Методи фіксації конформації хромосом (Ukrainian Wikipedia)

Analysis of information sources in references of the Wikipedia article "Методи фіксації конформації хромосом" in Ukrainian language version.

refsWebsite

Global rank Ukrainian rank

69doi.org

2^nd place

4^th place

55worldcat.org

5^th place

9^th place

51web.archive.org

1^st place

50nih.gov

4^th place

5^th place

19nature.com

234^th place

157^th place

6elsevier.com

610^th place

819^th place

2cshprotocols.org

low place

2biomedcentral.com

2,747^th place

1,160^th place

1scielo.br

1,606^th place

4,407^th place

1springer.com

274^th place

202^nd place

1plos.org

2,112^th place

1,541^st place

1biologists.org

3,870^th place

8,142^nd place

1wiley.com

222^nd place

164^th place

1sciencemag.org

857^th place

376^th place

1oup.com

485^th place

750^th place

1cshlp.org

low place

7,241^st place

biologists.org

dev.biologists.org

Jeong, Y. (15 лютого 2006). A functional screen for sonic hedgehog regulatory elements across a 1 Mb interval identifies long-range ventral forebrain enhancers. Development (англ.). Т. 133, № 4. с. 761—772. doi:10.1242/dev.02239. ISSN 0950-1991. Процитовано 13 січня 2020.

biomedcentral.com

genomebiology.biomedcentral.com

Harewood, Louise; Kishore, Kamal; Eldridge, Matthew D.; Wingett, Steven; Pearson, Danita; Schoenfelder, Stefan; Collins, V. Peter; Fraser, Peter (2017-12). Hi-C as a tool for precise detection and characterisation of chromosomal rearrangements and copy number variation in human tumours. Genome Biology (англ.). Т. 18, № 1. с. 125. doi:10.1186/s13059-017-1253-8. ISSN 1474-760X. Архів оригіналу за 12 лютого 2020. Процитовано 13 січня 2020.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Yardımcı, Galip Gürkan; Noble, William Stafford (2017-12). Software tools for visualizing Hi-C data. Genome Biology (англ.). Т. 18, № 1. с. 26. doi:10.1186/s13059-017-1161-y. ISSN 1474-760X. Архів оригіналу за 21 листопада 2019. Процитовано 13 січня 2020.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)

cshlp.org

genome.cshlp.org

Taberlay, Phillippa C.; Achinger-Kawecka, Joanna; Lun, Aaron T.L.; Buske, Fabian A.; Sabir, Kenneth; Gould, Cathryn M.; Zotenko, Elena; Bert, Saul A.; Giles, Katherine A. (2016-06). Three-dimensional disorganization of the cancer genome occurs coincident with long-range genetic and epigenetic alterations. Genome Research (англ.). Т. 26, № 6. с. 719—731. doi:10.1101/gr.201517.115. ISSN 1088-9051. Процитовано 13 січня 2020.

cshprotocols.org

Belton, Jon-Matthew; Dekker, Job (2015-06). Chromosome Conformation Capture (3C) in Budding Yeast. Cold Spring Harbor Protocols (англ.). Т. 2015, № 6. с. pdb.prot085175. doi:10.1101/pdb.prot085175. ISSN 1940-3402. Процитовано 13 січня 2020.
Tiwari, V. K.; Baylin, S. B. (1 березня 2009). Combined 3C-ChIP-Cloning (6C) Assay: A Tool to Unravel Protein-Mediated Genome Architecture. Cold Spring Harbor Protocols (англ.). Т. 2009, № 3. с. pdb.prot5168—pdb.prot5168. doi:10.1101/pdb.prot5168. ISSN 1559-6095. Процитовано 13 січня 2020.

