References analysis of the Wikipedia article "Мотив (молекулярная биология)" in the Russian version

doi.org

dx.doi.org

ebi.ac.uk

"Structural Motifs". EMBL-EBI Train online (англ.). 2011-11-25. Архивировано 12 апреля 2017. Дата обращения: 12 апреля 2017.

InterPro EMBL-EBI. Zinc finger C2H2-type (IPR013087) < InterPro < EMBL-EBI (англ.). www.ebi.ac.uk. Дата обращения: 15 апреля 2017. Архивировано 15 апреля 2017 года.

ieee.org

ieeexplore.ieee.org

Carvalho A. M., Freitas A. T., Oliveira A. L., Sagot M. F. An efficient algorithm for the identification of structured motifs in DNA promoter sequences (англ.) // IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. — 2006. — 1 April (vol. 3, iss. 2). — P. 126–140. — ISSN 1545-5963. — doi:10.1109/TCBB.2006.16. Архивировано 8 сентября 2017 года.

nih.gov

ncbi.nlm.nih.gov

Alberts Bruce, Johnson Alexander, Lewis Julian, Raff Martin, Roberts Keith. Molecular Biology of the Cell. — 4th. — Garland Science, 2002-01-01. — ISBN 0815332181. — ISBN 0815340729. Архивировано 27 сентября 2017 года.

Pestova T. V., Kolupaeva V. G., Lomakin I. B., Pilipenko E. V., Shatsky I. N. Molecular mechanisms of translation initiation in eukaryotes (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. — 2001. — 19 June (vol. 98, iss. 13). — P. 7029–7036. — ISSN 0027-8424. — doi:10.1073/pnas.111145798. Архивировано 23 апреля 2017 года.

Gilbert W, Maxam A. The nucleotide sequence of the lac operator (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences. — 1973. — December (vol. 70, iss. 12). — P. 3581—3584. — PMID 4587255. Архивировано 24 апреля 2017 года.

Maniatis T, Ptashne M, Backman K, Kield D, Flashman S, Jeffrey A, Maurer R. Recognition sequences of repressor and polymerase in the operators of bacteriophage lambda (англ.) // Cell. — 1975. — June (vol. 5, iss. 2). — P. 109—113. — PMID 1095210. Архивировано 24 апреля 2017 года.

Sanger F, Nicklen S, Coulson AR. DNA sequencing with chain-terminating inhibitors (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences. — 1977. — December (vol. 74, iss. 12). — P. 5463—5467. Архивировано 2 апреля 2017 года.

Stormo GD. DNA binding sites: representation and discovery. (англ.) // Bioinformatics. — 2000. — January (vol. 16, iss. 1). — P. 16—23. Архивировано 19 апреля 2017 года.

Stormo GD, Schneider TD, Gold LM. Characterization of translational initiation sites in E. coli (англ.) // Nucleic Acids Research. — 1982. — 11 May (vol. 10, iss. 9). — P. 2971—2996. Архивировано 24 апреля 2017 года.

Galas DJ, Eggert M, Waterman MS. Rigorous pattern-recognition methods for DNA sequences. Analysis of promoter sequences from Escherichia coli. (англ.) // Journal of Molecular Biology. — 1985. — 5 November (vol. 186, no. 1). — P. 117–128. Архивировано 24 апреля 2017 года.

Stormo GD. DNA binding sites: representation and discovery. (англ.) // Bioinformatics. — 2000. — January (vol. 16, no. 1). — P. 16–23. Архивировано 19 апреля 2017 года.

T. L. Bailey, C. Elkan. The value of prior knowledge in discovering motifs with MEME (англ.) // Proceedings. International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology. — 1995. — 1 January (vol. 3). — P. 21–29. — ISSN 1553-0833. Архивировано 24 апреля 2017 года.

Lawrence CE1, Altschul SF, Boguski MS, Liu JS, Neuwald AF, Wootton JC. Detecting subtle sequence signals: a Gibbs sampling strategy for multiple alignment. (англ.) // Science. — 1993. — 8 October (vol. 262, no. 5131). — P. 208–214. Архивировано 24 апреля 2017 года.

Jendresen Christian Bille, Martinussen Jan, Kilstrup Mogens. The PurR regulon in Lactococcus lactis - transcriptional regulation of the purine nucleotide metabolism and translational machinery (англ.) // Microbiology (Reading, England). — 2012. — 1 August (vol. 158, iss. 8). — P. 2026–2038. — ISSN 1465-2080. — doi:10.1099/mic.0.059576-0. Архивировано 19 апреля 2017 года.

