BWA (выравнивание биологических последовательностей) (Russian Wikipedia)

Analysis of information sources in references of the Wikipedia article "BWA (выравнивание биологических последовательностей)" in Russian language version.

refsWebsite

Global rank Russian rank

24web.archive.org

1^st place

14nih.gov

4^th place

6^th place

13doi.org

2^nd place

3^rd place

10worldcat.org

5^th place

5archive.today

14^th place

11^th place

4oup.com

485^th place

464^th place

3google.by

low place

2sourceforge.net

1,669^th place

1,083^rd place

1github.com

383^rd place

298^th place

1rae.ru

low place

2,446^th place

1illumina.com

low place

1nature.com

234^th place

157^th place

1hindawi.com

6,828^th place

6,075^th place

1arxiv.org

69^th place

148^th place

1unl.edu

1,708^th place

4,092^nd place

1cornell.edu

332^nd place

810^th place

1samtools.github.io

low place

1ox.ac.uk

613^th place

1,402^nd place

1biomedcentral.com

2,747^th place

1,343^rd place

1broadinstitute.org

low place

1jst.go.jp

1,903^rd place

3,859^th place

1spbau.ru

low place

archive.today

Heng Li. BWA Releases (англ.). GitHub. Дата обращения: 5 апреля 2017. Архивировано из оригинала 5 апреля 2017 года.
Sohyun Hwang, Eiru Kim, Insuk Lee, Edward M. Marcotteb. Systematic comparison of variant calling pipelines using gold standard personal exome variants (англ.) // Scientific Reports : онлайн-журнал. — Macmillan Publishers Limited, 2015. — Iss. 5. — ISSN 2045-2322. — doi:10.1038/srep17875. Архивировано 5 апреля 2017 года.
Robinson K. M., Crabtree J., Mattick J. S., Anderson K. E., Dunning Hotopp J. C. Distinguishing potential bacteria-tumor associations from contamination in a secondary data analysis of public cancer genome sequence data // Microbiome : журнал. — Лондон, Великобритания: BioMed Central, 2017. — Январь (т. 5, вып. 1). — ISSN 2049-2618. — PMID 28118849. Архивировано 5 апреля 2017 года.
David Weese, Manuel Holtgrewe, Knut Reinert. RazerS 3: Faster, fully sensitive read mapping (англ.) // Bioinformatics : журнал. — Oxford University Press, 2012. — 15 October (vol. 28, iss. 20). — P. 2592—2599. — ISSN 1367-4803. — doi:10.1093/bioinformatics/bts505. — PMID 22923295. Архивировано 6 апреля 2017 года.
Ishii K., Kazama Y., Hirano T., Hamada M., Ono Y., Yamada M., Abe T. AMAP: A pipeline for whole-genome mutation detection in Arabidopsis thaliana (англ.) // Genes Genet Syst : журнал. — The Genetics Society of Japan, 2017. — 17 March (vol. 91, iss. 4). — P. 229—233. — ISSN 1341-7568. — doi:10.1266/ggs.15-00078. — PMID 27452041. Архивировано 5 апреля 2017 года.

arxiv.org

Li Heng. Aligning sequence reads, clone sequences and assembly contigs with BWA-MEM (англ.). — Кембридж, США: Oxford University Press, 2016. — 16 March. — P. 1—3. — arXiv:1303.3997. Архивировано 5 апреля 2017 года.

biomedcentral.com

bmcbioinformatics.biomedcentral.com

Elsensohn MH., Leblay N., Dimassi S., Campan-Fournier A., Labalme A., Roucher-Boulez F., Sanlaville D., Lesca G., Bardel C., Roy P. Statistical method to compare massive parallel sequencing pipelines (англ.) // BMC Bioinformatics : журнал. — Лондон, Великобритания: BioMed Central, 2017. — 1 March (vol. 18, iss. 1). — P. 139. — ISSN 1471-2105. — doi:10.1186/s12859-017-1552-9. Архивировано 5 апреля 2017 года.

broadinstitute.org

software.broadinstitute.org

GATK Best Practices (англ.). Broad Institute. Дата обращения: 5 апреля 2017. Архивировано из оригинала 5 апреля 2017 года.

