Молекулярный докинг (Russian Wikipedia)

Analysis of information sources in references of the Wikipedia article "Молекулярный докинг" in Russian language version.

refsWebsite

Global rank Russian rank

47doi.org

2^nd place

3^rd place

47wikipedia.org

low place

32nih.gov

4^th place

6^th place

14worldcat.org

5^th place

1mathnet.ru

8,783^rd place

1,078^th place

1web.archive.org

1^st place

doi.org (Global: 2^nd place; Russian: 3^rd place)

dx.doi.org

Lengauer T., Rarey M. Computational methods for biomolecular docking. (англ.) // Current Opinion In Structural Biology. — 1996. — June (vol. 6, no. 3). — P. 402—406. — doi:10.1016/s0959-440x(96)80061-3. — PMID 8804827. [исправить]
Jorgensen W. L. Rusting of the lock and key model for protein-ligand binding. (англ.) // Science (New York, N.Y.). — 1991. — 15 November (vol. 254, no. 5034). — P. 954—955. — doi:10.1126/science.1719636. — PMID 1719636. [исправить]
Wei B. Q., Weaver L. H., Ferrari A. M., Matthews B. W., Shoichet B. K. Testing a flexible-receptor docking algorithm in a model binding site. (англ.) // Journal Of Molecular Biology. — 2004. — 9 April (vol. 337, no. 5). — P. 1161—1182. — doi:10.1016/j.jmb.2004.02.015. — PMID 15046985. [исправить]
Meng X. Y., Zhang H. X., Mezei M., Cui M. Molecular docking: a powerful approach for structure-based drug discovery. (англ.) // Current Computer-aided Drug Design. — 2011. — June (vol. 7, no. 2). — P. 146—157. — doi:10.2174/157340911795677602. — PMID 21534921. [исправить]
Pantsar T., Poso A. Binding Affinity via Docking: Fact and Fiction. (англ.) // Molecules (Basel, Switzerland). — 2018. — 30 July (vol. 23, no. 8). — doi:10.3390/molecules23081899. — PMID 30061498. [исправить]
Kitchen D. B., Decornez H., Furr J. R., Bajorath J. Docking and scoring in virtual screening for drug discovery: methods and applications. (англ.) // Nature Reviews. Drug Discovery. — 2004. — November (vol. 3, no. 11). — P. 935—949. — doi:10.1038/nrd1549. — PMID 15520816. [исправить]
Kumar A., Voet A., Zhang K. Y. Fragment based drug design: from experimental to computational approaches. (англ.) // Current Medicinal Chemistry. — 2012. — Vol. 19, no. 30. — P. 5128—5147. — doi:10.2174/092986712803530467. — PMID 22934764. [исправить]
Kumar A., Voet A., Zhang K.Y.J. Fragment Based Drug Design: From Experimental to Computational Approaches (англ.) // Current Medicinal Chemistry. — 2012. — 1 October (vol. 19, no. 30). — P. 5128—5147. — ISSN 0929-8673. — doi:10.2174/092986712803530467. [исправить]
Torres PHM, Sodero ACR, Jofily P., Silva-Jr F. P. Key Topics in Molecular Docking for Drug Design. (англ.) // International Journal Of Molecular Sciences. — 2019. — 15 September (vol. 20, no. 18). — doi:10.3390/ijms20184574. — PMID 31540192. [исправить]
Suresh P. S., Kumar A., Kumar R., Singh V. P. An in silico correction of insilico approach to bioremediation: laccase as a case study. (англ.) // Journal Of Molecular Graphics & Modelling. — 2008. — January (vol. 26, no. 5). — P. 845—849. — doi:10.1016/j.jmgm.2007.05.005. — PMID 17606396. [исправить]
Hetényi C., van der Spoel D. Blind docking of drug-sized compounds to proteins with up to a thousand residues. (англ.) // FEBS Letters. — 2006. — 20 February (vol. 580, no. 5). — P. 1447—1450. — doi:10.1016/j.febslet.2006.01.074. — PMID 16460734. [исправить]
Thomsen R., Christensen M. H. MolDock: a new technique for high-accuracy molecular docking. (англ.) // Journal Of Medicinal Chemistry. — 2006. — 1 June (vol. 49, no. 11). — P. 3315—3321. — doi:10.1021/jm051197e. — PMID 16722650. [исправить]
Volkamer A., Kuhn D., Grombacher T., Rippmann F., Rarey M. Combining global and local measures for structure-based druggability predictions. (англ.) // Journal Of Chemical Information And Modeling. — 2012. — 27 February (vol. 52, no. 2). — P. 360—372. — doi:10.1021/ci200454v. — PMID 22148551. [исправить]
Meng Elaine C., Shoichet Brian K., Kuntz Irwin D. Automated docking with grid-based energy evaluation (англ.) // Journal of Computational Chemistry. — 1992. — May (vol. 13, no. 4). — P. 505—524. — ISSN 0192-8651. — doi:10.1002/jcc.540130412. [исправить]
Morris Garrett M., Goodsell David S., Halliday Robert S., Huey Ruth, Hart William E., Belew Richard K., Olson Arthur J. Automated docking using a Lamarckian genetic algorithm and an empirical binding free energy function (англ.) // Journal of Computational Chemistry. — 1998. — 15 November (vol. 19, no. 14). — P. 1639—1662. — ISSN 0192-8651. — doi:10.1002/(SICI)1096-987X(19981115)19:14<1639::AID-JCC10>3.0.CO;2-B. [исправить]
