Le Derry City FC, 3e du championnat d'Irlande 2011, a connu une liquidation en 2010, ce qui entraîne une suspension des compétitions de l'UEFA d'une durée de trois ans. Le cinquième du championnat est donc qualifié. (en) « Derry City are refused entry to Europa League by Uefa », sur www.bbc.co.uk, (consulté le )
L'AEK Athènes, 2e du playoff grec, a été interdit par la Fédération grecque de participer aux compétitions européennes (Ligue des Champions et Ligue Europa) en raison de problèmes financiers. Atromitos et le PAOK avancent d'un tour de qualification et le sixième du championnat, l'Asteras Tripolis, remplace l'AEK au deuxième tour. « L'AEK Athènes interdit de Ligue Europa », sur lequipe.fr, (consulté le )
Le Beşiktaş et Bursaspor, respectivement 4e et 5e du championnat de Turquie 2011-2012, ont été exclus le par l'UEFA des compétitions européennes (Ligue des Champions et Ligue Europa) pour une durée de respectivement cinq et quatre ans. Après appel auprès du Tribunal arbitral du sport, Bursaspor a été autorisé à participer à la Ligue Europa. « Communiqué de l'UEFA sur le Bursaspor », sur fr.uefa.com, (consulté le )