cornell.edu

cbsu.tc.cornell.edu

Bukowski Robert, Sun Qi, Wang Minghui. Variant calling. — Bioinformatics Facility, Institute of Biotechnology. — С. 22. Архивировано 6 апреля 2017 года.

doi.org

dx.doi.org

Li Heng, Homer Nils. A survey of sequence alignment algorithms for next-generation sequencing // Brief Bioinformatics : журнал. — 2010. — Сентябрь (т. 11, вып. 5). — С. 473—483. — doi:10.1093/bib/bbq015. — PMID 20460430. Архивировано 15 апреля 2017 года.
Li Heng, Durbin Richard. Fast and accurate long-read alignment with Burrows-Wheeler transform (англ.) // Bioinformatics : журнал. — Oxford University Press, 2010. — 1 March (vol. 26, iss. 5). — P. 589—595. — ISSN 1367-4803. — doi:10.1093/bioinformatics/btp698. — PMID 20080505. Архивировано 5 апреля 2017 года.
Lam TW, Sung WK, Tam SL, Wong CK, Yiu SM. Compressed indexing and local alignment of DNA (англ.) // Bioinformatics : журнал. — Oxford University Press, 2008. — 15 March (vol. 24, iss. 6). — P. 791—797. — ISSN 1367-4803. — doi:10.1093/bioinformatics/btn032. — PMID 18227115. Архивировано 5 апреля 2017 года.
Sohyun Hwang, Eiru Kim, Insuk Lee, Edward M. Marcotteb. Systematic comparison of variant calling pipelines using gold standard personal exome variants (англ.) // Scientific Reports : онлайн-журнал. — Macmillan Publishers Limited, 2015. — Iss. 5. — ISSN 2045-2322. — doi:10.1038/srep17875. Архивировано 5 апреля 2017 года.
Pareek C. S., Błaszczyk P., Dziuba P., Czarnik U., Fraser L., Sobiech P., Pierzchała M., Feng Y., Kadarmideen H. N., Kumar D. Single nucleotide polymorphism discovery in bovine liver using RNA-seq technology // PLoS One : журнал. — 2017. — Февраль (т. 12, вып. 2). — doi:10.1371/journal.pone.0172687. — PMID 28234981. Архивировано 15 апреля 2017 года.
Li Heng, Durbin Richard. Fast and accurate short read alignment with Burrows-Wheeler transform (англ.) // Bioinformatics : журнал. — Oxford University Press, 2009. — 15 July (vol. 25, iss. 14). — P. 1754—1760. — ISSN 1367-4803. — doi:10.1093/bioinformatics/btp324. — PMID 19451168. Архивировано 5 апреля 2017 года.
Al-Absi A. A., Kang D. K. Long Read Alignment with Parallel MapReduce Cloud Platform // BioMed Research International : журнал. — Египет: Хиндави, 2015. — Декабрь. — ISSN 2314-6133. — doi:10.1155/2015/807407. — PMID 26839887. Архивировано 5 апреля 2017 года.
Peter J. A. Cock, Christopher J. Fields, Naohisa Goto, Michael L. Heuer, Peter M, Rice. The Sanger FASTQ file format for sequences with quality scores, and the Solexa/Illumina FASTQ variants (англ.) // Nuclear Acid Res : журнал. — 2010. — April (vol. 38, iss. 6). — P. 1767—1771. — doi:10.1093/nar/gkp1137. — PMID 20015970. Архивировано 15 апреля 2017 года.
José M. Abuín, Juan C. Pichel, Tomás F. Pena, Jorge Amigo. SparkBWA: Speeding Up the Alignment of High-Throughput DNA Sequencing Data (англ.) // PLoS One : журнал. — 2016. — Vol. 11, iss. 5. — doi:10.1371/journal.pone.0155461. Архивировано 5 апреля 2017 года.
Justin Chu, Sara Sadeghi, Anthony Raymond, Shaun D. Jackman, Ka Ming Nip, Richard Mar, Hamid Mohamadi, Yaron S. Butterfield, A. Gordon Robertson, Inanç Birol. BioBloom tools: fast, accurate and memory-efficient host species sequence screening using bloom filters (англ.) // Bioinformatics : журнал. — 2014. — 1 December (vol. 30, iss. 23). — P. 3402—3404. — doi:10.1093/bioinformatics/btu558. Архивировано 15 апреля 2017 года.
David Weese, Manuel Holtgrewe, Knut Reinert. RazerS 3: Faster, fully sensitive read mapping (англ.) // Bioinformatics : журнал. — Oxford University Press, 2012. — 15 October (vol. 28, iss. 20). — P. 2592—2599. — ISSN 1367-4803. — doi:10.1093/bioinformatics/bts505. — PMID 22923295. Архивировано 6 апреля 2017 года.
Elsensohn MH., Leblay N., Dimassi S., Campan-Fournier A., Labalme A., Roucher-Boulez F., Sanlaville D., Lesca G., Bardel C., Roy P. Statistical method to compare massive parallel sequencing pipelines (англ.) // BMC Bioinformatics : журнал. — Лондон, Великобритания: BioMed Central, 2017. — 1 March (vol. 18, iss. 1). — P. 139. — ISSN 1471-2105. — doi:10.1186/s12859-017-1552-9. Архивировано 5 апреля 2017 года.
Ishii K., Kazama Y., Hirano T., Hamada M., Ono Y., Yamada M., Abe T. AMAP: A pipeline for whole-genome mutation detection in Arabidopsis thaliana (англ.) // Genes Genet Syst : журнал. — The Genetics Society of Japan, 2017. — 17 March (vol. 91, iss. 4). — P. 229—233. — ISSN 1341-7568. — doi:10.1266/ggs.15-00078. — PMID 27452041. Архивировано 5 апреля 2017 года.