Feig M., Onufriev A., Lee M. S., Im W., Case D. A., Brooks CL 3rd. Performance comparison of generalized born and Poisson methods in the calculation of electrostatic solvation energies for protein structures. (англ.) // Journal Of Computational Chemistry. — 2004. — 30 January (vol. 25, no. 2). — P. 265—284. — doi:10.1002/jcc.10378. — PMID 14648625. [исправить]
Andrusier N., Mashiach E., Nussinov R., Wolfson H. J. Principles of flexible protein-protein docking. (англ.) // Proteins. — 2008. — 1 November (vol. 73, no. 2). — P. 271—289. — doi:10.1002/prot.22170. — PMID 18655061. [исправить]
Andrusier Nelly, Mashiach Efrat, Nussinov Ruth, Wolfson Haim J. Principles of flexible protein-protein docking (англ.) // Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics. — 2008. — 24 July (vol. 73, no. 2). — P. 271—289. — ISSN 0887-3585. — doi:10.1002/prot.22170. [исправить]
Takekura H., Flucher B. E., Franzini-Armstrong C. Sequential docking, molecular differentiation, and positioning of T-Tubule/SR junctions in developing mouse skeletal muscle. (англ.) // Developmental Biology. — 2001. — 15 November (vol. 239, no. 2). — P. 204—214. — doi:10.1006/dbio.2001.0437. — PMID 11784029. [исправить]
Ramirez U. D., Myachina F., Stith L., Jaffe E. K. Docking to large allosteric binding sites on protein surfaces. (англ.) // Advances In Experimental Medicine And Biology. — 2010. — Vol. 680. — P. 481—488. — doi:10.1007/978-1-4419-5913-3_54. — PMID 20865533. [исправить]
Shoichet Brian K., Kuntz Irwin D., Bodian Dale L. Molecular docking using shape descriptors (англ.) // Journal of Computational Chemistry. — 1992. — April (vol. 13, no. 3). — P. 380—397. — ISSN 0192-8651. — doi:10.1002/jcc.540130311. [исправить]
Cai W., Shao X., Maigret B. Protein-ligand recognition using spherical harmonic molecular surfaces: towards a fast and efficient filter for large virtual throughput screening. (англ.) // Journal Of Molecular Graphics & Modelling. — 2002. — January (vol. 20, no. 4). — P. 313—328. — doi:10.1016/s1093-3263(01)00134-6. — PMID 11858640. [исправить]
Morris R. J., Najmanovich R. J., Kahraman A., Thornton J. M. Real spherical harmonic expansion coefficients as 3D shape descriptors for protein binding pocket and ligand comparisons. (англ.) // Bioinformatics. — 2005. — 15 May (vol. 21, no. 10). — P. 2347—2355. — doi:10.1093/bioinformatics/bti337. — PMID 15728116. [исправить]
Kahraman A., Morris R. J., Laskowski R. A., Thornton J. M. Shape variation in protein binding pockets and their ligands. (англ.) // Journal Of Molecular Biology. — 2007. — 20 April (vol. 368, no. 1). — P. 283—301. — doi:10.1016/j.jmb.2007.01.086. — PMID 17337005. [исправить]
Huang N., Shoichet B. K., Irwin J. J. Benchmarking sets for molecular docking. (англ.) // Journal Of Medicinal Chemistry. — 2006. — 16 November (vol. 49, no. 23). — P. 6789—6801. — doi:10.1021/jm0608356. — PMID 17154509. [исправить]
Wu Q., Peng Z., Zhang Y., Yang J. COACH-D: improved protein-ligand binding sites prediction with refined ligand-binding poses through molecular docking. (англ.) // Nucleic Acids Research. — 2018. — 2 July (vol. 46, no. W1). — P. 438—442. — doi:10.1093/nar/gky439. — PMID 29846643. [исправить]
Coleman R. G., Carchia M., Sterling T., Irwin J. J., Shoichet B. K. Ligand pose and orientational sampling in molecular docking. (англ.) // PloS One. — 2013. — Vol. 8, no. 10. — P. e75992—75992. — doi:10.1371/journal.pone.0075992. — PMID 24098414. [исправить]
Guedes I. A., de Magalhães C. S., Dardenne L. E. Receptor-ligand molecular docking. (англ.) // Biophysical Reviews. — 2014. — March (vol. 6, no. 1). — P. 75—87. — doi:10.1007/s12551-013-0130-2. — PMID 28509958. [исправить]
Pegg S. C., Haresco J. J., Kuntz I. D. A genetic algorithm for structure-based de novo design. (англ.) // Journal Of Computer-aided Molecular Design. — 2001. — October (vol. 15, no. 10). — P. 911—933. — doi:10.1023/a:1014389729000. — PMID 11918076. [исправить]
Oshiro C. M., Kuntz I. D., Dixon J. S. Flexible ligand docking using a genetic algorithm. (англ.) // Journal Of Computer-aided Molecular Design. — 1995. — April (vol. 9, no. 2). — P. 113—130. — doi:10.1007/BF00124402. — PMID 7608743. [исправить]
Baxter C. A., Murray C. W., Clark D. E., Westhead D. R., Eldridge M. D. Flexible docking using Tabu search and an empirical estimate of binding affinity. (англ.) // Proteins. — 1998. — 15 November (vol. 33, no. 3). — P. 367—382. — doi:10.1002/(SICI)1097-0134(19981115)33:3<367::AID-PROT6>3.0.CO;2-W. — PMID 9829696. [исправить]
