Выравнивание последовательностей (Russian Wikipedia)

Analysis of information sources in references of the Wikipedia article "Выравнивание последовательностей" in Russian language version.

refsWebsite

Global rank Russian rank

22doi.org

2^nd place

3^rd place

13worldcat.org

5^th place

13nih.gov

4^th place

6^th place

12web.archive.org

1^st place

9wikipedia.org

low place

4oup.com

485^th place

464^th place

2ebi.ac.uk

5,849^th place

6,034^th place

1ucsf.edu

5,479^th place

9,544^th place

1sourceforge.net

1,669^th place

1,083^rd place

1jalview.org

low place

1biomedcentral.com

2,747^th place

1,343^rd place

biomedcentral.com

almob.biomedcentral.com

Valery O Polyanovsky, Mikhail A Roytberg, Vladimir G Tumanyan. Comparative analysis of the quality of a global algorithm and a local algorithm for alignment of two sequences (англ.) // Algorithms for Molecular Biology. — 2011. — Vol. 6, iss. 1. — P. 25. — ISSN 1748-7188. — doi:10.1186/1748-7188-6-25. Архивировано 23 апреля 2019 года.

doi.org

dx.doi.org

Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) // Bioinformatics and Functional Genomics. — Hoboken, NJ, USA: John Wiley & Sons, Inc.. — С. 100—138. — ISBN 9780470451496, 9780470085851.
Bill MacCartney, Michel Galley, Christopher D. Manning. A phrase-based alignment model for natural language inference // Proceedings of the Conference on Empirical Methods in Natural Language Processing - EMNLP '08. — Morristown, NJ, USA: Association for Computational Linguistics, 2008. — doi:10.3115/1613715.1613817.
Julie D. Thompson, Desmond G. Higgins, Toby J. Gibson. CLUSTAL W: improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, position-specific gap penalties and weight matrix choice // Nucleic Acids Research. — 1994. — Т. 22, вып. 22. — С. 4673—4680. — ISSN 1362-4962 0305-1048, 1362-4962. — doi:10.1093/nar/22.22.4673.
A. M. Waterhouse, J. B. Procter, D. M. A. Martin, M. Clamp, G. J. Barton. Jalview Version 2--a multiple sequence alignment editor and analysis workbench (англ.) // Bioinformatics. — 2009-05-01. — Vol. 25, iss. 9. — P. 1189—1191. — ISSN 1460-2059 1367-4803, 1460-2059. — doi:10.1093/bioinformatics/btp033. Архивировано 24 октября 2017 года.
Mikhail Fursov, Olga Golosova, Konstantin Okonechnikov. Unipro UGENE: a unified bioinformatics toolkit (англ.) // Bioinformatics. — 2012-04-15. — Vol. 28, iss. 8. — P. 1166—1167. — ISSN 1367-4803. — doi:10.1093/bioinformatics/bts091. Архивировано 30 апреля 2019 года.
Koichiro Tamura, Joel Dudley, Masatoshi Nei, Sudhir Kumar. MEGA: A biologist-centric software for evolutionary analysis of DNA and protein sequences (англ.) // Briefings in Bioinformatics. — 2008-07-01. — Vol. 9, iss. 4. — P. 299—306. — ISSN 1467-5463. — doi:10.1093/bib/bbn017. Архивировано 30 апреля 2019 года.
Thomas D. Schneider, R.Michael Stephens. Sequence logos: a new way to display consensus sequences // Nucleic Acids Research. — 1990. — Т. 18, вып. 20. — С. 6097—6100. — ISSN 1362-4962 0305-1048, 1362-4962. — doi:10.1093/nar/18.20.6097.
Erik L.L. Sonnhammer, Richard Durbin. A dot-matrix program with dynamic threshold control suited for genomic DNA and protein sequence analysis (англ.) // Gene^[англ.]. — Elsevier, 1995-12. — Vol. 167, iss. 1—2. — P. GC1—GC10. — ISSN 0378-1119. — doi:10.1016/0378-1119(95)00714-8. Архивировано 2 декабря 2008 года.
Valery O Polyanovsky, Mikhail A Roytberg, Vladimir G Tumanyan. Comparative analysis of the quality of a global algorithm and a local algorithm for alignment of two sequences (англ.) // Algorithms for Molecular Biology. — 2011. — Vol. 6, iss. 1. — P. 25. — ISSN 1748-7188. — doi:10.1186/1748-7188-6-25. Архивировано 23 апреля 2019 года.
