Анализ взвешенных сетей коэкспрессии генов (Russian Wikipedia)

Analysis of information sources in references of the Wikipedia article "Анализ взвешенных сетей коэкспрессии генов" in Russian language version.

refsWebsite

Global rank Russian rank

32doi.org

2^nd place

3^rd place

24worldcat.org

5^th place

23web.archive.org

1^st place

5ucla.edu

782^nd place

1,290^th place

4nih.gov

4^th place

6^th place

4nature.com

234^th place

157^th place

3peterlangfelder.com

low place

3plos.org

2,112^th place

907^th place

1tigem.it

low place

1springer.com

274^th place

350^th place

1oxfordjournals.org

1,389^th place

711^th place

1ploscompbiol.org

low place

1rsc.org

2,020^th place

3,379^th place

1aacrjournals.org

8,869^th place

low place

1pnas.org

1,293^rd place

571^st place

1biorxiv.org

5,061^st place

1,971^st place

1vumc.nl

low place

1cshlp.org

low place

4,570^th place

1sciencedirect.com

149^th place

195^th place

aacrjournals.org

cancerres.aacrjournals.org

A. E. Ivliev, P. A. C. 't Hoen, M. G. Sergeeva. Coexpression Network Analysis Identifies Transcriptional Modules Related to Proastrocytic Differentiation and Sprouty Signaling in Glioma (англ.) // Cancer Research. — 2010-12-15. — Vol. 70, iss. 24. — P. 10060–10070. — ISSN 1538-7445 0008-5472, 1538-7445. — doi:10.1158/0008-5472.CAN-10-2465.

biorxiv.org

Emily Greenfest-Allen, Jean-Philippe Cartailler, Mark A. Magnuson, Christian J. Stoeckert. iterativeWGCNA: iterative refinement to improve module detection from WGCNA co-expression networks (англ.) // bioRxiv. — 2017-12-14. — P. 234062. — doi:10.1101/234062. Архивировано 9 апреля 2019 года.

cshlp.org

genome.cshlp.org

Xia Yang, Eric E. Schadt, Susanna Wang, Hui Wang, Arthur P. Arnold. Tissue-specific expression and regulation of sexually dimorphic genes in mice (англ.) // Genome Research. — 2006-08-01. — Vol. 16, iss. 8. — P. 995–1004. — ISSN 1549-5469 1088-9051, 1549-5469. — doi:10.1101/gr.5217506. Архивировано 18 ноября 2019 года.

