Leonid Meyerguz, Jon Kleinberg et Ron Elber, « The network of sequence flow between protein structures », Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, vol. 104, no 28, , p. 11627–11632 (ISSN0027-8424, PMID17596339, PMCIDPMC1913895, DOI10.1073/pnas.0701393104, lire en ligne, consulté le )
Manuel M. Müller, Jane R. Allison, Narupat Hongdilokkul et Laurent Gaillon, « Directed evolution of a model primordial enzyme provides insights into the development of the genetic code », PLoS genetics, vol. 9, no 1, , e1003187 (ISSN1553-7404, PMID23300488, PMCIDPMC3536711, DOI10.1371/journal.pgen.1003187, lire en ligne, consulté le )
Ryan T. Hietpas, Jeffrey D. Jensen et Daniel N. A. Bolon, « Experimental illumination of a fitness landscape », Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, vol. 108, no 19, , p. 7896–7901 (ISSN1091-6490, PMID21464309, PMCIDPMC3093508, DOI10.1073/pnas.1016024108, lire en ligne, consulté le )
Shimon Bershtein, Korina Goldin et Dan S. Tawfik, « Intense neutral drifts yield robust and evolvable consensus proteins », Journal of Molecular Biology, vol. 379, no 5, , p. 1029–1044 (ISSN1089-8638, PMID18495157, DOI10.1016/j.jmb.2008.04.024, lire en ligne, consulté le )
Jerry A. Coyne, Nicholas H. Barton et Michael Turelli, « Perspective: A Critique of Sewall Wright's Shifting Balance Theory of Evolution », Evolution, vol. 51, no 3, , p. 643–671 (DOI10.2307/2411143, lire en ligne, consulté le )
(en) Eric J. Hayden, Evandro Ferrada et Andreas Wagner, « Cryptic genetic variation promotes rapid evolutionary adaptation in an RNA enzyme », Nature, vol. 474, no 7349, , p. 92–95 (ISSN0028-0836, DOI10.1038/nature10083, lire en ligne, consulté le )
Erich Bornberg-Bauer, Ann-Kathrin Huylmans et Tobias Sikosek, « How do new proteins arise? », Current Opinion in Structural Biology, nucleic acids / Sequences and topology, vol. 20, no 3, , p. 390–396 (DOI10.1016/j.sbi.2010.02.005, lire en ligne, consulté le )
P. R. Stein et M. S. Waterman, « On some new sequences generalizing the Catalan and Motzkin numbers », Discrete Mathematics, vol. 26, no 3, , p. 261–272 (DOI10.1016/0012-365X(79)90033-5, lire en ligne, consulté le )
R. Nussinov, G. Pieczenik, J. Griggs et D. Kleitman, « Algorithms for Loop Matchings », SIAM Journal on Applied Mathematics, vol. 35, no 1, , p. 68–82 (ISSN0036-1399, DOI10.1137/0135006, lire en ligne, consulté le )
J. Howell, T. Smith et M. Waterman, « Computation of Generating Functions for Biological Molecules », SIAM Journal on Applied Mathematics, vol. 39, no 1, , p. 119–133 (ISSN0036-1399, DOI10.1137/0139010, lire en ligne, consulté le )
D. Sankoff, « Simultaneous Solution of the RNA Folding, Alignment and Protosequence Problems », SIAM Journal on Applied Mathematics, vol. 45, no 5, , p. 810–825 (ISSN0036-1399, DOI10.1137/0145048, lire en ligne, consulté le )
Michael S Waterman et Temple F Smith, « Rapid dynamic programming algorithms for RNA secondary structure », Advances in Applied Mathematics, vol. 7, no 4, , p. 455–464 (DOI10.1016/0196-8858(86)90025-4, lire en ligne, consulté le )
J. S. McCaskill, « The equilibrium partition function and base pair binding probabilities for RNA secondary structure », Biopolymers, vol. 29, nos 6-7, , p. 1105–1119 (ISSN0006-3525, PMID1695107, DOI10.1002/bip.360290621, lire en ligne, consulté le )
Michael Zuker et Patrick Stiegler, « Optimal computer folding of large RNA sequences using thermodynamics and auxiliary information », Nucleic Acids Research, vol. 9, no 1, , p. 133–148 (ISSN0305-1048, DOI10.1093/nar/9.1.133, lire en ligne, consulté le )
(en) Gary M. Studnicka, Georgia M. Rahn, Ian W. Cummings et Winston A. Salser, « Computer method for predicting the secondary structure of single-stranded RNA », Nucleic Acids Research, vol. 5, no 9, , p. 3365–3388 (ISSN0305-1048, DOI10.1093/nar/5.9.3365, lire en ligne, consulté le )
