING, Anna; COX, Filipa; CRUZ-MARTINEZ, Karelyn, Katarina Ihrmark, Gwen-Aëlle Grelet, Björn D. Lindahl, Audrius Menkis, Timothy Y. James. Archaeorhizomycetes: Unearthing an Ancient Class of Ubiquitous Soil Fungi. Science. 12. srpen 2011, svazek 333, čís. 6044, s. 876–879. Dostupné online [abstrakt]. ISSN0036-8075. DOI10.1126/science.1206958. (anglicky)
springer.com
link.springer.com
WIJAYAWARDENE, Nalin N.; PAWŁOWSKA, Julia; LETCHER, Peter M., et al. Notes for genera: basal clades of Fungi (including Aphelidiomycota, Basidiobolomycota, Blastocladiomycota, Calcarisporiellomycota, Caulochytriomycota, Chytridiomycota, Entomophthoromycota, Glomeromycota, Kickxellomycota, Monoblepharomycota, Mortierellomycota, Mucoromycota, Neocallimastigomycota, Olpidiomycota, Rozellomycota and Zoopagomycota). S. 43–129. Fungal Diversity [online]. Springer Nature Switzerland AG, 19. září 2018. Svazek 92, čís. 1, s. 43–129. Dostupné online. Dostupné také na: [1]. Dále dostupné na: [2]. ISSN1878-9129. DOI10.1007/s13225-018-0409-5. (anglicky)
TEDERSOO, Leho; SÁNCHEZ-RAMÍREZ,, Santiago; KÕLJALG, Urmas; BAHRAM, Mohammad; DÖRING, Markus; SCHIGEL, Dmitry; MAY, Tom, RYBERG, Martin; ABARENKOV, Kessy. High-level classification of the Fungi and a tool for evolutionary ecological analyses. S. 135–159. Fungal Diversity [online]. Springer Netherlands, 16. květen 2018. Svazek 90, čís. 1, s. 135–159. Dostupné online. ISSN1878-9129. DOI10.1007/s13225-018-0401-0. (anglicky)
CORSARO, Daniele; WYLEZICH, Claudia; VENDITTI, Danielle; MICHEL, Rolf; WALOCHNIK, Julia; WEGENSTEINER, Rudolf. Filling gaps in the microsporidian tree: rDNA phylogeny of Chytridiopsis typographi (Microsporidia: Chytridiopsida). S. 169–180. Parasitology Research [online]. Springer Nature Switzerland AG, 12. listopad 2018. Svazek 118, čís. 1, s. 169–180. Dostupné online. Dostupné také na: [10]. ISSN1432-1955. DOI10.1007/s00436-018-6130-1. PMID30421347. (anglicky)
Internetová stránka projektu AFTOL. aftol.org [online]. [cit. 2010-01-06]. Dostupné v archivu pořízeném z originálu dne 2017-01-21.