github.com

Heng Li. BWA Releases (англ.). GitHub. Дата обращения: 5 апреля 2017. Архивировано из оригинала 5 апреля 2017 года.

google.by

books.google.by

Barh Debmalya, Khan Muhammad Sarwar, Davies Eric. PlantOmics: The Omics of Plant Science. — Springer, 2015. — С. 56. — 825 с. — ISBN 8132221729. — ISBN 9788132221722. Архивировано 6 апреля 2017 года.
Julio Saez-Rodriguez, Miguel P. Rocha, Florentino Fdez-Riverola, Juan F. De Paz Santana. 8th International Conference on Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics (PACBB 2014). — Springer, 2014. — Т. 294. — С. 114. — 294 с. — ISBN 3319075810. — ISBN 9783319075815. Архивировано 6 апреля 2017 года.
Pevsner Jonathan. Bioinformatics and Functional Genomics. — 3-е изд. — John Wiley & Sons, 2015. — С. 401. — 1160 с. — ISBN 9781118581698. — ISBN 1118581695. Архивировано 6 апреля 2017 года.

hindawi.com

Al-Absi A. A., Kang D. K. Long Read Alignment with Parallel MapReduce Cloud Platform // BioMed Research International : журнал. — Египет: Хиндави, 2015. — Декабрь. — ISSN 2314-6133. — doi:10.1155/2015/807407. — PMID 26839887. Архивировано 5 апреля 2017 года.

illumina.com

Large Whole-Genome Sequencing (англ.). Illumina. Архивировано 30 января 2016 года.

jst.go.jp

jstage.jst.go.jp

Ishii K., Kazama Y., Hirano T., Hamada M., Ono Y., Yamada M., Abe T. AMAP: A pipeline for whole-genome mutation detection in Arabidopsis thaliana (англ.) // Genes Genet Syst : журнал. — The Genetics Society of Japan, 2017. — 17 March (vol. 91, iss. 4). — P. 229—233. — ISSN 1341-7568. — doi:10.1266/ggs.15-00078. — PMID 27452041. Архивировано 5 апреля 2017 года.

nature.com

Sohyun Hwang, Eiru Kim, Insuk Lee, Edward M. Marcotteb. Systematic comparison of variant calling pipelines using gold standard personal exome variants (англ.) // Scientific Reports : онлайн-журнал. — Macmillan Publishers Limited, 2015. — Iss. 5. — ISSN 2045-2322. — doi:10.1038/srep17875. Архивировано 5 апреля 2017 года.

