Энциклопедия элементов ДНК (Russian Wikipedia)

Analysis of information sources in references of the Wikipedia article "Энциклопедия элементов ДНК" in Russian language version.

refsWebsite

Global rank Russian rank

39web.archive.org

1^st place

22doi.org

2^nd place

3^rd place

12worldcat.org

5^th place

9nih.gov

4^th place

6^th place

8nature.com

234^th place

157^th place

5genome.gov

9,308^th place

low place

3cshlp.org

low place

4,570^th place

2evolverzone.com

low place

2wikipedia.org

low place

1newtimes.ru

7,026^th place

611^th place

1ucsc.edu

3,619^th place

3,357^th place

1bbc.co.uk

8^th place

30^th place

1tumblr.com

784^th place

995^th place

1sciencenews.org

3,410^th place

4,513^th place

1sciencemag.org

857^th place

399^th place

1harvard.edu

18^th place

63^rd place

1arstechnica.com

388^th place

538^th place

1plos.org

2,112^th place

907^th place

1annualreviews.org

3,867^th place

3,461^st place

1wiley.com

222^nd place

204^th place

1elsevier.com

610^th place

575^th place

1nytimes.com

7^th place

23^rd place

1sandwalk.blogspot.com

low place

1genomeinformatician.blogspot.com

low place

1mendelspod.com

low place

1lbl.gov

2,509^th place

2,165^th place

1modencode.org

low place

1factorbook.org

low place

1oxfordjournals.org

1,389^th place

711^th place

annualreviews.org

David S. Gross, William T. Garrard. Nuclease hypersensitive sites in chromatin // Annual Review of Biochemistry. — 1988-06-01. — Т. 57, вып. 1. — С. 159–197. — ISSN 0066-4154. — doi:10.1146/annurev.bi.57.070188.001111. Архивировано 16 ноября 2020 года.

arstechnica.com

Timmer J. Most of what you read was wrong: how press releases rewrote scientific history (неопр.). Staff / From the Minds of Ars. Ars Technica (10 сентября 2012). Дата обращения: 10 сентября 2012. Архивировано 12 сентября 2012 года.

bbc.co.uk

Walsh, Fergus (2012-09-05). "Detailed map of genome function". BBC News. Архивировано 5 сентября 2012. Дата обращения: 6 сентября 2012.

cshlp.org

genome.cshlp.org

Jennifer Harrow, Adam Frankish, Jose M. Gonzalez, Electra Tapanari, Mark Diekhans. GENCODE: The reference human genome annotation for The ENCODE Project (англ.) // Genome Research. — 2012-09-01. — Vol. 22, iss. 9. — P. 1760–1774. — ISSN 1549-5469 1088-9051, 1549-5469. — doi:10.1101/gr.135350.111. Архивировано 25 сентября 2020 года.
Cédric Howald, Andrea Tanzer, Jacqueline Chrast, Felix Kokocinski, Thomas Derrien. Combining RT-PCR-seq and RNA-seq to catalog all genic elements encoded in the human genome (англ.) // Genome Research. — 2012-09-01. — Vol. 22, iss. 9. — P. 1698–1710. — ISSN 1549-5469 1088-9051, 1549-5469. — doi:10.1101/gr.134478.111. Архивировано 16 ноября 2020 года.
Thomas Derrien, Rory Johnson, Giovanni Bussotti, Andrea Tanzer, Sarah Djebali. The GENCODE v7 catalog of human long noncoding RNAs: Analysis of their gene structure, evolution, and expression (англ.) // Genome Research. — 2012-09-01. — Vol. 22, iss. 9. — P. 1775–1789. — ISSN 1549-5469 1088-9051, 1549-5469. — doi:10.1101/gr.132159.111. Архивировано 10 ноября 2020 года.

