Мультиоміка (Ukrainian Wikipedia)

Analysis of information sources in references of the Wikipedia article "Мультиоміка" in Ukrainian language version.

refsWebsite

Global rank Ukrainian rank

219nih.gov

4^th place

5^th place

184doi.org

2^nd place

4^th place

162worldcat.org

5^th place

9^th place

42nature.com

234^th place

157^th place

15frontiersin.org

4,679^th place

904^th place

13harvard.edu

18^th place

74^th place

9sciencedirect.com

149^th place

211^th place

8mdpi.com

2,912^th place

535^th place

7oup.com

485^th place

750^th place

6biomedcentral.com

2,747^th place

1,160^th place

4wiley.com

222^nd place

164^th place

3springer.com

274^th place

202^nd place

2sagepub.com

731^st place

796^th place

2annualreviews.org

3,867^th place

3,609^th place

2pnas.org

1,293^rd place

539^th place

2acs.org

1,248^th place

900^th place

2plos.org

2,112^th place

1,541^st place

2science.org

1,160^th place

1,437^th place

2asm.org

3,555^th place

1,874^th place

2biorxiv.org

5,061^st place

5,498^th place

2bioconductor.org

low place

1vu.lt

low place

1liebertpub.com

low place

2,516^th place

1taylorfrancis.com

3,142^nd place

6,816^th place

1illumina.com

low place

1technologynetworks.com

low place

1hindawi.com

6,828^th place

4,204^th place

1facultyopinions.com

low place

1ed.ac.uk

1,871^st place

5,083^rd place

1omictools.com

low place

1linkedomics.org

low place

1latch.bio

low place

acs.org

pubs.acs.org

Specht, Harrison; Slavov, Nikolai (3 серпня 2018). Transformative Opportunities for Single-Cell Proteomics. Journal of Proteome Research (англ.). Т. 17, № 8. с. 2565—2571. doi:10.1021/acs.jproteome.8b00257. ISSN 1535-3893. PMC 6089608. PMID 29945450. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Park, Heajin; Jung, Jaesoo; Rodrigues, Emily; Kitova, Elena N.; Macauley, Matthew S.; Klassen, John S. (20 жовтня 2020). Mass Spectrometry-Based Shotgun Glycomics for Discovery of Natural Ligands of Glycan-Binding Proteins. Analytical Chemistry (англ.). Т. 92, № 20. с. 14012—14020. doi:10.1021/acs.analchem.0c02931. ISSN 0003-2700. Процитовано 11 червня 2023.

annualreviews.org

Papanicolau-Sengos, Antonios; Aldape, Kenneth (24 січня 2022). DNA Methylation Profiling: An Emerging Paradigm for Cancer Diagnosis. Annual Review of Pathology: Mechanisms of Disease (англ.). Т. 17, № 1. с. 295—321. doi:10.1146/annurev-pathol-042220-022304. ISSN 1553-4006. Процитовано 6 вересня 2023.
Mardis, Elaine R. (1 вересня 2008). Next-Generation DNA Sequencing Methods. Annual Review of Genomics and Human Genetics (англ.). Т. 9, № 1. с. 387—402. doi:10.1146/annurev.genom.9.081307.164359. ISSN 1527-8204. Процитовано 12 червня 2023.

asm.org

journals.asm.org

James, Katherine; Muñoz-Muñoz, Jose (26 квітня 2022). Gilbert, Jack A. (ред.). Computational Network Inference for Bacterial Interactomics. mSystems (англ.). Т. 7, № 2. doi:10.1128/msystems.01456-21. ISSN 2379-5077. PMC 9040873. PMID 35353009. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Handelsman, Jo (2004-12). Metagenomics: Application of Genomics to Uncultured Microorganisms. Microbiology and Molecular Biology Reviews (англ.). Т. 68, № 4. с. 669—685. doi:10.1128/MMBR.68.4.669-685.2004. ISSN 1092-2172. PMC 539003. PMID 15590779. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)

bioconductor.org

Seonggyun Han, Younghee Lee (2017), IMAS, Bioconductor, doi:10.18129/b9.bioc.imas, процитовано 28 червня 2019
Karim Mezhoud [Aut, Cre] (2017), bioCancer, Bioconductor, doi:10.18129/b9.bioc.biocancer, процитовано 28 червня 2019

biomedcentral.com

onehealthoutlook.biomedcentral.com

Uelze, Laura; Grützke, Josephine; Borowiak, Maria; Hammerl, Jens Andre; Juraschek, Katharina; Deneke, Carlus; Tausch, Simon H.; Malorny, Burkhard (2020-12). Typing methods based on whole genome sequencing data. One Health Outlook (англ.). Т. 2, № 1. doi:10.1186/s42522-020-0010-1. ISSN 2524-4655. PMC 7993478. PMID 33829127. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)

genomebiology.biomedcentral.com

Shen, Lisha; Ma, Jinqi; Li, Ping; Wu, Yujin; Yu, Hao (7 березня 2023). Recent advances in the plant epitranscriptome. Genome Biology (англ.). Т. 24, № 1. doi:10.1186/s13059-023-02872-6. ISSN 1474-760X. PMC 9990323. PMID 36882788. Процитовано 10 вересня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)

microbiomejournal.biomedcentral.com

Van Den Bossche, Tim; Arntzen, Magnus Ø.; Becher, Dörte; Benndorf, Dirk; Eijsink, Vincent G. H.; Henry, Céline; Jagtap, Pratik D.; Jehmlich, Nico; Juste, Catherine (2021-12). The Metaproteomics Initiative: a coordinated approach for propelling the functional characterization of microbiomes. Microbiome (англ.). Т. 9, № 1. doi:10.1186/s40168-021-01176-w. ISSN 2049-2618. PMC 8690404. PMID 34930457. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)

bmcmedinformdecismak.biomedcentral.com

Zhong, Yating; Peng, Yuzhong; Lin, Yanmei; Chen, Dingjia; Zhang, Hao; Zheng, Wen; Chen, Yuanyuan; Wu, Changliang (5 травня 2023). MODILM: towards better complex diseases classification using a novel multi-omics data integration learning model. BMC Medical Informatics and Decision Making (англ.). Т. 23, № 1. doi:10.1186/s12911-023-02173-9. ISSN 1472-6947. PMC 10161645. PMID 37147619. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)

bmcbioinformatics.biomedcentral.com

Wang, Conghao; Lye, Xintong; Kaalia, Rama; Kumar, Parvin; Rajapakse, Jagath C. (28 листопада 2022). Deep learning and multi-omics approach to predict drug responses in cancer. BMC Bioinformatics (англ.). Т. 22, № S10. doi:10.1186/s12859-022-04964-9. ISSN 1471-2105. PMC 9703655. PMID 36443676. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)

inflammregen.biomedcentral.com

Ota, Mineto; Fujio, Keishi (2021-12). Multi-omics approach to precision medicine for immune-mediated diseases. Inflammation and Regeneration (англ.). Т. 41, № 1. doi:10.1186/s41232-021-00173-8. ISSN 1880-8190. PMC 8325815. PMID 34332645. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)

biorxiv.org

Hutchison, William J; Keyes, Timothy J; Crowell, Helena L; Soneson, Charlotte; Mu, Wancen; Park, Ji-Eun; Davis, Eric S; Nahid, Abdullah A; Tang, Ming (13 вересня 2023). The tidyomics ecosystem: Enhancing omic data analyses (англ.). doi:10.1101/2023.09.10.557072. Процитовано 15 вересня 2023.
Choi, Hyungwon; Ewing, Rob; Choi, Kwok Pui; Fermin, Damian; Koh, Hiromi W. L. (23 липня 2018). iOmicsPASS: a novel method for integration of multi-omics data over biological networks and discovery of predictive subnetworks. bioRxiv: 374520. doi:10.1101/374520.

