Множественное выравнивание последовательностей (Russian Wikipedia)

Analysis of information sources in references of the Wikipedia article "Множественное выравнивание последовательностей" in Russian language version.

refsWebsite

Global rank Russian rank

36nih.gov

4^th place

6^th place

36wikipedia.org

low place

23doi.org

2^nd place

3^rd place

7web.archive.org

1^st place

2ebi.ac.uk

5,849^th place

6,034^th place

2embl.de

low place

1bioinfo.org.cn

low place

1cshlp.org

low place

4,570^th place

1evolution-textbook.org

low place

1google.ca

838^th place

451^st place

bioinfo.org.cn

Durbin R, Eddy S, Krogh A, Mitchison G. Biological sequence analysis: probabilistic models of proteins and nucleic acids. — Cambridge University Press, 1998. — ISBN 0-521-63041-4. Архивировано 21 января 2015 года.

cshlp.org

genome.cshlp.org

Kumar, S., and Filipski, A. Multiple sequence alignment: in pursuit of homologous DNA positions // Genome research. — 2007. — Vol. 17, № 2. — P. 127-135. — doi:10.1101/gr.5232407. Архивировано 14 июля 2016 года.

doi.org

dx.doi.org

Wang L., Jiang T. On the complexity of multiple sequence alignment. (англ.) // Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology. — 1994. — Vol. 1, no. 4. — P. 337—348. — doi:10.1089/cmb.1994.1.337. — PMID 8790475. [исправить]
Just W. Computational complexity of multiple sequence alignment with SP-score. (англ.) // Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology. — 2001. — Vol. 8, no. 6. — P. 615—623. — doi:10.1089/106652701753307511. — PMID 11747615. [исправить]
Elias I. Settling the intractability of multiple alignment. (англ.) // Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology. — 2006. — Vol. 13, no. 7. — P. 1323—1339. — doi:10.1089/cmb.2006.13.1323. — PMID 17037961. [исправить]
Carrillo H., Lipman D. J. The Multiple Sequence Alignment Problem in Biology (англ.) // SIAM Journal of Applied Mathematics^[англ.] : journal. — 1988. — Vol. 48, no. 5. — P. 1073—1082. — doi:10.1137/0148063.
Notredame C., Higgins D. G., Heringa J. T-Coffee: A novel method for fast and accurate multiple sequence alignment. (англ.) // Journal of molecular biology. — 2000. — Vol. 302, no. 1. — P. 205—217. — doi:10.1006/jmbi.2000.4042. — PMID 10964570. [исправить]
Sze S. H., Lu Y., Yang Q. A polynomial time solvable formulation of multiple sequence alignment. (англ.) // Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology. — 2006. — Vol. 13, no. 2. — P. 309—319. — doi:10.1089/cmb.2006.13.309. — PMID 16597242. [исправить]
Gotoh O. Significant improvement in accuracy of multiple protein sequence alignments by iterative refinement as assessed by reference to structural alignments. (англ.) // Journal of molecular biology. — 1996. — Vol. 264, no. 4. — P. 823—838. — doi:10.1006/jmbi.1996.0679. — PMID 8980688. [исправить]
Brudno M., Chapman M., Göttgens B., Batzoglou S., Morgenstern B. Fast and sensitive multiple alignment of large genomic sequences. (англ.) // BMC bioinformatics. — 2003. — Vol. 4. — P. 66. — doi:10.1186/1471-2105-4-66. — PMID 14693042. [исправить]
Edgar R. C. MUSCLE: multiple sequence alignment with high accuracy and high throughput. (англ.) // Nucleic acids research. — 2004. — Vol. 32, no. 5. — P. 1792—1797. — doi:10.1093/nar/gkh340. — PMID 15034147. [исправить]
Collingridge P. W., Kelly S. MergeAlign: improving multiple sequence alignment performance by dynamic reconstruction of consensus multiple sequence alignments. (англ.) // BMC bioinformatics. — 2012. — Vol. 13. — P. 117. — doi:10.1186/1471-2105-13-117. — PMID 22646090. [исправить]