doi.org

dx.doi.org

Raney B. J., Cline M. S., Rosenbloom K. R., Dreszer T. R., Learned K., Barber G. P., Meyer L. R., Sloan C. A., Malladi V. S., Roskin K. M., Suh B. B., Hinrichs A. S., Clawson H., Zweig A. S., Kirkup V., Fujita P. A., Rhead B., Smith K. E., Pohl A., Kuhn R. M., Karolchik D., Haussler D., Kent, WJ. ENCODE whole-genome data in the UCSC genome browser (2011 update) (англ.) // Nucleic Acids Res. : journal. — 2011. — January (vol. 39, no. Database issue). — P. D871—5. — doi:10.1093/nar/gkq1017. — PMID 21037257. — PMC 3013645.
Maher B. ENCODE: The human encyclopaedia (англ.) // Nature. — 2012. — September (vol. 489, no. 7414). — P. 46—8. — doi:10.1038/489046a. — PMID 22962707.
Bernstein B. E., Birney E., Dunham I., Green E. D., Gunter C., Snyder M. An integrated encyclopedia of DNA elements in the human genome (англ.) // Nature : journal. — 2012. — September (vol. 489, no. 7414). — P. 57—74. — doi:10.1038/nature11247. — Bibcode: 2012Natur.489...57T. — PMID 22955616. — PMC 3439153.
Pennisi E. Genomics. ENCODE project writes eulogy for junk DNA (англ.) // Science : journal. — 2012. — September (vol. 337, no. 6099). — P. 1159, 1161. — doi:10.1126/science.337.6099.1159. — PMID 22955811.
Birney E., Stamatoyannopoulos J. A., Dutta A. et al. Identification and analysis of functional elements in 1% of the human genome by the ENCODE pilot project. (англ.) // Nature. — 2007. — Vol. 447, no. 7146. — P. 799—816. — doi:10.1038/nature05874. — PMID 17571346. [исправить]
Joseph R. Ecker, Wendy A. Bickmore, Inês Barroso, Jonathan K. Pritchard, Yoav Gilad. ENCODE explained (англ.) // Nature. — 2012-09. — Vol. 489, iss. 7414. — P. 52–54. — ISSN 1476-4687. — doi:10.1038/489052a. Архивировано 27 февраля 2023 года.
The ENCODE Project Consortium. A User's Guide to the Encyclopedia of DNA Elements (ENCODE) (англ.) // PLOS Biology. — 2011-04-19. — Vol. 9, iss. 4. — P. e1001046. — ISSN 1545-7885. — doi:10.1371/journal.pbio.1001046. Архивировано 17 ноября 2020 года.
Jennifer Harrow, Adam Frankish, Jose M. Gonzalez, Electra Tapanari, Mark Diekhans. GENCODE: The reference human genome annotation for The ENCODE Project (англ.) // Genome Research. — 2012-09-01. — Vol. 22, iss. 9. — P. 1760–1774. — ISSN 1549-5469 1088-9051, 1549-5469. — doi:10.1101/gr.135350.111. Архивировано 25 сентября 2020 года.
Cédric Howald, Andrea Tanzer, Jacqueline Chrast, Felix Kokocinski, Thomas Derrien. Combining RT-PCR-seq and RNA-seq to catalog all genic elements encoded in the human genome (англ.) // Genome Research. — 2012-09-01. — Vol. 22, iss. 9. — P. 1698–1710. — ISSN 1549-5469 1088-9051, 1549-5469. — doi:10.1101/gr.134478.111. Архивировано 16 ноября 2020 года.
Thomas Derrien, Rory Johnson, Giovanni Bussotti, Andrea Tanzer, Sarah Djebali. The GENCODE v7 catalog of human long noncoding RNAs: Analysis of their gene structure, evolution, and expression (англ.) // Genome Research. — 2012-09-01. — Vol. 22, iss. 9. — P. 1775–1789. — ISSN 1549-5469 1088-9051, 1549-5469. — doi:10.1101/gr.132159.111. Архивировано 10 ноября 2020 года.
Baikang Pei, Cristina Sisu, Adam Frankish, Cédric Howald, Lukas Habegger. The GENCODE pseudogene resource // Genome Biology. — 2012-09-05. — Т. 13, вып. 9. — С. R51. — ISSN 1474-760X. — doi:10.1186/gb-2012-13-9-r51.
Mark B. Gerstein, Anshul Kundaje, Manoj Hariharan, Stephen G. Landt, Koon-Kiu Yan. Architecture of the human regulatory network derived from ENCODE data (англ.) // Nature. — 2012-09. — Vol. 489, iss. 7414. — P. 91–100. — ISSN 1476-4687. — doi:10.1038/nature11245. Архивировано 5 ноября 2020 года.
David S. Gross, William T. Garrard. Nuclease hypersensitive sites in chromatin // Annual Review of Biochemistry. — 1988-06-01. — Т. 57, вып. 1. — С. 159–197. — ISSN 0066-4154. — doi:10.1146/annurev.bi.57.070188.001111. Архивировано 16 ноября 2020 года.
Fyodor D. Urnov. Chromatin remodeling as a guide to transcriptional regulatory networks in mammals (фр.) // Journal of Cellular Biochemistry. — 2003. — Vol. 88, livr. 4. — P. 684–694. — ISSN 1097-4644. — doi:10.1002/jcb.10397. Архивировано 11 ноября 2020 года.
Jason Ernst, Pouya Kheradpour, Tarjei S. Mikkelsen, Noam Shoresh, Lucas D. Ward. Mapping and analysis of chromatin state dynamics in nine human cell types (англ.) // Nature. — 2011-05. — Vol. 473, iss. 7345. — P. 43–49. — ISSN 1476-4687. — doi:10.1038/nature09906. Архивировано 5 ноября 2020 года.
Madeleine P. Ball, Jin Billy Li, Yuan Gao, Je-Hyuk Lee, Emily M. LeProust. Targeted and genome-scale strategies reveal gene-body methylation signatures in human cells (англ.) // Nature Biotechnology. — 2009-04. — Vol. 27, iss. 4. — P. 361–368. — ISSN 1546-1696. — doi:10.1038/nbt.1533. Архивировано 1 сентября 2020 года.
Alexander Meissner, Tarjei S. Mikkelsen, Hongcang Gu, Marius Wernig, Jacob Hanna. Genome-scale DNA methylation maps of pluripotent and differentiated cells (англ.) // Nature. — 2008-08. — Vol. 454, iss. 7205. — P. 766–770. — ISSN 1476-4687. — doi:10.1038/nature07107. Архивировано 8 марта 2021 года.
Graur D., Zheng Y., Price N., Azevedo R. B., Zufall R. A., Elhaik E. On the immortality of television sets: "function" in the human genome according to the evolution-free gospel of ENCODE (англ.) // Genome Biol Evol^[англ.] : journal. — 2013. — Vol. 5, no. 3. — P. 578—590. — doi:10.1093/gbe/evt028. — PMID 23431001. — PMC 3622293.
White M. A., Myers C. A., Corbo J. C., Cohen B. A. Massively parallel in vivo enhancer assay reveals that highly local features determine the cis-regulatory function of ChIP-seq peaks (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal. — 2013. — July (vol. 110, no. 29). — P. 11952—11957. — doi:10.1073/pnas.1307449110. — PMID 23818646.
Mattick J. S., Dinger M. E. The extent of functionality in the human genome (неопр.) // The HUGO Journal. — 2013. — Т. 7, № 1. — С. 2. — doi:10.1186/1877-6566-7-2.
Nature Editorial. Form and function (англ.) // Nature. — 2013. — 14 March (vol. 495). — P. 141—142. — doi:10.1038/495141b. Архивировано 27 апреля 2015 года.