doi.org

de Wit, E.; de Laat, W. (1 січня 2012). A decade of 3C technologies: insights into nuclear organization. Genes & Development. Т. 26, № 1. с. 11—24. doi:10.1101/gad.179804.111. ISSN 0890-9369. Процитовано 13 січня 2020.
Hakim, Ofir; Misteli, Tom (2012-03). SnapShot: Chromosome Conformation Capture. Cell (англ.). Т. 148, № 5. с. 1068—1068.e2. doi:10.1016/j.cell.2012.02.019. Архів оригіналу за 21 квітня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Ay, Ferhat; Bailey, Timothy L.; Noble, William Stafford (2014-06). Statistical confidence estimation for Hi-C data reveals regulatory chromatin contacts. Genome Research. Т. 24, № 6. с. 999—1011. doi:10.1101/gr.160374.113. ISSN 1549-5469. PMC 4032863. PMID 24501021. Архів оригіналу за 30 квітня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Dekker, Job (2006-01). The three 'C' s of chromosome conformation capture: controls, controls, controls. Nature Methods (англ.). Т. 3, № 1. с. 17—21. doi:10.1038/nmeth823. ISSN 1548-7091. Архів оригіналу за 2 травня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Dekker, Job (2003-06). A closer look at long-range chromosomal interactions. Trends in Biochemical Sciences (англ.). Т. 28, № 6. с. 277—280. doi:10.1016/S0968-0004(03)00089-6. Архів оригіналу за 13 січня 2020. Процитовано 13 січня 2020.
Rao, Suhas S. P.; Huntley, Miriam H.; Durand, Neva C.; Stamenova, Elena K.; Bochkov, Ivan D.; Robinson, James T.; Sanborn, Adrian L.; Machol, Ido; Omer, Arina D. (18 грудня 2014). A 3D map of the human genome at kilobase resolution reveals principles of chromatin looping. Cell. Т. 159, № 7. с. 1665—1680. doi:10.1016/j.cell.2014.11.021. ISSN 1097-4172. PMC 5635824. PMID 25497547. Архів оригіналу за 7 травня 2020. Процитовано 13 січня 2020.
Varoquaux, Nelle; Ay, Ferhat; Noble, William Stafford; Vert, Jean-Philippe (15 червня 2014). A statistical approach for inferring the 3D structure of the genome. Bioinformatics (Oxford, England). Т. 30, № 12. с. i26—33. doi:10.1093/bioinformatics/btu268. ISSN 1367-4811. PMC 4229903. PMID 24931992. Архів оригіналу за 30 жовтня 2018. Процитовано 13 січня 2020.
Davies, James O J; Oudelaar, A Marieke; Higgs, Douglas R; Hughes, Jim R (2017-02). How best to identify chromosomal interactions: a comparison of approaches. Nature Methods (англ.). Т. 14, № 2. с. 125—134. doi:10.1038/nmeth.4146. ISSN 1548-7091. Архів оригіналу за 27 квітня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Denker, Annette; de Laat, Wouter (06 15, 2016). The second decade of 3C technologies: detailed insights into nuclear organization. Genes & Development. Т. 30, № 12. с. 1357—1382. doi:10.1101/gad.281964.116. ISSN 1549-5477. PMC 4926860. PMID 27340173. Архів оригіналу за 30 жовтня 2018. Процитовано 13 січня 2020.
WHIPPLE, ROBERT S. (1933-02). The History of the Microscope: Compiled from Original Instruments and Documents, up to the Introduction of the Achromatic Microscope. Nature. Т. 131, № 3303. с. 219—221. doi:10.1038/131219a0. ISSN 0028-0836. Процитовано 13 січня 2020.
Martins, L.A.-C.P. (1999-06). Did Sutton and Boveri propose the so-called Sutton-Boveri chromosome hypothesis?. Genetics and Molecular Biology. Т. 22, № 2. с. 261—272. doi:10.1590/S1415-47571999000200022. ISSN 1415-4757. Архів оригіналу за 2 грудня 2018. Процитовано 13 січня 2020.
Broccias, Cristiano (17 лютого 2012). Nikolas Gisborne, The event structure of perception verbs. Oxford: Oxford University Press, 2010. Pp. x + 317. English Language and Linguistics. Т. 16, № 1. с. 176—183. doi:10.1017/s1360674311000347. ISSN 1360-6743. Процитовано 13 січня 2020.
Deichmann, Ute (08 01, 2016). Epigenetics: The origins and evolution of a fashionable topic. Developmental Biology. Т. 416, № 1. с. 249—254. doi:10.1016/j.ydbio.2016.06.005. ISSN 1095-564X. PMID 27291929. Архів оригіналу за 15 лютого 2020. Процитовано 13 січня 2020.
Lu, Haoyang; Liu, Xinzhou; Deng, Yulin; Qing, Hong (5 грудня 2013). DNA methylation, a hand behind neurodegenerative diseases. Frontiers in Aging Neuroscience. Т. 5. с. 85. doi:10.3389/fnagi.2013.00085. ISSN 1663-4365. PMC 3851782. PMID 24367332. Архів оригіналу за 26 травня 2016. Процитовано 13 січня 2020.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Cremer, Thomas; Cremer, Marion (2010-03). Chromosome territories. Cold Spring Harbor Perspectives in Biology. Т. 2, № 3. с. a003889. doi:10.1101/cshperspect.a003889. ISSN 1943-0264. PMC 2829961. PMID 20300217. Архів оригіналу за 18 травня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Cullen, K. E.; Kladde, M. P.; Seyfred, M. A. (9 липня 1993). Interaction between transcription regulatory regions of prolactin chromatin. Science (New York, N.Y.). Т. 261, № 5118. с. 203—206. doi:10.1126/science.8327891. ISSN 0036-8075. PMID 8327891. Архів оригіналу за 14 грудня 2017. Процитовано 13 січня 2020.
Dekker, Job; Rippe, Karsten; Dekker, Martijn; Kleckner, Nancy (15 лютого 2002). Capturing chromosome conformation. Science (New York, N.Y.). Т. 295, № 5558. с. 1306—1311. doi:10.1126/science.1067799. ISSN 1095-9203. PMID 11847345. Архів оригіналу за 15 жовтня 2017. Процитовано 13 січня 2020.
Osborne, Cameron S.; Ewels, Philip A.; Young, Alice N. C. (2011-01). Meet the neighbours: tools to dissect nuclear structure and function. Briefings in Functional Genomics. Т. 10, № 1. с. 11—17. doi:10.1093/bfgp/elq034. ISSN 2041-2657. PMC 3080762. PMID 21258046. Архів оригіналу за 29 жовтня 2018. Процитовано 13 січня 2020.
Simonis, Marieke; Klous, Petra; Splinter, Erik; Moshkin, Yuri; Willemsen, Rob; de Wit, Elzo; van Steensel, Bas; de Laat, Wouter (2006-11). Nuclear organization of active and inactive chromatin domains uncovered by chromosome conformation capture-on-chip (4C). Nature Genetics. Т. 38, № 11. с. 1348—1354. doi:10.1038/ng1896. ISSN 1061-4036. PMID 17033623. Архів оригіналу за 29 жовтня 2018. Процитовано 13 січня 2020.
Dostie, Josée; Richmond, Todd A.; Arnaout, Ramy A.; Selzer, Rebecca R.; Lee, William L.; Honan, Tracey A.; Rubio, Eric D.; Krumm, Anton; Lamb, Justin (2006-10). Chromosome Conformation Capture Carbon Copy (5C): a massively parallel solution for mapping interactions between genomic elements. Genome Research. Т. 16, № 10. с. 1299—1309. doi:10.1101/gr.5571506. ISSN 1088-9051. PMC 1581439. PMID 16954542. Архів оригіналу за 6 травня 2020. Процитовано 13 січня 2020.
Albert, Istvan; Mavrich, Travis N.; Tomsho, Lynn P.; Qi, Ji; Zanton, Sara J.; Schuster, Stephan C.; Pugh, B. Franklin (29 березня 2007). Translational and rotational settings of H2A.Z nucleosomes across the Saccharomyces cerevisiae genome. Nature. Т. 446, № 7135. с. 572—576. doi:10.1038/nature05632. ISSN 1476-4687. PMID 17392789. Архів оригіналу за 15 липня 2016. Процитовано 13 січня 2020.
Lieberman-Aiden, Erez; van Berkum, Nynke L.; Williams, Louise; Imakaev, Maxim; Ragoczy, Tobias; Telling, Agnes; Amit, Ido; Lajoie, Bryan R.; Sabo, Peter J. (9 жовтня 2009). Comprehensive mapping of long-range interactions reveals folding principles of the human genome. Science (New York, N.Y.). Т. 326, № 5950. с. 289—293. doi:10.1126/science.1181369. ISSN 1095-9203. PMC 2858594. PMID 19815776. Архів оригіналу за 4 травня 2020. Процитовано 13 січня 2020.
Fullwood, Melissa J.; Liu, Mei Hui; Pan, You Fu; Liu, Jun; Xu, Han; Mohamed, Yusoff Bin; Orlov, Yuriy L.; Velkov, Stoyan; Ho, Andrea (5 листопада 2009). An oestrogen-receptor-alpha-bound human chromatin interactome. Nature. Т. 462, № 7269. с. 58—64. doi:10.1038/nature08497. ISSN 1476-4687. PMC 2774924. PMID 19890323. Архів оригіналу за 4 квітня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Dixon, Jesse R.; Selvaraj, Siddarth; Yue, Feng; Kim, Audrey; Li, Yan; Shen, Yin; Hu, Ming; Liu, Jun S.; Ren, Bing (11 квітня 2012). Topological domains in mammalian genomes identified by analysis of chromatin interactions. Nature. Т. 485, № 7398. с. 376—380. doi:10.1038/nature11082. ISSN 1476-4687. PMC 3356448. PMID 22495300. Архів оригіналу за 26 липня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Nora, Elphège P.; Lajoie, Bryan R.; Schulz, Edda G.; Giorgetti, Luca; Okamoto, Ikuhiro; Servant, Nicolas; Piolot, Tristan; van Berkum, Nynke L.; Meisig, Johannes (11 квітня 2012). Spatial partitioning of the regulatory landscape of the X-inactivation centre. Nature. Т. 485, № 7398. с. 381—385. doi:10.1038/nature11049. ISSN 1476-4687. PMC 3555144. PMID 22495304. Архів оригіналу за 5 вересня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Nagano, Takashi; Lubling, Yaniv; Stevens, Tim J.; Schoenfelder, Stefan; Yaffe, Eitan; Dean, Wendy; Laue, Ernest D.; Tanay, Amos; Fraser, Peter (3 жовтня 2013). Single-cell Hi-C reveals cell-to-cell variability in chromosome structure. Nature. Т. 502, № 7469. с. 59—64. doi:10.1038/nature12593. ISSN 1476-4687. PMC 3869051. PMID 24067610. Архів оригіналу за 11 грудня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Gavrilov, Alexey; Eivazova, Elvira; Pirozhkova, Iryna; Lipinski, Marc; Razin, Sergey; Vassetzky, Yegor (2009). Collas, Philippe (ред.). Chromosome Conformation Capture (from 3C to 5C) and Its ChIP-Based Modification. Chromatin Immunoprecipitation Assays. Т. 567. Totowa, NJ: Humana Press. с. 171—188. doi:10.1007/978-1-60327-414-2_12.. ISBN 978-1-60327-413-5. {{cite book}}: Перевірте значення |doi= (довідка)
Naumova, Natalia; Smith, Emily M.; Zhan, Ye; Dekker, Job (2012-11). Analysis of long-range chromatin interactions using Chromosome Conformation Capture. Methods (англ.). Т. 58, № 3. с. 192—203. doi:10.1016/j.ymeth.2012.07.022. Архів оригіналу за 15 травня 2020. Процитовано 13 січня 2020.
Belton, Jon-Matthew; Dekker, Job (2015-06). Chromosome Conformation Capture (3C) in Budding Yeast. Cold Spring Harbor Protocols (англ.). Т. 2015, № 6. с. pdb.prot085175. doi:10.1101/pdb.prot085175. ISSN 1940-3402. Процитовано 13 січня 2020.
Gavrilov, Alexey A.; Golov, Arkadiy K.; Razin, Sergey V. (26 березня 2013). Dean, Ann (ред.). Actual Ligation Frequencies in the Chromosome Conformation Capture Procedure. PLoS ONE (англ.). Т. 8, № 3. с. e60403. doi:10.1371/journal.pone.0060403. ISSN 1932-6203. Процитовано 13 січня 2020.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Stadhouders, Ralph; Kolovos, Petros; Brouwer, Rutger; Zuin, Jessica; van den Heuvel, Anita; Kockx, Christel; Palstra, Robert-Jan; Wendt, Kerstin S; Grosveld, Frank (2013-03). Multiplexed chromosome conformation capture sequencing for rapid genome-scale high-resolution detection of long-range chromatin interactions. Nature Protocols (англ.). Т. 8, № 3. с. 509—524. doi:10.1038/nprot.2013.018. ISSN 1754-2189. Архів оригіналу за 2 травня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Zhao, Zhihu; Tavoosidana, Gholamreza; Sjölinder, Mikael; Göndör, Anita; Mariano, Piero; Wang, Sha; Kanduri, Chandrasekhar; Lezcano, Magda; Singh Sandhu, Kuljeet (2006-11). Circular chromosome conformation capture (4C) uncovers extensive networks of epigenetically regulated intra- and interchromosomal interactions. Nature Genetics (англ.). Т. 38, № 11. с. 1341—1347. doi:10.1038/ng1891. ISSN 1061-4036. Архів оригіналу за 2 травня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