Grasso C., Lee C. Combining partial order alignment and progressive multiple sequence alignment increases alignment speed and scalability to very large alignment problems. (англ.) // Bioinformatics. — 2004. — Vol. 20, no. 10. — P. 1546—1556. — doi:10.1093/bioinformatics/bth126. — PMID 14962922. [исправить]
Battey J. N., Kopp J., Bordoli L., Read R. J., Clarke N. D., Schwede T. Automated server predictions in CASP7. (англ.) // Proteins. — 2007. — Vol. 69 Suppl 8. — P. 68—82. — doi:10.1002/prot.21761. — PMID 17894354. [исправить]
Löytynoja A., Goldman N. An algorithm for progressive multiple alignment of sequences with insertions. (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. — 2005. — Vol. 102, no. 30. — P. 10557—10562. — doi:10.1073/pnas.0409137102. — PMID 16000407. [исправить]
Löytynoja A., Goldman N. Phylogeny-aware gap placement prevents errors in sequence alignment and evolutionary analysis. (англ.) // Science (New York, N.Y.). — 2008. — Vol. 320, no. 5883. — P. 1632—1635. — doi:10.1126/science.1158395. — PMID 18566285. [исправить]
Lupyan D., Leo-Macias A., Ortiz A. R. A new progressive-iterative algorithm for multiple structure alignment. (англ.) // Bioinformatics. — 2005. — Vol. 21, no. 15. — P. 3255—3263. — doi:10.1093/bioinformatics/bti527. — PMID 15941743. [исправить]
Szalkowski A. M. Fast and robust multiple sequence alignment with phylogeny-aware gap placement. (англ.) // BMC bioinformatics. — 2012. — Vol. 13. — P. 129. — doi:10.1186/1471-2105-13-129. — PMID 22694311. [исправить]
Salama R. A., Stekel D. J. A non-independent energy-based multiple sequence alignment improves prediction of transcription factor binding sites. (англ.) // Bioinformatics. — 2013. — Vol. 29, no. 21. — P. 2699—2704. — doi:10.1093/bioinformatics/btt463. — PMID 23990411. [исправить]
Nuin P. A., Wang Z., Tillier E. R. The accuracy of several multiple sequence alignment programs for proteins. (англ.) // BMC bioinformatics. — 2006. — Vol. 7. — P. 471. — doi:10.1186/1471-2105-7-471. — PMID 17062146. [исправить]
Chang J. M., Di Tommaso P., Notredame C. TCS: a new multiple sequence alignment reliability measure to estimate alignment accuracy and improve phylogenetic tree reconstruction. (англ.) // Molecular biology and evolution. — 2014. — Vol. 31, no. 6. — P. 1625—1637. — doi:10.1093/molbev/msu117. — PMID 24694831. [исправить]
Chang J. M., Di Tommaso P., Lefort V., Gascuel O., Notredame C. TCS: a web server for multiple sequence alignment evaluation and phylogenetic reconstruction. (англ.) // Nucleic acids research. — 2015. — Vol. 43, no. W1. — P. 3—6. — doi:10.1093/nar/gkv310. — PMID 25855806. [исправить]
Penn O., Privman E., Landan G., Graur D., Pupko T. An alignment confidence score capturing robustness to guide tree uncertainty. (англ.) // Molecular biology and evolution. — 2010. — Vol. 27, no. 8. — P. 1759—1767. — doi:10.1093/molbev/msq066. — PMID 20207713. [исправить]
Redelings B. D., Suchard M. A. Joint Bayesian estimation of alignment and phylogeny. (англ.) // Systematic biology. — 2005. — Vol. 54, no. 3. — P. 401—418. — doi:10.1080/10635150590947041. — PMID 16012107. [исправить]
Kumar, S., and Filipski, A. Multiple sequence alignment: in pursuit of homologous DNA positions // Genome research. — 2007. — Vol. 17, № 2. — P. 127-135. — doi:10.1101/gr.5232407. Архивировано 14 июля 2016 года.

