Количественный анализ альтернативного сплайсинга (Russian Wikipedia)

Analysis of information sources in references of the Wikipedia article "Количественный анализ альтернативного сплайсинга" in Russian language version.

refsWebsite

Global rank Russian rank

23doi.org

2^nd place

3^rd place

16nih.gov

4^th place

6^th place

15worldcat.org

5^th place

10web.archive.org

1^st place

9wikipedia.org

low place

doi.org

dx.doi.org

Alexander Dobin, Carrie A. Davis, Felix Schlesinger, Jorg Drenkow, Chris Zaleski. STAR: ultrafast universal RNA-seq aligner // Bioinformatics (Oxford, England). — 2013-01-01. — Т. 29, вып. 1. — С. 15–21. — ISSN 1367-4811. — doi:10.1093/bioinformatics/bts635. Архивировано 6 мая 2020 года.
Daehwan Kim, Ben Langmead, Steven L. Salzberg. HISAT: a fast spliced aligner with low memory requirements // Nature Methods. — 2015-04. — Т. 12, вып. 4. — С. 357–360. — ISSN 1548-7105. — doi:10.1038/nmeth.3317. Архивировано 6 мая 2020 года.
Thomas D. Wu, Serban Nacu. Fast and SNP-tolerant detection of complex variants and splicing in short reads // Bioinformatics (Oxford, England). — 2010-04-01. — Т. 26, вып. 7. — С. 873–881. — ISSN 1367-4811. — doi:10.1093/bioinformatics/btq057. Архивировано 6 мая 2020 года.
Simpson J. T., Wong K., Jackman S. D., Schein J. E., Jones S. J., Birol I. ABySS: a parallel assembler for short read sequence data. (англ.) // Genome Research. — 2009. — June (vol. 19, no. 6). — P. 1117—1123. — doi:10.1101/gr.089532.108. — PMID 19251739. [исправить]
Cole Trapnell, Brian A. Williams, Geo Pertea, Ali Mortazavi, Gordon Kwan. Transcript assembly and quantification by RNA-Seq reveals unannotated transcripts and isoform switching during cell differentiation // Nature Biotechnology. — 2010-05. — Т. 28, вып. 5. — С. 511–515. — ISSN 1546-1696. — doi:10.1038/nbt.1621. Архивировано 6 мая 2020 года.
Mitchell Guttman, Manuel Garber, Joshua Z. Levin, Julie Donaghey, James Robinson. Ab initio reconstruction of cell type-specific transcriptomes in mouse reveals the conserved multi-exonic structure of lincRNAs // Nature Biotechnology. — 2010-05. — Т. 28, вып. 5. — С. 503–510. — ISSN 1546-1696. — doi:10.1038/nbt.1633. Архивировано 24 июля 2015 года.
Mihaela Pertea, Geo M. Pertea, Corina M. Antonescu, Tsung-Cheng Chang, Joshua T. Mendell. StringTie enables improved reconstruction of a transcriptome from RNA-seq reads // Nature Biotechnology. — 2015-03. — Т. 33, вып. 3. — С. 290–295. — ISSN 1546-1696. — doi:10.1038/nbt.3122. Архивировано 16 сентября 2019 года.
Wei Li, Tao Jiang. Transcriptome assembly and isoform expression level estimation from biased RNA-Seq reads // Bioinformatics (Oxford, England). — 2012-11-15. — Т. 28, вып. 22. — С. 2914–2921. — ISSN 1367-4811. — doi:10.1093/bioinformatics/bts559. Архивировано 4 июня 2015 года.
Wei Li, Jianxing Feng, Tao Jiang. IsoLasso: a LASSO regression approach to RNA-Seq based transcriptome assembly // Journal of Computational Biology: A Journal of Computational Molecular Cell Biology. — 2011-11. — Т. 18, вып. 11. — С. 1693–1707. — ISSN 1557-8666. — doi:10.1089/cmb.2011.0171. Архивировано 8 июля 2015 года.
Akdes Serin Harmanci, Arif O. Harmanci, Xiaobo Zhou. CaSpER identifies and visualizes CNV events by integrative analysis of single-cell or bulk RNA-sequencing data // Nature Communications. — 01 03, 2020. — Т. 11, вып. 1. — С. 89. — ISSN 2041-1723. — doi:10.1038/s41467-019-13779-x.
Ali Mortazavi, Brian A. Williams, Kenneth McCue, Lorian Schaeffer, Barbara Wold. Mapping and quantifying mammalian transcriptomes by RNA-Seq // Nature Methods. — 2008-07. — Т. 5, вып. 7. — С. 621–628. — ISSN 1548-7105. — doi:10.1038/nmeth.1226. Архивировано 5 мая 2020 года.
Aziz M. Mezlini, Eric J.M. Smith, Marc Fiume. iReckon: Simultaneous isoform discovery and abundance estimation from RNA-seq data (англ.) // Genome Research : journal. — 2013. — Vol. 23 pages=519—529. — doi:10.1101/gr.142232.112.