nih.gov

ncbi.nlm.nih.gov

Ivan Borozan, Stuart N. Watt, Vincent Ferretti. Evaluation of Alignment Algorithms for Discovery and Identification of Pathogens Using RNA-Seq // PLoS One : журнал. — 2013. — Т. 8, вып. 10. — PMID 24204709.
Li Heng, Homer Nils. A survey of sequence alignment algorithms for next-generation sequencing // Brief Bioinformatics : журнал. — 2010. — Сентябрь (т. 11, вып. 5). — С. 473—483. — doi:10.1093/bib/bbq015. — PMID 20460430. Архивировано 15 апреля 2017 года.
Jing Shang, Fei Zhu, Wanwipa Vongsangnak, Yifei Tang, Wenyu Zhang, Bairong Shen. Evaluation and Comparison of Multiple Aligners for Next-Generation Sequencing Data Analysis // Brief Bioinformatics : журнал. — 2010. — Сентябрь (т. 11, вып. 5). — С. 1754—1760. — PMID 24779008.
Li Heng, Durbin Richard. Fast and accurate long-read alignment with Burrows-Wheeler transform (англ.) // Bioinformatics : журнал. — Oxford University Press, 2010. — 1 March (vol. 26, iss. 5). — P. 589—595. — ISSN 1367-4803. — doi:10.1093/bioinformatics/btp698. — PMID 20080505. Архивировано 5 апреля 2017 года.
Lam TW, Sung WK, Tam SL, Wong CK, Yiu SM. Compressed indexing and local alignment of DNA (англ.) // Bioinformatics : журнал. — Oxford University Press, 2008. — 15 March (vol. 24, iss. 6). — P. 791—797. — ISSN 1367-4803. — doi:10.1093/bioinformatics/btn032. — PMID 18227115. Архивировано 5 апреля 2017 года.
Pareek C. S., Błaszczyk P., Dziuba P., Czarnik U., Fraser L., Sobiech P., Pierzchała M., Feng Y., Kadarmideen H. N., Kumar D. Single nucleotide polymorphism discovery in bovine liver using RNA-seq technology // PLoS One : журнал. — 2017. — Февраль (т. 12, вып. 2). — doi:10.1371/journal.pone.0172687. — PMID 28234981. Архивировано 15 апреля 2017 года.
Robinson K. M., Crabtree J., Mattick J. S., Anderson K. E., Dunning Hotopp J. C. Distinguishing potential bacteria-tumor associations from contamination in a secondary data analysis of public cancer genome sequence data // Microbiome : журнал. — Лондон, Великобритания: BioMed Central, 2017. — Январь (т. 5, вып. 1). — ISSN 2049-2618. — PMID 28118849. Архивировано 5 апреля 2017 года.
Li Heng, Durbin Richard. Fast and accurate short read alignment with Burrows-Wheeler transform (англ.) // Bioinformatics : журнал. — Oxford University Press, 2009. — 15 July (vol. 25, iss. 14). — P. 1754—1760. — ISSN 1367-4803. — doi:10.1093/bioinformatics/btp324. — PMID 19451168. Архивировано 5 апреля 2017 года.
Al-Absi A. A., Kang D. K. Long Read Alignment with Parallel MapReduce Cloud Platform // BioMed Research International : журнал. — Египет: Хиндави, 2015. — Декабрь. — ISSN 2314-6133. — doi:10.1155/2015/807407. — PMID 26839887. Архивировано 5 апреля 2017 года.
Peter J. A. Cock, Christopher J. Fields, Naohisa Goto, Michael L. Heuer, Peter M, Rice. The Sanger FASTQ file format for sequences with quality scores, and the Solexa/Illumina FASTQ variants (англ.) // Nuclear Acid Res : журнал. — 2010. — April (vol. 38, iss. 6). — P. 1767—1771. — doi:10.1093/nar/gkp1137. — PMID 20015970. Архивировано 15 апреля 2017 года.
José M. Abuín, Juan C. Pichel, Tomás F. Pena, Jorge Amigo. SparkBWA: Speeding Up the Alignment of High-Throughput DNA Sequencing Data (англ.) // PLoS One : журнал. — 2016. — Vol. 11, iss. 5. — doi:10.1371/journal.pone.0155461. Архивировано 5 апреля 2017 года.
Justin Chu, Sara Sadeghi, Anthony Raymond, Shaun D. Jackman, Ka Ming Nip, Richard Mar, Hamid Mohamadi, Yaron S. Butterfield, A. Gordon Robertson, Inanç Birol. BioBloom tools: fast, accurate and memory-efficient host species sequence screening using bloom filters (англ.) // Bioinformatics : журнал. — 2014. — 1 December (vol. 30, iss. 23). — P. 3402—3404. — doi:10.1093/bioinformatics/btu558. Архивировано 15 апреля 2017 года.
David Weese, Manuel Holtgrewe, Knut Reinert. RazerS 3: Faster, fully sensitive read mapping (англ.) // Bioinformatics : журнал. — Oxford University Press, 2012. — 15 October (vol. 28, iss. 20). — P. 2592—2599. — ISSN 1367-4803. — doi:10.1093/bioinformatics/bts505. — PMID 22923295. Архивировано 6 апреля 2017 года.
Ishii K., Kazama Y., Hirano T., Hamada M., Ono Y., Yamada M., Abe T. AMAP: A pipeline for whole-genome mutation detection in Arabidopsis thaliana (англ.) // Genes Genet Syst : журнал. — The Genetics Society of Japan, 2017. — 17 March (vol. 91, iss. 4). — P. 229—233. — ISSN 1341-7568. — doi:10.1266/ggs.15-00078. — PMID 27452041. Архивировано 5 апреля 2017 года.