HIBBETT, David S., Manfred Binder, Joseph F. Bischoff, Meredith Blackwell, Paul F. Cannon, Ove E. Eriksson, Sabine Huhndorf, Timothy James, Paul M. Kirk, Robert Lücking, H. Thorsten Lumbsch, François Lutzoni, P. Brandon Matheny, David J. McLaughlin, Martha J. Powell, Scott Redhead, Conrad L. Schoch, Joseph W. Spatafora, Joost A. Stalpers, Rytas Vilgalys, M. Catherine Aime, André Aptroot, Robert Bauer, Dominik Begerow, Gerald L. Benny, Lisa A. Castlebury, Pedro W. Crous, Yu-Cheng Dai, Walter Gams, David M. Geiser, Gareth W. Griffith, Cécile Gueidan, David L. Hawksworth, Geir Hestmark, Kentaro Hosaka, Richard A. Humber, Kevin D. Hyde, Joseph E. Ironside, Urmas Kõljalg, Cletus P. Kurtzman, Karl-Henrik Larsson, Robert Lichtwardt, Joyce Longcore, Jolanta Miądlikowska, Andrew Miller, Jean-Marc Moncalvo, Sharon Mozley-Standridge, Franz Oberwinkler, Erast Parmasto, Valérie Reeb, Jack D. Rogers, Claude Roux, Leif Ryvarden, José Paulo Sampaio, Arthur Schüßler, Junta Sugiyama, R. Greg Thorn, Leif Tibell, Wendy A. Untereiner, Christopher Walker, Zheng Wang, Alex Weir, Michael Weiss, Merlin M. White, Katarina Winka, Yi-Jian Yao, Ning Zhang. A higher-level phylogenetic classification of the Fungi. S. 509–547. Mycological Research [online]. 13. března 2007 [cit. 2009-12-03]. Svazek 111, čís. 5, s. 509–547. Dostupné v archivu pořízeném z originálu dne 2010-06-10. ISSN0953-7562. DOI10.1016/j.mycres.2007.03.004. (anglicky)
NAGAHAMA, Takahiko; TAKAHASHI, Eriko; NAGANO, Yuriko; ABDEL-WAHAB, Mohamed A.; MIYAZAKI, Masayuki. Molecular evidence that deep-branching fungi are major fungal components in deep-sea methane cold-seep sediments. S. 2359–2370. Environmental Microbiology [online]. John Wiley & Sons, Inc., 23. květen 2011 [cit. 2020-10-13]. Svazek 13, čís. 8, s. 2359–2370. Dostupné v archivu pořízeném z originálu dne 2021-03-09. Dostupné také na: [6]. ISSN1462-2920. DOI10.1111/j.1462-2920.2011.02507.x. PMID21605311. (anglicky)
MONCHY, Sébastien; SANCIU, Giovanna; JOBARD, Marlène; RASCONI, Serena; GERPHAGNON, Mélanie; CHABÉ, Magali; CIAN, Amandine. Exploring and quantifying fungal diversity in freshwater lake ecosystems using rDNA cloning/sequencing and SSU tag pyrosequencing. S. 1433–1453. Environmental Microbiology [online]. John Wiley & Sons, Inc., 9. březen 2011 [cit. 2020-10-13]. Svazek 13, čís. 6, s. 1433–1453. Dostupné v archivu pořízeném z originálu dne 2021-03-09. Dostupné také na: [7]. PDF [8]. ISSN1462-2920. DOI10.1111/j.1462-2920.2011.02444.x. PMID21635672. (anglicky)
wiley.com
sfamjournals.onlinelibrary.wiley.com
NAGAHAMA, Takahiko; TAKAHASHI, Eriko; NAGANO, Yuriko; ABDEL-WAHAB, Mohamed A.; MIYAZAKI, Masayuki. Molecular evidence that deep-branching fungi are major fungal components in deep-sea methane cold-seep sediments. S. 2359–2370. Environmental Microbiology [online]. John Wiley & Sons, Inc., 23. květen 2011 [cit. 2020-10-13]. Svazek 13, čís. 8, s. 2359–2370. Dostupné v archivu pořízeném z originálu dne 2021-03-09. Dostupné také na: [6]. ISSN1462-2920. DOI10.1111/j.1462-2920.2011.02507.x. PMID21605311. (anglicky)
