Список программ для работы с филогенетическими деревьями (Russian Wikipedia)

Analysis of information sources in references of the Wikipedia article "Список программ для работы с филогенетическими деревьями" in Russian language version.

refsWebsite

Global rank Russian rank

17doi.org

2^nd place

3^rd place

9nih.gov

4^th place

6^th place

8wikipedia.org

low place

6web.archive.org

1^st place

4worldcat.org

5^th place

1archive.org

6^th place

9^th place

1biomedcentral.com

2,747^th place

1,343^rd place

1github.com

383^rd place

298^th place

1etetoolkit.org

low place

1genomebiology.com

low place

1springerlink.com

2,569^th place

1,084^th place

1bioinfweb.info

low place

1lab-times.org

low place

1unipro.ru

low place

archive.org

Zmasek, CM and Eddy, S. R. TV: display and manipulation of annotated phylogenetic trees (англ.) // Bioinformatics : journal. — 2001. — Vol. 17, no. 4. — P. 383—384. — doi:10.1093/bioinformatics/17.4.383. — PMID 11301314.

bioinfweb.info

treegraph.bioinfweb.info

TreeGraph License (неопр.). Дата обращения: 29 января 2015. Архивировано 5 марта 2015 года.

biomedcentral.com

Huerta-Cepas, Jaime; Dopazo, Joaquin; Gabaldon, Toni. ETE: a python Environment for Tree Exploration (англ.) // BMC Bioinformatics^[англ.] : journal. — 2010. — Vol. 11. — P. 24. — doi:10.1186/1471-2105-11-24. — PMID 20070885. — PMC 2820433. Архивировано 7 января 2015 года.

