Gli ambasciatori erano convinti dell'ascendente esercitato da Margherita sul fratello minore. «Regnava in modo tanto assoluto sul suo spirito che un suo sguardo o una sua parola lo rendevano capace di qualsiasi cosa desiderasse da lui» avrebbe scritto di lei Gomberville, il curatore della prima edizione dei cosiddetti Mémoires del duca di Nevers. Cfr. Les mémoires de Monsieur le duc de Nevers, prince de Mantoue, Vol. I, p. 70, su gallica.bnf.fr.; Dupleix e altri storiografi ufficiali sotto il periodo borboico l'avrebbe invece rimproverata di aver spronato inopportunamente Francesco nelle sue iniziative contro la monarchia. Cfr. Dupleix, Histoire de Henri III, p. 46, su gallica.bnf.fr.; Cfr. Viennot, 1994, pp. 264-300.
In seguito sarebbe divenuta famosa la ricostruzione dei fatti fornita dal magistrato Jacques-Auguste de Thou, nella sua Historia sui temporis (tradotto in francese nel 1659), secondo cui la stessa Margherita sarebbe stata la mandante di questo omicidio. Secondo Thou, noto per il suo pregiudizio contro i Valois, la regina di Navarra avrebbe convinto il barone di Vietteaux grazie alle sue ottime e famose capacità persuasive. Presto inserita nell'Indice dalla Chiesa, l'opera fu comunque utilizzata come fonte dalla storiografia borbonica a partire da Mézeray. In seguito la tesi fu resa famosa da Jules Michelet nella sua Histoire de France, in cui modificò il metodo di convincimento della regina, trasformandolo in un amplesso consumato nella chiesa dove aveva raggiunto l'assassino. La studiosa Éliane Viennot ha confutato la ricostruzione di Thou, sostenendo che la ricchezza di particolari fornita nel descrivere Margherita e Vitteaux non possa essergli stata riferita da alcuno, data la differenza di rango sociale tra lui e i diretti interessati. Inoltre all'epoca dell'omicidio il magistrato era di ritorno da un viaggio in Italia, mentre Margherita si trovava agli arresti domiciliari e ammalata. Senza considerare che la maggior parte delle fonti la ritenne estranea all'accaduto. Cfr. Viennot, 1994, pp. 257-258, p. 345. Solo l'ambasciatore toscano avrebbe citato un possibile coinvolgimento della regina di Navarra, ma avrebbe fatto i nomi di altri possibili mandanti: la duchessa di Nevers, il duca d'Alençon e la regina madre Caterina. Cfr. Négociations diplomatiques de la France avec la Toscane. Tome 4, p. 50, su gallica.bnf.fr.
«Pareva tra tanto, che la regina madre avesse accommodato le cose verso la Guascogna, e quietati li strepiti, avendo, per maggior sicurtà, consignata la figliuola al re di Navarra suo marito. Il quale, con tutto che avesse fatto prima un poco di resistenza, dicendo che non la voleva ricevere se non si facevano le nozze al costume e usanza della religione riformata, si acquetò però in fine, e l’accettò con molto amore e onore, dormendo seco tre notte alla fila in Reola» scrisse l'ambasciatore veneziano. Cfr. Relations des ambassadeurs vénitiens sur les affaires de France au XVIe siècle. 2 / recueillies et trad. par M. N. Tommaseo pp. 392-394., su gallica.bnf.fr.