doi.org

Babu, Mohan; Snyder, Michael (2023-06). Multi-Omics Profiling for Health. Molecular & Cellular Proteomics. Т. 22, № 6. с. 100561. doi:10.1016/j.mcpro.2023.100561. ISSN 1535-9476. PMC 10220275. PMID 37119971. Процитовано 14 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Hasin, Yehudit; Seldin, Marcus; Lusis, Aldons (5 травня 2017). Multi-omics approaches to disease. Genome Biology. Т. 18, № 1. с. 83. doi:10.1186/s13059-017-1215-1. ISSN 1474-760X. PMC 5418815. PMID 28476144. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Pinu, Farhana R.; Beale, David J.; Paten, Amy M.; Kouremenos, Konstantinos; Swarup, Sanjay; Schirra, Horst J.; Wishart, David (2019-04). Systems Biology and Multi-Omics Integration: Viewpoints from the Metabolomics Research Community. Metabolites (англ.). Т. 9, № 4. с. 76. doi:10.3390/metabo9040076. ISSN 2218-1989. PMC 6523452. PMID 31003499. Процитовано 14 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Hood, Leroy; Tian, Qiang (1 серпня 2012). Systems Approaches to Biology and Disease Enable Translational Systems Medicine. Genomics, Proteomics & Bioinformatics (англ.). Т. 10, № 4. с. 181—185. doi:10.1016/j.gpb.2012.08.004. ISSN 1672-0229. PMC 3844613. PMID 23084773. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Bersanelli, Matteo; Mosca, Ettore; Remondini, Daniel; Giampieri, Enrico; Sala, Claudia; Castellani, Gastone; Milanesi, Luciano (20 січня 2016). Methods for the integration of multi-omics data: mathematical aspects. BMC Bioinformatics. Т. 17, № 2. с. S15. doi:10.1186/s12859-015-0857-9. ISSN 1471-2105. PMC 4959355. PMID 26821531. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Subramanian, Indhupriya; Verma, Srikant; Kumar, Shiva; Jere, Abhay; Anamika, Krishanpal (2020-01). Multi-omics Data Integration, Interpretation, and Its Application. Bioinformatics and Biology Insights (англ.). Т. 14. с. 117793221989905. doi:10.1177/1177932219899051. ISSN 1177-9322. PMC 7003173. PMID 32076369. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Mavromatis, Lucas A.; Rosoff, Daniel B.; Bell, Andrew S.; Jung, Jeesun; Wagner, Josephin; Lohoff, Falk W. (19 квітня 2023). Multi-omic underpinnings of epigenetic aging and human longevity. Nature Communications (англ.). Т. 14, № 1. с. 2236. doi:10.1038/s41467-023-37729-w. ISSN 2041-1723. Процитовано 11 червня 2023.
Hood, Leroy; Flores, Mauricio (15 вересня 2012). A personal view on systems medicine and the emergence of proactive P4 medicine: predictive, preventive, personalized and participatory. New Biotechnology (англ.). Т. 29, № 6. с. 613—624. doi:10.1016/j.nbt.2012.03.004. ISSN 1871-6784. Процитовано 11 червня 2023.
He, Feng Q.; Ollert, Markus; Balling, Rudi; Bode, Sebastian F. N.; Delhalle, Sylvie (6 лютого 2018). A roadmap towards personalized immunology. NPJ Systems Biology and Applications. 4 (1): 9. doi:10.1038/s41540-017-0045-9. ISSN 2056-7189. PMC 5802799. PMID 29423275.
Hu, Cheng; Jia, Weiping (18 серпня 2021). Multi-omics profiling: the way toward precision medicine in metabolic diseases. Journal of Molecular Cell Biology. doi:10.1093/jmcb/mjab051. ISSN 1674-2788. PMC 8697344. PMID 34406397. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Ahmed, Zeeshan (1 січня 2022). Teplow, David B. (ред.). Chapter Four - Precision medicine with multi-omics strategies, deep phenotyping, and predictive analysis. Progress in Molecular Biology and Translational Science (англ.). Т. 190. Academic Press. с. 101—125. doi:10.1016/bs.pmbts.2022.02.002.
Wang, Bo; Mezlini, Aziz M.; Demir, Feyyaz; Fiume, Marc; Tu, Zhuowen; Brudno, Michael; Haibe-Kains, Benjamin; Goldenberg, Anna (2014-03). Similarity network fusion for aggregating data types on a genomic scale. Nature Methods (англ.). Т. 11, № 3. с. 333—337. doi:10.1038/nmeth.2810. ISSN 1548-7105. Процитовано 11 червня 2023.
Alberts, Bruce; Johnson, Alexander; Lewis, Julian; Raff, Martin; Roberts, Keith; Walter, Peter (31 грудня 2007). Molecular Biology of the Cell. doi:10.1201/9780203833445. Процитовано 11 червня 2023.
International Human Genome Sequencing Consortium (2004-10). Finishing the euchromatic sequence of the human genome. Nature (англ.). Т. 431, № 7011. с. 931—945. doi:10.1038/nature03001. ISSN 1476-4687. Процитовано 11 червня 2023.
Austin-Tse, Christina A.; Jobanputra, Vaidehi; Perry, Denise L.; Bick, David; Taft, Ryan J.; Venner, Eric; Gibbs, Richard A.; Young, Ted; Barnett, Sarah (8 квітня 2022). Best practices for the interpretation and reporting of clinical whole genome sequencing. npj Genomic Medicine (англ.). Т. 7, № 1. с. 1—13. doi:10.1038/s41525-022-00295-z. ISSN 2056-7944. Процитовано 11 червня 2023.
Uelze, Laura; Grützke, Josephine; Borowiak, Maria; Hammerl, Jens Andre; Juraschek, Katharina; Deneke, Carlus; Tausch, Simon H.; Malorny, Burkhard (2020-12). Typing methods based on whole genome sequencing data. One Health Outlook (англ.). Т. 2, № 1. doi:10.1186/s42522-020-0010-1. ISSN 2524-4655. PMC 7993478. PMID 33829127. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Uffelmann, Emil; Huang, Qin Qin; Munung, Nchangwi Syntia; de Vries, Jantina; Okada, Yukinori; Martin, Alicia R.; Martin, Hilary C.; Lappalainen, Tuuli; Posthuma, Danielle (26 серпня 2021). Genome-wide association studies. Nature Reviews Methods Primers (англ.). Т. 1, № 1. с. 1—21. doi:10.1038/s43586-021-00056-9. ISSN 2662-8449. Процитовано 11 червня 2023.
Genereux, Diane P.; Serres, Aitor; Armstrong, Joel; Johnson, Jeremy; Marinescu, Voichita D.; Murén, Eva; Juan, David; Bejerano, Gill; Casewell, Nicholas R. (2020-11). A comparative genomics multitool for scientific discovery and conservation. Nature (англ.). Т. 587, № 7833. с. 240—245. doi:10.1038/s41586-020-2876-6. ISSN 1476-4687. Процитовано 11 червня 2023.
Gasperskaja, Evelina; Kučinskas, Vaidutis (25 квітня 2017). The most common technologies and tools for functional genome analysis. Acta medica Lituanica. Т. 24, № 1. с. 1—11. doi:10.6001/actamedica.v24i1.3457. ISSN 2029-4174. PMC 5467957. PMID 28630587. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Nusrat, S.; Harbig, T.; Gehlenborg, N. (2019-06). Tasks, Techniques, and Tools for Genomic Data Visualization. Computer Graphics Forum (англ.). Т. 38, № 3. с. 781—805. doi:10.1111/cgf.13727. ISSN 0167-7055. PMC 6876635. PMID 31768085. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Fazzari, Melissa J.; Greally, John M. (2010). Bang, Heejung; Zhou, Xi Kathy; van Epps, Heather L.; Mazumdar, Madhu (ред.). Introduction to Epigenomics and Epigenome-Wide Analysis. Statistical Methods in Molecular Biology (англ.). Totowa, NJ: Humana Press. с. 243—265. doi:10.1007/978-1-60761-580-4_7. ISBN 978-1-60761-580-4.
Bannister, Andrew J.; Kouzarides, Tony (2011-03). Regulation of chromatin by histone modifications. Cell Research (англ.). Т. 21, № 3. с. 381—395. doi:10.1038/cr.2011.22. ISSN 1748-7838. PMC 3193420. PMID 21321607. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Papanicolau-Sengos, Antonios; Aldape, Kenneth (24 січня 2022). DNA Methylation Profiling: An Emerging Paradigm for Cancer Diagnosis. Annual Review of Pathology: Mechanisms of Disease (англ.). Т. 17, № 1. с. 295—321. doi:10.1146/annurev-pathol-042220-022304. ISSN 1553-4006. Процитовано 6 вересня 2023.
Androvic, Peter; Benesova, Sarka; Rohlova, Eva; Kubista, Mikael; Valihrach, Lukas (2022-04). Small RNA-Sequencing for Analysis of Circulating miRNAs. The Journal of Molecular Diagnostics. Т. 24, № 4. с. 386—394. doi:10.1016/j.jmoldx.2021.12.006. ISSN 1525-1578. Процитовано 6 вересня 2023.
Li, Jia; Zhang, Zhirong; Zhuang, Yinghua; Wang, Fengchao; Cai, Tao (9 травня 2023). Small RNA transcriptome analysis using parallel single-cell small RNA sequencing. Scientific Reports (англ.). Т. 13, № 1. с. 7501. doi:10.1038/s41598-023-34390-7. ISSN 2045-2322. Процитовано 6 вересня 2023.
Mattick, John S.; Amaral, Paulo P.; Carninci, Piero; Carpenter, Susan; Chang, Howard Y.; Chen, Ling-Ling; Chen, Runsheng; Dean, Caroline; Dinger, Marcel E. (2023-06). Long non-coding RNAs: definitions, functions, challenges and recommendations. Nature Reviews Molecular Cell Biology (англ.). Т. 24, № 6. с. 430—447. doi:10.1038/s41580-022-00566-8. ISSN 1471-0080. PMC 10213152. PMID 36596869. Процитовано 6 вересня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Wang, Zhong; Gerstein, Mark; Snyder, Michael (2009-01). RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics. Nature Reviews Genetics (англ.). Т. 10, № 1. с. 57—63. doi:10.1038/nrg2484. ISSN 1471-0064. PMC 2949280. PMID 19015660. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Stark, Rory; Grzelak, Marta; Hadfield, James (2019-11). RNA sequencing: the teenage years. Nature Reviews Genetics (англ.). Т. 20, № 11. с. 631—656. doi:10.1038/s41576-019-0150-2. ISSN 1471-0064. Процитовано 11 червня 2023.
Kumar, Suresh; Mohapatra, Trilochan (2021). Deciphering Epitranscriptome: Modification of mRNA Bases Provides a New Perspective for Post-transcriptional Regulation of Gene Expression. Frontiers in Cell and Developmental Biology. Т. 9. doi:10.3389/fcell.2021.628415. ISSN 2296-634X. PMC 8010680. PMID 33816473. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Shen, Lisha; Ma, Jinqi; Li, Ping; Wu, Yujin; Yu, Hao (7 березня 2023). Recent advances in the plant epitranscriptome. Genome Biology (англ.). Т. 24, № 1. doi:10.1186/s13059-023-02872-6. ISSN 1474-760X. PMC 9990323. PMID 36882788. Процитовано 10 вересня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Matsumura, Yoshihiro; Wei, Fan-Yan; Sakai, Juro (2023-03). Epitranscriptomics in metabolic disease. Nature Metabolism (англ.). Т. 5, № 3. с. 370—384. doi:10.1038/s42255-023-00764-4. ISSN 2522-5812. Процитовано 11 червня 2023.
Xia, Zhen; Tang, Min; Ma, Jiayan; Zhang, Hongyan та ін. (28 червня 2021). Epitranscriptomic editing of the RNA N6-methyladenosine modification by dCasRx conjugated methyltransferase and demethylase. Nucleic Acids Research. Т. 49, № 13. doi:10.1093/nar/gkab517. ISSN 0305-1048. Процитовано 10 вересня 2023. {{cite news}}: Явне використання «та ін.» у: |first4= (довідка)
Liang, Zhanmin; Ye, Haokai; Ma, Jiongming; Wei, Zhen; Wang, Yue; Zhang, Yuxin; Huang, Daiyun; Song, Bowen; Meng, Jia (17 серпня 2023). m6A-Atlas v2.0: updated resources for unraveling the N6-methyladenosine (m6A) epitranscriptome among multiple species. Nucleic Acids Research. doi:10.1093/nar/gkad691. ISSN 0305-1048. Процитовано 10 вересня 2023.
Trixl, Lukas; Lusser, Alexandra (2019-01). The dynamic RNA modification 5‐methylcytosine and its emerging role as an epitranscriptomic mark. WIREs RNA (англ.). Т. 10, № 1. doi:10.1002/wrna.1510. ISSN 1757-7004. PMC 6492194. PMID 30311405. Процитовано 10 вересня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Ma, Jiongming; Song, Bowen; Wei, Zhen; Huang, Daiyun; Zhang, Yuxin; Su, Jionglong; de Magalhães, João Pedro; Rigden, Daniel J; Meng, Jia (7 січня 2022). m5C-Atlas: a comprehensive database for decoding and annotating the 5-methylcytosine (m5C) epitranscriptome. Nucleic Acids Research (англ.). Т. 50, № D1. с. D196—D203. doi:10.1093/nar/gkab1075. ISSN 0305-1048. Процитовано 10 вересня 2023.
Zhang, Yuexiu; Zhang, Li-Sheng; Dai, Qing; Chen, Phylip; Lu, Mijia; Kairis, Elizabeth L.; Murugaiah, Valarmathy; Xu, Jiayu; Shukla, Rajni Kant (18 жовтня 2022). 5-methylcytosine (m 5 C) RNA modification controls the innate immune response to virus infection by regulating type I interferons. Proceedings of the National Academy of Sciences (англ.). Т. 119, № 42. doi:10.1073/pnas.2123338119. ISSN 0027-8424. PMC 9586267. Процитовано 10 вересня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Dominissini, Dan; Moshitch-Moshkovitz, Sharon; Schwartz, Schraga; Salmon-Divon, Mali; Ungar, Lior; Osenberg, Sivan; Cesarkas, Karen; Jacob-Hirsch, Jasmine; Amariglio, Ninette (2012-05). Topology of the human and mouse m6A RNA methylomes revealed by m6A-seq. Nature (англ.). Т. 485, № 7397. с. 201—206. doi:10.1038/nature11112. ISSN 1476-4687. Процитовано 10 вересня 2023.
McIntyre, Alexa B. R.; Gokhale, Nandan S.; Cerchietti, Leandro; Jaffrey, Samie R.; Horner, Stacy M.; Mason, Christopher E. (20 квітня 2020). Limits in the detection of m6A changes using MeRIP/m6A-seq. Scientific Reports (англ.). Т. 10, № 1. с. 6590. doi:10.1038/s41598-020-63355-3. ISSN 2045-2322. Процитовано 10 вересня 2023.
Winans, Shelby; Beemon, Karen (2019-08). m5C Goes Viral. Cell Host & Microbe. Т. 26, № 2. с. 154—155. doi:10.1016/j.chom.2019.07.019. ISSN 1931-3128. Процитовано 10 вересня 2023.
He, Zhizhou; Xu, Jing; Shi, Haoran; Wu, Shuxiang (2022-04). m5CRegpred: Epitranscriptome Target Prediction of 5-Methylcytosine (m5C) Regulators Based on Sequencing Features. Genes (англ.). Т. 13, № 4. с. 677. doi:10.3390/genes13040677. ISSN 2073-4425. PMC 9025882. PMID 35456483. Процитовано 10 вересня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Anderson, N. Leigh; Anderson, Norman G. (1998-08). Proteome and proteomics: New technologies, new concepts, and new words. Electrophoresis (англ.). Т. 19, № 11. с. 1853—1861. doi:10.1002/elps.1150191103. ISSN 0173-0835. Процитовано 11 червня 2023.
Specht, Harrison; Slavov, Nikolai (3 серпня 2018). Transformative Opportunities for Single-Cell Proteomics. Journal of Proteome Research (англ.). Т. 17, № 8. с. 2565—2571. doi:10.1021/acs.jproteome.8b00257. ISSN 1535-3893. PMC 6089608. PMID 29945450. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Cui, Miao; Cheng, Chao; Zhang, Lanjing (2022-11). High-throughput proteomics: a methodological mini-review. Laboratory Investigation (англ.). Т. 102, № 11. с. 1170—1181. doi:10.1038/s41374-022-00830-7. ISSN 1530-0307. Процитовано 11 червня 2023.
Dupree, Emmalyn J.; Jayathirtha, Madhuri; Yorkey, Hannah; Mihasan, Marius; Petre, Brindusa Alina; Darie, Costel C. (2020-09). A Critical Review of Bottom-Up Proteomics: The Good, the Bad, and the Future of This Field. Proteomes (англ.). Т. 8, № 3. с. 14. doi:10.3390/proteomes8030014. ISSN 2227-7382. PMC 7564415. PMID 32640657. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Rosenberger, Florian A.; Thielert, Marvin; Mann, Matthias (2023-03). Making single-cell proteomics biologically relevant. Nature Methods (англ.). Т. 20, № 3. с. 320—323. doi:10.1038/s41592-023-01771-9. ISSN 1548-7105. Процитовано 11 червня 2023.
Gstaiger, Matthias; Aebersold, Ruedi (2009-09). Applying mass spectrometry-based proteomics to genetics, genomics and network biology. Nature Reviews Genetics (англ.). Т. 10, № 9. с. 617—627. doi:10.1038/nrg2633. ISSN 1471-0064. Процитовано 11 червня 2023.
Aebersold, Ruedi; Mann, Matthias (2016-09). Mass-spectrometric exploration of proteome structure and function. Nature (англ.). Т. 537, № 7620. с. 347—355. doi:10.1038/nature19949. ISSN 1476-4687. Процитовано 11 червня 2023.
Kustatscher, Georg; Collins, Tom; Gingras, Anne-Claude; Guo, Tiannan; Hermjakob, Henning; Ideker, Trey; Lilley, Kathryn S.; Lundberg, Emma; Marcotte, Edward M. (2022-07). Understudied proteins: opportunities and challenges for functional proteomics. Nature Methods (англ.). Т. 19, № 7. с. 774—779. doi:10.1038/s41592-022-01454-x. ISSN 1548-7105. Процитовано 6 вересня 2023.
Van den Broeck, Lisa; Bhosale, Dinesh Kiran; Song, Kuncheng; Fonseca de Lima, Cássio Flavio; Ashley, Michael; Zhu, Tingting; Zhu, Shanshuo; Van De Cotte, Brigitte; Neyt, Pia (3 серпня 2023). Functional annotation of proteins for signaling network inference in non-model species. Nature Communications (англ.). Т. 14, № 1. doi:10.1038/s41467-023-40365-z. ISSN 2041-1723. Процитовано 10 вересня 2023.
Wenk, Markus R. (2005-07). The emerging field of lipidomics. Nature Reviews Drug Discovery (англ.). Т. 4, № 7. с. 594—610. doi:10.1038/nrd1776. ISSN 1474-1784. Процитовано 11 червня 2023.
Wu, Zhuojun; Bagarolo, Giulia Ilaria; Thoröe-Boveleth, Sven; Jankowski, Joachim (1 січня 2020). “Lipidomics”: Mass spectrometric and chemometric analyses of lipids. Advanced Drug Delivery Reviews (англ.). Т. 159. с. 294—307. doi:10.1016/j.addr.2020.06.009. ISSN 0169-409X. Процитовано 11 червня 2023.
Han, Xianlin; Gross, Richard W. (2022-02). The foundations and development of lipidomics. Journal of Lipid Research. Т. 63, № 2. с. 100164. doi:10.1016/j.jlr.2021.100164. ISSN 0022-2275. PMC 8953652. PMID 34953866. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Kyle, Jennifer E.; Stratton, Kelly G.; Zink, Erika M.; Kim, Young-Mo; Bloodsworth, Kent J.; Monroe, Matthew E.; Waters, Katrina M.; Webb-Robertson, Bobbie-Jo M.; Koeller, David M. (21 квітня 2021). A resource of lipidomics and metabolomics data from individuals with undiagnosed diseases. Scientific Data (англ.). Т. 8, № 1. с. 114. doi:10.1038/s41597-021-00894-y. ISSN 2052-4463. Процитовано 11 червня 2023.
Raman, Rahul; Raguram, S.; Venkataraman, Ganesh; Paulson, James C.; Sasisekharan, Ram (2005-11). Glycomics: an integrated systems approach to structure-function relationships of glycans. Nature Methods (англ.). Т. 2, № 11. с. 817—824. doi:10.1038/nmeth807. ISSN 1548-7105. Процитовано 11 червня 2023.
Miyoshi, Eiji; Kamada, Yoshihiro; Suzuki, Tadashi (2020-02). Functional glycomics: Application to medical science and hepatology. Hepatology Research (англ.). Т. 50, № 2. с. 153—164. doi:10.1111/hepr.13459. ISSN 1386-6346. Процитовано 11 червня 2023.
Park, Heajin; Jung, Jaesoo; Rodrigues, Emily; Kitova, Elena N.; Macauley, Matthew S.; Klassen, John S. (20 жовтня 2020). Mass Spectrometry-Based Shotgun Glycomics for Discovery of Natural Ligands of Glycan-Binding Proteins. Analytical Chemistry (англ.). Т. 92, № 20. с. 14012—14020. doi:10.1021/acs.analchem.0c02931. ISSN 0003-2700. Процитовано 11 червня 2023.
de Haan, N.; Wuhrer, M.; Ruhaak, L. R. (1 листопада 2020). Mass spectrometry in clinical glycomics: The path from biomarker identification to clinical implementation. Clinical Mass Spectrometry (англ.). Т. 18. с. 1—12. doi:10.1016/j.clinms.2020.08.001. ISSN 2376-9998. PMC 8600986. PMID 34820521. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Wishart, David S. (2016-07). Emerging applications of metabolomics in drug discovery and precision medicine. Nature Reviews Drug Discovery (англ.). Т. 15, № 7. с. 473—484. doi:10.1038/nrd.2016.32. ISSN 1474-1784. Процитовано 11 червня 2023.
Alseekh, Saleh; Aharoni, Asaph; Brotman, Yariv; Contrepois, Kévin; D’Auria, John; Ewald, Jan; C. Ewald, Jennifer; Fraser, Paul D.; Giavalisco, Patrick (2021-07). Mass spectrometry-based metabolomics: a guide for annotation, quantification and best reporting practices. Nature Methods (англ.). Т. 18, № 7. с. 747—756. doi:10.1038/s41592-021-01197-1. ISSN 1548-7105. Процитовано 12 червня 2023.
Rivas, Javier De Las; Fontanillo, Celia (24 черв. 2010 р.). Protein–Protein Interactions Essentials: Key Concepts to Building and Analyzing Interactome Networks. PLOS Computational Biology (англ.). Т. 6, № 6. с. e1000807. doi:10.1371/journal.pcbi.1000807. ISSN 1553-7358. PMC 2891586. PMID 20589078. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Sharifi Tabar, Mehdi; Parsania, Chirag; Chen, Hong; Su, Xiao-Dong; Bailey, Charles G.; Rasko, John E. J. (22 серпня 2022). Illuminating the dark protein-protein interactome. Cell Reports Methods (англ.). Т. 2, № 8. с. 100275. doi:10.1016/j.crmeth.2022.100275. ISSN 2667-2375. PMC 9421580. PMID 36046620. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Choi, Soon Gang; Richardson, Aaron; Lambourne, Luke; Hill, David E.; Vidal, Marc (2018). Oñate-Sánchez, Luis (ред.). Protein Interactomics by Two-Hybrid Methods. Two-Hybrid Systems: Methods and Protocols (англ.). New York, NY: Springer. с. 1—14. doi:10.1007/978-1-4939-7871-7_1. ISBN 978-1-4939-7871-7. PMC 6948107. PMID 29855947.{{cite book}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Hicks, Kevin G.; Cluntun, Ahmad A.; Schubert, Heidi L.; Hackett, Sean R.; Berg, Jordan A.; Leonard, Paul G.; Ajalla Aleixo, Mariana A.; Zhou, Youjia; Bott, Alex J. (10 березня 2023). Protein-metabolite interactomics of carbohydrate metabolism reveal regulation of lactate dehydrogenase. Science (англ.). Т. 379, № 6636. с. 996—1003. doi:10.1126/science.abm3452. ISSN 0036-8075. Процитовано 11 червня 2023.
Burton, Antony J.; Haugbro, Michael; Gates, Leah A.; Bagert, John D.; Allis, C. David; Muir, Tom W. (2020-06). In situ chromatin interactomics using a chemical bait and trap approach. Nature Chemistry (англ.). Т. 12, № 6. с. 520—527. doi:10.1038/s41557-020-0474-8. ISSN 1755-4349. Процитовано 11 червня 2023.
Plotnikova, Olga; Baranova, Ancha; Skoblov, Mikhail (2019). Comprehensive Analysis of Human microRNA–mRNA Interactome. Frontiers in Genetics. Т. 10. doi:10.3389/fgene.2019.00933. ISSN 1664-8021. PMC 6792129. PMID 31649721. Процитовано 14 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
James, Katherine; Muñoz-Muñoz, Jose (26 квітня 2022). Gilbert, Jack A. (ред.). Computational Network Inference for Bacterial Interactomics. mSystems (англ.). Т. 7, № 2. doi:10.1128/msystems.01456-21. ISSN 2379-5077. PMC 9040873. PMID 35353009. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Vidal, Marc; Cusick, Michael E.; Barabási, Albert-László (2011-03). Interactome Networks and Human Disease. Cell. Т. 144, № 6. с. 986—998. doi:10.1016/j.cell.2011.02.016. ISSN 0092-8674. PMC 3102045. PMID 21414488. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Santorelli, Lucia; Caterino, Marianna; Costanzo, Michele (2022-12). Dynamic Interactomics by Cross-Linking Mass Spectrometry: Mapping the Daily Cell Life in Postgenomic Era. OMICS: A Journal of Integrative Biology. Т. 26, № 12. с. 633—649. doi:10.1089/omi.2022.0137. Процитовано 11 червня 2023.
Nkera-Gutabara, C. K.; Kerr, R.; Scholefield, J.; Hazelhurst, S.; Naidoo, J. (2022). Microbiomics: The Next Pillar of Precision Medicine and Its Role in African Healthcare. Frontiers in Genetics. Т. 13. doi:10.3389/fgene.2022.869610. ISSN 1664-8021. PMC 9037082. PMID 35480328. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Vecherskii, M. V.; Semenov, M. V.; Lisenkova, A. A.; Stepankov, A. A. (1 грудня 2021). Metagenomics: A New Direction in Ecology. Biology Bulletin (англ.). Т. 48, № 3. с. S107—S117. doi:10.1134/S1062359022010150. ISSN 1608-3059. Процитовано 11 червня 2023.
Breitwieser, Florian P; Lu, Jennifer; Salzberg, Steven L (19 липня 2019). A review of methods and databases for metagenomic classification and assembly. Briefings in Bioinformatics (англ.). Т. 20, № 4. с. 1125—1136. doi:10.1093/bib/bbx120. ISSN 1467-5463. PMC 6781581. PMID 29028872. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Handelsman, Jo (2004-12). Metagenomics: Application of Genomics to Uncultured Microorganisms. Microbiology and Molecular Biology Reviews (англ.). Т. 68, № 4. с. 669—685. doi:10.1128/MMBR.68.4.669-685.2004. ISSN 1092-2172. PMC 539003. PMID 15590779. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Chiu, Charles Y.; Miller, Steven A. (2019-06). Clinical metagenomics. Nature Reviews Genetics (англ.). Т. 20, № 6. с. 341—355. doi:10.1038/s41576-019-0113-7. ISSN 1471-0064. PMC 6858796. PMID 30918369. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Shakya, Migun; Lo, Chien-Chi; Chain, Patrick S. G. (25 вересня 2019). Advances and Challenges in Metatranscriptomic Analysis. Frontiers in Genetics. Т. 10. doi:10.3389/fgene.2019.00904. ISSN 1664-8021. PMC 6774269. PMID 31608125. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Terrón-Camero, Laura C.; Gordillo-González, Fernando; Salas-Espejo, Eduardo; Andrés-León, Eduardo (2022-12). Comparison of Metagenomics and Metatranscriptomics Tools: A Guide to Making the Right Choice. Genes (англ.). Т. 13, № 12. с. 2280. doi:10.3390/genes13122280. ISSN 2073-4425. PMC 9777648. PMID 36553546. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Van Den Bossche, Tim; Arntzen, Magnus Ø.; Becher, Dörte; Benndorf, Dirk; Eijsink, Vincent G. H.; Henry, Céline; Jagtap, Pratik D.; Jehmlich, Nico; Juste, Catherine (2021-12). The Metaproteomics Initiative: a coordinated approach for propelling the functional characterization of microbiomes. Microbiome (англ.). Т. 9, № 1. doi:10.1186/s40168-021-01176-w. ISSN 2049-2618. PMC 8690404. PMID 34930457. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Stamboulian, Moses; Canderan, Jamie; Ye, Yuzhen (18 бер. 2022 р.). Metaproteomics as a tool for studying the protein landscape of human-gut bacterial species. PLOS Computational Biology (англ.). Т. 18, № 3. с. e1009397. doi:10.1371/journal.pcbi.1009397. ISSN 1553-7358. PMC 8967034. PMID 35302987. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Henry, Céline; Bassignani, Ariane; Berland, Magali; Langella, Olivier; Sokol, Harry; Juste, Catherine (2022-01). Modern Metaproteomics: A Unique Tool to Characterize the Active Microbiome in Health and Diseases, and Pave the Road towards New Biomarkers—Example of Crohn’s Disease and Ulcerative Colitis Flare-Ups. Cells (англ.). Т. 11, № 8. с. 1340. doi:10.3390/cells11081340. ISSN 2073-4409. PMC 9028112. PMID 35456018. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Wang, Xinkun (6 липня 2023). Next-Generation Sequencing Data Analysis (вид. 2). New York: CRC Press. doi:10.1201/9780429329180. ISBN 978-0-429-32918-0.
Mardis, Elaine R. (1 вересня 2008). Next-Generation DNA Sequencing Methods. Annual Review of Genomics and Human Genetics (англ.). Т. 9, № 1. с. 387—402. doi:10.1146/annurev.genom.9.081307.164359. ISSN 1527-8204. Процитовано 12 червня 2023.
Shendure, Jay; Ji, Hanlee (2008-10). Next-generation DNA sequencing. Nature Biotechnology (англ.). Т. 26, № 10. с. 1135—1145. doi:10.1038/nbt1486. ISSN 1546-1696. Процитовано 12 червня 2023.
Cheng, Chu; Fei, Zhongjie; Xiao, Pengfeng (2023). Methods to improve the accuracy of next-generation sequencing. Frontiers in Bioengineering and Biotechnology. Т. 11. doi:10.3389/fbioe.2023.982111. ISSN 2296-4185. PMC 9895957. PMID 36741756. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Pervez, Muhammad Tariq; Hasnain, Mirza Jawad ul; Abbas, Syed Hassan; Moustafa, Mahmoud F.; Aslam, Naeem; Shah, Syed Shah Muhammad (29 вересня 2022). A Comprehensive Review of Performance of Next-Generation Sequencing Platforms. BioMed Research International (англ.). Т. 2022. с. e3457806. doi:10.1155/2022/3457806. ISSN 2314-6133. PMC 9537002. PMID 36212714. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Schena, Mark; Shalon, Dari; Davis, Ronald W.; Brown, Patrick O. (20 жовтня 1995). Quantitative Monitoring of Gene Expression Patterns with a Complementary DNA Microarray. Science (англ.). Т. 270, № 5235. с. 467—470. doi:10.1126/science.270.5235.467. ISSN 0036-8075. Процитовано 12 червня 2023.
Lehrach, Hans (9 серпня 2013). Faculty Opinions recommendation of RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics. Faculty Opinions – Post-Publication Peer Review of the Biomedical Literature. doi:10.3410/f.1128830.793481779. Процитовано 12 червня 2023.
Bersanelli, Matteo; Mosca, Ettore; Remondini, Daniel; Giampieri, Enrico; Sala, Claudia; Castellani, Gastone; Milanesi, Luciano (20 січня 2016). Methods for the integration of multi-omics data: mathematical aspects. BMC Bioinformatics. Т. 17, № 2. с. S15. doi:10.1186/s12859-015-0857-9. ISSN 1471-2105. PMC 4959355. PMID 26821531. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Vasaikar, Suhas V.; Savage, Adam K.; Gong, Qiuyu; Swanson, Elliott; Talla, Aarthi; Lord, Cara; Heubeck, Alexander T.; Reading, Julian; Graybuck, Lucas T. (27 березня 2023). A comprehensive platform for analyzing longitudinal multi-omics data. Nature Communications (англ.). Т. 14, № 1. с. 1684. doi:10.1038/s41467-023-37432-w. ISSN 2041-1723. Процитовано 12 червня 2023.
Zhou, Guangyan; Pang, Zhiqiang; Lu, Yao; Ewald, Jessica; Xia, Jianguo (5 липня 2022). OmicsNet 2.0: a web-based platform for multi-omics integration and network visual analytics. Nucleic Acids Research (англ.). Т. 50, № W1. с. W527—W533. doi:10.1093/nar/gkac376. ISSN 0305-1048. PMC 9252810. PMID 35639733. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Conesa, Ana; Beck, Stephan (31 жовтня 2019). Making multi-omics data accessible to researchers. Scientific Data (англ.). Т. 6, № 1. с. 251. doi:10.1038/s41597-019-0258-4. ISSN 2052-4463. Процитовано 12 червня 2023.
Arjmand, Babak; Hamidpour, Shayesteh Kokabi; Tayanloo-Beik, Akram; Goodarzi, Parisa; Aghayan, Hamid Reza; Adibi, Hossein; Larijani, Bagher (2022). Machine Learning: A New Prospect in Multi-Omics Data Analysis of Cancer. Frontiers in Genetics. Т. 13. doi:10.3389/fgene.2022.824451. ISSN 1664-8021. PMC 8829119. PMID 35154283. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Garmire, Lana X.; Chaudhary, Kumardeep; Huang, Sijia (2017). More Is Better: Recent Progress in Multi-Omics Data Integration Methods. Frontiers in Genetics (English) . 8: 84. doi:10.3389/fgene.2017.00084. ISSN 1664-8021. PMC 5472696. PMID 28670325.
Tagkopoulos, Ilias; Kim, Minseung (2018). Data integration and predictive modeling methods for multi-omics datasets. Molecular Omics. 14 (1): 8—25. doi:10.1039/C7MO00051K. PMID 29725673.
Lin, Eugene; Lane, Hsien-Yuan (20 січня 2017). Machine learning and systems genomics approaches for multi-omics data. Biomarker Research. 5 (1): 2. doi:10.1186/s40364-017-0082-y. ISSN 2050-7771. PMC 5251341. PMID 28127429.{{cite journal}}: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Rohart, Florian; Gautier, Benoît; Singh, Amrit; Lê Cao, Kim-Anh (14 лютого 2017). mixOmics: an R package for 'omics feature selection and multiple data integration. PLOS Computational Biology. 13 (11). doi:10.1371/journal.pcbi.1005752. PMC 5687754. PMID 29099853.{{cite journal}}: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Han, Jing-Dong Jackie (5 вересня 2018). Faculty of 1000 evaluation for Single-Cell Multiomics: Multiple Measurements from Single Cells. Trends in Genetics. 33 (2). doi:10.3410/f.727213649.793550351.
Hu, Youjin; An, Qin; Sheu, Katherine; Trejo, Brandon; Fan, Shuxin; Guo, Ying (20 квітня 2018). Single Cell Multi-Omics Technology: Methodology and Application. Frontiers in Cell and Developmental Biology. 6: 28. doi:10.3389/fcell.2018.00028. ISSN 2296-634X. PMC 5919954. PMID 29732369.
A focus on single-cell omics. Nature Reviews Genetics (англ.). Т. 24, № 8. 2023-08. с. 485—485. doi:10.1038/s41576-023-00628-3. ISSN 1471-0064. Процитовано 6 серпня 2023.
Baysoy, Alev; Bai, Zhiliang; Satija, Rahul; Fan, Rong (2023-10). The technological landscape and applications of single-cell multi-omics. Nature Reviews Molecular Cell Biology (англ.). Т. 24, № 10. с. 695—713. doi:10.1038/s41580-023-00615-w. ISSN 1471-0080. Процитовано 8 грудня 2023.
Vandereyken, Katy; Sifrim, Alejandro; Thienpont, Bernard; Voet, Thierry (2 березня 2023). Methods and applications for single-cell and spatial multi-omics. Nature Reviews Genetics (англ.). с. 1—22. doi:10.1038/s41576-023-00580-2. ISSN 1471-0064. Процитовано 11 червня 2023.
Kester, Lennart Spanjaard, Bastiaan Bienko, Magda van Oudenaarden, Alexander Dey, Siddharth S (2015). Integrated genome and transcriptome sequencing of the same cell. Nature Biotechnology. 33 (3): 285—289. doi:10.1038/nbt.3129. OCLC 931063996. PMC 4374170. PMID 25599178.
Macaulay, Iain C; Teng, Mabel J; Haerty, Wilfried; Kumar, Parveen; Ponting, Chris P; Voet, Thierry (29 вересня 2016). Separation and parallel sequencing of the genomes and transcriptomes of single cells using G&T-seq. Nature Protocols. 11 (11): 2081—2103. doi:10.1038/nprot.2016.138. ISSN 1754-2189. PMID 27685099.
Tang, Fuchou; Wen, Lu; Li, Xianlong; Wu, Xinglong; Zhu, Ping; Guo, Hongshan (1 грудня 2013). Single-cell methylome landscapes of mouse embryonic stem cells and early embryos analyzed using reduced representation bisulfite sequencing. Genome Research. 23 (12): 2126—2135. doi:10.1101/gr.161679.113. ISSN 1088-9051. PMC 3847781. PMID 24179143.
Kelsey, Gavin; Reik, Wolf; Stegle, Oliver; Andrews, Simon R.; Julian Peat; Saadeh, Heba; Krueger, Felix; Angermueller, Christof; Lee, Heather J. (August 2014). Single-cell genome-wide bisulfite sequencing for assessing epigenetic heterogeneity. Nature Methods. 11 (8): 817—820. doi:10.1038/nmeth.3035. ISSN 1548-7105. PMC 4117646. PMID 25042786.
Angermueller, Christof; Clark, Stephen J; Lee, Heather J; Macaulay, Iain C; Teng, Mabel J; Hu, Tim Xiaoming; Krueger, Felix; Smallwood, Sébastien A; Ponting, Chris P (11 січня 2016). Parallel single-cell sequencing links transcriptional and epigenetic heterogeneity. Nature Methods. 13 (3): 229—232. doi:10.1038/nmeth.3728. ISSN 1548-7091. PMC 4770512. PMID 26752769.
Greenleaf, William J.; Chang, Howard Y.; Snyder, Michael P.; Michael L. Gonzales; Ruff, Dave; Litzenburger, Ulrike M.; Wu, Beijing; Buenrostro, Jason D. (July 2015). Single-cell chromatin accessibility reveals principles of regulatory variation. Nature. 523 (7561): 486—490. Bibcode:2015Natur.523..486B. doi:10.1038/nature14590. ISSN 1476-4687. PMC 4685948. PMID 26083756.
Fraser, Peter; Tanay, Amos; Laue, Ernest D.; Dean, Wendy; Yaffe, Eitan; Schoenfelder, Stefan; Stevens, Tim J.; Lubling, Yaniv; Nagano, Takashi (October 2013). Single-cell Hi-C reveals cell-to-cell variability in chromosome structure. Nature. 502 (7469): 59—64. Bibcode:2013Natur.502...59N. doi:10.1038/nature12593. ISSN 1476-4687. PMC 3869051. PMID 24067610.
Darmanis, Spyros; Gallant, Caroline Julie; Marinescu, Voichita Dana; Niklasson, Mia; Segerman, Anna; Flamourakis, Georgios; Fredriksson, Simon; Assarsson, Erika; Lundberg, Martin (12 січня 2016). Simultaneous Multiplexed Measurement of RNA and Proteins in Single Cells. Cell Reports. 14 (2): 380—389. doi:10.1016/j.celrep.2015.12.021. ISSN 2211-1247. PMC 4713867. PMID 26748716.
Gherardini, Pier Federico; Nolan, Garry P.; Chen, Shih-Yu; Hsieh, Elena W. Y.; Zunder, Eli R.; Bava, Felice-Alessio; Frei, Andreas P. (March 2016). Highly multiplexed simultaneous detection of RNAs and proteins in single cells. Nature Methods. 13 (3): 269—275. doi:10.1038/nmeth.3742. ISSN 1548-7105. PMC 4767631. PMID 26808670.
Assarsson, Erika; Lundberg, Martin; Holmquist, Göran; Björkesten, Johan; Bucht Thorsen, Stine; Ekman, Daniel; Eriksson, Anna; Rennel Dickens, Emma; Ohlsson, Sandra (22 квітня 2014). Homogenous 96-Plex PEA Immunoassay Exhibiting High Sensitivity, Specificity, and Excellent Scalability. PLOS ONE. 9 (4): e95192. Bibcode:2014PLoSO...995192A. doi:10.1371/journal.pone.0095192. ISSN 1932-6203. PMC 3995906. PMID 24755770.
Razzaq, Muhammad Khuram; Aleem, Muqadas; Mansoor, Shahid; Khan, Mueen Alam; Rauf, Saeed; Iqbal, Shahid; Siddique, Kadambot H. M. (2021-01). Omics and CRISPR-Cas9 Approaches for Molecular Insight, Functional Gene Analysis, and Stress Tolerance Development in Crops. International Journal of Molecular Sciences (англ.). Т. 22, № 3. с. 1292. doi:10.3390/ijms22031292. ISSN 1422-0067. PMC 7866018. PMID 33525517. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Hilton, Isaac B.; D'Ippolito, Anthony M.; Vockley, Christopher M.; Thakore, Pratiksha I.; Crawford, Gregory E.; Reddy, Timothy E.; Gersbach, Charles A. (2015-05). Epigenome editing by a CRISPR-Cas9-based acetyltransferase activates genes from promoters and enhancers. Nature Biotechnology (англ.). Т. 33, № 5. с. 510—517. doi:10.1038/nbt.3199. ISSN 1546-1696. PMC 4430400. PMID 25849900. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Shin, Hosub; Choi, Woo Lee; Lim, Joo Young; Huh, Jin Hoe (1 березня 2022). Epigenome editing: targeted manipulation of epigenetic modifications in plants. Genes & Genomics (англ.). Т. 44, № 3. с. 307—315. doi:10.1007/s13258-021-01199-5. ISSN 2092-9293. Процитовано 12 червня 2023.
Athieniti, Efi; Spyrou, George M. (1 січня 2023). A guide to multi-omics data collection and integration for translational medicine. Computational and Structural Biotechnology Journal (англ.). Т. 21. с. 134—149. doi:10.1016/j.csbj.2022.11.050. ISSN 2001-0370. PMC 9747357. PMID 36544480. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Cao, Zhi-Jie; Gao, Ge (2022-10). Multi-omics single-cell data integration and regulatory inference with graph-linked embedding. Nature Biotechnology (англ.). Т. 40, № 10. с. 1458—1466. doi:10.1038/s41587-022-01284-4. ISSN 1546-1696. Процитовано 12 червня 2023.
Vahabi, Nasim; Michailidis, George (2022). Unsupervised Multi-Omics Data Integration Methods: A Comprehensive Review. Frontiers in Genetics. Т. 13. doi:10.3389/fgene.2022.854752. ISSN 1664-8021. PMC 8981526. PMID 35391796. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Flores, Javier E.; Claborne, Daniel M.; Weller, Zachary D.; Webb-Robertson, Bobbie-Jo M.; Waters, Katrina M.; Bramer, Lisa M. (2023). Missing data in multi-omics integration: Recent advances through artificial intelligence. Frontiers in Artificial Intelligence. Т. 6. doi:10.3389/frai.2023.1098308. ISSN 2624-8212. PMC 9949722. PMID 36844425. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Lazar, C.; Meganck, S.; Taminau, J.; Steenhoff, D.; Coletta, A.; Molter, C.; Weiss-Solis, D. Y.; Duque, R.; Bersini, H. (1 липня 2013). Batch effect removal methods for microarray gene expression data integration: a survey. Briefings in Bioinformatics (англ.). Т. 14, № 4. с. 469—490. doi:10.1093/bib/bbs037. ISSN 1467-5463. Процитовано 12 червня 2023.
Hutchison, William J; Keyes, Timothy J; Crowell, Helena L; Soneson, Charlotte; Mu, Wancen; Park, Ji-Eun; Davis, Eric S; Nahid, Abdullah A; Tang, Ming (13 вересня 2023). The tidyomics ecosystem: Enhancing omic data analyses (англ.). doi:10.1101/2023.09.10.557072. Процитовано 15 вересня 2023.
Donati, Stefano; Mattanovich, Matthias; Hjort, Pernille; Jacobsen, Simo Abdessamad Baallal; Blomquist, Sarah Dina; Mangaard, Drude; Gurdo, Nicolas; Pastor, Felix Pacheco; Maury, Jérôme (19 травня 2023). An automated workflow for multi-omics screening of microbial model organisms. npj Systems Biology and Applications (англ.). Т. 9, № 1. с. 1—12. doi:10.1038/s41540-023-00277-6. ISSN 2056-7189. Процитовано 15 вересня 2023.
Velten, Britta; Stegle, Oliver (14 вересня 2023). Principles and challenges of modeling temporal and spatial omics data. Nature Methods (англ.). с. 1—13. doi:10.1038/s41592-023-01992-y. ISSN 1548-7105. Процитовано 15 вересня 2023.
Hasin, Yehudit; Seldin, Marcus; Lusis, Aldons (5 травня 2017). Multi-omics approaches to disease. Genome Biology. Т. 18, № 1. с. 83. doi:10.1186/s13059-017-1215-1. ISSN 1474-760X. PMC 5418815. PMID 28476144. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Khan, Mohd M.; Ernst, Orna; Manes, Nathan P.; Oyler, Benjamin L.; Fraser, Iain D. C.; Goodlett, David R.; Nita-Lazar, Aleksandra (11 березня 2019). Multi-Omics Strategies Uncover Host–Pathogen Interactions. ACS Infectious Diseases. 5 (4): 493—505. doi:10.1021/acsinfecdis.9b00080. ISSN 2373-8227. PMID 30857388.
Aderem, Alan; Adkins, Joshua N.; Ansong, Charles; Galagan, James; Kaiser, Shari; Korth, Marcus J.; Law, G. Lynn; McDermott, Jason G.; Proll, Sean C. (1 лютого 2011). A Systems Biology Approach to Infectious Disease Research: Innovating the Pathogen-Host Research Paradigm. mBio. 2 (1): e00325-10. doi:10.1128/mbio.00325-10. ISSN 2150-7511. PMC 3034460. PMID 21285433.
Mouchtouris, N; Smit, RD; Piper, K; Prashant, G; Evans, JJ; Karsy, M (4 березня 2022). A review of multiomics platforms in pituitary adenoma pathogenesis. Frontiers in Bioscience (Landmark Edition). 27 (3): 77. doi:10.31083/j.fbl2703077. PMID 35345309.
Yan, Jingwen; Risacher, Shannon L; Shen, Li; Saykin, Andrew J. (30 червня 2017). Network approaches to systems biology analysis of complex disease: integrative methods for multi-omics data. Briefings in Bioinformatics. 19 (6): 1370—1381. doi:10.1093/bib/bbx066. ISSN 1467-5463. PMC 6454489. PMID 28679163.
Yoon, Jong; Villa, Chiara, ред. (13 грудня 2021). Multi-Omics for the Understanding of Brain Diseases (English) . MDPI - Multidisciplinary Digital Publishing Institute. doi:10.3390/books978-3-0365-2603-4. ISBN 978-3-0365-2602-7.{{cite book}}: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Mavromatis, Lucas A.; Rosoff, Daniel B.; Bell, Andrew S.; Jung, Jeesun; Wagner, Josephin; Lohoff, Falk W. (19 квітня 2023). Multi-omic underpinnings of epigenetic aging and human longevity. Nature Communications (англ.). Т. 14, № 1. с. 2236. doi:10.1038/s41467-023-37729-w. ISSN 2041-1723. PMC 10115892. PMID 37076473. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Zhong, Yating; Peng, Yuzhong; Lin, Yanmei; Chen, Dingjia; Zhang, Hao; Zheng, Wen; Chen, Yuanyuan; Wu, Changliang (5 травня 2023). MODILM: towards better complex diseases classification using a novel multi-omics data integration learning model. BMC Medical Informatics and Decision Making (англ.). Т. 23, № 1. doi:10.1186/s12911-023-02173-9. ISSN 1472-6947. PMC 10161645. PMID 37147619. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Dar, Mashooq Ahmad; Arafah, Azher; Bhat, Kaisar Ahmad; Khan, Andleeb; Khan, Mosin Saleem; Ali, Aarif; Ahmad, Syed Mudasir; Rashid, Shahzada Mudasir; Rehman, Muneeb U (13 квітня 2023). Multiomics technologies: role in disease biomarker discoveries and therapeutics. Briefings in Functional Genomics (англ.). Т. 22, № 2. с. 76—96. doi:10.1093/bfgp/elac017. ISSN 2041-2649. Процитовано 12 червня 2023.
Babu, Mohan; Snyder, Michael (2023-06). Multi-Omics Profiling for Health. Molecular & Cellular Proteomics. Т. 22, № 6. с. 100561. doi:10.1016/j.mcpro.2023.100561. ISSN 1535-9476. PMC 10220275. PMID 37119971. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Paananen, Jussi; Fortino, Vittorio (1 грудня 2020). An omics perspective on drug target discovery platforms. Briefings in Bioinformatics (англ.). Т. 21, № 6. с. 1937—1953. doi:10.1093/bib/bbz122. ISSN 1467-5463. PMC 7711264. PMID 31774113. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Guo, Shicheng; Zhang, Dake; Wang, Hu; An, Qin; Yu, Guangchuang; Han, Junwei; Jiang, Chunjie; Huang, Jianfeng (21 лютого 2023). Editorial: Computational and systematic analysis of multi-omics data for drug discovery and development. Frontiers in Medicine. Т. 10. doi:10.3389/fmed.2023.1146896. ISSN 2296-858X. PMC 9989304. PMID 36895719. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Liu, Xiao-Ying; Mei, Xin-Yue (2023). Prediction of drug sensitivity based on multi-omics data using deep learning and similarity network fusion approaches. Frontiers in Bioengineering and Biotechnology. Т. 11. doi:10.3389/fbioe.2023.1156372. ISSN 2296-4185. PMC 10150883. PMID 37139048. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Wang, Conghao; Lye, Xintong; Kaalia, Rama; Kumar, Parvin; Rajapakse, Jagath C. (28 листопада 2022). Deep learning and multi-omics approach to predict drug responses in cancer. BMC Bioinformatics (англ.). Т. 22, № S10. doi:10.1186/s12859-022-04964-9. ISSN 1471-2105. PMC 9703655. PMID 36443676. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Proctor, Lita M.; Creasy, Heather H.; Fettweis, Jennifer M.; Lloyd-Price, Jason; Mahurkar, Anup; Zhou, Wenyu; Buck, Gregory A.; Snyder, Michael P.; Strauss, Jerome F. (May 2019). The Integrative Human Microbiome Project. Nature. 569 (7758): 641—648. Bibcode:2019Natur.569..641I. doi:10.1038/s41586-019-1238-8. ISSN 1476-4687. PMC 6784865. PMID 31142853.
After the Integrative Human Microbiome Project, what's next for the microbiome community?. Nature. 569 (7758): 599. 29 травня 2019. Bibcode:2019Natur.569Q.599.. doi:10.1038/d41586-019-01674-w. PMID 31142868.
Snyder, Michael; Weinstock, George M.; Sodergren, Erica; McLaughlin, Tracey; Tse, David; Rost, Hannes; Piening, Brian; Kukurba, Kim; Rose, Sophia Miryam Schüssler-Fiorenza (May 2019). Longitudinal multi-omics of host–microbe dynamics in prediabetes. Nature. 569 (7758): 663—671. Bibcode:2019Natur.569..663Z. doi:10.1038/s41586-019-1236-x. ISSN 1476-4687. PMC 6666404. PMID 31142858.
Huttenhower, Curtis; Xavier, Ramnik J.; Vlamakis, Hera; Franzosa, Eric A.; Clish, Clary B.; Winter, Harland S.; Stappenbeck, Thaddeus S.; Petrosino, Joseph F.; McGovern, Dermot P. B. (May 2019). Multi-omics of the gut microbial ecosystem in inflammatory bowel diseases. Nature. 569 (7758): 655—662. Bibcode:2019Natur.569..655L. doi:10.1038/s41586-019-1237-9. ISSN 1476-4687. PMC 6650278. PMID 31142855.
Buck, Gregory A.; Strauss, Jerome F.; Jefferson, Kimberly K.; Hendricks-Muñoz, Karen D.; Wijesooriya, N. Romesh; Rubens, Craig E.; Gravett, Michael G.; Sexton, Amber L.; Chaffin, Donald O. (June 2019). The vaginal microbiome and preterm birth. Nature Medicine. 25 (6): 1012—1021. doi:10.1038/s41591-019-0450-2. ISSN 1546-170X. PMC 6750801. PMID 31142849.
Chu, Xiaojing; Zhang, Bowen; Koeken, Valerie A. C. M.; Gupta, Manoj Kumar; Li, Yang (2021). Multi-Omics Approaches in Immunological Research. Frontiers in Immunology. Т. 12. doi:10.3389/fimmu.2021.668045. ISSN 1664-3224. PMC 8226116. PMID 34177908. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Bonaguro, Lorenzo; Schulte-Schrepping, Jonas; Ulas, Thomas; Aschenbrenner, Anna C.; Beyer, Marc; Schultze, Joachim L. (2022-10). A guide to systems-level immunomics. Nature Immunology (англ.). Т. 23, № 10. с. 1412—1423. doi:10.1038/s41590-022-01309-9. ISSN 1529-2916. Процитовано 12 червня 2023.
Ota, Mineto; Fujio, Keishi (2021-12). Multi-omics approach to precision medicine for immune-mediated diseases. Inflammation and Regeneration (англ.). Т. 41, № 1. doi:10.1186/s41232-021-00173-8. ISSN 1880-8190. PMC 8325815. PMID 34332645. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Kidd, Brian A; Peters, Lauren A; Schadt, Eric E; Dudley, Joel T (21 січня 2014). Unifying immunology with informatics and multiscale biology. Nature Immunology. 15 (2): 118—127. doi:10.1038/ni.2787. ISSN 1529-2908. PMC 4345400. PMID 24448569.
Harris, Eva; Kasarskis, Andrew; Wolinsky, Steven M.; Suaréz‐Fariñas, Mayte; Zhu, Jun; Wang, Li; Balmaseda, Angel; Thomas, Guajira P.; Stewart, Michael G. (1 серпня 2018). Comprehensive innate immune profiling of chikungunya virus infection in pediatric cases. Molecular Systems Biology. 14 (8): e7862. doi:10.15252/msb.20177862. ISSN 1744-4292. PMC 6110311. PMID 30150281.
Firestein, Gary S.; Wang, Wei; Gay, Steffen; Ball, Scott T.; Bartok, Beatrix; Boyle, David L.; Whitaker, John W. (22 квітня 2015). Integrative Omics Analysis of Rheumatoid Arthritis Identifies Non-Obvious Therapeutic Targets. PLOS ONE. 10 (4): e0124254. Bibcode:2015PLoSO..1024254W. doi:10.1371/journal.pone.0124254. ISSN 1932-6203. PMC 4406750. PMID 25901943.
Pulendran, Bali; Li, Shuzhao; Nakaya, Helder I. (29 жовтня 2010). Systems Vaccinology. Immunity. 33 (4): 516—529. doi:10.1016/j.immuni.2010.10.006. ISSN 1074-7613. PMC 3001343. PMID 21029962.
Li, Shuzhao; Sullivan, Nicole L.; Rouphael, Nadine; Yu, Tianwei; Banton, Sophia; Maddur, Mohan S.; McCausland, Megan; Chiu, Christopher; Canniff, Jennifer (18 травня 2017). Metabolic Phenotypes of Response to Vaccination in Humans. Cell. 169 (5): 862—877.e17. doi:10.1016/j.cell.2017.04.026. ISSN 0092-8674. PMC 5711477. PMID 28502771.
Aging Atlas Consortium; Liu, Guang-Hui; Bao, Yiming; Qu, Jing; Zhang, Weiqi; Zhang, Tao; Kang, Wang; Yang, Fei; Ji, Qianzhao (8 січня 2021). Aging Atlas: a multi-omics database for aging biology. Nucleic Acids Research (англ.). Т. 49, № D1. с. D825—D830. doi:10.1093/nar/gkaa894. ISSN 0305-1048. PMC 7779027. PMID 33119753. Процитовано 14 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Zhang, Bohan; Lee, David E.; Trapp, Alexandre; Tyshkovskiy, Alexander; Lu, Ake T.; Bareja, Akshay; Kerepesi, Csaba; McKay, Lauren K.; Shindyapina, Anastasia V. (27 липня 2023). Multi-omic rejuvenation and life span extension on exposure to youthful circulation. Nature Aging (англ.). с. 1—17. doi:10.1038/s43587-023-00451-9. ISSN 2662-8465. Процитовано 5 серпня 2023.
Mavromatis, Lucas A.; Rosoff, Daniel B.; Bell, Andrew S.; Jung, Jeesun; Wagner, Josephin; Lohoff, Falk W. (19 квітня 2023). Multi-omic underpinnings of epigenetic aging and human longevity. Nature Communications (англ.). Т. 14, № 1. с. 2236. doi:10.1038/s41467-023-37729-w. ISSN 2041-1723. PMC 10115892. PMID 37076473. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Mahmood, Umer; Li, Xiaodong; Fan, Yonghai; Chang, Wei; Niu, Yue; Li, Jiana; Qu, Cunmin; Lu, Kun (2022). Multi-omics revolution to promote plant breeding efficiency. Frontiers in Plant Science. Т. 13. doi:10.3389/fpls.2022.1062952. ISSN 1664-462X. PMC 9773847. PMID 36570904. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Yang, Yaodong; Saand, Mumtaz Ali; Huang, Liyun; Abdelaal, Walid Badawy; Zhang, Jun; Wu, Yi; Li, Jing; Sirohi, Muzafar Hussain; Wang, Fuyou (2021). Applications of Multi-Omics Technologies for Crop Improvement. Frontiers in Plant Science. Т. 12. doi:10.3389/fpls.2021.563953. ISSN 1664-462X. PMC 8446515. PMID 34539683. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Sirangelo, Tiziana Maria; Ludlow, Richard Andrew; Chenet, Tatiana; Pasti, Luisa; Spadafora, Natasha Damiana (2023-04). Multi-Omics and Genome Editing Studies on Plant Cell Walls to Improve Biomass Quality. Agriculture (англ.). Т. 13, № 4. с. 752. doi:10.3390/agriculture13040752. ISSN 2077-0472. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Ichihashi, Yasunori; Date, Yasuhiro; Shino, Amiu; Shimizu, Tomoko; Shibata, Arisa; Kumaishi, Kie; Funahashi, Fumiaki; Wakayama, Kenji; Yamazaki, Kohei (23 червня 2020). Multi-omics analysis on an agroecosystem reveals the significant role of organic nitrogen to increase agricultural crop yield. Proceedings of the National Academy of Sciences (англ.). Т. 117, № 25. с. 14552—14560. doi:10.1073/pnas.1917259117. ISSN 0027-8424. PMC 7321985. PMID 32513689. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Aguiar-Pulido, Vanessa; Huang, Wenrui; Suarez-Ulloa, Victoria; Cickovski, Trevor; Mathee, Kalai; Narasimhan, Giri (2016-01). Metagenomics, Metatranscriptomics, and Metabolomics Approaches for Microbiome Analysis: Supplementary Issue: Bioinformatics Methods and Applications for Big Metagenomics Data. Evolutionary Bioinformatics (англ.). Т. 12s1. с. EBO.S36436. doi:10.4137/EBO.S36436. ISSN 1176-9343. PMC 4869604. PMID 27199545. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Joshi, Samiksha; Gangola, Saurabh; Rani, Anju; Sahgal, Manvika; Tewari, Samarth; Bhandari, Narendra Singh; Jaggi, Vandana; Prakash, Om (1 січня 2023). Gangola, Saurabh; Kumar, Saurabh; Joshi, Samiksha; Bhatt, Pankaj (ред.). Chapter 1 - Recent molecular and omics approaches to study rhizosphere functioning. Advanced Microbial Technology for Sustainable Agriculture and Environment (англ.). Academic Press. с. 1—13. doi:10.1016/b978-0-323-95090-9.00009-1. ISBN 978-0-323-95090-9.
Herold, Malte; Martínez Arbas, Susana; Narayanasamy, Shaman; Sheik, Abdul R.; Kleine-Borgmann, Luise A. K.; Lebrun, Laura A.; Kunath, Benoît J.; Roume, Hugo; Bessarab, Irina (19 жовтня 2020). Integration of time-series meta-omics data reveals how microbial ecosystems respond to disturbance. Nature Communications (англ.). Т. 11, № 1. с. 5281. doi:10.1038/s41467-020-19006-2. ISSN 2041-1723. Процитовано 12 червня 2023.
McDaniel, Elizabeth A.; Wahl, Sebastian Aljoscha; Ishii, Shun'ichi; Pinto, Ameet; Ziels, Ryan; Nielsen, Per Halkjær; McMahon, Katherine D.; Williams, Rohan B. H. (15 жовтня 2021). Prospects for multi-omics in the microbial ecology of water engineering. Water Research (англ.). Т. 205. с. 117608. doi:10.1016/j.watres.2021.117608. ISSN 0043-1354. Процитовано 12 червня 2023.
Meng, Chen; Kuster, Bernhard; Culhane, Aedín C; Gholami, Amin (2014). A multivariate approach to the integration of multi-omics datasets. BMC Bioinformatics. 15 (1): 162. doi:10.1186/1471-2105-15-162. ISSN 1471-2105. PMC 4053266. PMID 24884486.{{cite journal}}: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Ramos, Marcel; Schiffer, Lucas; Re, Angela; Azhar, Rimsha; Basunia, Azfar; Rodriguez, Carmen; Chan, Tiffany; Chapman, Phil; Davis, Sean R. (1 листопада 2017). Software for the Integration of Multiomics Experiments in Bioconductor. Cancer Research. 77 (21): e39—e42. doi:10.1158/0008-5472.CAN-17-0344. PMC 5679241. PMID 29092936.
Seonggyun Han, Younghee Lee (2017), IMAS, Bioconductor, doi:10.18129/b9.bioc.imas, процитовано 28 червня 2019
Karim Mezhoud [Aut, Cre] (2017), bioCancer, Bioconductor, doi:10.18129/b9.bioc.biocancer, процитовано 28 червня 2019
Hernandez-Ferrer, Carles; Ruiz-Arenas, Carlos; Beltran-Gomila, Alba; González, Juan R. (17 січня 2017). MultiDataSet: an R package for encapsulating multiple data sets with application to omic data integration. BMC Bioinformatics. 18 (1): 36. doi:10.1186/s12859-016-1455-1. ISSN 1471-2105. PMC 5240259. PMID 28095799.{{cite journal}}: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Conesa, Ana; Dopazo, Joaquín; García-López, Federico; García-Alcalde, Fernando (1 січня 2011). Paintomics: a web based tool for the joint visualization of transcriptomics and metabolomics data. Bioinformatics. 27 (1): 137—139. doi:10.1093/bioinformatics/btq594. ISSN 1367-4803. PMC 3008637. PMID 21098431.
Conesa, Ana; Pappas, Georgios J.; Furió-Tarí, Pedro; Balzano-Nogueira, Leandro; Martínez-Mira, Carlos; Tarazona, Sonia; Hernández-de-Diego, Rafael (2 липня 2018). PaintOmics 3: a web resource for the pathway analysis and visualization of multi-omics data. Nucleic Acids Research. 46 (W1): W503—W509. doi:10.1093/nar/gky466. ISSN 0305-1048. PMC 6030972. PMID 29800320.
Chari, Raj; Coe, Bradley P.; Wedseltoft, Craig; Benetti, Marie; Wilson, Ian M.; Vucic, Emily A.; MacAulay, Calum; Ng, Raymond T.; Lam, Wan L. (7 жовтня 2008). SIGMA2: A system for the integrative genomic multi-dimensional analysis of cancer genomes, epigenomes, and transcriptomes. BMC Bioinformatics. 9 (1): 422. doi:10.1186/1471-2105-9-422. ISSN 1471-2105. PMC 2571113. PMID 18840289.{{cite journal}}: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Choi, Hyungwon; Ewing, Rob; Choi, Kwok Pui; Fermin, Damian; Koh, Hiromi W. L. (23 липня 2018). iOmicsPASS: a novel method for integration of multi-omics data over biological networks and discovery of predictive subnetworks. bioRxiv: 374520. doi:10.1101/374520.
Kanai, Masahiro; Maeda, Yuichi; Okada, Yukinori (19 червня 2018). Grimon: graphical interface to visualize multi-omics networks. Bioinformatics. 34 (22): 3934—3936. doi:10.1093/bioinformatics/bty488. ISSN 1367-4803. PMC 6223372. PMID 29931190.
Su, Andrew I.; Loguercio, Salvatore; Carland, Tristan M.; Ducom, Jean-Christophe; Gioia, Louis; Meißner, Tobias; Fisch, Kathleen M. (1 червня 2015). Omics Pipe: a community-based framework for reproducible multi-omics data analysis. Bioinformatics. 31 (11): 1724—1728. doi:10.1093/bioinformatics/btv061. ISSN 1367-4803. PMC 4443682. PMID 25637560.
Montague, Elizabeth; Stanberry, Larissa; Higdon, Roger; Janko, Imre; Lee, Elaine; Anderson, Nathaniel; Choiniere, John; Stewart, Elizabeth; Yandl, Gregory (June 2014). MOPED 2.5—An Integrated Multi-Omics Resource: Multi-Omics Profiling Expression Database Now Includes Transcriptomics Data. OMICS: A Journal of Integrative Biology. 18 (6): 335—343. doi:10.1089/omi.2014.0061. ISSN 1536-2310. PMC 4048574. PMID 24910945.
Zhang, Bing; Wang, Jing; Straub, Peter; Vasaikar, Suhas V. (4 січня 2018). LinkedOmics: analyzing multi-omics data within and across 32 cancer types. Nucleic Acids Research. 46 (D1): D956—D963. doi:10.1093/nar/gkx1090. ISSN 0305-1048. PMC 5753188. PMID 29136207.
Kan, Zhengyan; Rejto, Paul A.; Roberts, Peter; Ding, Ying; AChing, Keith; Wang, Kai; Deng, Shibing; Schefzick, Sabine; Estrella, Heather (January 2016). OASIS: web-based platform for exploring cancer multi-omics data. Nature Methods. 13 (1): 9—10. doi:10.1038/nmeth.3692. ISSN 1548-7105. PMID 26716558.
Wu, Jiaqi; Hu, Shuofeng; Chen, Yaowen; Li, Zongcheng; Zhang, Jian; Yuan, Hanyu; Shi, Qiang; Shao, Ningsheng; Ying, Xiaomin (May 2017). BCIP: a gene-centered platform for identifying potential regulatory genes in breast cancer. Scientific Reports. 7 (1): 45235. Bibcode:2017NatSR...745235W. doi:10.1038/srep45235. ISSN 2045-2322. PMC 5361122. PMID 28327601.
Husi, Holger; Patel, Alisha; Fernandes, Marco (12 листопада 2018). C/VDdb: A multi-omics expression profiling database for a knowledge-driven approach in cardiovascular disease (CVD). PLOS ONE. 13 (11): e0207371. Bibcode:2018PLoSO..1307371F. doi:10.1371/journal.pone.0207371. ISSN 1932-6203. PMC 6231654. PMID 30419069.
Gupta, Amit Kumar; Kaur, Karambir; Rajput, Akanksha; Dhanda, Sandeep Kumar; Sehgal, Manika; Khan, Md. Shoaib; Monga, Isha; Dar, Showkat Ahmad; Singh, Sandeep (16 вересня 2016). ZikaVR: An Integrated Zika Virus Resource for Genomics, Proteomics, Phylogenetic and Therapeutic Analysis. Scientific Reports. 6 (1): 32713. Bibcode:2016NatSR...632713G. doi:10.1038/srep32713. ISSN 2045-2322. PMC 5025660. PMID 27633273.
Tagkopoulos, Ilias; Violeta Zorraquino; Rai, Navneet; Kim, Minseung (7 жовтня 2016). Multi-omics integration accurately predicts cellular state in unexplored conditions for Escherichia coli. Nature Communications. 7: 13090. Bibcode:2016NatCo...713090K. doi:10.1038/ncomms13090. ISSN 2041-1723. PMC 5059772. PMID 27713404.
Li, Guojing; Lu, Zhongfu; Lin, Jiandong; Hu, Yaowen; Yunping Huang; Wang, Baogen; Wu, Xinyi; Wu, Xiaohua; Xu, Pei (26 лютого 2018). GourdBase: a genome-centered multi-omics database for the bottle gourd ( Lagenaria siceraria ), an economically important cucurbit crop. Scientific Reports. 8 (1): 3604. Bibcode:2018NatSR...8.3604W. doi:10.1038/s41598-018-22007-3. ISSN 2045-2322. PMC 5827520. PMID 29483591.
Liu, Haijun; Wang, Fan; Xiao, Yingjie; Tian, Zonglin; Wen, Weiwei; Zhang, Xuehai; Chen, Xi; Liu, Nannan; Li, Wenqiang (2016). MODEM: multi-omics data envelopment and mining in maize. Database. 2016: baw117. doi:10.1093/database/baw117. ISSN 1758-0463. PMC 4976297. PMID 27504011.
Xu, Dong; Nguyen, Henry T.; Stacey, Gary; Gaudiello, Eric C.; Endacott, Ryan Z.; Zhang, Hongxin; Liu, Yang; Chen, Shiyuan; Fitzpatrick, Michael R. (1 січня 2014). Soybean knowledge base (SoyKB): a web resource for integration of soybean translational genomics and molecular breeding. Nucleic Acids Research. 42 (D1): D1245—D1252. doi:10.1093/nar/gkt905. ISSN 0305-1048. PMC 3965117. PMID 24136998.
Samaras, Patroklos; Schmidt, Tobias; Frejno, Martin; Gessulat, Siegfried; Reinecke, Maria; Jarzab, Anna; Zecha, Jana; Mergner, Julia; Giansanti, Piero (8 січня 2020). ProteomicsDB: a multi-omics and multi-organism resource for life science research. Nucleic Acids Research (англ.). 48 (D1): D1153—D1163. doi:10.1093/nar/gkz974. ISSN 0305-1048. PMC 7145565. PMID 31665479.
Mubeen, Sarah; Hoyt, Charles Tapley; Gemünd, André; Hofmann-Apitius, Martin; Fröhlich, Holger; Domingo-Fernández, Daniel (2019). The Impact of Pathway Database Choice on Statistical Enrichment Analysis and Predictive Modeling. Frontiers in Genetics. Т. 10. doi:10.3389/fgene.2019.01203. ISSN 1664-8021. PMC 6883970. PMID 31824580. Процитовано 14 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)