doi.org

dx.doi.org

Zmasek, CM and Eddy, S. R. TV: display and manipulation of annotated phylogenetic trees (англ.) // Bioinformatics : journal. — 2001. — Vol. 17, no. 4. — P. 383—384. — doi:10.1093/bioinformatics/17.4.383. — PMID 11301314.
Huangkai Zhang, Shenghan Gao, Martin J. Lercher, Songnian Hu, and Wei-Hua Chen. EvolView, an online tool for visualizing, annotating and managing phylogenetic trees (англ.) // Nucleic Acids Research : journal. — 2012. — July (vol. 40, no. W1). — P. W569—W572. — doi:10.1093/nar/gks576. — PMID 22695796.
Huerta-Cepas, Jaime; Dopazo, Joaquin; Gabaldon, Toni. ETE: a python Environment for Tree Exploration (англ.) // BMC Bioinformatics^[англ.] : journal. — 2010. — Vol. 11. — P. 24. — doi:10.1186/1471-2105-11-24. — PMID 20070885. — PMC 2820433. Архивировано 7 января 2015 года.
Letunic, I and Bork, P. Interactive Tree Of Life (iTOL): an online tool for phylogenetic tree display and annotation (англ.) // Bioinformatics : journal. — 2007. — Vol. 23, no. 1. — P. 127—128. — doi:10.1093/bioinformatics/btl529. — PMID 17050570.
Pethica, R. and Barker, G. and Kovacs, T. and Gough, J. TreeVector: scalable, interactive, phylogenetic trees for the web (англ.) // PLOS One : journal. — 2010. — Vol. 5. — P. e8934. — doi:10.1371/journal.pone.0008934.
Smits, SA and Ouverney, C. C. jsPhyloSVG: A Javascript Library for Visualizing Interactive and Vector-Based Phylogenetic Trees on the Web (англ.) // PLOS One : journal / Poon, Art F. Y.. — 2010. — Vol. 5, no. 8. — P. e12267. — doi:10.1371/journal.pone.0012267. — PMID 20805892. — PMC 2923619.
Rosindell, J and Harmon, L. J. OneZoom: A Fractal Explorer for the Tree of Life (англ.) // PLoS Biology : journal. — 2012. — Vol. 10. — doi:10.1371/journal.pbio.1001406.
Ranwez, V , W. H. et al. PhyloExplorer: a web server to validate, explore and query phylogenetic trees (англ.) // BioMed Central^[англ.] : journal. — 2009. — Vol. 9. — P. 108. — doi:10.1186/1471-2148-9-108.
Jordan, EG and Piel, W. H. PhyloWidget: web-based visualizations for the tree of life (англ.) // Bioinformatics : journal. — 2008. — Vol. 24, no. 14. — P. 1641—1642. — doi:10.1093/bioinformatics/btn235. — PMID 18487241.
Boc A., Diallo Alpha B., Makarenkov V. T-REX: a web server for inferring, validating and visualizing phylogenetic trees and networks (англ.) // Nucleic Acids Research : journal. — 2012. — Vol. 40 (W1), no. Web Server issue. — P. W573—W579.. — doi:10.1093/nar/gks485. — PMID 22675075. — PMC 3394261.
Vos Rutger A, Caravas Jason, Hartmann Klaas, Jensen Mark A, Miller Chase. BIO::Phylo-phyloinformatic analysis using perl (англ.) // BMC Bioinformatics. — 2011. — Vol. 12, no. 1. — P. 63. — ISSN 1471-2105. — doi:10.1186/1471-2105-12-63. [исправить]
Huson Daniel H, Richter Daniel C, Rausch Christian, Dezulian Tobias, Franz Markus, Rupp Regula. Dendroscope: An interactive viewer for large phylogenetic trees (англ.) // BMC Bioinformatics. — 2007. — Vol. 8, no. 1. — P. 460. — ISSN 1471-2105. — doi:10.1186/1471-2105-8-460. [исправить]
Joachimiak, Marcin P.; Cohen, Fred E. JEvTrace: refinement and variations of the evolutionary trace in Java (англ.) // BioMed Central^[англ.] : journal. — 2002. — Vol. 3, no. 12. — doi:10.1186/gb-2002-3-12-research0077.
Fernández, Alberto; Gómez, Sergio. Solving Non-uniqueness in Agglomerative Hierarchical Clustering Using Multidendrograms (англ.) // Journal of Classification : journal. — 2008. — Vol. 25, no. 1. — P. 43—65. — doi:10.1007/s00357-008-9004-x. (недоступная ссылка)
Chevenet François, Brun Christine, Bañuls Anne-Laure, Jacq Bernard, Christen Richard. [1] (англ.) // BMC Bioinformatics. — 2006. — Vol. 7, no. 1. — P. 439. — ISSN 1471-2105. — doi:10.1186/1471-2105-7-439. [исправить]
Stöver Ben C, Müller Kai F. TreeGraph 2: Combining and visualizing evidence from different phylogenetic analyses (англ.) // BMC Bioinformatics. — 2010. — Vol. 11, no. 1. — P. 7. — ISSN 1471-2105. — doi:10.1186/1471-2105-11-7. [исправить]
Page, RDM. Tree View: An application to display phylogenetic trees on personal computers (англ.) // Computer Applications in the Biosciences^[англ.] : journal. — 1996. — Vol. 12, no. 4. — P. 357—358. — doi:10.1093/bioinformatics/12.4.357. — PMID 8902363.

etetoolkit.org

ETE is free software (GPL) (неопр.). Дата обращения: 14 декабря 2016. Архивировано 25 ноября 2016 года.

genomebiology.com

Joachimiak, Marcin P.; Cohen, Fred E. JEvTrace: refinement and variations of the evolutionary trace in Java (англ.) // BioMed Central^[англ.] : journal. — 2002. — Vol. 3, no. 12. — doi:10.1186/gb-2002-3-12-research0077.

github.com

Phyloviewer license

lab-times.org

Архивированная копия (неопр.). Дата обращения: 29 января 2015. Архивировано из оригинала 14 февраля 2015 года.