van de Werken, Harmen J G; Landan, Gilad; Holwerda, Sjoerd J B; Hoichman, Michael; Klous, Petra; Chachik, Ran; Splinter, Erik; Valdes-Quezada, Christian; Öz, Yuva (2012-10). Robust 4C-seq data analysis to screen for regulatory DNA interactions. Nature Methods (англ.). Т. 9, № 10. с. 969—972. doi:10.1038/nmeth.2173. ISSN 1548-7091. Архів оригіналу за 2 травня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Harewood, Louise; Kishore, Kamal; Eldridge, Matthew D.; Wingett, Steven; Pearson, Danita; Schoenfelder, Stefan; Collins, V. Peter; Fraser, Peter (2017-12). Hi-C as a tool for precise detection and characterisation of chromosomal rearrangements and copy number variation in human tumours. Genome Biology (англ.). Т. 18, № 1. с. 125. doi:10.1186/s13059-017-1253-8. ISSN 1474-760X. Архів оригіналу за 12 лютого 2020. Процитовано 13 січня 2020.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Burton, Joshua N; Adey, Andrew; Patwardhan, Rupali P; Qiu, Ruolan; Kitzman, Jacob O; Shendure, Jay (2013-12). Chromosome-scale scaffolding of de novo genome assemblies based on chromatin interactions. Nature Biotechnology (англ.). Т. 31, № 12. с. 1119—1125. doi:10.1038/nbt.2727. ISSN 1087-0156. Архів оригіналу за 24 квітня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Schmitt, Anthony D.; Hu, Ming; Ren, Bing (2016-12). Genome-wide mapping and analysis of chromosome architecture. Nature Reviews Molecular Cell Biology (англ.). Т. 17, № 12. с. 743—755. doi:10.1038/nrm.2016.104. ISSN 1471-0072. Архів оригіналу за 29 квітня 2020. Процитовано 13 січня 2020.
Hughes, Jim R; Roberts, Nigel; McGowan, Simon; Hay, Deborah; Giannoulatou, Eleni; Lynch, Magnus; De Gobbi, Marco; Taylor, Stephen; Gibbons, Richard (2014-02). Analysis of hundreds of cis-regulatory landscapes at high resolution in a single, high-throughput experiment. Nature Genetics (англ.). Т. 46, № 2. с. 205—212. doi:10.1038/ng.2871. ISSN 1061-4036. Архів оригіналу за 23 квітня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Davies, James O J; Telenius, Jelena M; McGowan, Simon J; Roberts, Nigel A; Taylor, Stephen; Higgs, Douglas R; Hughes, Jim R (2016-01). Multiplexed analysis of chromosome conformation at vastly improved sensitivity. Nature Methods (англ.). Т. 13, № 1. с. 74—80. doi:10.1038/nmeth.3664. ISSN 1548-7091. Архів оригіналу за 23 квітня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
the GIANT Consortium (2009-01). Six new loci associated with body mass index highlight a neuronal influence on body weight regulation. Nature Genetics (англ.). Т. 41, № 1. с. 25—34. doi:10.1038/ng.287. ISSN 1061-4036. Архів оригіналу за 6 вересня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Jäger, Roland; Migliorini, Gabriele; Henrion, Marc; Kandaswamy, Radhika; Speedy, Helen E.; Heindl, Andreas; Whiffin, Nicola; Carnicer, Maria J.; Broome, Laura (2015-05). Capture Hi-C identifies the chromatin interactome of colorectal cancer risk loci. Nature Communications (англ.). Т. 6, № 1. с. 6178. doi:10.1038/ncomms7178. ISSN 2041-1723. Архів оригіналу за 23 квітня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Tiwari, V. K.; Baylin, S. B. (1 березня 2009). Combined 3C-ChIP-Cloning (6C) Assay: A Tool to Unravel Protein-Mediated Genome Architecture. Cold Spring Harbor Protocols (англ.). Т. 2009, № 3. с. pdb.prot5168—pdb.prot5168. doi:10.1101/pdb.prot5168. ISSN 1559-6095. Процитовано 13 січня 2020.
Horike, Shin-ichi; Cai, Shutao; Miyano, Masaru; Cheng, Jan-Fang; Kohwi-Shigematsu, Terumi (2005-01). Loss of silent-chromatin looping and impaired imprinting of DLX5 in Rett syndrome. Nature Genetics (англ.). Т. 37, № 1. с. 31—40. doi:10.1038/ng1491. ISSN 1061-4036. Архів оригіналу за 6 грудня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Mumbach, Maxwell R.; Rubin, Adam J.; Flynn, Ryan A.; Dai, Chao; Khavari, Paul A.; Greenleaf, William J.; Chang, Howard Y. (2016-11). HiChIP: efficient and sensitive analysis of protein-directed genome architecture. Nature Methods. Т. 13, № 11. с. 919—922. doi:10.1038/nmeth.3999. ISSN 1548-7105. PMC 5501173. PMID 27643841. Архів оригіналу за 30 квітня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Tolhuis, Bas; Palstra, Robert-Jan; Splinter, Erik; Grosveld, Frank; de Laat, Wouter (2002-12). Looping and Interaction between Hypersensitive Sites in the Active β-globin Locus. Molecular Cell (англ.). Т. 10, № 6. с. 1453—1465. doi:10.1016/S1097-2765(02)00781-5. Архів оригіналу за 7 лютого 2020. Процитовано 13 січня 2020.
Cavalli, Giacomo; Misteli, Tom (2013-03). Functional implications of genome topology. Nature Structural & Molecular Biology (англ.). Т. 20, № 3. с. 290—299. doi:10.1038/nsmb.2474. ISSN 1545-9993. Архів оригіналу за 26 квітня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Dekker, Job; Marti-Renom, Marc A.; Mirny, Leonid A. (2013-06). Exploring the three-dimensional organization of genomes: interpreting chromatin interaction data. Nature Reviews Genetics (англ.). Т. 14, № 6. с. 390—403. doi:10.1038/nrg3454. ISSN 1471-0056. Архів оригіналу за 3 грудня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Guo, Ya; Xu, Quan; Canzio, Daniele; Shou, Jia; Li, Jinhuan; Gorkin, David U.; Jung, Inkyung; Wu, Haiyang; Zhai, Yanan (2015-08). CRISPR Inversion of CTCF Sites Alters Genome Topology and Enhancer/Promoter Function. Cell (англ.). Т. 162, № 4. с. 900—910. doi:10.1016/j.cell.2015.07.038. Архів оригіналу за 17 лютого 2020. Процитовано 13 січня 2020.
Krijger, Peter Hugo Lodewijk; de Laat, Wouter (2016-12). Regulation of disease-associated gene expression in the 3D genome. Nature Reviews Molecular Cell Biology (англ.). Т. 17, № 12. с. 771—782. doi:10.1038/nrm.2016.138. ISSN 1471-0072. Архів оригіналу за 29 квітня 2020. Процитовано 13 січня 2020.
Fritsch, E. F.; Lawn, R. M.; Maniatis, T. (14 червня 1979). Characterisation of deletions which affect the expression of fetal globin genes in man. Nature. Т. 279, № 5714. с. 598—603. doi:10.1038/279598a0. ISSN 0028-0836. PMID 450109. Архів оригіналу за 21 травня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Van der Ploeg, L. H.; Konings, A.; Oort, M.; Roos, D.; Bernini, L.; Flavell, R. A. (14 лютого 1980). gamma-beta-Thalassaemia studies showing that deletion of the gamma- and delta-genes influences beta-globin gene expression in man. Nature. Т. 283, № 5748. с. 637—642. doi:10.1038/283637a0. ISSN 0028-0836. PMID 6153459. Архів оригіналу за 18 травня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Jeong, Y. (15 лютого 2006). A functional screen for sonic hedgehog regulatory elements across a 1 Mb interval identifies long-range ventral forebrain enhancers. Development (англ.). Т. 133, № 4. с. 761—772. doi:10.1242/dev.02239. ISSN 0950-1991. Процитовано 13 січня 2020.
Wieczorek, Dagmar; Pawlik, Barbara; Li, Yun; Akarsu, Nurten A.; Caliebe, Almuth; May, Klaus J.W.; Schweiger, Bernd; Vargas, Fernando R.; Balci, Sevim (2010-01). A specific mutation in the distant sonic hedgehog ( SHH ) cis -regulator (ZRS) causes Werner mesomelic syndrome (WMS) while complete ZRS duplications underlie Haas type polysyndactyly and preaxial polydactyly (PPD) with or without triphalangeal thumb. Human Mutation (англ.). Т. 31, № 1. с. 81—89. doi:10.1002/humu.21142. Процитовано 13 січня 2020.
Zhang, Xiaoyang; Choi, Peter S; Francis, Joshua M; Imielinski, Marcin; Watanabe, Hideo; Cherniack, Andrew D; Meyerson, Matthew (2016-02). Identification of focally amplified lineage-specific super-enhancers in human epithelial cancers. Nature Genetics (англ.). Т. 48, № 2. с. 176—182. doi:10.1038/ng.3470. ISSN 1061-4036. PMC 4857881. PMID 26656844. Архів оригіналу за 23 квітня 2019. Процитовано 13 січня 2020.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Mansour, M. R.; Abraham, B. J.; Anders, L.; Berezovskaya, A.; Gutierrez, A.; Durbin, A. D.; Etchin, J.; Lawton, L.; Sallan, S. E. (12 грудня 2014). An oncogenic super-enhancer formed through somatic mutation of a noncoding intergenic element. Science (англ.). Т. 346, № 6215. с. 1373—1377. doi:10.1126/science.1259037. ISSN 0036-8075. PMC 4720521. PMID 25394790. Процитовано 13 січня 2020.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Dixon, Jesse R.; Selvaraj, Siddarth; Yue, Feng; Kim, Audrey; Li, Yan; Shen, Yin; Hu, Ming; Liu, Jun S.; Ren, Bing (2012-05). Topological domains in mammalian genomes identified by analysis of chromatin interactions. Nature (англ.). Т. 485, № 7398. с. 376—380. doi:10.1038/nature11082. ISSN 0028-0836. Архів оригіналу за 10 грудня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Yardımcı, Galip Gürkan; Noble, William Stafford (2017-12). Software tools for visualizing Hi-C data. Genome Biology (англ.). Т. 18, № 1. с. 26. doi:10.1186/s13059-017-1161-y. ISSN 1474-760X. Архів оригіналу за 21 листопада 2019. Процитовано 13 січня 2020.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Imakaev, Maxim; Fudenberg, Geoffrey; McCord, Rachel Patton; Naumova, Natalia; Goloborodko, Anton; Lajoie, Bryan R; Dekker, Job; Mirny, Leonid A (2012-10). Iterative correction of Hi-C data reveals hallmarks of chromosome organization. Nature Methods (англ.). Т. 9, № 10. с. 999—1003. doi:10.1038/nmeth.2148. ISSN 1548-7091. Архів оригіналу за 10 грудня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Lajoie, Bryan R.; Dekker, Job; Kaplan, Noam (2015-01). The Hitchhiker’s guide to Hi-C analysis: Practical guidelines. Methods (англ.). Т. 72. с. 65—75. doi:10.1016/j.ymeth.2014.10.031. Архів оригіналу за 3 травня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Zambelli, Federico; Pesole, Graziano; Pavesi, Giulio (2013-03). Motif discovery and transcription factor binding sites before and after the next-generation sequencing era. Briefings in Bioinformatics. Т. 14, № 2. с. 225—237. doi:10.1093/bib/bbs016. ISSN 1477-4054. PMC 3603212. PMID 22517426. Архів оригіналу за 21 липня 2015. Процитовано 13 січня 2020.
Bailey, Swneke D.; Zhang, Xiaoyang; Desai, Kinjal; Aid, Malika; Corradin, Olivia; Cowper-Sal·lari, Richard; Akhtar-Zaidi, Batool; Scacheri, Peter C.; Haibe-Kains, Benjamin (3 лютого 2015). ZNF143 provides sequence specificity to secure chromatin interactions at gene promoters. Nature Communications (англ.). Т. 6, № 1. с. 1—10. doi:10.1038/ncomms7186. ISSN 2041-1723. PMC 4431651. PMID 25645053. Архів оригіналу за 25 травня 2021. Процитовано 13 січня 2020.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Wong, Ka-Chun; Li, Yue; Peng, Chengbin (26 вересня 2015). Identification of coupling DNA motif pairs on long-range chromatin interactions in human K562 cells. Bioinformatics. Т. 32, № 3. с. 321—324. doi:10.1093/bioinformatics/btv555. ISSN 1367-4803. Процитовано 13 січня 2020.
Wong, Ka-Chun (1 жовтня 2017). MotifHyades: expectation maximization for de novo DNA motif pair discovery on paired sequences. Bioinformatics (англ.). Т. 33, № 19. с. 3028—3035. doi:10.1093/bioinformatics/btx381. ISSN 1367-4803. Архів оригіналу за 29 травня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Taberlay, Phillippa C.; Achinger-Kawecka, Joanna; Lun, Aaron T.L.; Buske, Fabian A.; Sabir, Kenneth; Gould, Cathryn M.; Zotenko, Elena; Bert, Saul A.; Giles, Katherine A. (2016-06). Three-dimensional disorganization of the cancer genome occurs coincident with long-range genetic and epigenetic alterations. Genome Research (англ.). Т. 26, № 6. с. 719—731. doi:10.1101/gr.201517.115. ISSN 1088-9051. Процитовано 13 січня 2020.

