BioPerl (Russian Wikipedia)

Analysis of information sources in references of the Wikipedia article "BioPerl" in Russian language version.

Last modified: 01:59:00, 21 March 2026 (UTC)

Ref.Un. Ref.Website

Global rank Russian rank

1616nih.gov

5^th place

11^th place

1111doi.org

2^nd place

5^th place

55archive.org

6^th place

22bioperl.org

low place

22web.archive.org

1^st place

11arxiv.org

49^th place

65^th place

archive.org (Global: 6^th place; Russian: 6^th place)

Methods for identifying and mapping recent segmental and gene duplications in eukaryotic genomes // Gene Mapping, Discovery, and Expression. — Totowa, N.J. : Humana Press, 2006. — Vol. 338. — P. 9–20. — ISBN 978-1-59745-097-3. — doi:10.1385/1-59745-097-9:9.
Pan, X.; Stein, L. [in английский]; Brendel, V. (2005). SynBrowse: A synteny browser for comparative sequence analysis. Bioinformatics. 21 (17): 3461—3468. doi:10.1093/bioinformatics/bti555. PMID 15994196.
Shah, S. P.; McVicker, G. P.; MacKworth, A. K.; Rogic, S.; Ouellette, B. F. F. (2003). GeneComber: Combining outputs of gene prediction programs for improved results. Bioinformatics. 19 (10): 1296—1297. doi:10.1093/bioinformatics/btg139. PMID 12835277.
Lenhard, B.; Wasserman, W. W. (2002). TFBS: Computational framework for transcription factor binding site analysis. Bioinformatics. 18 (8): 1135—1136. doi:10.1093/bioinformatics/18.8.1135. PMID 12176838.
Pampanwar, V.; Engler, F.; Hatfield, J.; Blundy, S.; Gupta, G.; Soderlund, C. (2005). FPC Web Tools for Rice, Maize, and Distribution. Plant Physiology. 138 (1): 116—126. doi:10.1104/pp.104.056291. PMC 1104167. PMID 15888684.

arxiv.org (Global: 49^th place; Russian: 65^th place)

Llabrés, M.; Rocha, J.; Rosselló, F.; Valiente, G. (2006). On the Ancestral Compatibility of Two Phylogenetic Trees with Nested Taxa. Journal of Mathematical Biology. 53 (3): 340—364. arXiv:cs/0505086. doi:10.1007/s00285-006-0011-4. PMID 16823581.

bioperl.org (Global: low place; Russian: low place)

Archived copy . Дата обращения: 21 января 2007. Архивировано 2 февраля 2007 года.
Lincoln Stein [in английский] (1996). How Perl saved the human genome project. The Perl Journal. 1 (2). Архивировано 2 февраля 2007. Дата обращения: 25 февраля 2009.

doi.org (Global: 2^nd place; Russian: 5^th place)