Namasivayam V., Günther R. pso@autodock: a fast flexible molecular docking program based on Swarm intelligence. (англ.) // Chemical Biology & Drug Design. — 2007. — December (vol. 70, no. 6). — P. 475—484. — doi:10.1111/j.1747-0285.2007.00588.x. — PMID 17986206. [исправить]
Gray J. J., Moughon S., Wang C., Schueler-Furman O., Kuhlman B., Rohl C. A., Baker D. Protein-protein docking with simultaneous optimization of rigid-body displacement and side-chain conformations. (англ.) // Journal Of Molecular Biology. — 2003. — 1 August (vol. 331, no. 1). — P. 281—299. — doi:10.1016/s0022-2836(03)00670-3. — PMID 12875852. [исправить]
Lyskov S., Gray J. J. The RosettaDock server for local protein-protein docking. (англ.) // Nucleic Acids Research. — 2008. — 1 July (vol. 36). — P. 233—238. — doi:10.1093/nar/gkn216. — PMID 18442991. [исправить]
Murcko M. A. Computational methods to predict binding free energy in ligand-receptor complexes. (англ.) // Journal Of Medicinal Chemistry. — 1995. — 22 December (vol. 38, no. 26). — P. 4953—4967. — doi:10.1021/jm00026a001. — PMID 8544170. [исправить]
Xu X., Huang M., Zou X. Docking-based inverse virtual screening: methods, applications, and challenges. (англ.) // Biophysics Reports. — 2018. — Vol. 4, no. 1. — P. 1—16. — doi:10.1007/s41048-017-0045-8. — PMID 29577065. [исправить]
Dominguez C., Boelens R., Bonvin A. M. HADDOCK: a protein-protein docking approach based on biochemical or biophysical information. (англ.) // Journal Of The American Chemical Society. — 2003. — 19 February (vol. 125, no. 7). — P. 1731—1737. — doi:10.1021/ja026939x. — PMID 12580598. [исправить]
Bursulaya Badry D., Totrov Maxim, Abagyan Ruben, Brooks III Charles L. Comparative study of several algorithms for flexible ligand docking (англ.) // Journal of Computer-Aided Molecular Design. — 2003. — November (vol. 17, no. 11). — P. 755—763. — ISSN 0920-654X. — doi:10.1023/B:JCAM.0000017496.76572.6f. [исправить]
Huang Niu, Shoichet Brian K., Irwin John J. Benchmarking Sets for Molecular Docking (англ.) // Journal of Medicinal Chemistry. — 2006. — November (vol. 49, no. 23). — P. 6789—6801. — ISSN 0022-2623. — doi:10.1021/jm0608356. [исправить]
Chen Rong, Mintseris Julian, Janin Jo�l, Weng Zhiping. A protein-protein docking benchmark (англ.) // Proteins: Structure, Function, and Genetics. — 2003. — 29 May (vol. 52, no. 1). — P. 88—91. — ISSN 0887-3585. — doi:10.1002/prot.10390. [исправить]
Hartshorn Michael J., Verdonk Marcel L., Chessari Gianni, Brewerton Suzanne C., Mooij Wijnand T. M., Mortenson Paul N., Murray Christopher W. Diverse, High-Quality Test Set for the Validation of Protein−Ligand Docking Performance (англ.) // Journal of Medicinal Chemistry. — 2007. — February (vol. 50, no. 4). — P. 726—741. — ISSN 0022-2623. — doi:10.1021/jm061277y. [исправить]
Mysinger Michael M., Carchia Michael, Irwin John. J., Shoichet Brian K. Directory of Useful Decoys, Enhanced (DUD-E): Better Ligands and Decoys for Better Benchmarking (англ.) // Journal of Medicinal Chemistry. — 2012. — 5 July (vol. 55, no. 14). — P. 6582—6594. — ISSN 0022-2623. — doi:10.1021/jm300687e. [исправить]
Hauser Alexander Sebastian, Windshügel Björn. LEADS-PEP: A Benchmark Data Set for Assessment of Peptide Docking Performance (англ.) // Journal of Chemical Information and Modeling. — 2016. — 11 January (vol. 56, no. 1). — P. 188—200. — ISSN 1549-9596. — doi:10.1021/acs.jcim.5b00234. [исправить]
Chen Yu-Chian. Beware of docking! (англ.) // Trends in Pharmacological Sciences. — 2015. — February (vol. 36, no. 2). — P. 78—95. — ISSN 0165-6147. — doi:10.1016/j.tips.2014.12.001. [исправить]
Saikia Surovi, Bordoloi Manobjyoti. Molecular Docking: Challenges, Advances and its Use in Drug Discovery Perspective (англ.) // Current Drug Targets. — 2019. — 5 March (vol. 20, no. 5). — P. 501—521. — ISSN 1389-4501. — doi:10.2174/1389450119666181022153016. [исправить]
Paquet Eric, L. Viktor Herna. Macromolecular Structure Comparison and Docking: An Algorithmic Review (англ.) // Current Pharmaceutical Design. — 2013. — 1 February (vol. 19, no. 12). — P. 2183—2193. — ISSN 1381-6128. — doi:10.2174/1381612811319120006. [исправить]
Hernndez-Santoyo Alejandra, Yair Aldo, Altuzar Victor, Vivanco-Cid Hctor, Mendoza-Barrer Claudia. Protein-Protein and Protein-Ligand Docking (англ.) // Protein Engineering - Technology and Application. — 2013. — 29 May. — ISBN 9789535111382. — doi:10.5772/56376. [исправить]