Cole Trapnell, Lior Pachter, Steven L. Salzberg. TopHat: discovering splice junctions with RNA-Seq // Bioinformatics (Oxford, England). — 2009-05-01. — Т. 25, вып. 9. — С. 1105–1111. — ISSN 1367-4811. — doi:10.1093/bioinformatics/btp120. Архивировано 6 мая 2020 года.
Yarden Katz,Eric T. Wang, Edoardo M. Airoldi,Christopher B. Burge. Analysis and design of RNA sequencing experiments foridentifying isoform regulation (англ.) // Nature Methods : journal. — 2010. — Vol. 7, no. 12. — P. 1009—1015. — doi:10.1038/nmeth.1528..
Cole Trapnell, David G Hendrickson, Martin Sauvageau, Loyal Goff, John L Rinn, Lior Pachter. Differential analysis of gene regulation at transcript resolution with RNA-seq (англ.) // Nature Biotechnology : journal. — Nature Publishing Group, 2013. — Vol. 31, no. 1. — P. 46—53. — doi:10.1038/nbt.2450.
Li W. V., Li S., Tong X., Deng L., Shi H., Li J. J. AIDE: annotation-assisted isoform discovery with high precision. (англ.) // Genome Research. — 2019. — December (vol. 29, no. 12). — P. 2056—2072. — doi:10.1101/gr.251108.119. — PMID 31694868. [исправить]
Tardaguila Manuel, de la Fuente Lorena, Marti Cristina, Pereira Cécile, Pardo-Palacios Francisco Jose, del Risco Hector, Ferrell Marc, Mellado Maravillas, Macchietto Marissa, Verheggen Kenneth, Edelmann Mariola, Ezkurdia Iakes, Vazquez Jesus, Tress Michael, Mortazavi Ali, Martens Lennart, Rodriguez-Navarro Susana, Moreno-Manzano Victoria, Conesa Ana. SQANTI: extensive characterization of long-read transcript sequences for quality control in full-length transcriptome identification and quantification (англ.) // Genome Research. — 2018. — 9 February (vol. 28, no. 3). — P. 396—411. — ISSN 1088-9051. — doi:10.1101/gr.222976.117. [исправить]
Grabherr M. G., Haas B. J., Yassour M., Levin J. Z., Thompson D. A., Amit I., Adiconis X., Fan L., Raychowdhury R., Zeng Q., Chen Z., Mauceli E., Hacohen N., Gnirke A., Rhind N., di Palma F., Birren B. W., Nusbaum C., Lindblad-Toh K., Friedman N., Regev A. Full-length transcriptome assembly from RNA-Seq data without a reference genome. (англ.) // Nature Biotechnology. — 2011. — 15 May (vol. 29, no. 7). — P. 644—652. — doi:10.1038/nbt.1883. — PMID 21572440. [исправить]
Schulz M. H., Zerbino D. R., Vingron M., Birney E. Oases: robust de novo RNA-seq assembly across the dynamic range of expression levels. (англ.) // Bioinformatics. — 2012. — 15 April (vol. 28, no. 8). — P. 1086—1092. — doi:10.1093/bioinformatics/bts094. — PMID 22368243. [исправить]
Xie Y., Wu G., Tang J., Luo R., Patterson J., Liu S., Huang W., He G., Gu S., Li S., Zhou X., Lam T.-W., Li Y., Xu X., Wong G. K.-S., Wang J. SOAPdenovo-Trans: de novo transcriptome assembly with short RNA-Seq reads (англ.) // Bioinformatics. — 2014. — 13 February (vol. 30, no. 12). — P. 1660—1666. — ISSN 1367-4803. — doi:10.1093/bioinformatics/btu077. [исправить]
Chu H. T., Hsiao W. W., Chen J. C., Yeh T. J., Tsai M. H., Lin H., Liu Y. W., Lee S. A., Chen C. C., Tsao T. T., Kao C. Y. EBARDenovo: highly accurate de novo assembly of RNA-Seq with efficient chimera-detection. (англ.) // Bioinformatics. — 2013. — 15 April (vol. 29, no. 8). — P. 1004—1010. — doi:10.1093/bioinformatics/btt092. — PMID 23457040. [исправить]
Canzar Stefan, Andreotti Sandro, Weese David, Reinert Knut, Klau Gunnar W. CIDANE: comprehensive isoform discovery and abundance estimation (англ.) // Genome Biology. — 2016. — 30 January (vol. 17, no. 1). — ISSN 1474-760X. — doi:10.1186/s13059-015-0865-0. [исправить]
Liu Ruolin, Dickerson Julie. Strawberry: Fast and accurate genome-guided transcript reconstruction and quantification from RNA-Seq (англ.) // PLOS Computational Biology. — 2017. — 27 November (vol. 13, no. 11). — P. e1005851. — ISSN 1553-7358. — doi:10.1371/journal.pcbi.1005851. [исправить]