oup.com

academic.oup.com

Li Heng, Durbin Richard. Fast and accurate long-read alignment with Burrows-Wheeler transform (англ.) // Bioinformatics : журнал. — Oxford University Press, 2010. — 1 March (vol. 26, iss. 5). — P. 589—595. — ISSN 1367-4803. — doi:10.1093/bioinformatics/btp698. — PMID 20080505. Архивировано 5 апреля 2017 года.
Lam TW, Sung WK, Tam SL, Wong CK, Yiu SM. Compressed indexing and local alignment of DNA (англ.) // Bioinformatics : журнал. — Oxford University Press, 2008. — 15 March (vol. 24, iss. 6). — P. 791—797. — ISSN 1367-4803. — doi:10.1093/bioinformatics/btn032. — PMID 18227115. Архивировано 5 апреля 2017 года.
Li Heng, Durbin Richard. Fast and accurate short read alignment with Burrows-Wheeler transform (англ.) // Bioinformatics : журнал. — Oxford University Press, 2009. — 15 July (vol. 25, iss. 14). — P. 1754—1760. — ISSN 1367-4803. — doi:10.1093/bioinformatics/btp324. — PMID 19451168. Архивировано 5 апреля 2017 года.
David Weese, Manuel Holtgrewe, Knut Reinert. RazerS 3: Faster, fully sensitive read mapping (англ.) // Bioinformatics : журнал. — Oxford University Press, 2012. — 15 October (vol. 28, iss. 20). — P. 2592—2599. — ISSN 1367-4803. — doi:10.1093/bioinformatics/bts505. — PMID 22923295. Архивировано 6 апреля 2017 года.

ox.ac.uk

well.ox.ac.uk

Gerton Lunter. Notes for Stampy v1.0.20 (англ.). Оксфорд, Великобритания: Trust Centre for Human Genetics (сентябрь 2012). Дата обращения: 6 апреля 2017. Архивировано из оригинала 6 апреля 2017 года.

rae.ru

online.rae.ru

Гольцов А.Ю., Андреева Т.В., Решетов Д.А., Тяжелова Т.В., Гаврик О.А., Рогаев Е.И. Поиск мутаций в генах митохондриальной ДНК, ассоциированных с развитием болезни Альцгеймера, с использованием технологии параллельного секвенирования // Современные проблемы науки и образования : журнал. — М.: Российская академия естествознания, 2012. — № 6. — С. 23. — ISSN 1817-6321. Архивировано 5 апреля 2017 года.

samtools.github.io

The SAM/BAM Format Specification Working Group. Sequence Alignment/Map Format Specification (англ.) С. 3. GitHub (28 апреля 2016). Дата обращения: 6 апреля 2017. Архивировано из оригинала 6 апреля 2017 года.

