El Diccionario Biográfico Español indica: «Al poco de iniciada la contienda, es apresado y encarcelado en una de las cárceles de Madrid. En la prensa de Jerez del 13 de marzo de 1937 se dice lo siguiente: “A consecuencia de los sufrimientos y del hambre ha fallecido, en una cárcel de Madrid, el almirante don Honorio Cornejo Carvajal, ex Ministro de Marina durante la Dictadura, natural de Zalamea la Real (Huelva).”»