MONCHY, Sébastien; SANCIU, Giovanna; JOBARD, Marlène; RASCONI, Serena; GERPHAGNON, Mélanie; CHABÉ, Magali; CIAN, Amandine. Exploring and quantifying fungal diversity in freshwater lake ecosystems using rDNA cloning/sequencing and SSU tag pyrosequencing. S. 1433–1453. Environmental Microbiology [online]. John Wiley & Sons, Inc., 9. březen 2011 [cit. 2020-10-13]. Svazek 13, čís. 6, s. 1433–1453. Dostupné v archivu pořízeném z originálu dne 2021-03-09. Dostupné také na: [7]. PDF [8]. ISSN1462-2920. DOI10.1111/j.1462-2920.2011.02444.x. PMID21635672. (anglicky)
WIJAYAWARDENE, Nalin N.; HYDE, Kevin D., Al-Ani L. K. T., Tedersoo L., Haelewaters D., Rajeshkumar K. C., Zhao R. L., Aptroot A., Leontyev D. V., Saxena R. K., Tokarev Y. S., Dai D. Q., Letcher P. M., Stephenson S. L., Ertz D., Lumbsch H. T., Kukwa M., Issi I. V., Madrid H., Phillips A. J. L., Selbmann L., Pfliegler W. P., Horváth E., Bensch K., Kirk P. M., Kolaříková K., Raja H. A., Radek R., Papp V., Dima B., Ma J., Malosso E., Takamatsu S., Rambold G., Gannibal P. B., Triebel D., Gautam A. K., Avasthi S., Suetrong S., Timdal E., Fryar S. C., Delgado G., Réblová M., Doilom M., Dolatabadi S., Pawłowska J., Humber R. A., Kodsueb R., Sánchez-Castro I., Goto B. T., Silva D. K. A., de Souza F. A., Oehl F., da Silva G. A., Silva I. R., Błaszkowski J., Jobim K., Maia L. C., Barbosa F. R., Fiuza P. O., Divakar P. K., Shenoy B. D., Castañeda-Ruiz R. F., Somrithipol S., Lateef A. A., Karunarathna S. C., Tibpromma S., Mortimer P. E., Wanasinghe D. N., Phookamsak R., Xu J., Wang Y., Tian F., Alvarado P., Li D. W., Kušan I., Matočec N., Maharachchikumbura S. S. N., Papizadeh M., Heredia G., Wartchow F., Bakhshi M., Boehm E., Youssef N., Hustad V. P., Lawrey J. D., Santiago A. L. C. M. A., Bezerra J. D. P., Souza-Motta C. M., Firmino A. L., Tian Q., Houbraken J., Hongsanan S., Tanaka K., Dissanayake A. J., Monteiro J. S., Grossart H. P., Suija A., Weerakoon G., Etayo J., Tsurykau A., Vázquez V., Mungai P., Damm U., Li Q. R., Zhang H., Boonmee S., Lu Y. Z., Becerra A. G., Kendrick B., Brearley F. Q., Motiejūnaitė J., Sharma B., Khare R., Gaikwad S., Wijesundara D. S. A., Tang L. Z., He M. Q., Flakus A., Rodriguez-Flakus P., Zhurbenko M. P., McKenzie E. H. C., Stadler M., Bhat D. J., Liu J. K., Raza M., Jeewon R., Nassonova E. S., Prieto M., Jayalal R. G. U., Erdoğdu M., Yurkov A., Schnittler M., Shchepin O. N., Novozhilov Y. K., Silva-Filho A. G. S., Liu P., Cavender J. C., Kang Y., Mohammad S., Zhang L. F., Xu R. F., Li Y. M., Dayarathne M. C., Ekanayaka A. H., Wen T. C., Deng C. Y., Pereira O. L., Navathe S., Hawksworth D. L., Fan X. L., Dissanayake L. S., Kuhnert E., Grossart H. P., Thines M. Outline of Fungi and fungus-like taxa. S. 1060–1456. Mycosphere [online]. Innovative Institute for Plant Health, Zhongkai University of Agriculture and Engineering, 18. březen 2020 [cit. 2020-09-05]. Svazek 11, čís. 1:8, s. 1060–1456. Dostupné online. ISSN2077-7019. DOI10.5943/mycosphere/11/1/8. (anglicky)