Aloysius J. Phillips. Homology assessment and molecular sequence alignment // Journal of Biomedical Informatics. — 2006-02. — Т. 39, вып. 1. — С. 18—33. — ISSN 1532-0464. — doi:10.1016/j.jbi.2005.11.005.
M. C. Frith. Finding functional sequence elements by multiple local alignment (англ.) // Nucleic Acids Research. — 2004-01-02. — Vol. 32, iss. 1. — P. 189—200. — ISSN 1362-4962. — doi:10.1093/nar/gkh169. Архивировано 22 июля 2017 года.
M. Brudno, S. Malde, A. Poliakov, C. B. Do, O. Couronne. Glocal alignment: finding rearrangements during alignment // Bioinformatics. — 2003-07-03. — Т. 19, вып. Suppl 1. — С. i54—i62. — ISSN 1460-2059 1367-4803, 1460-2059. — doi:10.1093/bioinformatics/btg1005.
W. R. Pearson, D. J. Lipman. Improved tools for biological sequence comparison (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences. — National Academy of Sciences, 1988-04-01. — Vol. 85, iss. 8. — P. 2444—2448. — ISSN 1091-6490 0027-8424, 1091-6490. — doi:10.1073/pnas.85.8.2444.
J. Thompson. The CLUSTAL_X windows interface: flexible strategies for multiple sequence alignment aided by quality analysis tools // Nucleic Acids Research. — 1997-12-15. — Т. 25, вып. 24. — С. 4876—4882. — ISSN 1362-4962. — doi:10.1093/nar/25.24.4876.
R. C. Edgar. MUSCLE: multiple sequence alignment with high accuracy and high throughput // Nucleic Acids Research. — 2004-03-08. — Т. 32, вып. 5. — С. 1792—1797. — ISSN 1362-4962. — doi:10.1093/nar/gkh340.
Zhang Y., Skolnick J. The protein structure prediction problem could be solved using the current PDB library. (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. — 2005. — Vol. 102, no. 4. — P. 1029—1034. — doi:10.1073/pnas.0407152101. — PMID 15653774. [исправить]
Zhang, Y.; Skolnick, J. Automated structure prediction of weakly homologous proteins on a genomic scale (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal. — 2004. — May. — doi:10.1073/pnas.0305695101. — PMID 15126668. — PMC 419651.
GL Hura; AL Menon. Robust, high-throughput solution structural analyses by small angle X-ray scattering (SAXS) (англ.) // Nature Methods : journal. — 2009. — July. — doi:10.1038/nmeth.1353. — PMID 19620974. — PMC 3094553.
Cohen, F.E; Sternberg, M.J. On the prediction of protein structure: the significance of the root-mean-square deviation (англ.) // Journal of molecular biology^[англ.] : journal. — 1980. — doi:10.1016/0022-2836(80)90289-2. — PMID 7411610.
Godzik A. The structural alignment between two proteins: is there a unique answer? (англ.) // Protein science : a publication of the Protein Society. — 1996. — Vol. 5, no. 7. — P. 1325—1338. — doi:10.1002/pro.5560050711. — PMID 8819165. [исправить]
Liisa Holm; Laura M. Laakso. Dali server update (англ.) // Nature Methods : journal. — 2016. — 29 April. — doi:10.1093/nar/gkw357. — PMID 27131377. — PMC 4987910.
Prlic A., Bliven S., Rose P. W., Bluhm W. F., Bizon C., Godzik A., Bourne P. E. Pre-calculated protein structure alignments at the RCSB PDB website. (англ.) // Bioinformatics. — 2010. — Vol. 26, no. 23. — P. 2983—2985. — doi:10.1093/bioinformatics/btq572. — PMID 20937596. [исправить]

ebi.ac.uk

Bioinformatics Tools FAQ - Job Dispatcher Sequence Analysis Tools - EMBL-EBI (неопр.). www.ebi.ac.uk. Дата обращения: 23 апреля 2019. Архивировано 23 апреля 2019 года.
Pairwise Sequence Alignment Tools < EMBL-EBI (неопр.). www.ebi.ac.uk. Дата обращения: 23 апреля 2019. Архивировано 12 апреля 2019 года.

