References analysis of the Wikipedia article "Гены-сироты" in the Russian version

books.google.com

doi.org

dx.doi.org

Fischer, D.; Eisenberg, D. Finding families for genomic ORFans // Bioinformatics. — 1999. — 1 сентября (т. 15, № 9). — С. 759—762. — doi:10.1093/bioinformatics/15.9.759. — PMID 10498776.

Tautz, D.; Domazet-Lošo, T. The evolutionary origin of orphan genes (англ.) // Nature Reviews Genetics. — 2011. — Vol. 12, no. 10. — P. 692—702. — doi:10.1038/nrg3053. — PMID 21878963.

Khalturin, K; Hemmrich, G; Fraune, S; Augustin, R; Bosch, T. C. More than just orphans: are taxonomically-restricted genes important in evolution? (англ.) // Trends in Genetics^[англ.] : journal. — Cell Press, 2009. — Vol. 25, no. 9. — P. 404—413. — doi:10.1016/j.tig.2009.07.006. — PMID 19716618.

Zhou, Qi; Zhang, Guojie; Zhang, Yue; Xu, Shiyu; Zhao, Ruoping; Zhan, Zubing; Li, Xin; Ding, Yun; Yang, Shuang. On the origin of new genes in Drosophila (англ.) // Genome Research. — 2008. — 1 September (vol. 18, no. 9). — P. 1446—1455. — doi:10.1101/gr.076588.108. — PMID 18550802. — PMC 2527705.

Toll-Riera, M.; Bosch, N.; Bellora, N.; Castelo, R.; Armengol, L.; Estivill, X.; Alba, M. M. Origin of primate orphan genes: a comparative genomics approach (англ.) // Molecular Biology and Evolution^[англ.] : journal. — Oxford University Press, 2009. — Vol. 26, no. 3. — P. 603—612. — doi:10.1093/molbev/msn281. — PMID 19064677.

Wissler, L.; Gadau, J.; Simola, D. F.; Helmkampf, M.; Bornberg-Bauer, E. Mechanisms and Dynamics of Orphan Gene Emergence in Insect Genomes (англ.) // Genome Biology and Evolution^[англ.] : journal. — 2013. — Vol. 5, no. 2. — P. 439—455. — doi:10.1093/gbe/evt009. — PMID 23348040. — PMC 3590893.

Reinhardt, Josephine A.; Wanjiru, Betty M.; Brant, Alicia T.; Saelao, Perot; Begun, David J.; Jones, Corbin D. De Novo ORFs in Drosophila Are Important to Organismal Fitness and Evolved Rapidly from Previously Non-coding Sequences (англ.) // PLoS Genet^[англ.] : journal. — 2013. — 17 October (vol. 9, no. 10). — P. e1003860. — doi:10.1371/journal.pgen.1003860. — PMID 24146629. — PMC 3798262.

Suenaga, Yusuke; Islam, S. M. Rafiqul; Alagu, Jennifer; Kaneko, Yoshiki; Kato, Mamoru; Tanaka, Yukichi; Kawana, Hidetada; Hossain, Shamim; Matsumoto, Daisuke. NCYM, a Cis-Antisense Gene of MYCN, Encodes a De Novo Evolved Protein That Inhibits GSK3β Resulting in the Stabilization of MYCN in Human Neuroblastomas (англ.) // PLoS Genet^[англ.] : journal. — 2014. — 2 January (vol. 10, no. 1). — P. e1003996. — doi:10.1371/journal.pgen.1003996. — PMID 24391509. — PMC 3879166.

Jacob, F. Evolution and tinkering (англ.) // Science : journal. — 1977. — 10 June (vol. 196, no. 4295). — P. 1161—1166. — doi:10.1126/science.860134. — Bibcode: 1977Sci...196.1161J. — PMID 860134.

Wilson, G. A.; Bertrand, N.; Patel, Y.; Hughes, J. B.; Feil, E. J.; Field, D. Orphans as taxonomically restricted and ecologically important genes (англ.) // Microbiology : journal. — 2005. — Vol. 151, no. 8. — P. 2499—2501. — doi:10.1099/mic.0.28146-0. — PMID 16079329.

Cai, Jing; Zhao, Ruoping; Jiang, Huifeng; Wang, Wen. De Novo Origination of a New Protein-Coding Gene in Saccharomyces cerevisiae (англ.) // Genetics : journal. — 2008. — 1 May (vol. 179, no. 1). — P. 487—496. — doi:10.1534/genetics.107.084491. — PMID 18493065. — PMC 2390625. Архивировано 11 ноября 2020 года.