nih.gov

ncbi.nlm.nih.gov

Alexander Dobin, Carrie A. Davis, Felix Schlesinger, Jorg Drenkow, Chris Zaleski. STAR: ultrafast universal RNA-seq aligner // Bioinformatics (Oxford, England). — 2013-01-01. — Т. 29, вып. 1. — С. 15–21. — ISSN 1367-4811. — doi:10.1093/bioinformatics/bts635. Архивировано 6 мая 2020 года.
Daehwan Kim, Ben Langmead, Steven L. Salzberg. HISAT: a fast spliced aligner with low memory requirements // Nature Methods. — 2015-04. — Т. 12, вып. 4. — С. 357–360. — ISSN 1548-7105. — doi:10.1038/nmeth.3317. Архивировано 6 мая 2020 года.
Thomas D. Wu, Serban Nacu. Fast and SNP-tolerant detection of complex variants and splicing in short reads // Bioinformatics (Oxford, England). — 2010-04-01. — Т. 26, вып. 7. — С. 873–881. — ISSN 1367-4811. — doi:10.1093/bioinformatics/btq057. Архивировано 6 мая 2020 года.
Simpson J. T., Wong K., Jackman S. D., Schein J. E., Jones S. J., Birol I. ABySS: a parallel assembler for short read sequence data. (англ.) // Genome Research. — 2009. — June (vol. 19, no. 6). — P. 1117—1123. — doi:10.1101/gr.089532.108. — PMID 19251739. [исправить]
Cole Trapnell, Brian A. Williams, Geo Pertea, Ali Mortazavi, Gordon Kwan. Transcript assembly and quantification by RNA-Seq reveals unannotated transcripts and isoform switching during cell differentiation // Nature Biotechnology. — 2010-05. — Т. 28, вып. 5. — С. 511–515. — ISSN 1546-1696. — doi:10.1038/nbt.1621. Архивировано 6 мая 2020 года.
Mitchell Guttman, Manuel Garber, Joshua Z. Levin, Julie Donaghey, James Robinson. Ab initio reconstruction of cell type-specific transcriptomes in mouse reveals the conserved multi-exonic structure of lincRNAs // Nature Biotechnology. — 2010-05. — Т. 28, вып. 5. — С. 503–510. — ISSN 1546-1696. — doi:10.1038/nbt.1633. Архивировано 24 июля 2015 года.
Mihaela Pertea, Geo M. Pertea, Corina M. Antonescu, Tsung-Cheng Chang, Joshua T. Mendell. StringTie enables improved reconstruction of a transcriptome from RNA-seq reads // Nature Biotechnology. — 2015-03. — Т. 33, вып. 3. — С. 290–295. — ISSN 1546-1696. — doi:10.1038/nbt.3122. Архивировано 16 сентября 2019 года.
Wei Li, Tao Jiang. Transcriptome assembly and isoform expression level estimation from biased RNA-Seq reads // Bioinformatics (Oxford, England). — 2012-11-15. — Т. 28, вып. 22. — С. 2914–2921. — ISSN 1367-4811. — doi:10.1093/bioinformatics/bts559. Архивировано 4 июня 2015 года.