dx.doi.org

de Wit, E.; de Laat, W. (1 січня 2012). A decade of 3C technologies: insights into nuclear organization. Genes & Development. Т. 26, № 1. с. 11—24. doi:10.1101/gad.179804.111. ISSN 0890-9369. Процитовано 13 січня 2020.
WHIPPLE, ROBERT S. (1933-02). The History of the Microscope: Compiled from Original Instruments and Documents, up to the Introduction of the Achromatic Microscope. Nature. Т. 131, № 3303. с. 219—221. doi:10.1038/131219a0. ISSN 0028-0836. Процитовано 13 січня 2020.
Flemming, Walther (1871). Ueber Bindesubstanzen und Gefässwandung bei Mollusken. Rostock :: Carl Boldis Buchdr.,.
Broccias, Cristiano (17 лютого 2012). Nikolas Gisborne, The event structure of perception verbs. Oxford: Oxford University Press, 2010. Pp. x + 317. English Language and Linguistics. Т. 16, № 1. с. 176—183. doi:10.1017/s1360674311000347. ISSN 1360-6743. Процитовано 13 січня 2020.
Eissenberg, Joel C; Elgin, Sarah (19 квітня 2001). Heterochromatin and Euchromatin. Encyclopedia of Life Sciences. John Wiley & Sons, Ltd. ISBN 0-470-01590-X. Процитовано 13 січня 2020.
Wong, Ka-Chun; Li, Yue; Peng, Chengbin (26 вересня 2015). Identification of coupling DNA motif pairs on long-range chromatin interactions in human K562 cells. Bioinformatics. Т. 32, № 3. с. 321—324. doi:10.1093/bioinformatics/btv555. ISSN 1367-4803. Процитовано 13 січня 2020.

elsevier.com

linkinghub.elsevier.com

Hakim, Ofir; Misteli, Tom (2012-03). SnapShot: Chromosome Conformation Capture. Cell (англ.). Т. 148, № 5. с. 1068—1068.e2. doi:10.1016/j.cell.2012.02.019. Архів оригіналу за 21 квітня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Dekker, Job (2003-06). A closer look at long-range chromosomal interactions. Trends in Biochemical Sciences (англ.). Т. 28, № 6. с. 277—280. doi:10.1016/S0968-0004(03)00089-6. Архів оригіналу за 13 січня 2020. Процитовано 13 січня 2020.
Naumova, Natalia; Smith, Emily M.; Zhan, Ye; Dekker, Job (2012-11). Analysis of long-range chromatin interactions using Chromosome Conformation Capture. Methods (англ.). Т. 58, № 3. с. 192—203. doi:10.1016/j.ymeth.2012.07.022. Архів оригіналу за 15 травня 2020. Процитовано 13 січня 2020.
Tolhuis, Bas; Palstra, Robert-Jan; Splinter, Erik; Grosveld, Frank; de Laat, Wouter (2002-12). Looping and Interaction between Hypersensitive Sites in the Active β-globin Locus. Molecular Cell (англ.). Т. 10, № 6. с. 1453—1465. doi:10.1016/S1097-2765(02)00781-5. Архів оригіналу за 7 лютого 2020. Процитовано 13 січня 2020.
Guo, Ya; Xu, Quan; Canzio, Daniele; Shou, Jia; Li, Jinhuan; Gorkin, David U.; Jung, Inkyung; Wu, Haiyang; Zhai, Yanan (2015-08). CRISPR Inversion of CTCF Sites Alters Genome Topology and Enhancer/Promoter Function. Cell (англ.). Т. 162, № 4. с. 900—910. doi:10.1016/j.cell.2015.07.038. Архів оригіналу за 17 лютого 2020. Процитовано 13 січня 2020.
Lajoie, Bryan R.; Dekker, Job; Kaplan, Noam (2015-01). The Hitchhiker’s guide to Hi-C analysis: Practical guidelines. Methods (англ.). Т. 72. с. 65—75. doi:10.1016/j.ymeth.2014.10.031. Архів оригіналу за 3 травня 2019. Процитовано 13 січня 2020.

nature.com

Dekker, Job (2006-01). The three 'C' s of chromosome conformation capture: controls, controls, controls. Nature Methods (англ.). Т. 3, № 1. с. 17—21. doi:10.1038/nmeth823. ISSN 1548-7091. Архів оригіналу за 2 травня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Davies, James O J; Oudelaar, A Marieke; Higgs, Douglas R; Hughes, Jim R (2017-02). How best to identify chromosomal interactions: a comparison of approaches. Nature Methods (англ.). Т. 14, № 2. с. 125—134. doi:10.1038/nmeth.4146. ISSN 1548-7091. Архів оригіналу за 27 квітня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Stadhouders, Ralph; Kolovos, Petros; Brouwer, Rutger; Zuin, Jessica; van den Heuvel, Anita; Kockx, Christel; Palstra, Robert-Jan; Wendt, Kerstin S; Grosveld, Frank (2013-03). Multiplexed chromosome conformation capture sequencing for rapid genome-scale high-resolution detection of long-range chromatin interactions. Nature Protocols (англ.). Т. 8, № 3. с. 509—524. doi:10.1038/nprot.2013.018. ISSN 1754-2189. Архів оригіналу за 2 травня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Zhao, Zhihu; Tavoosidana, Gholamreza; Sjölinder, Mikael; Göndör, Anita; Mariano, Piero; Wang, Sha; Kanduri, Chandrasekhar; Lezcano, Magda; Singh Sandhu, Kuljeet (2006-11). Circular chromosome conformation capture (4C) uncovers extensive networks of epigenetically regulated intra- and interchromosomal interactions. Nature Genetics (англ.). Т. 38, № 11. с. 1341—1347. doi:10.1038/ng1891. ISSN 1061-4036. Архів оригіналу за 2 травня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
van de Werken, Harmen J G; Landan, Gilad; Holwerda, Sjoerd J B; Hoichman, Michael; Klous, Petra; Chachik, Ran; Splinter, Erik; Valdes-Quezada, Christian; Öz, Yuva (2012-10). Robust 4C-seq data analysis to screen for regulatory DNA interactions. Nature Methods (англ.). Т. 9, № 10. с. 969—972. doi:10.1038/nmeth.2173. ISSN 1548-7091. Архів оригіналу за 2 травня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Burton, Joshua N; Adey, Andrew; Patwardhan, Rupali P; Qiu, Ruolan; Kitzman, Jacob O; Shendure, Jay (2013-12). Chromosome-scale scaffolding of de novo genome assemblies based on chromatin interactions. Nature Biotechnology (англ.). Т. 31, № 12. с. 1119—1125. doi:10.1038/nbt.2727. ISSN 1087-0156. Архів оригіналу за 24 квітня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Schmitt, Anthony D.; Hu, Ming; Ren, Bing (2016-12). Genome-wide mapping and analysis of chromosome architecture. Nature Reviews Molecular Cell Biology (англ.). Т. 17, № 12. с. 743—755. doi:10.1038/nrm.2016.104. ISSN 1471-0072. Архів оригіналу за 29 квітня 2020. Процитовано 13 січня 2020.
Hughes, Jim R; Roberts, Nigel; McGowan, Simon; Hay, Deborah; Giannoulatou, Eleni; Lynch, Magnus; De Gobbi, Marco; Taylor, Stephen; Gibbons, Richard (2014-02). Analysis of hundreds of cis-regulatory landscapes at high resolution in a single, high-throughput experiment. Nature Genetics (англ.). Т. 46, № 2. с. 205—212. doi:10.1038/ng.2871. ISSN 1061-4036. Архів оригіналу за 23 квітня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Davies, James O J; Telenius, Jelena M; McGowan, Simon J; Roberts, Nigel A; Taylor, Stephen; Higgs, Douglas R; Hughes, Jim R (2016-01). Multiplexed analysis of chromosome conformation at vastly improved sensitivity. Nature Methods (англ.). Т. 13, № 1. с. 74—80. doi:10.1038/nmeth.3664. ISSN 1548-7091. Архів оригіналу за 23 квітня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
the GIANT Consortium (2009-01). Six new loci associated with body mass index highlight a neuronal influence on body weight regulation. Nature Genetics (англ.). Т. 41, № 1. с. 25—34. doi:10.1038/ng.287. ISSN 1061-4036. Архів оригіналу за 6 вересня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Jäger, Roland; Migliorini, Gabriele; Henrion, Marc; Kandaswamy, Radhika; Speedy, Helen E.; Heindl, Andreas; Whiffin, Nicola; Carnicer, Maria J.; Broome, Laura (2015-05). Capture Hi-C identifies the chromatin interactome of colorectal cancer risk loci. Nature Communications (англ.). Т. 6, № 1. с. 6178. doi:10.1038/ncomms7178. ISSN 2041-1723. Архів оригіналу за 23 квітня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Horike, Shin-ichi; Cai, Shutao; Miyano, Masaru; Cheng, Jan-Fang; Kohwi-Shigematsu, Terumi (2005-01). Loss of silent-chromatin looping and impaired imprinting of DLX5 in Rett syndrome. Nature Genetics (англ.). Т. 37, № 1. с. 31—40. doi:10.1038/ng1491. ISSN 1061-4036. Архів оригіналу за 6 грудня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Cavalli, Giacomo; Misteli, Tom (2013-03). Functional implications of genome topology. Nature Structural & Molecular Biology (англ.). Т. 20, № 3. с. 290—299. doi:10.1038/nsmb.2474. ISSN 1545-9993. Архів оригіналу за 26 квітня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Dekker, Job; Marti-Renom, Marc A.; Mirny, Leonid A. (2013-06). Exploring the three-dimensional organization of genomes: interpreting chromatin interaction data. Nature Reviews Genetics (англ.). Т. 14, № 6. с. 390—403. doi:10.1038/nrg3454. ISSN 1471-0056. Архів оригіналу за 3 грудня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Krijger, Peter Hugo Lodewijk; de Laat, Wouter (2016-12). Regulation of disease-associated gene expression in the 3D genome. Nature Reviews Molecular Cell Biology (англ.). Т. 17, № 12. с. 771—782. doi:10.1038/nrm.2016.138. ISSN 1471-0072. Архів оригіналу за 29 квітня 2020. Процитовано 13 січня 2020.
Zhang, Xiaoyang; Choi, Peter S; Francis, Joshua M; Imielinski, Marcin; Watanabe, Hideo; Cherniack, Andrew D; Meyerson, Matthew (2016-02). Identification of focally amplified lineage-specific super-enhancers in human epithelial cancers. Nature Genetics (англ.). Т. 48, № 2. с. 176—182. doi:10.1038/ng.3470. ISSN 1061-4036. PMC 4857881. PMID 26656844. Архів оригіналу за 23 квітня 2019. Процитовано 13 січня 2020.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Dixon, Jesse R.; Selvaraj, Siddarth; Yue, Feng; Kim, Audrey; Li, Yan; Shen, Yin; Hu, Ming; Liu, Jun S.; Ren, Bing (2012-05). Topological domains in mammalian genomes identified by analysis of chromatin interactions. Nature (англ.). Т. 485, № 7398. с. 376—380. doi:10.1038/nature11082. ISSN 0028-0836. Архів оригіналу за 10 грудня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Imakaev, Maxim; Fudenberg, Geoffrey; McCord, Rachel Patton; Naumova, Natalia; Goloborodko, Anton; Lajoie, Bryan R; Dekker, Job; Mirny, Leonid A (2012-10). Iterative correction of Hi-C data reveals hallmarks of chromosome organization. Nature Methods (англ.). Т. 9, № 10. с. 999—1003. doi:10.1038/nmeth.2148. ISSN 1548-7091. Архів оригіналу за 10 грудня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Bailey, Swneke D.; Zhang, Xiaoyang; Desai, Kinjal; Aid, Malika; Corradin, Olivia; Cowper-Sal·lari, Richard; Akhtar-Zaidi, Batool; Scacheri, Peter C.; Haibe-Kains, Benjamin (3 лютого 2015). ZNF143 provides sequence specificity to secure chromatin interactions at gene promoters. Nature Communications (англ.). Т. 6, № 1. с. 1—10. doi:10.1038/ncomms7186. ISSN 2041-1723. PMC 4431651. PMID 25645053. Архів оригіналу за 25 травня 2021. Процитовано 13 січня 2020.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)