ebi.ac.uk

Help with matrices used in sequence comparison tools (неопр.). European Bioinformatics Institute. Дата обращения: 3 марта 2010. Архивировано из оригинала 11 марта 2010 года.
EMBL-EBI-ClustalW2-Multiple Sequence Alignment (неопр.). CLUSTALW2. Дата обращения: 12 апреля 2016. Архивировано 14 апреля 2016 года.

embl.de

Aidan Budd. Manual Editing and Adjustment of MSAs (Multiple Sequence Alignments) (неопр.). www.embl.de. Дата обращения: 23 апреля 2016. Архивировано из оригинала 24 сентября 2015 года.
Aidan Budd. Multiple Sequence Alignments: Exercises and Demonstrations (неопр.). www.embl.de. Дата обращения: 23 апреля 2016. Архивировано из оригинала 5 марта 2012 года.

evolution-textbook.org

Barton, N. H., Briggs, D. E. G., Eisen, J. A., Goldstein, D. B., and Patel, N. H. Phylogenetic Reconstruction // Evolution. — Cold Spring Harbor, NY : Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2007. — ISBN 978-0-87969-684-9.
T. A. Brown. The Reconstruction of DNA-based Phylogenetic Trees // Genomes 3. — Garland Science, 2007. — P. 599-609. — ISBN 0-8153-4138-5.

google.ca

books.google.ca

Barton, N. H., Briggs, D. E. G., Eisen, J. A., Goldstein, D. B., and Patel, N. H. Phylogenetic Reconstruction // Evolution. — Cold Spring Harbor, NY : Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2007. — ISBN 978-0-87969-684-9.
T. A. Brown. The Reconstruction of DNA-based Phylogenetic Trees // Genomes 3. — Garland Science, 2007. — P. 599-609. — ISBN 0-8153-4138-5.