Wei Li, Jianxing Feng, Tao Jiang. IsoLasso: a LASSO regression approach to RNA-Seq based transcriptome assembly // Journal of Computational Biology: A Journal of Computational Molecular Cell Biology. — 2011-11. — Т. 18, вып. 11. — С. 1693–1707. — ISSN 1557-8666. — doi:10.1089/cmb.2011.0171. Архивировано 8 июля 2015 года.
Akdes Serin Harmanci, Arif O. Harmanci, Xiaobo Zhou. CaSpER identifies and visualizes CNV events by integrative analysis of single-cell or bulk RNA-sequencing data // Nature Communications. — 01 03, 2020. — Т. 11, вып. 1. — С. 89. — ISSN 2041-1723. — doi:10.1038/s41467-019-13779-x.
Ali Mortazavi, Brian A. Williams, Kenneth McCue, Lorian Schaeffer, Barbara Wold. Mapping and quantifying mammalian transcriptomes by RNA-Seq // Nature Methods. — 2008-07. — Т. 5, вып. 7. — С. 621–628. — ISSN 1548-7105. — doi:10.1038/nmeth.1226. Архивировано 5 мая 2020 года.
Cole Trapnell, Lior Pachter, Steven L. Salzberg. TopHat: discovering splice junctions with RNA-Seq // Bioinformatics (Oxford, England). — 2009-05-01. — Т. 25, вып. 9. — С. 1105–1111. — ISSN 1367-4811. — doi:10.1093/bioinformatics/btp120. Архивировано 6 мая 2020 года.
Li W. V., Li S., Tong X., Deng L., Shi H., Li J. J. AIDE: annotation-assisted isoform discovery with high precision. (англ.) // Genome Research. — 2019. — December (vol. 29, no. 12). — P. 2056—2072. — doi:10.1101/gr.251108.119. — PMID 31694868. [исправить]
Grabherr M. G., Haas B. J., Yassour M., Levin J. Z., Thompson D. A., Amit I., Adiconis X., Fan L., Raychowdhury R., Zeng Q., Chen Z., Mauceli E., Hacohen N., Gnirke A., Rhind N., di Palma F., Birren B. W., Nusbaum C., Lindblad-Toh K., Friedman N., Regev A. Full-length transcriptome assembly from RNA-Seq data without a reference genome. (англ.) // Nature Biotechnology. — 2011. — 15 May (vol. 29, no. 7). — P. 644—652. — doi:10.1038/nbt.1883. — PMID 21572440. [исправить]
Schulz M. H., Zerbino D. R., Vingron M., Birney E. Oases: robust de novo RNA-seq assembly across the dynamic range of expression levels. (англ.) // Bioinformatics. — 2012. — 15 April (vol. 28, no. 8). — P. 1086—1092. — doi:10.1093/bioinformatics/bts094. — PMID 22368243. [исправить]
Chu H. T., Hsiao W. W., Chen J. C., Yeh T. J., Tsai M. H., Lin H., Liu Y. W., Lee S. A., Chen C. C., Tsao T. T., Kao C. Y. EBARDenovo: highly accurate de novo assembly of RNA-Seq with efficient chimera-detection. (англ.) // Bioinformatics. — 2013. — 15 April (vol. 29, no. 8). — P. 1004—1010. — doi:10.1093/bioinformatics/btt092. — PMID 23457040. [исправить]