doi.org

Baikang Pei, Cristina Sisu, Adam Frankish, Cédric Howald, Lukas Habegger. The GENCODE pseudogene resource // Genome Biology. — 2012-09-05. — Т. 13, вып. 9. — С. R51. — ISSN 1474-760X. — doi:10.1186/gb-2012-13-9-r51.

elsevier.com

linkinghub.elsevier.com

Redirecting (неопр.). linkinghub.elsevier.com. Дата обращения: 10 ноября 2020. Архивировано 30 сентября 2020 года.

evolverzone.com

genomicron.evolverzone.com

Gregory TR. The ENCODE media hype machine (неопр.). Genomicron (6 сентября 2012). Дата обращения: 30 апреля 2015. Архивировано из оригинала 6 апреля 2015 года.
Gregory TR. Critiques of ENCODE in peer-reviewed journals. « Genomicron (неопр.). Genomicron (11 апреля 2013). Дата обращения: 30 апреля 2015. Архивировано из оригинала 2 апреля 2015 года.

factorbook.org

FactorBook (неопр.). Дата обращения: 30 апреля 2015. Архивировано 14 июля 2011 года.

genome.gov

ENCODE Program Staff. ENCODE: Pilot Project: overview (неопр.). National Human Genome Research Institute (18 октября 2012). Дата обращения: 30 апреля 2015. Архивировано 24 апреля 2015 года.
Genome.gov | ENCODE and modENCODE Projects (неопр.). The ENCODE Project: ENCyclopedia Of DNA Elements. United States National Human Genome Research Institute (1 августа 2011). Дата обращения: 5 августа 2011. Архивировано 7 августа 2011 года.
Genome.gov | ENCODE Participants and Projects (неопр.). The ENCODE Project: ENCyclopedia Of DNA Elements. United States National Human Genome Research Institute (1 августа 2011). Дата обращения: 5 августа 2011. Архивировано 7 августа 2011 года.
The modENCODE Project: Model Organism ENCyclopedia Of DNA Elements (modENCODE) (неопр.). NHGRI website. Дата обращения: 13 ноября 2008. Архивировано 23 декабря 2008 года.
modENCODE Participants and Projects (неопр.). NHGRI website. Дата обращения: 13 ноября 2008. Архивировано 1 октября 2008 года.

genomeinformatician.blogspot.com

Birney, Ewan ENCODE: My own thoughts (неопр.). Ewan's Blog: Bioinformatician at large (5 сентября 2012). Дата обращения: 30 апреля 2015. Архивировано 25 апреля 2015 года.

harvard.edu

adsabs.harvard.edu

Bernstein B. E., Birney E., Dunham I., Green E. D., Gunter C., Snyder M. An integrated encyclopedia of DNA elements in the human genome (англ.) // Nature : journal. — 2012. — September (vol. 489, no. 7414). — P. 57—74. — doi:10.1038/nature11247. — Bibcode: 2012Natur.489...57T. — PMID 22955616. — PMC 3439153.