doi.org

dx.doi.org

Peter Langfelder, Steve Horvath. WGCNA: an R package for weighted correlation network analysis // BMC bioinformatics. — 2008-12-29. — Т. 9. — С. 559. — ISSN 1471-2105. — doi:10.1186/1471-2105-9-559. Архивировано 28 апреля 2020 года.
Zhang B., Horvath S. A General Framework for Weighted Gene Co-Expression Network Analysis. (англ.) // Statistical Applications in Genetics and Molecular Biology. — 2005-08-12. — Vol. 4, iss. 1. — doi:10.2202/1544-6115.1128. Архивировано 28 сентября 2020 года.
Langfelder P., Zhang B., Horvath S. Defining clusters from a hierarchical cluster tree: the Dynamic Tree Cut library for R. (англ.) // Bioinformatics. — 2007-11-16. — Vol. 24, iss. 5. — P. 719—720. — doi:10.1093/bioinformatics/btm563. Архивировано 11 февраля 2016 года.
Horvath S., Dong J. Geometric Interpretation of Gene Coexpression Network Analysis. (англ.) // PLoS Comput Biol. — 2008-08-15. — Vol. 4, iss. 8. — doi:10.1371/journal.pcbi.1000117. Архивировано 30 декабря 2014 года.
Peter Langfelder, Steve Horvath. Eigengene networks for studying the relationships between co-expression modules // BMC Systems Biology. — 2007-11-21. — Т. 1, вып. 1. — ISSN 1752-0509. — doi:10.1186/1752-0509-1-54.
Peter Langfelder, Rui Luo, Michael C. Oldham, Steve Horvath. Is My Network Module Preserved and Reproducible? // PLoS Computational Biology. — 2011-01-20. — Т. 7, вып. 1. — С. e1001057. — ISSN 1553-7358. — doi:10.1371/journal.pcbi.1001057.
John Michael Ranola, Peter Langfelder, Kenneth Lange, Steve Horvath. Cluster and propensity based approximation of a network // BMC Systems Biology. — 2013-03-14. — Т. 7, вып. 1. — С. 21. — ISSN 1752-0509. — doi:10.1186/1752-0509-7-21.
Peter Langfelder, Paul S. Mischel, Steve Horvath. When Is Hub Gene Selection Better than Standard Meta-Analysis? (англ.) // PLOS ONE. — 2013-04-17. — Vol. 8, iss. 4. — P. e61505. — ISSN 1932-6203. — doi:10.1371/journal.pone.0061505. Архивировано 23 марта 2022 года.
S. Horvath, B. Zhang, M. Carlson, K. V. Lu, S. Zhu. Analysis of oncogenic signaling networks in glioblastoma identifies ASPM as a molecular target // Proceedings of the National Academy of Sciences. — 2006-11-07. — Т. 103, вып. 46. — С. 17402–17407. — ISSN 1091-6490 0027-8424, 1091-6490. — doi:10.1073/pnas.0608396103.
Yanqing Chen, Jun Zhu, Pek Yee Lum, Xia Yang, Shirly Pinto. Variations in DNA elucidate molecular networks that cause disease (англ.) // Nature. — 2008-03. — Vol. 452, iss. 7186. — P. 429–435. — ISSN 1476-4687. — doi:10.1038/nature06757. Архивировано 25 мая 2021 года.
Christopher L. Plaisier, Steve Horvath, Adriana Huertas-Vazquez, Ivette Cruz-Bautista, Miguel F. Herrera. A Systems Genetics Approach Implicates USF1, FADS3, and Other Causal Candidate Genes for Familial Combined Hyperlipidemia (англ.) // PLOS Genetics. — 2009-11-09. — Vol. 5, iss. 9. — P. e1000642. — ISSN 1553-7404. — doi:10.1371/journal.pgen.1000642. Архивировано 23 апреля 2022 года.
Irina Voineagu, Xinchen Wang, Patrick Johnston, Jennifer K. Lowe, Yuan Tian. Transcriptomic analysis of autistic brain reveals convergent molecular pathology (англ.) // Nature. — 2011-06. — Vol. 474, iss. 7351. — P. 380–384. — ISSN 1476-4687. — doi:10.1038/nature10110. Архивировано 6 сентября 2019 года.
Michael J. Hawrylycz, Ed S. Lein, Angela L. Guillozet-Bongaarts, Elaine H. Shen, Lydia Ng. An anatomically comprehensive atlas of the adult human brain transcriptome (англ.) // Nature. — 2012-09. — Vol. 489, iss. 7416. — P. 391–399. — ISSN 1476-4687. — doi:10.1038/nature11405. Архивировано 11 декабря 2019 года.
Haja N. Kadarmideen, Nathan S. Watson-Haigh, Nicholas M. Andronicos. Systems biology of ovine intestinal parasite resistance: disease gene modules and biomarkers (англ.) // Molecular BioSystems. — 2011-01-01. — Vol. 7, iss. 1. — P. 235–246. — ISSN 1742-2051. — doi:10.1039/C0MB00190B. Архивировано 15 апреля 2019 года.
Lisette J. A. Kogelman, Susanna Cirera, Daria V. Zhernakova, Merete Fredholm, Lude Franke. Identification of co-expression gene networks, regulatory genes and pathways for obesity based on adipose tissue RNA Sequencing in a porcine model // BMC Medical Genomics. — 2014-09-30. — Т. 7, вып. 1. — С. 57. — ISSN 1755-8794. — doi:10.1186/1755-8794-7-57.