WIJAYAWARDENE, Nalin N.; PAWŁOWSKA, Julia; LETCHER, Peter M., et al. Notes for genera: basal clades of Fungi (including Aphelidiomycota, Basidiobolomycota, Blastocladiomycota, Calcarisporiellomycota, Caulochytriomycota, Chytridiomycota, Entomophthoromycota, Glomeromycota, Kickxellomycota, Monoblepharomycota, Mortierellomycota, Mucoromycota, Neocallimastigomycota, Olpidiomycota, Rozellomycota and Zoopagomycota). S. 43–129. Fungal Diversity [online]. Springer Nature Switzerland AG, 19. září 2018. Svazek 92, čís. 1, s. 43–129. Dostupné online. Dostupné také na: [1]. Dále dostupné na: [2]. ISSN1878-9129. DOI10.1007/s13225-018-0409-5. (anglicky)
HIBBETT, David S., Manfred Binder, Joseph F. Bischoff, Meredith Blackwell, Paul F. Cannon, Ove E. Eriksson, Sabine Huhndorf, Timothy James, Paul M. Kirk, Robert Lücking, H. Thorsten Lumbsch, François Lutzoni, P. Brandon Matheny, David J. McLaughlin, Martha J. Powell, Scott Redhead, Conrad L. Schoch, Joseph W. Spatafora, Joost A. Stalpers, Rytas Vilgalys, M. Catherine Aime, André Aptroot, Robert Bauer, Dominik Begerow, Gerald L. Benny, Lisa A. Castlebury, Pedro W. Crous, Yu-Cheng Dai, Walter Gams, David M. Geiser, Gareth W. Griffith, Cécile Gueidan, David L. Hawksworth, Geir Hestmark, Kentaro Hosaka, Richard A. Humber, Kevin D. Hyde, Joseph E. Ironside, Urmas Kõljalg, Cletus P. Kurtzman, Karl-Henrik Larsson, Robert Lichtwardt, Joyce Longcore, Jolanta Miądlikowska, Andrew Miller, Jean-Marc Moncalvo, Sharon Mozley-Standridge, Franz Oberwinkler, Erast Parmasto, Valérie Reeb, Jack D. Rogers, Claude Roux, Leif Ryvarden, José Paulo Sampaio, Arthur Schüßler, Junta Sugiyama, R. Greg Thorn, Leif Tibell, Wendy A. Untereiner, Christopher Walker, Zheng Wang, Alex Weir, Michael Weiss, Merlin M. White, Katarina Winka, Yi-Jian Yao, Ning Zhang. A higher-level phylogenetic classification of the Fungi. S. 509–547. Mycological Research [online]. 13. března 2007 [cit. 2009-12-03]. Svazek 111, čís. 5, s. 509–547. Dostupné v archivu pořízeném z originálu dne 2010-06-10. ISSN0953-7562. DOI10.1016/j.mycres.2007.03.004. (anglicky)
KARPOV, Sergej A.; MICHAJLOV, Kirill V.; MIRZAEVA, Gulnara S., MIRABDULLAEV, Iskandar M.; MAMKAEVA, Kira A.; TITOVA, Nina N.; ALJOŠIN, Vladimir V. Obligately Phagotrophic Aphelids Turned out to Branch with the Earliest-diverging Fungi. S. 195–205. Protist [online]. 9. říjen 2012. Svazek 164, čís. 2, s. 195–205. Dostupné online. ISSN1434-4610. DOI10.1016/j.protis.2012.08.001. PMID23058793. (anglicky)
