Dans sa première séance, le 21 décembre 1797, la société salue la fin d'une « longue tourmente » et ses membres veulent « mettre en commun lumières et expériences » pour relever le « Temple des arts » qui a fait autrefois leur gloire. L'arrêté du , à la suite de la loi du 11 floréal de l'an X (1er mai 1802) créant les lycées impériaux, interdit aux assemblées scientifiques de porter le nom de Lycée, l'assemblée toulousaine prend alors le nom d'Athénée (Jérôme Lamy, L'observatoire de Toulouse aux XVIIIe et XIXe siècles : Archéologie d'un espace savant, Presses universitaires de Rennes, 544 p. (ISBN978-2-753504-23-3, lire en ligne), p. 257).