Li, L.; Foster, C. M.; Gan, Q.; Nettleton, D.; James, M. G.; Myers, A. M.; Wurtele, E. S. Identification of the novel protein QQS as a component of the starch metabolic network in Arabidopsis leaves (англ.) // The Plant Journal^[англ.] : journal. — 2009. — Vol. 58, no. 3. — P. 485—498. — doi:10.1111/j.1365-313X.2009.03793.x. — PMID 19154206.

Li, L; Zheng, W; Zhu, Y; Ye, H; Tang, B; Arendsee, Z; Jones, D; Li, R; Ortiz, D; Zhao, X; Du, C; Nettleton, D; Scott, P; Salas-Fernandez, M; Yin, Y; Wurtele, E. S. The QQS orphan gene regulates carbon and nitrogen partitioning across species via NF-YC interactions (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal. — 2015. — Vol. 112, no. 47. — P. 14734—14739. — doi:10.1073/pnas.1514670112. — Bibcode: 2015PNAS..11214734L. — PMID 26554020. — PMC 4664325.

Donoghue, M.T.A; Keshavaiah, C.; Swamidatta, S.H.; Spillane, C. Evolutionary origins of Brassicaceae specific genes in Arabidopsis thaliana (англ.) // BioMed Central^[англ.] : journal. — 2011. — Vol. 11, no. 1. — P. 47. — doi:10.1186/1471-2148-11-47. — PMID 21332978. — PMC 3049755.

Altschul, S. Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs (англ.) // Nucleic Acids Research : journal. — 1997. — 1 September (vol. 25, no. 17). — P. 3389—3402. — doi:10.1093/nar/25.17.3389. — PMID 9254694. — PMC 146917.

Alba, M; Castresana, J. On homology searches by protein BLAST and the characterization of the age of genes (англ.) // BioMed Central^[англ.] : journal. — 2007. — Vol. 7. — P. 53. — doi:10.1186/1471-2148-7-53. — PMID 17408474. — PMC 1855329.

Moyers, B. A.; Zhang, J. Phylostratigraphic Bias Creates Spurious Patterns of Genome Evolution (англ.) // Molecular Biology and Evolution^[англ.] : journal. — Oxford University Press, 2014. — 13 October (vol. 32, no. 1). — P. 258—267. — doi:10.1093/molbev/msu286. — PMID 25312911. — PMC 4271527.

Domazet-Lošo, Tomislav; Brajković, Josip; Tautz, Diethard. A phylostratigraphy approach to uncover the genomic history of major adaptations in metazoan lineages (англ.) // Trends in Genetics^[англ.] : journal. — Cell Press, 2007. — 11 January (vol. 23, no. 11). — P. 533—539. — doi:10.1016/j.tig.2007.08.014. — PMID 18029048.

McLysaght, Aoife; Guerzoni, Daniele. New genes from non-coding sequence: the role of de novo protein-coding genes in eukaryotic evolutionary innovation (англ.) // Philosophical Transactions of the Royal Society B : journal. — 2015. — 31 August (vol. 370, no. 1678). — P. 20140332. — doi:10.1098/rstb.2014.0332. — PMID 26323763. — PMC 4571571.

Palmieri, Nicola; Kosiol, Carolin; Schlötterer, Christian. The life cycle of orphan genes (англ.) // eLife : journal. — 2014. — 19 February (vol. 3). — P. e01311. — doi:10.7554/eLife.01311. — PMID 24554240. — PMC 3927632.

Zhao, Li; Saelao, Perot; Jones, Corbin D.; Begun, David J. Origin and Spread of de Novo Genes in Drosophila melanogaster Populations (англ.) // Science : journal. — 2014. — 14 February (vol. 343, no. 6172). — P. 769—772. — doi:10.1126/science.1248286. — Bibcode: 2014Sci...343..769Z. — PMID 24457212. — PMC 4391638.

Levine, Mia T.; Jones, Corbin D.; Kern, Andrew D.; Lindfors, Heather A.; Begun, David J. Novel genes derived from noncoding DNA in Drosophila melanogaster are frequently X-linked and exhibit testis-biased expression (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal. — 2006. — 27 June (vol. 103, no. 26). — P. 9935—9939. — doi:10.1073/pnas.0509809103. — Bibcode: 2006PNAS..103.9935L. — PMID 16777968. — PMC 1502557.