JONES, Meredith D. M.; FORN, Irene; GADELHA, Catarina, Martin J. Egan, David Bass, Ramon Massana, Thomas A. Richards. Discovery of novel intermediate forms redefines the fungal tree of life. Nature. 11. květen 2011, svazek 474, čís. 7350, s. 200–203. Dostupné online [abstrakt]. ISSN0028-0836. DOI10.1038/nature09984. (anglicky)
BAUER, Robert; GARNICA, Sigisfredo; OBERWINKLER, Franz, RIESS, Kai; WEISS, Michael; BEGEROW, Dominik. Entorrhizomycota: A New Fungal Phylum Reveals New Perspectives on the Evolution of Fungi. S. 1–19. PLoS ONE [online]. 22. červenec 2015. Svazek 10, čís. 7: e0128183, s. 1–19. Dostupné online. ISSN1932-6203. DOI10.1371/journal.pone.0128183. (anglicky)
ROSLING, Anna; COX, Filipa; CRUZ-MARTINEZ, Karelyn, Katarina Ihrmark, Gwen-Aëlle Grelet, Björn D. Lindahl, Audrius Menkis, Timothy Y. James. Archaeorhizomycetes: Unearthing an Ancient Class of Ubiquitous Soil Fungi. Science. 12. srpen 2011, svazek 333, čís. 6044, s. 876–879. Dostupné online [abstrakt]. ISSN0036-8075. DOI10.1126/science.1206958. (anglicky)
GAZIS, R.; MIADLIKOWSKA, J.; LUTZONI, F.; ARNOLD, A.E.; CHAVERRI, P. Culture-based study of endophytes associated with rubber trees in Peru reveals a new class of Pezizomycotina: Xylonomycetes. S. 294–304. Molecular Phylogenetics and Evolution [online]. Říjen 2012. Svazek 65, čís. 1, s. 294–304. Dostupné online. ISSN1055-7903. DOI10.1016/j.ympev.2012.06.019. (anglicky)
TEDERSOO, Leho; SÁNCHEZ-RAMÍREZ,, Santiago; KÕLJALG, Urmas; BAHRAM, Mohammad; DÖRING, Markus; SCHIGEL, Dmitry; MAY, Tom, RYBERG, Martin; ABARENKOV, Kessy. High-level classification of the Fungi and a tool for evolutionary ecological analyses. S. 135–159. Fungal Diversity [online]. Springer Netherlands, 16. květen 2018. Svazek 90, čís. 1, s. 135–159. Dostupné online. ISSN1878-9129. DOI10.1007/s13225-018-0401-0. (anglicky)
SJÖKVIST, Elisabet; PFEIL, Bernard E.; LARSSON, Ellen, LARSSON, Karl-Henrik. Stereopsidales - A New Order of Mushroom-Forming Fungi. S. 1–9. PLoS ONE [online]. 28. duben 2014. Svazek 9, čís. 4: e95227, s. 1–9. Dostupné online. Dostupné také na: [3]. ISSN1932-6203. DOI10.1371/journal.pone.0095227. PMID24777067. (anglicky)
GALINDO, Luis Javier; LÓPEZ-GARCÍA, Purificación; TORRUELLA, Guifré; KARPOV, Sergey; MOREIRA, David. Phylogenomics of a new fungal phylum reveals multiple waves of reductive evolution across Holomycota. Nature Communications [online]. Springer Nature Limited, 2021-12 [cit. 2022-10-06]. Roč. 12: 4973. Dostupné online. ISSN2041-1723. DOI10.1038/s41467-021-25308-w. (anglicky)
TEDERSOO, Leho; BAHRAM, Mohammad; PUUSEPP, Rasmus; NILSSON, R. Henrik; JAMES, Timothy Y. Novel soil-inhabiting clades fill gaps in the fungal tree of life. Microbiome [online]. BioMed Central Ltd, part of Springer Nature, 8. duben 2017. Svazek 5, čís. 1:42. Dostupné online. Dostupné také na: [4]. Dále dostupné na: [5]. ISSN2049-2618. DOI10.1186/s40168-017-0259-5. PMID28388929. (anglicky)