Sinha Sangita C., Krahn Joseph, Shin Byung Sik, Tomchick Diana R., Zalkin Howard. The purine repressor of Bacillus subtilis: a novel combination of domains adapted for transcription regulation (англ.) // Journal of Bacteriology. — 2003. — 1 July (vol. 185, iss. 14). — P. 4087–4098. — ISSN 0021-9193. — doi:10.1128/JB.185.14.4087-4098.2003. Архивировано 19 апреля 2017 года.

Shine J., Dalgarno L. Terminal-sequence analysis of bacterial ribosomal RNA. Correlation between the 3'-terminal-polypyrimidine sequence of 16-S RNA and translational specificity of the ribosome (англ.) // European Journal of Biochemistry. — 1975. — 1 September (vol. 57, iss. 1). — P. 221–230. — ISSN 0014-2956. Архивировано 19 апреля 2017 года.

Stormo G. D., Schneider T. D., Gold L. Quantitative analysis of the relationship between nucleotide sequence and functional activity (англ.) // Nucleic Acids Research. — 1986. — 26 August (vol. 14, iss. 16). — P. 6661–6679. — ISSN 0305-1048. Архивировано 19 апреля 2017 года.

Stormo G. D. DNA binding sites: representation and discovery (англ.) // Bioinformatics (Oxford, England). — 2000. — 1 January (vol. 16, iss. 1). — P. 16–23. — ISSN 1367-4803. Архивировано 19 апреля 2017 года.

Shultzaberger Ryan K., Zehua Chen, Lewis Karen A., Schneider Thomas D. Anatomy of Escherichia coli σ 70 promoters (англ.) // Nucleic Acids Research. — 2007. — 1 February (vol. 35, iss. 3). — P. 771–788. — ISSN 1362-4962. — doi:10.1093/nar/gkl956. Архивировано 19 апреля 2017 года.

J. Shine, L. Dalgarno. Terminal-sequence analysis of bacterial ribosomal RNA. Correlation between the 3'-terminal-polypyrimidine sequence of 16-S RNA and translational specificity of the ribosome (англ.) // European Journal of Biochemistry. — 1975. — 1 September (vol. 57, iss. 1). — P. 221—230. — ISSN 0014-2956. Архивировано 19 апреля 2017 года.

Samuel E. Bocobza, Asaph Aharoni. Small molecules that interact with RNA: riboswitch-based gene control and its involvement in metabolic regulation in plants and algae (англ.) // The Plant Journal: For Cell and Molecular Biology. — 2014. — 1 August (vol. 79, iss. 4). — P. 693–703. — ISSN 1365-313X. — doi:10.1111/tpj.12540. Архивировано 19 апреля 2017 года.

Hironori Otaka, Hirokazu Ishikawa, Teppei Morita, Hiroji Aiba. PolyU tail of rho-independent terminator of bacterial small RNAs is essential for Hfq action (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. — 2011. — 9 August (vol. 108, iss. 32). — P. 13059–13064. — ISSN 0027-8424. — doi:10.1073/pnas.1107050108. Архивировано 3 июля 2022 года.

Hiroshi Yamamoto, Marianne Collier, Justus Loerke, Jochen Ismer, Andrea Schmidt. Molecular architecture of the ribosome‐bound Hepatitis C Virus internal ribosomal entry site RNA (англ.) // The EMBO Journal. — 2015. — 14 December (vol. 34, iss. 24). — P. 3042–3058. — ISSN 0261-4189. — doi:10.15252/embj.201592469.

Gonter Blobel, Bernhand Dobberstein. Transfer of proteins across membranes. I. Presence of proteolytically processed and unprocessed nascent immunoglobulin light chains on membrane-bound ribosomes of murine myeloma (англ.) // The Journal of Cell Biology. — 1975. — 1 December (vol. 67, iss. 3). — P. 835–851. — ISSN 0021-9525. Архивировано 2 апреля 2022 года.

Qiu Wang-Ren, Sun Bi-Qian, Xiao Xuan, Xu Zhao-Chun, Chou Kuo-Chen. iPTM-mLys: identifying multiple lysine PTM sites and their different types (англ.) // Bioinformatics (Oxford, England). — 2016. — 15 October (vol. 32, iss. 20). — P. 3116–3123. — ISSN 1367-4811. — doi:10.1093/bioinformatics/btw380. Архивировано 19 апреля 2017 года.

Landschulz W. H., Johnson P. F., McKnight S. L. The leucine zipper: a hypothetical structure common to a new class of DNA binding proteins (англ.) // Science (New York, N.Y.). — 1988. — 24 June (vol. 240, iss. 4860). — P. 1759–1764. — ISSN 0036-8075. Архивировано 19 апреля 2017 года.

Klug A., Rhodes D. Zinc fingers: a novel protein fold for nucleic acid recognition (англ.) // Cold Spring Harbor Symposia on Quantitative Biology. — 1987. — 1 January (vol. 52). — P. 473–482. — ISSN 0091-7451. Архивировано 19 апреля 2017 года.