nih.gov

ncbi.nlm.nih.gov

Ay, Ferhat; Bailey, Timothy L.; Noble, William Stafford (2014-06). Statistical confidence estimation for Hi-C data reveals regulatory chromatin contacts. Genome Research. Т. 24, № 6. с. 999—1011. doi:10.1101/gr.160374.113. ISSN 1549-5469. PMC 4032863. PMID 24501021. Архів оригіналу за 30 квітня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Rao, Suhas S. P.; Huntley, Miriam H.; Durand, Neva C.; Stamenova, Elena K.; Bochkov, Ivan D.; Robinson, James T.; Sanborn, Adrian L.; Machol, Ido; Omer, Arina D. (18 грудня 2014). A 3D map of the human genome at kilobase resolution reveals principles of chromatin looping. Cell. Т. 159, № 7. с. 1665—1680. doi:10.1016/j.cell.2014.11.021. ISSN 1097-4172. PMC 5635824. PMID 25497547. Архів оригіналу за 7 травня 2020. Процитовано 13 січня 2020.
Varoquaux, Nelle; Ay, Ferhat; Noble, William Stafford; Vert, Jean-Philippe (15 червня 2014). A statistical approach for inferring the 3D structure of the genome. Bioinformatics (Oxford, England). Т. 30, № 12. с. i26—33. doi:10.1093/bioinformatics/btu268. ISSN 1367-4811. PMC 4229903. PMID 24931992. Архів оригіналу за 30 жовтня 2018. Процитовано 13 січня 2020.
Denker, Annette; de Laat, Wouter (06 15, 2016). The second decade of 3C technologies: detailed insights into nuclear organization. Genes & Development. Т. 30, № 12. с. 1357—1382. doi:10.1101/gad.281964.116. ISSN 1549-5477. PMC 4926860. PMID 27340173. Архів оригіналу за 30 жовтня 2018. Процитовано 13 січня 2020.
Deichmann, Ute (08 01, 2016). Epigenetics: The origins and evolution of a fashionable topic. Developmental Biology. Т. 416, № 1. с. 249—254. doi:10.1016/j.ydbio.2016.06.005. ISSN 1095-564X. PMID 27291929. Архів оригіналу за 15 лютого 2020. Процитовано 13 січня 2020.
Lu, Haoyang; Liu, Xinzhou; Deng, Yulin; Qing, Hong (5 грудня 2013). DNA methylation, a hand behind neurodegenerative diseases. Frontiers in Aging Neuroscience. Т. 5. с. 85. doi:10.3389/fnagi.2013.00085. ISSN 1663-4365. PMC 3851782. PMID 24367332. Архів оригіналу за 26 травня 2016. Процитовано 13 січня 2020.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Cremer, Thomas; Cremer, Marion (2010-03). Chromosome territories. Cold Spring Harbor Perspectives in Biology. Т. 2, № 3. с. a003889. doi:10.1101/cshperspect.a003889. ISSN 1943-0264. PMC 2829961. PMID 20300217. Архів оригіналу за 18 травня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Cullen, K. E.; Kladde, M. P.; Seyfred, M. A. (9 липня 1993). Interaction between transcription regulatory regions of prolactin chromatin. Science (New York, N.Y.). Т. 261, № 5118. с. 203—206. doi:10.1126/science.8327891. ISSN 0036-8075. PMID 8327891. Архів оригіналу за 14 грудня 2017. Процитовано 13 січня 2020.
Dekker, Job; Rippe, Karsten; Dekker, Martijn; Kleckner, Nancy (15 лютого 2002). Capturing chromosome conformation. Science (New York, N.Y.). Т. 295, № 5558. с. 1306—1311. doi:10.1126/science.1067799. ISSN 1095-9203. PMID 11847345. Архів оригіналу за 15 жовтня 2017. Процитовано 13 січня 2020.
Osborne, Cameron S.; Ewels, Philip A.; Young, Alice N. C. (2011-01). Meet the neighbours: tools to dissect nuclear structure and function. Briefings in Functional Genomics. Т. 10, № 1. с. 11—17. doi:10.1093/bfgp/elq034. ISSN 2041-2657. PMC 3080762. PMID 21258046. Архів оригіналу за 29 жовтня 2018. Процитовано 13 січня 2020.
Simonis, Marieke; Klous, Petra; Splinter, Erik; Moshkin, Yuri; Willemsen, Rob; de Wit, Elzo; van Steensel, Bas; de Laat, Wouter (2006-11). Nuclear organization of active and inactive chromatin domains uncovered by chromosome conformation capture-on-chip (4C). Nature Genetics. Т. 38, № 11. с. 1348—1354. doi:10.1038/ng1896. ISSN 1061-4036. PMID 17033623. Архів оригіналу за 29 жовтня 2018. Процитовано 13 січня 2020.
Dostie, Josée; Richmond, Todd A.; Arnaout, Ramy A.; Selzer, Rebecca R.; Lee, William L.; Honan, Tracey A.; Rubio, Eric D.; Krumm, Anton; Lamb, Justin (2006-10). Chromosome Conformation Capture Carbon Copy (5C): a massively parallel solution for mapping interactions between genomic elements. Genome Research. Т. 16, № 10. с. 1299—1309. doi:10.1101/gr.5571506. ISSN 1088-9051. PMC 1581439. PMID 16954542. Архів оригіналу за 6 травня 2020. Процитовано 13 січня 2020.
Albert, Istvan; Mavrich, Travis N.; Tomsho, Lynn P.; Qi, Ji; Zanton, Sara J.; Schuster, Stephan C.; Pugh, B. Franklin (29 березня 2007). Translational and rotational settings of H2A.Z nucleosomes across the Saccharomyces cerevisiae genome. Nature. Т. 446, № 7135. с. 572—576. doi:10.1038/nature05632. ISSN 1476-4687. PMID 17392789. Архів оригіналу за 15 липня 2016. Процитовано 13 січня 2020.
Lieberman-Aiden, Erez; van Berkum, Nynke L.; Williams, Louise; Imakaev, Maxim; Ragoczy, Tobias; Telling, Agnes; Amit, Ido; Lajoie, Bryan R.; Sabo, Peter J. (9 жовтня 2009). Comprehensive mapping of long-range interactions reveals folding principles of the human genome. Science (New York, N.Y.). Т. 326, № 5950. с. 289—293. doi:10.1126/science.1181369. ISSN 1095-9203. PMC 2858594. PMID 19815776. Архів оригіналу за 4 травня 2020. Процитовано 13 січня 2020.
Fullwood, Melissa J.; Liu, Mei Hui; Pan, You Fu; Liu, Jun; Xu, Han; Mohamed, Yusoff Bin; Orlov, Yuriy L.; Velkov, Stoyan; Ho, Andrea (5 листопада 2009). An oestrogen-receptor-alpha-bound human chromatin interactome. Nature. Т. 462, № 7269. с. 58—64. doi:10.1038/nature08497. ISSN 1476-4687. PMC 2774924. PMID 19890323. Архів оригіналу за 4 квітня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Dixon, Jesse R.; Selvaraj, Siddarth; Yue, Feng; Kim, Audrey; Li, Yan; Shen, Yin; Hu, Ming; Liu, Jun S.; Ren, Bing (11 квітня 2012). Topological domains in mammalian genomes identified by analysis of chromatin interactions. Nature. Т. 485, № 7398. с. 376—380. doi:10.1038/nature11082. ISSN 1476-4687. PMC 3356448. PMID 22495300. Архів оригіналу за 26 липня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Nora, Elphège P.; Lajoie, Bryan R.; Schulz, Edda G.; Giorgetti, Luca; Okamoto, Ikuhiro; Servant, Nicolas; Piolot, Tristan; van Berkum, Nynke L.; Meisig, Johannes (11 квітня 2012). Spatial partitioning of the regulatory landscape of the X-inactivation centre. Nature. Т. 485, № 7398. с. 381—385. doi:10.1038/nature11049. ISSN 1476-4687. PMC 3555144. PMID 22495304. Архів оригіналу за 5 вересня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Nagano, Takashi; Lubling, Yaniv; Stevens, Tim J.; Schoenfelder, Stefan; Yaffe, Eitan; Dean, Wendy; Laue, Ernest D.; Tanay, Amos; Fraser, Peter (3 жовтня 2013). Single-cell Hi-C reveals cell-to-cell variability in chromosome structure. Nature. Т. 502, № 7469. с. 59—64. doi:10.1038/nature12593. ISSN 1476-4687. PMC 3869051. PMID 24067610. Архів оригіналу за 11 грудня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Mumbach, Maxwell R.; Rubin, Adam J.; Flynn, Ryan A.; Dai, Chao; Khavari, Paul A.; Greenleaf, William J.; Chang, Howard Y. (2016-11). HiChIP: efficient and sensitive analysis of protein-directed genome architecture. Nature Methods. Т. 13, № 11. с. 919—922. doi:10.1038/nmeth.3999. ISSN 1548-7105. PMC 5501173. PMID 27643841. Архів оригіналу за 30 квітня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Fritsch, E. F.; Lawn, R. M.; Maniatis, T. (14 червня 1979). Characterisation of deletions which affect the expression of fetal globin genes in man. Nature. Т. 279, № 5714. с. 598—603. doi:10.1038/279598a0. ISSN 0028-0836. PMID 450109. Архів оригіналу за 21 травня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Van der Ploeg, L. H.; Konings, A.; Oort, M.; Roos, D.; Bernini, L.; Flavell, R. A. (14 лютого 1980). gamma-beta-Thalassaemia studies showing that deletion of the gamma- and delta-genes influences beta-globin gene expression in man. Nature. Т. 283, № 5748. с. 637—642. doi:10.1038/283637a0. ISSN 0028-0836. PMID 6153459. Архів оригіналу за 18 травня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Zhang, Xiaoyang; Choi, Peter S; Francis, Joshua M; Imielinski, Marcin; Watanabe, Hideo; Cherniack, Andrew D; Meyerson, Matthew (2016-02). Identification of focally amplified lineage-specific super-enhancers in human epithelial cancers. Nature Genetics (англ.). Т. 48, № 2. с. 176—182. doi:10.1038/ng.3470. ISSN 1061-4036. PMC 4857881. PMID 26656844. Архів оригіналу за 23 квітня 2019. Процитовано 13 січня 2020.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Mansour, M. R.; Abraham, B. J.; Anders, L.; Berezovskaya, A.; Gutierrez, A.; Durbin, A. D.; Etchin, J.; Lawton, L.; Sallan, S. E. (12 грудня 2014). An oncogenic super-enhancer formed through somatic mutation of a noncoding intergenic element. Science (англ.). Т. 346, № 6215. с. 1373—1377. doi:10.1126/science.1259037. ISSN 0036-8075. PMC 4720521. PMID 25394790. Процитовано 13 січня 2020.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Zambelli, Federico; Pesole, Graziano; Pavesi, Giulio (2013-03). Motif discovery and transcription factor binding sites before and after the next-generation sequencing era. Briefings in Bioinformatics. Т. 14, № 2. с. 225—237. doi:10.1093/bib/bbs016. ISSN 1477-4054. PMC 3603212. PMID 22517426. Архів оригіналу за 21 липня 2015. Процитовано 13 січня 2020.
Bailey, Swneke D.; Zhang, Xiaoyang; Desai, Kinjal; Aid, Malika; Corradin, Olivia; Cowper-Sal·lari, Richard; Akhtar-Zaidi, Batool; Scacheri, Peter C.; Haibe-Kains, Benjamin (3 лютого 2015). ZNF143 provides sequence specificity to secure chromatin interactions at gene promoters. Nature Communications (англ.). Т. 6, № 1. с. 1—10. doi:10.1038/ncomms7186. ISSN 2041-1723. PMC 4431651. PMID 25645053. Архів оригіналу за 25 травня 2021. Процитовано 13 січня 2020.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)