nih.gov

ncbi.nlm.nih.gov

Wang L., Jiang T. On the complexity of multiple sequence alignment. (англ.) // Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology. — 1994. — Vol. 1, no. 4. — P. 337—348. — doi:10.1089/cmb.1994.1.337. — PMID 8790475. [исправить]
Just W. Computational complexity of multiple sequence alignment with SP-score. (англ.) // Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology. — 2001. — Vol. 8, no. 6. — P. 615—623. — doi:10.1089/106652701753307511. — PMID 11747615. [исправить]
Elias I. Settling the intractability of multiple alignment. (англ.) // Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology. — 2006. — Vol. 13, no. 7. — P. 1323—1339. — doi:10.1089/cmb.2006.13.1323. — PMID 17037961. [исправить]
Lipman D. J., Altschul S. F., Kececioglu J. D. A tool for multiple sequence alignment. (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. — 1989. — Vol. 86, no. 12. — P. 4412—4415. — PMID 2734293. [исправить]
Genetic analysis software (неопр.). National Center for Biotechnology Information. Дата обращения: 3 марта 2010. Архивировано 28 сентября 2009 года.
Hogeweg P., Hesper B. The alignment of sets of sequences and the construction of phyletic trees: an integrated method. (англ.) // Journal of molecular evolution. — 1984. — Vol. 20, no. 2. — P. 175—186. — PMID 6433036. [исправить]
Higgins D. G., Sharp P. M. CLUSTAL: a package for performing multiple sequence alignment on a microcomputer. (англ.) // Gene. — 1988. — Vol. 73, no. 1. — P. 237—244. — PMID 3243435. [исправить]
Thompson J. D., Higgins D. G., Gibson T. J. CLUSTAL W: improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, position-specific gap penalties and weight matrix choice. (англ.) // Nucleic acids research. — 1994. — Vol. 22, no. 22. — P. 4673—4680. — PMID 7984417. [исправить]
Notredame C., Higgins D. G., Heringa J. T-Coffee: A novel method for fast and accurate multiple sequence alignment. (англ.) // Journal of molecular biology. — 2000. — Vol. 302, no. 1. — P. 205—217. — doi:10.1006/jmbi.2000.4042. — PMID 10964570. [исправить]
Sze S. H., Lu Y., Yang Q. A polynomial time solvable formulation of multiple sequence alignment. (англ.) // Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology. — 2006. — Vol. 13, no. 2. — P. 309—319. — doi:10.1089/cmb.2006.13.309. — PMID 16597242. [исправить]
Gotoh O. Significant improvement in accuracy of multiple protein sequence alignments by iterative refinement as assessed by reference to structural alignments. (англ.) // Journal of molecular biology. — 1996. — Vol. 264, no. 4. — P. 823—838. — doi:10.1006/jmbi.1996.0679. — PMID 8980688. [исправить]
Brudno M., Chapman M., Göttgens B., Batzoglou S., Morgenstern B. Fast and sensitive multiple alignment of large genomic sequences. (англ.) // BMC bioinformatics. — 2003. — Vol. 4. — P. 66. — doi:10.1186/1471-2105-4-66. — PMID 14693042. [исправить]
Edgar R. C. MUSCLE: multiple sequence alignment with high accuracy and high throughput. (англ.) // Nucleic acids research. — 2004. — Vol. 32, no. 5. — P. 1792—1797. — doi:10.1093/nar/gkh340. — PMID 15034147. [исправить]
Collingridge P. W., Kelly S. MergeAlign: improving multiple sequence alignment performance by dynamic reconstruction of consensus multiple sequence alignments. (англ.) // BMC bioinformatics. — 2012. — Vol. 13. — P. 117. — doi:10.1186/1471-2105-13-117. — PMID 22646090. [исправить]
Hughey R., Krogh A. Hidden Markov models for sequence analysis: extension and analysis of the basic method. (англ.) // Computer applications in the biosciences : CABIOS. — 1996. — Vol. 12, no. 2. — P. 95—107. — PMID 8744772. [исправить]
Grasso C., Lee C. Combining partial order alignment and progressive multiple sequence alignment increases alignment speed and scalability to very large alignment problems. (англ.) // Bioinformatics. — 2004. — Vol. 20, no. 10. — P. 1546—1556. — doi:10.1093/bioinformatics/bth126. — PMID 14962922. [исправить]
Battey J. N., Kopp J., Bordoli L., Read R. J., Clarke N. D., Schwede T. Automated server predictions in CASP7. (англ.) // Proteins. — 2007. — Vol. 69 Suppl 8. — P. 68—82. — doi:10.1002/prot.21761. — PMID 17894354. [исправить]
Notredame C., Higgins D. G. SAGA: sequence alignment by genetic algorithm. (англ.) // Nucleic acids research. — 1996. — Vol. 24, no. 8. — P. 1515—1524. — PMID 8628686. [исправить]