doi.org

Stajich, J. E.; Block, D.; Boulez, K.; Brenner, S. [in английский]; Chervitz, S.; Dagdigian, C.; Fuellen, G.; Gilbert, J.; Korf, I.; Lapp, H.; Lehväslaiho, H.; Matsalla, C.; Mungall, C. J.; Osborne, B. I.; Pocock, M. R.; Schattner, P.; Senger, M.; Stein, L. D. [in английский]; Stupka, E.; Wilkinson, M. D.; Birney, E. [in английский] (2002). The BioPerl Toolkit: Perl Modules for the Life Sciences. Genome Research. 12 (10): 1611—1618. doi:10.1101/gr.361602. PMC 187536. PMID 12368254.
Pan, X.; Stein, L. [in английский]; Brendel, V. (2005). SynBrowse: A synteny browser for comparative sequence analysis. Bioinformatics. 21 (17): 3461—3468. doi:10.1093/bioinformatics/bti555. PMID 15994196.
Shah, S. P.; McVicker, G. P.; MacKworth, A. K.; Rogic, S.; Ouellette, B. F. F. (2003). GeneComber: Combining outputs of gene prediction programs for improved results. Bioinformatics. 19 (10): 1296—1297. doi:10.1093/bioinformatics/btg139. PMID 12835277.
Lenhard, B.; Wasserman, W. W. (2002). TFBS: Computational framework for transcription factor binding site analysis. Bioinformatics. 18 (8): 1135—1136. doi:10.1093/bioinformatics/18.8.1135. PMID 12176838.
Huang, J.; Gutteridge, A.; Honda, W.; Kanehisa, M. (2006). MIMOX: A web tool for phage display based epitope mapping. BMC Bioinformatics. 7: 451. doi:10.1186/1471-2105-7-451. PMC 1618411. PMID 17038191.{{cite journal}}: Википедия:Обслуживание CS1 (не помеченный открытым DOI) (ссылка)
Catanho, M.; Mascarenhas, D.; Degrave, W.; De Miranda, A. B. ?L. (2006). BioParser. Applied Bioinformatics. 5 (1): 49—53. doi:10.2165/00822942-200605010-00007. PMID 16539538.
Croce, O.; Lamarre, M. L.; Christen, R. (2006). Querying the public databases for sequences using complex keywords contained in the feature lines. BMC Bioinformatics. 7: 45. doi:10.1186/1471-2105-7-45. PMC 1403806. PMID 16441875.{{cite journal}}: Википедия:Обслуживание CS1 (не помеченный открытым DOI) (ссылка)
Landsteiner, B. R.; Olson, M. R.; Rutherford, R. (2005). Current Comparative Table (CCT) automates customized searches of dynamic biological databases. Nucleic Acids Research. 33 (Web Server issue): W770 – W773. doi:10.1093/nar/gki432. PMC 1160193. PMID 15980582.
Llabrés, M.; Rocha, J.; Rosselló, F.; Valiente, G. (2006). On the Ancestral Compatibility of Two Phylogenetic Trees with Nested Taxa. Journal of Mathematical Biology. 53 (3): 340—364. arXiv:cs/0505086. doi:10.1007/s00285-006-0011-4. PMID 16823581.
Pampanwar, V.; Engler, F.; Hatfield, J.; Blundy, S.; Gupta, G.; Soderlund, C. (2005). FPC Web Tools for Rice, Maize, and Distribution. Plant Physiology. 138 (1): 116—126. doi:10.1104/pp.104.056291. PMC 1104167. PMID 15888684.

dx.doi.org

Methods for identifying and mapping recent segmental and gene duplications in eukaryotic genomes // Gene Mapping, Discovery, and Expression. — Totowa, N.J. : Humana Press, 2006. — Vol. 338. — P. 9–20. — ISBN 978-1-59745-097-3. — doi:10.1385/1-59745-097-9:9.

nih.gov (Global: 5^th place; Russian: 11^th place)

pubmed.ncbi.nlm.nih.gov

Stajich, J. E.; Block, D.; Boulez, K.; Brenner, S. [in английский]; Chervitz, S.; Dagdigian, C.; Fuellen, G.; Gilbert, J.; Korf, I.; Lapp, H.; Lehväslaiho, H.; Matsalla, C.; Mungall, C. J.; Osborne, B. I.; Pocock, M. R.; Schattner, P.; Senger, M.; Stein, L. D. [in английский]; Stupka, E.; Wilkinson, M. D.; Birney, E. [in английский] (2002). The BioPerl Toolkit: Perl Modules for the Life Sciences. Genome Research. 12 (10): 1611—1618. doi:10.1101/gr.361602. PMC 187536. PMID 12368254.
Pan, X.; Stein, L. [in английский]; Brendel, V. (2005). SynBrowse: A synteny browser for comparative sequence analysis. Bioinformatics. 21 (17): 3461—3468. doi:10.1093/bioinformatics/bti555. PMID 15994196.
Shah, S. P.; McVicker, G. P.; MacKworth, A. K.; Rogic, S.; Ouellette, B. F. F. (2003). GeneComber: Combining outputs of gene prediction programs for improved results. Bioinformatics. 19 (10): 1296—1297. doi:10.1093/bioinformatics/btg139. PMID 12835277.
Lenhard, B.; Wasserman, W. W. (2002). TFBS: Computational framework for transcription factor binding site analysis. Bioinformatics. 18 (8): 1135—1136. doi:10.1093/bioinformatics/18.8.1135. PMID 12176838.
Huang, J.; Gutteridge, A.; Honda, W.; Kanehisa, M. (2006). MIMOX: A web tool for phage display based epitope mapping. BMC Bioinformatics. 7: 451. doi:10.1186/1471-2105-7-451. PMC 1618411. PMID 17038191.{{cite journal}}: Википедия:Обслуживание CS1 (не помеченный открытым DOI) (ссылка)
Catanho, M.; Mascarenhas, D.; Degrave, W.; De Miranda, A. B. ?L. (2006). BioParser. Applied Bioinformatics. 5 (1): 49—53. doi:10.2165/00822942-200605010-00007. PMID 16539538.
Wei, X.; Kuhn, D. N.; Narasimhan, G. (2003). Degenerate primer design via clustering. Proceedings. IEEE Computer Society Bioinformatics Conference. 2: 75—83. PMID 16452781.
Croce, O.; Lamarre, M. L.; Christen, R. (2006). Querying the public databases for sequences using complex keywords contained in the feature lines. BMC Bioinformatics. 7: 45. doi:10.1186/1471-2105-7-45. PMC 1403806. PMID 16441875.{{cite journal}}: Википедия:Обслуживание CS1 (не помеченный открытым DOI) (ссылка)
Landsteiner, B. R.; Olson, M. R.; Rutherford, R. (2005). Current Comparative Table (CCT) automates customized searches of dynamic biological databases. Nucleic Acids Research. 33 (Web Server issue): W770 – W773. doi:10.1093/nar/gki432. PMC 1160193. PMID 15980582.
Llabrés, M.; Rocha, J.; Rosselló, F.; Valiente, G. (2006). On the Ancestral Compatibility of Two Phylogenetic Trees with Nested Taxa. Journal of Mathematical Biology. 53 (3): 340—364. arXiv:cs/0505086. doi:10.1007/s00285-006-0011-4. PMID 16823581.
Pampanwar, V.; Engler, F.; Hatfield, J.; Blundy, S.; Gupta, G.; Soderlund, C. (2005). FPC Web Tools for Rice, Maize, and Distribution. Plant Physiology. 138 (1): 116—126. doi:10.1104/pp.104.056291. PMC 1104167. PMID 15888684.