dx.doi.org

Tarazona, S., Balzano-Nogueira, L., & Conesa, A. (2018). Multiomics Data Integration in Time Series Experiments. DOI:10.1016/bs.coac.2018.06.005
Alberts, Bruce; Johnson, Alexander; Lewis, Julian; Raff, Martin; Roberts, Keith; Walter, Peter (31 грудня 2007). Molecular Biology of the Cell. doi:10.1201/9780203833445. Процитовано 11 червня 2023.
Lehrach, Hans (9 серпня 2013). Faculty Opinions recommendation of RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics. Faculty Opinions – Post-Publication Peer Review of the Biomedical Literature. doi:10.3410/f.1128830.793481779. Процитовано 12 червня 2023.

ed.ac.uk

research.ed.ac.uk

Macaulay, Iain C; Teng, Mabel J; Haerty, Wilfried; Kumar, Parveen; Ponting, Chris P; Voet, Thierry (29 вересня 2016). Separation and parallel sequencing of the genomes and transcriptomes of single cells using G&T-seq. Nature Protocols. 11 (11): 2081—2103. doi:10.1038/nprot.2016.138. ISSN 1754-2189. PMID 27685099.

facultyopinions.com

Han, Jing-Dong Jackie (5 вересня 2018). Faculty of 1000 evaluation for Single-Cell Multiomics: Multiple Measurements from Single Cells. Trends in Genetics. 33 (2). doi:10.3410/f.727213649.793550351.

frontiersin.org

Yujing Li та ін. (2023). Epigenomic and Epitranscriptomic Basis of Development and Human Disease (англ) . Frontiers in Cell and Developmental Biology (відкритий доступ: pdf, epub). ISBN 978-2-83251-817-5. {{cite book}}: Явне використання «та ін.» у: |last= (довідка)
Kumar, Suresh; Mohapatra, Trilochan (2021). Deciphering Epitranscriptome: Modification of mRNA Bases Provides a New Perspective for Post-transcriptional Regulation of Gene Expression. Frontiers in Cell and Developmental Biology. Т. 9. doi:10.3389/fcell.2021.628415. ISSN 2296-634X. PMC 8010680. PMID 33816473. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Plotnikova, Olga; Baranova, Ancha; Skoblov, Mikhail (2019). Comprehensive Analysis of Human microRNA–mRNA Interactome. Frontiers in Genetics. Т. 10. doi:10.3389/fgene.2019.00933. ISSN 1664-8021. PMC 6792129. PMID 31649721. Процитовано 14 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Nkera-Gutabara, C. K.; Kerr, R.; Scholefield, J.; Hazelhurst, S.; Naidoo, J. (2022). Microbiomics: The Next Pillar of Precision Medicine and Its Role in African Healthcare. Frontiers in Genetics. Т. 13. doi:10.3389/fgene.2022.869610. ISSN 1664-8021. PMC 9037082. PMID 35480328. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Shakya, Migun; Lo, Chien-Chi; Chain, Patrick S. G. (25 вересня 2019). Advances and Challenges in Metatranscriptomic Analysis. Frontiers in Genetics. Т. 10. doi:10.3389/fgene.2019.00904. ISSN 1664-8021. PMC 6774269. PMID 31608125. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Cheng, Chu; Fei, Zhongjie; Xiao, Pengfeng (2023). Methods to improve the accuracy of next-generation sequencing. Frontiers in Bioengineering and Biotechnology. Т. 11. doi:10.3389/fbioe.2023.982111. ISSN 2296-4185. PMC 9895957. PMID 36741756. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Arjmand, Babak; Hamidpour, Shayesteh Kokabi; Tayanloo-Beik, Akram; Goodarzi, Parisa; Aghayan, Hamid Reza; Adibi, Hossein; Larijani, Bagher (2022). Machine Learning: A New Prospect in Multi-Omics Data Analysis of Cancer. Frontiers in Genetics. Т. 13. doi:10.3389/fgene.2022.824451. ISSN 1664-8021. PMC 8829119. PMID 35154283. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Vahabi, Nasim; Michailidis, George (2022). Unsupervised Multi-Omics Data Integration Methods: A Comprehensive Review. Frontiers in Genetics. Т. 13. doi:10.3389/fgene.2022.854752. ISSN 1664-8021. PMC 8981526. PMID 35391796. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Flores, Javier E.; Claborne, Daniel M.; Weller, Zachary D.; Webb-Robertson, Bobbie-Jo M.; Waters, Katrina M.; Bramer, Lisa M. (2023). Missing data in multi-omics integration: Recent advances through artificial intelligence. Frontiers in Artificial Intelligence. Т. 6. doi:10.3389/frai.2023.1098308. ISSN 2624-8212. PMC 9949722. PMID 36844425. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Guo, Shicheng; Zhang, Dake; Wang, Hu; An, Qin; Yu, Guangchuang; Han, Junwei; Jiang, Chunjie; Huang, Jianfeng (21 лютого 2023). Editorial: Computational and systematic analysis of multi-omics data for drug discovery and development. Frontiers in Medicine. Т. 10. doi:10.3389/fmed.2023.1146896. ISSN 2296-858X. PMC 9989304. PMID 36895719. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Liu, Xiao-Ying; Mei, Xin-Yue (2023). Prediction of drug sensitivity based on multi-omics data using deep learning and similarity network fusion approaches. Frontiers in Bioengineering and Biotechnology. Т. 11. doi:10.3389/fbioe.2023.1156372. ISSN 2296-4185. PMC 10150883. PMID 37139048. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Chu, Xiaojing; Zhang, Bowen; Koeken, Valerie A. C. M.; Gupta, Manoj Kumar; Li, Yang (2021). Multi-Omics Approaches in Immunological Research. Frontiers in Immunology. Т. 12. doi:10.3389/fimmu.2021.668045. ISSN 1664-3224. PMC 8226116. PMID 34177908. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Mahmood, Umer; Li, Xiaodong; Fan, Yonghai; Chang, Wei; Niu, Yue; Li, Jiana; Qu, Cunmin; Lu, Kun (2022). Multi-omics revolution to promote plant breeding efficiency. Frontiers in Plant Science. Т. 13. doi:10.3389/fpls.2022.1062952. ISSN 1664-462X. PMC 9773847. PMID 36570904. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Yang, Yaodong; Saand, Mumtaz Ali; Huang, Liyun; Abdelaal, Walid Badawy; Zhang, Jun; Wu, Yi; Li, Jing; Sirohi, Muzafar Hussain; Wang, Fuyou (2021). Applications of Multi-Omics Technologies for Crop Improvement. Frontiers in Plant Science. Т. 12. doi:10.3389/fpls.2021.563953. ISSN 1664-462X. PMC 8446515. PMID 34539683. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Mubeen, Sarah; Hoyt, Charles Tapley; Gemünd, André; Hofmann-Apitius, Martin; Fröhlich, Holger; Domingo-Fernández, Daniel (2019). The Impact of Pathway Database Choice on Statistical Enrichment Analysis and Predictive Modeling. Frontiers in Genetics. Т. 10. doi:10.3389/fgene.2019.01203. ISSN 1664-8021. PMC 6883970. PMID 31824580. Процитовано 14 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)

harvard.edu

ui.adsabs.harvard.edu

Greenleaf, William J.; Chang, Howard Y.; Snyder, Michael P.; Michael L. Gonzales; Ruff, Dave; Litzenburger, Ulrike M.; Wu, Beijing; Buenrostro, Jason D. (July 2015). Single-cell chromatin accessibility reveals principles of regulatory variation. Nature. 523 (7561): 486—490. Bibcode:2015Natur.523..486B. doi:10.1038/nature14590. ISSN 1476-4687. PMC 4685948. PMID 26083756.
Fraser, Peter; Tanay, Amos; Laue, Ernest D.; Dean, Wendy; Yaffe, Eitan; Schoenfelder, Stefan; Stevens, Tim J.; Lubling, Yaniv; Nagano, Takashi (October 2013). Single-cell Hi-C reveals cell-to-cell variability in chromosome structure. Nature. 502 (7469): 59—64. Bibcode:2013Natur.502...59N. doi:10.1038/nature12593. ISSN 1476-4687. PMC 3869051. PMID 24067610.
Assarsson, Erika; Lundberg, Martin; Holmquist, Göran; Björkesten, Johan; Bucht Thorsen, Stine; Ekman, Daniel; Eriksson, Anna; Rennel Dickens, Emma; Ohlsson, Sandra (22 квітня 2014). Homogenous 96-Plex PEA Immunoassay Exhibiting High Sensitivity, Specificity, and Excellent Scalability. PLOS ONE. 9 (4): e95192. Bibcode:2014PLoSO...995192A. doi:10.1371/journal.pone.0095192. ISSN 1932-6203. PMC 3995906. PMID 24755770.
Proctor, Lita M.; Creasy, Heather H.; Fettweis, Jennifer M.; Lloyd-Price, Jason; Mahurkar, Anup; Zhou, Wenyu; Buck, Gregory A.; Snyder, Michael P.; Strauss, Jerome F. (May 2019). The Integrative Human Microbiome Project. Nature. 569 (7758): 641—648. Bibcode:2019Natur.569..641I. doi:10.1038/s41586-019-1238-8. ISSN 1476-4687. PMC 6784865. PMID 31142853.
After the Integrative Human Microbiome Project, what's next for the microbiome community?. Nature. 569 (7758): 599. 29 травня 2019. Bibcode:2019Natur.569Q.599.. doi:10.1038/d41586-019-01674-w. PMID 31142868.
Snyder, Michael; Weinstock, George M.; Sodergren, Erica; McLaughlin, Tracey; Tse, David; Rost, Hannes; Piening, Brian; Kukurba, Kim; Rose, Sophia Miryam Schüssler-Fiorenza (May 2019). Longitudinal multi-omics of host–microbe dynamics in prediabetes. Nature. 569 (7758): 663—671. Bibcode:2019Natur.569..663Z. doi:10.1038/s41586-019-1236-x. ISSN 1476-4687. PMC 6666404. PMID 31142858.
Huttenhower, Curtis; Xavier, Ramnik J.; Vlamakis, Hera; Franzosa, Eric A.; Clish, Clary B.; Winter, Harland S.; Stappenbeck, Thaddeus S.; Petrosino, Joseph F.; McGovern, Dermot P. B. (May 2019). Multi-omics of the gut microbial ecosystem in inflammatory bowel diseases. Nature. 569 (7758): 655—662. Bibcode:2019Natur.569..655L. doi:10.1038/s41586-019-1237-9. ISSN 1476-4687. PMC 6650278. PMID 31142855.
Firestein, Gary S.; Wang, Wei; Gay, Steffen; Ball, Scott T.; Bartok, Beatrix; Boyle, David L.; Whitaker, John W. (22 квітня 2015). Integrative Omics Analysis of Rheumatoid Arthritis Identifies Non-Obvious Therapeutic Targets. PLOS ONE. 10 (4): e0124254. Bibcode:2015PLoSO..1024254W. doi:10.1371/journal.pone.0124254. ISSN 1932-6203. PMC 4406750. PMID 25901943.
Wu, Jiaqi; Hu, Shuofeng; Chen, Yaowen; Li, Zongcheng; Zhang, Jian; Yuan, Hanyu; Shi, Qiang; Shao, Ningsheng; Ying, Xiaomin (May 2017). BCIP: a gene-centered platform for identifying potential regulatory genes in breast cancer. Scientific Reports. 7 (1): 45235. Bibcode:2017NatSR...745235W. doi:10.1038/srep45235. ISSN 2045-2322. PMC 5361122. PMID 28327601.
Husi, Holger; Patel, Alisha; Fernandes, Marco (12 листопада 2018). C/VDdb: A multi-omics expression profiling database for a knowledge-driven approach in cardiovascular disease (CVD). PLOS ONE. 13 (11): e0207371. Bibcode:2018PLoSO..1307371F. doi:10.1371/journal.pone.0207371. ISSN 1932-6203. PMC 6231654. PMID 30419069.
Gupta, Amit Kumar; Kaur, Karambir; Rajput, Akanksha; Dhanda, Sandeep Kumar; Sehgal, Manika; Khan, Md. Shoaib; Monga, Isha; Dar, Showkat Ahmad; Singh, Sandeep (16 вересня 2016). ZikaVR: An Integrated Zika Virus Resource for Genomics, Proteomics, Phylogenetic and Therapeutic Analysis. Scientific Reports. 6 (1): 32713. Bibcode:2016NatSR...632713G. doi:10.1038/srep32713. ISSN 2045-2322. PMC 5025660. PMID 27633273.
Tagkopoulos, Ilias; Violeta Zorraquino; Rai, Navneet; Kim, Minseung (7 жовтня 2016). Multi-omics integration accurately predicts cellular state in unexplored conditions for Escherichia coli. Nature Communications. 7: 13090. Bibcode:2016NatCo...713090K. doi:10.1038/ncomms13090. ISSN 2041-1723. PMC 5059772. PMID 27713404.
Li, Guojing; Lu, Zhongfu; Lin, Jiandong; Hu, Yaowen; Yunping Huang; Wang, Baogen; Wu, Xinyi; Wu, Xiaohua; Xu, Pei (26 лютого 2018). GourdBase: a genome-centered multi-omics database for the bottle gourd ( Lagenaria siceraria ), an economically important cucurbit crop. Scientific Reports. 8 (1): 3604. Bibcode:2018NatSR...8.3604W. doi:10.1038/s41598-018-22007-3. ISSN 2045-2322. PMC 5827520. PMID 29483591.

hindawi.com

Pervez, Muhammad Tariq; Hasnain, Mirza Jawad ul; Abbas, Syed Hassan; Moustafa, Mahmoud F.; Aslam, Naeem; Shah, Syed Shah Muhammad (29 вересня 2022). A Comprehensive Review of Performance of Next-Generation Sequencing Platforms. BioMed Research International (англ.). Т. 2022. с. e3457806. doi:10.1155/2022/3457806. ISSN 2314-6133. PMC 9537002. PMID 36212714. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)

illumina.com

Next-Generation Sequencing (NGS) | Explore the technology. www.illumina.com (англ.). Процитовано 12 червня 2023.

latch.bio

blog.latch.bio

Le, Hannah. Latch Registry: An integrated database for multi-omics. blog.latch.bio (англ.). Процитовано 8 грудня 2023.

liebertpub.com

Santorelli, Lucia; Caterino, Marianna; Costanzo, Michele (2022-12). Dynamic Interactomics by Cross-Linking Mass Spectrometry: Mapping the Daily Cell Life in Postgenomic Era. OMICS: A Journal of Integrative Biology. Т. 26, № 12. с. 633—649. doi:10.1089/omi.2022.0137. Процитовано 11 червня 2023.

linkedomics.org

LinkedOmics :: Login. www.linkedomics.org. Процитовано 26 червня 2019.