Notredame C., O'Brien E. A., Higgins D. G. RAGA: RNA sequence alignment by genetic algorithm. (англ.) // Nucleic acids research. — 1997. — Vol. 25, no. 22. — P. 4570—4580. — PMID 9358168. [исправить]
Kim J., Pramanik S., Chung M. J. Multiple sequence alignment using simulated annealing. (англ.) // Computer applications in the biosciences : CABIOS. — 1994. — Vol. 10, no. 4. — P. 419—426. — PMID 7804875. [исправить]
Löytynoja A., Goldman N. An algorithm for progressive multiple alignment of sequences with insertions. (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. — 2005. — Vol. 102, no. 30. — P. 10557—10562. — doi:10.1073/pnas.0409137102. — PMID 16000407. [исправить]
Löytynoja A., Goldman N. Phylogeny-aware gap placement prevents errors in sequence alignment and evolutionary analysis. (англ.) // Science (New York, N.Y.). — 2008. — Vol. 320, no. 5883. — P. 1632—1635. — doi:10.1126/science.1158395. — PMID 18566285. [исправить]
Lupyan D., Leo-Macias A., Ortiz A. R. A new progressive-iterative algorithm for multiple structure alignment. (англ.) // Bioinformatics. — 2005. — Vol. 21, no. 15. — P. 3255—3263. — doi:10.1093/bioinformatics/bti527. — PMID 15941743. [исправить]
Szalkowski A. M. Fast and robust multiple sequence alignment with phylogeny-aware gap placement. (англ.) // BMC bioinformatics. — 2012. — Vol. 13. — P. 129. — doi:10.1186/1471-2105-13-129. — PMID 22694311. [исправить]
Henikoff S., Henikoff J. G. Automated assembly of protein blocks for database searching. (англ.) // Nucleic acids research. — 1991. — Vol. 19, no. 23. — P. 6565—6572. — PMID 1754394. [исправить]
Bailey T. L., Elkan C. Fitting a mixture model by expectation maximization to discover motifs in biopolymers. (англ.) // Proceedings / ... International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology ; ISMB. International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology. — 1994. — Vol. 2. — P. 28—36. — PMID 7584402. [исправить]
Bailey T. L., Gribskov M. Combining evidence using p-values: application to sequence homology searches. (англ.) // Bioinformatics. — 1998. — Vol. 14, no. 1. — P. 48—54. — PMID 9520501. [исправить]
Salama R. A., Stekel D. J. A non-independent energy-based multiple sequence alignment improves prediction of transcription factor binding sites. (англ.) // Bioinformatics. — 2013. — Vol. 29, no. 21. — P. 2699—2704. — doi:10.1093/bioinformatics/btt463. — PMID 23990411. [исправить]
Bahr A., Thompson J. D., Thierry J. C., Poch O. BAliBASE (Benchmark Alignment dataBASE): enhancements for repeats, transmembrane sequences and circular permutations. (англ.) // Nucleic acids research. — 2001. — Vol. 29, no. 1. — P. 323—326. — PMID 11125126. [исправить]
Nuin P. A., Wang Z., Tillier E. R. The accuracy of several multiple sequence alignment programs for proteins. (англ.) // BMC bioinformatics. — 2006. — Vol. 7. — P. 471. — doi:10.1186/1471-2105-7-471. — PMID 17062146. [исправить]
Castresana J. Selection of conserved blocks from multiple alignments for their use in phylogenetic analysis. (англ.) // Molecular biology and evolution. — 2000. — Vol. 17, no. 4. — P. 540—552. — PMID 10742046. [исправить]
Löytynoja A., Milinkovitch M. C. SOAP, cleaning multiple alignments from unstable blocks. (англ.) // Bioinformatics. — 2001. — Vol. 17, no. 6. — P. 573—574. — PMID 11395440. [исправить]
Chang J. M., Di Tommaso P., Notredame C. TCS: a new multiple sequence alignment reliability measure to estimate alignment accuracy and improve phylogenetic tree reconstruction. (англ.) // Molecular biology and evolution. — 2014. — Vol. 31, no. 6. — P. 1625—1637. — doi:10.1093/molbev/msu117. — PMID 24694831. [исправить]
Chang J. M., Di Tommaso P., Lefort V., Gascuel O., Notredame C. TCS: a web server for multiple sequence alignment evaluation and phylogenetic reconstruction. (англ.) // Nucleic acids research. — 2015. — Vol. 43, no. W1. — P. 3—6. — doi:10.1093/nar/gkv310. — PMID 25855806. [исправить]
Penn O., Privman E., Landan G., Graur D., Pupko T. An alignment confidence score capturing robustness to guide tree uncertainty. (англ.) // Molecular biology and evolution. — 2010. — Vol. 27, no. 8. — P. 1759—1767. — doi:10.1093/molbev/msq066. — PMID 20207713. [исправить]
Redelings B. D., Suchard M. A. Joint Bayesian estimation of alignment and phylogeny. (англ.) // Systematic biology. — 2005. — Vol. 54, no. 3. — P. 401—418. — doi:10.1080/10635150590947041. — PMID 16012107. [исправить]