(en) I. L. Hofacker, W. Fontana, P. F. Stadler et L. S. Bonhoeffer, « Fast folding and comparison of RNA secondary structures », Monatshefte für Chemie / Chemical Monthly, vol. 125, no 2, , p. 167–188 (ISSN0026-9247 et 1434-4475, DOI10.1007/BF00818163, lire en ligne, consulté le )
P. Schuster, W. Fontana, P. F. Stadler et I. L. Hofacker, « From sequences to shapes and back: a case study in RNA secondary structures », Proceedings. Biological Sciences, vol. 255, no 1344, , p. 279–284 (ISSN0962-8452, PMID7517565, DOI10.1098/rspb.1994.0040, lire en ligne, consulté le )
Ivo L. Hofacker, Peter Schuster et Peter F. Stadler, « Combinatorics of RNA secondary structures », Discrete Applied Mathematics, computational Molecular Biology DAM - CMB Series, vol. 88, no 1, , p. 207–237 (DOI10.1016/S0166-218X(98)00073-0, lire en ligne, consulté le )
(en) Andreas Wagner, The Origins of Evolutionary Innovations : A Theory of Transformative Change in Living Systems, OUP Oxford, , 264 p. (ISBN978-0-19-162128-4, lire en ligne)
iesbernatguinovart.com
(en) M. Kimura, « Evolutionary Rate at the Molecular Level », Nature, vol. 217, , p. 624-626 (lire en ligne)
(en) J.L. King et T. H. Jukes, « Non-Darwinian Evolution », Science, vol. 164, , p. 788-797 (lire en ligne)
issn.org
portal.issn.org
E. van Nimwegen, J. P. Crutchfield et M. Huynen, « Neutral evolution of mutational robustness », Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, vol. 96, no 17, , p. 9716–9720 (ISSN0027-8424, PMID10449760, lire en ligne, consulté le )
Leonid Meyerguz, Jon Kleinberg et Ron Elber, « The network of sequence flow between protein structures », Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, vol. 104, no 28, , p. 11627–11632 (ISSN0027-8424, PMID17596339, PMCIDPMC1913895, DOI10.1073/pnas.0701393104, lire en ligne, consulté le )
Manuel M. Müller, Jane R. Allison, Narupat Hongdilokkul et Laurent Gaillon, « Directed evolution of a model primordial enzyme provides insights into the development of the genetic code », PLoS genetics, vol. 9, no 1, , e1003187 (ISSN1553-7404, PMID23300488, PMCIDPMC3536711, DOI10.1371/journal.pgen.1003187, lire en ligne, consulté le )
Ryan T. Hietpas, Jeffrey D. Jensen et Daniel N. A. Bolon, « Experimental illumination of a fitness landscape », Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, vol. 108, no 19, , p. 7896–7901 (ISSN1091-6490, PMID21464309, PMCIDPMC3093508, DOI10.1073/pnas.1016024108, lire en ligne, consulté le )
M. Kimura, « Evolutionary rate at the molecular level », Nature, vol. 217, no 5129, , p. 624–626 (ISSN0028-0836, PMID5637732, lire en ligne, consulté le )
Shimon Bershtein, Korina Goldin et Dan S. Tawfik, « Intense neutral drifts yield robust and evolvable consensus proteins », Journal of Molecular Biology, vol. 379, no 5, , p. 1029–1044 (ISSN1089-8638, PMID18495157, DOI10.1016/j.jmb.2008.04.024, lire en ligne, consulté le )
E. K. Davies, A. D. Peters et P. D. Keightley, « High frequency of cryptic deleterious mutations in Caenorhabditis elegans », Science (New York, N.Y.), vol. 285, no 5434, , p. 1748–1751 (ISSN0036-8075, PMID10481013, lire en ligne, consulté le )
(en) Eric J. Hayden, Evandro Ferrada et Andreas Wagner, « Cryptic genetic variation promotes rapid evolutionary adaptation in an RNA enzyme », Nature, vol. 474, no 7349, , p. 92–95 (ISSN0028-0836, DOI10.1038/nature10083, lire en ligne, consulté le )
F. H. Crick, « The origin of the genetic code », Journal of Molecular Biology, vol. 38, no 3, , p. 367–379 (ISSN0022-2836, PMID4887876, lire en ligne, consulté le )
T. F. Smith et M. S. Waterman, « Identification of common molecular subsequences », Journal of Molecular Biology, vol. 147, no 1, , p. 195–197 (ISSN0022-2836, PMID7265238, lire en ligne, consulté le )
R. Nussinov, G. Pieczenik, J. Griggs et D. Kleitman, « Algorithms for Loop Matchings », SIAM Journal on Applied Mathematics, vol. 35, no 1, , p. 68–82 (ISSN0036-1399, DOI10.1137/0135006, lire en ligne, consulté le )