Bürglin Thomas R., Affolter Markus. Homeodomain proteins: an update (англ.) // Chromosoma. — 2016. — 1 January (vol. 125). — P. 497–521. — ISSN 0009-5915. — doi:10.1007/s00412-015-0543-8. Архивировано 8 марта 2021 года.

Rao S. T., Rossmann M. G. Comparison of super-secondary structures in proteins (англ.) // Journal of Molecular Biology. — 1973. — 15 May (vol. 76, iss. 2). — P. 241–256. — ISSN 0022-2836. Архивировано 23 апреля 2017 года.

Nelson Melanie R., Thulin Eva, Fagan Patricia A., Forsén Sture, Chazin Walter J. The EF-hand domain: A globally cooperative structural unit (англ.) // Protein Science : A Publication of the Protein Society. — 2017. — 14 April (vol. 11, iss. 2). — P. 198–205. — ISSN 0961-8368. — doi:10.1110/ps.33302.

Torrance Gilleain M., David P. Leader, Gilbert David R., Milner-White E. James. A novel main chain motif in proteins bridged by cationic groups: the niche (англ.) // Journal of Molecular Biology. — 2009. — 30 January (vol. 385, iss. 4). — P. 1076–1086. — ISSN 1089-8638. — doi:10.1016/j.jmb.2008.11.007. Архивировано 23 апреля 2017 года.

Milner-White E. J., Poet R. Four classes of beta-hairpins in proteins. (англ.) // Biochemical Journal. — 1986. — 15 November (vol. 240, iss. 1). — P. 289–292. — ISSN 0264-6021.

Holm L., Sander C. Dictionary of recurrent domains in protein structures (англ.) // Proteins. — 1998. — 1 October (vol. 33, iss. 1). — P. 88–96. — ISSN 0887-3585. Архивировано 23 апреля 2017 года.

Schneider T. D., Stephens R. M. Sequence logos: a new way to display consensus sequences (англ.) // Nucleic Acids Research. — 1990. — 25 October (vol. 18, iss. 20). — P. 6097–6100. — ISSN 0305-1048. Архивировано 20 апреля 2017 года.

de Castro Edouard, Sigrist Christian J. A., Gattiker Alexandre, Bulliard Virgini, Langendijk-Genevaux Petra S. ScanProsite: detection of PROSITE signature matches and ProRule-associated functional and structural residues in proteins (англ.) // Nucleic Acids Research. — 2006. — 1 July (vol. 34, iss. Web Server issue). — P. W362–365. — ISSN 1362-4962. — doi:10.1093/nar/gkl124. Архивировано 6 октября 2016 года.

Matsuda H., Taniguchi F., Hashimoto A. An approach to detection of protein structural motifs using an encoding scheme of backbone conformations (англ.) // Pacific Symposium on Biocomputing. Pacific Symposium on Biocomputing. — 1997. — 1 January. — P. 280–291. — ISSN 2335-6936. Архивировано 23 апреля 2017 года.

Tseng Huei-Hun, Weinberg Zasha, Gore Jeremy, Breaker Ronald r., Ruzzo Walter l. Finding non-coding rnas through genome-scale clustering (англ.) // Journal of bioinformatics and computational biology. — 2017. — 12 April (vol. 7, iss. 2). — P. 373–388. — ISSN 0219-7200.

Novichkov Pavel S., Rodionov Dmitry A., Stavrovskaya Elena D., Novichkova Elena S., Kazakov Alexey E. RegPredict: an integrated system for regulon inference in prokaryotes by comparative genomics approach (англ.) // Nucleic Acids Research. — 2010. — 1 July (vol. 38, iss. Web Server issue). — P. W299–307. — ISSN 1362-4962. — doi:10.1093/nar/gkq531. Архивировано 24 апреля 2017 года.

Stachelhaus T., Mootz H. D., Marahiel M. A. The specificity-conferring code of adenylation domains in nonribosomal peptide synthetases (англ.) // Chemistry & Biology. — 1999. — 1 August (vol. 6, iss. 8). — P. 493–505. — ISSN 1074-5521. — doi:10.1016/S1074-5521(99)80082-9. Архивировано 19 апреля 2017 года.

Keich U., Pevzner P. A. Finding motifs in the twilight zone (англ.) // Bioinformatics (Oxford, England). — 2002. — 1 October (vol. 18, iss. 10). — P. 1374–1381. — ISSN 1367-4803. Архивировано 19 апреля 2017 года.

Thompson William A., Newberg Lee A., Conlan Sean, McCue Lee Ann, Lawrence Charles E. The Gibbs Centroid Sampler (англ.) // Nucleic Acids Research. — 2007. — 1 July (vol. 35, iss. Web Server issue). — P. W232–237. — ISSN 1362-4962. — doi:10.1093/nar/gkm265.

