O baianismo teve numerosos adversários, especialmente entre os franciscanos belgas e os jesuítas; os Padres Lessius S.J. e Hamel S.J. foram por Baio acusados de semipelagianismo, porque pareciam enfatizar demais o livre arbítrio do homem. Em 1567 o papa Pio V, sem citar nome algum, condenou 79 proposições de Baio e dos seus seguidores, parte como heréticas, parte como escandalosas ou suspeitas; Paio retrucou ao papa; por isto Gregório XIII em 1579 voltou a condená-las - o que levou Baio a sujeitar-se em 1580, sem, porém, abraçar as doutrinas de seus adversários franciscanos e jesuítas - Baianismo e Jansenismo, por D. Estevão Bettencourt, OSB.
