כחלק מטיעון זה מסביר לוק מדוע אין להסתמך על הברית הישנה כהצדקה לאי-סובלנות. לפי פרשנותו של לוק, בני ישראל, כפי שהם מתוארים בתנ"ך, היו תחת שלטון
תאוקרטי, שבמסגרתו היו נתונים
כופרים ל
עונש מוות. שלטון זה היה מוצדק, כיוון שהיהודים חיו תחת חוק אשר ניתן להם על ידי אלוהים דרך
משה, ומשום כך לא התקיימה בקהילה המדינית היהודית ("Jewish Commonwealth") הפרדה בין ממשלה לכנסייה. אולם, גם בתקופה זו,
חוק משה (אנ') היה מוגבל ליהודים בלבד; חשוב מכך, לפי לוק, מאז תקופה זו לא קיימת אף קהילה מדינית שמבוססת באותו האופן על חוק שניתן ישירות על ידי אלוהים.
ישו כונן דת אך לא מדינה, והדת הנוצרית לא נכפתה על ידי השלטון המדיני גם בתקופת ה
שליחים, שהתנגדו לתאוקרטיה. תפיסה זו קשורה באמונה של לוק, שעם הופעתו של ישו ניתן לבני האדם בהירות חדשה לגבי המבנה החוקי התבוני (בדומה לרעיון ה
דיספנסציה (אנ') בחלק מזרמי הנצרות), שבו נפרד השלטון הפוליטי מהאמונה ומהחובה המוסרית הדתית, בניגוד לחוק משה. ראו:
John Locke, "A Letter Concerning Toleration", in