NAGAHAMA, Takahiko; TAKAHASHI, Eriko; NAGANO, Yuriko; ABDEL-WAHAB, Mohamed A.; MIYAZAKI, Masayuki. Molecular evidence that deep-branching fungi are major fungal components in deep-sea methane cold-seep sediments. S. 2359–2370. Environmental Microbiology [online]. John Wiley & Sons, Inc., 23. květen 2011 [cit. 2020-10-13]. Svazek 13, čís. 8, s. 2359–2370. Dostupné v archivu pořízeném z originálu dne 2021-03-09. Dostupné také na: [6]. ISSN1462-2920. DOI10.1111/j.1462-2920.2011.02507.x. PMID21605311. (anglicky)
MONCHY, Sébastien; SANCIU, Giovanna; JOBARD, Marlène; RASCONI, Serena; GERPHAGNON, Mélanie; CHABÉ, Magali; CIAN, Amandine. Exploring and quantifying fungal diversity in freshwater lake ecosystems using rDNA cloning/sequencing and SSU tag pyrosequencing. S. 1433–1453. Environmental Microbiology [online]. John Wiley & Sons, Inc., 9. březen 2011 [cit. 2020-10-13]. Svazek 13, čís. 6, s. 1433–1453. Dostupné v archivu pořízeném z originálu dne 2021-03-09. Dostupné také na: [7]. PDF [8]. ISSN1462-2920. DOI10.1111/j.1462-2920.2011.02444.x. PMID21635672. (anglicky)
MAY, Tom W.; REDHEAD, Scott A.; BENSCH, Konstanze; HAWKSWORTH, David L.; LENDEMER, James; LOMBARD, Lorenzo; TURLAND, Nicholas J. Chapter F of the International Code of Nomenclature for algae, fungi, and plants as approved by the 11th International Mycological Congress, San Juan, Puerto Rico, July 2018. IMA Fungus [online]. BioMed Central Ltd, part of Springer Nature, 27. prosinec 2019. Svazek 10, čís. 21. Dostupné online. ISSN2210-6359. DOI10.1186/s43008-019-0019-1. (anglicky)
CORSARO, Daniele; WYLEZICH, Claudia; VENDITTI, Danielle; MICHEL, Rolf; WALOCHNIK, Julia; WEGENSTEINER, Rudolf. Filling gaps in the microsporidian tree: rDNA phylogeny of Chytridiopsis typographi (Microsporidia: Chytridiopsida). S. 169–180. Parasitology Research [online]. Springer Nature Switzerland AG, 12. listopad 2018. Svazek 118, čís. 1, s. 169–180. Dostupné online. Dostupné také na: [10]. ISSN1432-1955. DOI10.1007/s00436-018-6130-1. PMID30421347. (anglicky)
BOJKO, Jamie; REINKE, Aaron W.; STENTIFORD, Grant D.; WILLIAMS, Bryony; ROGERS, Martin S.J.; BASS, David. Microsporidia: a new taxonomic, evolutionary, and ecological synthesis. S. 642–659. Trends in Parasitology [online]. Elsevier Ltd., 2022-08 [cit. 2024-05-23]. Roč. 38, čís. 8, s. 642–659. Dostupné online. Dostupné také na: [11]. ISSN1471-5007. DOI10.1016/j.pt.2022.05.007. PMID35667993. (anglicky)
SOUTH, Lilith R.; HURDEAL, Vedprakash G.; FAST, Naomi M. Genomics and phylogenetic relationships of microsporidia and their relatives. Journal of Eukaryotic Microbiology [online]. Society of Protozoologists in John Wiley & Sons, Inc., 2024-07-30 [cit. 2024-10-02]. Roč. 71, čís. 5: e13051. Dostupné online. ISSN1550-7408. DOI10.1111/jeu.13051. PMID39079911. (anglicky)