web.archive.org

Alexander Dobin, Carrie A. Davis, Felix Schlesinger, Jorg Drenkow, Chris Zaleski. STAR: ultrafast universal RNA-seq aligner // Bioinformatics (Oxford, England). — 2013-01-01. — Т. 29, вып. 1. — С. 15–21. — ISSN 1367-4811. — doi:10.1093/bioinformatics/bts635. Архивировано 6 мая 2020 года.
Daehwan Kim, Ben Langmead, Steven L. Salzberg. HISAT: a fast spliced aligner with low memory requirements // Nature Methods. — 2015-04. — Т. 12, вып. 4. — С. 357–360. — ISSN 1548-7105. — doi:10.1038/nmeth.3317. Архивировано 6 мая 2020 года.
Thomas D. Wu, Serban Nacu. Fast and SNP-tolerant detection of complex variants and splicing in short reads // Bioinformatics (Oxford, England). — 2010-04-01. — Т. 26, вып. 7. — С. 873–881. — ISSN 1367-4811. — doi:10.1093/bioinformatics/btq057. Архивировано 6 мая 2020 года.
Cole Trapnell, Brian A. Williams, Geo Pertea, Ali Mortazavi, Gordon Kwan. Transcript assembly and quantification by RNA-Seq reveals unannotated transcripts and isoform switching during cell differentiation // Nature Biotechnology. — 2010-05. — Т. 28, вып. 5. — С. 511–515. — ISSN 1546-1696. — doi:10.1038/nbt.1621. Архивировано 6 мая 2020 года.
Mitchell Guttman, Manuel Garber, Joshua Z. Levin, Julie Donaghey, James Robinson. Ab initio reconstruction of cell type-specific transcriptomes in mouse reveals the conserved multi-exonic structure of lincRNAs // Nature Biotechnology. — 2010-05. — Т. 28, вып. 5. — С. 503–510. — ISSN 1546-1696. — doi:10.1038/nbt.1633. Архивировано 24 июля 2015 года.
Mihaela Pertea, Geo M. Pertea, Corina M. Antonescu, Tsung-Cheng Chang, Joshua T. Mendell. StringTie enables improved reconstruction of a transcriptome from RNA-seq reads // Nature Biotechnology. — 2015-03. — Т. 33, вып. 3. — С. 290–295. — ISSN 1546-1696. — doi:10.1038/nbt.3122. Архивировано 16 сентября 2019 года.
Wei Li, Tao Jiang. Transcriptome assembly and isoform expression level estimation from biased RNA-Seq reads // Bioinformatics (Oxford, England). — 2012-11-15. — Т. 28, вып. 22. — С. 2914–2921. — ISSN 1367-4811. — doi:10.1093/bioinformatics/bts559. Архивировано 4 июня 2015 года.
Wei Li, Jianxing Feng, Tao Jiang. IsoLasso: a LASSO regression approach to RNA-Seq based transcriptome assembly // Journal of Computational Biology: A Journal of Computational Molecular Cell Biology. — 2011-11. — Т. 18, вып. 11. — С. 1693–1707. — ISSN 1557-8666. — doi:10.1089/cmb.2011.0171. Архивировано 8 июля 2015 года.
Ali Mortazavi, Brian A. Williams, Kenneth McCue, Lorian Schaeffer, Barbara Wold. Mapping and quantifying mammalian transcriptomes by RNA-Seq // Nature Methods. — 2008-07. — Т. 5, вып. 7. — С. 621–628. — ISSN 1548-7105. — doi:10.1038/nmeth.1226. Архивировано 5 мая 2020 года.
Cole Trapnell, Lior Pachter, Steven L. Salzberg. TopHat: discovering splice junctions with RNA-Seq // Bioinformatics (Oxford, England). — 2009-05-01. — Т. 25, вып. 9. — С. 1105–1111. — ISSN 1367-4811. — doi:10.1093/bioinformatics/btp120. Архивировано 6 мая 2020 года.