nih.gov

ncbi.nlm.nih.gov

Zmasek, CM and Eddy, S. R. TV: display and manipulation of annotated phylogenetic trees (англ.) // Bioinformatics : journal. — 2001. — Vol. 17, no. 4. — P. 383—384. — doi:10.1093/bioinformatics/17.4.383. — PMID 11301314.
Huangkai Zhang, Shenghan Gao, Martin J. Lercher, Songnian Hu, and Wei-Hua Chen. EvolView, an online tool for visualizing, annotating and managing phylogenetic trees (англ.) // Nucleic Acids Research : journal. — 2012. — July (vol. 40, no. W1). — P. W569—W572. — doi:10.1093/nar/gks576. — PMID 22695796.
Huerta-Cepas, Jaime; Dopazo, Joaquin; Gabaldon, Toni. ETE: a python Environment for Tree Exploration (англ.) // BMC Bioinformatics^[англ.] : journal. — 2010. — Vol. 11. — P. 24. — doi:10.1186/1471-2105-11-24. — PMID 20070885. — PMC 2820433. Архивировано 7 января 2015 года.
Letunic, I and Bork, P. Interactive Tree Of Life (iTOL): an online tool for phylogenetic tree display and annotation (англ.) // Bioinformatics : journal. — 2007. — Vol. 23, no. 1. — P. 127—128. — doi:10.1093/bioinformatics/btl529. — PMID 17050570.
Smits, SA and Ouverney, C. C. jsPhyloSVG: A Javascript Library for Visualizing Interactive and Vector-Based Phylogenetic Trees on the Web (англ.) // PLOS One : journal / Poon, Art F. Y.. — 2010. — Vol. 5, no. 8. — P. e12267. — doi:10.1371/journal.pone.0012267. — PMID 20805892. — PMC 2923619.
Jordan, EG and Piel, W. H. PhyloWidget: web-based visualizations for the tree of life (англ.) // Bioinformatics : journal. — 2008. — Vol. 24, no. 14. — P. 1641—1642. — doi:10.1093/bioinformatics/btn235. — PMID 18487241.
Boc A., Diallo Alpha B., Makarenkov V. T-REX: a web server for inferring, validating and visualizing phylogenetic trees and networks (англ.) // Nucleic Acids Research : journal. — 2012. — Vol. 40 (W1), no. Web Server issue. — P. W573—W579.. — doi:10.1093/nar/gks485. — PMID 22675075. — PMC 3394261.
Evolutionary Trace (неопр.). Дата обращения: 3 октября 2017. Архивировано 1 августа 2018 года.
Page, RDM. Tree View: An application to display phylogenetic trees on personal computers (англ.) // Computer Applications in the Biosciences^[англ.] : journal. — 1996. — Vol. 12, no. 4. — P. 357—358. — doi:10.1093/bioinformatics/12.4.357. — PMID 8902363.

springerlink.com

Fernández, Alberto; Gómez, Sergio. Solving Non-uniqueness in Agglomerative Hierarchical Clustering Using Multidendrograms (англ.) // Journal of Classification : journal. — 2008. — Vol. 25, no. 1. — P. 43—65. — doi:10.1007/s00357-008-9004-x. (недоступная ссылка)

unipro.ru

ugene.unipro.ru

Download UGENE (неопр.). Дата обращения: 29 января 2015. Архивировано 10 февраля 2015 года.

web.archive.org

Huerta-Cepas, Jaime; Dopazo, Joaquin; Gabaldon, Toni. ETE: a python Environment for Tree Exploration (англ.) // BMC Bioinformatics^[англ.] : journal. — 2010. — Vol. 11. — P. 24. — doi:10.1186/1471-2105-11-24. — PMID 20070885. — PMC 2820433. Архивировано 7 января 2015 года.
ETE is free software (GPL) (неопр.). Дата обращения: 14 декабря 2016. Архивировано 25 ноября 2016 года.
Evolutionary Trace (неопр.). Дата обращения: 3 октября 2017. Архивировано 1 августа 2018 года.
TreeGraph License (неопр.). Дата обращения: 29 января 2015. Архивировано 5 марта 2015 года.
Архивированная копия (неопр.). Дата обращения: 29 января 2015. Архивировано из оригинала 14 февраля 2015 года.
Download UGENE (неопр.). Дата обращения: 29 января 2015. Архивировано 10 февраля 2015 года.