Zhigang Xue, Kevin Huang, Chaochao Cai, Lingbo Cai, Chun-yan Jiang. Genetic programs in human and mouse early embryos revealed by single-cell RNA sequencing (англ.) // Nature. — 2013-08. — Vol. 500, iss. 7464. — P. 593–597. — ISSN 1476-4687. — doi:10.1038/nature12364. Архивировано 2 декабря 2019 года.
Steve Horvath, Yafeng Zhang, Peter Langfelder, René S. Kahn, Marco PM Boks. Aging effects on DNA methylation modules in human brain and blood tissue // Genome Biology. — 2012-10-03. — Т. 13, вып. 10. — С. R97. — ISSN 1474-760X. — doi:10.1186/gb-2012-13-10-r97.
Dyna I. Shirasaki, Erin R. Greiner, Ismael Al-Ramahi, Michelle Gray, Pinmanee Boontheung. Network organization of the huntingtin proteomic interactome in mammalian brain // Neuron. — 2012-07-12. — Т. 75, вып. 1. — С. 41–57. — ISSN 1097-4199. — doi:10.1016/j.neuron.2012.05.024. Архивировано 18 декабря 2012 года.
Maomeng Tong, Xiaoxiao Li, Laura Wegener Parfrey, Bennett Roth, Andrew Ippoliti. A Modular Organization of the Human Intestinal Mucosal Microbiota and Its Association with Inflammatory Bowel Disease // PLoS ONE. — 2013-11-19. — Т. 8, вып. 11. — ISSN 1932-6203. — doi:10.1371/journal.pone.0080702.
Jeanette A Mumford, Steve Horvath, Michael C. Oldham, Peter Langfelder, Daniel H. Geschwind. Detecting network modules in fMRI time series: A weighted network analysis approach // NeuroImage. — 2010-10-01. — Т. 52, вып. 4. — С. 1465–1476. — ISSN 1053-8119. — doi:10.1016/j.neuroimage.2010.05.047.
A. E. Ivliev, P. A. C. 't Hoen, M. G. Sergeeva. Coexpression Network Analysis Identifies Transcriptional Modules Related to Proastrocytic Differentiation and Sprouty Signaling in Glioma (англ.) // Cancer Research. — 2010-12-15. — Vol. 70, iss. 24. — P. 10060–10070. — ISSN 1538-7445 0008-5472, 1538-7445. — doi:10.1158/0008-5472.CAN-10-2465.
Alexander E. Ivliev, Peter A. C. 't Hoen, Willeke M. C. van Roon-Mom, Dorien J. M. Peters, Marina G. Sergeeva. Exploring the Transcriptome of Ciliated Cells Using In Silico Dissection of Human Tissues (англ.) // PLOS ONE. — 2012-04-25. — Vol. 7, iss. 4. — P. e35618. — ISSN 1932-6203. — doi:10.1371/journal.pone.0035618. Архивировано 17 апреля 2022 года.
Jeremy A. Miller, Steve Horvath, Daniel H. Geschwind. Divergence of human and mouse brain transcriptome highlights Alzheimer disease pathways (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences. — 2010-07-13. — Vol. 107, iss. 28. — P. 12698–12703. — ISSN 1091-6490 0027-8424, 1091-6490. — doi:10.1073/pnas.0914257107.
Emily Greenfest-Allen, Jean-Philippe Cartailler, Mark A. Magnuson, Christian J. Stoeckert. iterativeWGCNA: iterative refinement to improve module detection from WGCNA co-expression networks (англ.) // bioRxiv. — 2017-12-14. — P. 234062. — doi:10.1101/234062. Архивировано 9 апреля 2019 года.
Angela P. Presson, Eric M. Sobel, Jeanette C. Papp, Charlyn J. Suarez, Toni Whistler. Integrated Weighted Gene Co-expression Network Analysis with an Application to Chronic Fatigue Syndrome (англ.) // BMC Systems Biology. — 2008-11-06. — Vol. 2, iss. 1. — P. 95. — ISSN 1752-0509. — doi:10.1186/1752-0509-2-95.
Anastasia Murat, Eugenia Migliavacca, Thierry Gorlia, Wanyu L. Lambiv, Tal Shay. Stem cell-related "self-renewal" signature and high epidermal growth factor receptor expression associated with resistance to concomitant chemoradiotherapy in glioblastoma (англ.) // Journal of Clinical Oncology. — 2008-06-20. — Т. 26, вып. 18. — С. 3015–24. — ISSN 0732-183X. — doi:10.1200/JCO.2007.15.7164. Архивировано 4 августа 2020 года.
Xia Yang, Eric E. Schadt, Susanna Wang, Hui Wang, Arthur P. Arnold. Tissue-specific expression and regulation of sexually dimorphic genes in mice (англ.) // Genome Research. — 2006-08-01. — Vol. 16, iss. 8. — P. 995–1004. — ISSN 1549-5469 1088-9051, 1549-5469. — doi:10.1101/gr.5217506. Архивировано 18 ноября 2019 года.
Haiyan Hu, Xiaoman Li. Transcriptional regulation in eukaryotic ribosomal protein genes (англ.) // Genomics. — 2007-10-01. — Vol. 90, iss. 4. — P. 421–423. — ISSN 0888-7543. — doi:10.1016/j.ygeno.2007.07.003.