wikipedia.org

ru.wikipedia.org

Simpson J. T., Wong K., Jackman S. D., Schein J. E., Jones S. J., Birol I. ABySS: a parallel assembler for short read sequence data. (англ.) // Genome Research. — 2009. — June (vol. 19, no. 6). — P. 1117—1123. — doi:10.1101/gr.089532.108. — PMID 19251739. [исправить]
Li W. V., Li S., Tong X., Deng L., Shi H., Li J. J. AIDE: annotation-assisted isoform discovery with high precision. (англ.) // Genome Research. — 2019. — December (vol. 29, no. 12). — P. 2056—2072. — doi:10.1101/gr.251108.119. — PMID 31694868. [исправить]
Tardaguila Manuel, de la Fuente Lorena, Marti Cristina, Pereira Cécile, Pardo-Palacios Francisco Jose, del Risco Hector, Ferrell Marc, Mellado Maravillas, Macchietto Marissa, Verheggen Kenneth, Edelmann Mariola, Ezkurdia Iakes, Vazquez Jesus, Tress Michael, Mortazavi Ali, Martens Lennart, Rodriguez-Navarro Susana, Moreno-Manzano Victoria, Conesa Ana. SQANTI: extensive characterization of long-read transcript sequences for quality control in full-length transcriptome identification and quantification (англ.) // Genome Research. — 2018. — 9 February (vol. 28, no. 3). — P. 396—411. — ISSN 1088-9051. — doi:10.1101/gr.222976.117. [исправить]
Grabherr M. G., Haas B. J., Yassour M., Levin J. Z., Thompson D. A., Amit I., Adiconis X., Fan L., Raychowdhury R., Zeng Q., Chen Z., Mauceli E., Hacohen N., Gnirke A., Rhind N., di Palma F., Birren B. W., Nusbaum C., Lindblad-Toh K., Friedman N., Regev A. Full-length transcriptome assembly from RNA-Seq data without a reference genome. (англ.) // Nature Biotechnology. — 2011. — 15 May (vol. 29, no. 7). — P. 644—652. — doi:10.1038/nbt.1883. — PMID 21572440. [исправить]
Schulz M. H., Zerbino D. R., Vingron M., Birney E. Oases: robust de novo RNA-seq assembly across the dynamic range of expression levels. (англ.) // Bioinformatics. — 2012. — 15 April (vol. 28, no. 8). — P. 1086—1092. — doi:10.1093/bioinformatics/bts094. — PMID 22368243. [исправить]
Xie Y., Wu G., Tang J., Luo R., Patterson J., Liu S., Huang W., He G., Gu S., Li S., Zhou X., Lam T.-W., Li Y., Xu X., Wong G. K.-S., Wang J. SOAPdenovo-Trans: de novo transcriptome assembly with short RNA-Seq reads (англ.) // Bioinformatics. — 2014. — 13 February (vol. 30, no. 12). — P. 1660—1666. — ISSN 1367-4803. — doi:10.1093/bioinformatics/btu077. [исправить]
Chu H. T., Hsiao W. W., Chen J. C., Yeh T. J., Tsai M. H., Lin H., Liu Y. W., Lee S. A., Chen C. C., Tsao T. T., Kao C. Y. EBARDenovo: highly accurate de novo assembly of RNA-Seq with efficient chimera-detection. (англ.) // Bioinformatics. — 2013. — 15 April (vol. 29, no. 8). — P. 1004—1010. — doi:10.1093/bioinformatics/btt092. — PMID 23457040. [исправить]
Canzar Stefan, Andreotti Sandro, Weese David, Reinert Knut, Klau Gunnar W. CIDANE: comprehensive isoform discovery and abundance estimation (англ.) // Genome Biology. — 2016. — 30 January (vol. 17, no. 1). — ISSN 1474-760X. — doi:10.1186/s13059-015-0865-0. [исправить]
Liu Ruolin, Dickerson Julie. Strawberry: Fast and accurate genome-guided transcript reconstruction and quantification from RNA-Seq (англ.) // PLOS Computational Biology. — 2017. — 27 November (vol. 13, no. 11). — P. e1005851. — ISSN 1553-7358. — doi:10.1371/journal.pcbi.1005851. [исправить]