wikipedia.org

en.wikipedia.org

Huerta-Cepas, Jaime; Dopazo, Joaquin; Gabaldon, Toni. ETE: a python Environment for Tree Exploration (англ.) // BMC Bioinformatics^[англ.] : journal. — 2010. — Vol. 11. — P. 24. — doi:10.1186/1471-2105-11-24. — PMID 20070885. — PMC 2820433. Архивировано 7 января 2015 года.
Ranwez, V , W. H. et al. PhyloExplorer: a web server to validate, explore and query phylogenetic trees (англ.) // BioMed Central^[англ.] : journal. — 2009. — Vol. 9. — P. 108. — doi:10.1186/1471-2148-9-108.
Joachimiak, Marcin P.; Cohen, Fred E. JEvTrace: refinement and variations of the evolutionary trace in Java (англ.) // BioMed Central^[англ.] : journal. — 2002. — Vol. 3, no. 12. — doi:10.1186/gb-2002-3-12-research0077.
Page, RDM. Tree View: An application to display phylogenetic trees on personal computers (англ.) // Computer Applications in the Biosciences^[англ.] : journal. — 1996. — Vol. 12, no. 4. — P. 357—358. — doi:10.1093/bioinformatics/12.4.357. — PMID 8902363.

ru.wikipedia.org

Vos Rutger A, Caravas Jason, Hartmann Klaas, Jensen Mark A, Miller Chase. BIO::Phylo-phyloinformatic analysis using perl (англ.) // BMC Bioinformatics. — 2011. — Vol. 12, no. 1. — P. 63. — ISSN 1471-2105. — doi:10.1186/1471-2105-12-63. [исправить]
Huson Daniel H, Richter Daniel C, Rausch Christian, Dezulian Tobias, Franz Markus, Rupp Regula. Dendroscope: An interactive viewer for large phylogenetic trees (англ.) // BMC Bioinformatics. — 2007. — Vol. 8, no. 1. — P. 460. — ISSN 1471-2105. — doi:10.1186/1471-2105-8-460. [исправить]
Chevenet François, Brun Christine, Bañuls Anne-Laure, Jacq Bernard, Christen Richard. [1] (англ.) // BMC Bioinformatics. — 2006. — Vol. 7, no. 1. — P. 439. — ISSN 1471-2105. — doi:10.1186/1471-2105-7-439. [исправить]
Stöver Ben C, Müller Kai F. TreeGraph 2: Combining and visualizing evidence from different phylogenetic analyses (англ.) // BMC Bioinformatics. — 2010. — Vol. 11, no. 1. — P. 7. — ISSN 1471-2105. — doi:10.1186/1471-2105-11-7. [исправить]

worldcat.org

Vos Rutger A, Caravas Jason, Hartmann Klaas, Jensen Mark A, Miller Chase. BIO::Phylo-phyloinformatic analysis using perl (англ.) // BMC Bioinformatics. — 2011. — Vol. 12, no. 1. — P. 63. — ISSN 1471-2105. — doi:10.1186/1471-2105-12-63. [исправить]
Huson Daniel H, Richter Daniel C, Rausch Christian, Dezulian Tobias, Franz Markus, Rupp Regula. Dendroscope: An interactive viewer for large phylogenetic trees (англ.) // BMC Bioinformatics. — 2007. — Vol. 8, no. 1. — P. 460. — ISSN 1471-2105. — doi:10.1186/1471-2105-8-460. [исправить]
Chevenet François, Brun Christine, Bañuls Anne-Laure, Jacq Bernard, Christen Richard. [1] (англ.) // BMC Bioinformatics. — 2006. — Vol. 7, no. 1. — P. 439. — ISSN 1471-2105. — doi:10.1186/1471-2105-7-439. [исправить]
Stöver Ben C, Müller Kai F. TreeGraph 2: Combining and visualizing evidence from different phylogenetic analyses (англ.) // BMC Bioinformatics. — 2010. — Vol. 11, no. 1. — P. 7. — ISSN 1471-2105. — doi:10.1186/1471-2105-11-7. [исправить]