mdpi.com

Pinu, Farhana R.; Beale, David J.; Paten, Amy M.; Kouremenos, Konstantinos; Swarup, Sanjay; Schirra, Horst J.; Wishart, David (2019-04). Systems Biology and Multi-Omics Integration: Viewpoints from the Metabolomics Research Community. Metabolites (англ.). Т. 9, № 4. с. 76. doi:10.3390/metabo9040076. ISSN 2218-1989. PMC 6523452. PMID 31003499. Процитовано 14 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
He, Zhizhou; Xu, Jing; Shi, Haoran; Wu, Shuxiang (2022-04). m5CRegpred: Epitranscriptome Target Prediction of 5-Methylcytosine (m5C) Regulators Based on Sequencing Features. Genes (англ.). Т. 13, № 4. с. 677. doi:10.3390/genes13040677. ISSN 2073-4425. PMC 9025882. PMID 35456483. Процитовано 10 вересня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Dupree, Emmalyn J.; Jayathirtha, Madhuri; Yorkey, Hannah; Mihasan, Marius; Petre, Brindusa Alina; Darie, Costel C. (2020-09). A Critical Review of Bottom-Up Proteomics: The Good, the Bad, and the Future of This Field. Proteomes (англ.). Т. 8, № 3. с. 14. doi:10.3390/proteomes8030014. ISSN 2227-7382. PMC 7564415. PMID 32640657. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Terrón-Camero, Laura C.; Gordillo-González, Fernando; Salas-Espejo, Eduardo; Andrés-León, Eduardo (2022-12). Comparison of Metagenomics and Metatranscriptomics Tools: A Guide to Making the Right Choice. Genes (англ.). Т. 13, № 12. с. 2280. doi:10.3390/genes13122280. ISSN 2073-4425. PMC 9777648. PMID 36553546. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Henry, Céline; Bassignani, Ariane; Berland, Magali; Langella, Olivier; Sokol, Harry; Juste, Catherine (2022-01). Modern Metaproteomics: A Unique Tool to Characterize the Active Microbiome in Health and Diseases, and Pave the Road towards New Biomarkers—Example of Crohn’s Disease and Ulcerative Colitis Flare-Ups. Cells (англ.). Т. 11, № 8. с. 1340. doi:10.3390/cells11081340. ISSN 2073-4409. PMC 9028112. PMID 35456018. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Razzaq, Muhammad Khuram; Aleem, Muqadas; Mansoor, Shahid; Khan, Mueen Alam; Rauf, Saeed; Iqbal, Shahid; Siddique, Kadambot H. M. (2021-01). Omics and CRISPR-Cas9 Approaches for Molecular Insight, Functional Gene Analysis, and Stress Tolerance Development in Crops. International Journal of Molecular Sciences (англ.). Т. 22, № 3. с. 1292. doi:10.3390/ijms22031292. ISSN 1422-0067. PMC 7866018. PMID 33525517. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Yoon, Jong; Villa, Chiara, ред. (13 грудня 2021). Multi-Omics for the Understanding of Brain Diseases (English) . MDPI - Multidisciplinary Digital Publishing Institute. doi:10.3390/books978-3-0365-2603-4. ISBN 978-3-0365-2602-7.{{cite book}}: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Sirangelo, Tiziana Maria; Ludlow, Richard Andrew; Chenet, Tatiana; Pasti, Luisa; Spadafora, Natasha Damiana (2023-04). Multi-Omics and Genome Editing Studies on Plant Cell Walls to Improve Biomass Quality. Agriculture (англ.). Т. 13, № 4. с. 752. doi:10.3390/agriculture13040752. ISSN 2077-0472. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)

nature.com

Mavromatis, Lucas A.; Rosoff, Daniel B.; Bell, Andrew S.; Jung, Jeesun; Wagner, Josephin; Lohoff, Falk W. (19 квітня 2023). Multi-omic underpinnings of epigenetic aging and human longevity. Nature Communications (англ.). Т. 14, № 1. с. 2236. doi:10.1038/s41467-023-37729-w. ISSN 2041-1723. Процитовано 11 червня 2023.
Wang, Bo; Mezlini, Aziz M.; Demir, Feyyaz; Fiume, Marc; Tu, Zhuowen; Brudno, Michael; Haibe-Kains, Benjamin; Goldenberg, Anna (2014-03). Similarity network fusion for aggregating data types on a genomic scale. Nature Methods (англ.). Т. 11, № 3. с. 333—337. doi:10.1038/nmeth.2810. ISSN 1548-7105. Процитовано 11 червня 2023.
International Human Genome Sequencing Consortium (2004-10). Finishing the euchromatic sequence of the human genome. Nature (англ.). Т. 431, № 7011. с. 931—945. doi:10.1038/nature03001. ISSN 1476-4687. Процитовано 11 червня 2023.
Austin-Tse, Christina A.; Jobanputra, Vaidehi; Perry, Denise L.; Bick, David; Taft, Ryan J.; Venner, Eric; Gibbs, Richard A.; Young, Ted; Barnett, Sarah (8 квітня 2022). Best practices for the interpretation and reporting of clinical whole genome sequencing. npj Genomic Medicine (англ.). Т. 7, № 1. с. 1—13. doi:10.1038/s41525-022-00295-z. ISSN 2056-7944. Процитовано 11 червня 2023.
Uffelmann, Emil; Huang, Qin Qin; Munung, Nchangwi Syntia; de Vries, Jantina; Okada, Yukinori; Martin, Alicia R.; Martin, Hilary C.; Lappalainen, Tuuli; Posthuma, Danielle (26 серпня 2021). Genome-wide association studies. Nature Reviews Methods Primers (англ.). Т. 1, № 1. с. 1—21. doi:10.1038/s43586-021-00056-9. ISSN 2662-8449. Процитовано 11 червня 2023.
Genereux, Diane P.; Serres, Aitor; Armstrong, Joel; Johnson, Jeremy; Marinescu, Voichita D.; Murén, Eva; Juan, David; Bejerano, Gill; Casewell, Nicholas R. (2020-11). A comparative genomics multitool for scientific discovery and conservation. Nature (англ.). Т. 587, № 7833. с. 240—245. doi:10.1038/s41586-020-2876-6. ISSN 1476-4687. Процитовано 11 червня 2023.
Bannister, Andrew J.; Kouzarides, Tony (2011-03). Regulation of chromatin by histone modifications. Cell Research (англ.). Т. 21, № 3. с. 381—395. doi:10.1038/cr.2011.22. ISSN 1748-7838. PMC 3193420. PMID 21321607. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Li, Jia; Zhang, Zhirong; Zhuang, Yinghua; Wang, Fengchao; Cai, Tao (9 травня 2023). Small RNA transcriptome analysis using parallel single-cell small RNA sequencing. Scientific Reports (англ.). Т. 13, № 1. с. 7501. doi:10.1038/s41598-023-34390-7. ISSN 2045-2322. Процитовано 6 вересня 2023.
Mattick, John S.; Amaral, Paulo P.; Carninci, Piero; Carpenter, Susan; Chang, Howard Y.; Chen, Ling-Ling; Chen, Runsheng; Dean, Caroline; Dinger, Marcel E. (2023-06). Long non-coding RNAs: definitions, functions, challenges and recommendations. Nature Reviews Molecular Cell Biology (англ.). Т. 24, № 6. с. 430—447. doi:10.1038/s41580-022-00566-8. ISSN 1471-0080. PMC 10213152. PMID 36596869. Процитовано 6 вересня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Wang, Zhong; Gerstein, Mark; Snyder, Michael (2009-01). RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics. Nature Reviews Genetics (англ.). Т. 10, № 1. с. 57—63. doi:10.1038/nrg2484. ISSN 1471-0064. PMC 2949280. PMID 19015660. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Stark, Rory; Grzelak, Marta; Hadfield, James (2019-11). RNA sequencing: the teenage years. Nature Reviews Genetics (англ.). Т. 20, № 11. с. 631—656. doi:10.1038/s41576-019-0150-2. ISSN 1471-0064. Процитовано 11 червня 2023.
Matsumura, Yoshihiro; Wei, Fan-Yan; Sakai, Juro (2023-03). Epitranscriptomics in metabolic disease. Nature Metabolism (англ.). Т. 5, № 3. с. 370—384. doi:10.1038/s42255-023-00764-4. ISSN 2522-5812. Процитовано 11 червня 2023.
Dominissini, Dan; Moshitch-Moshkovitz, Sharon; Schwartz, Schraga; Salmon-Divon, Mali; Ungar, Lior; Osenberg, Sivan; Cesarkas, Karen; Jacob-Hirsch, Jasmine; Amariglio, Ninette (2012-05). Topology of the human and mouse m6A RNA methylomes revealed by m6A-seq. Nature (англ.). Т. 485, № 7397. с. 201—206. doi:10.1038/nature11112. ISSN 1476-4687. Процитовано 10 вересня 2023.
McIntyre, Alexa B. R.; Gokhale, Nandan S.; Cerchietti, Leandro; Jaffrey, Samie R.; Horner, Stacy M.; Mason, Christopher E. (20 квітня 2020). Limits in the detection of m6A changes using MeRIP/m6A-seq. Scientific Reports (англ.). Т. 10, № 1. с. 6590. doi:10.1038/s41598-020-63355-3. ISSN 2045-2322. Процитовано 10 вересня 2023.
Cui, Miao; Cheng, Chao; Zhang, Lanjing (2022-11). High-throughput proteomics: a methodological mini-review. Laboratory Investigation (англ.). Т. 102, № 11. с. 1170—1181. doi:10.1038/s41374-022-00830-7. ISSN 1530-0307. Процитовано 11 червня 2023.
Rosenberger, Florian A.; Thielert, Marvin; Mann, Matthias (2023-03). Making single-cell proteomics biologically relevant. Nature Methods (англ.). Т. 20, № 3. с. 320—323. doi:10.1038/s41592-023-01771-9. ISSN 1548-7105. Процитовано 11 червня 2023.
Gstaiger, Matthias; Aebersold, Ruedi (2009-09). Applying mass spectrometry-based proteomics to genetics, genomics and network biology. Nature Reviews Genetics (англ.). Т. 10, № 9. с. 617—627. doi:10.1038/nrg2633. ISSN 1471-0064. Процитовано 11 червня 2023.
Aebersold, Ruedi; Mann, Matthias (2016-09). Mass-spectrometric exploration of proteome structure and function. Nature (англ.). Т. 537, № 7620. с. 347—355. doi:10.1038/nature19949. ISSN 1476-4687. Процитовано 11 червня 2023.
Kustatscher, Georg; Collins, Tom; Gingras, Anne-Claude; Guo, Tiannan; Hermjakob, Henning; Ideker, Trey; Lilley, Kathryn S.; Lundberg, Emma; Marcotte, Edward M. (2022-07). Understudied proteins: opportunities and challenges for functional proteomics. Nature Methods (англ.). Т. 19, № 7. с. 774—779. doi:10.1038/s41592-022-01454-x. ISSN 1548-7105. Процитовано 6 вересня 2023.
Van den Broeck, Lisa; Bhosale, Dinesh Kiran; Song, Kuncheng; Fonseca de Lima, Cássio Flavio; Ashley, Michael; Zhu, Tingting; Zhu, Shanshuo; Van De Cotte, Brigitte; Neyt, Pia (3 серпня 2023). Functional annotation of proteins for signaling network inference in non-model species. Nature Communications (англ.). Т. 14, № 1. doi:10.1038/s41467-023-40365-z. ISSN 2041-1723. Процитовано 10 вересня 2023.
Wenk, Markus R. (2005-07). The emerging field of lipidomics. Nature Reviews Drug Discovery (англ.). Т. 4, № 7. с. 594—610. doi:10.1038/nrd1776. ISSN 1474-1784. Процитовано 11 червня 2023.
Kyle, Jennifer E.; Stratton, Kelly G.; Zink, Erika M.; Kim, Young-Mo; Bloodsworth, Kent J.; Monroe, Matthew E.; Waters, Katrina M.; Webb-Robertson, Bobbie-Jo M.; Koeller, David M. (21 квітня 2021). A resource of lipidomics and metabolomics data from individuals with undiagnosed diseases. Scientific Data (англ.). Т. 8, № 1. с. 114. doi:10.1038/s41597-021-00894-y. ISSN 2052-4463. Процитовано 11 червня 2023.
Raman, Rahul; Raguram, S.; Venkataraman, Ganesh; Paulson, James C.; Sasisekharan, Ram (2005-11). Glycomics: an integrated systems approach to structure-function relationships of glycans. Nature Methods (англ.). Т. 2, № 11. с. 817—824. doi:10.1038/nmeth807. ISSN 1548-7105. Процитовано 11 червня 2023.
Wishart, David S. (2016-07). Emerging applications of metabolomics in drug discovery and precision medicine. Nature Reviews Drug Discovery (англ.). Т. 15, № 7. с. 473—484. doi:10.1038/nrd.2016.32. ISSN 1474-1784. Процитовано 11 червня 2023.
Alseekh, Saleh; Aharoni, Asaph; Brotman, Yariv; Contrepois, Kévin; D’Auria, John; Ewald, Jan; C. Ewald, Jennifer; Fraser, Paul D.; Giavalisco, Patrick (2021-07). Mass spectrometry-based metabolomics: a guide for annotation, quantification and best reporting practices. Nature Methods (англ.). Т. 18, № 7. с. 747—756. doi:10.1038/s41592-021-01197-1. ISSN 1548-7105. Процитовано 12 червня 2023.
Burton, Antony J.; Haugbro, Michael; Gates, Leah A.; Bagert, John D.; Allis, C. David; Muir, Tom W. (2020-06). In situ chromatin interactomics using a chemical bait and trap approach. Nature Chemistry (англ.). Т. 12, № 6. с. 520—527. doi:10.1038/s41557-020-0474-8. ISSN 1755-4349. Процитовано 11 червня 2023.
Chiu, Charles Y.; Miller, Steven A. (2019-06). Clinical metagenomics. Nature Reviews Genetics (англ.). Т. 20, № 6. с. 341—355. doi:10.1038/s41576-019-0113-7. ISSN 1471-0064. PMC 6858796. PMID 30918369. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Shendure, Jay; Ji, Hanlee (2008-10). Next-generation DNA sequencing. Nature Biotechnology (англ.). Т. 26, № 10. с. 1135—1145. doi:10.1038/nbt1486. ISSN 1546-1696. Процитовано 12 червня 2023.
Vasaikar, Suhas V.; Savage, Adam K.; Gong, Qiuyu; Swanson, Elliott; Talla, Aarthi; Lord, Cara; Heubeck, Alexander T.; Reading, Julian; Graybuck, Lucas T. (27 березня 2023). A comprehensive platform for analyzing longitudinal multi-omics data. Nature Communications (англ.). Т. 14, № 1. с. 1684. doi:10.1038/s41467-023-37432-w. ISSN 2041-1723. Процитовано 12 червня 2023.
Conesa, Ana; Beck, Stephan (31 жовтня 2019). Making multi-omics data accessible to researchers. Scientific Data (англ.). Т. 6, № 1. с. 251. doi:10.1038/s41597-019-0258-4. ISSN 2052-4463. Процитовано 12 червня 2023.
A focus on single-cell omics. Nature Reviews Genetics (англ.). Т. 24, № 8. 2023-08. с. 485—485. doi:10.1038/s41576-023-00628-3. ISSN 1471-0064. Процитовано 6 серпня 2023.
Baysoy, Alev; Bai, Zhiliang; Satija, Rahul; Fan, Rong (2023-10). The technological landscape and applications of single-cell multi-omics. Nature Reviews Molecular Cell Biology (англ.). Т. 24, № 10. с. 695—713. doi:10.1038/s41580-023-00615-w. ISSN 1471-0080. Процитовано 8 грудня 2023.
Vandereyken, Katy; Sifrim, Alejandro; Thienpont, Bernard; Voet, Thierry (2 березня 2023). Methods and applications for single-cell and spatial multi-omics. Nature Reviews Genetics (англ.). с. 1—22. doi:10.1038/s41576-023-00580-2. ISSN 1471-0064. Процитовано 11 червня 2023.
Hilton, Isaac B.; D'Ippolito, Anthony M.; Vockley, Christopher M.; Thakore, Pratiksha I.; Crawford, Gregory E.; Reddy, Timothy E.; Gersbach, Charles A. (2015-05). Epigenome editing by a CRISPR-Cas9-based acetyltransferase activates genes from promoters and enhancers. Nature Biotechnology (англ.). Т. 33, № 5. с. 510—517. doi:10.1038/nbt.3199. ISSN 1546-1696. PMC 4430400. PMID 25849900. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Cao, Zhi-Jie; Gao, Ge (2022-10). Multi-omics single-cell data integration and regulatory inference with graph-linked embedding. Nature Biotechnology (англ.). Т. 40, № 10. с. 1458—1466. doi:10.1038/s41587-022-01284-4. ISSN 1546-1696. Процитовано 12 червня 2023.
Donati, Stefano; Mattanovich, Matthias; Hjort, Pernille; Jacobsen, Simo Abdessamad Baallal; Blomquist, Sarah Dina; Mangaard, Drude; Gurdo, Nicolas; Pastor, Felix Pacheco; Maury, Jérôme (19 травня 2023). An automated workflow for multi-omics screening of microbial model organisms. npj Systems Biology and Applications (англ.). Т. 9, № 1. с. 1—12. doi:10.1038/s41540-023-00277-6. ISSN 2056-7189. Процитовано 15 вересня 2023.
Velten, Britta; Stegle, Oliver (14 вересня 2023). Principles and challenges of modeling temporal and spatial omics data. Nature Methods (англ.). с. 1—13. doi:10.1038/s41592-023-01992-y. ISSN 1548-7105. Процитовано 15 вересня 2023.
Mavromatis, Lucas A.; Rosoff, Daniel B.; Bell, Andrew S.; Jung, Jeesun; Wagner, Josephin; Lohoff, Falk W. (19 квітня 2023). Multi-omic underpinnings of epigenetic aging and human longevity. Nature Communications (англ.). Т. 14, № 1. с. 2236. doi:10.1038/s41467-023-37729-w. ISSN 2041-1723. PMC 10115892. PMID 37076473. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Bonaguro, Lorenzo; Schulte-Schrepping, Jonas; Ulas, Thomas; Aschenbrenner, Anna C.; Beyer, Marc; Schultze, Joachim L. (2022-10). A guide to systems-level immunomics. Nature Immunology (англ.). Т. 23, № 10. с. 1412—1423. doi:10.1038/s41590-022-01309-9. ISSN 1529-2916. Процитовано 12 червня 2023.
Zhang, Bohan; Lee, David E.; Trapp, Alexandre; Tyshkovskiy, Alexander; Lu, Ake T.; Bareja, Akshay; Kerepesi, Csaba; McKay, Lauren K.; Shindyapina, Anastasia V. (27 липня 2023). Multi-omic rejuvenation and life span extension on exposure to youthful circulation. Nature Aging (англ.). с. 1—17. doi:10.1038/s43587-023-00451-9. ISSN 2662-8465. Процитовано 5 серпня 2023.
Mavromatis, Lucas A.; Rosoff, Daniel B.; Bell, Andrew S.; Jung, Jeesun; Wagner, Josephin; Lohoff, Falk W. (19 квітня 2023). Multi-omic underpinnings of epigenetic aging and human longevity. Nature Communications (англ.). Т. 14, № 1. с. 2236. doi:10.1038/s41467-023-37729-w. ISSN 2041-1723. PMC 10115892. PMID 37076473. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Herold, Malte; Martínez Arbas, Susana; Narayanasamy, Shaman; Sheik, Abdul R.; Kleine-Borgmann, Luise A. K.; Lebrun, Laura A.; Kunath, Benoît J.; Roume, Hugo; Bessarab, Irina (19 жовтня 2020). Integration of time-series meta-omics data reveals how microbial ecosystems respond to disturbance. Nature Communications (англ.). Т. 11, № 1. с. 5281. doi:10.1038/s41467-020-19006-2. ISSN 2041-1723. Процитовано 12 червня 2023.

