Laut Roth wurde das Institut 1949 gegründet: Markus Roth: Herrenmenschen. Die deutschen Kreishauptleute im besetzten Polen – Karrierewege, Herrschaftspraxis und Nachgeschichte. Wallstein, Göttingen 2009, ISBN 978-3-8353-0477-2, S. 420. Archivalien des Instituts liegen im Staatsarchiv Sigmaringen, soweit landesbezogen, und größtenteils im Bundesarchiv. Der Name des „Instituts für Besatzungsfragen“ wird auch von der örtlichen Universität Tübingen benutzt, in dessen Namen gibt es sogar eine Promotion. Das wirkliche Verhältnis der beiden Institute zueinander ist noch nicht wissenschaftlich publiziert. Der Spiegel berichtete: „Zu den ‚richtigen‘ Empfängern von Industrie-Spenden zählt Emmendörfer unter anderem das Tübinger Institut für Besatzungsfragen, dessen Förderung ihm Herzenssache ist. Das Institut für Besatzungsfragen ist emsig bemüht, die Behauptungen der Anklagebehörden in den Nürnberger Prozessen der ersten Nachkriegsjahre kritisch zu untersuchen. Spendenpolizist Emmendörfer heftet alle Papiere dieses Fragenkomplexes in Ordner mit der Aufschrift: ‚D. R.‘ (Deutsche Rehabilitierung). Meint Emmendörfer: ‚Wenn wir mit den Leuten in der Montan-Union zusammensitzen, müssen wir schließlich eine weiße Weste haben.‘“ (Die milden Gaben. In: Der Spiegel. Nr.2, 1958, S.22 (online – 8. Januar 1958).)