J. Howell, T. Smith et M. Waterman, « Computation of Generating Functions for Biological Molecules », SIAM Journal on Applied Mathematics, vol. 39, no 1, , p. 119–133 (ISSN0036-1399, DOI10.1137/0139010, lire en ligne, consulté le )
D. Sankoff, « Simultaneous Solution of the RNA Folding, Alignment and Protosequence Problems », SIAM Journal on Applied Mathematics, vol. 45, no 5, , p. 810–825 (ISSN0036-1399, DOI10.1137/0145048, lire en ligne, consulté le )
J. S. McCaskill, « The equilibrium partition function and base pair binding probabilities for RNA secondary structure », Biopolymers, vol. 29, nos 6-7, , p. 1105–1119 (ISSN0006-3525, PMID1695107, DOI10.1002/bip.360290621, lire en ligne, consulté le )
Michael Zuker et Patrick Stiegler, « Optimal computer folding of large RNA sequences using thermodynamics and auxiliary information », Nucleic Acids Research, vol. 9, no 1, , p. 133–148 (ISSN0305-1048, DOI10.1093/nar/9.1.133, lire en ligne, consulté le )
(en) Gary M. Studnicka, Georgia M. Rahn, Ian W. Cummings et Winston A. Salser, « Computer method for predicting the secondary structure of single-stranded RNA », Nucleic Acids Research, vol. 5, no 9, , p. 3365–3388 (ISSN0305-1048, DOI10.1093/nar/5.9.3365, lire en ligne, consulté le )
(en) I. L. Hofacker, W. Fontana, P. F. Stadler et L. S. Bonhoeffer, « Fast folding and comparison of RNA secondary structures », Monatshefte für Chemie / Chemical Monthly, vol. 125, no 2, , p. 167–188 (ISSN0026-9247 et 1434-4475, DOI10.1007/BF00818163, lire en ligne, consulté le )
P. Schuster, W. Fontana, P. F. Stadler et I. L. Hofacker, « From sequences to shapes and back: a case study in RNA secondary structures », Proceedings. Biological Sciences, vol. 255, no 1344, , p. 279–284 (ISSN0962-8452, PMID7517565, DOI10.1098/rspb.1994.0040, lire en ligne, consulté le )
jstor.org
Jerry A. Coyne, Nicholas H. Barton et Michael Turelli, « Perspective: A Critique of Sewall Wright's Shifting Balance Theory of Evolution », Evolution, vol. 51, no 3, , p. 643–671 (DOI10.2307/2411143, lire en ligne, consulté le )
nature.com
(en) Eric J. Hayden, Evandro Ferrada et Andreas Wagner, « Cryptic genetic variation promotes rapid evolutionary adaptation in an RNA enzyme », Nature, vol. 474, no 7349, , p. 92–95 (ISSN0028-0836, DOI10.1038/nature10083, lire en ligne, consulté le )
nih.gov
ncbi.nlm.nih.gov
E. van Nimwegen, J. P. Crutchfield et M. Huynen, « Neutral evolution of mutational robustness », Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, vol. 96, no 17, , p. 9716–9720 (ISSN0027-8424, PMID10449760, lire en ligne, consulté le )
Leonid Meyerguz, Jon Kleinberg et Ron Elber, « The network of sequence flow between protein structures », Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, vol. 104, no 28, , p. 11627–11632 (ISSN0027-8424, PMID17596339, PMCIDPMC1913895, DOI10.1073/pnas.0701393104, lire en ligne, consulté le )
Manuel M. Müller, Jane R. Allison, Narupat Hongdilokkul et Laurent Gaillon, « Directed evolution of a model primordial enzyme provides insights into the development of the genetic code », PLoS genetics, vol. 9, no 1, , e1003187 (ISSN1553-7404, PMID23300488, PMCIDPMC3536711, DOI10.1371/journal.pgen.1003187, lire en ligne, consulté le )
Ryan T. Hietpas, Jeffrey D. Jensen et Daniel N. A. Bolon, « Experimental illumination of a fitness landscape », Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, vol. 108, no 19, , p. 7896–7901 (ISSN1091-6490, PMID21464309, PMCIDPMC3093508, DOI10.1073/pnas.1016024108, lire en ligne, consulté le )
M. Kimura, « Evolutionary rate at the molecular level », Nature, vol. 217, no 5129, , p. 624–626 (ISSN0028-0836, PMID5637732, lire en ligne, consulté le )
Shimon Bershtein, Korina Goldin et Dan S. Tawfik, « Intense neutral drifts yield robust and evolvable consensus proteins », Journal of Molecular Biology, vol. 379, no 5, , p. 1029–1044 (ISSN1089-8638, PMID18495157, DOI10.1016/j.jmb.2008.04.024, lire en ligne, consulté le )