lbl.gov

Berkeley Lab Life Sciences Awarded NIH Grants for Fruit Fly, Nematode Studies (неопр.). Lawrence Berkeley National Laboratory website (14 мая 2007). Дата обращения: 13 ноября 2008. Архивировано из оригинала 21 сентября 2008 года.

mendelspod.com

Timpson T. Debating ENCODE: Dan Graur, Michael Eisen (неопр.). Mendelspod (5 марта 2013). Дата обращения: 30 апреля 2015. Архивировано из оригинала 11 апреля 2015 года.

modencode.org

modENCODE (неопр.). The National Human Genome Research Institute. Архивировано 27 декабря 2010 года.

nature.com

Joseph R. Ecker, Wendy A. Bickmore, Inês Barroso, Jonathan K. Pritchard, Yoav Gilad. ENCODE explained (англ.) // Nature. — 2012-09. — Vol. 489, iss. 7414. — P. 52–54. — ISSN 1476-4687. — doi:10.1038/489052a. Архивировано 27 февраля 2023 года.
Mark B. Gerstein, Anshul Kundaje, Manoj Hariharan, Stephen G. Landt, Koon-Kiu Yan. Architecture of the human regulatory network derived from ENCODE data (англ.) // Nature. — 2012-09. — Vol. 489, iss. 7414. — P. 91–100. — ISSN 1476-4687. — doi:10.1038/nature11245. Архивировано 5 ноября 2020 года.
Jason Ernst, Pouya Kheradpour, Tarjei S. Mikkelsen, Noam Shoresh, Lucas D. Ward. Mapping and analysis of chromatin state dynamics in nine human cell types (англ.) // Nature. — 2011-05. — Vol. 473, iss. 7345. — P. 43–49. — ISSN 1476-4687. — doi:10.1038/nature09906. Архивировано 5 ноября 2020 года.
Madeleine P. Ball, Jin Billy Li, Yuan Gao, Je-Hyuk Lee, Emily M. LeProust. Targeted and genome-scale strategies reveal gene-body methylation signatures in human cells (англ.) // Nature Biotechnology. — 2009-04. — Vol. 27, iss. 4. — P. 361–368. — ISSN 1546-1696. — doi:10.1038/nbt.1533. Архивировано 1 сентября 2020 года.
Alexander Meissner, Tarjei S. Mikkelsen, Hongcang Gu, Marius Wernig, Jacob Hanna. Genome-scale DNA methylation maps of pluripotent and differentiated cells (англ.) // Nature. — 2008-08. — Vol. 454, iss. 7205. — P. 766–770. — ISSN 1476-4687. — doi:10.1038/nature07107. Архивировано 8 марта 2021 года.
Nature Editorial. Form and function (англ.) // Nature. — 2013. — 14 March (vol. 495). — P. 141—142. — doi:10.1038/495141b. Архивировано 27 апреля 2015 года.
Celniker S. Unlocking the secrets of the genome (неопр.). Nature (11 июня 2009). Дата обращения: 30 апреля 2015. Архивировано 21 февраля 2015 года.

blogs.nature.com

Maher B. Fighting about ENCODE and junk (неопр.). News Blog. Nature Publishing Group (6 сентября 2012). Дата обращения: 30 апреля 2015. Архивировано 6 августа 2013 года.

newtimes.ru

Клещенко Е. ДНК без мусора // The New Times. — 2012. — Вып. 29 (256). Архивировано 22 сентября 2012 года.

nih.gov

ncbi.nlm.nih.gov

Raney B. J., Cline M. S., Rosenbloom K. R., Dreszer T. R., Learned K., Barber G. P., Meyer L. R., Sloan C. A., Malladi V. S., Roskin K. M., Suh B. B., Hinrichs A. S., Clawson H., Zweig A. S., Kirkup V., Fujita P. A., Rhead B., Smith K. E., Pohl A., Kuhn R. M., Karolchik D., Haussler D., Kent, WJ. ENCODE whole-genome data in the UCSC genome browser (2011 update) (англ.) // Nucleic Acids Res. : journal. — 2011. — January (vol. 39, no. Database issue). — P. D871—5. — doi:10.1093/nar/gkq1017. — PMID 21037257. — PMC 3013645.
EGASP: the human ENCODE Genome Annotation Assessment Project. (англ.). PubMed. Дата обращения: 1 октября 2017. Архивировано 4 апреля 2017 года.
Maher B. ENCODE: The human encyclopaedia (англ.) // Nature. — 2012. — September (vol. 489, no. 7414). — P. 46—8. — doi:10.1038/489046a. — PMID 22962707.
Bernstein B. E., Birney E., Dunham I., Green E. D., Gunter C., Snyder M. An integrated encyclopedia of DNA elements in the human genome (англ.) // Nature : journal. — 2012. — September (vol. 489, no. 7414). — P. 57—74. — doi:10.1038/nature11247. — Bibcode: 2012Natur.489...57T. — PMID 22955616. — PMC 3439153.
Pennisi E. Genomics. ENCODE project writes eulogy for junk DNA (англ.) // Science : journal. — 2012. — September (vol. 337, no. 6099). — P. 1159, 1161. — doi:10.1126/science.337.6099.1159. — PMID 22955811.
Birney E., Stamatoyannopoulos J. A., Dutta A. et al. Identification and analysis of functional elements in 1% of the human genome by the ENCODE pilot project. (англ.) // Nature. — 2007. — Vol. 447, no. 7146. — P. 799—816. — doi:10.1038/nature05874. — PMID 17571346. [исправить]
Graur D., Zheng Y., Price N., Azevedo R. B., Zufall R. A., Elhaik E. On the immortality of television sets: "function" in the human genome according to the evolution-free gospel of ENCODE (англ.) // Genome Biol Evol^[англ.] : journal. — 2013. — Vol. 5, no. 3. — P. 578—590. — doi:10.1093/gbe/evt028. — PMID 23431001. — PMC 3622293.
White M. A., Myers C. A., Corbo J. C., Cohen B. A. Massively parallel in vivo enhancer assay reveals that highly local features determine the cis-regulatory function of ChIP-seq peaks (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal. — 2013. — July (vol. 110, no. 29). — P. 11952—11957. — doi:10.1073/pnas.1307449110. — PMID 23818646.