mathnet.ru (Global: 8,783^rd place; Russian: 1,078^th place)

Е. В. Каткова. Исследования влияния параметров генетического алгоритма на эффективность докинга с помощь программы SOL // Вычислительные методы и программирование. — 2012. — Т. 13, № 4. — С. 536—550. Архивировано 19 февраля 2020 года.

nih.gov (Global: 4^th place; Russian: 6^th place)

ncbi.nlm.nih.gov

Lengauer T., Rarey M. Computational methods for biomolecular docking. (англ.) // Current Opinion In Structural Biology. — 1996. — June (vol. 6, no. 3). — P. 402—406. — doi:10.1016/s0959-440x(96)80061-3. — PMID 8804827. [исправить]
Jorgensen W. L. Rusting of the lock and key model for protein-ligand binding. (англ.) // Science (New York, N.Y.). — 1991. — 15 November (vol. 254, no. 5034). — P. 954—955. — doi:10.1126/science.1719636. — PMID 1719636. [исправить]
Wei B. Q., Weaver L. H., Ferrari A. M., Matthews B. W., Shoichet B. K. Testing a flexible-receptor docking algorithm in a model binding site. (англ.) // Journal Of Molecular Biology. — 2004. — 9 April (vol. 337, no. 5). — P. 1161—1182. — doi:10.1016/j.jmb.2004.02.015. — PMID 15046985. [исправить]
Meng X. Y., Zhang H. X., Mezei M., Cui M. Molecular docking: a powerful approach for structure-based drug discovery. (англ.) // Current Computer-aided Drug Design. — 2011. — June (vol. 7, no. 2). — P. 146—157. — doi:10.2174/157340911795677602. — PMID 21534921. [исправить]
Pantsar T., Poso A. Binding Affinity via Docking: Fact and Fiction. (англ.) // Molecules (Basel, Switzerland). — 2018. — 30 July (vol. 23, no. 8). — doi:10.3390/molecules23081899. — PMID 30061498. [исправить]
Kitchen D. B., Decornez H., Furr J. R., Bajorath J. Docking and scoring in virtual screening for drug discovery: methods and applications. (англ.) // Nature Reviews. Drug Discovery. — 2004. — November (vol. 3, no. 11). — P. 935—949. — doi:10.1038/nrd1549. — PMID 15520816. [исправить]
Kumar A., Voet A., Zhang K. Y. Fragment based drug design: from experimental to computational approaches. (англ.) // Current Medicinal Chemistry. — 2012. — Vol. 19, no. 30. — P. 5128—5147. — doi:10.2174/092986712803530467. — PMID 22934764. [исправить]
Torres PHM, Sodero ACR, Jofily P., Silva-Jr F. P. Key Topics in Molecular Docking for Drug Design. (англ.) // International Journal Of Molecular Sciences. — 2019. — 15 September (vol. 20, no. 18). — doi:10.3390/ijms20184574. — PMID 31540192. [исправить]
Suresh P. S., Kumar A., Kumar R., Singh V. P. An in silico correction of insilico approach to bioremediation: laccase as a case study. (англ.) // Journal Of Molecular Graphics & Modelling. — 2008. — January (vol. 26, no. 5). — P. 845—849. — doi:10.1016/j.jmgm.2007.05.005. — PMID 17606396. [исправить]
Hetényi C., van der Spoel D. Blind docking of drug-sized compounds to proteins with up to a thousand residues. (англ.) // FEBS Letters. — 2006. — 20 February (vol. 580, no. 5). — P. 1447—1450. — doi:10.1016/j.febslet.2006.01.074. — PMID 16460734. [исправить]
Thomsen R., Christensen M. H. MolDock: a new technique for high-accuracy molecular docking. (англ.) // Journal Of Medicinal Chemistry. — 2006. — 1 June (vol. 49, no. 11). — P. 3315—3321. — doi:10.1021/jm051197e. — PMID 16722650. [исправить]
Volkamer A., Kuhn D., Grombacher T., Rippmann F., Rarey M. Combining global and local measures for structure-based druggability predictions. (англ.) // Journal Of Chemical Information And Modeling. — 2012. — 27 February (vol. 52, no. 2). — P. 360—372. — doi:10.1021/ci200454v. — PMID 22148551. [исправить]
Feig M., Onufriev A., Lee M. S., Im W., Case D. A., Brooks CL 3rd. Performance comparison of generalized born and Poisson methods in the calculation of electrostatic solvation energies for protein structures. (англ.) // Journal Of Computational Chemistry. — 2004. — 30 January (vol. 25, no. 2). — P. 265—284. — doi:10.1002/jcc.10378. — PMID 14648625. [исправить]
Andrusier N., Mashiach E., Nussinov R., Wolfson H. J. Principles of flexible protein-protein docking. (англ.) // Proteins. — 2008. — 1 November (vol. 73, no. 2). — P. 271—289. — doi:10.1002/prot.22170. — PMID 18655061. [исправить]
Takekura H., Flucher B. E., Franzini-Armstrong C. Sequential docking, molecular differentiation, and positioning of T-Tubule/SR junctions in developing mouse skeletal muscle. (англ.) // Developmental Biology. — 2001. — 15 November (vol. 239, no. 2). — P. 204—214. — doi:10.1006/dbio.2001.0437. — PMID 11784029. [исправить]