AMSES, Kevin R.; SIMMONS, D. Rabern; LONGCORE, Joyce E.; MONDO, Stephen J.; SETO, Kensuke; JERÔNIMO, Gustavo H.; BONDS, Anne E. Diploid-dominant life cycles characterize the early evolution of Fungi. S. e2116841119. Proceedings of the National Academy of Sciences [online]. 2022-09-06 [cit. 2022-11-29]. Roč. 119, čís. 36, s. e2116841119. Dostupné online. ISSN1091-6490. DOI10.1073/pnas.2116841119. (anglicky)
HARIDAS, S.; ALBERT, R.; BINDER, M.; BLOEM, J.; LABUTTI, K.; SALAMOV, A.; ANDREOPOULOS, B. 101 Dothideomycetes genomes: A test case for predicting lifestyles and emergence of pathogens. S. 141–153. Studies in Mycology [online]. Westerdijk Fungal Biodiversity Institute; in Elsevier B.V., 1. únor 2020 [cit. 2022-01-28]. Svazek 96, s. 141–153. Dostupné online. Dostupné také na: [12]. ISSN0166-0616. DOI10.1016/j.simyco.2020.01.003. PMID32206138. (anglicky)
SUGITA, Ryosuke; TANAKA, Kazuaki. Thyridium revised: Synonymisation of Phialemoniopsis under Thyridium and establishment of a new order, Thyridiales. S. 147–176. MycoKeys [online]. Pensoft Publishers, 2022-02-01 [cit. 2024-02-14]. Roč. 86, s. 147–176. Dostupné online. Dostupné také na: [13]. ISSN1314-4049. DOI10.3897/mycokeys.86.78989. PMID35145340. (anglicky)
BAO, Dan-Feng; HYDE, Kevin D.; MAHARACHCHIKUMBURA, Sajeewa S. N.; PERERA, Rekhani H.; THIYAGARAJA, Vinodhini; HONGSANAN, Sinang; WANASINGHE, Dhanushka N. Taxonomy, phylogeny and evolution of freshwater Hypocreomycetidae (Sordariomycetes). S. 1–94. Fungal Diversity [online]. Springer Nature, 2023-07 [cit. 2023-11-30]. Roč. 121, čís. 1, s. 1–94. Dostupné online. ISSN1878-9129. DOI10.1007/s13225-023-00521-8. (anglicky)
ČADEŽ, Neža; DLAUCHY, Dénes; TOME, Miha; PÉTER, Gábor. Novakomyces olei sp. nov., the First Member of a Novel Taphrinomycotina Lineage. S. 301. Microorganisms [online]. MDPI, 2021-02-02 [cit. 2023-09-25]. Roč. 9, čís. 2, s. 301. Dostupné online. ISSN2076-2607. DOI10.3390/microorganisms9020301. (anglicky)
SHIROUZU, Takashi; UNO, Kunihiko; HOSAKA, Kentaro, HOSOYA, Tsuyoshi. Early-diverging wood-decaying fungi detected using three complementary sampling methods. S. 11–20. Molecular Phylogenetics and Evolution [online]. 2. únor 2016. Svazek 98, s. 11–20. Dostupné online. ISSN1055-7903. DOI10.1016/j.ympev.2016.01.015. PMID26850687. (anglicky)
KIJPORNYONGPAN, Teeratas; MONDO, Stephen J.; BARRY, Kerrie; SANDOR, Laura; LEE, Juna; LIPZEN, Anna; PANGILINAN, Jasmyn, LaBUTTI, Kurt; HAINAUT, Matthieu; HENRISSAT, Bernard; GRIGORIEV, Igor V.; SPATAFORA, Joseph W.; AIME, M. Catherine. Broad Genomic Sampling Reveals a Smut Pathogenic Ancestry of the Fungal Clade Ustilaginomycotina. S. 1840–1854. Molecular Biology and Evolution [online]. Society for Molecular Biology and Evolution, 15. květen 2018. Svazek 35, čís. 8, s. 1840–1854. Dostupné online. ISSN1537-1719. DOI10.1093/molbev/msy072. PMID29771364. (anglicky)
HAO WANG, Zhao Xu, Lei Gao, Bailin Hao. A fungal phylogeny based on 82 complete genomes using the composition vector method. S. 1–13. BMC Evolutionary Biology [online]. 10. srpna 2009 [cit. 2009-12-03]. Svazek 9, čís. 195, s. 1–13. Dostupné online. PDF [14]. ISSN1471-2148. DOI10.1186/1471-2148-9-195. (anglicky)