worldcat.org

Alexander Dobin, Carrie A. Davis, Felix Schlesinger, Jorg Drenkow, Chris Zaleski. STAR: ultrafast universal RNA-seq aligner // Bioinformatics (Oxford, England). — 2013-01-01. — Т. 29, вып. 1. — С. 15–21. — ISSN 1367-4811. — doi:10.1093/bioinformatics/bts635. Архивировано 6 мая 2020 года.
Daehwan Kim, Ben Langmead, Steven L. Salzberg. HISAT: a fast spliced aligner with low memory requirements // Nature Methods. — 2015-04. — Т. 12, вып. 4. — С. 357–360. — ISSN 1548-7105. — doi:10.1038/nmeth.3317. Архивировано 6 мая 2020 года.
Thomas D. Wu, Serban Nacu. Fast and SNP-tolerant detection of complex variants and splicing in short reads // Bioinformatics (Oxford, England). — 2010-04-01. — Т. 26, вып. 7. — С. 873–881. — ISSN 1367-4811. — doi:10.1093/bioinformatics/btq057. Архивировано 6 мая 2020 года.
Cole Trapnell, Brian A. Williams, Geo Pertea, Ali Mortazavi, Gordon Kwan. Transcript assembly and quantification by RNA-Seq reveals unannotated transcripts and isoform switching during cell differentiation // Nature Biotechnology. — 2010-05. — Т. 28, вып. 5. — С. 511–515. — ISSN 1546-1696. — doi:10.1038/nbt.1621. Архивировано 6 мая 2020 года.
Mitchell Guttman, Manuel Garber, Joshua Z. Levin, Julie Donaghey, James Robinson. Ab initio reconstruction of cell type-specific transcriptomes in mouse reveals the conserved multi-exonic structure of lincRNAs // Nature Biotechnology. — 2010-05. — Т. 28, вып. 5. — С. 503–510. — ISSN 1546-1696. — doi:10.1038/nbt.1633. Архивировано 24 июля 2015 года.
Mihaela Pertea, Geo M. Pertea, Corina M. Antonescu, Tsung-Cheng Chang, Joshua T. Mendell. StringTie enables improved reconstruction of a transcriptome from RNA-seq reads // Nature Biotechnology. — 2015-03. — Т. 33, вып. 3. — С. 290–295. — ISSN 1546-1696. — doi:10.1038/nbt.3122. Архивировано 16 сентября 2019 года.
Wei Li, Tao Jiang. Transcriptome assembly and isoform expression level estimation from biased RNA-Seq reads // Bioinformatics (Oxford, England). — 2012-11-15. — Т. 28, вып. 22. — С. 2914–2921. — ISSN 1367-4811. — doi:10.1093/bioinformatics/bts559. Архивировано 4 июня 2015 года.
Wei Li, Jianxing Feng, Tao Jiang. IsoLasso: a LASSO regression approach to RNA-Seq based transcriptome assembly // Journal of Computational Biology: A Journal of Computational Molecular Cell Biology. — 2011-11. — Т. 18, вып. 11. — С. 1693–1707. — ISSN 1557-8666. — doi:10.1089/cmb.2011.0171. Архивировано 8 июля 2015 года.
Akdes Serin Harmanci, Arif O. Harmanci, Xiaobo Zhou. CaSpER identifies and visualizes CNV events by integrative analysis of single-cell or bulk RNA-sequencing data // Nature Communications. — 01 03, 2020. — Т. 11, вып. 1. — С. 89. — ISSN 2041-1723. — doi:10.1038/s41467-019-13779-x.
Ali Mortazavi, Brian A. Williams, Kenneth McCue, Lorian Schaeffer, Barbara Wold. Mapping and quantifying mammalian transcriptomes by RNA-Seq // Nature Methods. — 2008-07. — Т. 5, вып. 7. — С. 621–628. — ISSN 1548-7105. — doi:10.1038/nmeth.1226. Архивировано 5 мая 2020 года.
Cole Trapnell, Lior Pachter, Steven L. Salzberg. TopHat: discovering splice junctions with RNA-Seq // Bioinformatics (Oxford, England). — 2009-05-01. — Т. 25, вып. 9. — С. 1105–1111. — ISSN 1367-4811. — doi:10.1093/bioinformatics/btp120. Архивировано 6 мая 2020 года.
Tardaguila Manuel, de la Fuente Lorena, Marti Cristina, Pereira Cécile, Pardo-Palacios Francisco Jose, del Risco Hector, Ferrell Marc, Mellado Maravillas, Macchietto Marissa, Verheggen Kenneth, Edelmann Mariola, Ezkurdia Iakes, Vazquez Jesus, Tress Michael, Mortazavi Ali, Martens Lennart, Rodriguez-Navarro Susana, Moreno-Manzano Victoria, Conesa Ana. SQANTI: extensive characterization of long-read transcript sequences for quality control in full-length transcriptome identification and quantification (англ.) // Genome Research. — 2018. — 9 February (vol. 28, no. 3). — P. 396—411. — ISSN 1088-9051. — doi:10.1101/gr.222976.117. [исправить]
Xie Y., Wu G., Tang J., Luo R., Patterson J., Liu S., Huang W., He G., Gu S., Li S., Zhou X., Lam T.-W., Li Y., Xu X., Wong G. K.-S., Wang J. SOAPdenovo-Trans: de novo transcriptome assembly with short RNA-Seq reads (англ.) // Bioinformatics. — 2014. — 13 February (vol. 30, no. 12). — P. 1660—1666. — ISSN 1367-4803. — doi:10.1093/bioinformatics/btu077. [исправить]
Canzar Stefan, Andreotti Sandro, Weese David, Reinert Knut, Klau Gunnar W. CIDANE: comprehensive isoform discovery and abundance estimation (англ.) // Genome Biology. — 2016. — 30 January (vol. 17, no. 1). — ISSN 1474-760X. — doi:10.1186/s13059-015-0865-0. [исправить]
Liu Ruolin, Dickerson Julie. Strawberry: Fast and accurate genome-guided transcript reconstruction and quantification from RNA-Seq (англ.) // PLOS Computational Biology. — 2017. — 27 November (vol. 13, no. 11). — P. e1005851. — ISSN 1553-7358. — doi:10.1371/journal.pcbi.1005851. [исправить]