בספר תולדות אנשי שם מסופר שהוא עבר לווילנה עם הישיבה ושם, לאחר שהקומוניסטים השתלטו על ליטא הוא נפטר לאחר כינוס בעניין המשך קיום הישיבה. אולם הקומוניסטים השתלטו על וילנה רק ביוני 1940, לאחר פטירתו. על כן יש לדבוק בגרסה של הרב קולודצקי שהרב שקופ כלל לא הגיע לווילנה ונפטר בישיבה. פטירתו בביתו בגרודנה גם מתוארת בדברי הפתיחה בקונטרס 'שעורי תורה' שיצא על ידי תלמידו הרב יצחק אפשטיין, וכך גם ב אנציקלופדיה של גלויות: גרודנה - גראדנע, טור 330.