YU LIU; STEENKAMP, Emma T.; BRINKMANN, Henner, Lise Forget, Herve Philippe, B. Franz Lang. Phylogenomic analyses predict sistergroup relationship of nucleariids and Fungi and paraphyly of zygomycetes with significant support. S. 1–31. BMC Evolutionary Biology [online]. 25. listopad 2009 [cit. 2009-12-02]. 9 svazek, čís. 272, s. 1–31. Dostupné online. PDF [15]. ISSN1471-2148. DOI10.1186/1471-2148-9-272. (anglicky)
EBERSBERGER, Ingo; MATOS SIMOES, Ricardo de; KUPCZOK, Anne, GUBE, Matthias; KOTHE, Erika; VOIGT, Kerstin; von HAESELER, Arndt. A Consistent Phylogenetic Backbone for the Fungi. S. 1319–1334. Molecular Biology and Evolution [online]. 22. listopad 2011. Svazek 29, s. 1319–1334. ISSN1537-1719. DOI10.1093/molbev/msr285. (anglicky)
ZHUANG, Wen-Ying; LIU, Chao-Yang. What an rRNA Secondary Structure Tells about Phylogeny of Fungi in Ascomycota with Emphasis on Evolution of Major Types of Ascus. S. 1–10. PLoS ONE [online]. 26. říjen 2012. Svazek 7, čís. 10: e47546, s. 1–10. Dostupné online. Dostupné také na: [16]. ISSN1932-6203. DOI10.1371/journal.pone.0047546. PMID23110078. (anglicky)
BEIMFORDE, Christina; FELDBERG, Kathrin; NYLINDER, Stephan, RIKKINEN, Jouko; TUOVILA, Hanna; DÖRFELT, Heinrich; GUBE, Matthias; JACKSON, Daniel J.; REITNER, Joachim; SEYFULLAH, Leyla J.; SCHMIDT, Alexander R. Estimating the Phanerozoic history of the Ascomycota lineages: Combining fossil and molecular data. S. 386–398. Molecular Phylogenetics and Evolution [online]. 30. duben 2014. Svazek 78, s. 386–398. Dostupné online. ISSN1055-7903. DOI10.1016/j.ympev.2014.04.024. (anglicky)
SOKOLOVA, Ju. Ja. (Соколова Ю. Я.). Origin of Microsporidia and their systematic position among eukaryotes. Микология и фитопатология. 2009, svazek 43, čís. 3, s. 177–192. Dostupné online [abstrakt]. ISSN0026-3648. (anglicky)
KOESTLER, Tina; EBERSBERGER, Ingo. Zygomycetes, microsporidia, and the evolutionary ancestry of sex determination. S. 186–194. Genome Biology and Evolution [online]. 9. únor 2011. Svazek 3, s. 186–194. Dostupné online. PDF [17]. ISSN1759-6653. DOI10.1093/gbe/evr009. (anglicky)
BROWN, Matthew W.; SPIEGEL, Frederick W.; SILBERMAN, Jeffrey D. Phylogeny of the “Forgotten” Cellular Slime Mold, Fonticula alba, Reveals a Key Evolutionary Branch within Opisthokonta. S. 2699–2709. Molecular Biology and Evolution [online]. 19. srpen 2009. Svazek 26, čís. 12, s. 2699–2709. Dostupné online. PDF [18]. ISSN1537-1719. DOI10.1093/molbev/msp185. (anglicky)
STRASSERT, Jürgen F.H.; MONAGHAN, Michael T. Phylogenomic insights into the early diversification of fungi. S. 3628–3635.e3. Current Biology [online]. 2022-08 [cit. 2024-10-14]. Roč. 32, čís. 16, s. 3628–3635.e3. Dostupné online. Dostupné také na: [19]. ISSN1879-0445. DOI10.1016/j.cub.2022.06.057. PMID35830854. (anglicky)