jalview.org

Colour Schemes (неопр.). www.jalview.org. Дата обращения: 23 апреля 2019. Архивировано 26 апреля 2019 года.

nih.gov

ncbi.nlm.nih.gov

INDEL Mutation - MeSH - NCBI (неопр.). www.ncbi.nlm.nih.gov. Дата обращения: 29 апреля 2019.
Zhang Y., Skolnick J. The protein structure prediction problem could be solved using the current PDB library. (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. — 2005. — Vol. 102, no. 4. — P. 1029—1034. — doi:10.1073/pnas.0407152101. — PMID 15653774. [исправить]
Zhang, Y.; Skolnick, J. Automated structure prediction of weakly homologous proteins on a genomic scale (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal. — 2004. — May. — doi:10.1073/pnas.0305695101. — PMID 15126668. — PMC 419651.
GL Hura; AL Menon. Robust, high-throughput solution structural analyses by small angle X-ray scattering (SAXS) (англ.) // Nature Methods : journal. — 2009. — July. — doi:10.1038/nmeth.1353. — PMID 19620974. — PMC 3094553.
Cohen, F.E; Sternberg, M.J. On the prediction of protein structure: the significance of the root-mean-square deviation (англ.) // Journal of molecular biology^[англ.] : journal. — 1980. — doi:10.1016/0022-2836(80)90289-2. — PMID 7411610.
Zemla A. LGA: A method for finding 3D similarities in protein structures. (англ.) // Nucleic acids research. — 2003. — Vol. 31, no. 13. — P. 3370—3374. — PMID 12824330. [исправить]
Godzik A. The structural alignment between two proteins: is there a unique answer? (англ.) // Protein science : a publication of the Protein Society. — 1996. — Vol. 5, no. 7. — P. 1325—1338. — doi:10.1002/pro.5560050711. — PMID 8819165. [исправить]
Liisa Holm; Laura M. Laakso. Dali server update (англ.) // Nature Methods : journal. — 2016. — 29 April. — doi:10.1093/nar/gkw357. — PMID 27131377. — PMC 4987910.
Holm L., Sander C. Dali/FSSP classification of three-dimensional protein folds. (англ.) // Nucleic acids research. — 1997. — Vol. 25, no. 1. — P. 231—234. — PMID 9016542. [исправить]
Holm L., Park J. DaliLite workbench for protein structure comparison. (англ.) // Bioinformatics. — 2000. — Vol. 16, no. 6. — P. 566—567. — PMID 10980157. [исправить]
Shindyalov I. N., Bourne P. E. Protein structure alignment by incremental combinatorial extension (CE) of the optimal path. (англ.) // Protein engineering. — 1998. — Vol. 11, no. 9. — P. 739—747. — PMID 9796821. [исправить]
Prlic A., Bliven S., Rose P. W., Bluhm W. F., Bizon C., Godzik A., Bourne P. E. Pre-calculated protein structure alignments at the RCSB PDB website. (англ.) // Bioinformatics. — 2010. — Vol. 26, no. 23. — P. 2983—2985. — doi:10.1093/bioinformatics/btq572. — PMID 20937596. [исправить]

blast.ncbi.nlm.nih.gov

BLAST: Basic Local Alignment Search Tool (неопр.). blast.ncbi.nlm.nih.gov. Дата обращения: 23 апреля 2019. Архивировано 21 августа 2020 года.