nih.gov

National Human Genome Research Institute - Organization (неопр.). The NIH Almanac. United States National Institutes of Health. Дата обращения: 5 августа 2011. Архивировано 4 октября 2015 года.

nytimes.com

Kolata G (2012-09-05). "Far From 'Junk,' DNA Dark Matter Proves Crucial to Health". The New York Times. Архивировано 2 октября 2017. Дата обращения: 1 октября 2017.

oxfordjournals.org

nar.oxfordjournals.org

Wang J. Factorbook.org: a Wiki-based database for transcription factor-binding data generated by the ENCODE consortium (неопр.). Nucleic Acid Research (29 ноября 2012). Дата обращения: 30 апреля 2015. Архивировано 21 ноября 2016 года.

plos.org

journals.plos.org

The ENCODE Project Consortium. A User's Guide to the Encyclopedia of DNA Elements (ENCODE) (англ.) // PLOS Biology. — 2011-04-19. — Vol. 9, iss. 4. — P. e1001046. — ISSN 1545-7885. — doi:10.1371/journal.pbio.1001046. Архивировано 17 ноября 2020 года.

sandwalk.blogspot.com

Moran LA. Sandwalk: On the Meaning of the Word "Function" (неопр.). Sandwalk (15 марта 2013). Дата обращения: 30 апреля 2015. Архивировано 6 апреля 2015 года.

sciencemag.org

The ENCODE Project Consortium. The ENCODE (ENCyclopedia Of DNA Elements) Project (неопр.). Science (2004). Дата обращения: 30 апреля 2015. Архивировано 27 февраля 2015 года.

sciencenews.org

Saey, Tina Hesman Team releases sequel to the human genome (неопр.). Society for Science & the Public (6 октября 2012). Дата обращения: 18 октября 2012. Архивировано 23 октября 2012 года.

tumblr.com

judgestarling.tumblr.com

Dan Graur's blog (неопр.). Дата обращения: 29 декабря 2014. Архивировано 17 декабря 2014 года.

ucsc.edu

genome.ucsc.edu

ENCODE project at UCSC (неопр.). ENCODE Consortium. Дата обращения: 5 сентября 2012. Архивировано из оригинала 10 сентября 2012 года.

