Pepys, n'ayant pas eu de postérité, a légué l'ensemble de ses biens à l'un de ses neveux, John Jackson (mort en 1724). Celui-ci est le fils d'une sœur de Pepys, Paulina (1640-1689), et de son mari, John Jackson (mort en 1680) Cf. Généalogie des Pepys-Cockerell. Le neveu et héritier de Pepys, John Jackson, et son épouse Anne ont eu plusieurs enfants, dont une fille, Frances (1722-1769), qui a épousé John Cockerell (1714-1767). De ce mariage sont issus les trois frères Cockerell : John, Charles et Samuel Pepys Cockerell.
