그가 처음 쓴 책은 '한국에서의 칼빈연구 100년'(1984)이다. 이는 그의 학문적 토대가 '오직 성경으로'를 주창한 종교개혁 전통에 뿌리내리고 있다는 점을 잘 보여주고있다. 2007년에는 '개혁주의란 무엇인가'라는 책을 펴내기도 했다. 서양교회사와 한국 지역교회사를 오가는 균형 잡힌 역사 연구도 특징이다. 1997년 펴낸 '교회개혁사'는 16세기 종교개혁사를 기술했다. 1991년부터 신앙잡지 '월간고신'에 4년간 연재한 내용을 모았다. 2004년에는 16세기 이후의 역사를 담은 '교회개혁과 부흥운동'을 출판했다.2001년 펴낸 '부산지방 기독교 전래사'는 이 교수의 애장서 중 하나로 부산·경남 지방 교회사에 대한 최초 연구 서적이다. 이외에도 2012년 '부산경남지방 기독교회의 선구자들' '한상동과 그의 시대' '주남선과 거창교회' 등 지역교회사 서적을 펴냈다. 또 호주장로교의 한국선교사에 관련된 저서도 다수 집필했다. '왕길지의 한국선교' 'To Korea with Love' 등이 있다. 한국교회사 전반에 대해서는 '한국교회 역사와 신학' '해방 전후 한국장로교회 역사와 신학' 같은 서적이 대표 저서로 꼽힌다. '한국교회 역사와 신학'에서는 일제 강점기 한국 기독교가 민족적 성격을 갖게 된 배경과 교회가 기여한 부분, 신사참배 같은 한계를 살폈다. '해방 전후 한국장로교회 역사와 신학'에서는 한국장로교회 130년 역사에서 장로교회가 남긴 명암과 이합집산, 민주화와 통일운동사에 미친 영향 등을 소개했다.“교회가 정체성 회복할 때 물질·권력으로부터 자유”, 국민일보 2018-04-10
그는 선교사관과 민족주의 사관 양자를 거부하고 서양교회의 역사를 한국 교회 현실에서 읽고, 한국교회사를 서양기독교 전통에서 연구하는 통합사적 접근을 주장한다. 박응규 박사의 연구는 다음과 같은 내용을 보여준다. "교회사가, 이상규 박사는 그가 고신대학교에서 교수로 활동하면서 지난 1983년부터 2017년까지 25권의 저서들을 저술했고, 26권의 책들을 공저했으며, 5권의 책들을 편집, 5권의 책들을 번역했을 뿐만 아니라, 168편의 논문들을 발표하였다. 이러한 교회사 분야에서의 학문적 성취는 양적인 면에서나 또한 질적인 면에서도 매우 탁월한 업적이 아닐 수 없다. 이 박사는 매우 성실한 학자이며 다양한 분야에서의 학문적 연구를 꾸준하게 수행해 왔으며 많은 저술들을 남긴 다작가임에 틀림없다. 그는 통합사적인 접근을 통해서, 한국을 비롯한 서구 기독교의 역사와 신학, 역사인물 연구, 선교역사 등 다양한 주제들에 대하여 연구하였다. 또한 경남지역에서의 선교역사와 지역교회 역사연구에 있어서는 선구적인 역할을 감당했으며, 기독교 초기 역사연구에도 학문적인 관심을 가지고 괄목할 만한 연구결과를 남겼으며, 신약성경을 다양한 관점에서 이해할 수 있는 통찰력을 제공하였다. 그의 저술들은 성경적 교회론을 중심으로 저술되었기에 현재의 한국교회에 적용할 수 있는 많은 연관성도 내재하고 있다.박응규, ‘교회를 위한 교회사가,’ 이상규 박사의 학문여정에 관한 소고(小考), 개혁논총 44권0호, (2017): 25-63