nih.gov

pubmed.ncbi.nlm.nih.gov

Babu, Mohan; Snyder, Michael (2023-06). Multi-Omics Profiling for Health. Molecular & Cellular Proteomics. Т. 22, № 6. с. 100561. doi:10.1016/j.mcpro.2023.100561. ISSN 1535-9476. PMC 10220275. PMID 37119971. Процитовано 14 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Hasin, Yehudit; Seldin, Marcus; Lusis, Aldons (5 травня 2017). Multi-omics approaches to disease. Genome Biology. Т. 18, № 1. с. 83. doi:10.1186/s13059-017-1215-1. ISSN 1474-760X. PMC 5418815. PMID 28476144. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Pinu, Farhana R.; Beale, David J.; Paten, Amy M.; Kouremenos, Konstantinos; Swarup, Sanjay; Schirra, Horst J.; Wishart, David (2019-04). Systems Biology and Multi-Omics Integration: Viewpoints from the Metabolomics Research Community. Metabolites (англ.). Т. 9, № 4. с. 76. doi:10.3390/metabo9040076. ISSN 2218-1989. PMC 6523452. PMID 31003499. Процитовано 14 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Hood, Leroy; Tian, Qiang (1 серпня 2012). Systems Approaches to Biology and Disease Enable Translational Systems Medicine. Genomics, Proteomics & Bioinformatics (англ.). Т. 10, № 4. с. 181—185. doi:10.1016/j.gpb.2012.08.004. ISSN 1672-0229. PMC 3844613. PMID 23084773. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Bersanelli, Matteo; Mosca, Ettore; Remondini, Daniel; Giampieri, Enrico; Sala, Claudia; Castellani, Gastone; Milanesi, Luciano (20 січня 2016). Methods for the integration of multi-omics data: mathematical aspects. BMC Bioinformatics. Т. 17, № 2. с. S15. doi:10.1186/s12859-015-0857-9. ISSN 1471-2105. PMC 4959355. PMID 26821531. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Subramanian, Indhupriya; Verma, Srikant; Kumar, Shiva; Jere, Abhay; Anamika, Krishanpal (2020-01). Multi-omics Data Integration, Interpretation, and Its Application. Bioinformatics and Biology Insights (англ.). Т. 14. с. 117793221989905. doi:10.1177/1177932219899051. ISSN 1177-9322. PMC 7003173. PMID 32076369. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
He, Feng Q.; Ollert, Markus; Balling, Rudi; Bode, Sebastian F. N.; Delhalle, Sylvie (6 лютого 2018). A roadmap towards personalized immunology. NPJ Systems Biology and Applications. 4 (1): 9. doi:10.1038/s41540-017-0045-9. ISSN 2056-7189. PMC 5802799. PMID 29423275.
Hu, Cheng; Jia, Weiping (18 серпня 2021). Multi-omics profiling: the way toward precision medicine in metabolic diseases. Journal of Molecular Cell Biology. doi:10.1093/jmcb/mjab051. ISSN 1674-2788. PMC 8697344. PMID 34406397. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Uelze, Laura; Grützke, Josephine; Borowiak, Maria; Hammerl, Jens Andre; Juraschek, Katharina; Deneke, Carlus; Tausch, Simon H.; Malorny, Burkhard (2020-12). Typing methods based on whole genome sequencing data. One Health Outlook (англ.). Т. 2, № 1. doi:10.1186/s42522-020-0010-1. ISSN 2524-4655. PMC 7993478. PMID 33829127. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Gasperskaja, Evelina; Kučinskas, Vaidutis (25 квітня 2017). The most common technologies and tools for functional genome analysis. Acta medica Lituanica. Т. 24, № 1. с. 1—11. doi:10.6001/actamedica.v24i1.3457. ISSN 2029-4174. PMC 5467957. PMID 28630587. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Nusrat, S.; Harbig, T.; Gehlenborg, N. (2019-06). Tasks, Techniques, and Tools for Genomic Data Visualization. Computer Graphics Forum (англ.). Т. 38, № 3. с. 781—805. doi:10.1111/cgf.13727. ISSN 0167-7055. PMC 6876635. PMID 31768085. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Bannister, Andrew J.; Kouzarides, Tony (2011-03). Regulation of chromatin by histone modifications. Cell Research (англ.). Т. 21, № 3. с. 381—395. doi:10.1038/cr.2011.22. ISSN 1748-7838. PMC 3193420. PMID 21321607. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Mattick, John S.; Amaral, Paulo P.; Carninci, Piero; Carpenter, Susan; Chang, Howard Y.; Chen, Ling-Ling; Chen, Runsheng; Dean, Caroline; Dinger, Marcel E. (2023-06). Long non-coding RNAs: definitions, functions, challenges and recommendations. Nature Reviews Molecular Cell Biology (англ.). Т. 24, № 6. с. 430—447. doi:10.1038/s41580-022-00566-8. ISSN 1471-0080. PMC 10213152. PMID 36596869. Процитовано 6 вересня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Wang, Zhong; Gerstein, Mark; Snyder, Michael (2009-01). RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics. Nature Reviews Genetics (англ.). Т. 10, № 1. с. 57—63. doi:10.1038/nrg2484. ISSN 1471-0064. PMC 2949280. PMID 19015660. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Kumar, Suresh; Mohapatra, Trilochan (2021). Deciphering Epitranscriptome: Modification of mRNA Bases Provides a New Perspective for Post-transcriptional Regulation of Gene Expression. Frontiers in Cell and Developmental Biology. Т. 9. doi:10.3389/fcell.2021.628415. ISSN 2296-634X. PMC 8010680. PMID 33816473. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Shen, Lisha; Ma, Jinqi; Li, Ping; Wu, Yujin; Yu, Hao (7 березня 2023). Recent advances in the plant epitranscriptome. Genome Biology (англ.). Т. 24, № 1. doi:10.1186/s13059-023-02872-6. ISSN 1474-760X. PMC 9990323. PMID 36882788. Процитовано 10 вересня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Trixl, Lukas; Lusser, Alexandra (2019-01). The dynamic RNA modification 5‐methylcytosine and its emerging role as an epitranscriptomic mark. WIREs RNA (англ.). Т. 10, № 1. doi:10.1002/wrna.1510. ISSN 1757-7004. PMC 6492194. PMID 30311405. Процитовано 10 вересня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
He, Zhizhou; Xu, Jing; Shi, Haoran; Wu, Shuxiang (2022-04). m5CRegpred: Epitranscriptome Target Prediction of 5-Methylcytosine (m5C) Regulators Based on Sequencing Features. Genes (англ.). Т. 13, № 4. с. 677. doi:10.3390/genes13040677. ISSN 2073-4425. PMC 9025882. PMID 35456483. Процитовано 10 вересня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Specht, Harrison; Slavov, Nikolai (3 серпня 2018). Transformative Opportunities for Single-Cell Proteomics. Journal of Proteome Research (англ.). Т. 17, № 8. с. 2565—2571. doi:10.1021/acs.jproteome.8b00257. ISSN 1535-3893. PMC 6089608. PMID 29945450. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Dupree, Emmalyn J.; Jayathirtha, Madhuri; Yorkey, Hannah; Mihasan, Marius; Petre, Brindusa Alina; Darie, Costel C. (2020-09). A Critical Review of Bottom-Up Proteomics: The Good, the Bad, and the Future of This Field. Proteomes (англ.). Т. 8, № 3. с. 14. doi:10.3390/proteomes8030014. ISSN 2227-7382. PMC 7564415. PMID 32640657. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Han, Xianlin; Gross, Richard W. (2022-02). The foundations and development of lipidomics. Journal of Lipid Research. Т. 63, № 2. с. 100164. doi:10.1016/j.jlr.2021.100164. ISSN 0022-2275. PMC 8953652. PMID 34953866. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
de Haan, N.; Wuhrer, M.; Ruhaak, L. R. (1 листопада 2020). Mass spectrometry in clinical glycomics: The path from biomarker identification to clinical implementation. Clinical Mass Spectrometry (англ.). Т. 18. с. 1—12. doi:10.1016/j.clinms.2020.08.001. ISSN 2376-9998. PMC 8600986. PMID 34820521. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Rivas, Javier De Las; Fontanillo, Celia (24 черв. 2010 р.). Protein–Protein Interactions Essentials: Key Concepts to Building and Analyzing Interactome Networks. PLOS Computational Biology (англ.). Т. 6, № 6. с. e1000807. doi:10.1371/journal.pcbi.1000807. ISSN 1553-7358. PMC 2891586. PMID 20589078. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Sharifi Tabar, Mehdi; Parsania, Chirag; Chen, Hong; Su, Xiao-Dong; Bailey, Charles G.; Rasko, John E. J. (22 серпня 2022). Illuminating the dark protein-protein interactome. Cell Reports Methods (англ.). Т. 2, № 8. с. 100275. doi:10.1016/j.crmeth.2022.100275. ISSN 2667-2375. PMC 9421580. PMID 36046620. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Choi, Soon Gang; Richardson, Aaron; Lambourne, Luke; Hill, David E.; Vidal, Marc (2018). Oñate-Sánchez, Luis (ред.). Protein Interactomics by Two-Hybrid Methods. Two-Hybrid Systems: Methods and Protocols (англ.). New York, NY: Springer. с. 1—14. doi:10.1007/978-1-4939-7871-7_1. ISBN 978-1-4939-7871-7. PMC 6948107. PMID 29855947.{{cite book}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Plotnikova, Olga; Baranova, Ancha; Skoblov, Mikhail (2019). Comprehensive Analysis of Human microRNA–mRNA Interactome. Frontiers in Genetics. Т. 10. doi:10.3389/fgene.2019.00933. ISSN 1664-8021. PMC 6792129. PMID 31649721. Процитовано 14 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
James, Katherine; Muñoz-Muñoz, Jose (26 квітня 2022). Gilbert, Jack A. (ред.). Computational Network Inference for Bacterial Interactomics. mSystems (англ.). Т. 7, № 2. doi:10.1128/msystems.01456-21. ISSN 2379-5077. PMC 9040873. PMID 35353009. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Vidal, Marc; Cusick, Michael E.; Barabási, Albert-László (2011-03). Interactome Networks and Human Disease. Cell. Т. 144, № 6. с. 986—998. doi:10.1016/j.cell.2011.02.016. ISSN 0092-8674. PMC 3102045. PMID 21414488. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Nkera-Gutabara, C. K.; Kerr, R.; Scholefield, J.; Hazelhurst, S.; Naidoo, J. (2022). Microbiomics: The Next Pillar of Precision Medicine and Its Role in African Healthcare. Frontiers in Genetics. Т. 13. doi:10.3389/fgene.2022.869610. ISSN 1664-8021. PMC 9037082. PMID 35480328. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Breitwieser, Florian P; Lu, Jennifer; Salzberg, Steven L (19 липня 2019). A review of methods and databases for metagenomic classification and assembly. Briefings in Bioinformatics (англ.). Т. 20, № 4. с. 1125—1136. doi:10.1093/bib/bbx120. ISSN 1467-5463. PMC 6781581. PMID 29028872. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Handelsman, Jo (2004-12). Metagenomics: Application of Genomics to Uncultured Microorganisms. Microbiology and Molecular Biology Reviews (англ.). Т. 68, № 4. с. 669—685. doi:10.1128/MMBR.68.4.669-685.2004. ISSN 1092-2172. PMC 539003. PMID 15590779. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Chiu, Charles Y.; Miller, Steven A. (2019-06). Clinical metagenomics. Nature Reviews Genetics (англ.). Т. 20, № 6. с. 341—355. doi:10.1038/s41576-019-0113-7. ISSN 1471-0064. PMC 6858796. PMID 30918369. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Shakya, Migun; Lo, Chien-Chi; Chain, Patrick S. G. (25 вересня 2019). Advances and Challenges in Metatranscriptomic Analysis. Frontiers in Genetics. Т. 10. doi:10.3389/fgene.2019.00904. ISSN 1664-8021. PMC 6774269. PMID 31608125. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Terrón-Camero, Laura C.; Gordillo-González, Fernando; Salas-Espejo, Eduardo; Andrés-León, Eduardo (2022-12). Comparison of Metagenomics and Metatranscriptomics Tools: A Guide to Making the Right Choice. Genes (англ.). Т. 13, № 12. с. 2280. doi:10.3390/genes13122280. ISSN 2073-4425. PMC 9777648. PMID 36553546. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Van Den Bossche, Tim; Arntzen, Magnus Ø.; Becher, Dörte; Benndorf, Dirk; Eijsink, Vincent G. H.; Henry, Céline; Jagtap, Pratik D.; Jehmlich, Nico; Juste, Catherine (2021-12). The Metaproteomics Initiative: a coordinated approach for propelling the functional characterization of microbiomes. Microbiome (англ.). Т. 9, № 1. doi:10.1186/s40168-021-01176-w. ISSN 2049-2618. PMC 8690404. PMID 34930457. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Stamboulian, Moses; Canderan, Jamie; Ye, Yuzhen (18 бер. 2022 р.). Metaproteomics as a tool for studying the protein landscape of human-gut bacterial species. PLOS Computational Biology (англ.). Т. 18, № 3. с. e1009397. doi:10.1371/journal.pcbi.1009397. ISSN 1553-7358. PMC 8967034. PMID 35302987. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Henry, Céline; Bassignani, Ariane; Berland, Magali; Langella, Olivier; Sokol, Harry; Juste, Catherine (2022-01). Modern Metaproteomics: A Unique Tool to Characterize the Active Microbiome in Health and Diseases, and Pave the Road towards New Biomarkers—Example of Crohn’s Disease and Ulcerative Colitis Flare-Ups. Cells (англ.). Т. 11, № 8. с. 1340. doi:10.3390/cells11081340. ISSN 2073-4409. PMC 9028112. PMID 35456018. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Cheng, Chu; Fei, Zhongjie; Xiao, Pengfeng (2023). Methods to improve the accuracy of next-generation sequencing. Frontiers in Bioengineering and Biotechnology. Т. 11. doi:10.3389/fbioe.2023.982111. ISSN 2296-4185. PMC 9895957. PMID 36741756. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Pervez, Muhammad Tariq; Hasnain, Mirza Jawad ul; Abbas, Syed Hassan; Moustafa, Mahmoud F.; Aslam, Naeem; Shah, Syed Shah Muhammad (29 вересня 2022). A Comprehensive Review of Performance of Next-Generation Sequencing Platforms. BioMed Research International (англ.). Т. 2022. с. e3457806. doi:10.1155/2022/3457806. ISSN 2314-6133. PMC 9537002. PMID 36212714. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Bersanelli, Matteo; Mosca, Ettore; Remondini, Daniel; Giampieri, Enrico; Sala, Claudia; Castellani, Gastone; Milanesi, Luciano (20 січня 2016). Methods for the integration of multi-omics data: mathematical aspects. BMC Bioinformatics. Т. 17, № 2. с. S15. doi:10.1186/s12859-015-0857-9. ISSN 1471-2105. PMC 4959355. PMID 26821531. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Zhou, Guangyan; Pang, Zhiqiang; Lu, Yao; Ewald, Jessica; Xia, Jianguo (5 липня 2022). OmicsNet 2.0: a web-based platform for multi-omics integration and network visual analytics. Nucleic Acids Research (англ.). Т. 50, № W1. с. W527—W533. doi:10.1093/nar/gkac376. ISSN 0305-1048. PMC 9252810. PMID 35639733. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Arjmand, Babak; Hamidpour, Shayesteh Kokabi; Tayanloo-Beik, Akram; Goodarzi, Parisa; Aghayan, Hamid Reza; Adibi, Hossein; Larijani, Bagher (2022). Machine Learning: A New Prospect in Multi-Omics Data Analysis of Cancer. Frontiers in Genetics. Т. 13. doi:10.3389/fgene.2022.824451. ISSN 1664-8021. PMC 8829119. PMID 35154283. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Garmire, Lana X.; Chaudhary, Kumardeep; Huang, Sijia (2017). More Is Better: Recent Progress in Multi-Omics Data Integration Methods. Frontiers in Genetics (English) . 8: 84. doi:10.3389/fgene.2017.00084. ISSN 1664-8021. PMC 5472696. PMID 28670325.
Tagkopoulos, Ilias; Kim, Minseung (2018). Data integration and predictive modeling methods for multi-omics datasets. Molecular Omics. 14 (1): 8—25. doi:10.1039/C7MO00051K. PMID 29725673.
Lin, Eugene; Lane, Hsien-Yuan (20 січня 2017). Machine learning and systems genomics approaches for multi-omics data. Biomarker Research. 5 (1): 2. doi:10.1186/s40364-017-0082-y. ISSN 2050-7771. PMC 5251341. PMID 28127429.{{cite journal}}: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Rohart, Florian; Gautier, Benoît; Singh, Amrit; Lê Cao, Kim-Anh (14 лютого 2017). mixOmics: an R package for 'omics feature selection and multiple data integration. PLOS Computational Biology. 13 (11). doi:10.1371/journal.pcbi.1005752. PMC 5687754. PMID 29099853.{{cite journal}}: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Hu, Youjin; An, Qin; Sheu, Katherine; Trejo, Brandon; Fan, Shuxin; Guo, Ying (20 квітня 2018). Single Cell Multi-Omics Technology: Methodology and Application. Frontiers in Cell and Developmental Biology. 6: 28. doi:10.3389/fcell.2018.00028. ISSN 2296-634X. PMC 5919954. PMID 29732369.
Kester, Lennart Spanjaard, Bastiaan Bienko, Magda van Oudenaarden, Alexander Dey, Siddharth S (2015). Integrated genome and transcriptome sequencing of the same cell. Nature Biotechnology. 33 (3): 285—289. doi:10.1038/nbt.3129. OCLC 931063996. PMC 4374170. PMID 25599178.
Macaulay, Iain C; Teng, Mabel J; Haerty, Wilfried; Kumar, Parveen; Ponting, Chris P; Voet, Thierry (29 вересня 2016). Separation and parallel sequencing of the genomes and transcriptomes of single cells using G&T-seq. Nature Protocols. 11 (11): 2081—2103. doi:10.1038/nprot.2016.138. ISSN 1754-2189. PMID 27685099.
Tang, Fuchou; Wen, Lu; Li, Xianlong; Wu, Xinglong; Zhu, Ping; Guo, Hongshan (1 грудня 2013). Single-cell methylome landscapes of mouse embryonic stem cells and early embryos analyzed using reduced representation bisulfite sequencing. Genome Research. 23 (12): 2126—2135. doi:10.1101/gr.161679.113. ISSN 1088-9051. PMC 3847781. PMID 24179143.
Kelsey, Gavin; Reik, Wolf; Stegle, Oliver; Andrews, Simon R.; Julian Peat; Saadeh, Heba; Krueger, Felix; Angermueller, Christof; Lee, Heather J. (August 2014). Single-cell genome-wide bisulfite sequencing for assessing epigenetic heterogeneity. Nature Methods. 11 (8): 817—820. doi:10.1038/nmeth.3035. ISSN 1548-7105. PMC 4117646. PMID 25042786.
Angermueller, Christof; Clark, Stephen J; Lee, Heather J; Macaulay, Iain C; Teng, Mabel J; Hu, Tim Xiaoming; Krueger, Felix; Smallwood, Sébastien A; Ponting, Chris P (11 січня 2016). Parallel single-cell sequencing links transcriptional and epigenetic heterogeneity. Nature Methods. 13 (3): 229—232. doi:10.1038/nmeth.3728. ISSN 1548-7091. PMC 4770512. PMID 26752769.
Greenleaf, William J.; Chang, Howard Y.; Snyder, Michael P.; Michael L. Gonzales; Ruff, Dave; Litzenburger, Ulrike M.; Wu, Beijing; Buenrostro, Jason D. (July 2015). Single-cell chromatin accessibility reveals principles of regulatory variation. Nature. 523 (7561): 486—490. Bibcode:2015Natur.523..486B. doi:10.1038/nature14590. ISSN 1476-4687. PMC 4685948. PMID 26083756.
Fraser, Peter; Tanay, Amos; Laue, Ernest D.; Dean, Wendy; Yaffe, Eitan; Schoenfelder, Stefan; Stevens, Tim J.; Lubling, Yaniv; Nagano, Takashi (October 2013). Single-cell Hi-C reveals cell-to-cell variability in chromosome structure. Nature. 502 (7469): 59—64. Bibcode:2013Natur.502...59N. doi:10.1038/nature12593. ISSN 1476-4687. PMC 3869051. PMID 24067610.
Darmanis, Spyros; Gallant, Caroline Julie; Marinescu, Voichita Dana; Niklasson, Mia; Segerman, Anna; Flamourakis, Georgios; Fredriksson, Simon; Assarsson, Erika; Lundberg, Martin (12 січня 2016). Simultaneous Multiplexed Measurement of RNA and Proteins in Single Cells. Cell Reports. 14 (2): 380—389. doi:10.1016/j.celrep.2015.12.021. ISSN 2211-1247. PMC 4713867. PMID 26748716.
Gherardini, Pier Federico; Nolan, Garry P.; Chen, Shih-Yu; Hsieh, Elena W. Y.; Zunder, Eli R.; Bava, Felice-Alessio; Frei, Andreas P. (March 2016). Highly multiplexed simultaneous detection of RNAs and proteins in single cells. Nature Methods. 13 (3): 269—275. doi:10.1038/nmeth.3742. ISSN 1548-7105. PMC 4767631. PMID 26808670.
Assarsson, Erika; Lundberg, Martin; Holmquist, Göran; Björkesten, Johan; Bucht Thorsen, Stine; Ekman, Daniel; Eriksson, Anna; Rennel Dickens, Emma; Ohlsson, Sandra (22 квітня 2014). Homogenous 96-Plex PEA Immunoassay Exhibiting High Sensitivity, Specificity, and Excellent Scalability. PLOS ONE. 9 (4): e95192. Bibcode:2014PLoSO...995192A. doi:10.1371/journal.pone.0095192. ISSN 1932-6203. PMC 3995906. PMID 24755770.
Razzaq, Muhammad Khuram; Aleem, Muqadas; Mansoor, Shahid; Khan, Mueen Alam; Rauf, Saeed; Iqbal, Shahid; Siddique, Kadambot H. M. (2021-01). Omics and CRISPR-Cas9 Approaches for Molecular Insight, Functional Gene Analysis, and Stress Tolerance Development in Crops. International Journal of Molecular Sciences (англ.). Т. 22, № 3. с. 1292. doi:10.3390/ijms22031292. ISSN 1422-0067. PMC 7866018. PMID 33525517. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Hilton, Isaac B.; D'Ippolito, Anthony M.; Vockley, Christopher M.; Thakore, Pratiksha I.; Crawford, Gregory E.; Reddy, Timothy E.; Gersbach, Charles A. (2015-05). Epigenome editing by a CRISPR-Cas9-based acetyltransferase activates genes from promoters and enhancers. Nature Biotechnology (англ.). Т. 33, № 5. с. 510—517. doi:10.1038/nbt.3199. ISSN 1546-1696. PMC 4430400. PMID 25849900. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Athieniti, Efi; Spyrou, George M. (1 січня 2023). A guide to multi-omics data collection and integration for translational medicine. Computational and Structural Biotechnology Journal (англ.). Т. 21. с. 134—149. doi:10.1016/j.csbj.2022.11.050. ISSN 2001-0370. PMC 9747357. PMID 36544480. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Vahabi, Nasim; Michailidis, George (2022). Unsupervised Multi-Omics Data Integration Methods: A Comprehensive Review. Frontiers in Genetics. Т. 13. doi:10.3389/fgene.2022.854752. ISSN 1664-8021. PMC 8981526. PMID 35391796. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Flores, Javier E.; Claborne, Daniel M.; Weller, Zachary D.; Webb-Robertson, Bobbie-Jo M.; Waters, Katrina M.; Bramer, Lisa M. (2023). Missing data in multi-omics integration: Recent advances through artificial intelligence. Frontiers in Artificial Intelligence. Т. 6. doi:10.3389/frai.2023.1098308. ISSN 2624-8212. PMC 9949722. PMID 36844425. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Hasin, Yehudit; Seldin, Marcus; Lusis, Aldons (5 травня 2017). Multi-omics approaches to disease. Genome Biology. Т. 18, № 1. с. 83. doi:10.1186/s13059-017-1215-1. ISSN 1474-760X. PMC 5418815. PMID 28476144. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Khan, Mohd M.; Ernst, Orna; Manes, Nathan P.; Oyler, Benjamin L.; Fraser, Iain D. C.; Goodlett, David R.; Nita-Lazar, Aleksandra (11 березня 2019). Multi-Omics Strategies Uncover Host–Pathogen Interactions. ACS Infectious Diseases. 5 (4): 493—505. doi:10.1021/acsinfecdis.9b00080. ISSN 2373-8227. PMID 30857388.
Aderem, Alan; Adkins, Joshua N.; Ansong, Charles; Galagan, James; Kaiser, Shari; Korth, Marcus J.; Law, G. Lynn; McDermott, Jason G.; Proll, Sean C. (1 лютого 2011). A Systems Biology Approach to Infectious Disease Research: Innovating the Pathogen-Host Research Paradigm. mBio. 2 (1): e00325-10. doi:10.1128/mbio.00325-10. ISSN 2150-7511. PMC 3034460. PMID 21285433.
Mouchtouris, N; Smit, RD; Piper, K; Prashant, G; Evans, JJ; Karsy, M (4 березня 2022). A review of multiomics platforms in pituitary adenoma pathogenesis. Frontiers in Bioscience (Landmark Edition). 27 (3): 77. doi:10.31083/j.fbl2703077. PMID 35345309.
Yan, Jingwen; Risacher, Shannon L; Shen, Li; Saykin, Andrew J. (30 червня 2017). Network approaches to systems biology analysis of complex disease: integrative methods for multi-omics data. Briefings in Bioinformatics. 19 (6): 1370—1381. doi:10.1093/bib/bbx066. ISSN 1467-5463. PMC 6454489. PMID 28679163.
Mavromatis, Lucas A.; Rosoff, Daniel B.; Bell, Andrew S.; Jung, Jeesun; Wagner, Josephin; Lohoff, Falk W. (19 квітня 2023). Multi-omic underpinnings of epigenetic aging and human longevity. Nature Communications (англ.). Т. 14, № 1. с. 2236. doi:10.1038/s41467-023-37729-w. ISSN 2041-1723. PMC 10115892. PMID 37076473. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Zhong, Yating; Peng, Yuzhong; Lin, Yanmei; Chen, Dingjia; Zhang, Hao; Zheng, Wen; Chen, Yuanyuan; Wu, Changliang (5 травня 2023). MODILM: towards better complex diseases classification using a novel multi-omics data integration learning model. BMC Medical Informatics and Decision Making (англ.). Т. 23, № 1. doi:10.1186/s12911-023-02173-9. ISSN 1472-6947. PMC 10161645. PMID 37147619. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Babu, Mohan; Snyder, Michael (2023-06). Multi-Omics Profiling for Health. Molecular & Cellular Proteomics. Т. 22, № 6. с. 100561. doi:10.1016/j.mcpro.2023.100561. ISSN 1535-9476. PMC 10220275. PMID 37119971. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Paananen, Jussi; Fortino, Vittorio (1 грудня 2020). An omics perspective on drug target discovery platforms. Briefings in Bioinformatics (англ.). Т. 21, № 6. с. 1937—1953. doi:10.1093/bib/bbz122. ISSN 1467-5463. PMC 7711264. PMID 31774113. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Guo, Shicheng; Zhang, Dake; Wang, Hu; An, Qin; Yu, Guangchuang; Han, Junwei; Jiang, Chunjie; Huang, Jianfeng (21 лютого 2023). Editorial: Computational and systematic analysis of multi-omics data for drug discovery and development. Frontiers in Medicine. Т. 10. doi:10.3389/fmed.2023.1146896. ISSN 2296-858X. PMC 9989304. PMID 36895719. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Liu, Xiao-Ying; Mei, Xin-Yue (2023). Prediction of drug sensitivity based on multi-omics data using deep learning and similarity network fusion approaches. Frontiers in Bioengineering and Biotechnology. Т. 11. doi:10.3389/fbioe.2023.1156372. ISSN 2296-4185. PMC 10150883. PMID 37139048. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Wang, Conghao; Lye, Xintong; Kaalia, Rama; Kumar, Parvin; Rajapakse, Jagath C. (28 листопада 2022). Deep learning and multi-omics approach to predict drug responses in cancer. BMC Bioinformatics (англ.). Т. 22, № S10. doi:10.1186/s12859-022-04964-9. ISSN 1471-2105. PMC 9703655. PMID 36443676. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Proctor, Lita M.; Creasy, Heather H.; Fettweis, Jennifer M.; Lloyd-Price, Jason; Mahurkar, Anup; Zhou, Wenyu; Buck, Gregory A.; Snyder, Michael P.; Strauss, Jerome F. (May 2019). The Integrative Human Microbiome Project. Nature. 569 (7758): 641—648. Bibcode:2019Natur.569..641I. doi:10.1038/s41586-019-1238-8. ISSN 1476-4687. PMC 6784865. PMID 31142853.
After the Integrative Human Microbiome Project, what's next for the microbiome community?. Nature. 569 (7758): 599. 29 травня 2019. Bibcode:2019Natur.569Q.599.. doi:10.1038/d41586-019-01674-w. PMID 31142868.
Snyder, Michael; Weinstock, George M.; Sodergren, Erica; McLaughlin, Tracey; Tse, David; Rost, Hannes; Piening, Brian; Kukurba, Kim; Rose, Sophia Miryam Schüssler-Fiorenza (May 2019). Longitudinal multi-omics of host–microbe dynamics in prediabetes. Nature. 569 (7758): 663—671. Bibcode:2019Natur.569..663Z. doi:10.1038/s41586-019-1236-x. ISSN 1476-4687. PMC 6666404. PMID 31142858.
Huttenhower, Curtis; Xavier, Ramnik J.; Vlamakis, Hera; Franzosa, Eric A.; Clish, Clary B.; Winter, Harland S.; Stappenbeck, Thaddeus S.; Petrosino, Joseph F.; McGovern, Dermot P. B. (May 2019). Multi-omics of the gut microbial ecosystem in inflammatory bowel diseases. Nature. 569 (7758): 655—662. Bibcode:2019Natur.569..655L. doi:10.1038/s41586-019-1237-9. ISSN 1476-4687. PMC 6650278. PMID 31142855.
Buck, Gregory A.; Strauss, Jerome F.; Jefferson, Kimberly K.; Hendricks-Muñoz, Karen D.; Wijesooriya, N. Romesh; Rubens, Craig E.; Gravett, Michael G.; Sexton, Amber L.; Chaffin, Donald O. (June 2019). The vaginal microbiome and preterm birth. Nature Medicine. 25 (6): 1012—1021. doi:10.1038/s41591-019-0450-2. ISSN 1546-170X. PMC 6750801. PMID 31142849.
Chu, Xiaojing; Zhang, Bowen; Koeken, Valerie A. C. M.; Gupta, Manoj Kumar; Li, Yang (2021). Multi-Omics Approaches in Immunological Research. Frontiers in Immunology. Т. 12. doi:10.3389/fimmu.2021.668045. ISSN 1664-3224. PMC 8226116. PMID 34177908. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Ota, Mineto; Fujio, Keishi (2021-12). Multi-omics approach to precision medicine for immune-mediated diseases. Inflammation and Regeneration (англ.). Т. 41, № 1. doi:10.1186/s41232-021-00173-8. ISSN 1880-8190. PMC 8325815. PMID 34332645. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Kidd, Brian A; Peters, Lauren A; Schadt, Eric E; Dudley, Joel T (21 січня 2014). Unifying immunology with informatics and multiscale biology. Nature Immunology. 15 (2): 118—127. doi:10.1038/ni.2787. ISSN 1529-2908. PMC 4345400. PMID 24448569.
Harris, Eva; Kasarskis, Andrew; Wolinsky, Steven M.; Suaréz‐Fariñas, Mayte; Zhu, Jun; Wang, Li; Balmaseda, Angel; Thomas, Guajira P.; Stewart, Michael G. (1 серпня 2018). Comprehensive innate immune profiling of chikungunya virus infection in pediatric cases. Molecular Systems Biology. 14 (8): e7862. doi:10.15252/msb.20177862. ISSN 1744-4292. PMC 6110311. PMID 30150281.
Firestein, Gary S.; Wang, Wei; Gay, Steffen; Ball, Scott T.; Bartok, Beatrix; Boyle, David L.; Whitaker, John W. (22 квітня 2015). Integrative Omics Analysis of Rheumatoid Arthritis Identifies Non-Obvious Therapeutic Targets. PLOS ONE. 10 (4): e0124254. Bibcode:2015PLoSO..1024254W. doi:10.1371/journal.pone.0124254. ISSN 1932-6203. PMC 4406750. PMID 25901943.
Pulendran, Bali; Li, Shuzhao; Nakaya, Helder I. (29 жовтня 2010). Systems Vaccinology. Immunity. 33 (4): 516—529. doi:10.1016/j.immuni.2010.10.006. ISSN 1074-7613. PMC 3001343. PMID 21029962.
Li, Shuzhao; Sullivan, Nicole L.; Rouphael, Nadine; Yu, Tianwei; Banton, Sophia; Maddur, Mohan S.; McCausland, Megan; Chiu, Christopher; Canniff, Jennifer (18 травня 2017). Metabolic Phenotypes of Response to Vaccination in Humans. Cell. 169 (5): 862—877.e17. doi:10.1016/j.cell.2017.04.026. ISSN 0092-8674. PMC 5711477. PMID 28502771.
Aging Atlas Consortium; Liu, Guang-Hui; Bao, Yiming; Qu, Jing; Zhang, Weiqi; Zhang, Tao; Kang, Wang; Yang, Fei; Ji, Qianzhao (8 січня 2021). Aging Atlas: a multi-omics database for aging biology. Nucleic Acids Research (англ.). Т. 49, № D1. с. D825—D830. doi:10.1093/nar/gkaa894. ISSN 0305-1048. PMC 7779027. PMID 33119753. Процитовано 14 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Mavromatis, Lucas A.; Rosoff, Daniel B.; Bell, Andrew S.; Jung, Jeesun; Wagner, Josephin; Lohoff, Falk W. (19 квітня 2023). Multi-omic underpinnings of epigenetic aging and human longevity. Nature Communications (англ.). Т. 14, № 1. с. 2236. doi:10.1038/s41467-023-37729-w. ISSN 2041-1723. PMC 10115892. PMID 37076473. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Mahmood, Umer; Li, Xiaodong; Fan, Yonghai; Chang, Wei; Niu, Yue; Li, Jiana; Qu, Cunmin; Lu, Kun (2022). Multi-omics revolution to promote plant breeding efficiency. Frontiers in Plant Science. Т. 13. doi:10.3389/fpls.2022.1062952. ISSN 1664-462X. PMC 9773847. PMID 36570904. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Yang, Yaodong; Saand, Mumtaz Ali; Huang, Liyun; Abdelaal, Walid Badawy; Zhang, Jun; Wu, Yi; Li, Jing; Sirohi, Muzafar Hussain; Wang, Fuyou (2021). Applications of Multi-Omics Technologies for Crop Improvement. Frontiers in Plant Science. Т. 12. doi:10.3389/fpls.2021.563953. ISSN 1664-462X. PMC 8446515. PMID 34539683. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Ichihashi, Yasunori; Date, Yasuhiro; Shino, Amiu; Shimizu, Tomoko; Shibata, Arisa; Kumaishi, Kie; Funahashi, Fumiaki; Wakayama, Kenji; Yamazaki, Kohei (23 червня 2020). Multi-omics analysis on an agroecosystem reveals the significant role of organic nitrogen to increase agricultural crop yield. Proceedings of the National Academy of Sciences (англ.). Т. 117, № 25. с. 14552—14560. doi:10.1073/pnas.1917259117. ISSN 0027-8424. PMC 7321985. PMID 32513689. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Aguiar-Pulido, Vanessa; Huang, Wenrui; Suarez-Ulloa, Victoria; Cickovski, Trevor; Mathee, Kalai; Narasimhan, Giri (2016-01). Metagenomics, Metatranscriptomics, and Metabolomics Approaches for Microbiome Analysis: Supplementary Issue: Bioinformatics Methods and Applications for Big Metagenomics Data. Evolutionary Bioinformatics (англ.). Т. 12s1. с. EBO.S36436. doi:10.4137/EBO.S36436. ISSN 1176-9343. PMC 4869604. PMID 27199545. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Meng, Chen; Kuster, Bernhard; Culhane, Aedín C; Gholami, Amin (2014). A multivariate approach to the integration of multi-omics datasets. BMC Bioinformatics. 15 (1): 162. doi:10.1186/1471-2105-15-162. ISSN 1471-2105. PMC 4053266. PMID 24884486.{{cite journal}}: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Ramos, Marcel; Schiffer, Lucas; Re, Angela; Azhar, Rimsha; Basunia, Azfar; Rodriguez, Carmen; Chan, Tiffany; Chapman, Phil; Davis, Sean R. (1 листопада 2017). Software for the Integration of Multiomics Experiments in Bioconductor. Cancer Research. 77 (21): e39—e42. doi:10.1158/0008-5472.CAN-17-0344. PMC 5679241. PMID 29092936.
Hernandez-Ferrer, Carles; Ruiz-Arenas, Carlos; Beltran-Gomila, Alba; González, Juan R. (17 січня 2017). MultiDataSet: an R package for encapsulating multiple data sets with application to omic data integration. BMC Bioinformatics. 18 (1): 36. doi:10.1186/s12859-016-1455-1. ISSN 1471-2105. PMC 5240259. PMID 28095799.{{cite journal}}: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Conesa, Ana; Dopazo, Joaquín; García-López, Federico; García-Alcalde, Fernando (1 січня 2011). Paintomics: a web based tool for the joint visualization of transcriptomics and metabolomics data. Bioinformatics. 27 (1): 137—139. doi:10.1093/bioinformatics/btq594. ISSN 1367-4803. PMC 3008637. PMID 21098431.
Conesa, Ana; Pappas, Georgios J.; Furió-Tarí, Pedro; Balzano-Nogueira, Leandro; Martínez-Mira, Carlos; Tarazona, Sonia; Hernández-de-Diego, Rafael (2 липня 2018). PaintOmics 3: a web resource for the pathway analysis and visualization of multi-omics data. Nucleic Acids Research. 46 (W1): W503—W509. doi:10.1093/nar/gky466. ISSN 0305-1048. PMC 6030972. PMID 29800320.
Chari, Raj; Coe, Bradley P.; Wedseltoft, Craig; Benetti, Marie; Wilson, Ian M.; Vucic, Emily A.; MacAulay, Calum; Ng, Raymond T.; Lam, Wan L. (7 жовтня 2008). SIGMA2: A system for the integrative genomic multi-dimensional analysis of cancer genomes, epigenomes, and transcriptomes. BMC Bioinformatics. 9 (1): 422. doi:10.1186/1471-2105-9-422. ISSN 1471-2105. PMC 2571113. PMID 18840289.{{cite journal}}: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Kanai, Masahiro; Maeda, Yuichi; Okada, Yukinori (19 червня 2018). Grimon: graphical interface to visualize multi-omics networks. Bioinformatics. 34 (22): 3934—3936. doi:10.1093/bioinformatics/bty488. ISSN 1367-4803. PMC 6223372. PMID 29931190.
Su, Andrew I.; Loguercio, Salvatore; Carland, Tristan M.; Ducom, Jean-Christophe; Gioia, Louis; Meißner, Tobias; Fisch, Kathleen M. (1 червня 2015). Omics Pipe: a community-based framework for reproducible multi-omics data analysis. Bioinformatics. 31 (11): 1724—1728. doi:10.1093/bioinformatics/btv061. ISSN 1367-4803. PMC 4443682. PMID 25637560.
Montague, Elizabeth; Stanberry, Larissa; Higdon, Roger; Janko, Imre; Lee, Elaine; Anderson, Nathaniel; Choiniere, John; Stewart, Elizabeth; Yandl, Gregory (June 2014). MOPED 2.5—An Integrated Multi-Omics Resource: Multi-Omics Profiling Expression Database Now Includes Transcriptomics Data. OMICS: A Journal of Integrative Biology. 18 (6): 335—343. doi:10.1089/omi.2014.0061. ISSN 1536-2310. PMC 4048574. PMID 24910945.
Zhang, Bing; Wang, Jing; Straub, Peter; Vasaikar, Suhas V. (4 січня 2018). LinkedOmics: analyzing multi-omics data within and across 32 cancer types. Nucleic Acids Research. 46 (D1): D956—D963. doi:10.1093/nar/gkx1090. ISSN 0305-1048. PMC 5753188. PMID 29136207.
Kan, Zhengyan; Rejto, Paul A.; Roberts, Peter; Ding, Ying; AChing, Keith; Wang, Kai; Deng, Shibing; Schefzick, Sabine; Estrella, Heather (January 2016). OASIS: web-based platform for exploring cancer multi-omics data. Nature Methods. 13 (1): 9—10. doi:10.1038/nmeth.3692. ISSN 1548-7105. PMID 26716558.
Wu, Jiaqi; Hu, Shuofeng; Chen, Yaowen; Li, Zongcheng; Zhang, Jian; Yuan, Hanyu; Shi, Qiang; Shao, Ningsheng; Ying, Xiaomin (May 2017). BCIP: a gene-centered platform for identifying potential regulatory genes in breast cancer. Scientific Reports. 7 (1): 45235. Bibcode:2017NatSR...745235W. doi:10.1038/srep45235. ISSN 2045-2322. PMC 5361122. PMID 28327601.
Husi, Holger; Patel, Alisha; Fernandes, Marco (12 листопада 2018). C/VDdb: A multi-omics expression profiling database for a knowledge-driven approach in cardiovascular disease (CVD). PLOS ONE. 13 (11): e0207371. Bibcode:2018PLoSO..1307371F. doi:10.1371/journal.pone.0207371. ISSN 1932-6203. PMC 6231654. PMID 30419069.
Gupta, Amit Kumar; Kaur, Karambir; Rajput, Akanksha; Dhanda, Sandeep Kumar; Sehgal, Manika; Khan, Md. Shoaib; Monga, Isha; Dar, Showkat Ahmad; Singh, Sandeep (16 вересня 2016). ZikaVR: An Integrated Zika Virus Resource for Genomics, Proteomics, Phylogenetic and Therapeutic Analysis. Scientific Reports. 6 (1): 32713. Bibcode:2016NatSR...632713G. doi:10.1038/srep32713. ISSN 2045-2322. PMC 5025660. PMID 27633273.
Tagkopoulos, Ilias; Violeta Zorraquino; Rai, Navneet; Kim, Minseung (7 жовтня 2016). Multi-omics integration accurately predicts cellular state in unexplored conditions for Escherichia coli. Nature Communications. 7: 13090. Bibcode:2016NatCo...713090K. doi:10.1038/ncomms13090. ISSN 2041-1723. PMC 5059772. PMID 27713404.
Li, Guojing; Lu, Zhongfu; Lin, Jiandong; Hu, Yaowen; Yunping Huang; Wang, Baogen; Wu, Xinyi; Wu, Xiaohua; Xu, Pei (26 лютого 2018). GourdBase: a genome-centered multi-omics database for the bottle gourd ( Lagenaria siceraria ), an economically important cucurbit crop. Scientific Reports. 8 (1): 3604. Bibcode:2018NatSR...8.3604W. doi:10.1038/s41598-018-22007-3. ISSN 2045-2322. PMC 5827520. PMID 29483591.
Liu, Haijun; Wang, Fan; Xiao, Yingjie; Tian, Zonglin; Wen, Weiwei; Zhang, Xuehai; Chen, Xi; Liu, Nannan; Li, Wenqiang (2016). MODEM: multi-omics data envelopment and mining in maize. Database. 2016: baw117. doi:10.1093/database/baw117. ISSN 1758-0463. PMC 4976297. PMID 27504011.
Xu, Dong; Nguyen, Henry T.; Stacey, Gary; Gaudiello, Eric C.; Endacott, Ryan Z.; Zhang, Hongxin; Liu, Yang; Chen, Shiyuan; Fitzpatrick, Michael R. (1 січня 2014). Soybean knowledge base (SoyKB): a web resource for integration of soybean translational genomics and molecular breeding. Nucleic Acids Research. 42 (D1): D1245—D1252. doi:10.1093/nar/gkt905. ISSN 0305-1048. PMC 3965117. PMID 24136998.
Samaras, Patroklos; Schmidt, Tobias; Frejno, Martin; Gessulat, Siegfried; Reinecke, Maria; Jarzab, Anna; Zecha, Jana; Mergner, Julia; Giansanti, Piero (8 січня 2020). ProteomicsDB: a multi-omics and multi-organism resource for life science research. Nucleic Acids Research (англ.). 48 (D1): D1153—D1163. doi:10.1093/nar/gkz974. ISSN 0305-1048. PMC 7145565. PMID 31665479.
Mubeen, Sarah; Hoyt, Charles Tapley; Gemünd, André; Hofmann-Apitius, Martin; Fröhlich, Holger; Domingo-Fernández, Daniel (2019). The Impact of Pathway Database Choice on Statistical Enrichment Analysis and Predictive Modeling. Frontiers in Genetics. Т. 10. doi:10.3389/fgene.2019.01203. ISSN 1664-8021. PMC 6883970. PMID 31824580. Процитовано 14 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)