web.archive.org

EGASP: the human ENCODE Genome Annotation Assessment Project. (англ.). PubMed. Дата обращения: 1 октября 2017. Архивировано 4 апреля 2017 года.
Клещенко Е. ДНК без мусора // The New Times. — 2012. — Вып. 29 (256). Архивировано 22 сентября 2012 года.
ENCODE project at UCSC (неопр.). ENCODE Consortium. Дата обращения: 5 сентября 2012. Архивировано из оригинала 10 сентября 2012 года.
Walsh, Fergus (2012-09-05). "Detailed map of genome function". BBC News. Архивировано 5 сентября 2012. Дата обращения: 6 сентября 2012.
Dan Graur's blog (неопр.). Дата обращения: 29 декабря 2014. Архивировано 17 декабря 2014 года.
Saey, Tina Hesman Team releases sequel to the human genome (неопр.). Society for Science & the Public (6 октября 2012). Дата обращения: 18 октября 2012. Архивировано 23 октября 2012 года.
The ENCODE Project Consortium. The ENCODE (ENCyclopedia Of DNA Elements) Project (неопр.). Science (2004). Дата обращения: 30 апреля 2015. Архивировано 27 февраля 2015 года.
Timmer J. Most of what you read was wrong: how press releases rewrote scientific history (неопр.). Staff / From the Minds of Ars. Ars Technica (10 сентября 2012). Дата обращения: 10 сентября 2012. Архивировано 12 сентября 2012 года.
ENCODE Program Staff. ENCODE: Pilot Project: overview (неопр.). National Human Genome Research Institute (18 октября 2012). Дата обращения: 30 апреля 2015. Архивировано 24 апреля 2015 года.
Genome.gov | ENCODE and modENCODE Projects (неопр.). The ENCODE Project: ENCyclopedia Of DNA Elements. United States National Human Genome Research Institute (1 августа 2011). Дата обращения: 5 августа 2011. Архивировано 7 августа 2011 года.
National Human Genome Research Institute - Organization (неопр.). The NIH Almanac. United States National Institutes of Health. Дата обращения: 5 августа 2011. Архивировано 4 октября 2015 года.
Genome.gov | ENCODE Participants and Projects (неопр.). The ENCODE Project: ENCyclopedia Of DNA Elements. United States National Human Genome Research Institute (1 августа 2011). Дата обращения: 5 августа 2011. Архивировано 7 августа 2011 года.
Joseph R. Ecker, Wendy A. Bickmore, Inês Barroso, Jonathan K. Pritchard, Yoav Gilad. ENCODE explained (англ.) // Nature. — 2012-09. — Vol. 489, iss. 7414. — P. 52–54. — ISSN 1476-4687. — doi:10.1038/489052a. Архивировано 27 февраля 2023 года.
The ENCODE Project Consortium. A User's Guide to the Encyclopedia of DNA Elements (ENCODE) (англ.) // PLOS Biology. — 2011-04-19. — Vol. 9, iss. 4. — P. e1001046. — ISSN 1545-7885. — doi:10.1371/journal.pbio.1001046. Архивировано 17 ноября 2020 года.
Jennifer Harrow, Adam Frankish, Jose M. Gonzalez, Electra Tapanari, Mark Diekhans. GENCODE: The reference human genome annotation for The ENCODE Project (англ.) // Genome Research. — 2012-09-01. — Vol. 22, iss. 9. — P. 1760–1774. — ISSN 1549-5469 1088-9051, 1549-5469. — doi:10.1101/gr.135350.111. Архивировано 25 сентября 2020 года.
Cédric Howald, Andrea Tanzer, Jacqueline Chrast, Felix Kokocinski, Thomas Derrien. Combining RT-PCR-seq and RNA-seq to catalog all genic elements encoded in the human genome (англ.) // Genome Research. — 2012-09-01. — Vol. 22, iss. 9. — P. 1698–1710. — ISSN 1549-5469 1088-9051, 1549-5469. — doi:10.1101/gr.134478.111. Архивировано 16 ноября 2020 года.
Thomas Derrien, Rory Johnson, Giovanni Bussotti, Andrea Tanzer, Sarah Djebali. The GENCODE v7 catalog of human long noncoding RNAs: Analysis of their gene structure, evolution, and expression (англ.) // Genome Research. — 2012-09-01. — Vol. 22, iss. 9. — P. 1775–1789. — ISSN 1549-5469 1088-9051, 1549-5469. — doi:10.1101/gr.132159.111. Архивировано 10 ноября 2020 года.
Mark B. Gerstein, Anshul Kundaje, Manoj Hariharan, Stephen G. Landt, Koon-Kiu Yan. Architecture of the human regulatory network derived from ENCODE data (англ.) // Nature. — 2012-09. — Vol. 489, iss. 7414. — P. 91–100. — ISSN 1476-4687. — doi:10.1038/nature11245. Архивировано 5 ноября 2020 года.