Ramirez U. D., Myachina F., Stith L., Jaffe E. K. Docking to large allosteric binding sites on protein surfaces. (англ.) // Advances In Experimental Medicine And Biology. — 2010. — Vol. 680. — P. 481—488. — doi:10.1007/978-1-4419-5913-3_54. — PMID 20865533. [исправить]
Cai W., Shao X., Maigret B. Protein-ligand recognition using spherical harmonic molecular surfaces: towards a fast and efficient filter for large virtual throughput screening. (англ.) // Journal Of Molecular Graphics & Modelling. — 2002. — January (vol. 20, no. 4). — P. 313—328. — doi:10.1016/s1093-3263(01)00134-6. — PMID 11858640. [исправить]
Morris R. J., Najmanovich R. J., Kahraman A., Thornton J. M. Real spherical harmonic expansion coefficients as 3D shape descriptors for protein binding pocket and ligand comparisons. (англ.) // Bioinformatics. — 2005. — 15 May (vol. 21, no. 10). — P. 2347—2355. — doi:10.1093/bioinformatics/bti337. — PMID 15728116. [исправить]
Kahraman A., Morris R. J., Laskowski R. A., Thornton J. M. Shape variation in protein binding pockets and their ligands. (англ.) // Journal Of Molecular Biology. — 2007. — 20 April (vol. 368, no. 1). — P. 283—301. — doi:10.1016/j.jmb.2007.01.086. — PMID 17337005. [исправить]
Huang N., Shoichet B. K., Irwin J. J. Benchmarking sets for molecular docking. (англ.) // Journal Of Medicinal Chemistry. — 2006. — 16 November (vol. 49, no. 23). — P. 6789—6801. — doi:10.1021/jm0608356. — PMID 17154509. [исправить]
Wu Q., Peng Z., Zhang Y., Yang J. COACH-D: improved protein-ligand binding sites prediction with refined ligand-binding poses through molecular docking. (англ.) // Nucleic Acids Research. — 2018. — 2 July (vol. 46, no. W1). — P. 438—442. — doi:10.1093/nar/gky439. — PMID 29846643. [исправить]
Coleman R. G., Carchia M., Sterling T., Irwin J. J., Shoichet B. K. Ligand pose and orientational sampling in molecular docking. (англ.) // PloS One. — 2013. — Vol. 8, no. 10. — P. e75992—75992. — doi:10.1371/journal.pone.0075992. — PMID 24098414. [исправить]
Guedes I. A., de Magalhães C. S., Dardenne L. E. Receptor-ligand molecular docking. (англ.) // Biophysical Reviews. — 2014. — March (vol. 6, no. 1). — P. 75—87. — doi:10.1007/s12551-013-0130-2. — PMID 28509958. [исправить]
Pegg S. C., Haresco J. J., Kuntz I. D. A genetic algorithm for structure-based de novo design. (англ.) // Journal Of Computer-aided Molecular Design. — 2001. — October (vol. 15, no. 10). — P. 911—933. — doi:10.1023/a:1014389729000. — PMID 11918076. [исправить]
Oshiro C. M., Kuntz I. D., Dixon J. S. Flexible ligand docking using a genetic algorithm. (англ.) // Journal Of Computer-aided Molecular Design. — 1995. — April (vol. 9, no. 2). — P. 113—130. — doi:10.1007/BF00124402. — PMID 7608743. [исправить]
Baxter C. A., Murray C. W., Clark D. E., Westhead D. R., Eldridge M. D. Flexible docking using Tabu search and an empirical estimate of binding affinity. (англ.) // Proteins. — 1998. — 15 November (vol. 33, no. 3). — P. 367—382. — doi:10.1002/(SICI)1097-0134(19981115)33:3<367::AID-PROT6>3.0.CO;2-W. — PMID 9829696. [исправить]
Namasivayam V., Günther R. pso@autodock: a fast flexible molecular docking program based on Swarm intelligence. (англ.) // Chemical Biology & Drug Design. — 2007. — December (vol. 70, no. 6). — P. 475—484. — doi:10.1111/j.1747-0285.2007.00588.x. — PMID 17986206. [исправить]
Gray J. J., Moughon S., Wang C., Schueler-Furman O., Kuhlman B., Rohl C. A., Baker D. Protein-protein docking with simultaneous optimization of rigid-body displacement and side-chain conformations. (англ.) // Journal Of Molecular Biology. — 2003. — 1 August (vol. 331, no. 1). — P. 281—299. — doi:10.1016/s0022-2836(03)00670-3. — PMID 12875852. [исправить]
Lyskov S., Gray J. J. The RosettaDock server for local protein-protein docking. (англ.) // Nucleic Acids Research. — 2008. — 1 July (vol. 36). — P. 233—238. — doi:10.1093/nar/gkn216. — PMID 18442991. [исправить]
Murcko M. A. Computational methods to predict binding free energy in ligand-receptor complexes. (англ.) // Journal Of Medicinal Chemistry. — 1995. — 22 December (vol. 38, no. 26). — P. 4953—4967. — doi:10.1021/jm00026a001. — PMID 8544170. [исправить]
Xu X., Huang M., Zou X. Docking-based inverse virtual screening: methods, applications, and challenges. (англ.) // Biophysics Reports. — 2018. — Vol. 4, no. 1. — P. 1—16. — doi:10.1007/s41048-017-0045-8. — PMID 29577065. [исправить]
Dominguez C., Boelens R., Bonvin A. M. HADDOCK: a protein-protein docking approach based on biochemical or biophysical information. (англ.) // Journal Of The American Chemical Society. — 2003. — 19 February (vol. 125, no. 7). — P. 1731—1737. — doi:10.1021/ja026939x. — PMID 12580598. [исправить]