oup.com

academic.oup.com

A. M. Waterhouse, J. B. Procter, D. M. A. Martin, M. Clamp, G. J. Barton. Jalview Version 2--a multiple sequence alignment editor and analysis workbench (англ.) // Bioinformatics. — 2009-05-01. — Vol. 25, iss. 9. — P. 1189—1191. — ISSN 1460-2059 1367-4803, 1460-2059. — doi:10.1093/bioinformatics/btp033. Архивировано 24 октября 2017 года.
Mikhail Fursov, Olga Golosova, Konstantin Okonechnikov. Unipro UGENE: a unified bioinformatics toolkit (англ.) // Bioinformatics. — 2012-04-15. — Vol. 28, iss. 8. — P. 1166—1167. — ISSN 1367-4803. — doi:10.1093/bioinformatics/bts091. Архивировано 30 апреля 2019 года.
Koichiro Tamura, Joel Dudley, Masatoshi Nei, Sudhir Kumar. MEGA: A biologist-centric software for evolutionary analysis of DNA and protein sequences (англ.) // Briefings in Bioinformatics. — 2008-07-01. — Vol. 9, iss. 4. — P. 299—306. — ISSN 1467-5463. — doi:10.1093/bib/bbn017. Архивировано 30 апреля 2019 года.
M. C. Frith. Finding functional sequence elements by multiple local alignment (англ.) // Nucleic Acids Research. — 2004-01-02. — Vol. 32, iss. 1. — P. 189—200. — ISSN 1362-4962. — doi:10.1093/nar/gkh169. Архивировано 22 июля 2017 года.

sourceforge.net

emboss.sourceforge.net

Alignment Formats (неопр.). emboss.sourceforge.net. Дата обращения: 30 апреля 2019. Архивировано 24 июня 2018 года.

ucsf.edu

cgl.ucsf.edu

Aligned FASTA Format (неопр.). www.cgl.ucsf.edu. Дата обращения: 29 апреля 2019. Архивировано 24 января 2021 года.

web.archive.org

Aligned FASTA Format (неопр.). www.cgl.ucsf.edu. Дата обращения: 29 апреля 2019. Архивировано 24 января 2021 года.
Alignment Formats (неопр.). emboss.sourceforge.net. Дата обращения: 30 апреля 2019. Архивировано 24 июня 2018 года.
Bioinformatics Tools FAQ - Job Dispatcher Sequence Analysis Tools - EMBL-EBI (неопр.). www.ebi.ac.uk. Дата обращения: 23 апреля 2019. Архивировано 23 апреля 2019 года.
A. M. Waterhouse, J. B. Procter, D. M. A. Martin, M. Clamp, G. J. Barton. Jalview Version 2--a multiple sequence alignment editor and analysis workbench (англ.) // Bioinformatics. — 2009-05-01. — Vol. 25, iss. 9. — P. 1189—1191. — ISSN 1460-2059 1367-4803, 1460-2059. — doi:10.1093/bioinformatics/btp033. Архивировано 24 октября 2017 года.
Colour Schemes (неопр.). www.jalview.org. Дата обращения: 23 апреля 2019. Архивировано 26 апреля 2019 года.
Mikhail Fursov, Olga Golosova, Konstantin Okonechnikov. Unipro UGENE: a unified bioinformatics toolkit (англ.) // Bioinformatics. — 2012-04-15. — Vol. 28, iss. 8. — P. 1166—1167. — ISSN 1367-4803. — doi:10.1093/bioinformatics/bts091. Архивировано 30 апреля 2019 года.
Koichiro Tamura, Joel Dudley, Masatoshi Nei, Sudhir Kumar. MEGA: A biologist-centric software for evolutionary analysis of DNA and protein sequences (англ.) // Briefings in Bioinformatics. — 2008-07-01. — Vol. 9, iss. 4. — P. 299—306. — ISSN 1467-5463. — doi:10.1093/bib/bbn017. Архивировано 30 апреля 2019 года.
Erik L.L. Sonnhammer, Richard Durbin. A dot-matrix program with dynamic threshold control suited for genomic DNA and protein sequence analysis (англ.) // Gene^[англ.]. — Elsevier, 1995-12. — Vol. 167, iss. 1—2. — P. GC1—GC10. — ISSN 0378-1119. — doi:10.1016/0378-1119(95)00714-8. Архивировано 2 декабря 2008 года.
Valery O Polyanovsky, Mikhail A Roytberg, Vladimir G Tumanyan. Comparative analysis of the quality of a global algorithm and a local algorithm for alignment of two sequences (англ.) // Algorithms for Molecular Biology. — 2011. — Vol. 6, iss. 1. — P. 25. — ISSN 1748-7188. — doi:10.1186/1748-7188-6-25. Архивировано 23 апреля 2019 года.
Pairwise Sequence Alignment Tools < EMBL-EBI (неопр.). www.ebi.ac.uk. Дата обращения: 23 апреля 2019. Архивировано 12 апреля 2019 года.
M. C. Frith. Finding functional sequence elements by multiple local alignment (англ.) // Nucleic Acids Research. — 2004-01-02. — Vol. 32, iss. 1. — P. 189—200. — ISSN 1362-4962. — doi:10.1093/nar/gkh169. Архивировано 22 июля 2017 года.
BLAST: Basic Local Alignment Search Tool (неопр.). blast.ncbi.nlm.nih.gov. Дата обращения: 23 апреля 2019. Архивировано 21 августа 2020 года.