David S. Gross, William T. Garrard. Nuclease hypersensitive sites in chromatin // Annual Review of Biochemistry. — 1988-06-01. — Т. 57, вып. 1. — С. 159–197. — ISSN 0066-4154. — doi:10.1146/annurev.bi.57.070188.001111. Архивировано 16 ноября 2020 года.
Fyodor D. Urnov. Chromatin remodeling as a guide to transcriptional regulatory networks in mammals (фр.) // Journal of Cellular Biochemistry. — 2003. — Vol. 88, livr. 4. — P. 684–694. — ISSN 1097-4644. — doi:10.1002/jcb.10397. Архивировано 11 ноября 2020 года.
Jason Ernst, Pouya Kheradpour, Tarjei S. Mikkelsen, Noam Shoresh, Lucas D. Ward. Mapping and analysis of chromatin state dynamics in nine human cell types (англ.) // Nature. — 2011-05. — Vol. 473, iss. 7345. — P. 43–49. — ISSN 1476-4687. — doi:10.1038/nature09906. Архивировано 5 ноября 2020 года.
Madeleine P. Ball, Jin Billy Li, Yuan Gao, Je-Hyuk Lee, Emily M. LeProust. Targeted and genome-scale strategies reveal gene-body methylation signatures in human cells (англ.) // Nature Biotechnology. — 2009-04. — Vol. 27, iss. 4. — P. 361–368. — ISSN 1546-1696. — doi:10.1038/nbt.1533. Архивировано 1 сентября 2020 года.
Alexander Meissner, Tarjei S. Mikkelsen, Hongcang Gu, Marius Wernig, Jacob Hanna. Genome-scale DNA methylation maps of pluripotent and differentiated cells (англ.) // Nature. — 2008-08. — Vol. 454, iss. 7205. — P. 766–770. — ISSN 1476-4687. — doi:10.1038/nature07107. Архивировано 8 марта 2021 года.
Redirecting (неопр.). linkinghub.elsevier.com. Дата обращения: 10 ноября 2020. Архивировано 30 сентября 2020 года.
Maher B. Fighting about ENCODE and junk (неопр.). News Blog. Nature Publishing Group (6 сентября 2012). Дата обращения: 30 апреля 2015. Архивировано 6 августа 2013 года.
Kolata G (2012-09-05). "Far From 'Junk,' DNA Dark Matter Proves Crucial to Health". The New York Times. Архивировано 2 октября 2017. Дата обращения: 1 октября 2017.
Gregory TR. The ENCODE media hype machine (неопр.). Genomicron (6 сентября 2012). Дата обращения: 30 апреля 2015. Архивировано из оригинала 6 апреля 2015 года.
Moran LA. Sandwalk: On the Meaning of the Word "Function" (неопр.). Sandwalk (15 марта 2013). Дата обращения: 30 апреля 2015. Архивировано 6 апреля 2015 года.
Gregory TR. Critiques of ENCODE in peer-reviewed journals. « Genomicron (неопр.). Genomicron (11 апреля 2013). Дата обращения: 30 апреля 2015. Архивировано из оригинала 2 апреля 2015 года.
Nature Editorial. Form and function (англ.) // Nature. — 2013. — 14 March (vol. 495). — P. 141—142. — doi:10.1038/495141b. Архивировано 27 апреля 2015 года.
Birney, Ewan ENCODE: My own thoughts (неопр.). Ewan's Blog: Bioinformatician at large (5 сентября 2012). Дата обращения: 30 апреля 2015. Архивировано 25 апреля 2015 года.
Timpson T. Debating ENCODE: Dan Graur, Michael Eisen (неопр.). Mendelspod (5 марта 2013). Дата обращения: 30 апреля 2015. Архивировано из оригинала 11 апреля 2015 года.
The modENCODE Project: Model Organism ENCyclopedia Of DNA Elements (modENCODE) (неопр.). NHGRI website. Дата обращения: 13 ноября 2008. Архивировано 23 декабря 2008 года.
modENCODE Participants and Projects (неопр.). NHGRI website. Дата обращения: 13 ноября 2008. Архивировано 1 октября 2008 года.
Berkeley Lab Life Sciences Awarded NIH Grants for Fruit Fly, Nematode Studies (неопр.). Lawrence Berkeley National Laboratory website (14 мая 2007). Дата обращения: 13 ноября 2008. Архивировано из оригинала 21 сентября 2008 года.
modENCODE (неопр.). The National Human Genome Research Institute. Архивировано 27 декабря 2010 года.
Celniker S. Unlocking the secrets of the genome (неопр.). Nature (11 июня 2009). Дата обращения: 30 апреля 2015. Архивировано 21 февраля 2015 года.
FactorBook (неопр.). Дата обращения: 30 апреля 2015. Архивировано 14 июля 2011 года.
Wang J. Factorbook.org: a Wiki-based database for transcription factor-binding data generated by the ENCODE consortium (неопр.). Nucleic Acid Research (29 ноября 2012). Дата обращения: 30 апреля 2015. Архивировано 21 ноября 2016 года.

