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아파르트헤이트란 단어는 1917년 보어인 얀 크리스티앙 스뮈츠(2년 후에 총리가 됨)의 연설에서 처음 등장한다. 비록 아파르트헤이트가 보어인이 주축이 된 정부가 주도했지만, 그 뼈대는 영국 식민지주의가 케이프 식민지와 나탈 식민지 등지에 도입한 통행법(pass law)의 유산이라는 사실임을 간과해서는 안 된다. 이 법률은 영국 당국 통제 하에 있는 백인과 유색인종의 거주구역으로 흑인들이 접근하지 못하도록 통제, 차단하는 데 목적이 있었다. 오스트레일리아와 뉴 칼레도니아에도 비슷한 법률이 있었다.
법률은 흑인들의 백인구역 출입을 제한했을 뿐 아니라, 한 구역에서 다른 구역으로 이동하는 데도 인증된 통행증이 없으면 이동하지 못하도록 했다. 흑인들은 케이프 식민지나 나탈 식민지에서 일몰이후 거리에 있는 것이 불허되었으며, 따라서 한꺼번에 그들의 장소를 옮겨야 했다. 아파르트헤이트는 비폭력투쟁으로 유명한 인도의 마하트마 간디에게도 큰 영향을 주었다. 영국령 인도의 젊은 변호사였던 그가 남아공에서 동족들의 법률문제를 해결해주기 위해 1년간 머물렀을 때, 그는 변호사 신분임이었음에도 유색인이라는 이유로 온갖 수모를 당했다. 재판정에서는 터번을 벗으라는 행정장관의 명령을 거부하여 법정에서 쫓겨났고, 기차에서는 1등석 표를 샀음에도 3등석으로 옮겨앉으라는 백인의 말을 거부하여 기차에서 내던져졌으며, 마차에서는 백인승객을 위한 공간을 마련하기 위해 내려서 걸으라는 명령을 거부해 구타당했다. 이러한 폭력은 일상적인 것이었으며, 간디는 그의 상징이라 할 수 있는 비폭력주의를 남아공에서 처음 전개했다.
2차 세계대전 중에 당시 총리인 얀 스뮈츠와 집권 연합당은 엄격한 인종분리 정책의 강제를 완화하기 시작했는데, 이는 연합당의 정책이 점진적으로 서로 다른 인종간의 동화를 촉진하고 말것이라는 두려움이 기득권 백인 사이에 퍼져나갔다. 그리하여 소어 위원회가 이 문제에 대해 설치되었고, 이러한 정책은 모든 인종집단의 존재상실로 이어진다고 단언했다.
아파르트헤이트의 실행은 많은 점에서 초기 분리주의자들의 정책과 행정적 특징들을 유지하고 있다. 일례로 1913년에 재정된 토지법과 컬러바와 같은 많은 작업장 등을 들 수 있다. 그러나 현재 우리가 알고 있는 아파르트헤이트를 만들어낸 학자인 베르너 아이젤렌은 인종분리와 백인우위가 그때까지의 방식으로는 더 이상 지속될 수 없음을 주장했다. 1948년에는 정치적 분할정책으로서의 아파르트헤이트는 완전한 인종분리에 비해 유리한 정책이라고 주장했다. 즉, 흑인과 백인이 하나의 국가의 한 국민으로 묶여 있는 한 소수백인에 의한 지속적인 흑인분리 및 통제는 비용이 많이들고 지속하기 어렵기 때문에 백인국가와 흑인국가로 분할해 버리자는 것이다. 이 두 정책은 정치적 분할(대(大) 아파르트헤이트)과 인종분리(소(小) 아파르트헤이트)로 구분되고 있다. 아파르트헤이트의 발전에 가장 큰 영향을 미친 정치인은 헨드릭 페르부르트이다.
1948년 선거의 준비단계에서 국민당(the National Party)은 아파르트헤이트를 공식정책으로 내걸었다. 국민당은 얀 스뮈츠의 연합당(Union Party)에 근소한 차이로 승리, 개신교 성직자인 다니엘 프랑수아 말란의 리더쉽에 의해 아프리카너 정당(AP)과 연정을 구성했다. 이들은 즉시 아파르트헤이트의 이행을 서둘렀다. 인종간 혼인금지법안이 통과됐고, 개인은 인종에 따라 분류되었으며, 의심쩍은 경우 확인할 수 있는 인종분류표가 만들어졌다. 1950년의 집단지구법령은 아파르트헤이트의 핵심으로서, 인종별로 거주지역을 나누는 것을 골자로 하고 있었다. 1953년에는 인종별 시설분리법이 만들어졌는데, 인종에 따라 이용할 수 있는 해변, 버스, 병원, 학교 및 대학교 등을 분리시켰다. 이미 시행중이었던 통행법은 더욱 강화되었다. 모든 남아공 국민들은 신분증명서류를 휴대하도록 강요되었다. 흑인에게 이러한 신분증명서류는 백인지구로의 출입을 통제하는 "여권"과 같은 구실을 했다. 흑인은 백인거주지역에서 "이주허가"가 없는 한 체류가 금지되었다. 흑인의 도시거주는 고용된 노동자에 한했고, 그들의 가족은 제외되었으며, 따라서 흑인 남성은 배우자와 자식들과 생이별해야 했다. 데이빗 유델만이나 헤르만 길료메 같은 몇몇 저자들은 아파르트헤이트 시스템이 1907년의 영국 및 남아프리카공화국의 노동운동과 이에 따른 정부대책의 선례에 따른 잔재라고 주장한다.
말란에 이어 수상이 된 J.G.스트레이돔은 케이프 주에서 유색인종과 흑인의 투표권을 박탈하기 시작했다. 전임정부는 1951년부터 인종별 분리투표를 도입하기 시작했는데, 그 법률효력은 법원에 의하여 연합당에 의해 지지된 네 명의 투표자들때문에 바뀌었다. 케이프 상급법원은 법률유지 입장을 드러냈지만, 상급법원에 항소되었고, 실효성이 별로 없다고 판단되었다. 이는 국회 양원의 2/3에 해당하는 의원들이 동의해야만 헌법을 개정할 수 있었기 때문이다. 정부는 국회에 법원보다 월권적 지위를 부여하는 법안을 상정하였다. 이것은 케이프 고등법원과 상급법원에서 모두 실효성이 없다고 선언되었다. 1955년 스트레이돔 정부는 최고법원의 대법관 수를 다섯에서 열하나로 늘렸고 국민당 성향의 판사들을 신임법관자리에 속속 앉혔다. 같은 해에 그들은 상원의 정원수를 49명에서 89명으로 올리는 상원법률을 제출했다. 국민당 소속 의원들이 89석 중 77석을 장악하도록 조정이 이루어졌다. 마침내 1956년 남아공 국회 양원에서 인종별 분리투표 법안이 통과하여 케이프에서 유색인종은 일반적 투표권을 박탈당했다.