web.archive.org (Global: 1^st place; Russian: 1^st place)

Е. В. Каткова. Исследования влияния параметров генетического алгоритма на эффективность докинга с помощь программы SOL // Вычислительные методы и программирование. — 2012. — Т. 13, № 4. — С. 536—550. Архивировано 19 февраля 2020 года.

wikipedia.org (Global: low place; Russian: low place)

ru.wikipedia.org

Lengauer T., Rarey M. Computational methods for biomolecular docking. (англ.) // Current Opinion In Structural Biology. — 1996. — June (vol. 6, no. 3). — P. 402—406. — doi:10.1016/s0959-440x(96)80061-3. — PMID 8804827. [исправить]
Jorgensen W. L. Rusting of the lock and key model for protein-ligand binding. (англ.) // Science (New York, N.Y.). — 1991. — 15 November (vol. 254, no. 5034). — P. 954—955. — doi:10.1126/science.1719636. — PMID 1719636. [исправить]
Wei B. Q., Weaver L. H., Ferrari A. M., Matthews B. W., Shoichet B. K. Testing a flexible-receptor docking algorithm in a model binding site. (англ.) // Journal Of Molecular Biology. — 2004. — 9 April (vol. 337, no. 5). — P. 1161—1182. — doi:10.1016/j.jmb.2004.02.015. — PMID 15046985. [исправить]
Meng X. Y., Zhang H. X., Mezei M., Cui M. Molecular docking: a powerful approach for structure-based drug discovery. (англ.) // Current Computer-aided Drug Design. — 2011. — June (vol. 7, no. 2). — P. 146—157. — doi:10.2174/157340911795677602. — PMID 21534921. [исправить]
Pantsar T., Poso A. Binding Affinity via Docking: Fact and Fiction. (англ.) // Molecules (Basel, Switzerland). — 2018. — 30 July (vol. 23, no. 8). — doi:10.3390/molecules23081899. — PMID 30061498. [исправить]
Kitchen D. B., Decornez H., Furr J. R., Bajorath J. Docking and scoring in virtual screening for drug discovery: methods and applications. (англ.) // Nature Reviews. Drug Discovery. — 2004. — November (vol. 3, no. 11). — P. 935—949. — doi:10.1038/nrd1549. — PMID 15520816. [исправить]
Kumar A., Voet A., Zhang K. Y. Fragment based drug design: from experimental to computational approaches. (англ.) // Current Medicinal Chemistry. — 2012. — Vol. 19, no. 30. — P. 5128—5147. — doi:10.2174/092986712803530467. — PMID 22934764. [исправить]
Kumar A., Voet A., Zhang K.Y.J. Fragment Based Drug Design: From Experimental to Computational Approaches (англ.) // Current Medicinal Chemistry. — 2012. — 1 October (vol. 19, no. 30). — P. 5128—5147. — ISSN 0929-8673. — doi:10.2174/092986712803530467. [исправить]
Torres PHM, Sodero ACR, Jofily P., Silva-Jr F. P. Key Topics in Molecular Docking for Drug Design. (англ.) // International Journal Of Molecular Sciences. — 2019. — 15 September (vol. 20, no. 18). — doi:10.3390/ijms20184574. — PMID 31540192. [исправить]
Suresh P. S., Kumar A., Kumar R., Singh V. P. An in silico correction of insilico approach to bioremediation: laccase as a case study. (англ.) // Journal Of Molecular Graphics & Modelling. — 2008. — January (vol. 26, no. 5). — P. 845—849. — doi:10.1016/j.jmgm.2007.05.005. — PMID 17606396. [исправить]
Hetényi C., van der Spoel D. Blind docking of drug-sized compounds to proteins with up to a thousand residues. (англ.) // FEBS Letters. — 2006. — 20 February (vol. 580, no. 5). — P. 1447—1450. — doi:10.1016/j.febslet.2006.01.074. — PMID 16460734. [исправить]
Thomsen R., Christensen M. H. MolDock: a new technique for high-accuracy molecular docking. (англ.) // Journal Of Medicinal Chemistry. — 2006. — 1 June (vol. 49, no. 11). — P. 3315—3321. — doi:10.1021/jm051197e. — PMID 16722650. [исправить]
Volkamer A., Kuhn D., Grombacher T., Rippmann F., Rarey M. Combining global and local measures for structure-based druggability predictions. (англ.) // Journal Of Chemical Information And Modeling. — 2012. — 27 February (vol. 52, no. 2). — P. 360—372. — doi:10.1021/ci200454v. — PMID 22148551. [исправить]
Meng Elaine C., Shoichet Brian K., Kuntz Irwin D. Automated docking with grid-based energy evaluation (англ.) // Journal of Computational Chemistry. — 1992. — May (vol. 13, no. 4). — P. 505—524. — ISSN 0192-8651. — doi:10.1002/jcc.540130412. [исправить]
Morris Garrett M., Goodsell David S., Halliday Robert S., Huey Ruth, Hart William E., Belew Richard K., Olson Arthur J. Automated docking using a Lamarckian genetic algorithm and an empirical binding free energy function (англ.) // Journal of Computational Chemistry. — 1998. — 15 November (vol. 19, no. 14). — P. 1639—1662. — ISSN 0192-8651. — doi:10.1002/(SICI)1096-987X(19981115)19:14<1639::AID-JCC10>3.0.CO;2-B. [исправить]
Feig M., Onufriev A., Lee M. S., Im W., Case D. A., Brooks CL 3rd. Performance comparison of generalized born and Poisson methods in the calculation of electrostatic solvation energies for protein structures. (англ.) // Journal Of Computational Chemistry. — 2004. — 30 January (vol. 25, no. 2). — P. 265—284. — doi:10.1002/jcc.10378. — PMID 14648625. [исправить]
Andrusier N., Mashiach E., Nussinov R., Wolfson H. J. Principles of flexible protein-protein docking. (англ.) // Proteins. — 2008. — 1 November (vol. 73, no. 2). — P. 271—289. — doi:10.1002/prot.22170. — PMID 18655061. [исправить]
Andrusier Nelly, Mashiach Efrat, Nussinov Ruth, Wolfson Haim J. Principles of flexible protein-protein docking (англ.) // Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics. — 2008. — 24 July (vol. 73, no. 2). — P. 271—289. — ISSN 0887-3585. — doi:10.1002/prot.22170. [исправить]
Takekura H., Flucher B. E., Franzini-Armstrong C. Sequential docking, molecular differentiation, and positioning of T-Tubule/SR junctions in developing mouse skeletal muscle. (англ.) // Developmental Biology. — 2001. — 15 November (vol. 239, no. 2). — P. 204—214. — doi:10.1006/dbio.2001.0437. — PMID 11784029. [исправить]
Ramirez U. D., Myachina F., Stith L., Jaffe E. K. Docking to large allosteric binding sites on protein surfaces. (англ.) // Advances In Experimental Medicine And Biology. — 2010. — Vol. 680. — P. 481—488. — doi:10.1007/978-1-4419-5913-3_54. — PMID 20865533. [исправить]
Shoichet Brian K., Kuntz Irwin D., Bodian Dale L. Molecular docking using shape descriptors (англ.) // Journal of Computational Chemistry. — 1992. — April (vol. 13, no. 3). — P. 380—397. — ISSN 0192-8651. — doi:10.1002/jcc.540130311. [исправить]
Cai W., Shao X., Maigret B. Protein-ligand recognition using spherical harmonic molecular surfaces: towards a fast and efficient filter for large virtual throughput screening. (англ.) // Journal Of Molecular Graphics & Modelling. — 2002. — January (vol. 20, no. 4). — P. 313—328. — doi:10.1016/s1093-3263(01)00134-6. — PMID 11858640. [исправить]
Morris R. J., Najmanovich R. J., Kahraman A., Thornton J. M. Real spherical harmonic expansion coefficients as 3D shape descriptors for protein binding pocket and ligand comparisons. (англ.) // Bioinformatics. — 2005. — 15 May (vol. 21, no. 10). — P. 2347—2355. — doi:10.1093/bioinformatics/bti337. — PMID 15728116. [исправить]