doi.org

John Michael Ranola, Peter Langfelder, Kenneth Lange, Steve Horvath. Cluster and propensity based approximation of a network // BMC Systems Biology. — 2013-03-14. — Т. 7, вып. 1. — С. 21. — ISSN 1752-0509. — doi:10.1186/1752-0509-7-21.
Lisette J. A. Kogelman, Susanna Cirera, Daria V. Zhernakova, Merete Fredholm, Lude Franke. Identification of co-expression gene networks, regulatory genes and pathways for obesity based on adipose tissue RNA Sequencing in a porcine model // BMC Medical Genomics. — 2014-09-30. — Т. 7, вып. 1. — С. 57. — ISSN 1755-8794. — doi:10.1186/1755-8794-7-57.
Steve Horvath, Yafeng Zhang, Peter Langfelder, René S. Kahn, Marco PM Boks. Aging effects on DNA methylation modules in human brain and blood tissue // Genome Biology. — 2012-10-03. — Т. 13, вып. 10. — С. R97. — ISSN 1474-760X. — doi:10.1186/gb-2012-13-10-r97.
Angela P. Presson, Eric M. Sobel, Jeanette C. Papp, Charlyn J. Suarez, Toni Whistler. Integrated Weighted Gene Co-expression Network Analysis with an Application to Chronic Fatigue Syndrome (англ.) // BMC Systems Biology. — 2008-11-06. — Vol. 2, iss. 1. — P. 95. — ISSN 1752-0509. — doi:10.1186/1752-0509-2-95.

nature.com

Yanqing Chen, Jun Zhu, Pek Yee Lum, Xia Yang, Shirly Pinto. Variations in DNA elucidate molecular networks that cause disease (англ.) // Nature. — 2008-03. — Vol. 452, iss. 7186. — P. 429–435. — ISSN 1476-4687. — doi:10.1038/nature06757. Архивировано 25 мая 2021 года.
Irina Voineagu, Xinchen Wang, Patrick Johnston, Jennifer K. Lowe, Yuan Tian. Transcriptomic analysis of autistic brain reveals convergent molecular pathology (англ.) // Nature. — 2011-06. — Vol. 474, iss. 7351. — P. 380–384. — ISSN 1476-4687. — doi:10.1038/nature10110. Архивировано 6 сентября 2019 года.
Michael J. Hawrylycz, Ed S. Lein, Angela L. Guillozet-Bongaarts, Elaine H. Shen, Lydia Ng. An anatomically comprehensive atlas of the adult human brain transcriptome (англ.) // Nature. — 2012-09. — Vol. 489, iss. 7416. — P. 391–399. — ISSN 1476-4687. — doi:10.1038/nature11405. Архивировано 11 декабря 2019 года.
Zhigang Xue, Kevin Huang, Chaochao Cai, Lingbo Cai, Chun-yan Jiang. Genetic programs in human and mouse early embryos revealed by single-cell RNA sequencing (англ.) // Nature. — 2013-08. — Vol. 500, iss. 7464. — P. 593–597. — ISSN 1476-4687. — doi:10.1038/nature12364. Архивировано 2 декабря 2019 года.