Heinen, Tobias J. A. J.; Staubach, Fabian; Häming, Daniela; Tautz, Diethard. Emergence of a New Gene from an Intergenic Region (англ.) // Current Biology : journal. — Cell Press, 2009. — 29 September (vol. 19, no. 18). — P. 1527—1531. — doi:10.1016/j.cub.2009.07.049. — PMID 19733073.

Chen, Sidi; Zhang, Yong E.; Long, Manyuan. New Genes in Drosophila Quickly Become Essential (англ.) // Science : journal. — 2010. — 17 December (vol. 330, no. 6011). — P. 1682—1685. — doi:10.1126/science.1196380. — Bibcode: 2010Sci...330.1682C. — PMID 21164016. — PMC 7211344.

Silveira A. B., Trontin C., Cortijo S., Barau J., Del-Bem L. E., Loudet O., Colot V., Vincentz M. Extensive Natural Epigenetic Variation at a De Novo Originated Gene (англ.) // PLoS Genetics^[англ.] : journal. — 2013. — Vol. 9, no. 4. — P. e1003437. — doi:10.1371/journal.pgen.1003437. — PMID 23593031. — PMC 3623765.

Neme, Rafik; Tautz, Diethard. Evolution: Dynamics of De Novo Gene Emergence (англ.) // Current Biology : journal. — Cell Press, 2014. — 17 March (vol. 24, no. 6). — P. R238–R240. — doi:10.1016/j.cub.2014.02.016. — PMID 24650912.

Moyers, Bryan A.; Zhang, Jianzhi. Evaluating phylostratigraphic evidence for widespread de novo gene birth in genome evolution (англ.) // Molecular Biology and Evolution^[англ.] : journal. — Oxford University Press, 2016. — 11 January (vol. 33, no. 5). — P. 1245—1256. — doi:10.1093/molbev/msw008. — PMID 26758516. — PMC 5010002. Архивировано 31 июля 2016 года.

Lynch, Michael; Katju, Vaishali. The altered evolutionary trajectories of gene duplicates (англ.) // Trends in Genetics^[англ.] : journal. — Cell Press, 2004. — 1 November (vol. 20, no. 11). — P. 544—549. — doi:10.1016/j.tig.2004.09.001. — PMID 15475113.

Arendsee, Zebulun W.; Li, Ling; Wurtele, Eve Syrkin. Coming of age: orphan genes in plants (англ.) // Trends in Plant Science^[англ.] : journal. — Cell Press, 2014. — November (vol. 19, no. 11). — P. 698—708. — doi:10.1016/j.tplants.2014.07.003. — PMID 25151064.

Mukherjee, S.; Panda, A.; Ghosh, T.C. Elucidating evolutionary features and functional implications of orphan genes in Leishmania major (англ.) // Infection, Genetics and Evolution : journal. — 2015. — June (vol. 32). — P. 330—337. — doi:10.1016/j.meegid.2015.03.031. — PMID 25843649.

Wilson, Benjamin A.; Foy, Scott G.; Neme, Rafik; Masel, Joanna. Young genes are highly disordered as predicted by the preadaptation hypothesis of de novo gene birth (англ.) // Nature Ecology & Evolution^[англ.] : journal. — 2017. — 24 April (vol. 1, no. 6). — P. 0146—0146. — doi:10.1038/s41559-017-0146. — PMID 28642936. — PMC 5476217.

Willis, Sara; Masel, Joanna. Gene Birth Contributes to Structural Disorder Encoded by Overlapping Genes (англ.) // Genetics : journal. — 2018. — 19 July (vol. 210, no. 1). — P. 303—313. — doi:10.1534/genetics.118.301249. — PMID 30026186. — PMC 6116962.

Bungard, Dixie; Copple, Jacob S.; Yan, Jing; Chhun, Jimmy J.; Kumirov, Vlad K.; Foy, Scott G.; Masel, Joanna; Wysocki, Vicki H.; Cordes, Matthew H.J. Foldability of a Natural De Novo Evolved Protein // Structure. — 2017. — Ноябрь (т. 25, № 11). — С. 1687–1696.e4. — doi:10.1016/j.str.2017.09.006. — PMID 29033289. — PMC 5677532.

harvard.edu

adsabs.harvard.edu

nih.gov

ncbi.nlm.nih.gov

blast.ncbi.nlm.nih.gov

NCBI BLAST homepage. Дата обращения: 8 сентября 2020. Архивировано 21 августа 2020 года.

wikipedia.org

en.wikipedia.org

Гены-сироты (Russian Wikipedia)

archive.org