pubmed.ncbi.nlm.nih.gov

Ay, Ferhat; Bailey, Timothy L.; Noble, William Stafford (2014-06). Statistical confidence estimation for Hi-C data reveals regulatory chromatin contacts. Genome Research. Т. 24, № 6. с. 999—1011. doi:10.1101/gr.160374.113. ISSN 1549-5469. PMC 4032863. PMID 24501021. Архів оригіналу за 30 квітня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Rao, Suhas S. P.; Huntley, Miriam H.; Durand, Neva C.; Stamenova, Elena K.; Bochkov, Ivan D.; Robinson, James T.; Sanborn, Adrian L.; Machol, Ido; Omer, Arina D. (18 грудня 2014). A 3D map of the human genome at kilobase resolution reveals principles of chromatin looping. Cell. Т. 159, № 7. с. 1665—1680. doi:10.1016/j.cell.2014.11.021. ISSN 1097-4172. PMC 5635824. PMID 25497547. Архів оригіналу за 7 травня 2020. Процитовано 13 січня 2020.
Varoquaux, Nelle; Ay, Ferhat; Noble, William Stafford; Vert, Jean-Philippe (15 червня 2014). A statistical approach for inferring the 3D structure of the genome. Bioinformatics (Oxford, England). Т. 30, № 12. с. i26—33. doi:10.1093/bioinformatics/btu268. ISSN 1367-4811. PMC 4229903. PMID 24931992. Архів оригіналу за 30 жовтня 2018. Процитовано 13 січня 2020.
Denker, Annette; de Laat, Wouter (06 15, 2016). The second decade of 3C technologies: detailed insights into nuclear organization. Genes & Development. Т. 30, № 12. с. 1357—1382. doi:10.1101/gad.281964.116. ISSN 1549-5477. PMC 4926860. PMID 27340173. Архів оригіналу за 30 жовтня 2018. Процитовано 13 січня 2020.
Deichmann, Ute (08 01, 2016). Epigenetics: The origins and evolution of a fashionable topic. Developmental Biology. Т. 416, № 1. с. 249—254. doi:10.1016/j.ydbio.2016.06.005. ISSN 1095-564X. PMID 27291929. Архів оригіналу за 15 лютого 2020. Процитовано 13 січня 2020.
Lu, Haoyang; Liu, Xinzhou; Deng, Yulin; Qing, Hong (5 грудня 2013). DNA methylation, a hand behind neurodegenerative diseases. Frontiers in Aging Neuroscience. Т. 5. с. 85. doi:10.3389/fnagi.2013.00085. ISSN 1663-4365. PMC 3851782. PMID 24367332. Архів оригіналу за 26 травня 2016. Процитовано 13 січня 2020.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Cremer, Thomas; Cremer, Marion (2010-03). Chromosome territories. Cold Spring Harbor Perspectives in Biology. Т. 2, № 3. с. a003889. doi:10.1101/cshperspect.a003889. ISSN 1943-0264. PMC 2829961. PMID 20300217. Архів оригіналу за 18 травня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Cullen, K. E.; Kladde, M. P.; Seyfred, M. A. (9 липня 1993). Interaction between transcription regulatory regions of prolactin chromatin. Science (New York, N.Y.). Т. 261, № 5118. с. 203—206. doi:10.1126/science.8327891. ISSN 0036-8075. PMID 8327891. Архів оригіналу за 14 грудня 2017. Процитовано 13 січня 2020.
Dekker, Job; Rippe, Karsten; Dekker, Martijn; Kleckner, Nancy (15 лютого 2002). Capturing chromosome conformation. Science (New York, N.Y.). Т. 295, № 5558. с. 1306—1311. doi:10.1126/science.1067799. ISSN 1095-9203. PMID 11847345. Архів оригіналу за 15 жовтня 2017. Процитовано 13 січня 2020.
Osborne, Cameron S.; Ewels, Philip A.; Young, Alice N. C. (2011-01). Meet the neighbours: tools to dissect nuclear structure and function. Briefings in Functional Genomics. Т. 10, № 1. с. 11—17. doi:10.1093/bfgp/elq034. ISSN 2041-2657. PMC 3080762. PMID 21258046. Архів оригіналу за 29 жовтня 2018. Процитовано 13 січня 2020.
Simonis, Marieke; Klous, Petra; Splinter, Erik; Moshkin, Yuri; Willemsen, Rob; de Wit, Elzo; van Steensel, Bas; de Laat, Wouter (2006-11). Nuclear organization of active and inactive chromatin domains uncovered by chromosome conformation capture-on-chip (4C). Nature Genetics. Т. 38, № 11. с. 1348—1354. doi:10.1038/ng1896. ISSN 1061-4036. PMID 17033623. Архів оригіналу за 29 жовтня 2018. Процитовано 13 січня 2020.
Dostie, Josée; Richmond, Todd A.; Arnaout, Ramy A.; Selzer, Rebecca R.; Lee, William L.; Honan, Tracey A.; Rubio, Eric D.; Krumm, Anton; Lamb, Justin (2006-10). Chromosome Conformation Capture Carbon Copy (5C): a massively parallel solution for mapping interactions between genomic elements. Genome Research. Т. 16, № 10. с. 1299—1309. doi:10.1101/gr.5571506. ISSN 1088-9051. PMC 1581439. PMID 16954542. Архів оригіналу за 6 травня 2020. Процитовано 13 січня 2020.
Albert, Istvan; Mavrich, Travis N.; Tomsho, Lynn P.; Qi, Ji; Zanton, Sara J.; Schuster, Stephan C.; Pugh, B. Franklin (29 березня 2007). Translational and rotational settings of H2A.Z nucleosomes across the Saccharomyces cerevisiae genome. Nature. Т. 446, № 7135. с. 572—576. doi:10.1038/nature05632. ISSN 1476-4687. PMID 17392789. Архів оригіналу за 15 липня 2016. Процитовано 13 січня 2020.
Lieberman-Aiden, Erez; van Berkum, Nynke L.; Williams, Louise; Imakaev, Maxim; Ragoczy, Tobias; Telling, Agnes; Amit, Ido; Lajoie, Bryan R.; Sabo, Peter J. (9 жовтня 2009). Comprehensive mapping of long-range interactions reveals folding principles of the human genome. Science (New York, N.Y.). Т. 326, № 5950. с. 289—293. doi:10.1126/science.1181369. ISSN 1095-9203. PMC 2858594. PMID 19815776. Архів оригіналу за 4 травня 2020. Процитовано 13 січня 2020.
Fullwood, Melissa J.; Liu, Mei Hui; Pan, You Fu; Liu, Jun; Xu, Han; Mohamed, Yusoff Bin; Orlov, Yuriy L.; Velkov, Stoyan; Ho, Andrea (5 листопада 2009). An oestrogen-receptor-alpha-bound human chromatin interactome. Nature. Т. 462, № 7269. с. 58—64. doi:10.1038/nature08497. ISSN 1476-4687. PMC 2774924. PMID 19890323. Архів оригіналу за 4 квітня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Dixon, Jesse R.; Selvaraj, Siddarth; Yue, Feng; Kim, Audrey; Li, Yan; Shen, Yin; Hu, Ming; Liu, Jun S.; Ren, Bing (11 квітня 2012). Topological domains in mammalian genomes identified by analysis of chromatin interactions. Nature. Т. 485, № 7398. с. 376—380. doi:10.1038/nature11082. ISSN 1476-4687. PMC 3356448. PMID 22495300. Архів оригіналу за 26 липня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Nora, Elphège P.; Lajoie, Bryan R.; Schulz, Edda G.; Giorgetti, Luca; Okamoto, Ikuhiro; Servant, Nicolas; Piolot, Tristan; van Berkum, Nynke L.; Meisig, Johannes (11 квітня 2012). Spatial partitioning of the regulatory landscape of the X-inactivation centre. Nature. Т. 485, № 7398. с. 381—385. doi:10.1038/nature11049. ISSN 1476-4687. PMC 3555144. PMID 22495304. Архів оригіналу за 5 вересня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Nagano, Takashi; Lubling, Yaniv; Stevens, Tim J.; Schoenfelder, Stefan; Yaffe, Eitan; Dean, Wendy; Laue, Ernest D.; Tanay, Amos; Fraser, Peter (3 жовтня 2013). Single-cell Hi-C reveals cell-to-cell variability in chromosome structure. Nature. Т. 502, № 7469. с. 59—64. doi:10.1038/nature12593. ISSN 1476-4687. PMC 3869051. PMID 24067610. Архів оригіналу за 11 грудня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Mumbach, Maxwell R.; Rubin, Adam J.; Flynn, Ryan A.; Dai, Chao; Khavari, Paul A.; Greenleaf, William J.; Chang, Howard Y. (2016-11). HiChIP: efficient and sensitive analysis of protein-directed genome architecture. Nature Methods. Т. 13, № 11. с. 919—922. doi:10.1038/nmeth.3999. ISSN 1548-7105. PMC 5501173. PMID 27643841. Архів оригіналу за 30 квітня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Fritsch, E. F.; Lawn, R. M.; Maniatis, T. (14 червня 1979). Characterisation of deletions which affect the expression of fetal globin genes in man. Nature. Т. 279, № 5714. с. 598—603. doi:10.1038/279598a0. ISSN 0028-0836. PMID 450109. Архів оригіналу за 21 травня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Van der Ploeg, L. H.; Konings, A.; Oort, M.; Roos, D.; Bernini, L.; Flavell, R. A. (14 лютого 1980). gamma-beta-Thalassaemia studies showing that deletion of the gamma- and delta-genes influences beta-globin gene expression in man. Nature. Т. 283, № 5748. с. 637—642. doi:10.1038/283637a0. ISSN 0028-0836. PMID 6153459. Архів оригіналу за 18 травня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Zhang, Xiaoyang; Choi, Peter S; Francis, Joshua M; Imielinski, Marcin; Watanabe, Hideo; Cherniack, Andrew D; Meyerson, Matthew (2016-02). Identification of focally amplified lineage-specific super-enhancers in human epithelial cancers. Nature Genetics (англ.). Т. 48, № 2. с. 176—182. doi:10.1038/ng.3470. ISSN 1061-4036. PMC 4857881. PMID 26656844. Архів оригіналу за 23 квітня 2019. Процитовано 13 січня 2020.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Mansour, M. R.; Abraham, B. J.; Anders, L.; Berezovskaya, A.; Gutierrez, A.; Durbin, A. D.; Etchin, J.; Lawton, L.; Sallan, S. E. (12 грудня 2014). An oncogenic super-enhancer formed through somatic mutation of a noncoding intergenic element. Science (англ.). Т. 346, № 6215. с. 1373—1377. doi:10.1126/science.1259037. ISSN 0036-8075. PMC 4720521. PMID 25394790. Процитовано 13 січня 2020.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Zambelli, Federico; Pesole, Graziano; Pavesi, Giulio (2013-03). Motif discovery and transcription factor binding sites before and after the next-generation sequencing era. Briefings in Bioinformatics. Т. 14, № 2. с. 225—237. doi:10.1093/bib/bbs016. ISSN 1477-4054. PMC 3603212. PMID 22517426. Архів оригіналу за 21 липня 2015. Процитовано 13 січня 2020.
Bailey, Swneke D.; Zhang, Xiaoyang; Desai, Kinjal; Aid, Malika; Corradin, Olivia; Cowper-Sal·lari, Richard; Akhtar-Zaidi, Batool; Scacheri, Peter C.; Haibe-Kains, Benjamin (3 лютого 2015). ZNF143 provides sequence specificity to secure chromatin interactions at gene promoters. Nature Communications (англ.). Т. 6, № 1. с. 1—10. doi:10.1038/ncomms7186. ISSN 2041-1723. PMC 4431651. PMID 25645053. Архів оригіналу за 25 травня 2021. Процитовано 13 січня 2020.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)

oup.com

academic.oup.com

Wong, Ka-Chun (1 жовтня 2017). MotifHyades: expectation maximization for de novo DNA motif pair discovery on paired sequences. Bioinformatics (англ.). Т. 33, № 19. с. 3028—3035. doi:10.1093/bioinformatics/btx381. ISSN 1367-4803. Архів оригіналу за 29 травня 2019. Процитовано 13 січня 2020.

plos.org

dx.plos.org

Gavrilov, Alexey A.; Golov, Arkadiy K.; Razin, Sergey V. (26 березня 2013). Dean, Ann (ред.). Actual Ligation Frequencies in the Chromosome Conformation Capture Procedure. PLoS ONE (англ.). Т. 8, № 3. с. e60403. doi:10.1371/journal.pone.0060403. ISSN 1932-6203. Процитовано 13 січня 2020.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)

scielo.br

Martins, L.A.-C.P. (1999-06). Did Sutton and Boveri propose the so-called Sutton-Boveri chromosome hypothesis?. Genetics and Molecular Biology. Т. 22, № 2. с. 261—272. doi:10.1590/S1415-47571999000200022. ISSN 1415-4757. Архів оригіналу за 2 грудня 2018. Процитовано 13 січня 2020.

sciencemag.org

Mansour, M. R.; Abraham, B. J.; Anders, L.; Berezovskaya, A.; Gutierrez, A.; Durbin, A. D.; Etchin, J.; Lawton, L.; Sallan, S. E. (12 грудня 2014). An oncogenic super-enhancer formed through somatic mutation of a noncoding intergenic element. Science (англ.). Т. 346, № 6215. с. 1373—1377. doi:10.1126/science.1259037. ISSN 0036-8075. PMC 4720521. PMID 25394790. Процитовано 13 січня 2020.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)

springer.com

link.springer.com

Gavrilov, Alexey; Eivazova, Elvira; Pirozhkova, Iryna; Lipinski, Marc; Razin, Sergey; Vassetzky, Yegor (2009). Collas, Philippe (ред.). Chromosome Conformation Capture (from 3C to 5C) and Its ChIP-Based Modification. Chromatin Immunoprecipitation Assays. Т. 567. Totowa, NJ: Humana Press. с. 171—188. doi:10.1007/978-1-60327-414-2_12.. ISBN 978-1-60327-413-5. {{cite book}}: Перевірте значення |doi= (довідка)