nih.gov

ncbi.nlm.nih.gov

Peter Langfelder, Steve Horvath. WGCNA: an R package for weighted correlation network analysis // BMC bioinformatics. — 2008-12-29. — Т. 9. — С. 559. — ISSN 1471-2105. — doi:10.1186/1471-2105-9-559. Архивировано 28 апреля 2020 года.
Dyna I. Shirasaki, Erin R. Greiner, Ismael Al-Ramahi, Michelle Gray, Pinmanee Boontheung. Network organization of the huntingtin proteomic interactome in mammalian brain // Neuron. — 2012-07-12. — Т. 75, вып. 1. — С. 41–57. — ISSN 1097-4199. — doi:10.1016/j.neuron.2012.05.024. Архивировано 18 декабря 2012 года.
Maomeng Tong, Xiaoxiao Li, Laura Wegener Parfrey, Bennett Roth, Andrew Ippoliti. A Modular Organization of the Human Intestinal Mucosal Microbiota and Its Association with Inflammatory Bowel Disease // PLoS ONE. — 2013-11-19. — Т. 8, вып. 11. — ISSN 1932-6203. — doi:10.1371/journal.pone.0080702.
Jeanette A Mumford, Steve Horvath, Michael C. Oldham, Peter Langfelder, Daniel H. Geschwind. Detecting network modules in fMRI time series: A weighted network analysis approach // NeuroImage. — 2010-10-01. — Т. 52, вып. 4. — С. 1465–1476. — ISSN 1053-8119. — doi:10.1016/j.neuroimage.2010.05.047.

oxfordjournals.org

bioinformatics.oxfordjournals.org

Langfelder P., Zhang B., Horvath S. Defining clusters from a hierarchical cluster tree: the Dynamic Tree Cut library for R. (англ.) // Bioinformatics. — 2007-11-16. — Vol. 24, iss. 5. — P. 719—720. — doi:10.1093/bioinformatics/btm563. Архивировано 11 февраля 2016 года.

peterlangfelder.com

Peter Langfelder. Why WGCNA modules don’t always agree with the dendrogram? (англ.). Insights from a billion correlations (31 декабря 2018). Дата обращения: 19 апреля 2020. Архивировано 27 сентября 2020 года.
Insights from a billion correlations (англ.). Insights from a billion correlations. Дата обращения: 21 апреля 2020. Архивировано 10 августа 2020 года.
Peter Langfelder. Functional enrichment analysis via R package anRichment (англ.). Insights from a billion correlations (25 ноября 2018). Дата обращения: 21 апреля 2020. Архивировано 4 августа 2020 года.

plos.org

journals.plos.org

Peter Langfelder, Paul S. Mischel, Steve Horvath. When Is Hub Gene Selection Better than Standard Meta-Analysis? (англ.) // PLOS ONE. — 2013-04-17. — Vol. 8, iss. 4. — P. e61505. — ISSN 1932-6203. — doi:10.1371/journal.pone.0061505. Архивировано 23 марта 2022 года.
Christopher L. Plaisier, Steve Horvath, Adriana Huertas-Vazquez, Ivette Cruz-Bautista, Miguel F. Herrera. A Systems Genetics Approach Implicates USF1, FADS3, and Other Causal Candidate Genes for Familial Combined Hyperlipidemia (англ.) // PLOS Genetics. — 2009-11-09. — Vol. 5, iss. 9. — P. e1000642. — ISSN 1553-7404. — doi:10.1371/journal.pgen.1000642. Архивировано 23 апреля 2022 года.
Alexander E. Ivliev, Peter A. C. 't Hoen, Willeke M. C. van Roon-Mom, Dorien J. M. Peters, Marina G. Sergeeva. Exploring the Transcriptome of Ciliated Cells Using In Silico Dissection of Human Tissues (англ.) // PLOS ONE. — 2012-04-25. — Vol. 7, iss. 4. — P. e35618. — ISSN 1932-6203. — doi:10.1371/journal.pone.0035618. Архивировано 17 апреля 2022 года.

ploscompbiol.org

Horvath S., Dong J. Geometric Interpretation of Gene Coexpression Network Analysis. (англ.) // PLoS Comput Biol. — 2008-08-15. — Vol. 4, iss. 8. — doi:10.1371/journal.pcbi.1000117. Архивировано 30 декабря 2014 года.

pnas.org

Jeremy A. Miller, Steve Horvath, Daniel H. Geschwind. Divergence of human and mouse brain transcriptome highlights Alzheimer disease pathways (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences. — 2010-07-13. — Vol. 107, iss. 28. — P. 12698–12703. — ISSN 1091-6490 0027-8424, 1091-6490. — doi:10.1073/pnas.0914257107.