Johnson David S., Mortazavi Ali, Myers Richard M., Wold Barbara. Genome-wide mapping of in vivo protein-DNA interactions (англ.) // Science (New York, N.Y.). — 2007. — 8 June (vol. 316, iss. 5830). — P. 1497–1502. — ISSN 1095-9203. — doi:10.1126/science.1141319. Архивировано 24 апреля 2017 года.

Rhee Ho Sung, Pugh B. Franklin. Comprehensive genome-wide protein-DNA interactions detected at single-nucleotide resolution (англ.) // Cell. — 2011. — 9 December (vol. 147, iss. 6). — P. 1408–1419. — ISSN 1097-4172. — doi:10.1016/j.cell.2011.11.013. Архивировано 24 апреля 2017 года.

Tuerk C., Gold L. Systematic evolution of ligands by exponential enrichment: RNA ligands to bacteriophage T4 DNA polymerase (англ.) // Science (New York, N.Y.). — 1990. — 3 August (vol. 249, iss. 4968). — P. 505–510. — ISSN 0036-8075. Архивировано 24 апреля 2017 года.

Greil Frauke, Moorman Celine, van Steensel Bas. DamID: mapping of in vivo protein-genome interactions using tethered DNA adenine methyltransferase (англ.) // Methods in Enzymology. — 2006. — 1 January (vol. 410). — P. 342–359. — ISSN 0076-6879. — doi:10.1016/S0076-6879(06)10016-6. Архивировано 24 апреля 2017 года.

web.archive.org

D'haeseleer Patrik. What are DNA sequence motifs? (англ.) // Nature Biotechnology. — 2006. — 1 April (vol. 24, iss. 4). — P. 423–425. — ISSN 1087-0156. — doi:10.1038/nbt0406-423. Архивировано 12 апреля 2017 года.

Purine repressor - Proteopedia, life in 3D (англ.). proteopedia.org. Дата обращения: 11 апреля 2017. Архивировано 12 апреля 2017 года.

Evfratov Sergey A., Osterman Ilya A., Komarova Ekaterina S., Pogorelskaya Alexandra M., Rubtsova Maria P. Application of sorting and next generation sequencing to study 5΄-UTR influence on translation efficiency in Escherichia coli (англ.) // Nucleic Acids Research. — 2017. — 7 April (vol. 45, iss. 6). — P. 3487–3502. — ISSN 0305-1048. — doi:10.1093/nar/gkw1141. Архивировано 12 апреля 2017 года.

Рибопереключатель, РНК-переключатель (riboswitch). humbio.ru. Дата обращения: 11 апреля 2017. Архивировано 12 апреля 2017 года.

"Structural Motifs". EMBL-EBI Train online (англ.). 2011-11-25. Архивировано 12 апреля 2017. Дата обращения: 12 апреля 2017.

Marahiel Mohamed A. Multidomain enzymes involved in peptide synthesis (англ.) // FEBS Letters. — 1992. — 27 July (vol. 307, iss. 1). — P. 40–43. — ISSN 1873-3468. — doi:10.1016/0014-5793(92)80898-Q. Архивировано 12 апреля 2017 года.

Dinh Hieu, Rajasekaran Sanguthevar, Davila Jaime. qPMS7: A Fast Algorithm for Finding (ℓ, d)-Motifs in DNA and Protein Sequences (англ.) // PLOS ONE. — 2012. — 24 July (vol. 7, iss. 7). — ISSN 1932-6203. — doi:10.1371/journal.pone.0041425. Архивировано 15 июня 2022 года.

wiley.com

onlinelibrary.wiley.com

worldcat.org

Milner-White E. J., Poet R. Four classes of beta-hairpins in proteins. (англ.) // Biochemical Journal. — 1986. — 15 November (vol. 240, iss. 1). — P. 289–292. — ISSN 0264-6021.

Schuster-Böckler Benjamin, Jörg Schultz, Rahmann Sven. HMM Logos for visualization of protein families (англ.) // BMC Bioinformatics. — 2004. — 1 January (vol. 5). — P. 7. — ISSN 1471-2105. — doi:10.1186/1471-2105-5-7.

Мотив (молекулярная биология) (Russian Wikipedia)

doi.org

dx.doi.org

ebi.ac.uk

humbio.ru

ieee.org

ieeexplore.ieee.org

nature.com

nih.gov

ncbi.nlm.nih.gov

oup.com

academic.oup.com

plos.org

journals.plos.org

proteopedia.org

sciencedirect.com

web.archive.org

wiley.com

onlinelibrary.wiley.com

worldcat.org