כתב יחוס עתיק לצאצאי הרמ"א והש"ך במאסף ישורון, הערה 63: "שם רשום כ"התורני החכם הגדול מהר״ר" [מורנו הרב רבי] יצחק בונימ' נר״ו [נרו יאיר] מק״ק [מקהילת קודש] פינסק״, (לשון עמוד השער של ספר שפתי כהן על יו״ד דפו״ר [ספר שולחן ערוך כרך 'יורה דעה' דפוס ראשון] קראקא ת״ו [שנת ת"ו לפ"ק], שנתחבר מאת חתן אחיו- רבינו הש״ך). כלומר: בת אחיו הייתה נשואה לש"ך.
לפי מאמר כתב יחוס עתיק לצאצאי הש"ך והרמ"א (הקישור באתר כתבים עבריים) מכתב המאסף ישורון, הערה 63, הרב מנחם נחום מייזלס (מייזלשׂ) מדפיס הספר שפתי כהן (של הש"ך) רשם בהקדמתו: "המרומם הנודע בשערים המופלג בתורה וגדולה במקום אחד ה״ה (הרי הוא, או: הרב הגדול) מחותני החכם הגדול מוהר״ר (מורנו הרב רבי) יצחק". כלומר בתו של רבי יצחק בּוּנים'ס (ואחותו של רבי משה) הייתה נשואה למדפיס הנ"ל.
ר' הקדמת המהרש"א לחידושיו במהדורת תקמ"ד ורשא (כמאתיים שנה אחרי הדפוס הראשון): "כי תורה אחד היא לנו... על כן תהיתי על הראשונות שחילקתי חיבור זה לב' חלקים, דהיינו חלק אחד מחידושי אגדות, שמן הראוי שלא להפרידן אך לחברן אשה אל אחותה. אבל לי לא היה אפשר לחברן שוב חיבור אחד - מפני הטורח. ועל כן הנני מבקש מאת כל מעיין: שישים לבו לזאת - גם מהיום שעשיתיו שני חלקים, לא יהיה מפריד אותם מלעיין בשניהם! כי יראה בהם במקום שזה סותם זה מגלה, זה סוגר וזה פותח. ויהיו שנים תמים יחדיו..."
בכרטסתהספרייה הלאומית (ר' כאן) הספר נקרא חידושי הלכות מהדורי בתרא למהרש"א. השם "מהדורי" בלשון רבים מקורה כנראה בכך שמדובר באסופה של "חידושים" - כלומר פירושים דיונים ותובנות בסוגיות תלמודיות והלכתיות, על כמה מסכתות בש"ס.
בכרטיס הספר בספריה הלאומית, נטען שחידושי המהרש"א למסכת שבת, עירובין וגיטין הם של רבי משה. כמו כן מוסבר שחידושי האגדות המופיעים בספר זה, בכל המסכתות כולן, הן פרי כתיבתו של רבי משה. בכרטיס הספר רשום כך: מיקרופילם, פוזיטיב מעותק הבודליאנה.
כולל ההוספות שהוסיף המהרש"א לספרו 'חדושי הלכות', וכן חידושי הלכות ואגדות מאת חתנו ר' משה ב"ר יצחק. הוספותיו של ר' משה מצוינות בשמו.
החידושים הם למסכתות: בבא קמא, בבא מציעא, בבא בתרא, שבת, עירובין, יבמות, גיטין וחולין. החידושים לשבת, עירובין וגיטין וכן חידושי האגדות בכל המסכתות הם של ר' משה בלבד.