ncbi.nlm.nih.gov

Stajich, J. E.; Block, D.; Boulez, K.; Brenner, S. [in английский]; Chervitz, S.; Dagdigian, C.; Fuellen, G.; Gilbert, J.; Korf, I.; Lapp, H.; Lehväslaiho, H.; Matsalla, C.; Mungall, C. J.; Osborne, B. I.; Pocock, M. R.; Schattner, P.; Senger, M.; Stein, L. D. [in английский]; Stupka, E.; Wilkinson, M. D.; Birney, E. [in английский] (2002). The BioPerl Toolkit: Perl Modules for the Life Sciences. Genome Research. 12 (10): 1611—1618. doi:10.1101/gr.361602. PMC 187536. PMID 12368254.
Huang, J.; Gutteridge, A.; Honda, W.; Kanehisa, M. (2006). MIMOX: A web tool for phage display based epitope mapping. BMC Bioinformatics. 7: 451. doi:10.1186/1471-2105-7-451. PMC 1618411. PMID 17038191.{{cite journal}}: Википедия:Обслуживание CS1 (не помеченный открытым DOI) (ссылка)
Croce, O.; Lamarre, M. L.; Christen, R. (2006). Querying the public databases for sequences using complex keywords contained in the feature lines. BMC Bioinformatics. 7: 45. doi:10.1186/1471-2105-7-45. PMC 1403806. PMID 16441875.{{cite journal}}: Википедия:Обслуживание CS1 (не помеченный открытым DOI) (ссылка)
Landsteiner, B. R.; Olson, M. R.; Rutherford, R. (2005). Current Comparative Table (CCT) automates customized searches of dynamic biological databases. Nucleic Acids Research. 33 (Web Server issue): W770 – W773. doi:10.1093/nar/gki432. PMC 1160193. PMID 15980582.
Pampanwar, V.; Engler, F.; Hatfield, J.; Blundy, S.; Gupta, G.; Soderlund, C. (2005). FPC Web Tools for Rice, Maize, and Distribution. Plant Physiology. 138 (1): 116—126. doi:10.1104/pp.104.056291. PMC 1104167. PMID 15888684.

web.archive.org (Global: 1^st place; Russian: 1^st place)

Archived copy . Дата обращения: 21 января 2007. Архивировано 2 февраля 2007 года.
Lincoln Stein [in английский] (1996). How Perl saved the human genome project. The Perl Journal. 1 (2). Архивировано 2 февраля 2007. Дата обращения: 25 февраля 2009.

BioPerl (Russian Wikipedia)

archive.org (Global: 6th place; Russian: 6th place)

arxiv.org (Global: 49th place; Russian: 65th place)