rsc.org

pubs.rsc.org

Haja N. Kadarmideen, Nathan S. Watson-Haigh, Nicholas M. Andronicos. Systems biology of ovine intestinal parasite resistance: disease gene modules and biomarkers (англ.) // Molecular BioSystems. — 2011-01-01. — Vol. 7, iss. 1. — P. 235–246. — ISSN 1742-2051. — doi:10.1039/C0MB00190B. Архивировано 15 апреля 2019 года.

sciencedirect.com

Haiyan Hu, Xiaoman Li. Transcriptional regulation in eukaryotic ribosomal protein genes (англ.) // Genomics. — 2007-10-01. — Vol. 90, iss. 4. — P. 421–423. — ISSN 0888-7543. — doi:10.1016/j.ygeno.2007.07.003.

springer.com

Steve Horvath. Weighted Network Analysis: Applications in Genomics and Systems Biology. — New York: Springer-Verlag, 2011. — ISBN 978-1-4419-8818-8. Архивировано 18 сентября 2020 года.

tigem.it

dibernardo.tigem.it

Zhang B., Horvath S. A General Framework for Weighted Gene Co-Expression Network Analysis. (англ.) // Statistical Applications in Genetics and Molecular Biology. — 2005-08-12. — Vol. 4, iss. 1. — doi:10.2202/1544-6115.1128. Архивировано 28 сентября 2020 года.

ucla.edu

horvath.genetics.ucla.edu

Peter Langfelder and Steve Horvath. Example module stability analysis (неопр.). Fast functions for correlation and hierarchical clustering R code examples (15 октября 2014).
Peter Langfelder and Steve Horvath. [https://horvath.genetics.ucla.edu/html/CoexpressionNetwork/Rpackages/WGCNA/Tutorials/FemaleLiver-03-relateModsToExt.pdf Tutorial for the WGCNA package for R: I. Network analysis of liver expression data in female mice 3. Relating modules to external information and identifying important genes] (неопр.). Tutorials for the WGCNA package (25 ноября 2014). Дата обращения: 19 апреля 2020. Архивировано 17 января 2021 года.
Meta-analyses of data from two (or more) microarray data sets. (неопр.) horvath.genetics.ucla.edu. Дата обращения: 19 апреля 2020. Архивировано 22 июля 2020 года.
WGCNA: R package for performing Weighted Gene Co-expression Network Analysis (неопр.). horvath.genetics.ucla.edu. Дата обращения: 21 апреля 2020. Архивировано 23 октября 2020 года.
Peter Langfelder and Steve Horvath. [https://horvath.genetics.ucla.edu/html/CoexpressionNetwork/Rpackages/WGCNA/Tutorials/FemaleLiver-06-ExportNetwork.pdf Tutorial for the WGCNA package for R: I. Network analysis of liver expression data in female mice 6. Exporting a gene network to external visualization software] (неопр.). Tutorials for the WGCNA package (25 ноября 2014).

vumc.nl

research.vumc.nl

Anastasia Murat, Eugenia Migliavacca, Thierry Gorlia, Wanyu L. Lambiv, Tal Shay. Stem cell-related "self-renewal" signature and high epidermal growth factor receptor expression associated with resistance to concomitant chemoradiotherapy in glioblastoma (англ.) // Journal of Clinical Oncology. — 2008-06-20. — Т. 26, вып. 18. — С. 3015–24. — ISSN 0732-183X. — doi:10.1200/JCO.2007.15.7164. Архивировано 4 августа 2020 года.