wikipedia.org

ru.wikipedia.org

Zhang Y., Skolnick J. The protein structure prediction problem could be solved using the current PDB library. (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. — 2005. — Vol. 102, no. 4. — P. 1029—1034. — doi:10.1073/pnas.0407152101. — PMID 15653774. [исправить]
Zemla A. LGA: A method for finding 3D similarities in protein structures. (англ.) // Nucleic acids research. — 2003. — Vol. 31, no. 13. — P. 3370—3374. — PMID 12824330. [исправить]
Godzik A. The structural alignment between two proteins: is there a unique answer? (англ.) // Protein science : a publication of the Protein Society. — 1996. — Vol. 5, no. 7. — P. 1325—1338. — doi:10.1002/pro.5560050711. — PMID 8819165. [исправить]
Holm L., Sander C. Dali/FSSP classification of three-dimensional protein folds. (англ.) // Nucleic acids research. — 1997. — Vol. 25, no. 1. — P. 231—234. — PMID 9016542. [исправить]
Holm L., Park J. DaliLite workbench for protein structure comparison. (англ.) // Bioinformatics. — 2000. — Vol. 16, no. 6. — P. 566—567. — PMID 10980157. [исправить]
Shindyalov I. N., Bourne P. E. Protein structure alignment by incremental combinatorial extension (CE) of the optimal path. (англ.) // Protein engineering. — 1998. — Vol. 11, no. 9. — P. 739—747. — PMID 9796821. [исправить]
Prlic A., Bliven S., Rose P. W., Bluhm W. F., Bizon C., Godzik A., Bourne P. E. Pre-calculated protein structure alignments at the RCSB PDB website. (англ.) // Bioinformatics. — 2010. — Vol. 26, no. 23. — P. 2983—2985. — doi:10.1093/bioinformatics/btq572. — PMID 20937596. [исправить]

en.wikipedia.org

Erik L.L. Sonnhammer, Richard Durbin. A dot-matrix program with dynamic threshold control suited for genomic DNA and protein sequence analysis (англ.) // Gene^[англ.]. — Elsevier, 1995-12. — Vol. 167, iss. 1—2. — P. GC1—GC10. — ISSN 0378-1119. — doi:10.1016/0378-1119(95)00714-8. Архивировано 2 декабря 2008 года.
Cohen, F.E; Sternberg, M.J. On the prediction of protein structure: the significance of the root-mean-square deviation (англ.) // Journal of molecular biology^[англ.] : journal. — 1980. — doi:10.1016/0022-2836(80)90289-2. — PMID 7411610.