sourceforge.net

bio-bwa.sourceforge.net

Manual Reference Pages - bwa (англ.). SouceForge. Дата обращения: 5 апреля 2017. Архивировано из оригинала 5 апреля 2017 года.

lh3lh3.users.sourceforge.net

Heng Li's Homepage (англ.). SourceForge. Дата обращения: 6 апреля 2017. Архивировано из оригинала 6 апреля 2017 года.

spbau.ru

spades.bioinf.spbau.ru

SPAdes 3.10.1 Manual (англ.). Санкт-Петербургский академический университет — научно-образовательный центр нанотехнологий РАН. Дата обращения: 5 апреля 2017. Архивировано из оригинала 5 апреля 2017 года.

unl.edu

hcc-docs.unl.edu

BWA Usage (англ.). Голландский вычислительный центр. Архивировано из оригинала 5 апреля 2017 года.

web.archive.org

Гольцов А.Ю., Андреева Т.В., Решетов Д.А., Тяжелова Т.В., Гаврик О.А., Рогаев Е.И. Поиск мутаций в генах митохондриальной ДНК, ассоциированных с развитием болезни Альцгеймера, с использованием технологии параллельного секвенирования // Современные проблемы науки и образования : журнал. — М.: Российская академия естествознания, 2012. — № 6. — С. 23. — ISSN 1817-6321. Архивировано 5 апреля 2017 года.
Li Heng, Homer Nils. A survey of sequence alignment algorithms for next-generation sequencing // Brief Bioinformatics : журнал. — 2010. — Сентябрь (т. 11, вып. 5). — С. 473—483. — doi:10.1093/bib/bbq015. — PMID 20460430. Архивировано 15 апреля 2017 года.
Large Whole-Genome Sequencing (англ.). Illumina. Архивировано 30 января 2016 года.
Li Heng, Durbin Richard. Fast and accurate long-read alignment with Burrows-Wheeler transform (англ.) // Bioinformatics : журнал. — Oxford University Press, 2010. — 1 March (vol. 26, iss. 5). — P. 589—595. — ISSN 1367-4803. — doi:10.1093/bioinformatics/btp698. — PMID 20080505. Архивировано 5 апреля 2017 года.
Manual Reference Pages - bwa (англ.). SouceForge. Дата обращения: 5 апреля 2017. Архивировано из оригинала 5 апреля 2017 года.
Heng Li's Homepage (англ.). SourceForge. Дата обращения: 6 апреля 2017. Архивировано из оригинала 6 апреля 2017 года.
Lam TW, Sung WK, Tam SL, Wong CK, Yiu SM. Compressed indexing and local alignment of DNA (англ.) // Bioinformatics : журнал. — Oxford University Press, 2008. — 15 March (vol. 24, iss. 6). — P. 791—797. — ISSN 1367-4803. — doi:10.1093/bioinformatics/btn032. — PMID 18227115. Архивировано 5 апреля 2017 года.
Pareek C. S., Błaszczyk P., Dziuba P., Czarnik U., Fraser L., Sobiech P., Pierzchała M., Feng Y., Kadarmideen H. N., Kumar D. Single nucleotide polymorphism discovery in bovine liver using RNA-seq technology // PLoS One : журнал. — 2017. — Февраль (т. 12, вып. 2). — doi:10.1371/journal.pone.0172687. — PMID 28234981. Архивировано 15 апреля 2017 года.
Li Heng, Durbin Richard. Fast and accurate short read alignment with Burrows-Wheeler transform (англ.) // Bioinformatics : журнал. — Oxford University Press, 2009. — 15 July (vol. 25, iss. 14). — P. 1754—1760. — ISSN 1367-4803. — doi:10.1093/bioinformatics/btp324. — PMID 19451168. Архивировано 5 апреля 2017 года.
Al-Absi A. A., Kang D. K. Long Read Alignment with Parallel MapReduce Cloud Platform // BioMed Research International : журнал. — Египет: Хиндави, 2015. — Декабрь. — ISSN 2314-6133. — doi:10.1155/2015/807407. — PMID 26839887. Архивировано 5 апреля 2017 года.