web.archive.org

Hakim, Ofir; Misteli, Tom (2012-03). SnapShot: Chromosome Conformation Capture. Cell (англ.). Т. 148, № 5. с. 1068—1068.e2. doi:10.1016/j.cell.2012.02.019. Архів оригіналу за 21 квітня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Ay, Ferhat; Bailey, Timothy L.; Noble, William Stafford (2014-06). Statistical confidence estimation for Hi-C data reveals regulatory chromatin contacts. Genome Research. Т. 24, № 6. с. 999—1011. doi:10.1101/gr.160374.113. ISSN 1549-5469. PMC 4032863. PMID 24501021. Архів оригіналу за 30 квітня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Dekker, Job (2006-01). The three 'C' s of chromosome conformation capture: controls, controls, controls. Nature Methods (англ.). Т. 3, № 1. с. 17—21. doi:10.1038/nmeth823. ISSN 1548-7091. Архів оригіналу за 2 травня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Dekker, Job (2003-06). A closer look at long-range chromosomal interactions. Trends in Biochemical Sciences (англ.). Т. 28, № 6. с. 277—280. doi:10.1016/S0968-0004(03)00089-6. Архів оригіналу за 13 січня 2020. Процитовано 13 січня 2020.
Rao, Suhas S. P.; Huntley, Miriam H.; Durand, Neva C.; Stamenova, Elena K.; Bochkov, Ivan D.; Robinson, James T.; Sanborn, Adrian L.; Machol, Ido; Omer, Arina D. (18 грудня 2014). A 3D map of the human genome at kilobase resolution reveals principles of chromatin looping. Cell. Т. 159, № 7. с. 1665—1680. doi:10.1016/j.cell.2014.11.021. ISSN 1097-4172. PMC 5635824. PMID 25497547. Архів оригіналу за 7 травня 2020. Процитовано 13 січня 2020.
Varoquaux, Nelle; Ay, Ferhat; Noble, William Stafford; Vert, Jean-Philippe (15 червня 2014). A statistical approach for inferring the 3D structure of the genome. Bioinformatics (Oxford, England). Т. 30, № 12. с. i26—33. doi:10.1093/bioinformatics/btu268. ISSN 1367-4811. PMC 4229903. PMID 24931992. Архів оригіналу за 30 жовтня 2018. Процитовано 13 січня 2020.
Davies, James O J; Oudelaar, A Marieke; Higgs, Douglas R; Hughes, Jim R (2017-02). How best to identify chromosomal interactions: a comparison of approaches. Nature Methods (англ.). Т. 14, № 2. с. 125—134. doi:10.1038/nmeth.4146. ISSN 1548-7091. Архів оригіналу за 27 квітня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Denker, Annette; de Laat, Wouter (06 15, 2016). The second decade of 3C technologies: detailed insights into nuclear organization. Genes & Development. Т. 30, № 12. с. 1357—1382. doi:10.1101/gad.281964.116. ISSN 1549-5477. PMC 4926860. PMID 27340173. Архів оригіналу за 30 жовтня 2018. Процитовано 13 січня 2020.
Martins, L.A.-C.P. (1999-06). Did Sutton and Boveri propose the so-called Sutton-Boveri chromosome hypothesis?. Genetics and Molecular Biology. Т. 22, № 2. с. 261—272. doi:10.1590/S1415-47571999000200022. ISSN 1415-4757. Архів оригіналу за 2 грудня 2018. Процитовано 13 січня 2020.
Deichmann, Ute (08 01, 2016). Epigenetics: The origins and evolution of a fashionable topic. Developmental Biology. Т. 416, № 1. с. 249—254. doi:10.1016/j.ydbio.2016.06.005. ISSN 1095-564X. PMID 27291929. Архів оригіналу за 15 лютого 2020. Процитовано 13 січня 2020.
Lu, Haoyang; Liu, Xinzhou; Deng, Yulin; Qing, Hong (5 грудня 2013). DNA methylation, a hand behind neurodegenerative diseases. Frontiers in Aging Neuroscience. Т. 5. с. 85. doi:10.3389/fnagi.2013.00085. ISSN 1663-4365. PMC 3851782. PMID 24367332. Архів оригіналу за 26 травня 2016. Процитовано 13 січня 2020.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Cremer, Thomas; Cremer, Marion (2010-03). Chromosome territories. Cold Spring Harbor Perspectives in Biology. Т. 2, № 3. с. a003889. doi:10.1101/cshperspect.a003889. ISSN 1943-0264. PMC 2829961. PMID 20300217. Архів оригіналу за 18 травня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Cullen, K. E.; Kladde, M. P.; Seyfred, M. A. (9 липня 1993). Interaction between transcription regulatory regions of prolactin chromatin. Science (New York, N.Y.). Т. 261, № 5118. с. 203—206. doi:10.1126/science.8327891. ISSN 0036-8075. PMID 8327891. Архів оригіналу за 14 грудня 2017. Процитовано 13 січня 2020.
Dekker, Job; Rippe, Karsten; Dekker, Martijn; Kleckner, Nancy (15 лютого 2002). Capturing chromosome conformation. Science (New York, N.Y.). Т. 295, № 5558. с. 1306—1311. doi:10.1126/science.1067799. ISSN 1095-9203. PMID 11847345. Архів оригіналу за 15 жовтня 2017. Процитовано 13 січня 2020.
Osborne, Cameron S.; Ewels, Philip A.; Young, Alice N. C. (2011-01). Meet the neighbours: tools to dissect nuclear structure and function. Briefings in Functional Genomics. Т. 10, № 1. с. 11—17. doi:10.1093/bfgp/elq034. ISSN 2041-2657. PMC 3080762. PMID 21258046. Архів оригіналу за 29 жовтня 2018. Процитовано 13 січня 2020.
Simonis, Marieke; Klous, Petra; Splinter, Erik; Moshkin, Yuri; Willemsen, Rob; de Wit, Elzo; van Steensel, Bas; de Laat, Wouter (2006-11). Nuclear organization of active and inactive chromatin domains uncovered by chromosome conformation capture-on-chip (4C). Nature Genetics. Т. 38, № 11. с. 1348—1354. doi:10.1038/ng1896. ISSN 1061-4036. PMID 17033623. Архів оригіналу за 29 жовтня 2018. Процитовано 13 січня 2020.
Dostie, Josée; Richmond, Todd A.; Arnaout, Ramy A.; Selzer, Rebecca R.; Lee, William L.; Honan, Tracey A.; Rubio, Eric D.; Krumm, Anton; Lamb, Justin (2006-10). Chromosome Conformation Capture Carbon Copy (5C): a massively parallel solution for mapping interactions between genomic elements. Genome Research. Т. 16, № 10. с. 1299—1309. doi:10.1101/gr.5571506. ISSN 1088-9051. PMC 1581439. PMID 16954542. Архів оригіналу за 6 травня 2020. Процитовано 13 січня 2020.
Albert, Istvan; Mavrich, Travis N.; Tomsho, Lynn P.; Qi, Ji; Zanton, Sara J.; Schuster, Stephan C.; Pugh, B. Franklin (29 березня 2007). Translational and rotational settings of H2A.Z nucleosomes across the Saccharomyces cerevisiae genome. Nature. Т. 446, № 7135. с. 572—576. doi:10.1038/nature05632. ISSN 1476-4687. PMID 17392789. Архів оригіналу за 15 липня 2016. Процитовано 13 січня 2020.
Lieberman-Aiden, Erez; van Berkum, Nynke L.; Williams, Louise; Imakaev, Maxim; Ragoczy, Tobias; Telling, Agnes; Amit, Ido; Lajoie, Bryan R.; Sabo, Peter J. (9 жовтня 2009). Comprehensive mapping of long-range interactions reveals folding principles of the human genome. Science (New York, N.Y.). Т. 326, № 5950. с. 289—293. doi:10.1126/science.1181369. ISSN 1095-9203. PMC 2858594. PMID 19815776. Архів оригіналу за 4 травня 2020. Процитовано 13 січня 2020.
Fullwood, Melissa J.; Liu, Mei Hui; Pan, You Fu; Liu, Jun; Xu, Han; Mohamed, Yusoff Bin; Orlov, Yuriy L.; Velkov, Stoyan; Ho, Andrea (5 листопада 2009). An oestrogen-receptor-alpha-bound human chromatin interactome. Nature. Т. 462, № 7269. с. 58—64. doi:10.1038/nature08497. ISSN 1476-4687. PMC 2774924. PMID 19890323. Архів оригіналу за 4 квітня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Dixon, Jesse R.; Selvaraj, Siddarth; Yue, Feng; Kim, Audrey; Li, Yan; Shen, Yin; Hu, Ming; Liu, Jun S.; Ren, Bing (11 квітня 2012). Topological domains in mammalian genomes identified by analysis of chromatin interactions. Nature. Т. 485, № 7398. с. 376—380. doi:10.1038/nature11082. ISSN 1476-4687. PMC 3356448. PMID 22495300. Архів оригіналу за 26 липня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Nora, Elphège P.; Lajoie, Bryan R.; Schulz, Edda G.; Giorgetti, Luca; Okamoto, Ikuhiro; Servant, Nicolas; Piolot, Tristan; van Berkum, Nynke L.; Meisig, Johannes (11 квітня 2012). Spatial partitioning of the regulatory landscape of the X-inactivation centre. Nature. Т. 485, № 7398. с. 381—385. doi:10.1038/nature11049. ISSN 1476-4687. PMC 3555144. PMID 22495304. Архів оригіналу за 5 вересня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Nagano, Takashi; Lubling, Yaniv; Stevens, Tim J.; Schoenfelder, Stefan; Yaffe, Eitan; Dean, Wendy; Laue, Ernest D.; Tanay, Amos; Fraser, Peter (3 жовтня 2013). Single-cell Hi-C reveals cell-to-cell variability in chromosome structure. Nature. Т. 502, № 7469. с. 59—64. doi:10.1038/nature12593. ISSN 1476-4687. PMC 3869051. PMID 24067610. Архів оригіналу за 11 грудня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Naumova, Natalia; Smith, Emily M.; Zhan, Ye; Dekker, Job (2012-11). Analysis of long-range chromatin interactions using Chromosome Conformation Capture. Methods (англ.). Т. 58, № 3. с. 192—203. doi:10.1016/j.ymeth.2012.07.022. Архів оригіналу за 15 травня 2020. Процитовано 13 січня 2020.
Stadhouders, Ralph; Kolovos, Petros; Brouwer, Rutger; Zuin, Jessica; van den Heuvel, Anita; Kockx, Christel; Palstra, Robert-Jan; Wendt, Kerstin S; Grosveld, Frank (2013-03). Multiplexed chromosome conformation capture sequencing for rapid genome-scale high-resolution detection of long-range chromatin interactions. Nature Protocols (англ.). Т. 8, № 3. с. 509—524. doi:10.1038/nprot.2013.018. ISSN 1754-2189. Архів оригіналу за 2 травня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Zhao, Zhihu; Tavoosidana, Gholamreza; Sjölinder, Mikael; Göndör, Anita; Mariano, Piero; Wang, Sha; Kanduri, Chandrasekhar; Lezcano, Magda; Singh Sandhu, Kuljeet (2006-11). Circular chromosome conformation capture (4C) uncovers extensive networks of epigenetically regulated intra- and interchromosomal interactions. Nature Genetics (англ.). Т. 38, № 11. с. 1341—1347. doi:10.1038/ng1891. ISSN 1061-4036. Архів оригіналу за 2 травня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
van de Werken, Harmen J G; Landan, Gilad; Holwerda, Sjoerd J B; Hoichman, Michael; Klous, Petra; Chachik, Ran; Splinter, Erik; Valdes-Quezada, Christian; Öz, Yuva (2012-10). Robust 4C-seq data analysis to screen for regulatory DNA interactions. Nature Methods (англ.). Т. 9, № 10. с. 969—972. doi:10.1038/nmeth.2173. ISSN 1548-7091. Архів оригіналу за 2 травня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Harewood, Louise; Kishore, Kamal; Eldridge, Matthew D.; Wingett, Steven; Pearson, Danita; Schoenfelder, Stefan; Collins, V. Peter; Fraser, Peter (2017-12). Hi-C as a tool for precise detection and characterisation of chromosomal rearrangements and copy number variation in human tumours. Genome Biology (англ.). Т. 18, № 1. с. 125. doi:10.1186/s13059-017-1253-8. ISSN 1474-760X. Архів оригіналу за 12 лютого 2020. Процитовано 13 січня 2020.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Burton, Joshua N; Adey, Andrew; Patwardhan, Rupali P; Qiu, Ruolan; Kitzman, Jacob O; Shendure, Jay (2013-12). Chromosome-scale scaffolding of de novo genome assemblies based on chromatin interactions. Nature Biotechnology (англ.). Т. 31, № 12. с. 1119—1125. doi:10.1038/nbt.2727. ISSN 1087-0156. Архів оригіналу за 24 квітня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Schmitt, Anthony D.; Hu, Ming; Ren, Bing (2016-12). Genome-wide mapping and analysis of chromosome architecture. Nature Reviews Molecular Cell Biology (англ.). Т. 17, № 12. с. 743—755. doi:10.1038/nrm.2016.104. ISSN 1471-0072. Архів оригіналу за 29 квітня 2020. Процитовано 13 січня 2020.
Hughes, Jim R; Roberts, Nigel; McGowan, Simon; Hay, Deborah; Giannoulatou, Eleni; Lynch, Magnus; De Gobbi, Marco; Taylor, Stephen; Gibbons, Richard (2014-02). Analysis of hundreds of cis-regulatory landscapes at high resolution in a single, high-throughput experiment. Nature Genetics (англ.). Т. 46, № 2. с. 205—212. doi:10.1038/ng.2871. ISSN 1061-4036. Архів оригіналу за 23 квітня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Davies, James O J; Telenius, Jelena M; McGowan, Simon J; Roberts, Nigel A; Taylor, Stephen; Higgs, Douglas R; Hughes, Jim R (2016-01). Multiplexed analysis of chromosome conformation at vastly improved sensitivity. Nature Methods (англ.). Т. 13, № 1. с. 74—80. doi:10.1038/nmeth.3664. ISSN 1548-7091. Архів оригіналу за 23 квітня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
the GIANT Consortium (2009-01). Six new loci associated with body mass index highlight a neuronal influence on body weight regulation. Nature Genetics (англ.). Т. 41, № 1. с. 25—34. doi:10.1038/ng.287. ISSN 1061-4036. Архів оригіналу за 6 вересня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Jäger, Roland; Migliorini, Gabriele; Henrion, Marc; Kandaswamy, Radhika; Speedy, Helen E.; Heindl, Andreas; Whiffin, Nicola; Carnicer, Maria J.; Broome, Laura (2015-05). Capture Hi-C identifies the chromatin interactome of colorectal cancer risk loci. Nature Communications (англ.). Т. 6, № 1. с. 6178. doi:10.1038/ncomms7178. ISSN 2041-1723. Архів оригіналу за 23 квітня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Horike, Shin-ichi; Cai, Shutao; Miyano, Masaru; Cheng, Jan-Fang; Kohwi-Shigematsu, Terumi (2005-01). Loss of silent-chromatin looping and impaired imprinting of DLX5 in Rett syndrome. Nature Genetics (англ.). Т. 37, № 1. с. 31—40. doi:10.1038/ng1491. ISSN 1061-4036. Архів оригіналу за 6 грудня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Mumbach, Maxwell R.; Rubin, Adam J.; Flynn, Ryan A.; Dai, Chao; Khavari, Paul A.; Greenleaf, William J.; Chang, Howard Y. (2016-11). HiChIP: efficient and sensitive analysis of protein-directed genome architecture. Nature Methods. Т. 13, № 11. с. 919—922. doi:10.1038/nmeth.3999. ISSN 1548-7105. PMC 5501173. PMID 27643841. Архів оригіналу за 30 квітня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Tolhuis, Bas; Palstra, Robert-Jan; Splinter, Erik; Grosveld, Frank; de Laat, Wouter (2002-12). Looping and Interaction between Hypersensitive Sites in the Active β-globin Locus. Molecular Cell (англ.). Т. 10, № 6. с. 1453—1465. doi:10.1016/S1097-2765(02)00781-5. Архів оригіналу за 7 лютого 2020. Процитовано 13 січня 2020.
Cavalli, Giacomo; Misteli, Tom (2013-03). Functional implications of genome topology. Nature Structural & Molecular Biology (англ.). Т. 20, № 3. с. 290—299. doi:10.1038/nsmb.2474. ISSN 1545-9993. Архів оригіналу за 26 квітня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Dekker, Job; Marti-Renom, Marc A.; Mirny, Leonid A. (2013-06). Exploring the three-dimensional organization of genomes: interpreting chromatin interaction data. Nature Reviews Genetics (англ.). Т. 14, № 6. с. 390—403. doi:10.1038/nrg3454. ISSN 1471-0056. Архів оригіналу за 3 грудня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Guo, Ya; Xu, Quan; Canzio, Daniele; Shou, Jia; Li, Jinhuan; Gorkin, David U.; Jung, Inkyung; Wu, Haiyang; Zhai, Yanan (2015-08). CRISPR Inversion of CTCF Sites Alters Genome Topology and Enhancer/Promoter Function. Cell (англ.). Т. 162, № 4. с. 900—910. doi:10.1016/j.cell.2015.07.038. Архів оригіналу за 17 лютого 2020. Процитовано 13 січня 2020.
Krijger, Peter Hugo Lodewijk; de Laat, Wouter (2016-12). Regulation of disease-associated gene expression in the 3D genome. Nature Reviews Molecular Cell Biology (англ.). Т. 17, № 12. с. 771—782. doi:10.1038/nrm.2016.138. ISSN 1471-0072. Архів оригіналу за 29 квітня 2020. Процитовано 13 січня 2020.
Fritsch, E. F.; Lawn, R. M.; Maniatis, T. (14 червня 1979). Characterisation of deletions which affect the expression of fetal globin genes in man. Nature. Т. 279, № 5714. с. 598—603. doi:10.1038/279598a0. ISSN 0028-0836. PMID 450109. Архів оригіналу за 21 травня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Van der Ploeg, L. H.; Konings, A.; Oort, M.; Roos, D.; Bernini, L.; Flavell, R. A. (14 лютого 1980). gamma-beta-Thalassaemia studies showing that deletion of the gamma- and delta-genes influences beta-globin gene expression in man. Nature. Т. 283, № 5748. с. 637—642. doi:10.1038/283637a0. ISSN 0028-0836. PMID 6153459. Архів оригіналу за 18 травня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Zhang, Xiaoyang; Choi, Peter S; Francis, Joshua M; Imielinski, Marcin; Watanabe, Hideo; Cherniack, Andrew D; Meyerson, Matthew (2016-02). Identification of focally amplified lineage-specific super-enhancers in human epithelial cancers. Nature Genetics (англ.). Т. 48, № 2. с. 176—182. doi:10.1038/ng.3470. ISSN 1061-4036. PMC 4857881. PMID 26656844. Архів оригіналу за 23 квітня 2019. Процитовано 13 січня 2020.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Dixon, Jesse R.; Selvaraj, Siddarth; Yue, Feng; Kim, Audrey; Li, Yan; Shen, Yin; Hu, Ming; Liu, Jun S.; Ren, Bing (2012-05). Topological domains in mammalian genomes identified by analysis of chromatin interactions. Nature (англ.). Т. 485, № 7398. с. 376—380. doi:10.1038/nature11082. ISSN 0028-0836. Архів оригіналу за 10 грудня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Yardımcı, Galip Gürkan; Noble, William Stafford (2017-12). Software tools for visualizing Hi-C data. Genome Biology (англ.). Т. 18, № 1. с. 26. doi:10.1186/s13059-017-1161-y. ISSN 1474-760X. Архів оригіналу за 21 листопада 2019. Процитовано 13 січня 2020.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Imakaev, Maxim; Fudenberg, Geoffrey; McCord, Rachel Patton; Naumova, Natalia; Goloborodko, Anton; Lajoie, Bryan R; Dekker, Job; Mirny, Leonid A (2012-10). Iterative correction of Hi-C data reveals hallmarks of chromosome organization. Nature Methods (англ.). Т. 9, № 10. с. 999—1003. doi:10.1038/nmeth.2148. ISSN 1548-7091. Архів оригіналу за 10 грудня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Lajoie, Bryan R.; Dekker, Job; Kaplan, Noam (2015-01). The Hitchhiker’s guide to Hi-C analysis: Practical guidelines. Methods (англ.). Т. 72. с. 65—75. doi:10.1016/j.ymeth.2014.10.031. Архів оригіналу за 3 травня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Zambelli, Federico; Pesole, Graziano; Pavesi, Giulio (2013-03). Motif discovery and transcription factor binding sites before and after the next-generation sequencing era. Briefings in Bioinformatics. Т. 14, № 2. с. 225—237. doi:10.1093/bib/bbs016. ISSN 1477-4054. PMC 3603212. PMID 22517426. Архів оригіналу за 21 липня 2015. Процитовано 13 січня 2020.
Bailey, Swneke D.; Zhang, Xiaoyang; Desai, Kinjal; Aid, Malika; Corradin, Olivia; Cowper-Sal·lari, Richard; Akhtar-Zaidi, Batool; Scacheri, Peter C.; Haibe-Kains, Benjamin (3 лютого 2015). ZNF143 provides sequence specificity to secure chromatin interactions at gene promoters. Nature Communications (англ.). Т. 6, № 1. с. 1—10. doi:10.1038/ncomms7186. ISSN 2041-1723. PMC 4431651. PMID 25645053. Архів оригіналу за 25 травня 2021. Процитовано 13 січня 2020.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Wong, Ka-Chun (1 жовтня 2017). MotifHyades: expectation maximization for de novo DNA motif pair discovery on paired sequences. Bioinformatics (англ.). Т. 33, № 19. с. 3028—3035. doi:10.1093/bioinformatics/btx381. ISSN 1367-4803. Архів оригіналу за 29 травня 2019. Процитовано 13 січня 2020.

