כפי שמובא בגמרא: "תנו רבנן: "צדק צדק תרדף"[27] – הלך אחר חכמים לישיבה [...] אחר רבן יוחנן בן זכאי לברור חיל". (תלמוד בבלי, מסכת סנהדרין, דף ל"ב, עמוד ב'; וראו גם בתוספתא מעשרות ב, א)
"אמר רבי יהודה, העיד בן בוכרי ביבנה, כל כהן ששוקל (=מחצית השקל) אינו חוטא. אמר לו רבן יוחנן בן זכאי, לא כי, אלא כל כהן שאינו שוקל חוטא, אלא שהכהנים דורשים מקרא זה לעצמן, (ויקרא ו) וכל מנחת כהן כליל תהיה לא תאכל, הואיל ועמר ושתי הלחם ולחם הפנים שלנו, היאך נאכלים." (משנה, מסכת שקלים, פרק א', משנה ד')
מתמניא ביה ועד סוף מועדא איתותב חגא דשבועיא דלא למספד, שהיו בייתוסין אומרים: עצרת אחר השבת. ניטפל להם רבן יוחנן בן זכאי ואמר להם: שוטים, מנין לכם? ולא היה אדם אחד שהיה משיבו, חוץ מזקן אחד שהיה מפטפט כנגדו ואמר: משה רבינו אוהב ישראל היה, ויודע שעצרת יום אחד הוא, עמד ותקנה אחר שבת כדי שיהו ישראל מתענגין שני ימים [...] ואם משה רבינו אוהב ישראל היה, למה איחרן במדבר ארבעים שנה? אמר לו: רבי, בכך אתה פוטרני? אמר לו: שוטה, ולא תהא תורה שלמה שלנו כשיחה בטילה שלכם?! כתוב אחד אומר: "תִּסְפְּרוּ חֲמִשִּׁים יוֹם",(ספר ויקראכג טז) וכתוב אחד אומר: "שֶׁבַע שַׁבָּתוֹת תְּמִימֹת תִּהְיֶינָה",(ספר ויקרא כג טו) הא כיצד? כאן ביום טוב שחל להיות בשבת, כאן ביום טוב שחל להיות באמצע שבת.|תלמוד בבלי, מסכת מנחות, דף ס"ה, עמוד א'-ב