ספר 'הרב רבי יהונתן אייבשיץ', של הרב גרינוואלד להגנה מפני טענות השבתאות, עמודים 75–76 ובהערות שם, מביא גידופים של רבי יעקב עמדין נגד הגאון מווילנה שלכאורה תמך ברב יהונתן, ובמכתב לרב עמדין קרא לו "ספר תורה שרוי בצער". לטענת מחבר הספר, עם הזמן התברר לרב עמדין מעמדו של הגאון מווילנה בעיני יהודי ליטא, ולאור זאת החליף את טיעונו וקבע שהמכתב אליו מהגאון מווילנה היה מזויף. הפרק כולו וזה שאחריו מצטט מכתבים רבים בהם הוא מאשים וחושד ברבנים רחוקים וקרובים, ואף בקרב התומכים בו בשבתאות. הספר מביא הוכחות לכך שרוב האשמות אלו היו האשמות שווא.