web.archive.org

Help with matrices used in sequence comparison tools (неопр.). European Bioinformatics Institute. Дата обращения: 3 марта 2010. Архивировано из оригинала 11 марта 2010 года.
Genetic analysis software (неопр.). National Center for Biotechnology Information. Дата обращения: 3 марта 2010. Архивировано 28 сентября 2009 года.
EMBL-EBI-ClustalW2-Multiple Sequence Alignment (неопр.). CLUSTALW2. Дата обращения: 12 апреля 2016. Архивировано 14 апреля 2016 года.
Durbin R, Eddy S, Krogh A, Mitchison G. Biological sequence analysis: probabilistic models of proteins and nucleic acids. — Cambridge University Press, 1998. — ISBN 0-521-63041-4. Архивировано 21 января 2015 года.
Aidan Budd. Manual Editing and Adjustment of MSAs (Multiple Sequence Alignments) (неопр.). www.embl.de. Дата обращения: 23 апреля 2016. Архивировано из оригинала 24 сентября 2015 года.
Kumar, S., and Filipski, A. Multiple sequence alignment: in pursuit of homologous DNA positions // Genome research. — 2007. — Vol. 17, № 2. — P. 127-135. — doi:10.1101/gr.5232407. Архивировано 14 июля 2016 года.
Aidan Budd. Multiple Sequence Alignments: Exercises and Demonstrations (неопр.). www.embl.de. Дата обращения: 23 апреля 2016. Архивировано из оригинала 5 марта 2012 года.