web.archive.org

Peter Langfelder, Steve Horvath. WGCNA: an R package for weighted correlation network analysis // BMC bioinformatics. — 2008-12-29. — Т. 9. — С. 559. — ISSN 1471-2105. — doi:10.1186/1471-2105-9-559. Архивировано 28 апреля 2020 года.
Zhang B., Horvath S. A General Framework for Weighted Gene Co-Expression Network Analysis. (англ.) // Statistical Applications in Genetics and Molecular Biology. — 2005-08-12. — Vol. 4, iss. 1. — doi:10.2202/1544-6115.1128. Архивировано 28 сентября 2020 года.
Steve Horvath. Weighted Network Analysis: Applications in Genomics and Systems Biology. — New York: Springer-Verlag, 2011. — ISBN 978-1-4419-8818-8. Архивировано 18 сентября 2020 года.
Langfelder P., Zhang B., Horvath S. Defining clusters from a hierarchical cluster tree: the Dynamic Tree Cut library for R. (англ.) // Bioinformatics. — 2007-11-16. — Vol. 24, iss. 5. — P. 719—720. — doi:10.1093/bioinformatics/btm563. Архивировано 11 февраля 2016 года.
Peter Langfelder. Why WGCNA modules don’t always agree with the dendrogram? (англ.). Insights from a billion correlations (31 декабря 2018). Дата обращения: 19 апреля 2020. Архивировано 27 сентября 2020 года.
Horvath S., Dong J. Geometric Interpretation of Gene Coexpression Network Analysis. (англ.) // PLoS Comput Biol. — 2008-08-15. — Vol. 4, iss. 8. — doi:10.1371/journal.pcbi.1000117. Архивировано 30 декабря 2014 года.
Peter Langfelder and Steve Horvath. [https://horvath.genetics.ucla.edu/html/CoexpressionNetwork/Rpackages/WGCNA/Tutorials/FemaleLiver-03-relateModsToExt.pdf Tutorial for the WGCNA package for R: I. Network analysis of liver expression data in female mice 3. Relating modules to external information and identifying important genes] (неопр.). Tutorials for the WGCNA package (25 ноября 2014). Дата обращения: 19 апреля 2020. Архивировано 17 января 2021 года.
Peter Langfelder, Paul S. Mischel, Steve Horvath. When Is Hub Gene Selection Better than Standard Meta-Analysis? (англ.) // PLOS ONE. — 2013-04-17. — Vol. 8, iss. 4. — P. e61505. — ISSN 1932-6203. — doi:10.1371/journal.pone.0061505. Архивировано 23 марта 2022 года.
Yanqing Chen, Jun Zhu, Pek Yee Lum, Xia Yang, Shirly Pinto. Variations in DNA elucidate molecular networks that cause disease (англ.) // Nature. — 2008-03. — Vol. 452, iss. 7186. — P. 429–435. — ISSN 1476-4687. — doi:10.1038/nature06757. Архивировано 25 мая 2021 года.
Christopher L. Plaisier, Steve Horvath, Adriana Huertas-Vazquez, Ivette Cruz-Bautista, Miguel F. Herrera. A Systems Genetics Approach Implicates USF1, FADS3, and Other Causal Candidate Genes for Familial Combined Hyperlipidemia (англ.) // PLOS Genetics. — 2009-11-09. — Vol. 5, iss. 9. — P. e1000642. — ISSN 1553-7404. — doi:10.1371/journal.pgen.1000642. Архивировано 23 апреля 2022 года.
Irina Voineagu, Xinchen Wang, Patrick Johnston, Jennifer K. Lowe, Yuan Tian. Transcriptomic analysis of autistic brain reveals convergent molecular pathology (англ.) // Nature. — 2011-06. — Vol. 474, iss. 7351. — P. 380–384. — ISSN 1476-4687. — doi:10.1038/nature10110. Архивировано 6 сентября 2019 года.
Michael J. Hawrylycz, Ed S. Lein, Angela L. Guillozet-Bongaarts, Elaine H. Shen, Lydia Ng. An anatomically comprehensive atlas of the adult human brain transcriptome (англ.) // Nature. — 2012-09. — Vol. 489, iss. 7416. — P. 391–399. — ISSN 1476-4687. — doi:10.1038/nature11405. Архивировано 11 декабря 2019 года.
Haja N. Kadarmideen, Nathan S. Watson-Haigh, Nicholas M. Andronicos. Systems biology of ovine intestinal parasite resistance: disease gene modules and biomarkers (англ.) // Molecular BioSystems. — 2011-01-01. — Vol. 7, iss. 1. — P. 235–246. — ISSN 1742-2051. — doi:10.1039/C0MB00190B. Архивировано 15 апреля 2019 года.
Zhigang Xue, Kevin Huang, Chaochao Cai, Lingbo Cai, Chun-yan Jiang. Genetic programs in human and mouse early embryos revealed by single-cell RNA sequencing (англ.) // Nature. — 2013-08. — Vol. 500, iss. 7464. — P. 593–597. — ISSN 1476-4687. — doi:10.1038/nature12364. Архивировано 2 декабря 2019 года.
Dyna I. Shirasaki, Erin R. Greiner, Ismael Al-Ramahi, Michelle Gray, Pinmanee Boontheung. Network organization of the huntingtin proteomic interactome in mammalian brain // Neuron. — 2012-07-12. — Т. 75, вып. 1. — С. 41–57. — ISSN 1097-4199. — doi:10.1016/j.neuron.2012.05.024. Архивировано 18 декабря 2012 года.
Alexander E. Ivliev, Peter A. C. 't Hoen, Willeke M. C. van Roon-Mom, Dorien J. M. Peters, Marina G. Sergeeva. Exploring the Transcriptome of Ciliated Cells Using In Silico Dissection of Human Tissues (англ.) // PLOS ONE. — 2012-04-25. — Vol. 7, iss. 4. — P. e35618. — ISSN 1932-6203. — doi:10.1371/journal.pone.0035618. Архивировано 17 апреля 2022 года.
Meta-analyses of data from two (or more) microarray data sets. (неопр.) horvath.genetics.ucla.edu. Дата обращения: 19 апреля 2020. Архивировано 22 июля 2020 года.
WGCNA: R package for performing Weighted Gene Co-expression Network Analysis (неопр.). horvath.genetics.ucla.edu. Дата обращения: 21 апреля 2020. Архивировано 23 октября 2020 года.
Insights from a billion correlations (англ.). Insights from a billion correlations. Дата обращения: 21 апреля 2020. Архивировано 10 августа 2020 года.
Peter Langfelder. Functional enrichment analysis via R package anRichment (англ.). Insights from a billion correlations (25 ноября 2018). Дата обращения: 21 апреля 2020. Архивировано 4 августа 2020 года.
Emily Greenfest-Allen, Jean-Philippe Cartailler, Mark A. Magnuson, Christian J. Stoeckert. iterativeWGCNA: iterative refinement to improve module detection from WGCNA co-expression networks (англ.) // bioRxiv. — 2017-12-14. — P. 234062. — doi:10.1101/234062. Архивировано 9 апреля 2019 года.
Anastasia Murat, Eugenia Migliavacca, Thierry Gorlia, Wanyu L. Lambiv, Tal Shay. Stem cell-related "self-renewal" signature and high epidermal growth factor receptor expression associated with resistance to concomitant chemoradiotherapy in glioblastoma (англ.) // Journal of Clinical Oncology. — 2008-06-20. — Т. 26, вып. 18. — С. 3015–24. — ISSN 0732-183X. — doi:10.1200/JCO.2007.15.7164. Архивировано 4 августа 2020 года.
Xia Yang, Eric E. Schadt, Susanna Wang, Hui Wang, Arthur P. Arnold. Tissue-specific expression and regulation of sexually dimorphic genes in mice (англ.) // Genome Research. — 2006-08-01. — Vol. 16, iss. 8. — P. 995–1004. — ISSN 1549-5469 1088-9051, 1549-5469. — doi:10.1101/gr.5217506. Архивировано 18 ноября 2019 года.