ncbi.nlm.nih.gov

Babu, Mohan; Snyder, Michael (2023-06). Multi-Omics Profiling for Health. Molecular & Cellular Proteomics. Т. 22, № 6. с. 100561. doi:10.1016/j.mcpro.2023.100561. ISSN 1535-9476. PMC 10220275. PMID 37119971. Процитовано 14 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Hasin, Yehudit; Seldin, Marcus; Lusis, Aldons (5 травня 2017). Multi-omics approaches to disease. Genome Biology. Т. 18, № 1. с. 83. doi:10.1186/s13059-017-1215-1. ISSN 1474-760X. PMC 5418815. PMID 28476144. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Pinu, Farhana R.; Beale, David J.; Paten, Amy M.; Kouremenos, Konstantinos; Swarup, Sanjay; Schirra, Horst J.; Wishart, David (2019-04). Systems Biology and Multi-Omics Integration: Viewpoints from the Metabolomics Research Community. Metabolites (англ.). Т. 9, № 4. с. 76. doi:10.3390/metabo9040076. ISSN 2218-1989. PMC 6523452. PMID 31003499. Процитовано 14 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Hood, Leroy; Tian, Qiang (1 серпня 2012). Systems Approaches to Biology and Disease Enable Translational Systems Medicine. Genomics, Proteomics & Bioinformatics (англ.). Т. 10, № 4. с. 181—185. doi:10.1016/j.gpb.2012.08.004. ISSN 1672-0229. PMC 3844613. PMID 23084773. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Bersanelli, Matteo; Mosca, Ettore; Remondini, Daniel; Giampieri, Enrico; Sala, Claudia; Castellani, Gastone; Milanesi, Luciano (20 січня 2016). Methods for the integration of multi-omics data: mathematical aspects. BMC Bioinformatics. Т. 17, № 2. с. S15. doi:10.1186/s12859-015-0857-9. ISSN 1471-2105. PMC 4959355. PMID 26821531. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Subramanian, Indhupriya; Verma, Srikant; Kumar, Shiva; Jere, Abhay; Anamika, Krishanpal (2020-01). Multi-omics Data Integration, Interpretation, and Its Application. Bioinformatics and Biology Insights (англ.). Т. 14. с. 117793221989905. doi:10.1177/1177932219899051. ISSN 1177-9322. PMC 7003173. PMID 32076369. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
He, Feng Q.; Ollert, Markus; Balling, Rudi; Bode, Sebastian F. N.; Delhalle, Sylvie (6 лютого 2018). A roadmap towards personalized immunology. NPJ Systems Biology and Applications. 4 (1): 9. doi:10.1038/s41540-017-0045-9. ISSN 2056-7189. PMC 5802799. PMID 29423275.
Hu, Cheng; Jia, Weiping (18 серпня 2021). Multi-omics profiling: the way toward precision medicine in metabolic diseases. Journal of Molecular Cell Biology. doi:10.1093/jmcb/mjab051. ISSN 1674-2788. PMC 8697344. PMID 34406397. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Uelze, Laura; Grützke, Josephine; Borowiak, Maria; Hammerl, Jens Andre; Juraschek, Katharina; Deneke, Carlus; Tausch, Simon H.; Malorny, Burkhard (2020-12). Typing methods based on whole genome sequencing data. One Health Outlook (англ.). Т. 2, № 1. doi:10.1186/s42522-020-0010-1. ISSN 2524-4655. PMC 7993478. PMID 33829127. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Gasperskaja, Evelina; Kučinskas, Vaidutis (25 квітня 2017). The most common technologies and tools for functional genome analysis. Acta medica Lituanica. Т. 24, № 1. с. 1—11. doi:10.6001/actamedica.v24i1.3457. ISSN 2029-4174. PMC 5467957. PMID 28630587. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Nusrat, S.; Harbig, T.; Gehlenborg, N. (2019-06). Tasks, Techniques, and Tools for Genomic Data Visualization. Computer Graphics Forum (англ.). Т. 38, № 3. с. 781—805. doi:10.1111/cgf.13727. ISSN 0167-7055. PMC 6876635. PMID 31768085. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Bannister, Andrew J.; Kouzarides, Tony (2011-03). Regulation of chromatin by histone modifications. Cell Research (англ.). Т. 21, № 3. с. 381—395. doi:10.1038/cr.2011.22. ISSN 1748-7838. PMC 3193420. PMID 21321607. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Mattick, John S.; Amaral, Paulo P.; Carninci, Piero; Carpenter, Susan; Chang, Howard Y.; Chen, Ling-Ling; Chen, Runsheng; Dean, Caroline; Dinger, Marcel E. (2023-06). Long non-coding RNAs: definitions, functions, challenges and recommendations. Nature Reviews Molecular Cell Biology (англ.). Т. 24, № 6. с. 430—447. doi:10.1038/s41580-022-00566-8. ISSN 1471-0080. PMC 10213152. PMID 36596869. Процитовано 6 вересня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Wang, Zhong; Gerstein, Mark; Snyder, Michael (2009-01). RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics. Nature Reviews Genetics (англ.). Т. 10, № 1. с. 57—63. doi:10.1038/nrg2484. ISSN 1471-0064. PMC 2949280. PMID 19015660. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Kumar, Suresh; Mohapatra, Trilochan (2021). Deciphering Epitranscriptome: Modification of mRNA Bases Provides a New Perspective for Post-transcriptional Regulation of Gene Expression. Frontiers in Cell and Developmental Biology. Т. 9. doi:10.3389/fcell.2021.628415. ISSN 2296-634X. PMC 8010680. PMID 33816473. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Shen, Lisha; Ma, Jinqi; Li, Ping; Wu, Yujin; Yu, Hao (7 березня 2023). Recent advances in the plant epitranscriptome. Genome Biology (англ.). Т. 24, № 1. doi:10.1186/s13059-023-02872-6. ISSN 1474-760X. PMC 9990323. PMID 36882788. Процитовано 10 вересня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Trixl, Lukas; Lusser, Alexandra (2019-01). The dynamic RNA modification 5‐methylcytosine and its emerging role as an epitranscriptomic mark. WIREs RNA (англ.). Т. 10, № 1. doi:10.1002/wrna.1510. ISSN 1757-7004. PMC 6492194. PMID 30311405. Процитовано 10 вересня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Zhang, Yuexiu; Zhang, Li-Sheng; Dai, Qing; Chen, Phylip; Lu, Mijia; Kairis, Elizabeth L.; Murugaiah, Valarmathy; Xu, Jiayu; Shukla, Rajni Kant (18 жовтня 2022). 5-methylcytosine (m 5 C) RNA modification controls the innate immune response to virus infection by regulating type I interferons. Proceedings of the National Academy of Sciences (англ.). Т. 119, № 42. doi:10.1073/pnas.2123338119. ISSN 0027-8424. PMC 9586267. Процитовано 10 вересня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
He, Zhizhou; Xu, Jing; Shi, Haoran; Wu, Shuxiang (2022-04). m5CRegpred: Epitranscriptome Target Prediction of 5-Methylcytosine (m5C) Regulators Based on Sequencing Features. Genes (англ.). Т. 13, № 4. с. 677. doi:10.3390/genes13040677. ISSN 2073-4425. PMC 9025882. PMID 35456483. Процитовано 10 вересня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Specht, Harrison; Slavov, Nikolai (3 серпня 2018). Transformative Opportunities for Single-Cell Proteomics. Journal of Proteome Research (англ.). Т. 17, № 8. с. 2565—2571. doi:10.1021/acs.jproteome.8b00257. ISSN 1535-3893. PMC 6089608. PMID 29945450. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Dupree, Emmalyn J.; Jayathirtha, Madhuri; Yorkey, Hannah; Mihasan, Marius; Petre, Brindusa Alina; Darie, Costel C. (2020-09). A Critical Review of Bottom-Up Proteomics: The Good, the Bad, and the Future of This Field. Proteomes (англ.). Т. 8, № 3. с. 14. doi:10.3390/proteomes8030014. ISSN 2227-7382. PMC 7564415. PMID 32640657. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Han, Xianlin; Gross, Richard W. (2022-02). The foundations and development of lipidomics. Journal of Lipid Research. Т. 63, № 2. с. 100164. doi:10.1016/j.jlr.2021.100164. ISSN 0022-2275. PMC 8953652. PMID 34953866. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
de Haan, N.; Wuhrer, M.; Ruhaak, L. R. (1 листопада 2020). Mass spectrometry in clinical glycomics: The path from biomarker identification to clinical implementation. Clinical Mass Spectrometry (англ.). Т. 18. с. 1—12. doi:10.1016/j.clinms.2020.08.001. ISSN 2376-9998. PMC 8600986. PMID 34820521. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Rivas, Javier De Las; Fontanillo, Celia (24 черв. 2010 р.). Protein–Protein Interactions Essentials: Key Concepts to Building and Analyzing Interactome Networks. PLOS Computational Biology (англ.). Т. 6, № 6. с. e1000807. doi:10.1371/journal.pcbi.1000807. ISSN 1553-7358. PMC 2891586. PMID 20589078. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Sharifi Tabar, Mehdi; Parsania, Chirag; Chen, Hong; Su, Xiao-Dong; Bailey, Charles G.; Rasko, John E. J. (22 серпня 2022). Illuminating the dark protein-protein interactome. Cell Reports Methods (англ.). Т. 2, № 8. с. 100275. doi:10.1016/j.crmeth.2022.100275. ISSN 2667-2375. PMC 9421580. PMID 36046620. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Choi, Soon Gang; Richardson, Aaron; Lambourne, Luke; Hill, David E.; Vidal, Marc (2018). Oñate-Sánchez, Luis (ред.). Protein Interactomics by Two-Hybrid Methods. Two-Hybrid Systems: Methods and Protocols (англ.). New York, NY: Springer. с. 1—14. doi:10.1007/978-1-4939-7871-7_1. ISBN 978-1-4939-7871-7. PMC 6948107. PMID 29855947.{{cite book}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Plotnikova, Olga; Baranova, Ancha; Skoblov, Mikhail (2019). Comprehensive Analysis of Human microRNA–mRNA Interactome. Frontiers in Genetics. Т. 10. doi:10.3389/fgene.2019.00933. ISSN 1664-8021. PMC 6792129. PMID 31649721. Процитовано 14 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
James, Katherine; Muñoz-Muñoz, Jose (26 квітня 2022). Gilbert, Jack A. (ред.). Computational Network Inference for Bacterial Interactomics. mSystems (англ.). Т. 7, № 2. doi:10.1128/msystems.01456-21. ISSN 2379-5077. PMC 9040873. PMID 35353009. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Vidal, Marc; Cusick, Michael E.; Barabási, Albert-László (2011-03). Interactome Networks and Human Disease. Cell. Т. 144, № 6. с. 986—998. doi:10.1016/j.cell.2011.02.016. ISSN 0092-8674. PMC 3102045. PMID 21414488. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Nkera-Gutabara, C. K.; Kerr, R.; Scholefield, J.; Hazelhurst, S.; Naidoo, J. (2022). Microbiomics: The Next Pillar of Precision Medicine and Its Role in African Healthcare. Frontiers in Genetics. Т. 13. doi:10.3389/fgene.2022.869610. ISSN 1664-8021. PMC 9037082. PMID 35480328. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Breitwieser, Florian P; Lu, Jennifer; Salzberg, Steven L (19 липня 2019). A review of methods and databases for metagenomic classification and assembly. Briefings in Bioinformatics (англ.). Т. 20, № 4. с. 1125—1136. doi:10.1093/bib/bbx120. ISSN 1467-5463. PMC 6781581. PMID 29028872. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Handelsman, Jo (2004-12). Metagenomics: Application of Genomics to Uncultured Microorganisms. Microbiology and Molecular Biology Reviews (англ.). Т. 68, № 4. с. 669—685. doi:10.1128/MMBR.68.4.669-685.2004. ISSN 1092-2172. PMC 539003. PMID 15590779. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Chiu, Charles Y.; Miller, Steven A. (2019-06). Clinical metagenomics. Nature Reviews Genetics (англ.). Т. 20, № 6. с. 341—355. doi:10.1038/s41576-019-0113-7. ISSN 1471-0064. PMC 6858796. PMID 30918369. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Shakya, Migun; Lo, Chien-Chi; Chain, Patrick S. G. (25 вересня 2019). Advances and Challenges in Metatranscriptomic Analysis. Frontiers in Genetics. Т. 10. doi:10.3389/fgene.2019.00904. ISSN 1664-8021. PMC 6774269. PMID 31608125. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Terrón-Camero, Laura C.; Gordillo-González, Fernando; Salas-Espejo, Eduardo; Andrés-León, Eduardo (2022-12). Comparison of Metagenomics and Metatranscriptomics Tools: A Guide to Making the Right Choice. Genes (англ.). Т. 13, № 12. с. 2280. doi:10.3390/genes13122280. ISSN 2073-4425. PMC 9777648. PMID 36553546. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Van Den Bossche, Tim; Arntzen, Magnus Ø.; Becher, Dörte; Benndorf, Dirk; Eijsink, Vincent G. H.; Henry, Céline; Jagtap, Pratik D.; Jehmlich, Nico; Juste, Catherine (2021-12). The Metaproteomics Initiative: a coordinated approach for propelling the functional characterization of microbiomes. Microbiome (англ.). Т. 9, № 1. doi:10.1186/s40168-021-01176-w. ISSN 2049-2618. PMC 8690404. PMID 34930457. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Stamboulian, Moses; Canderan, Jamie; Ye, Yuzhen (18 бер. 2022 р.). Metaproteomics as a tool for studying the protein landscape of human-gut bacterial species. PLOS Computational Biology (англ.). Т. 18, № 3. с. e1009397. doi:10.1371/journal.pcbi.1009397. ISSN 1553-7358. PMC 8967034. PMID 35302987. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Henry, Céline; Bassignani, Ariane; Berland, Magali; Langella, Olivier; Sokol, Harry; Juste, Catherine (2022-01). Modern Metaproteomics: A Unique Tool to Characterize the Active Microbiome in Health and Diseases, and Pave the Road towards New Biomarkers—Example of Crohn’s Disease and Ulcerative Colitis Flare-Ups. Cells (англ.). Т. 11, № 8. с. 1340. doi:10.3390/cells11081340. ISSN 2073-4409. PMC 9028112. PMID 35456018. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Cheng, Chu; Fei, Zhongjie; Xiao, Pengfeng (2023). Methods to improve the accuracy of next-generation sequencing. Frontiers in Bioengineering and Biotechnology. Т. 11. doi:10.3389/fbioe.2023.982111. ISSN 2296-4185. PMC 9895957. PMID 36741756. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Pervez, Muhammad Tariq; Hasnain, Mirza Jawad ul; Abbas, Syed Hassan; Moustafa, Mahmoud F.; Aslam, Naeem; Shah, Syed Shah Muhammad (29 вересня 2022). A Comprehensive Review of Performance of Next-Generation Sequencing Platforms. BioMed Research International (англ.). Т. 2022. с. e3457806. doi:10.1155/2022/3457806. ISSN 2314-6133. PMC 9537002. PMID 36212714. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Bersanelli, Matteo; Mosca, Ettore; Remondini, Daniel; Giampieri, Enrico; Sala, Claudia; Castellani, Gastone; Milanesi, Luciano (20 січня 2016). Methods for the integration of multi-omics data: mathematical aspects. BMC Bioinformatics. Т. 17, № 2. с. S15. doi:10.1186/s12859-015-0857-9. ISSN 1471-2105. PMC 4959355. PMID 26821531. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Zhou, Guangyan; Pang, Zhiqiang; Lu, Yao; Ewald, Jessica; Xia, Jianguo (5 липня 2022). OmicsNet 2.0: a web-based platform for multi-omics integration and network visual analytics. Nucleic Acids Research (англ.). Т. 50, № W1. с. W527—W533. doi:10.1093/nar/gkac376. ISSN 0305-1048. PMC 9252810. PMID 35639733. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Arjmand, Babak; Hamidpour, Shayesteh Kokabi; Tayanloo-Beik, Akram; Goodarzi, Parisa; Aghayan, Hamid Reza; Adibi, Hossein; Larijani, Bagher (2022). Machine Learning: A New Prospect in Multi-Omics Data Analysis of Cancer. Frontiers in Genetics. Т. 13. doi:10.3389/fgene.2022.824451. ISSN 1664-8021. PMC 8829119. PMID 35154283. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Garmire, Lana X.; Chaudhary, Kumardeep; Huang, Sijia (2017). More Is Better: Recent Progress in Multi-Omics Data Integration Methods. Frontiers in Genetics (English) . 8: 84. doi:10.3389/fgene.2017.00084. ISSN 1664-8021. PMC 5472696. PMID 28670325.
Lin, Eugene; Lane, Hsien-Yuan (20 січня 2017). Machine learning and systems genomics approaches for multi-omics data. Biomarker Research. 5 (1): 2. doi:10.1186/s40364-017-0082-y. ISSN 2050-7771. PMC 5251341. PMID 28127429.{{cite journal}}: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Rohart, Florian; Gautier, Benoît; Singh, Amrit; Lê Cao, Kim-Anh (14 лютого 2017). mixOmics: an R package for 'omics feature selection and multiple data integration. PLOS Computational Biology. 13 (11). doi:10.1371/journal.pcbi.1005752. PMC 5687754. PMID 29099853.{{cite journal}}: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Hu, Youjin; An, Qin; Sheu, Katherine; Trejo, Brandon; Fan, Shuxin; Guo, Ying (20 квітня 2018). Single Cell Multi-Omics Technology: Methodology and Application. Frontiers in Cell and Developmental Biology. 6: 28. doi:10.3389/fcell.2018.00028. ISSN 2296-634X. PMC 5919954. PMID 29732369.
Kester, Lennart Spanjaard, Bastiaan Bienko, Magda van Oudenaarden, Alexander Dey, Siddharth S (2015). Integrated genome and transcriptome sequencing of the same cell. Nature Biotechnology. 33 (3): 285—289. doi:10.1038/nbt.3129. OCLC 931063996. PMC 4374170. PMID 25599178.
Tang, Fuchou; Wen, Lu; Li, Xianlong; Wu, Xinglong; Zhu, Ping; Guo, Hongshan (1 грудня 2013). Single-cell methylome landscapes of mouse embryonic stem cells and early embryos analyzed using reduced representation bisulfite sequencing. Genome Research. 23 (12): 2126—2135. doi:10.1101/gr.161679.113. ISSN 1088-9051. PMC 3847781. PMID 24179143.
Kelsey, Gavin; Reik, Wolf; Stegle, Oliver; Andrews, Simon R.; Julian Peat; Saadeh, Heba; Krueger, Felix; Angermueller, Christof; Lee, Heather J. (August 2014). Single-cell genome-wide bisulfite sequencing for assessing epigenetic heterogeneity. Nature Methods. 11 (8): 817—820. doi:10.1038/nmeth.3035. ISSN 1548-7105. PMC 4117646. PMID 25042786.
Angermueller, Christof; Clark, Stephen J; Lee, Heather J; Macaulay, Iain C; Teng, Mabel J; Hu, Tim Xiaoming; Krueger, Felix; Smallwood, Sébastien A; Ponting, Chris P (11 січня 2016). Parallel single-cell sequencing links transcriptional and epigenetic heterogeneity. Nature Methods. 13 (3): 229—232. doi:10.1038/nmeth.3728. ISSN 1548-7091. PMC 4770512. PMID 26752769.
Greenleaf, William J.; Chang, Howard Y.; Snyder, Michael P.; Michael L. Gonzales; Ruff, Dave; Litzenburger, Ulrike M.; Wu, Beijing; Buenrostro, Jason D. (July 2015). Single-cell chromatin accessibility reveals principles of regulatory variation. Nature. 523 (7561): 486—490. Bibcode:2015Natur.523..486B. doi:10.1038/nature14590. ISSN 1476-4687. PMC 4685948. PMID 26083756.
Fraser, Peter; Tanay, Amos; Laue, Ernest D.; Dean, Wendy; Yaffe, Eitan; Schoenfelder, Stefan; Stevens, Tim J.; Lubling, Yaniv; Nagano, Takashi (October 2013). Single-cell Hi-C reveals cell-to-cell variability in chromosome structure. Nature. 502 (7469): 59—64. Bibcode:2013Natur.502...59N. doi:10.1038/nature12593. ISSN 1476-4687. PMC 3869051. PMID 24067610.
Darmanis, Spyros; Gallant, Caroline Julie; Marinescu, Voichita Dana; Niklasson, Mia; Segerman, Anna; Flamourakis, Georgios; Fredriksson, Simon; Assarsson, Erika; Lundberg, Martin (12 січня 2016). Simultaneous Multiplexed Measurement of RNA and Proteins in Single Cells. Cell Reports. 14 (2): 380—389. doi:10.1016/j.celrep.2015.12.021. ISSN 2211-1247. PMC 4713867. PMID 26748716.
Gherardini, Pier Federico; Nolan, Garry P.; Chen, Shih-Yu; Hsieh, Elena W. Y.; Zunder, Eli R.; Bava, Felice-Alessio; Frei, Andreas P. (March 2016). Highly multiplexed simultaneous detection of RNAs and proteins in single cells. Nature Methods. 13 (3): 269—275. doi:10.1038/nmeth.3742. ISSN 1548-7105. PMC 4767631. PMID 26808670.
Assarsson, Erika; Lundberg, Martin; Holmquist, Göran; Björkesten, Johan; Bucht Thorsen, Stine; Ekman, Daniel; Eriksson, Anna; Rennel Dickens, Emma; Ohlsson, Sandra (22 квітня 2014). Homogenous 96-Plex PEA Immunoassay Exhibiting High Sensitivity, Specificity, and Excellent Scalability. PLOS ONE. 9 (4): e95192. Bibcode:2014PLoSO...995192A. doi:10.1371/journal.pone.0095192. ISSN 1932-6203. PMC 3995906. PMID 24755770.
Razzaq, Muhammad Khuram; Aleem, Muqadas; Mansoor, Shahid; Khan, Mueen Alam; Rauf, Saeed; Iqbal, Shahid; Siddique, Kadambot H. M. (2021-01). Omics and CRISPR-Cas9 Approaches for Molecular Insight, Functional Gene Analysis, and Stress Tolerance Development in Crops. International Journal of Molecular Sciences (англ.). Т. 22, № 3. с. 1292. doi:10.3390/ijms22031292. ISSN 1422-0067. PMC 7866018. PMID 33525517. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Hilton, Isaac B.; D'Ippolito, Anthony M.; Vockley, Christopher M.; Thakore, Pratiksha I.; Crawford, Gregory E.; Reddy, Timothy E.; Gersbach, Charles A. (2015-05). Epigenome editing by a CRISPR-Cas9-based acetyltransferase activates genes from promoters and enhancers. Nature Biotechnology (англ.). Т. 33, № 5. с. 510—517. doi:10.1038/nbt.3199. ISSN 1546-1696. PMC 4430400. PMID 25849900. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Athieniti, Efi; Spyrou, George M. (1 січня 2023). A guide to multi-omics data collection and integration for translational medicine. Computational and Structural Biotechnology Journal (англ.). Т. 21. с. 134—149. doi:10.1016/j.csbj.2022.11.050. ISSN 2001-0370. PMC 9747357. PMID 36544480. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Vahabi, Nasim; Michailidis, George (2022). Unsupervised Multi-Omics Data Integration Methods: A Comprehensive Review. Frontiers in Genetics. Т. 13. doi:10.3389/fgene.2022.854752. ISSN 1664-8021. PMC 8981526. PMID 35391796. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Flores, Javier E.; Claborne, Daniel M.; Weller, Zachary D.; Webb-Robertson, Bobbie-Jo M.; Waters, Katrina M.; Bramer, Lisa M. (2023). Missing data in multi-omics integration: Recent advances through artificial intelligence. Frontiers in Artificial Intelligence. Т. 6. doi:10.3389/frai.2023.1098308. ISSN 2624-8212. PMC 9949722. PMID 36844425. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Hasin, Yehudit; Seldin, Marcus; Lusis, Aldons (5 травня 2017). Multi-omics approaches to disease. Genome Biology. Т. 18, № 1. с. 83. doi:10.1186/s13059-017-1215-1. ISSN 1474-760X. PMC 5418815. PMID 28476144. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Aderem, Alan; Adkins, Joshua N.; Ansong, Charles; Galagan, James; Kaiser, Shari; Korth, Marcus J.; Law, G. Lynn; McDermott, Jason G.; Proll, Sean C. (1 лютого 2011). A Systems Biology Approach to Infectious Disease Research: Innovating the Pathogen-Host Research Paradigm. mBio. 2 (1): e00325-10. doi:10.1128/mbio.00325-10. ISSN 2150-7511. PMC 3034460. PMID 21285433.
Yan, Jingwen; Risacher, Shannon L; Shen, Li; Saykin, Andrew J. (30 червня 2017). Network approaches to systems biology analysis of complex disease: integrative methods for multi-omics data. Briefings in Bioinformatics. 19 (6): 1370—1381. doi:10.1093/bib/bbx066. ISSN 1467-5463. PMC 6454489. PMID 28679163.
Mavromatis, Lucas A.; Rosoff, Daniel B.; Bell, Andrew S.; Jung, Jeesun; Wagner, Josephin; Lohoff, Falk W. (19 квітня 2023). Multi-omic underpinnings of epigenetic aging and human longevity. Nature Communications (англ.). Т. 14, № 1. с. 2236. doi:10.1038/s41467-023-37729-w. ISSN 2041-1723. PMC 10115892. PMID 37076473. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Zhong, Yating; Peng, Yuzhong; Lin, Yanmei; Chen, Dingjia; Zhang, Hao; Zheng, Wen; Chen, Yuanyuan; Wu, Changliang (5 травня 2023). MODILM: towards better complex diseases classification using a novel multi-omics data integration learning model. BMC Medical Informatics and Decision Making (англ.). Т. 23, № 1. doi:10.1186/s12911-023-02173-9. ISSN 1472-6947. PMC 10161645. PMID 37147619. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Babu, Mohan; Snyder, Michael (2023-06). Multi-Omics Profiling for Health. Molecular & Cellular Proteomics. Т. 22, № 6. с. 100561. doi:10.1016/j.mcpro.2023.100561. ISSN 1535-9476. PMC 10220275. PMID 37119971. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Paananen, Jussi; Fortino, Vittorio (1 грудня 2020). An omics perspective on drug target discovery platforms. Briefings in Bioinformatics (англ.). Т. 21, № 6. с. 1937—1953. doi:10.1093/bib/bbz122. ISSN 1467-5463. PMC 7711264. PMID 31774113. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Guo, Shicheng; Zhang, Dake; Wang, Hu; An, Qin; Yu, Guangchuang; Han, Junwei; Jiang, Chunjie; Huang, Jianfeng (21 лютого 2023). Editorial: Computational and systematic analysis of multi-omics data for drug discovery and development. Frontiers in Medicine. Т. 10. doi:10.3389/fmed.2023.1146896. ISSN 2296-858X. PMC 9989304. PMID 36895719. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Liu, Xiao-Ying; Mei, Xin-Yue (2023). Prediction of drug sensitivity based on multi-omics data using deep learning and similarity network fusion approaches. Frontiers in Bioengineering and Biotechnology. Т. 11. doi:10.3389/fbioe.2023.1156372. ISSN 2296-4185. PMC 10150883. PMID 37139048. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Wang, Conghao; Lye, Xintong; Kaalia, Rama; Kumar, Parvin; Rajapakse, Jagath C. (28 листопада 2022). Deep learning and multi-omics approach to predict drug responses in cancer. BMC Bioinformatics (англ.). Т. 22, № S10. doi:10.1186/s12859-022-04964-9. ISSN 1471-2105. PMC 9703655. PMID 36443676. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Proctor, Lita M.; Creasy, Heather H.; Fettweis, Jennifer M.; Lloyd-Price, Jason; Mahurkar, Anup; Zhou, Wenyu; Buck, Gregory A.; Snyder, Michael P.; Strauss, Jerome F. (May 2019). The Integrative Human Microbiome Project. Nature. 569 (7758): 641—648. Bibcode:2019Natur.569..641I. doi:10.1038/s41586-019-1238-8. ISSN 1476-4687. PMC 6784865. PMID 31142853.
Snyder, Michael; Weinstock, George M.; Sodergren, Erica; McLaughlin, Tracey; Tse, David; Rost, Hannes; Piening, Brian; Kukurba, Kim; Rose, Sophia Miryam Schüssler-Fiorenza (May 2019). Longitudinal multi-omics of host–microbe dynamics in prediabetes. Nature. 569 (7758): 663—671. Bibcode:2019Natur.569..663Z. doi:10.1038/s41586-019-1236-x. ISSN 1476-4687. PMC 6666404. PMID 31142858.
Huttenhower, Curtis; Xavier, Ramnik J.; Vlamakis, Hera; Franzosa, Eric A.; Clish, Clary B.; Winter, Harland S.; Stappenbeck, Thaddeus S.; Petrosino, Joseph F.; McGovern, Dermot P. B. (May 2019). Multi-omics of the gut microbial ecosystem in inflammatory bowel diseases. Nature. 569 (7758): 655—662. Bibcode:2019Natur.569..655L. doi:10.1038/s41586-019-1237-9. ISSN 1476-4687. PMC 6650278. PMID 31142855.
Buck, Gregory A.; Strauss, Jerome F.; Jefferson, Kimberly K.; Hendricks-Muñoz, Karen D.; Wijesooriya, N. Romesh; Rubens, Craig E.; Gravett, Michael G.; Sexton, Amber L.; Chaffin, Donald O. (June 2019). The vaginal microbiome and preterm birth. Nature Medicine. 25 (6): 1012—1021. doi:10.1038/s41591-019-0450-2. ISSN 1546-170X. PMC 6750801. PMID 31142849.
Chu, Xiaojing; Zhang, Bowen; Koeken, Valerie A. C. M.; Gupta, Manoj Kumar; Li, Yang (2021). Multi-Omics Approaches in Immunological Research. Frontiers in Immunology. Т. 12. doi:10.3389/fimmu.2021.668045. ISSN 1664-3224. PMC 8226116. PMID 34177908. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Ota, Mineto; Fujio, Keishi (2021-12). Multi-omics approach to precision medicine for immune-mediated diseases. Inflammation and Regeneration (англ.). Т. 41, № 1. doi:10.1186/s41232-021-00173-8. ISSN 1880-8190. PMC 8325815. PMID 34332645. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Kidd, Brian A; Peters, Lauren A; Schadt, Eric E; Dudley, Joel T (21 січня 2014). Unifying immunology with informatics and multiscale biology. Nature Immunology. 15 (2): 118—127. doi:10.1038/ni.2787. ISSN 1529-2908. PMC 4345400. PMID 24448569.
Harris, Eva; Kasarskis, Andrew; Wolinsky, Steven M.; Suaréz‐Fariñas, Mayte; Zhu, Jun; Wang, Li; Balmaseda, Angel; Thomas, Guajira P.; Stewart, Michael G. (1 серпня 2018). Comprehensive innate immune profiling of chikungunya virus infection in pediatric cases. Molecular Systems Biology. 14 (8): e7862. doi:10.15252/msb.20177862. ISSN 1744-4292. PMC 6110311. PMID 30150281.
Firestein, Gary S.; Wang, Wei; Gay, Steffen; Ball, Scott T.; Bartok, Beatrix; Boyle, David L.; Whitaker, John W. (22 квітня 2015). Integrative Omics Analysis of Rheumatoid Arthritis Identifies Non-Obvious Therapeutic Targets. PLOS ONE. 10 (4): e0124254. Bibcode:2015PLoSO..1024254W. doi:10.1371/journal.pone.0124254. ISSN 1932-6203. PMC 4406750. PMID 25901943.
Pulendran, Bali; Li, Shuzhao; Nakaya, Helder I. (29 жовтня 2010). Systems Vaccinology. Immunity. 33 (4): 516—529. doi:10.1016/j.immuni.2010.10.006. ISSN 1074-7613. PMC 3001343. PMID 21029962.
Li, Shuzhao; Sullivan, Nicole L.; Rouphael, Nadine; Yu, Tianwei; Banton, Sophia; Maddur, Mohan S.; McCausland, Megan; Chiu, Christopher; Canniff, Jennifer (18 травня 2017). Metabolic Phenotypes of Response to Vaccination in Humans. Cell. 169 (5): 862—877.e17. doi:10.1016/j.cell.2017.04.026. ISSN 0092-8674. PMC 5711477. PMID 28502771.
Aging Atlas Consortium; Liu, Guang-Hui; Bao, Yiming; Qu, Jing; Zhang, Weiqi; Zhang, Tao; Kang, Wang; Yang, Fei; Ji, Qianzhao (8 січня 2021). Aging Atlas: a multi-omics database for aging biology. Nucleic Acids Research (англ.). Т. 49, № D1. с. D825—D830. doi:10.1093/nar/gkaa894. ISSN 0305-1048. PMC 7779027. PMID 33119753. Процитовано 14 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Mavromatis, Lucas A.; Rosoff, Daniel B.; Bell, Andrew S.; Jung, Jeesun; Wagner, Josephin; Lohoff, Falk W. (19 квітня 2023). Multi-omic underpinnings of epigenetic aging and human longevity. Nature Communications (англ.). Т. 14, № 1. с. 2236. doi:10.1038/s41467-023-37729-w. ISSN 2041-1723. PMC 10115892. PMID 37076473. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Mahmood, Umer; Li, Xiaodong; Fan, Yonghai; Chang, Wei; Niu, Yue; Li, Jiana; Qu, Cunmin; Lu, Kun (2022). Multi-omics revolution to promote plant breeding efficiency. Frontiers in Plant Science. Т. 13. doi:10.3389/fpls.2022.1062952. ISSN 1664-462X. PMC 9773847. PMID 36570904. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Yang, Yaodong; Saand, Mumtaz Ali; Huang, Liyun; Abdelaal, Walid Badawy; Zhang, Jun; Wu, Yi; Li, Jing; Sirohi, Muzafar Hussain; Wang, Fuyou (2021). Applications of Multi-Omics Technologies for Crop Improvement. Frontiers in Plant Science. Т. 12. doi:10.3389/fpls.2021.563953. ISSN 1664-462X. PMC 8446515. PMID 34539683. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Ichihashi, Yasunori; Date, Yasuhiro; Shino, Amiu; Shimizu, Tomoko; Shibata, Arisa; Kumaishi, Kie; Funahashi, Fumiaki; Wakayama, Kenji; Yamazaki, Kohei (23 червня 2020). Multi-omics analysis on an agroecosystem reveals the significant role of organic nitrogen to increase agricultural crop yield. Proceedings of the National Academy of Sciences (англ.). Т. 117, № 25. с. 14552—14560. doi:10.1073/pnas.1917259117. ISSN 0027-8424. PMC 7321985. PMID 32513689. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Aguiar-Pulido, Vanessa; Huang, Wenrui; Suarez-Ulloa, Victoria; Cickovski, Trevor; Mathee, Kalai; Narasimhan, Giri (2016-01). Metagenomics, Metatranscriptomics, and Metabolomics Approaches for Microbiome Analysis: Supplementary Issue: Bioinformatics Methods and Applications for Big Metagenomics Data. Evolutionary Bioinformatics (англ.). Т. 12s1. с. EBO.S36436. doi:10.4137/EBO.S36436. ISSN 1176-9343. PMC 4869604. PMID 27199545. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Meng, Chen; Kuster, Bernhard; Culhane, Aedín C; Gholami, Amin (2014). A multivariate approach to the integration of multi-omics datasets. BMC Bioinformatics. 15 (1): 162. doi:10.1186/1471-2105-15-162. ISSN 1471-2105. PMC 4053266. PMID 24884486.{{cite journal}}: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Ramos, Marcel; Schiffer, Lucas; Re, Angela; Azhar, Rimsha; Basunia, Azfar; Rodriguez, Carmen; Chan, Tiffany; Chapman, Phil; Davis, Sean R. (1 листопада 2017). Software for the Integration of Multiomics Experiments in Bioconductor. Cancer Research. 77 (21): e39—e42. doi:10.1158/0008-5472.CAN-17-0344. PMC 5679241. PMID 29092936.
Hernandez-Ferrer, Carles; Ruiz-Arenas, Carlos; Beltran-Gomila, Alba; González, Juan R. (17 січня 2017). MultiDataSet: an R package for encapsulating multiple data sets with application to omic data integration. BMC Bioinformatics. 18 (1): 36. doi:10.1186/s12859-016-1455-1. ISSN 1471-2105. PMC 5240259. PMID 28095799.{{cite journal}}: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Conesa, Ana; Dopazo, Joaquín; García-López, Federico; García-Alcalde, Fernando (1 січня 2011). Paintomics: a web based tool for the joint visualization of transcriptomics and metabolomics data. Bioinformatics. 27 (1): 137—139. doi:10.1093/bioinformatics/btq594. ISSN 1367-4803. PMC 3008637. PMID 21098431.
Conesa, Ana; Pappas, Georgios J.; Furió-Tarí, Pedro; Balzano-Nogueira, Leandro; Martínez-Mira, Carlos; Tarazona, Sonia; Hernández-de-Diego, Rafael (2 липня 2018). PaintOmics 3: a web resource for the pathway analysis and visualization of multi-omics data. Nucleic Acids Research. 46 (W1): W503—W509. doi:10.1093/nar/gky466. ISSN 0305-1048. PMC 6030972. PMID 29800320.
Chari, Raj; Coe, Bradley P.; Wedseltoft, Craig; Benetti, Marie; Wilson, Ian M.; Vucic, Emily A.; MacAulay, Calum; Ng, Raymond T.; Lam, Wan L. (7 жовтня 2008). SIGMA2: A system for the integrative genomic multi-dimensional analysis of cancer genomes, epigenomes, and transcriptomes. BMC Bioinformatics. 9 (1): 422. doi:10.1186/1471-2105-9-422. ISSN 1471-2105. PMC 2571113. PMID 18840289.{{cite journal}}: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Kanai, Masahiro; Maeda, Yuichi; Okada, Yukinori (19 червня 2018). Grimon: graphical interface to visualize multi-omics networks. Bioinformatics. 34 (22): 3934—3936. doi:10.1093/bioinformatics/bty488. ISSN 1367-4803. PMC 6223372. PMID 29931190.
Su, Andrew I.; Loguercio, Salvatore; Carland, Tristan M.; Ducom, Jean-Christophe; Gioia, Louis; Meißner, Tobias; Fisch, Kathleen M. (1 червня 2015). Omics Pipe: a community-based framework for reproducible multi-omics data analysis. Bioinformatics. 31 (11): 1724—1728. doi:10.1093/bioinformatics/btv061. ISSN 1367-4803. PMC 4443682. PMID 25637560.
Montague, Elizabeth; Stanberry, Larissa; Higdon, Roger; Janko, Imre; Lee, Elaine; Anderson, Nathaniel; Choiniere, John; Stewart, Elizabeth; Yandl, Gregory (June 2014). MOPED 2.5—An Integrated Multi-Omics Resource: Multi-Omics Profiling Expression Database Now Includes Transcriptomics Data. OMICS: A Journal of Integrative Biology. 18 (6): 335—343. doi:10.1089/omi.2014.0061. ISSN 1536-2310. PMC 4048574. PMID 24910945.
Zhang, Bing; Wang, Jing; Straub, Peter; Vasaikar, Suhas V. (4 січня 2018). LinkedOmics: analyzing multi-omics data within and across 32 cancer types. Nucleic Acids Research. 46 (D1): D956—D963. doi:10.1093/nar/gkx1090. ISSN 0305-1048. PMC 5753188. PMID 29136207.
Wu, Jiaqi; Hu, Shuofeng; Chen, Yaowen; Li, Zongcheng; Zhang, Jian; Yuan, Hanyu; Shi, Qiang; Shao, Ningsheng; Ying, Xiaomin (May 2017). BCIP: a gene-centered platform for identifying potential regulatory genes in breast cancer. Scientific Reports. 7 (1): 45235. Bibcode:2017NatSR...745235W. doi:10.1038/srep45235. ISSN 2045-2322. PMC 5361122. PMID 28327601.
Husi, Holger; Patel, Alisha; Fernandes, Marco (12 листопада 2018). C/VDdb: A multi-omics expression profiling database for a knowledge-driven approach in cardiovascular disease (CVD). PLOS ONE. 13 (11): e0207371. Bibcode:2018PLoSO..1307371F. doi:10.1371/journal.pone.0207371. ISSN 1932-6203. PMC 6231654. PMID 30419069.
Gupta, Amit Kumar; Kaur, Karambir; Rajput, Akanksha; Dhanda, Sandeep Kumar; Sehgal, Manika; Khan, Md. Shoaib; Monga, Isha; Dar, Showkat Ahmad; Singh, Sandeep (16 вересня 2016). ZikaVR: An Integrated Zika Virus Resource for Genomics, Proteomics, Phylogenetic and Therapeutic Analysis. Scientific Reports. 6 (1): 32713. Bibcode:2016NatSR...632713G. doi:10.1038/srep32713. ISSN 2045-2322. PMC 5025660. PMID 27633273.
Tagkopoulos, Ilias; Violeta Zorraquino; Rai, Navneet; Kim, Minseung (7 жовтня 2016). Multi-omics integration accurately predicts cellular state in unexplored conditions for Escherichia coli. Nature Communications. 7: 13090. Bibcode:2016NatCo...713090K. doi:10.1038/ncomms13090. ISSN 2041-1723. PMC 5059772. PMID 27713404.
Li, Guojing; Lu, Zhongfu; Lin, Jiandong; Hu, Yaowen; Yunping Huang; Wang, Baogen; Wu, Xinyi; Wu, Xiaohua; Xu, Pei (26 лютого 2018). GourdBase: a genome-centered multi-omics database for the bottle gourd ( Lagenaria siceraria ), an economically important cucurbit crop. Scientific Reports. 8 (1): 3604. Bibcode:2018NatSR...8.3604W. doi:10.1038/s41598-018-22007-3. ISSN 2045-2322. PMC 5827520. PMID 29483591.
Liu, Haijun; Wang, Fan; Xiao, Yingjie; Tian, Zonglin; Wen, Weiwei; Zhang, Xuehai; Chen, Xi; Liu, Nannan; Li, Wenqiang (2016). MODEM: multi-omics data envelopment and mining in maize. Database. 2016: baw117. doi:10.1093/database/baw117. ISSN 1758-0463. PMC 4976297. PMID 27504011.
Xu, Dong; Nguyen, Henry T.; Stacey, Gary; Gaudiello, Eric C.; Endacott, Ryan Z.; Zhang, Hongxin; Liu, Yang; Chen, Shiyuan; Fitzpatrick, Michael R. (1 січня 2014). Soybean knowledge base (SoyKB): a web resource for integration of soybean translational genomics and molecular breeding. Nucleic Acids Research. 42 (D1): D1245—D1252. doi:10.1093/nar/gkt905. ISSN 0305-1048. PMC 3965117. PMID 24136998.
Samaras, Patroklos; Schmidt, Tobias; Frejno, Martin; Gessulat, Siegfried; Reinecke, Maria; Jarzab, Anna; Zecha, Jana; Mergner, Julia; Giansanti, Piero (8 січня 2020). ProteomicsDB: a multi-omics and multi-organism resource for life science research. Nucleic Acids Research (англ.). 48 (D1): D1153—D1163. doi:10.1093/nar/gkz974. ISSN 0305-1048. PMC 7145565. PMID 31665479.
Mubeen, Sarah; Hoyt, Charles Tapley; Gemünd, André; Hofmann-Apitius, Martin; Fröhlich, Holger; Domingo-Fernández, Daniel (2019). The Impact of Pathway Database Choice on Statistical Enrichment Analysis and Predictive Modeling. Frontiers in Genetics. Т. 10. doi:10.3389/fgene.2019.01203. ISSN 1664-8021. PMC 6883970. PMID 31824580. Процитовано 14 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)