wikipedia.org

ru.wikipedia.org

Wang L., Jiang T. On the complexity of multiple sequence alignment. (англ.) // Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology. — 1994. — Vol. 1, no. 4. — P. 337—348. — doi:10.1089/cmb.1994.1.337. — PMID 8790475. [исправить]
Just W. Computational complexity of multiple sequence alignment with SP-score. (англ.) // Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology. — 2001. — Vol. 8, no. 6. — P. 615—623. — doi:10.1089/106652701753307511. — PMID 11747615. [исправить]
Elias I. Settling the intractability of multiple alignment. (англ.) // Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology. — 2006. — Vol. 13, no. 7. — P. 1323—1339. — doi:10.1089/cmb.2006.13.1323. — PMID 17037961. [исправить]
Lipman D. J., Altschul S. F., Kececioglu J. D. A tool for multiple sequence alignment. (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. — 1989. — Vol. 86, no. 12. — P. 4412—4415. — PMID 2734293. [исправить]
Hogeweg P., Hesper B. The alignment of sets of sequences and the construction of phyletic trees: an integrated method. (англ.) // Journal of molecular evolution. — 1984. — Vol. 20, no. 2. — P. 175—186. — PMID 6433036. [исправить]
Higgins D. G., Sharp P. M. CLUSTAL: a package for performing multiple sequence alignment on a microcomputer. (англ.) // Gene. — 1988. — Vol. 73, no. 1. — P. 237—244. — PMID 3243435. [исправить]
Thompson J. D., Higgins D. G., Gibson T. J. CLUSTAL W: improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, position-specific gap penalties and weight matrix choice. (англ.) // Nucleic acids research. — 1994. — Vol. 22, no. 22. — P. 4673—4680. — PMID 7984417. [исправить]
Notredame C., Higgins D. G., Heringa J. T-Coffee: A novel method for fast and accurate multiple sequence alignment. (англ.) // Journal of molecular biology. — 2000. — Vol. 302, no. 1. — P. 205—217. — doi:10.1006/jmbi.2000.4042. — PMID 10964570. [исправить]
Sze S. H., Lu Y., Yang Q. A polynomial time solvable formulation of multiple sequence alignment. (англ.) // Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology. — 2006. — Vol. 13, no. 2. — P. 309—319. — doi:10.1089/cmb.2006.13.309. — PMID 16597242. [исправить]
Gotoh O. Significant improvement in accuracy of multiple protein sequence alignments by iterative refinement as assessed by reference to structural alignments. (англ.) // Journal of molecular biology. — 1996. — Vol. 264, no. 4. — P. 823—838. — doi:10.1006/jmbi.1996.0679. — PMID 8980688. [исправить]
Brudno M., Chapman M., Göttgens B., Batzoglou S., Morgenstern B. Fast and sensitive multiple alignment of large genomic sequences. (англ.) // BMC bioinformatics. — 2003. — Vol. 4. — P. 66. — doi:10.1186/1471-2105-4-66. — PMID 14693042. [исправить]
Edgar R. C. MUSCLE: multiple sequence alignment with high accuracy and high throughput. (англ.) // Nucleic acids research. — 2004. — Vol. 32, no. 5. — P. 1792—1797. — doi:10.1093/nar/gkh340. — PMID 15034147. [исправить]
Collingridge P. W., Kelly S. MergeAlign: improving multiple sequence alignment performance by dynamic reconstruction of consensus multiple sequence alignments. (англ.) // BMC bioinformatics. — 2012. — Vol. 13. — P. 117. — doi:10.1186/1471-2105-13-117. — PMID 22646090. [исправить]
Hughey R., Krogh A. Hidden Markov models for sequence analysis: extension and analysis of the basic method. (англ.) // Computer applications in the biosciences : CABIOS. — 1996. — Vol. 12, no. 2. — P. 95—107. — PMID 8744772. [исправить]
Grasso C., Lee C. Combining partial order alignment and progressive multiple sequence alignment increases alignment speed and scalability to very large alignment problems. (англ.) // Bioinformatics. — 2004. — Vol. 20, no. 10. — P. 1546—1556. — doi:10.1093/bioinformatics/bth126. — PMID 14962922. [исправить]
Battey J. N., Kopp J., Bordoli L., Read R. J., Clarke N. D., Schwede T. Automated server predictions in CASP7. (англ.) // Proteins. — 2007. — Vol. 69 Suppl 8. — P. 68—82. — doi:10.1002/prot.21761. — PMID 17894354. [исправить]
Notredame C., Higgins D. G. SAGA: sequence alignment by genetic algorithm. (англ.) // Nucleic acids research. — 1996. — Vol. 24, no. 8. — P. 1515—1524. — PMID 8628686. [исправить]
Notredame C., O'Brien E. A., Higgins D. G. RAGA: RNA sequence alignment by genetic algorithm. (англ.) // Nucleic acids research. — 1997. — Vol. 25, no. 22. — P. 4570—4580. — PMID 9358168. [исправить]
