בספר חגי (ב', ט') נאמר: "גדול יהיה כבוד הבית הזה האחרון מן הראשון". פסוק זה היה מושא לפולמוס יהודי-נוצרי, באשר משתמע ממנו שהבית השני ("הזה" – בימי חגי, ראשית ימי הבית השני) הוא ה"אחרון" ואין בלתו. התשובה המקובלת בפרשנים, ש"אחרון", ברוב הופעותיו במקרא, הוא: המאוחר יחסית, לאו דווקא המאוחר ביותר (דוגמאות: דברים, כ"ט, כ"א: ”ואמר הדור האחרון, בניכם אשר יקומו מאחריכם”; בראשית, ל"ג, ב'; שמות, ד', ח'–ט'). ראו שו"ת הרשב"א ח"ד סימן קפז; הסבר אחר באברבנאל, ספר משמיע ישועה, פרק יג.
למשל: התוספתא (מסכת פסחים, פרק ח', הלכה ד'), דנה באפשרות שבית המקדש השלישי ייבנה בין פסח לבין פסח שני, וזאת על ידי ש"ניתן להן לישראל לבנות בית הבחירה"; תלמוד ירושלמי, מסכת מגילה, פרק א', הלכה י"א: "לכשיתעוררו הגלויות... ויבואו ויבנו בית הבחירה". תלמוד בבלי, מסכת כתובות, דף ה', עמוד א': "במעשה ידיהם של צדיקים כתיב... מקדש ה' כוננו ידיך" (הפסוק עליו הסתמך רש"י בסוכה הנ"ל כמקור לירידת המקדש משמיים), ופירוש רש"י: "מקדש – מעשה ידי צדיקים הוא".
כגון בתלמוד הבבלי, מסכת בבא קמא, דף ס', עמוד ב': "אמר הקדוש ברוך הוא: עלי לשלם את הבערה שהבערתי. אני היצתי אש בציון, שנאמר: 'ויצת אש בציון ותאכל יסודותיה', ואני עתיד לבנותה באש, שנאמר: 'ואני אהיה לה... חומת אש סביב ולכבוד אהיה בתוכה'".
מקור נוסף הוא הפסוק בירמיהו, ל"א, ג', וראו רש"י על אתר