Kahraman A., Morris R. J., Laskowski R. A., Thornton J. M. Shape variation in protein binding pockets and their ligands. (англ.) // Journal Of Molecular Biology. — 2007. — 20 April (vol. 368, no. 1). — P. 283—301. — doi:10.1016/j.jmb.2007.01.086. — PMID 17337005. [исправить]
Huang N., Shoichet B. K., Irwin J. J. Benchmarking sets for molecular docking. (англ.) // Journal Of Medicinal Chemistry. — 2006. — 16 November (vol. 49, no. 23). — P. 6789—6801. — doi:10.1021/jm0608356. — PMID 17154509. [исправить]
Wu Q., Peng Z., Zhang Y., Yang J. COACH-D: improved protein-ligand binding sites prediction with refined ligand-binding poses through molecular docking. (англ.) // Nucleic Acids Research. — 2018. — 2 July (vol. 46, no. W1). — P. 438—442. — doi:10.1093/nar/gky439. — PMID 29846643. [исправить]
Coleman R. G., Carchia M., Sterling T., Irwin J. J., Shoichet B. K. Ligand pose and orientational sampling in molecular docking. (англ.) // PloS One. — 2013. — Vol. 8, no. 10. — P. e75992—75992. — doi:10.1371/journal.pone.0075992. — PMID 24098414. [исправить]
Guedes I. A., de Magalhães C. S., Dardenne L. E. Receptor-ligand molecular docking. (англ.) // Biophysical Reviews. — 2014. — March (vol. 6, no. 1). — P. 75—87. — doi:10.1007/s12551-013-0130-2. — PMID 28509958. [исправить]
Pegg S. C., Haresco J. J., Kuntz I. D. A genetic algorithm for structure-based de novo design. (англ.) // Journal Of Computer-aided Molecular Design. — 2001. — October (vol. 15, no. 10). — P. 911—933. — doi:10.1023/a:1014389729000. — PMID 11918076. [исправить]
Oshiro C. M., Kuntz I. D., Dixon J. S. Flexible ligand docking using a genetic algorithm. (англ.) // Journal Of Computer-aided Molecular Design. — 1995. — April (vol. 9, no. 2). — P. 113—130. — doi:10.1007/BF00124402. — PMID 7608743. [исправить]
Baxter C. A., Murray C. W., Clark D. E., Westhead D. R., Eldridge M. D. Flexible docking using Tabu search and an empirical estimate of binding affinity. (англ.) // Proteins. — 1998. — 15 November (vol. 33, no. 3). — P. 367—382. — doi:10.1002/(SICI)1097-0134(19981115)33:3<367::AID-PROT6>3.0.CO;2-W. — PMID 9829696. [исправить]
Namasivayam V., Günther R. pso@autodock: a fast flexible molecular docking program based on Swarm intelligence. (англ.) // Chemical Biology & Drug Design. — 2007. — December (vol. 70, no. 6). — P. 475—484. — doi:10.1111/j.1747-0285.2007.00588.x. — PMID 17986206. [исправить]
Gray J. J., Moughon S., Wang C., Schueler-Furman O., Kuhlman B., Rohl C. A., Baker D. Protein-protein docking with simultaneous optimization of rigid-body displacement and side-chain conformations. (англ.) // Journal Of Molecular Biology. — 2003. — 1 August (vol. 331, no. 1). — P. 281—299. — doi:10.1016/s0022-2836(03)00670-3. — PMID 12875852. [исправить]
Lyskov S., Gray J. J. The RosettaDock server for local protein-protein docking. (англ.) // Nucleic Acids Research. — 2008. — 1 July (vol. 36). — P. 233—238. — doi:10.1093/nar/gkn216. — PMID 18442991. [исправить]
Murcko M. A. Computational methods to predict binding free energy in ligand-receptor complexes. (англ.) // Journal Of Medicinal Chemistry. — 1995. — 22 December (vol. 38, no. 26). — P. 4953—4967. — doi:10.1021/jm00026a001. — PMID 8544170. [исправить]
Xu X., Huang M., Zou X. Docking-based inverse virtual screening: methods, applications, and challenges. (англ.) // Biophysics Reports. — 2018. — Vol. 4, no. 1. — P. 1—16. — doi:10.1007/s41048-017-0045-8. — PMID 29577065. [исправить]
Dominguez C., Boelens R., Bonvin A. M. HADDOCK: a protein-protein docking approach based on biochemical or biophysical information. (англ.) // Journal Of The American Chemical Society. — 2003. — 19 February (vol. 125, no. 7). — P. 1731—1737. — doi:10.1021/ja026939x. — PMID 12580598. [исправить]
Bursulaya Badry D., Totrov Maxim, Abagyan Ruben, Brooks III Charles L. Comparative study of several algorithms for flexible ligand docking (англ.) // Journal of Computer-Aided Molecular Design. — 2003. — November (vol. 17, no. 11). — P. 755—763. — ISSN 0920-654X. — doi:10.1023/B:JCAM.0000017496.76572.6f. [исправить]
Huang Niu, Shoichet Brian K., Irwin John J. Benchmarking Sets for Molecular Docking (англ.) // Journal of Medicinal Chemistry. — 2006. — November (vol. 49, no. 23). — P. 6789—6801. — ISSN 0022-2623. — doi:10.1021/jm0608356. [исправить]
Chen Rong, Mintseris Julian, Janin Jo�l, Weng Zhiping. A protein-protein docking benchmark (англ.) // Proteins: Structure, Function, and Genetics. — 2003. — 29 May (vol. 52, no. 1). — P. 88—91. — ISSN 0887-3585. — doi:10.1002/prot.10390. [исправить]
Hartshorn Michael J., Verdonk Marcel L., Chessari Gianni, Brewerton Suzanne C., Mooij Wijnand T. M., Mortenson Paul N., Murray Christopher W. Diverse, High-Quality Test Set for the Validation of Protein−Ligand Docking Performance (англ.) // Journal of Medicinal Chemistry. — 2007. — February (vol. 50, no. 4). — P. 726—741. — ISSN 0022-2623. — doi:10.1021/jm061277y. [исправить]
Mysinger Michael M., Carchia Michael, Irwin John. J., Shoichet Brian K. Directory of Useful Decoys, Enhanced (DUD-E): Better Ligands and Decoys for Better Benchmarking (англ.) // Journal of Medicinal Chemistry. — 2012. — 5 July (vol. 55, no. 14). — P. 6582—6594. — ISSN 0022-2623. — doi:10.1021/jm300687e. [исправить]
Hauser Alexander Sebastian, Windshügel Björn. LEADS-PEP: A Benchmark Data Set for Assessment of Peptide Docking Performance (англ.) // Journal of Chemical Information and Modeling. — 2016. — 11 January (vol. 56, no. 1). — P. 188—200. — ISSN 1549-9596. — doi:10.1021/acs.jcim.5b00234. [исправить]
Chen Yu-Chian. Beware of docking! (англ.) // Trends in Pharmacological Sciences. — 2015. — February (vol. 36, no. 2). — P. 78—95. — ISSN 0165-6147. — doi:10.1016/j.tips.2014.12.001. [исправить]
Saikia Surovi, Bordoloi Manobjyoti. Molecular Docking: Challenges, Advances and its Use in Drug Discovery Perspective (англ.) // Current Drug Targets. — 2019. — 5 March (vol. 20, no. 5). — P. 501—521. — ISSN 1389-4501. — doi:10.2174/1389450119666181022153016. [исправить]
Paquet Eric, L. Viktor Herna. Macromolecular Structure Comparison and Docking: An Algorithmic Review (англ.) // Current Pharmaceutical Design. — 2013. — 1 February (vol. 19, no. 12). — P. 2183—2193. — ISSN 1381-6128. — doi:10.2174/1381612811319120006. [исправить]
Hernndez-Santoyo Alejandra, Yair Aldo, Altuzar Victor, Vivanco-Cid Hctor, Mendoza-Barrer Claudia. Protein-Protein and Protein-Ligand Docking (англ.) // Protein Engineering - Technology and Application. — 2013. — 29 May. — ISBN 9789535111382. — doi:10.5772/56376. [исправить]