Kim J., Pramanik S., Chung M. J. Multiple sequence alignment using simulated annealing. (англ.) // Computer applications in the biosciences : CABIOS. — 1994. — Vol. 10, no. 4. — P. 419—426. — PMID 7804875. [исправить]
Löytynoja A., Goldman N. An algorithm for progressive multiple alignment of sequences with insertions. (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. — 2005. — Vol. 102, no. 30. — P. 10557—10562. — doi:10.1073/pnas.0409137102. — PMID 16000407. [исправить]
Löytynoja A., Goldman N. Phylogeny-aware gap placement prevents errors in sequence alignment and evolutionary analysis. (англ.) // Science (New York, N.Y.). — 2008. — Vol. 320, no. 5883. — P. 1632—1635. — doi:10.1126/science.1158395. — PMID 18566285. [исправить]
Lupyan D., Leo-Macias A., Ortiz A. R. A new progressive-iterative algorithm for multiple structure alignment. (англ.) // Bioinformatics. — 2005. — Vol. 21, no. 15. — P. 3255—3263. — doi:10.1093/bioinformatics/bti527. — PMID 15941743. [исправить]
Szalkowski A. M. Fast and robust multiple sequence alignment with phylogeny-aware gap placement. (англ.) // BMC bioinformatics. — 2012. — Vol. 13. — P. 129. — doi:10.1186/1471-2105-13-129. — PMID 22694311. [исправить]
Henikoff S., Henikoff J. G. Automated assembly of protein blocks for database searching. (англ.) // Nucleic acids research. — 1991. — Vol. 19, no. 23. — P. 6565—6572. — PMID 1754394. [исправить]
Bailey T. L., Elkan C. Fitting a mixture model by expectation maximization to discover motifs in biopolymers. (англ.) // Proceedings / ... International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology ; ISMB. International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology. — 1994. — Vol. 2. — P. 28—36. — PMID 7584402. [исправить]
Bailey T. L., Gribskov M. Combining evidence using p-values: application to sequence homology searches. (англ.) // Bioinformatics. — 1998. — Vol. 14, no. 1. — P. 48—54. — PMID 9520501. [исправить]
Salama R. A., Stekel D. J. A non-independent energy-based multiple sequence alignment improves prediction of transcription factor binding sites. (англ.) // Bioinformatics. — 2013. — Vol. 29, no. 21. — P. 2699—2704. — doi:10.1093/bioinformatics/btt463. — PMID 23990411. [исправить]
Bahr A., Thompson J. D., Thierry J. C., Poch O. BAliBASE (Benchmark Alignment dataBASE): enhancements for repeats, transmembrane sequences and circular permutations. (англ.) // Nucleic acids research. — 2001. — Vol. 29, no. 1. — P. 323—326. — PMID 11125126. [исправить]
Nuin P. A., Wang Z., Tillier E. R. The accuracy of several multiple sequence alignment programs for proteins. (англ.) // BMC bioinformatics. — 2006. — Vol. 7. — P. 471. — doi:10.1186/1471-2105-7-471. — PMID 17062146. [исправить]
Castresana J. Selection of conserved blocks from multiple alignments for their use in phylogenetic analysis. (англ.) // Molecular biology and evolution. — 2000. — Vol. 17, no. 4. — P. 540—552. — PMID 10742046. [исправить]
Löytynoja A., Milinkovitch M. C. SOAP, cleaning multiple alignments from unstable blocks. (англ.) // Bioinformatics. — 2001. — Vol. 17, no. 6. — P. 573—574. — PMID 11395440. [исправить]
Chang J. M., Di Tommaso P., Notredame C. TCS: a new multiple sequence alignment reliability measure to estimate alignment accuracy and improve phylogenetic tree reconstruction. (англ.) // Molecular biology and evolution. — 2014. — Vol. 31, no. 6. — P. 1625—1637. — doi:10.1093/molbev/msu117. — PMID 24694831. [исправить]
Chang J. M., Di Tommaso P., Lefort V., Gascuel O., Notredame C. TCS: a web server for multiple sequence alignment evaluation and phylogenetic reconstruction. (англ.) // Nucleic acids research. — 2015. — Vol. 43, no. W1. — P. 3—6. — doi:10.1093/nar/gkv310. — PMID 25855806. [исправить]
Penn O., Privman E., Landan G., Graur D., Pupko T. An alignment confidence score capturing robustness to guide tree uncertainty. (англ.) // Molecular biology and evolution. — 2010. — Vol. 27, no. 8. — P. 1759—1767. — doi:10.1093/molbev/msq066. — PMID 20207713. [исправить]
Redelings B. D., Suchard M. A. Joint Bayesian estimation of alignment and phylogeny. (англ.) // Systematic biology. — 2005. — Vol. 54, no. 3. — P. 401—418. — doi:10.1080/10635150590947041. — PMID 16012107. [исправить]

en.wikipedia.org

Carrillo H., Lipman D. J. The Multiple Sequence Alignment Problem in Biology (англ.) // SIAM Journal of Applied Mathematics^[англ.] : journal. — 1988. — Vol. 48, no. 5. — P. 1073—1082. — doi:10.1137/0148063.