omictools.com

Reap the rewards of a biological insight engine. omicX. Процитовано 26 червня 2019.

oup.com

academic.oup.com

Ma, Jiongming; Song, Bowen; Wei, Zhen; Huang, Daiyun; Zhang, Yuxin; Su, Jionglong; de Magalhães, João Pedro; Rigden, Daniel J; Meng, Jia (7 січня 2022). m5C-Atlas: a comprehensive database for decoding and annotating the 5-methylcytosine (m5C) epitranscriptome. Nucleic Acids Research (англ.). Т. 50, № D1. с. D196—D203. doi:10.1093/nar/gkab1075. ISSN 0305-1048. Процитовано 10 вересня 2023.
Breitwieser, Florian P; Lu, Jennifer; Salzberg, Steven L (19 липня 2019). A review of methods and databases for metagenomic classification and assembly. Briefings in Bioinformatics (англ.). Т. 20, № 4. с. 1125—1136. doi:10.1093/bib/bbx120. ISSN 1467-5463. PMC 6781581. PMID 29028872. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Zhou, Guangyan; Pang, Zhiqiang; Lu, Yao; Ewald, Jessica; Xia, Jianguo (5 липня 2022). OmicsNet 2.0: a web-based platform for multi-omics integration and network visual analytics. Nucleic Acids Research (англ.). Т. 50, № W1. с. W527—W533. doi:10.1093/nar/gkac376. ISSN 0305-1048. PMC 9252810. PMID 35639733. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Lazar, C.; Meganck, S.; Taminau, J.; Steenhoff, D.; Coletta, A.; Molter, C.; Weiss-Solis, D. Y.; Duque, R.; Bersini, H. (1 липня 2013). Batch effect removal methods for microarray gene expression data integration: a survey. Briefings in Bioinformatics (англ.). Т. 14, № 4. с. 469—490. doi:10.1093/bib/bbs037. ISSN 1467-5463. Процитовано 12 червня 2023.
Dar, Mashooq Ahmad; Arafah, Azher; Bhat, Kaisar Ahmad; Khan, Andleeb; Khan, Mosin Saleem; Ali, Aarif; Ahmad, Syed Mudasir; Rashid, Shahzada Mudasir; Rehman, Muneeb U (13 квітня 2023). Multiomics technologies: role in disease biomarker discoveries and therapeutics. Briefings in Functional Genomics (англ.). Т. 22, № 2. с. 76—96. doi:10.1093/bfgp/elac017. ISSN 2041-2649. Процитовано 12 червня 2023.
Paananen, Jussi; Fortino, Vittorio (1 грудня 2020). An omics perspective on drug target discovery platforms. Briefings in Bioinformatics (англ.). Т. 21, № 6. с. 1937—1953. doi:10.1093/bib/bbz122. ISSN 1467-5463. PMC 7711264. PMID 31774113. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Aging Atlas Consortium; Liu, Guang-Hui; Bao, Yiming; Qu, Jing; Zhang, Weiqi; Zhang, Tao; Kang, Wang; Yang, Fei; Ji, Qianzhao (8 січня 2021). Aging Atlas: a multi-omics database for aging biology. Nucleic Acids Research (англ.). Т. 49, № D1. с. D825—D830. doi:10.1093/nar/gkaa894. ISSN 0305-1048. PMC 7779027. PMID 33119753. Процитовано 14 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)

plos.org

journals.plos.org

Rivas, Javier De Las; Fontanillo, Celia (24 черв. 2010 р.). Protein–Protein Interactions Essentials: Key Concepts to Building and Analyzing Interactome Networks. PLOS Computational Biology (англ.). Т. 6, № 6. с. e1000807. doi:10.1371/journal.pcbi.1000807. ISSN 1553-7358. PMC 2891586. PMID 20589078. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Stamboulian, Moses; Canderan, Jamie; Ye, Yuzhen (18 бер. 2022 р.). Metaproteomics as a tool for studying the protein landscape of human-gut bacterial species. PLOS Computational Biology (англ.). Т. 18, № 3. с. e1009397. doi:10.1371/journal.pcbi.1009397. ISSN 1553-7358. PMC 8967034. PMID 35302987. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)

pnas.org

Zhang, Yuexiu; Zhang, Li-Sheng; Dai, Qing; Chen, Phylip; Lu, Mijia; Kairis, Elizabeth L.; Murugaiah, Valarmathy; Xu, Jiayu; Shukla, Rajni Kant (18 жовтня 2022). 5-methylcytosine (m 5 C) RNA modification controls the innate immune response to virus infection by regulating type I interferons. Proceedings of the National Academy of Sciences (англ.). Т. 119, № 42. doi:10.1073/pnas.2123338119. ISSN 0027-8424. PMC 9586267. Процитовано 10 вересня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Ichihashi, Yasunori; Date, Yasuhiro; Shino, Amiu; Shimizu, Tomoko; Shibata, Arisa; Kumaishi, Kie; Funahashi, Fumiaki; Wakayama, Kenji; Yamazaki, Kohei (23 червня 2020). Multi-omics analysis on an agroecosystem reveals the significant role of organic nitrogen to increase agricultural crop yield. Proceedings of the National Academy of Sciences (англ.). Т. 117, № 25. с. 14552—14560. doi:10.1073/pnas.1917259117. ISSN 0027-8424. PMC 7321985. PMID 32513689. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)

sagepub.com

journals.sagepub.com

Subramanian, Indhupriya; Verma, Srikant; Kumar, Shiva; Jere, Abhay; Anamika, Krishanpal (2020-01). Multi-omics Data Integration, Interpretation, and Its Application. Bioinformatics and Biology Insights (англ.). Т. 14. с. 117793221989905. doi:10.1177/1177932219899051. ISSN 1177-9322. PMC 7003173. PMID 32076369. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Aguiar-Pulido, Vanessa; Huang, Wenrui; Suarez-Ulloa, Victoria; Cickovski, Trevor; Mathee, Kalai; Narasimhan, Giri (2016-01). Metagenomics, Metatranscriptomics, and Metabolomics Approaches for Microbiome Analysis: Supplementary Issue: Bioinformatics Methods and Applications for Big Metagenomics Data. Evolutionary Bioinformatics (англ.). Т. 12s1. с. EBO.S36436. doi:10.4137/EBO.S36436. ISSN 1176-9343. PMC 4869604. PMID 27199545. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)

science.org

Hicks, Kevin G.; Cluntun, Ahmad A.; Schubert, Heidi L.; Hackett, Sean R.; Berg, Jordan A.; Leonard, Paul G.; Ajalla Aleixo, Mariana A.; Zhou, Youjia; Bott, Alex J. (10 березня 2023). Protein-metabolite interactomics of carbohydrate metabolism reveal regulation of lactate dehydrogenase. Science (англ.). Т. 379, № 6636. с. 996—1003. doi:10.1126/science.abm3452. ISSN 0036-8075. Процитовано 11 червня 2023.
Schena, Mark; Shalon, Dari; Davis, Ronald W.; Brown, Patrick O. (20 жовтня 1995). Quantitative Monitoring of Gene Expression Patterns with a Complementary DNA Microarray. Science (англ.). Т. 270, № 5235. с. 467—470. doi:10.1126/science.270.5235.467. ISSN 0036-8075. Процитовано 12 червня 2023.

sciencedirect.com

Hood, Leroy; Tian, Qiang (1 серпня 2012). Systems Approaches to Biology and Disease Enable Translational Systems Medicine. Genomics, Proteomics & Bioinformatics (англ.). Т. 10, № 4. с. 181—185. doi:10.1016/j.gpb.2012.08.004. ISSN 1672-0229. PMC 3844613. PMID 23084773. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Hood, Leroy; Flores, Mauricio (15 вересня 2012). A personal view on systems medicine and the emergence of proactive P4 medicine: predictive, preventive, personalized and participatory. New Biotechnology (англ.). Т. 29, № 6. с. 613—624. doi:10.1016/j.nbt.2012.03.004. ISSN 1871-6784. Процитовано 11 червня 2023.
Ahmed, Zeeshan (1 січня 2022). Teplow, David B. (ред.). Chapter Four - Precision medicine with multi-omics strategies, deep phenotyping, and predictive analysis. Progress in Molecular Biology and Translational Science (англ.). Т. 190. Academic Press. с. 101—125. doi:10.1016/bs.pmbts.2022.02.002.
Wu, Zhuojun; Bagarolo, Giulia Ilaria; Thoröe-Boveleth, Sven; Jankowski, Joachim (1 січня 2020). “Lipidomics”: Mass spectrometric and chemometric analyses of lipids. Advanced Drug Delivery Reviews (англ.). Т. 159. с. 294—307. doi:10.1016/j.addr.2020.06.009. ISSN 0169-409X. Процитовано 11 червня 2023.
de Haan, N.; Wuhrer, M.; Ruhaak, L. R. (1 листопада 2020). Mass spectrometry in clinical glycomics: The path from biomarker identification to clinical implementation. Clinical Mass Spectrometry (англ.). Т. 18. с. 1—12. doi:10.1016/j.clinms.2020.08.001. ISSN 2376-9998. PMC 8600986. PMID 34820521. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Sharifi Tabar, Mehdi; Parsania, Chirag; Chen, Hong; Su, Xiao-Dong; Bailey, Charles G.; Rasko, John E. J. (22 серпня 2022). Illuminating the dark protein-protein interactome. Cell Reports Methods (англ.). Т. 2, № 8. с. 100275. doi:10.1016/j.crmeth.2022.100275. ISSN 2667-2375. PMC 9421580. PMID 36046620. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Athieniti, Efi; Spyrou, George M. (1 січня 2023). A guide to multi-omics data collection and integration for translational medicine. Computational and Structural Biotechnology Journal (англ.). Т. 21. с. 134—149. doi:10.1016/j.csbj.2022.11.050. ISSN 2001-0370. PMC 9747357. PMID 36544480. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Joshi, Samiksha; Gangola, Saurabh; Rani, Anju; Sahgal, Manvika; Tewari, Samarth; Bhandari, Narendra Singh; Jaggi, Vandana; Prakash, Om (1 січня 2023). Gangola, Saurabh; Kumar, Saurabh; Joshi, Samiksha; Bhatt, Pankaj (ред.). Chapter 1 - Recent molecular and omics approaches to study rhizosphere functioning. Advanced Microbial Technology for Sustainable Agriculture and Environment (англ.). Academic Press. с. 1—13. doi:10.1016/b978-0-323-95090-9.00009-1. ISBN 978-0-323-95090-9.
McDaniel, Elizabeth A.; Wahl, Sebastian Aljoscha; Ishii, Shun'ichi; Pinto, Ameet; Ziels, Ryan; Nielsen, Per Halkjær; McMahon, Katherine D.; Williams, Rohan B. H. (15 жовтня 2021). Prospects for multi-omics in the microbial ecology of water engineering. Water Research (англ.). Т. 205. с. 117608. doi:10.1016/j.watres.2021.117608. ISSN 0043-1354. Процитовано 12 червня 2023.

springer.com

link.springer.com

Kang Ning (2023). Methodologies of Multi-Omics Data Integration and Data Mining: Techniques and Applications (англ) . Сінгапур: Springer. с. 167. ISBN 978-981-19-8209-5.
Setubal, João Carlos; Stoye, Jens; Stadler, Peter F., ред. (2018). Comparative genomics: methods and protocols. Methods in molecular biology. New York, NY: Humana Press. ISBN 978-1-4939-7461-0.
Stefan Jurga, Jan Barciszewski (2021). Epitranscriptomics. RNA Technologies (RNATECHN, volume 12) (англ) . Springer. с. 632. ISBN 978-3-030-71611-0.

taylorfrancis.com

Wang, Xinkun (6 липня 2023). Next-Generation Sequencing Data Analysis (вид. 2). New York: CRC Press. doi:10.1201/9780429329180. ISBN 978-0-429-32918-0.

technologynetworks.com

An Overview of Next-Generation Sequencing. Genomics Research from Technology Networks (англ.). Процитовано 12 червня 2023.

vu.lt

journals.vu.lt

Gasperskaja, Evelina; Kučinskas, Vaidutis (25 квітня 2017). The most common technologies and tools for functional genome analysis. Acta medica Lituanica. Т. 24, № 1. с. 1—11. doi:10.6001/actamedica.v24i1.3457. ISSN 2029-4174. PMC 5467957. PMID 28630587. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)

wiley.com

onlinelibrary.wiley.com

Nusrat, S.; Harbig, T.; Gehlenborg, N. (2019-06). Tasks, Techniques, and Tools for Genomic Data Visualization. Computer Graphics Forum (англ.). Т. 38, № 3. с. 781—805. doi:10.1111/cgf.13727. ISSN 0167-7055. PMC 6876635. PMID 31768085. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Anderson, N. Leigh; Anderson, Norman G. (1998-08). Proteome and proteomics: New technologies, new concepts, and new words. Electrophoresis (англ.). Т. 19, № 11. с. 1853—1861. doi:10.1002/elps.1150191103. ISSN 0173-0835. Процитовано 11 червня 2023.
Miyoshi, Eiji; Kamada, Yoshihiro; Suzuki, Tadashi (2020-02). Functional glycomics: Application to medical science and hepatology. Hepatology Research (англ.). Т. 50, № 2. с. 153—164. doi:10.1111/hepr.13459. ISSN 1386-6346. Процитовано 11 червня 2023.

wires.onlinelibrary.wiley.com

Trixl, Lukas; Lusser, Alexandra (2019-01). The dynamic RNA modification 5‐methylcytosine and its emerging role as an epitranscriptomic mark. WIREs RNA (англ.). Т. 10, № 1. doi:10.1002/wrna.1510. ISSN 1757-7004. PMC 6492194. PMID 30311405. Процитовано 10 вересня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)