worldcat.org (Global: 5^th place; Russian: 5^th place)

Kumar A., Voet A., Zhang K.Y.J. Fragment Based Drug Design: From Experimental to Computational Approaches (англ.) // Current Medicinal Chemistry. — 2012. — 1 October (vol. 19, no. 30). — P. 5128—5147. — ISSN 0929-8673. — doi:10.2174/092986712803530467. [исправить]
Meng Elaine C., Shoichet Brian K., Kuntz Irwin D. Automated docking with grid-based energy evaluation (англ.) // Journal of Computational Chemistry. — 1992. — May (vol. 13, no. 4). — P. 505—524. — ISSN 0192-8651. — doi:10.1002/jcc.540130412. [исправить]
Morris Garrett M., Goodsell David S., Halliday Robert S., Huey Ruth, Hart William E., Belew Richard K., Olson Arthur J. Automated docking using a Lamarckian genetic algorithm and an empirical binding free energy function (англ.) // Journal of Computational Chemistry. — 1998. — 15 November (vol. 19, no. 14). — P. 1639—1662. — ISSN 0192-8651. — doi:10.1002/(SICI)1096-987X(19981115)19:14<1639::AID-JCC10>3.0.CO;2-B. [исправить]
Andrusier Nelly, Mashiach Efrat, Nussinov Ruth, Wolfson Haim J. Principles of flexible protein-protein docking (англ.) // Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics. — 2008. — 24 July (vol. 73, no. 2). — P. 271—289. — ISSN 0887-3585. — doi:10.1002/prot.22170. [исправить]
Shoichet Brian K., Kuntz Irwin D., Bodian Dale L. Molecular docking using shape descriptors (англ.) // Journal of Computational Chemistry. — 1992. — April (vol. 13, no. 3). — P. 380—397. — ISSN 0192-8651. — doi:10.1002/jcc.540130311. [исправить]
Bursulaya Badry D., Totrov Maxim, Abagyan Ruben, Brooks III Charles L. Comparative study of several algorithms for flexible ligand docking (англ.) // Journal of Computer-Aided Molecular Design. — 2003. — November (vol. 17, no. 11). — P. 755—763. — ISSN 0920-654X. — doi:10.1023/B:JCAM.0000017496.76572.6f. [исправить]
Huang Niu, Shoichet Brian K., Irwin John J. Benchmarking Sets for Molecular Docking (англ.) // Journal of Medicinal Chemistry. — 2006. — November (vol. 49, no. 23). — P. 6789—6801. — ISSN 0022-2623. — doi:10.1021/jm0608356. [исправить]
Chen Rong, Mintseris Julian, Janin Jo�l, Weng Zhiping. A protein-protein docking benchmark (англ.) // Proteins: Structure, Function, and Genetics. — 2003. — 29 May (vol. 52, no. 1). — P. 88—91. — ISSN 0887-3585. — doi:10.1002/prot.10390. [исправить]
Hartshorn Michael J., Verdonk Marcel L., Chessari Gianni, Brewerton Suzanne C., Mooij Wijnand T. M., Mortenson Paul N., Murray Christopher W. Diverse, High-Quality Test Set for the Validation of Protein−Ligand Docking Performance (англ.) // Journal of Medicinal Chemistry. — 2007. — February (vol. 50, no. 4). — P. 726—741. — ISSN 0022-2623. — doi:10.1021/jm061277y. [исправить]
Mysinger Michael M., Carchia Michael, Irwin John. J., Shoichet Brian K. Directory of Useful Decoys, Enhanced (DUD-E): Better Ligands and Decoys for Better Benchmarking (англ.) // Journal of Medicinal Chemistry. — 2012. — 5 July (vol. 55, no. 14). — P. 6582—6594. — ISSN 0022-2623. — doi:10.1021/jm300687e. [исправить]
Hauser Alexander Sebastian, Windshügel Björn. LEADS-PEP: A Benchmark Data Set for Assessment of Peptide Docking Performance (англ.) // Journal of Chemical Information and Modeling. — 2016. — 11 January (vol. 56, no. 1). — P. 188—200. — ISSN 1549-9596. — doi:10.1021/acs.jcim.5b00234. [исправить]
Chen Yu-Chian. Beware of docking! (англ.) // Trends in Pharmacological Sciences. — 2015. — February (vol. 36, no. 2). — P. 78—95. — ISSN 0165-6147. — doi:10.1016/j.tips.2014.12.001. [исправить]
Saikia Surovi, Bordoloi Manobjyoti. Molecular Docking: Challenges, Advances and its Use in Drug Discovery Perspective (англ.) // Current Drug Targets. — 2019. — 5 March (vol. 20, no. 5). — P. 501—521. — ISSN 1389-4501. — doi:10.2174/1389450119666181022153016. [исправить]
Paquet Eric, L. Viktor Herna. Macromolecular Structure Comparison and Docking: An Algorithmic Review (англ.) // Current Pharmaceutical Design. — 2013. — 1 February (vol. 19, no. 12). — P. 2183—2193. — ISSN 1381-6128. — doi:10.2174/1381612811319120006. [исправить]

Молекулярный докинг (Russian Wikipedia)

doi.org (Global: 2nd place; Russian: 3rd place)

dx.doi.org

mathnet.ru (Global: 8,783rd place; Russian: 1,078th place)

nih.gov (Global: 4th place; Russian: 6th place)