worldcat.org

Peter Langfelder, Steve Horvath. WGCNA: an R package for weighted correlation network analysis // BMC bioinformatics. — 2008-12-29. — Т. 9. — С. 559. — ISSN 1471-2105. — doi:10.1186/1471-2105-9-559. Архивировано 28 апреля 2020 года.
Peter Langfelder, Steve Horvath. Eigengene networks for studying the relationships between co-expression modules // BMC Systems Biology. — 2007-11-21. — Т. 1, вып. 1. — ISSN 1752-0509. — doi:10.1186/1752-0509-1-54.
Peter Langfelder, Rui Luo, Michael C. Oldham, Steve Horvath. Is My Network Module Preserved and Reproducible? // PLoS Computational Biology. — 2011-01-20. — Т. 7, вып. 1. — С. e1001057. — ISSN 1553-7358. — doi:10.1371/journal.pcbi.1001057.
John Michael Ranola, Peter Langfelder, Kenneth Lange, Steve Horvath. Cluster and propensity based approximation of a network // BMC Systems Biology. — 2013-03-14. — Т. 7, вып. 1. — С. 21. — ISSN 1752-0509. — doi:10.1186/1752-0509-7-21.
Peter Langfelder, Paul S. Mischel, Steve Horvath. When Is Hub Gene Selection Better than Standard Meta-Analysis? (англ.) // PLOS ONE. — 2013-04-17. — Vol. 8, iss. 4. — P. e61505. — ISSN 1932-6203. — doi:10.1371/journal.pone.0061505. Архивировано 23 марта 2022 года.
S. Horvath, B. Zhang, M. Carlson, K. V. Lu, S. Zhu. Analysis of oncogenic signaling networks in glioblastoma identifies ASPM as a molecular target // Proceedings of the National Academy of Sciences. — 2006-11-07. — Т. 103, вып. 46. — С. 17402–17407. — ISSN 1091-6490 0027-8424, 1091-6490. — doi:10.1073/pnas.0608396103.
Yanqing Chen, Jun Zhu, Pek Yee Lum, Xia Yang, Shirly Pinto. Variations in DNA elucidate molecular networks that cause disease (англ.) // Nature. — 2008-03. — Vol. 452, iss. 7186. — P. 429–435. — ISSN 1476-4687. — doi:10.1038/nature06757. Архивировано 25 мая 2021 года.
Christopher L. Plaisier, Steve Horvath, Adriana Huertas-Vazquez, Ivette Cruz-Bautista, Miguel F. Herrera. A Systems Genetics Approach Implicates USF1, FADS3, and Other Causal Candidate Genes for Familial Combined Hyperlipidemia (англ.) // PLOS Genetics. — 2009-11-09. — Vol. 5, iss. 9. — P. e1000642. — ISSN 1553-7404. — doi:10.1371/journal.pgen.1000642. Архивировано 23 апреля 2022 года.
Irina Voineagu, Xinchen Wang, Patrick Johnston, Jennifer K. Lowe, Yuan Tian. Transcriptomic analysis of autistic brain reveals convergent molecular pathology (англ.) // Nature. — 2011-06. — Vol. 474, iss. 7351. — P. 380–384. — ISSN 1476-4687. — doi:10.1038/nature10110. Архивировано 6 сентября 2019 года.
Michael J. Hawrylycz, Ed S. Lein, Angela L. Guillozet-Bongaarts, Elaine H. Shen, Lydia Ng. An anatomically comprehensive atlas of the adult human brain transcriptome (англ.) // Nature. — 2012-09. — Vol. 489, iss. 7416. — P. 391–399. — ISSN 1476-4687. — doi:10.1038/nature11405. Архивировано 11 декабря 2019 года.
Haja N. Kadarmideen, Nathan S. Watson-Haigh, Nicholas M. Andronicos. Systems biology of ovine intestinal parasite resistance: disease gene modules and biomarkers (англ.) // Molecular BioSystems. — 2011-01-01. — Vol. 7, iss. 1. — P. 235–246. — ISSN 1742-2051. — doi:10.1039/C0MB00190B. Архивировано 15 апреля 2019 года.
Lisette J. A. Kogelman, Susanna Cirera, Daria V. Zhernakova, Merete Fredholm, Lude Franke. Identification of co-expression gene networks, regulatory genes and pathways for obesity based on adipose tissue RNA Sequencing in a porcine model // BMC Medical Genomics. — 2014-09-30. — Т. 7, вып. 1. — С. 57. — ISSN 1755-8794. — doi:10.1186/1755-8794-7-57.
Zhigang Xue, Kevin Huang, Chaochao Cai, Lingbo Cai, Chun-yan Jiang. Genetic programs in human and mouse early embryos revealed by single-cell RNA sequencing (англ.) // Nature. — 2013-08. — Vol. 500, iss. 7464. — P. 593–597. — ISSN 1476-4687. — doi:10.1038/nature12364. Архивировано 2 декабря 2019 года.
Steve Horvath, Yafeng Zhang, Peter Langfelder, René S. Kahn, Marco PM Boks. Aging effects on DNA methylation modules in human brain and blood tissue // Genome Biology. — 2012-10-03. — Т. 13, вып. 10. — С. R97. — ISSN 1474-760X. — doi:10.1186/gb-2012-13-10-r97.
Dyna I. Shirasaki, Erin R. Greiner, Ismael Al-Ramahi, Michelle Gray, Pinmanee Boontheung. Network organization of the huntingtin proteomic interactome in mammalian brain // Neuron. — 2012-07-12. — Т. 75, вып. 1. — С. 41–57. — ISSN 1097-4199. — doi:10.1016/j.neuron.2012.05.024. Архивировано 18 декабря 2012 года.
Maomeng Tong, Xiaoxiao Li, Laura Wegener Parfrey, Bennett Roth, Andrew Ippoliti. A Modular Organization of the Human Intestinal Mucosal Microbiota and Its Association with Inflammatory Bowel Disease // PLoS ONE. — 2013-11-19. — Т. 8, вып. 11. — ISSN 1932-6203. — doi:10.1371/journal.pone.0080702.
Jeanette A Mumford, Steve Horvath, Michael C. Oldham, Peter Langfelder, Daniel H. Geschwind. Detecting network modules in fMRI time series: A weighted network analysis approach // NeuroImage. — 2010-10-01. — Т. 52, вып. 4. — С. 1465–1476. — ISSN 1053-8119. — doi:10.1016/j.neuroimage.2010.05.047.
A. E. Ivliev, P. A. C. 't Hoen, M. G. Sergeeva. Coexpression Network Analysis Identifies Transcriptional Modules Related to Proastrocytic Differentiation and Sprouty Signaling in Glioma (англ.) // Cancer Research. — 2010-12-15. — Vol. 70, iss. 24. — P. 10060–10070. — ISSN 1538-7445 0008-5472, 1538-7445. — doi:10.1158/0008-5472.CAN-10-2465.
Alexander E. Ivliev, Peter A. C. 't Hoen, Willeke M. C. van Roon-Mom, Dorien J. M. Peters, Marina G. Sergeeva. Exploring the Transcriptome of Ciliated Cells Using In Silico Dissection of Human Tissues (англ.) // PLOS ONE. — 2012-04-25. — Vol. 7, iss. 4. — P. e35618. — ISSN 1932-6203. — doi:10.1371/journal.pone.0035618. Архивировано 17 апреля 2022 года.
Jeremy A. Miller, Steve Horvath, Daniel H. Geschwind. Divergence of human and mouse brain transcriptome highlights Alzheimer disease pathways (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences. — 2010-07-13. — Vol. 107, iss. 28. — P. 12698–12703. — ISSN 1091-6490 0027-8424, 1091-6490. — doi:10.1073/pnas.0914257107.
Angela P. Presson, Eric M. Sobel, Jeanette C. Papp, Charlyn J. Suarez, Toni Whistler. Integrated Weighted Gene Co-expression Network Analysis with an Application to Chronic Fatigue Syndrome (англ.) // BMC Systems Biology. — 2008-11-06. — Vol. 2, iss. 1. — P. 95. — ISSN 1752-0509. — doi:10.1186/1752-0509-2-95.
Anastasia Murat, Eugenia Migliavacca, Thierry Gorlia, Wanyu L. Lambiv, Tal Shay. Stem cell-related "self-renewal" signature and high epidermal growth factor receptor expression associated with resistance to concomitant chemoradiotherapy in glioblastoma (англ.) // Journal of Clinical Oncology. — 2008-06-20. — Т. 26, вып. 18. — С. 3015–24. — ISSN 0732-183X. — doi:10.1200/JCO.2007.15.7164. Архивировано 4 августа 2020 года.
Xia Yang, Eric E. Schadt, Susanna Wang, Hui Wang, Arthur P. Arnold. Tissue-specific expression and regulation of sexually dimorphic genes in mice (англ.) // Genome Research. — 2006-08-01. — Vol. 16, iss. 8. — P. 995–1004. — ISSN 1549-5469 1088-9051, 1549-5469. — doi:10.1101/gr.5217506. Архивировано 18 ноября 2019 года.
Haiyan Hu, Xiaoman Li. Transcriptional regulation in eukaryotic ribosomal protein genes (англ.) // Genomics. — 2007-10-01. — Vol. 90, iss. 4. — P. 421–423. — ISSN 0888-7543. — doi:10.1016/j.ygeno.2007.07.003.