wikipedia.org

ru.wikipedia.org

Birney E., Stamatoyannopoulos J. A., Dutta A. et al. Identification and analysis of functional elements in 1% of the human genome by the ENCODE pilot project. (англ.) // Nature. — 2007. — Vol. 447, no. 7146. — P. 799—816. — doi:10.1038/nature05874. — PMID 17571346. [исправить]

en.wikipedia.org

Graur D., Zheng Y., Price N., Azevedo R. B., Zufall R. A., Elhaik E. On the immortality of television sets: "function" in the human genome according to the evolution-free gospel of ENCODE (англ.) // Genome Biol Evol^[англ.] : journal. — 2013. — Vol. 5, no. 3. — P. 578—590. — doi:10.1093/gbe/evt028. — PMID 23431001. — PMC 3622293.

wiley.com

onlinelibrary.wiley.com

Fyodor D. Urnov. Chromatin remodeling as a guide to transcriptional regulatory networks in mammals (фр.) // Journal of Cellular Biochemistry. — 2003. — Vol. 88, livr. 4. — P. 684–694. — ISSN 1097-4644. — doi:10.1002/jcb.10397. Архивировано 11 ноября 2020 года.

worldcat.org

Joseph R. Ecker, Wendy A. Bickmore, Inês Barroso, Jonathan K. Pritchard, Yoav Gilad. ENCODE explained (англ.) // Nature. — 2012-09. — Vol. 489, iss. 7414. — P. 52–54. — ISSN 1476-4687. — doi:10.1038/489052a. Архивировано 27 февраля 2023 года.
The ENCODE Project Consortium. A User's Guide to the Encyclopedia of DNA Elements (ENCODE) (англ.) // PLOS Biology. — 2011-04-19. — Vol. 9, iss. 4. — P. e1001046. — ISSN 1545-7885. — doi:10.1371/journal.pbio.1001046. Архивировано 17 ноября 2020 года.
Jennifer Harrow, Adam Frankish, Jose M. Gonzalez, Electra Tapanari, Mark Diekhans. GENCODE: The reference human genome annotation for The ENCODE Project (англ.) // Genome Research. — 2012-09-01. — Vol. 22, iss. 9. — P. 1760–1774. — ISSN 1549-5469 1088-9051, 1549-5469. — doi:10.1101/gr.135350.111. Архивировано 25 сентября 2020 года.
Cédric Howald, Andrea Tanzer, Jacqueline Chrast, Felix Kokocinski, Thomas Derrien. Combining RT-PCR-seq and RNA-seq to catalog all genic elements encoded in the human genome (англ.) // Genome Research. — 2012-09-01. — Vol. 22, iss. 9. — P. 1698–1710. — ISSN 1549-5469 1088-9051, 1549-5469. — doi:10.1101/gr.134478.111. Архивировано 16 ноября 2020 года.
Thomas Derrien, Rory Johnson, Giovanni Bussotti, Andrea Tanzer, Sarah Djebali. The GENCODE v7 catalog of human long noncoding RNAs: Analysis of their gene structure, evolution, and expression (англ.) // Genome Research. — 2012-09-01. — Vol. 22, iss. 9. — P. 1775–1789. — ISSN 1549-5469 1088-9051, 1549-5469. — doi:10.1101/gr.132159.111. Архивировано 10 ноября 2020 года.
Baikang Pei, Cristina Sisu, Adam Frankish, Cédric Howald, Lukas Habegger. The GENCODE pseudogene resource // Genome Biology. — 2012-09-05. — Т. 13, вып. 9. — С. R51. — ISSN 1474-760X. — doi:10.1186/gb-2012-13-9-r51.
Mark B. Gerstein, Anshul Kundaje, Manoj Hariharan, Stephen G. Landt, Koon-Kiu Yan. Architecture of the human regulatory network derived from ENCODE data (англ.) // Nature. — 2012-09. — Vol. 489, iss. 7414. — P. 91–100. — ISSN 1476-4687. — doi:10.1038/nature11245. Архивировано 5 ноября 2020 года.
David S. Gross, William T. Garrard. Nuclease hypersensitive sites in chromatin // Annual Review of Biochemistry. — 1988-06-01. — Т. 57, вып. 1. — С. 159–197. — ISSN 0066-4154. — doi:10.1146/annurev.bi.57.070188.001111. Архивировано 16 ноября 2020 года.
Fyodor D. Urnov. Chromatin remodeling as a guide to transcriptional regulatory networks in mammals (фр.) // Journal of Cellular Biochemistry. — 2003. — Vol. 88, livr. 4. — P. 684–694. — ISSN 1097-4644. — doi:10.1002/jcb.10397. Архивировано 11 ноября 2020 года.
Jason Ernst, Pouya Kheradpour, Tarjei S. Mikkelsen, Noam Shoresh, Lucas D. Ward. Mapping and analysis of chromatin state dynamics in nine human cell types (англ.) // Nature. — 2011-05. — Vol. 473, iss. 7345. — P. 43–49. — ISSN 1476-4687. — doi:10.1038/nature09906. Архивировано 5 ноября 2020 года.
Madeleine P. Ball, Jin Billy Li, Yuan Gao, Je-Hyuk Lee, Emily M. LeProust. Targeted and genome-scale strategies reveal gene-body methylation signatures in human cells (англ.) // Nature Biotechnology. — 2009-04. — Vol. 27, iss. 4. — P. 361–368. — ISSN 1546-1696. — doi:10.1038/nbt.1533. Архивировано 1 сентября 2020 года.
Alexander Meissner, Tarjei S. Mikkelsen, Hongcang Gu, Marius Wernig, Jacob Hanna. Genome-scale DNA methylation maps of pluripotent and differentiated cells (англ.) // Nature. — 2008-08. — Vol. 454, iss. 7205. — P. 766–770. — ISSN 1476-4687. — doi:10.1038/nature07107. Архивировано 8 марта 2021 года.