wiley.com

doi.wiley.com

Wieczorek, Dagmar; Pawlik, Barbara; Li, Yun; Akarsu, Nurten A.; Caliebe, Almuth; May, Klaus J.W.; Schweiger, Bernd; Vargas, Fernando R.; Balci, Sevim (2010-01). A specific mutation in the distant sonic hedgehog ( SHH ) cis -regulator (ZRS) causes Werner mesomelic syndrome (WMS) while complete ZRS duplications underlie Haas type polysyndactyly and preaxial polydactyly (PPD) with or without triphalangeal thumb. Human Mutation (англ.). Т. 31, № 1. с. 81—89. doi:10.1002/humu.21142. Процитовано 13 січня 2020.

worldcat.org

de Wit, E.; de Laat, W. (1 січня 2012). A decade of 3C technologies: insights into nuclear organization. Genes & Development. Т. 26, № 1. с. 11—24. doi:10.1101/gad.179804.111. ISSN 0890-9369. Процитовано 13 січня 2020.
Ay, Ferhat; Bailey, Timothy L.; Noble, William Stafford (2014-06). Statistical confidence estimation for Hi-C data reveals regulatory chromatin contacts. Genome Research. Т. 24, № 6. с. 999—1011. doi:10.1101/gr.160374.113. ISSN 1549-5469. PMC 4032863. PMID 24501021. Архів оригіналу за 30 квітня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Dekker, Job (2006-01). The three 'C' s of chromosome conformation capture: controls, controls, controls. Nature Methods (англ.). Т. 3, № 1. с. 17—21. doi:10.1038/nmeth823. ISSN 1548-7091. Архів оригіналу за 2 травня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Rao, Suhas S. P.; Huntley, Miriam H.; Durand, Neva C.; Stamenova, Elena K.; Bochkov, Ivan D.; Robinson, James T.; Sanborn, Adrian L.; Machol, Ido; Omer, Arina D. (18 грудня 2014). A 3D map of the human genome at kilobase resolution reveals principles of chromatin looping. Cell. Т. 159, № 7. с. 1665—1680. doi:10.1016/j.cell.2014.11.021. ISSN 1097-4172. PMC 5635824. PMID 25497547. Архів оригіналу за 7 травня 2020. Процитовано 13 січня 2020.
Varoquaux, Nelle; Ay, Ferhat; Noble, William Stafford; Vert, Jean-Philippe (15 червня 2014). A statistical approach for inferring the 3D structure of the genome. Bioinformatics (Oxford, England). Т. 30, № 12. с. i26—33. doi:10.1093/bioinformatics/btu268. ISSN 1367-4811. PMC 4229903. PMID 24931992. Архів оригіналу за 30 жовтня 2018. Процитовано 13 січня 2020.
Davies, James O J; Oudelaar, A Marieke; Higgs, Douglas R; Hughes, Jim R (2017-02). How best to identify chromosomal interactions: a comparison of approaches. Nature Methods (англ.). Т. 14, № 2. с. 125—134. doi:10.1038/nmeth.4146. ISSN 1548-7091. Архів оригіналу за 27 квітня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Denker, Annette; de Laat, Wouter (06 15, 2016). The second decade of 3C technologies: detailed insights into nuclear organization. Genes & Development. Т. 30, № 12. с. 1357—1382. doi:10.1101/gad.281964.116. ISSN 1549-5477. PMC 4926860. PMID 27340173. Архів оригіналу за 30 жовтня 2018. Процитовано 13 січня 2020.
WHIPPLE, ROBERT S. (1933-02). The History of the Microscope: Compiled from Original Instruments and Documents, up to the Introduction of the Achromatic Microscope. Nature. Т. 131, № 3303. с. 219—221. doi:10.1038/131219a0. ISSN 0028-0836. Процитовано 13 січня 2020.
Martins, L.A.-C.P. (1999-06). Did Sutton and Boveri propose the so-called Sutton-Boveri chromosome hypothesis?. Genetics and Molecular Biology. Т. 22, № 2. с. 261—272. doi:10.1590/S1415-47571999000200022. ISSN 1415-4757. Архів оригіналу за 2 грудня 2018. Процитовано 13 січня 2020.
Broccias, Cristiano (17 лютого 2012). Nikolas Gisborne, The event structure of perception verbs. Oxford: Oxford University Press, 2010. Pp. x + 317. English Language and Linguistics. Т. 16, № 1. с. 176—183. doi:10.1017/s1360674311000347. ISSN 1360-6743. Процитовано 13 січня 2020.
Deichmann, Ute (08 01, 2016). Epigenetics: The origins and evolution of a fashionable topic. Developmental Biology. Т. 416, № 1. с. 249—254. doi:10.1016/j.ydbio.2016.06.005. ISSN 1095-564X. PMID 27291929. Архів оригіналу за 15 лютого 2020. Процитовано 13 січня 2020.
Lu, Haoyang; Liu, Xinzhou; Deng, Yulin; Qing, Hong (5 грудня 2013). DNA methylation, a hand behind neurodegenerative diseases. Frontiers in Aging Neuroscience. Т. 5. с. 85. doi:10.3389/fnagi.2013.00085. ISSN 1663-4365. PMC 3851782. PMID 24367332. Архів оригіналу за 26 травня 2016. Процитовано 13 січня 2020.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Cremer, Thomas; Cremer, Marion (2010-03). Chromosome territories. Cold Spring Harbor Perspectives in Biology. Т. 2, № 3. с. a003889. doi:10.1101/cshperspect.a003889. ISSN 1943-0264. PMC 2829961. PMID 20300217. Архів оригіналу за 18 травня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Cullen, K. E.; Kladde, M. P.; Seyfred, M. A. (9 липня 1993). Interaction between transcription regulatory regions of prolactin chromatin. Science (New York, N.Y.). Т. 261, № 5118. с. 203—206. doi:10.1126/science.8327891. ISSN 0036-8075. PMID 8327891. Архів оригіналу за 14 грудня 2017. Процитовано 13 січня 2020.
Dekker, Job; Rippe, Karsten; Dekker, Martijn; Kleckner, Nancy (15 лютого 2002). Capturing chromosome conformation. Science (New York, N.Y.). Т. 295, № 5558. с. 1306—1311. doi:10.1126/science.1067799. ISSN 1095-9203. PMID 11847345. Архів оригіналу за 15 жовтня 2017. Процитовано 13 січня 2020.
Osborne, Cameron S.; Ewels, Philip A.; Young, Alice N. C. (2011-01). Meet the neighbours: tools to dissect nuclear structure and function. Briefings in Functional Genomics. Т. 10, № 1. с. 11—17. doi:10.1093/bfgp/elq034. ISSN 2041-2657. PMC 3080762. PMID 21258046. Архів оригіналу за 29 жовтня 2018. Процитовано 13 січня 2020.
Simonis, Marieke; Klous, Petra; Splinter, Erik; Moshkin, Yuri; Willemsen, Rob; de Wit, Elzo; van Steensel, Bas; de Laat, Wouter (2006-11). Nuclear organization of active and inactive chromatin domains uncovered by chromosome conformation capture-on-chip (4C). Nature Genetics. Т. 38, № 11. с. 1348—1354. doi:10.1038/ng1896. ISSN 1061-4036. PMID 17033623. Архів оригіналу за 29 жовтня 2018. Процитовано 13 січня 2020.
Dostie, Josée; Richmond, Todd A.; Arnaout, Ramy A.; Selzer, Rebecca R.; Lee, William L.; Honan, Tracey A.; Rubio, Eric D.; Krumm, Anton; Lamb, Justin (2006-10). Chromosome Conformation Capture Carbon Copy (5C): a massively parallel solution for mapping interactions between genomic elements. Genome Research. Т. 16, № 10. с. 1299—1309. doi:10.1101/gr.5571506. ISSN 1088-9051. PMC 1581439. PMID 16954542. Архів оригіналу за 6 травня 2020. Процитовано 13 січня 2020.
Albert, Istvan; Mavrich, Travis N.; Tomsho, Lynn P.; Qi, Ji; Zanton, Sara J.; Schuster, Stephan C.; Pugh, B. Franklin (29 березня 2007). Translational and rotational settings of H2A.Z nucleosomes across the Saccharomyces cerevisiae genome. Nature. Т. 446, № 7135. с. 572—576. doi:10.1038/nature05632. ISSN 1476-4687. PMID 17392789. Архів оригіналу за 15 липня 2016. Процитовано 13 січня 2020.
Lieberman-Aiden, Erez; van Berkum, Nynke L.; Williams, Louise; Imakaev, Maxim; Ragoczy, Tobias; Telling, Agnes; Amit, Ido; Lajoie, Bryan R.; Sabo, Peter J. (9 жовтня 2009). Comprehensive mapping of long-range interactions reveals folding principles of the human genome. Science (New York, N.Y.). Т. 326, № 5950. с. 289—293. doi:10.1126/science.1181369. ISSN 1095-9203. PMC 2858594. PMID 19815776. Архів оригіналу за 4 травня 2020. Процитовано 13 січня 2020.
Fullwood, Melissa J.; Liu, Mei Hui; Pan, You Fu; Liu, Jun; Xu, Han; Mohamed, Yusoff Bin; Orlov, Yuriy L.; Velkov, Stoyan; Ho, Andrea (5 листопада 2009). An oestrogen-receptor-alpha-bound human chromatin interactome. Nature. Т. 462, № 7269. с. 58—64. doi:10.1038/nature08497. ISSN 1476-4687. PMC 2774924. PMID 19890323. Архів оригіналу за 4 квітня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Dixon, Jesse R.; Selvaraj, Siddarth; Yue, Feng; Kim, Audrey; Li, Yan; Shen, Yin; Hu, Ming; Liu, Jun S.; Ren, Bing (11 квітня 2012). Topological domains in mammalian genomes identified by analysis of chromatin interactions. Nature. Т. 485, № 7398. с. 376—380. doi:10.1038/nature11082. ISSN 1476-4687. PMC 3356448. PMID 22495300. Архів оригіналу за 26 липня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Nora, Elphège P.; Lajoie, Bryan R.; Schulz, Edda G.; Giorgetti, Luca; Okamoto, Ikuhiro; Servant, Nicolas; Piolot, Tristan; van Berkum, Nynke L.; Meisig, Johannes (11 квітня 2012). Spatial partitioning of the regulatory landscape of the X-inactivation centre. Nature. Т. 485, № 7398. с. 381—385. doi:10.1038/nature11049. ISSN 1476-4687. PMC 3555144. PMID 22495304. Архів оригіналу за 5 вересня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Nagano, Takashi; Lubling, Yaniv; Stevens, Tim J.; Schoenfelder, Stefan; Yaffe, Eitan; Dean, Wendy; Laue, Ernest D.; Tanay, Amos; Fraser, Peter (3 жовтня 2013). Single-cell Hi-C reveals cell-to-cell variability in chromosome structure. Nature. Т. 502, № 7469. с. 59—64. doi:10.1038/nature12593. ISSN 1476-4687. PMC 3869051. PMID 24067610. Архів оригіналу за 11 грудня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Belton, Jon-Matthew; Dekker, Job (2015-06). Chromosome Conformation Capture (3C) in Budding Yeast. Cold Spring Harbor Protocols (англ.). Т. 2015, № 6. с. pdb.prot085175. doi:10.1101/pdb.prot085175. ISSN 1940-3402. Процитовано 13 січня 2020.
Gavrilov, Alexey A.; Golov, Arkadiy K.; Razin, Sergey V. (26 березня 2013). Dean, Ann (ред.). Actual Ligation Frequencies in the Chromosome Conformation Capture Procedure. PLoS ONE (англ.). Т. 8, № 3. с. e60403. doi:10.1371/journal.pone.0060403. ISSN 1932-6203. Процитовано 13 січня 2020.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Stadhouders, Ralph; Kolovos, Petros; Brouwer, Rutger; Zuin, Jessica; van den Heuvel, Anita; Kockx, Christel; Palstra, Robert-Jan; Wendt, Kerstin S; Grosveld, Frank (2013-03). Multiplexed chromosome conformation capture sequencing for rapid genome-scale high-resolution detection of long-range chromatin interactions. Nature Protocols (англ.). Т. 8, № 3. с. 509—524. doi:10.1038/nprot.2013.018. ISSN 1754-2189. Архів оригіналу за 2 травня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Zhao, Zhihu; Tavoosidana, Gholamreza; Sjölinder, Mikael; Göndör, Anita; Mariano, Piero; Wang, Sha; Kanduri, Chandrasekhar; Lezcano, Magda; Singh Sandhu, Kuljeet (2006-11). Circular chromosome conformation capture (4C) uncovers extensive networks of epigenetically regulated intra- and interchromosomal interactions. Nature Genetics (англ.). Т. 38, № 11. с. 1341—1347. doi:10.1038/ng1891. ISSN 1061-4036. Архів оригіналу за 2 травня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
van de Werken, Harmen J G; Landan, Gilad; Holwerda, Sjoerd J B; Hoichman, Michael; Klous, Petra; Chachik, Ran; Splinter, Erik; Valdes-Quezada, Christian; Öz, Yuva (2012-10). Robust 4C-seq data analysis to screen for regulatory DNA interactions. Nature Methods (англ.). Т. 9, № 10. с. 969—972. doi:10.1038/nmeth.2173. ISSN 1548-7091. Архів оригіналу за 2 травня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Harewood, Louise; Kishore, Kamal; Eldridge, Matthew D.; Wingett, Steven; Pearson, Danita; Schoenfelder, Stefan; Collins, V. Peter; Fraser, Peter (2017-12). Hi-C as a tool for precise detection and characterisation of chromosomal rearrangements and copy number variation in human tumours. Genome Biology (англ.). Т. 18, № 1. с. 125. doi:10.1186/s13059-017-1253-8. ISSN 1474-760X. Архів оригіналу за 12 лютого 2020. Процитовано 13 січня 2020.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Burton, Joshua N; Adey, Andrew; Patwardhan, Rupali P; Qiu, Ruolan; Kitzman, Jacob O; Shendure, Jay (2013-12). Chromosome-scale scaffolding of de novo genome assemblies based on chromatin interactions. Nature Biotechnology (англ.). Т. 31, № 12. с. 1119—1125. doi:10.1038/nbt.2727. ISSN 1087-0156. Архів оригіналу за 24 квітня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Schmitt, Anthony D.; Hu, Ming; Ren, Bing (2016-12). Genome-wide mapping and analysis of chromosome architecture. Nature Reviews Molecular Cell Biology (англ.). Т. 17, № 12. с. 743—755. doi:10.1038/nrm.2016.104. ISSN 1471-0072. Архів оригіналу за 29 квітня 2020. Процитовано 13 січня 2020.
Hughes, Jim R; Roberts, Nigel; McGowan, Simon; Hay, Deborah; Giannoulatou, Eleni; Lynch, Magnus; De Gobbi, Marco; Taylor, Stephen; Gibbons, Richard (2014-02). Analysis of hundreds of cis-regulatory landscapes at high resolution in a single, high-throughput experiment. Nature Genetics (англ.). Т. 46, № 2. с. 205—212. doi:10.1038/ng.2871. ISSN 1061-4036. Архів оригіналу за 23 квітня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Davies, James O J; Telenius, Jelena M; McGowan, Simon J; Roberts, Nigel A; Taylor, Stephen; Higgs, Douglas R; Hughes, Jim R (2016-01). Multiplexed analysis of chromosome conformation at vastly improved sensitivity. Nature Methods (англ.). Т. 13, № 1. с. 74—80. doi:10.1038/nmeth.3664. ISSN 1548-7091. Архів оригіналу за 23 квітня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
the GIANT Consortium (2009-01). Six new loci associated with body mass index highlight a neuronal influence on body weight regulation. Nature Genetics (англ.). Т. 41, № 1. с. 25—34. doi:10.1038/ng.287. ISSN 1061-4036. Архів оригіналу за 6 вересня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Jäger, Roland; Migliorini, Gabriele; Henrion, Marc; Kandaswamy, Radhika; Speedy, Helen E.; Heindl, Andreas; Whiffin, Nicola; Carnicer, Maria J.; Broome, Laura (2015-05). Capture Hi-C identifies the chromatin interactome of colorectal cancer risk loci. Nature Communications (англ.). Т. 6, № 1. с. 6178. doi:10.1038/ncomms7178. ISSN 2041-1723. Архів оригіналу за 23 квітня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Tiwari, V. K.; Baylin, S. B. (1 березня 2009). Combined 3C-ChIP-Cloning (6C) Assay: A Tool to Unravel Protein-Mediated Genome Architecture. Cold Spring Harbor Protocols (англ.). Т. 2009, № 3. с. pdb.prot5168—pdb.prot5168. doi:10.1101/pdb.prot5168. ISSN 1559-6095. Процитовано 13 січня 2020.
Horike, Shin-ichi; Cai, Shutao; Miyano, Masaru; Cheng, Jan-Fang; Kohwi-Shigematsu, Terumi (2005-01). Loss of silent-chromatin looping and impaired imprinting of DLX5 in Rett syndrome. Nature Genetics (англ.). Т. 37, № 1. с. 31—40. doi:10.1038/ng1491. ISSN 1061-4036. Архів оригіналу за 6 грудня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Mumbach, Maxwell R.; Rubin, Adam J.; Flynn, Ryan A.; Dai, Chao; Khavari, Paul A.; Greenleaf, William J.; Chang, Howard Y. (2016-11). HiChIP: efficient and sensitive analysis of protein-directed genome architecture. Nature Methods. Т. 13, № 11. с. 919—922. doi:10.1038/nmeth.3999. ISSN 1548-7105. PMC 5501173. PMID 27643841. Архів оригіналу за 30 квітня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Cavalli, Giacomo; Misteli, Tom (2013-03). Functional implications of genome topology. Nature Structural & Molecular Biology (англ.). Т. 20, № 3. с. 290—299. doi:10.1038/nsmb.2474. ISSN 1545-9993. Архів оригіналу за 26 квітня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Dekker, Job; Marti-Renom, Marc A.; Mirny, Leonid A. (2013-06). Exploring the three-dimensional organization of genomes: interpreting chromatin interaction data. Nature Reviews Genetics (англ.). Т. 14, № 6. с. 390—403. doi:10.1038/nrg3454. ISSN 1471-0056. Архів оригіналу за 3 грудня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Krijger, Peter Hugo Lodewijk; de Laat, Wouter (2016-12). Regulation of disease-associated gene expression in the 3D genome. Nature Reviews Molecular Cell Biology (англ.). Т. 17, № 12. с. 771—782. doi:10.1038/nrm.2016.138. ISSN 1471-0072. Архів оригіналу за 29 квітня 2020. Процитовано 13 січня 2020.
Fritsch, E. F.; Lawn, R. M.; Maniatis, T. (14 червня 1979). Characterisation of deletions which affect the expression of fetal globin genes in man. Nature. Т. 279, № 5714. с. 598—603. doi:10.1038/279598a0. ISSN 0028-0836. PMID 450109. Архів оригіналу за 21 травня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Van der Ploeg, L. H.; Konings, A.; Oort, M.; Roos, D.; Bernini, L.; Flavell, R. A. (14 лютого 1980). gamma-beta-Thalassaemia studies showing that deletion of the gamma- and delta-genes influences beta-globin gene expression in man. Nature. Т. 283, № 5748. с. 637—642. doi:10.1038/283637a0. ISSN 0028-0836. PMID 6153459. Архів оригіналу за 18 травня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Jeong, Y. (15 лютого 2006). A functional screen for sonic hedgehog regulatory elements across a 1 Mb interval identifies long-range ventral forebrain enhancers. Development (англ.). Т. 133, № 4. с. 761—772. doi:10.1242/dev.02239. ISSN 0950-1991. Процитовано 13 січня 2020.
Zhang, Xiaoyang; Choi, Peter S; Francis, Joshua M; Imielinski, Marcin; Watanabe, Hideo; Cherniack, Andrew D; Meyerson, Matthew (2016-02). Identification of focally amplified lineage-specific super-enhancers in human epithelial cancers. Nature Genetics (англ.). Т. 48, № 2. с. 176—182. doi:10.1038/ng.3470. ISSN 1061-4036. PMC 4857881. PMID 26656844. Архів оригіналу за 23 квітня 2019. Процитовано 13 січня 2020.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Mansour, M. R.; Abraham, B. J.; Anders, L.; Berezovskaya, A.; Gutierrez, A.; Durbin, A. D.; Etchin, J.; Lawton, L.; Sallan, S. E. (12 грудня 2014). An oncogenic super-enhancer formed through somatic mutation of a noncoding intergenic element. Science (англ.). Т. 346, № 6215. с. 1373—1377. doi:10.1126/science.1259037. ISSN 0036-8075. PMC 4720521. PMID 25394790. Процитовано 13 січня 2020.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Dixon, Jesse R.; Selvaraj, Siddarth; Yue, Feng; Kim, Audrey; Li, Yan; Shen, Yin; Hu, Ming; Liu, Jun S.; Ren, Bing (2012-05). Topological domains in mammalian genomes identified by analysis of chromatin interactions. Nature (англ.). Т. 485, № 7398. с. 376—380. doi:10.1038/nature11082. ISSN 0028-0836. Архів оригіналу за 10 грудня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Yardımcı, Galip Gürkan; Noble, William Stafford (2017-12). Software tools for visualizing Hi-C data. Genome Biology (англ.). Т. 18, № 1. с. 26. doi:10.1186/s13059-017-1161-y. ISSN 1474-760X. Архів оригіналу за 21 листопада 2019. Процитовано 13 січня 2020.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Imakaev, Maxim; Fudenberg, Geoffrey; McCord, Rachel Patton; Naumova, Natalia; Goloborodko, Anton; Lajoie, Bryan R; Dekker, Job; Mirny, Leonid A (2012-10). Iterative correction of Hi-C data reveals hallmarks of chromosome organization. Nature Methods (англ.). Т. 9, № 10. с. 999—1003. doi:10.1038/nmeth.2148. ISSN 1548-7091. Архів оригіналу за 10 грудня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Zambelli, Federico; Pesole, Graziano; Pavesi, Giulio (2013-03). Motif discovery and transcription factor binding sites before and after the next-generation sequencing era. Briefings in Bioinformatics. Т. 14, № 2. с. 225—237. doi:10.1093/bib/bbs016. ISSN 1477-4054. PMC 3603212. PMID 22517426. Архів оригіналу за 21 липня 2015. Процитовано 13 січня 2020.
Bailey, Swneke D.; Zhang, Xiaoyang; Desai, Kinjal; Aid, Malika; Corradin, Olivia; Cowper-Sal·lari, Richard; Akhtar-Zaidi, Batool; Scacheri, Peter C.; Haibe-Kains, Benjamin (3 лютого 2015). ZNF143 provides sequence specificity to secure chromatin interactions at gene promoters. Nature Communications (англ.). Т. 6, № 1. с. 1—10. doi:10.1038/ncomms7186. ISSN 2041-1723. PMC 4431651. PMID 25645053. Архів оригіналу за 25 травня 2021. Процитовано 13 січня 2020.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Wong, Ka-Chun; Li, Yue; Peng, Chengbin (26 вересня 2015). Identification of coupling DNA motif pairs on long-range chromatin interactions in human K562 cells. Bioinformatics. Т. 32, № 3. с. 321—324. doi:10.1093/bioinformatics/btv555. ISSN 1367-4803. Процитовано 13 січня 2020.
Wong, Ka-Chun (1 жовтня 2017). MotifHyades: expectation maximization for de novo DNA motif pair discovery on paired sequences. Bioinformatics (англ.). Т. 33, № 19. с. 3028—3035. doi:10.1093/bioinformatics/btx381. ISSN 1367-4803. Архів оригіналу за 29 травня 2019. Процитовано 13 січня 2020.
Taberlay, Phillippa C.; Achinger-Kawecka, Joanna; Lun, Aaron T.L.; Buske, Fabian A.; Sabir, Kenneth; Gould, Cathryn M.; Zotenko, Elena; Bert, Saul A.; Giles, Katherine A. (2016-06). Three-dimensional disorganization of the cancer genome occurs coincident with long-range genetic and epigenetic alterations. Genome Research (англ.). Т. 26, № 6. с. 719—731. doi:10.1101/gr.201517.115. ISSN 1088-9051. Процитовано 13 січня 2020.