worldcat.org

Julie D. Thompson, Desmond G. Higgins, Toby J. Gibson. CLUSTAL W: improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, position-specific gap penalties and weight matrix choice // Nucleic Acids Research. — 1994. — Т. 22, вып. 22. — С. 4673—4680. — ISSN 1362-4962 0305-1048, 1362-4962. — doi:10.1093/nar/22.22.4673.
A. M. Waterhouse, J. B. Procter, D. M. A. Martin, M. Clamp, G. J. Barton. Jalview Version 2--a multiple sequence alignment editor and analysis workbench (англ.) // Bioinformatics. — 2009-05-01. — Vol. 25, iss. 9. — P. 1189—1191. — ISSN 1460-2059 1367-4803, 1460-2059. — doi:10.1093/bioinformatics/btp033. Архивировано 24 октября 2017 года.
Mikhail Fursov, Olga Golosova, Konstantin Okonechnikov. Unipro UGENE: a unified bioinformatics toolkit (англ.) // Bioinformatics. — 2012-04-15. — Vol. 28, iss. 8. — P. 1166—1167. — ISSN 1367-4803. — doi:10.1093/bioinformatics/bts091. Архивировано 30 апреля 2019 года.
Koichiro Tamura, Joel Dudley, Masatoshi Nei, Sudhir Kumar. MEGA: A biologist-centric software for evolutionary analysis of DNA and protein sequences (англ.) // Briefings in Bioinformatics. — 2008-07-01. — Vol. 9, iss. 4. — P. 299—306. — ISSN 1467-5463. — doi:10.1093/bib/bbn017. Архивировано 30 апреля 2019 года.
Thomas D. Schneider, R.Michael Stephens. Sequence logos: a new way to display consensus sequences // Nucleic Acids Research. — 1990. — Т. 18, вып. 20. — С. 6097—6100. — ISSN 1362-4962 0305-1048, 1362-4962. — doi:10.1093/nar/18.20.6097.
Erik L.L. Sonnhammer, Richard Durbin. A dot-matrix program with dynamic threshold control suited for genomic DNA and protein sequence analysis (англ.) // Gene^[англ.]. — Elsevier, 1995-12. — Vol. 167, iss. 1—2. — P. GC1—GC10. — ISSN 0378-1119. — doi:10.1016/0378-1119(95)00714-8. Архивировано 2 декабря 2008 года.
Valery O Polyanovsky, Mikhail A Roytberg, Vladimir G Tumanyan. Comparative analysis of the quality of a global algorithm and a local algorithm for alignment of two sequences (англ.) // Algorithms for Molecular Biology. — 2011. — Vol. 6, iss. 1. — P. 25. — ISSN 1748-7188. — doi:10.1186/1748-7188-6-25. Архивировано 23 апреля 2019 года.
Aloysius J. Phillips. Homology assessment and molecular sequence alignment // Journal of Biomedical Informatics. — 2006-02. — Т. 39, вып. 1. — С. 18—33. — ISSN 1532-0464. — doi:10.1016/j.jbi.2005.11.005.
M. C. Frith. Finding functional sequence elements by multiple local alignment (англ.) // Nucleic Acids Research. — 2004-01-02. — Vol. 32, iss. 1. — P. 189—200. — ISSN 1362-4962. — doi:10.1093/nar/gkh169. Архивировано 22 июля 2017 года.
M. Brudno, S. Malde, A. Poliakov, C. B. Do, O. Couronne. Glocal alignment: finding rearrangements during alignment // Bioinformatics. — 2003-07-03. — Т. 19, вып. Suppl 1. — С. i54—i62. — ISSN 1460-2059 1367-4803, 1460-2059. — doi:10.1093/bioinformatics/btg1005.
W. R. Pearson, D. J. Lipman. Improved tools for biological sequence comparison (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences. — National Academy of Sciences, 1988-04-01. — Vol. 85, iss. 8. — P. 2444—2448. — ISSN 1091-6490 0027-8424, 1091-6490. — doi:10.1073/pnas.85.8.2444.
J. Thompson. The CLUSTAL_X windows interface: flexible strategies for multiple sequence alignment aided by quality analysis tools // Nucleic Acids Research. — 1997-12-15. — Т. 25, вып. 24. — С. 4876—4882. — ISSN 1362-4962. — doi:10.1093/nar/25.24.4876.
R. C. Edgar. MUSCLE: multiple sequence alignment with high accuracy and high throughput // Nucleic Acids Research. — 2004-03-08. — Т. 32, вып. 5. — С. 1792—1797. — ISSN 1362-4962. — doi:10.1093/nar/gkh340.