Li Heng. Aligning sequence reads, clone sequences and assembly contigs with BWA-MEM (англ.). — Кембридж, США: Oxford University Press, 2016. — 16 March. — P. 1—3. — arXiv:1303.3997. Архивировано 5 апреля 2017 года.
Peter J. A. Cock, Christopher J. Fields, Naohisa Goto, Michael L. Heuer, Peter M, Rice. The Sanger FASTQ file format for sequences with quality scores, and the Solexa/Illumina FASTQ variants (англ.) // Nuclear Acid Res : журнал. — 2010. — April (vol. 38, iss. 6). — P. 1767—1771. — doi:10.1093/nar/gkp1137. — PMID 20015970. Архивировано 15 апреля 2017 года.
BWA Usage (англ.). Голландский вычислительный центр. Архивировано из оригинала 5 апреля 2017 года.
Bukowski Robert, Sun Qi, Wang Minghui. Variant calling. — Bioinformatics Facility, Institute of Biotechnology. — С. 22. Архивировано 6 апреля 2017 года.
The SAM/BAM Format Specification Working Group. Sequence Alignment/Map Format Specification (англ.) С. 3. GitHub (28 апреля 2016). Дата обращения: 6 апреля 2017. Архивировано из оригинала 6 апреля 2017 года.
José M. Abuín, Juan C. Pichel, Tomás F. Pena, Jorge Amigo. SparkBWA: Speeding Up the Alignment of High-Throughput DNA Sequencing Data (англ.) // PLoS One : журнал. — 2016. — Vol. 11, iss. 5. — doi:10.1371/journal.pone.0155461. Архивировано 5 апреля 2017 года.
Justin Chu, Sara Sadeghi, Anthony Raymond, Shaun D. Jackman, Ka Ming Nip, Richard Mar, Hamid Mohamadi, Yaron S. Butterfield, A. Gordon Robertson, Inanç Birol. BioBloom tools: fast, accurate and memory-efficient host species sequence screening using bloom filters (англ.) // Bioinformatics : журнал. — 2014. — 1 December (vol. 30, iss. 23). — P. 3402—3404. — doi:10.1093/bioinformatics/btu558. Архивировано 15 апреля 2017 года.
Barh Debmalya, Khan Muhammad Sarwar, Davies Eric. PlantOmics: The Omics of Plant Science. — Springer, 2015. — С. 56. — 825 с. — ISBN 8132221729. — ISBN 9788132221722. Архивировано 6 апреля 2017 года.
Julio Saez-Rodriguez, Miguel P. Rocha, Florentino Fdez-Riverola, Juan F. De Paz Santana. 8th International Conference on Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics (PACBB 2014). — Springer, 2014. — Т. 294. — С. 114. — 294 с. — ISBN 3319075810. — ISBN 9783319075815. Архивировано 6 апреля 2017 года.
Gerton Lunter. Notes for Stampy v1.0.20 (англ.). Оксфорд, Великобритания: Trust Centre for Human Genetics (сентябрь 2012). Дата обращения: 6 апреля 2017. Архивировано из оригинала 6 апреля 2017 года.
Elsensohn MH., Leblay N., Dimassi S., Campan-Fournier A., Labalme A., Roucher-Boulez F., Sanlaville D., Lesca G., Bardel C., Roy P. Statistical method to compare massive parallel sequencing pipelines (англ.) // BMC Bioinformatics : журнал. — Лондон, Великобритания: BioMed Central, 2017. — 1 March (vol. 18, iss. 1). — P. 139. — ISSN 1471-2105. — doi:10.1186/s12859-017-1552-9. Архивировано 5 апреля 2017 года.
GATK Best Practices (англ.). Broad Institute. Дата обращения: 5 апреля 2017. Архивировано из оригинала 5 апреля 2017 года.
Pevsner Jonathan. Bioinformatics and Functional Genomics. — 3-е изд. — John Wiley & Sons, 2015. — С. 401. — 1160 с. — ISBN 9781118581698. — ISBN 1118581695. Архивировано 6 апреля 2017 года.
SPAdes 3.10.1 Manual (англ.). Санкт-Петербургский академический университет — научно-образовательный центр нанотехнологий РАН. Дата обращения: 5 апреля 2017. Архивировано из оригинала 5 апреля 2017 года.