E. K. Davies, A. D. Peters et P. D. Keightley, « High frequency of cryptic deleterious mutations in Caenorhabditis elegans », Science (New York, N.Y.), vol. 285, no 5434, , p. 1748–1751 (ISSN0036-8075, PMID10481013, lire en ligne, consulté le )
F. H. Crick, « The origin of the genetic code », Journal of Molecular Biology, vol. 38, no 3, , p. 367–379 (ISSN0022-2836, PMID4887876, lire en ligne, consulté le )
T. F. Smith et M. S. Waterman, « Identification of common molecular subsequences », Journal of Molecular Biology, vol. 147, no 1, , p. 195–197 (ISSN0022-2836, PMID7265238, lire en ligne, consulté le )
J. S. McCaskill, « The equilibrium partition function and base pair binding probabilities for RNA secondary structure », Biopolymers, vol. 29, nos 6-7, , p. 1105–1119 (ISSN0006-3525, PMID1695107, DOI10.1002/bip.360290621, lire en ligne, consulté le )
P. Schuster, W. Fontana, P. F. Stadler et I. L. Hofacker, « From sequences to shapes and back: a case study in RNA secondary structures », Proceedings. Biological Sciences, vol. 255, no 1344, , p. 279–284 (ISSN0962-8452, PMID7517565, DOI10.1098/rspb.1994.0040, lire en ligne, consulté le )
oup.com
academic.oup.com
Michael Zuker et Patrick Stiegler, « Optimal computer folding of large RNA sequences using thermodynamics and auxiliary information », Nucleic Acids Research, vol. 9, no 1, , p. 133–148 (ISSN0305-1048, DOI10.1093/nar/9.1.133, lire en ligne, consulté le )
(en) Gary M. Studnicka, Georgia M. Rahn, Ian W. Cummings et Winston A. Salser, « Computer method for predicting the secondary structure of single-stranded RNA », Nucleic Acids Research, vol. 5, no 9, , p. 3365–3388 (ISSN0305-1048, DOI10.1093/nar/5.9.3365, lire en ligne, consulté le )
sciencedirect.com
Erich Bornberg-Bauer, Ann-Kathrin Huylmans et Tobias Sikosek, « How do new proteins arise? », Current Opinion in Structural Biology, nucleic acids / Sequences and topology, vol. 20, no 3, , p. 390–396 (DOI10.1016/j.sbi.2010.02.005, lire en ligne, consulté le )
P. R. Stein et M. S. Waterman, « On some new sequences generalizing the Catalan and Motzkin numbers », Discrete Mathematics, vol. 26, no 3, , p. 261–272 (DOI10.1016/0012-365X(79)90033-5, lire en ligne, consulté le )
Michael S Waterman et Temple F Smith, « Rapid dynamic programming algorithms for RNA secondary structure », Advances in Applied Mathematics, vol. 7, no 4, , p. 455–464 (DOI10.1016/0196-8858(86)90025-4, lire en ligne, consulté le )
Ivo L. Hofacker, Peter Schuster et Peter F. Stadler, « Combinatorics of RNA secondary structures », Discrete Applied Mathematics, computational Molecular Biology DAM - CMB Series, vol. 88, no 1, , p. 207–237 (DOI10.1016/S0166-218X(98)00073-0, lire en ligne, consulté le )
siam.org
epubs.siam.org
R. Nussinov, G. Pieczenik, J. Griggs et D. Kleitman, « Algorithms for Loop Matchings », SIAM Journal on Applied Mathematics, vol. 35, no 1, , p. 68–82 (ISSN0036-1399, DOI10.1137/0135006, lire en ligne, consulté le )
J. Howell, T. Smith et M. Waterman, « Computation of Generating Functions for Biological Molecules », SIAM Journal on Applied Mathematics, vol. 39, no 1, , p. 119–133 (ISSN0036-1399, DOI10.1137/0139010, lire en ligne, consulté le )
D. Sankoff, « Simultaneous Solution of the RNA Folding, Alignment and Protosequence Problems », SIAM Journal on Applied Mathematics, vol. 45, no 5, , p. 810–825 (ISSN0036-1399, DOI10.1137/0145048, lire en ligne, consulté le )
springer.com
link.springer.com
(en) I. L. Hofacker, W. Fontana, P. F. Stadler et L. S. Bonhoeffer, « Fast folding and comparison of RNA secondary structures », Monatshefte für Chemie / Chemical Monthly, vol. 125, no 2, , p. 167–188 (ISSN0026-9247 et 1434-4475, DOI10.1007/BF00818163, lire en ligne, consulté le )
univie.ac.at
tbi.univie.ac.at
(en) Christian Michael Reidys, Neutral Networks of RNA Secondary Structures, Lippstadt, (lire en ligne)