worldcat.org

Гольцов А.Ю., Андреева Т.В., Решетов Д.А., Тяжелова Т.В., Гаврик О.А., Рогаев Е.И. Поиск мутаций в генах митохондриальной ДНК, ассоциированных с развитием болезни Альцгеймера, с использованием технологии параллельного секвенирования // Современные проблемы науки и образования : журнал. — М.: Российская академия естествознания, 2012. — № 6. — С. 23. — ISSN 1817-6321. Архивировано 5 апреля 2017 года.
Li Heng, Durbin Richard. Fast and accurate long-read alignment with Burrows-Wheeler transform (англ.) // Bioinformatics : журнал. — Oxford University Press, 2010. — 1 March (vol. 26, iss. 5). — P. 589—595. — ISSN 1367-4803. — doi:10.1093/bioinformatics/btp698. — PMID 20080505. Архивировано 5 апреля 2017 года.
Lam TW, Sung WK, Tam SL, Wong CK, Yiu SM. Compressed indexing and local alignment of DNA (англ.) // Bioinformatics : журнал. — Oxford University Press, 2008. — 15 March (vol. 24, iss. 6). — P. 791—797. — ISSN 1367-4803. — doi:10.1093/bioinformatics/btn032. — PMID 18227115. Архивировано 5 апреля 2017 года.
Sohyun Hwang, Eiru Kim, Insuk Lee, Edward M. Marcotteb. Systematic comparison of variant calling pipelines using gold standard personal exome variants (англ.) // Scientific Reports : онлайн-журнал. — Macmillan Publishers Limited, 2015. — Iss. 5. — ISSN 2045-2322. — doi:10.1038/srep17875. Архивировано 5 апреля 2017 года.
Robinson K. M., Crabtree J., Mattick J. S., Anderson K. E., Dunning Hotopp J. C. Distinguishing potential bacteria-tumor associations from contamination in a secondary data analysis of public cancer genome sequence data // Microbiome : журнал. — Лондон, Великобритания: BioMed Central, 2017. — Январь (т. 5, вып. 1). — ISSN 2049-2618. — PMID 28118849. Архивировано 5 апреля 2017 года.
Li Heng, Durbin Richard. Fast and accurate short read alignment with Burrows-Wheeler transform (англ.) // Bioinformatics : журнал. — Oxford University Press, 2009. — 15 July (vol. 25, iss. 14). — P. 1754—1760. — ISSN 1367-4803. — doi:10.1093/bioinformatics/btp324. — PMID 19451168. Архивировано 5 апреля 2017 года.
Al-Absi A. A., Kang D. K. Long Read Alignment with Parallel MapReduce Cloud Platform // BioMed Research International : журнал. — Египет: Хиндави, 2015. — Декабрь. — ISSN 2314-6133. — doi:10.1155/2015/807407. — PMID 26839887. Архивировано 5 апреля 2017 года.
David Weese, Manuel Holtgrewe, Knut Reinert. RazerS 3: Faster, fully sensitive read mapping (англ.) // Bioinformatics : журнал. — Oxford University Press, 2012. — 15 October (vol. 28, iss. 20). — P. 2592—2599. — ISSN 1367-4803. — doi:10.1093/bioinformatics/bts505. — PMID 22923295. Архивировано 6 апреля 2017 года.
Elsensohn MH., Leblay N., Dimassi S., Campan-Fournier A., Labalme A., Roucher-Boulez F., Sanlaville D., Lesca G., Bardel C., Roy P. Statistical method to compare massive parallel sequencing pipelines (англ.) // BMC Bioinformatics : журнал. — Лондон, Великобритания: BioMed Central, 2017. — 1 March (vol. 18, iss. 1). — P. 139. — ISSN 1471-2105. — doi:10.1186/s12859-017-1552-9. Архивировано 5 апреля 2017 года.
Ishii K., Kazama Y., Hirano T., Hamada M., Ono Y., Yamada M., Abe T. AMAP: A pipeline for whole-genome mutation detection in Arabidopsis thaliana (англ.) // Genes Genet Syst : журнал. — The Genetics Society of Japan, 2017. — 17 March (vol. 91, iss. 4). — P. 229—233. — ISSN 1341-7568. — doi:10.1266/ggs.15-00078. — PMID 27452041. Архивировано 5 апреля 2017 года.