worldcat.org

Babu, Mohan; Snyder, Michael (2023-06). Multi-Omics Profiling for Health. Molecular & Cellular Proteomics. Т. 22, № 6. с. 100561. doi:10.1016/j.mcpro.2023.100561. ISSN 1535-9476. PMC 10220275. PMID 37119971. Процитовано 14 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Hasin, Yehudit; Seldin, Marcus; Lusis, Aldons (5 травня 2017). Multi-omics approaches to disease. Genome Biology. Т. 18, № 1. с. 83. doi:10.1186/s13059-017-1215-1. ISSN 1474-760X. PMC 5418815. PMID 28476144. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Pinu, Farhana R.; Beale, David J.; Paten, Amy M.; Kouremenos, Konstantinos; Swarup, Sanjay; Schirra, Horst J.; Wishart, David (2019-04). Systems Biology and Multi-Omics Integration: Viewpoints from the Metabolomics Research Community. Metabolites (англ.). Т. 9, № 4. с. 76. doi:10.3390/metabo9040076. ISSN 2218-1989. PMC 6523452. PMID 31003499. Процитовано 14 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Hood, Leroy; Tian, Qiang (1 серпня 2012). Systems Approaches to Biology and Disease Enable Translational Systems Medicine. Genomics, Proteomics & Bioinformatics (англ.). Т. 10, № 4. с. 181—185. doi:10.1016/j.gpb.2012.08.004. ISSN 1672-0229. PMC 3844613. PMID 23084773. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Bersanelli, Matteo; Mosca, Ettore; Remondini, Daniel; Giampieri, Enrico; Sala, Claudia; Castellani, Gastone; Milanesi, Luciano (20 січня 2016). Methods for the integration of multi-omics data: mathematical aspects. BMC Bioinformatics. Т. 17, № 2. с. S15. doi:10.1186/s12859-015-0857-9. ISSN 1471-2105. PMC 4959355. PMID 26821531. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Subramanian, Indhupriya; Verma, Srikant; Kumar, Shiva; Jere, Abhay; Anamika, Krishanpal (2020-01). Multi-omics Data Integration, Interpretation, and Its Application. Bioinformatics and Biology Insights (англ.). Т. 14. с. 117793221989905. doi:10.1177/1177932219899051. ISSN 1177-9322. PMC 7003173. PMID 32076369. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Mavromatis, Lucas A.; Rosoff, Daniel B.; Bell, Andrew S.; Jung, Jeesun; Wagner, Josephin; Lohoff, Falk W. (19 квітня 2023). Multi-omic underpinnings of epigenetic aging and human longevity. Nature Communications (англ.). Т. 14, № 1. с. 2236. doi:10.1038/s41467-023-37729-w. ISSN 2041-1723. Процитовано 11 червня 2023.
Hood, Leroy; Flores, Mauricio (15 вересня 2012). A personal view on systems medicine and the emergence of proactive P4 medicine: predictive, preventive, personalized and participatory. New Biotechnology (англ.). Т. 29, № 6. с. 613—624. doi:10.1016/j.nbt.2012.03.004. ISSN 1871-6784. Процитовано 11 червня 2023.
He, Feng Q.; Ollert, Markus; Balling, Rudi; Bode, Sebastian F. N.; Delhalle, Sylvie (6 лютого 2018). A roadmap towards personalized immunology. NPJ Systems Biology and Applications. 4 (1): 9. doi:10.1038/s41540-017-0045-9. ISSN 2056-7189. PMC 5802799. PMID 29423275.
Hu, Cheng; Jia, Weiping (18 серпня 2021). Multi-omics profiling: the way toward precision medicine in metabolic diseases. Journal of Molecular Cell Biology. doi:10.1093/jmcb/mjab051. ISSN 1674-2788. PMC 8697344. PMID 34406397. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Wang, Bo; Mezlini, Aziz M.; Demir, Feyyaz; Fiume, Marc; Tu, Zhuowen; Brudno, Michael; Haibe-Kains, Benjamin; Goldenberg, Anna (2014-03). Similarity network fusion for aggregating data types on a genomic scale. Nature Methods (англ.). Т. 11, № 3. с. 333—337. doi:10.1038/nmeth.2810. ISSN 1548-7105. Процитовано 11 червня 2023.
International Human Genome Sequencing Consortium (2004-10). Finishing the euchromatic sequence of the human genome. Nature (англ.). Т. 431, № 7011. с. 931—945. doi:10.1038/nature03001. ISSN 1476-4687. Процитовано 11 червня 2023.
Austin-Tse, Christina A.; Jobanputra, Vaidehi; Perry, Denise L.; Bick, David; Taft, Ryan J.; Venner, Eric; Gibbs, Richard A.; Young, Ted; Barnett, Sarah (8 квітня 2022). Best practices for the interpretation and reporting of clinical whole genome sequencing. npj Genomic Medicine (англ.). Т. 7, № 1. с. 1—13. doi:10.1038/s41525-022-00295-z. ISSN 2056-7944. Процитовано 11 червня 2023.
Uelze, Laura; Grützke, Josephine; Borowiak, Maria; Hammerl, Jens Andre; Juraschek, Katharina; Deneke, Carlus; Tausch, Simon H.; Malorny, Burkhard (2020-12). Typing methods based on whole genome sequencing data. One Health Outlook (англ.). Т. 2, № 1. doi:10.1186/s42522-020-0010-1. ISSN 2524-4655. PMC 7993478. PMID 33829127. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Uffelmann, Emil; Huang, Qin Qin; Munung, Nchangwi Syntia; de Vries, Jantina; Okada, Yukinori; Martin, Alicia R.; Martin, Hilary C.; Lappalainen, Tuuli; Posthuma, Danielle (26 серпня 2021). Genome-wide association studies. Nature Reviews Methods Primers (англ.). Т. 1, № 1. с. 1—21. doi:10.1038/s43586-021-00056-9. ISSN 2662-8449. Процитовано 11 червня 2023.
Genereux, Diane P.; Serres, Aitor; Armstrong, Joel; Johnson, Jeremy; Marinescu, Voichita D.; Murén, Eva; Juan, David; Bejerano, Gill; Casewell, Nicholas R. (2020-11). A comparative genomics multitool for scientific discovery and conservation. Nature (англ.). Т. 587, № 7833. с. 240—245. doi:10.1038/s41586-020-2876-6. ISSN 1476-4687. Процитовано 11 червня 2023.
Gasperskaja, Evelina; Kučinskas, Vaidutis (25 квітня 2017). The most common technologies and tools for functional genome analysis. Acta medica Lituanica. Т. 24, № 1. с. 1—11. doi:10.6001/actamedica.v24i1.3457. ISSN 2029-4174. PMC 5467957. PMID 28630587. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Nusrat, S.; Harbig, T.; Gehlenborg, N. (2019-06). Tasks, Techniques, and Tools for Genomic Data Visualization. Computer Graphics Forum (англ.). Т. 38, № 3. с. 781—805. doi:10.1111/cgf.13727. ISSN 0167-7055. PMC 6876635. PMID 31768085. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Bannister, Andrew J.; Kouzarides, Tony (2011-03). Regulation of chromatin by histone modifications. Cell Research (англ.). Т. 21, № 3. с. 381—395. doi:10.1038/cr.2011.22. ISSN 1748-7838. PMC 3193420. PMID 21321607. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Papanicolau-Sengos, Antonios; Aldape, Kenneth (24 січня 2022). DNA Methylation Profiling: An Emerging Paradigm for Cancer Diagnosis. Annual Review of Pathology: Mechanisms of Disease (англ.). Т. 17, № 1. с. 295—321. doi:10.1146/annurev-pathol-042220-022304. ISSN 1553-4006. Процитовано 6 вересня 2023.
Androvic, Peter; Benesova, Sarka; Rohlova, Eva; Kubista, Mikael; Valihrach, Lukas (2022-04). Small RNA-Sequencing for Analysis of Circulating miRNAs. The Journal of Molecular Diagnostics. Т. 24, № 4. с. 386—394. doi:10.1016/j.jmoldx.2021.12.006. ISSN 1525-1578. Процитовано 6 вересня 2023.
Li, Jia; Zhang, Zhirong; Zhuang, Yinghua; Wang, Fengchao; Cai, Tao (9 травня 2023). Small RNA transcriptome analysis using parallel single-cell small RNA sequencing. Scientific Reports (англ.). Т. 13, № 1. с. 7501. doi:10.1038/s41598-023-34390-7. ISSN 2045-2322. Процитовано 6 вересня 2023.
Mattick, John S.; Amaral, Paulo P.; Carninci, Piero; Carpenter, Susan; Chang, Howard Y.; Chen, Ling-Ling; Chen, Runsheng; Dean, Caroline; Dinger, Marcel E. (2023-06). Long non-coding RNAs: definitions, functions, challenges and recommendations. Nature Reviews Molecular Cell Biology (англ.). Т. 24, № 6. с. 430—447. doi:10.1038/s41580-022-00566-8. ISSN 1471-0080. PMC 10213152. PMID 36596869. Процитовано 6 вересня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Wang, Zhong; Gerstein, Mark; Snyder, Michael (2009-01). RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics. Nature Reviews Genetics (англ.). Т. 10, № 1. с. 57—63. doi:10.1038/nrg2484. ISSN 1471-0064. PMC 2949280. PMID 19015660. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Stark, Rory; Grzelak, Marta; Hadfield, James (2019-11). RNA sequencing: the teenage years. Nature Reviews Genetics (англ.). Т. 20, № 11. с. 631—656. doi:10.1038/s41576-019-0150-2. ISSN 1471-0064. Процитовано 11 червня 2023.
Kumar, Suresh; Mohapatra, Trilochan (2021). Deciphering Epitranscriptome: Modification of mRNA Bases Provides a New Perspective for Post-transcriptional Regulation of Gene Expression. Frontiers in Cell and Developmental Biology. Т. 9. doi:10.3389/fcell.2021.628415. ISSN 2296-634X. PMC 8010680. PMID 33816473. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Shen, Lisha; Ma, Jinqi; Li, Ping; Wu, Yujin; Yu, Hao (7 березня 2023). Recent advances in the plant epitranscriptome. Genome Biology (англ.). Т. 24, № 1. doi:10.1186/s13059-023-02872-6. ISSN 1474-760X. PMC 9990323. PMID 36882788. Процитовано 10 вересня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Matsumura, Yoshihiro; Wei, Fan-Yan; Sakai, Juro (2023-03). Epitranscriptomics in metabolic disease. Nature Metabolism (англ.). Т. 5, № 3. с. 370—384. doi:10.1038/s42255-023-00764-4. ISSN 2522-5812. Процитовано 11 червня 2023.
Xia, Zhen; Tang, Min; Ma, Jiayan; Zhang, Hongyan та ін. (28 червня 2021). Epitranscriptomic editing of the RNA N6-methyladenosine modification by dCasRx conjugated methyltransferase and demethylase. Nucleic Acids Research. Т. 49, № 13. doi:10.1093/nar/gkab517. ISSN 0305-1048. Процитовано 10 вересня 2023. {{cite news}}: Явне використання «та ін.» у: |first4= (довідка)
Liang, Zhanmin; Ye, Haokai; Ma, Jiongming; Wei, Zhen; Wang, Yue; Zhang, Yuxin; Huang, Daiyun; Song, Bowen; Meng, Jia (17 серпня 2023). m6A-Atlas v2.0: updated resources for unraveling the N6-methyladenosine (m6A) epitranscriptome among multiple species. Nucleic Acids Research. doi:10.1093/nar/gkad691. ISSN 0305-1048. Процитовано 10 вересня 2023.
Trixl, Lukas; Lusser, Alexandra (2019-01). The dynamic RNA modification 5‐methylcytosine and its emerging role as an epitranscriptomic mark. WIREs RNA (англ.). Т. 10, № 1. doi:10.1002/wrna.1510. ISSN 1757-7004. PMC 6492194. PMID 30311405. Процитовано 10 вересня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Ma, Jiongming; Song, Bowen; Wei, Zhen; Huang, Daiyun; Zhang, Yuxin; Su, Jionglong; de Magalhães, João Pedro; Rigden, Daniel J; Meng, Jia (7 січня 2022). m5C-Atlas: a comprehensive database for decoding and annotating the 5-methylcytosine (m5C) epitranscriptome. Nucleic Acids Research (англ.). Т. 50, № D1. с. D196—D203. doi:10.1093/nar/gkab1075. ISSN 0305-1048. Процитовано 10 вересня 2023.
Zhang, Yuexiu; Zhang, Li-Sheng; Dai, Qing; Chen, Phylip; Lu, Mijia; Kairis, Elizabeth L.; Murugaiah, Valarmathy; Xu, Jiayu; Shukla, Rajni Kant (18 жовтня 2022). 5-methylcytosine (m 5 C) RNA modification controls the innate immune response to virus infection by regulating type I interferons. Proceedings of the National Academy of Sciences (англ.). Т. 119, № 42. doi:10.1073/pnas.2123338119. ISSN 0027-8424. PMC 9586267. Процитовано 10 вересня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Dominissini, Dan; Moshitch-Moshkovitz, Sharon; Schwartz, Schraga; Salmon-Divon, Mali; Ungar, Lior; Osenberg, Sivan; Cesarkas, Karen; Jacob-Hirsch, Jasmine; Amariglio, Ninette (2012-05). Topology of the human and mouse m6A RNA methylomes revealed by m6A-seq. Nature (англ.). Т. 485, № 7397. с. 201—206. doi:10.1038/nature11112. ISSN 1476-4687. Процитовано 10 вересня 2023.
McIntyre, Alexa B. R.; Gokhale, Nandan S.; Cerchietti, Leandro; Jaffrey, Samie R.; Horner, Stacy M.; Mason, Christopher E. (20 квітня 2020). Limits in the detection of m6A changes using MeRIP/m6A-seq. Scientific Reports (англ.). Т. 10, № 1. с. 6590. doi:10.1038/s41598-020-63355-3. ISSN 2045-2322. Процитовано 10 вересня 2023.
Winans, Shelby; Beemon, Karen (2019-08). m5C Goes Viral. Cell Host & Microbe. Т. 26, № 2. с. 154—155. doi:10.1016/j.chom.2019.07.019. ISSN 1931-3128. Процитовано 10 вересня 2023.
He, Zhizhou; Xu, Jing; Shi, Haoran; Wu, Shuxiang (2022-04). m5CRegpred: Epitranscriptome Target Prediction of 5-Methylcytosine (m5C) Regulators Based on Sequencing Features. Genes (англ.). Т. 13, № 4. с. 677. doi:10.3390/genes13040677. ISSN 2073-4425. PMC 9025882. PMID 35456483. Процитовано 10 вересня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Anderson, N. Leigh; Anderson, Norman G. (1998-08). Proteome and proteomics: New technologies, new concepts, and new words. Electrophoresis (англ.). Т. 19, № 11. с. 1853—1861. doi:10.1002/elps.1150191103. ISSN 0173-0835. Процитовано 11 червня 2023.
Specht, Harrison; Slavov, Nikolai (3 серпня 2018). Transformative Opportunities for Single-Cell Proteomics. Journal of Proteome Research (англ.). Т. 17, № 8. с. 2565—2571. doi:10.1021/acs.jproteome.8b00257. ISSN 1535-3893. PMC 6089608. PMID 29945450. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Cui, Miao; Cheng, Chao; Zhang, Lanjing (2022-11). High-throughput proteomics: a methodological mini-review. Laboratory Investigation (англ.). Т. 102, № 11. с. 1170—1181. doi:10.1038/s41374-022-00830-7. ISSN 1530-0307. Процитовано 11 червня 2023.
Dupree, Emmalyn J.; Jayathirtha, Madhuri; Yorkey, Hannah; Mihasan, Marius; Petre, Brindusa Alina; Darie, Costel C. (2020-09). A Critical Review of Bottom-Up Proteomics: The Good, the Bad, and the Future of This Field. Proteomes (англ.). Т. 8, № 3. с. 14. doi:10.3390/proteomes8030014. ISSN 2227-7382. PMC 7564415. PMID 32640657. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Rosenberger, Florian A.; Thielert, Marvin; Mann, Matthias (2023-03). Making single-cell proteomics biologically relevant. Nature Methods (англ.). Т. 20, № 3. с. 320—323. doi:10.1038/s41592-023-01771-9. ISSN 1548-7105. Процитовано 11 червня 2023.
Gstaiger, Matthias; Aebersold, Ruedi (2009-09). Applying mass spectrometry-based proteomics to genetics, genomics and network biology. Nature Reviews Genetics (англ.). Т. 10, № 9. с. 617—627. doi:10.1038/nrg2633. ISSN 1471-0064. Процитовано 11 червня 2023.
Aebersold, Ruedi; Mann, Matthias (2016-09). Mass-spectrometric exploration of proteome structure and function. Nature (англ.). Т. 537, № 7620. с. 347—355. doi:10.1038/nature19949. ISSN 1476-4687. Процитовано 11 червня 2023.
Kustatscher, Georg; Collins, Tom; Gingras, Anne-Claude; Guo, Tiannan; Hermjakob, Henning; Ideker, Trey; Lilley, Kathryn S.; Lundberg, Emma; Marcotte, Edward M. (2022-07). Understudied proteins: opportunities and challenges for functional proteomics. Nature Methods (англ.). Т. 19, № 7. с. 774—779. doi:10.1038/s41592-022-01454-x. ISSN 1548-7105. Процитовано 6 вересня 2023.
Van den Broeck, Lisa; Bhosale, Dinesh Kiran; Song, Kuncheng; Fonseca de Lima, Cássio Flavio; Ashley, Michael; Zhu, Tingting; Zhu, Shanshuo; Van De Cotte, Brigitte; Neyt, Pia (3 серпня 2023). Functional annotation of proteins for signaling network inference in non-model species. Nature Communications (англ.). Т. 14, № 1. doi:10.1038/s41467-023-40365-z. ISSN 2041-1723. Процитовано 10 вересня 2023.
Wenk, Markus R. (2005-07). The emerging field of lipidomics. Nature Reviews Drug Discovery (англ.). Т. 4, № 7. с. 594—610. doi:10.1038/nrd1776. ISSN 1474-1784. Процитовано 11 червня 2023.
Wu, Zhuojun; Bagarolo, Giulia Ilaria; Thoröe-Boveleth, Sven; Jankowski, Joachim (1 січня 2020). “Lipidomics”: Mass spectrometric and chemometric analyses of lipids. Advanced Drug Delivery Reviews (англ.). Т. 159. с. 294—307. doi:10.1016/j.addr.2020.06.009. ISSN 0169-409X. Процитовано 11 червня 2023.
Han, Xianlin; Gross, Richard W. (2022-02). The foundations and development of lipidomics. Journal of Lipid Research. Т. 63, № 2. с. 100164. doi:10.1016/j.jlr.2021.100164. ISSN 0022-2275. PMC 8953652. PMID 34953866. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Kyle, Jennifer E.; Stratton, Kelly G.; Zink, Erika M.; Kim, Young-Mo; Bloodsworth, Kent J.; Monroe, Matthew E.; Waters, Katrina M.; Webb-Robertson, Bobbie-Jo M.; Koeller, David M. (21 квітня 2021). A resource of lipidomics and metabolomics data from individuals with undiagnosed diseases. Scientific Data (англ.). Т. 8, № 1. с. 114. doi:10.1038/s41597-021-00894-y. ISSN 2052-4463. Процитовано 11 червня 2023.
Raman, Rahul; Raguram, S.; Venkataraman, Ganesh; Paulson, James C.; Sasisekharan, Ram (2005-11). Glycomics: an integrated systems approach to structure-function relationships of glycans. Nature Methods (англ.). Т. 2, № 11. с. 817—824. doi:10.1038/nmeth807. ISSN 1548-7105. Процитовано 11 червня 2023.
Miyoshi, Eiji; Kamada, Yoshihiro; Suzuki, Tadashi (2020-02). Functional glycomics: Application to medical science and hepatology. Hepatology Research (англ.). Т. 50, № 2. с. 153—164. doi:10.1111/hepr.13459. ISSN 1386-6346. Процитовано 11 червня 2023.
Park, Heajin; Jung, Jaesoo; Rodrigues, Emily; Kitova, Elena N.; Macauley, Matthew S.; Klassen, John S. (20 жовтня 2020). Mass Spectrometry-Based Shotgun Glycomics for Discovery of Natural Ligands of Glycan-Binding Proteins. Analytical Chemistry (англ.). Т. 92, № 20. с. 14012—14020. doi:10.1021/acs.analchem.0c02931. ISSN 0003-2700. Процитовано 11 червня 2023.
de Haan, N.; Wuhrer, M.; Ruhaak, L. R. (1 листопада 2020). Mass spectrometry in clinical glycomics: The path from biomarker identification to clinical implementation. Clinical Mass Spectrometry (англ.). Т. 18. с. 1—12. doi:10.1016/j.clinms.2020.08.001. ISSN 2376-9998. PMC 8600986. PMID 34820521. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Wishart, David S. (2016-07). Emerging applications of metabolomics in drug discovery and precision medicine. Nature Reviews Drug Discovery (англ.). Т. 15, № 7. с. 473—484. doi:10.1038/nrd.2016.32. ISSN 1474-1784. Процитовано 11 червня 2023.
Alseekh, Saleh; Aharoni, Asaph; Brotman, Yariv; Contrepois, Kévin; D’Auria, John; Ewald, Jan; C. Ewald, Jennifer; Fraser, Paul D.; Giavalisco, Patrick (2021-07). Mass spectrometry-based metabolomics: a guide for annotation, quantification and best reporting practices. Nature Methods (англ.). Т. 18, № 7. с. 747—756. doi:10.1038/s41592-021-01197-1. ISSN 1548-7105. Процитовано 12 червня 2023.
Rivas, Javier De Las; Fontanillo, Celia (24 черв. 2010 р.). Protein–Protein Interactions Essentials: Key Concepts to Building and Analyzing Interactome Networks. PLOS Computational Biology (англ.). Т. 6, № 6. с. e1000807. doi:10.1371/journal.pcbi.1000807. ISSN 1553-7358. PMC 2891586. PMID 20589078. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Sharifi Tabar, Mehdi; Parsania, Chirag; Chen, Hong; Su, Xiao-Dong; Bailey, Charles G.; Rasko, John E. J. (22 серпня 2022). Illuminating the dark protein-protein interactome. Cell Reports Methods (англ.). Т. 2, № 8. с. 100275. doi:10.1016/j.crmeth.2022.100275. ISSN 2667-2375. PMC 9421580. PMID 36046620. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Hicks, Kevin G.; Cluntun, Ahmad A.; Schubert, Heidi L.; Hackett, Sean R.; Berg, Jordan A.; Leonard, Paul G.; Ajalla Aleixo, Mariana A.; Zhou, Youjia; Bott, Alex J. (10 березня 2023). Protein-metabolite interactomics of carbohydrate metabolism reveal regulation of lactate dehydrogenase. Science (англ.). Т. 379, № 6636. с. 996—1003. doi:10.1126/science.abm3452. ISSN 0036-8075. Процитовано 11 червня 2023.
Burton, Antony J.; Haugbro, Michael; Gates, Leah A.; Bagert, John D.; Allis, C. David; Muir, Tom W. (2020-06). In situ chromatin interactomics using a chemical bait and trap approach. Nature Chemistry (англ.). Т. 12, № 6. с. 520—527. doi:10.1038/s41557-020-0474-8. ISSN 1755-4349. Процитовано 11 червня 2023.
Plotnikova, Olga; Baranova, Ancha; Skoblov, Mikhail (2019). Comprehensive Analysis of Human microRNA–mRNA Interactome. Frontiers in Genetics. Т. 10. doi:10.3389/fgene.2019.00933. ISSN 1664-8021. PMC 6792129. PMID 31649721. Процитовано 14 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
James, Katherine; Muñoz-Muñoz, Jose (26 квітня 2022). Gilbert, Jack A. (ред.). Computational Network Inference for Bacterial Interactomics. mSystems (англ.). Т. 7, № 2. doi:10.1128/msystems.01456-21. ISSN 2379-5077. PMC 9040873. PMID 35353009. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Vidal, Marc; Cusick, Michael E.; Barabási, Albert-László (2011-03). Interactome Networks and Human Disease. Cell. Т. 144, № 6. с. 986—998. doi:10.1016/j.cell.2011.02.016. ISSN 0092-8674. PMC 3102045. PMID 21414488. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Nkera-Gutabara, C. K.; Kerr, R.; Scholefield, J.; Hazelhurst, S.; Naidoo, J. (2022). Microbiomics: The Next Pillar of Precision Medicine and Its Role in African Healthcare. Frontiers in Genetics. Т. 13. doi:10.3389/fgene.2022.869610. ISSN 1664-8021. PMC 9037082. PMID 35480328. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Vecherskii, M. V.; Semenov, M. V.; Lisenkova, A. A.; Stepankov, A. A. (1 грудня 2021). Metagenomics: A New Direction in Ecology. Biology Bulletin (англ.). Т. 48, № 3. с. S107—S117. doi:10.1134/S1062359022010150. ISSN 1608-3059. Процитовано 11 червня 2023.
Breitwieser, Florian P; Lu, Jennifer; Salzberg, Steven L (19 липня 2019). A review of methods and databases for metagenomic classification and assembly. Briefings in Bioinformatics (англ.). Т. 20, № 4. с. 1125—1136. doi:10.1093/bib/bbx120. ISSN 1467-5463. PMC 6781581. PMID 29028872. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Handelsman, Jo (2004-12). Metagenomics: Application of Genomics to Uncultured Microorganisms. Microbiology and Molecular Biology Reviews (англ.). Т. 68, № 4. с. 669—685. doi:10.1128/MMBR.68.4.669-685.2004. ISSN 1092-2172. PMC 539003. PMID 15590779. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Chiu, Charles Y.; Miller, Steven A. (2019-06). Clinical metagenomics. Nature Reviews Genetics (англ.). Т. 20, № 6. с. 341—355. doi:10.1038/s41576-019-0113-7. ISSN 1471-0064. PMC 6858796. PMID 30918369. Процитовано 11 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Shakya, Migun; Lo, Chien-Chi; Chain, Patrick S. G. (25 вересня 2019). Advances and Challenges in Metatranscriptomic Analysis. Frontiers in Genetics. Т. 10. doi:10.3389/fgene.2019.00904. ISSN 1664-8021. PMC 6774269. PMID 31608125. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Terrón-Camero, Laura C.; Gordillo-González, Fernando; Salas-Espejo, Eduardo; Andrés-León, Eduardo (2022-12). Comparison of Metagenomics and Metatranscriptomics Tools: A Guide to Making the Right Choice. Genes (англ.). Т. 13, № 12. с. 2280. doi:10.3390/genes13122280. ISSN 2073-4425. PMC 9777648. PMID 36553546. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Van Den Bossche, Tim; Arntzen, Magnus Ø.; Becher, Dörte; Benndorf, Dirk; Eijsink, Vincent G. H.; Henry, Céline; Jagtap, Pratik D.; Jehmlich, Nico; Juste, Catherine (2021-12). The Metaproteomics Initiative: a coordinated approach for propelling the functional characterization of microbiomes. Microbiome (англ.). Т. 9, № 1. doi:10.1186/s40168-021-01176-w. ISSN 2049-2618. PMC 8690404. PMID 34930457. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Stamboulian, Moses; Canderan, Jamie; Ye, Yuzhen (18 бер. 2022 р.). Metaproteomics as a tool for studying the protein landscape of human-gut bacterial species. PLOS Computational Biology (англ.). Т. 18, № 3. с. e1009397. doi:10.1371/journal.pcbi.1009397. ISSN 1553-7358. PMC 8967034. PMID 35302987. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Henry, Céline; Bassignani, Ariane; Berland, Magali; Langella, Olivier; Sokol, Harry; Juste, Catherine (2022-01). Modern Metaproteomics: A Unique Tool to Characterize the Active Microbiome in Health and Diseases, and Pave the Road towards New Biomarkers—Example of Crohn’s Disease and Ulcerative Colitis Flare-Ups. Cells (англ.). Т. 11, № 8. с. 1340. doi:10.3390/cells11081340. ISSN 2073-4409. PMC 9028112. PMID 35456018. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Mardis, Elaine R. (1 вересня 2008). Next-Generation DNA Sequencing Methods. Annual Review of Genomics and Human Genetics (англ.). Т. 9, № 1. с. 387—402. doi:10.1146/annurev.genom.9.081307.164359. ISSN 1527-8204. Процитовано 12 червня 2023.
Shendure, Jay; Ji, Hanlee (2008-10). Next-generation DNA sequencing. Nature Biotechnology (англ.). Т. 26, № 10. с. 1135—1145. doi:10.1038/nbt1486. ISSN 1546-1696. Процитовано 12 червня 2023.
Cheng, Chu; Fei, Zhongjie; Xiao, Pengfeng (2023). Methods to improve the accuracy of next-generation sequencing. Frontiers in Bioengineering and Biotechnology. Т. 11. doi:10.3389/fbioe.2023.982111. ISSN 2296-4185. PMC 9895957. PMID 36741756. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Pervez, Muhammad Tariq; Hasnain, Mirza Jawad ul; Abbas, Syed Hassan; Moustafa, Mahmoud F.; Aslam, Naeem; Shah, Syed Shah Muhammad (29 вересня 2022). A Comprehensive Review of Performance of Next-Generation Sequencing Platforms. BioMed Research International (англ.). Т. 2022. с. e3457806. doi:10.1155/2022/3457806. ISSN 2314-6133. PMC 9537002. PMID 36212714. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Schena, Mark; Shalon, Dari; Davis, Ronald W.; Brown, Patrick O. (20 жовтня 1995). Quantitative Monitoring of Gene Expression Patterns with a Complementary DNA Microarray. Science (англ.). Т. 270, № 5235. с. 467—470. doi:10.1126/science.270.5235.467. ISSN 0036-8075. Процитовано 12 червня 2023.
Bersanelli, Matteo; Mosca, Ettore; Remondini, Daniel; Giampieri, Enrico; Sala, Claudia; Castellani, Gastone; Milanesi, Luciano (20 січня 2016). Methods for the integration of multi-omics data: mathematical aspects. BMC Bioinformatics. Т. 17, № 2. с. S15. doi:10.1186/s12859-015-0857-9. ISSN 1471-2105. PMC 4959355. PMID 26821531. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Vasaikar, Suhas V.; Savage, Adam K.; Gong, Qiuyu; Swanson, Elliott; Talla, Aarthi; Lord, Cara; Heubeck, Alexander T.; Reading, Julian; Graybuck, Lucas T. (27 березня 2023). A comprehensive platform for analyzing longitudinal multi-omics data. Nature Communications (англ.). Т. 14, № 1. с. 1684. doi:10.1038/s41467-023-37432-w. ISSN 2041-1723. Процитовано 12 червня 2023.
Zhou, Guangyan; Pang, Zhiqiang; Lu, Yao; Ewald, Jessica; Xia, Jianguo (5 липня 2022). OmicsNet 2.0: a web-based platform for multi-omics integration and network visual analytics. Nucleic Acids Research (англ.). Т. 50, № W1. с. W527—W533. doi:10.1093/nar/gkac376. ISSN 0305-1048. PMC 9252810. PMID 35639733. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Conesa, Ana; Beck, Stephan (31 жовтня 2019). Making multi-omics data accessible to researchers. Scientific Data (англ.). Т. 6, № 1. с. 251. doi:10.1038/s41597-019-0258-4. ISSN 2052-4463. Процитовано 12 червня 2023.
Arjmand, Babak; Hamidpour, Shayesteh Kokabi; Tayanloo-Beik, Akram; Goodarzi, Parisa; Aghayan, Hamid Reza; Adibi, Hossein; Larijani, Bagher (2022). Machine Learning: A New Prospect in Multi-Omics Data Analysis of Cancer. Frontiers in Genetics. Т. 13. doi:10.3389/fgene.2022.824451. ISSN 1664-8021. PMC 8829119. PMID 35154283. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Garmire, Lana X.; Chaudhary, Kumardeep; Huang, Sijia (2017). More Is Better: Recent Progress in Multi-Omics Data Integration Methods. Frontiers in Genetics (English) . 8: 84. doi:10.3389/fgene.2017.00084. ISSN 1664-8021. PMC 5472696. PMID 28670325.
Lin, Eugene; Lane, Hsien-Yuan (20 січня 2017). Machine learning and systems genomics approaches for multi-omics data. Biomarker Research. 5 (1): 2. doi:10.1186/s40364-017-0082-y. ISSN 2050-7771. PMC 5251341. PMID 28127429.{{cite journal}}: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Hu, Youjin; An, Qin; Sheu, Katherine; Trejo, Brandon; Fan, Shuxin; Guo, Ying (20 квітня 2018). Single Cell Multi-Omics Technology: Methodology and Application. Frontiers in Cell and Developmental Biology. 6: 28. doi:10.3389/fcell.2018.00028. ISSN 2296-634X. PMC 5919954. PMID 29732369.
A focus on single-cell omics. Nature Reviews Genetics (англ.). Т. 24, № 8. 2023-08. с. 485—485. doi:10.1038/s41576-023-00628-3. ISSN 1471-0064. Процитовано 6 серпня 2023.
Baysoy, Alev; Bai, Zhiliang; Satija, Rahul; Fan, Rong (2023-10). The technological landscape and applications of single-cell multi-omics. Nature Reviews Molecular Cell Biology (англ.). Т. 24, № 10. с. 695—713. doi:10.1038/s41580-023-00615-w. ISSN 1471-0080. Процитовано 8 грудня 2023.
Vandereyken, Katy; Sifrim, Alejandro; Thienpont, Bernard; Voet, Thierry (2 березня 2023). Methods and applications for single-cell and spatial multi-omics. Nature Reviews Genetics (англ.). с. 1—22. doi:10.1038/s41576-023-00580-2. ISSN 1471-0064. Процитовано 11 червня 2023.
Kester, Lennart Spanjaard, Bastiaan Bienko, Magda van Oudenaarden, Alexander Dey, Siddharth S (2015). Integrated genome and transcriptome sequencing of the same cell. Nature Biotechnology. 33 (3): 285—289. doi:10.1038/nbt.3129. OCLC 931063996. PMC 4374170. PMID 25599178.
Macaulay, Iain C; Teng, Mabel J; Haerty, Wilfried; Kumar, Parveen; Ponting, Chris P; Voet, Thierry (29 вересня 2016). Separation and parallel sequencing of the genomes and transcriptomes of single cells using G&T-seq. Nature Protocols. 11 (11): 2081—2103. doi:10.1038/nprot.2016.138. ISSN 1754-2189. PMID 27685099.
Tang, Fuchou; Wen, Lu; Li, Xianlong; Wu, Xinglong; Zhu, Ping; Guo, Hongshan (1 грудня 2013). Single-cell methylome landscapes of mouse embryonic stem cells and early embryos analyzed using reduced representation bisulfite sequencing. Genome Research. 23 (12): 2126—2135. doi:10.1101/gr.161679.113. ISSN 1088-9051. PMC 3847781. PMID 24179143.
Kelsey, Gavin; Reik, Wolf; Stegle, Oliver; Andrews, Simon R.; Julian Peat; Saadeh, Heba; Krueger, Felix; Angermueller, Christof; Lee, Heather J. (August 2014). Single-cell genome-wide bisulfite sequencing for assessing epigenetic heterogeneity. Nature Methods. 11 (8): 817—820. doi:10.1038/nmeth.3035. ISSN 1548-7105. PMC 4117646. PMID 25042786.
Angermueller, Christof; Clark, Stephen J; Lee, Heather J; Macaulay, Iain C; Teng, Mabel J; Hu, Tim Xiaoming; Krueger, Felix; Smallwood, Sébastien A; Ponting, Chris P (11 січня 2016). Parallel single-cell sequencing links transcriptional and epigenetic heterogeneity. Nature Methods. 13 (3): 229—232. doi:10.1038/nmeth.3728. ISSN 1548-7091. PMC 4770512. PMID 26752769.
Greenleaf, William J.; Chang, Howard Y.; Snyder, Michael P.; Michael L. Gonzales; Ruff, Dave; Litzenburger, Ulrike M.; Wu, Beijing; Buenrostro, Jason D. (July 2015). Single-cell chromatin accessibility reveals principles of regulatory variation. Nature. 523 (7561): 486—490. Bibcode:2015Natur.523..486B. doi:10.1038/nature14590. ISSN 1476-4687. PMC 4685948. PMID 26083756.
Fraser, Peter; Tanay, Amos; Laue, Ernest D.; Dean, Wendy; Yaffe, Eitan; Schoenfelder, Stefan; Stevens, Tim J.; Lubling, Yaniv; Nagano, Takashi (October 2013). Single-cell Hi-C reveals cell-to-cell variability in chromosome structure. Nature. 502 (7469): 59—64. Bibcode:2013Natur.502...59N. doi:10.1038/nature12593. ISSN 1476-4687. PMC 3869051. PMID 24067610.
Darmanis, Spyros; Gallant, Caroline Julie; Marinescu, Voichita Dana; Niklasson, Mia; Segerman, Anna; Flamourakis, Georgios; Fredriksson, Simon; Assarsson, Erika; Lundberg, Martin (12 січня 2016). Simultaneous Multiplexed Measurement of RNA and Proteins in Single Cells. Cell Reports. 14 (2): 380—389. doi:10.1016/j.celrep.2015.12.021. ISSN 2211-1247. PMC 4713867. PMID 26748716.
Gherardini, Pier Federico; Nolan, Garry P.; Chen, Shih-Yu; Hsieh, Elena W. Y.; Zunder, Eli R.; Bava, Felice-Alessio; Frei, Andreas P. (March 2016). Highly multiplexed simultaneous detection of RNAs and proteins in single cells. Nature Methods. 13 (3): 269—275. doi:10.1038/nmeth.3742. ISSN 1548-7105. PMC 4767631. PMID 26808670.
Assarsson, Erika; Lundberg, Martin; Holmquist, Göran; Björkesten, Johan; Bucht Thorsen, Stine; Ekman, Daniel; Eriksson, Anna; Rennel Dickens, Emma; Ohlsson, Sandra (22 квітня 2014). Homogenous 96-Plex PEA Immunoassay Exhibiting High Sensitivity, Specificity, and Excellent Scalability. PLOS ONE. 9 (4): e95192. Bibcode:2014PLoSO...995192A. doi:10.1371/journal.pone.0095192. ISSN 1932-6203. PMC 3995906. PMID 24755770.
Razzaq, Muhammad Khuram; Aleem, Muqadas; Mansoor, Shahid; Khan, Mueen Alam; Rauf, Saeed; Iqbal, Shahid; Siddique, Kadambot H. M. (2021-01). Omics and CRISPR-Cas9 Approaches for Molecular Insight, Functional Gene Analysis, and Stress Tolerance Development in Crops. International Journal of Molecular Sciences (англ.). Т. 22, № 3. с. 1292. doi:10.3390/ijms22031292. ISSN 1422-0067. PMC 7866018. PMID 33525517. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Hilton, Isaac B.; D'Ippolito, Anthony M.; Vockley, Christopher M.; Thakore, Pratiksha I.; Crawford, Gregory E.; Reddy, Timothy E.; Gersbach, Charles A. (2015-05). Epigenome editing by a CRISPR-Cas9-based acetyltransferase activates genes from promoters and enhancers. Nature Biotechnology (англ.). Т. 33, № 5. с. 510—517. doi:10.1038/nbt.3199. ISSN 1546-1696. PMC 4430400. PMID 25849900. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Shin, Hosub; Choi, Woo Lee; Lim, Joo Young; Huh, Jin Hoe (1 березня 2022). Epigenome editing: targeted manipulation of epigenetic modifications in plants. Genes & Genomics (англ.). Т. 44, № 3. с. 307—315. doi:10.1007/s13258-021-01199-5. ISSN 2092-9293. Процитовано 12 червня 2023.
Athieniti, Efi; Spyrou, George M. (1 січня 2023). A guide to multi-omics data collection and integration for translational medicine. Computational and Structural Biotechnology Journal (англ.). Т. 21. с. 134—149. doi:10.1016/j.csbj.2022.11.050. ISSN 2001-0370. PMC 9747357. PMID 36544480. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Cao, Zhi-Jie; Gao, Ge (2022-10). Multi-omics single-cell data integration and regulatory inference with graph-linked embedding. Nature Biotechnology (англ.). Т. 40, № 10. с. 1458—1466. doi:10.1038/s41587-022-01284-4. ISSN 1546-1696. Процитовано 12 червня 2023.
Vahabi, Nasim; Michailidis, George (2022). Unsupervised Multi-Omics Data Integration Methods: A Comprehensive Review. Frontiers in Genetics. Т. 13. doi:10.3389/fgene.2022.854752. ISSN 1664-8021. PMC 8981526. PMID 35391796. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Flores, Javier E.; Claborne, Daniel M.; Weller, Zachary D.; Webb-Robertson, Bobbie-Jo M.; Waters, Katrina M.; Bramer, Lisa M. (2023). Missing data in multi-omics integration: Recent advances through artificial intelligence. Frontiers in Artificial Intelligence. Т. 6. doi:10.3389/frai.2023.1098308. ISSN 2624-8212. PMC 9949722. PMID 36844425. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Lazar, C.; Meganck, S.; Taminau, J.; Steenhoff, D.; Coletta, A.; Molter, C.; Weiss-Solis, D. Y.; Duque, R.; Bersini, H. (1 липня 2013). Batch effect removal methods for microarray gene expression data integration: a survey. Briefings in Bioinformatics (англ.). Т. 14, № 4. с. 469—490. doi:10.1093/bib/bbs037. ISSN 1467-5463. Процитовано 12 червня 2023.
Donati, Stefano; Mattanovich, Matthias; Hjort, Pernille; Jacobsen, Simo Abdessamad Baallal; Blomquist, Sarah Dina; Mangaard, Drude; Gurdo, Nicolas; Pastor, Felix Pacheco; Maury, Jérôme (19 травня 2023). An automated workflow for multi-omics screening of microbial model organisms. npj Systems Biology and Applications (англ.). Т. 9, № 1. с. 1—12. doi:10.1038/s41540-023-00277-6. ISSN 2056-7189. Процитовано 15 вересня 2023.
Velten, Britta; Stegle, Oliver (14 вересня 2023). Principles and challenges of modeling temporal and spatial omics data. Nature Methods (англ.). с. 1—13. doi:10.1038/s41592-023-01992-y. ISSN 1548-7105. Процитовано 15 вересня 2023.
Hasin, Yehudit; Seldin, Marcus; Lusis, Aldons (5 травня 2017). Multi-omics approaches to disease. Genome Biology. Т. 18, № 1. с. 83. doi:10.1186/s13059-017-1215-1. ISSN 1474-760X. PMC 5418815. PMID 28476144. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Khan, Mohd M.; Ernst, Orna; Manes, Nathan P.; Oyler, Benjamin L.; Fraser, Iain D. C.; Goodlett, David R.; Nita-Lazar, Aleksandra (11 березня 2019). Multi-Omics Strategies Uncover Host–Pathogen Interactions. ACS Infectious Diseases. 5 (4): 493—505. doi:10.1021/acsinfecdis.9b00080. ISSN 2373-8227. PMID 30857388.
Aderem, Alan; Adkins, Joshua N.; Ansong, Charles; Galagan, James; Kaiser, Shari; Korth, Marcus J.; Law, G. Lynn; McDermott, Jason G.; Proll, Sean C. (1 лютого 2011). A Systems Biology Approach to Infectious Disease Research: Innovating the Pathogen-Host Research Paradigm. mBio. 2 (1): e00325-10. doi:10.1128/mbio.00325-10. ISSN 2150-7511. PMC 3034460. PMID 21285433.
Yan, Jingwen; Risacher, Shannon L; Shen, Li; Saykin, Andrew J. (30 червня 2017). Network approaches to systems biology analysis of complex disease: integrative methods for multi-omics data. Briefings in Bioinformatics. 19 (6): 1370—1381. doi:10.1093/bib/bbx066. ISSN 1467-5463. PMC 6454489. PMID 28679163.
Mavromatis, Lucas A.; Rosoff, Daniel B.; Bell, Andrew S.; Jung, Jeesun; Wagner, Josephin; Lohoff, Falk W. (19 квітня 2023). Multi-omic underpinnings of epigenetic aging and human longevity. Nature Communications (англ.). Т. 14, № 1. с. 2236. doi:10.1038/s41467-023-37729-w. ISSN 2041-1723. PMC 10115892. PMID 37076473. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Zhong, Yating; Peng, Yuzhong; Lin, Yanmei; Chen, Dingjia; Zhang, Hao; Zheng, Wen; Chen, Yuanyuan; Wu, Changliang (5 травня 2023). MODILM: towards better complex diseases classification using a novel multi-omics data integration learning model. BMC Medical Informatics and Decision Making (англ.). Т. 23, № 1. doi:10.1186/s12911-023-02173-9. ISSN 1472-6947. PMC 10161645. PMID 37147619. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Dar, Mashooq Ahmad; Arafah, Azher; Bhat, Kaisar Ahmad; Khan, Andleeb; Khan, Mosin Saleem; Ali, Aarif; Ahmad, Syed Mudasir; Rashid, Shahzada Mudasir; Rehman, Muneeb U (13 квітня 2023). Multiomics technologies: role in disease biomarker discoveries and therapeutics. Briefings in Functional Genomics (англ.). Т. 22, № 2. с. 76—96. doi:10.1093/bfgp/elac017. ISSN 2041-2649. Процитовано 12 червня 2023.
Babu, Mohan; Snyder, Michael (2023-06). Multi-Omics Profiling for Health. Molecular & Cellular Proteomics. Т. 22, № 6. с. 100561. doi:10.1016/j.mcpro.2023.100561. ISSN 1535-9476. PMC 10220275. PMID 37119971. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Paananen, Jussi; Fortino, Vittorio (1 грудня 2020). An omics perspective on drug target discovery platforms. Briefings in Bioinformatics (англ.). Т. 21, № 6. с. 1937—1953. doi:10.1093/bib/bbz122. ISSN 1467-5463. PMC 7711264. PMID 31774113. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Guo, Shicheng; Zhang, Dake; Wang, Hu; An, Qin; Yu, Guangchuang; Han, Junwei; Jiang, Chunjie; Huang, Jianfeng (21 лютого 2023). Editorial: Computational and systematic analysis of multi-omics data for drug discovery and development. Frontiers in Medicine. Т. 10. doi:10.3389/fmed.2023.1146896. ISSN 2296-858X. PMC 9989304. PMID 36895719. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Liu, Xiao-Ying; Mei, Xin-Yue (2023). Prediction of drug sensitivity based on multi-omics data using deep learning and similarity network fusion approaches. Frontiers in Bioengineering and Biotechnology. Т. 11. doi:10.3389/fbioe.2023.1156372. ISSN 2296-4185. PMC 10150883. PMID 37139048. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Wang, Conghao; Lye, Xintong; Kaalia, Rama; Kumar, Parvin; Rajapakse, Jagath C. (28 листопада 2022). Deep learning and multi-omics approach to predict drug responses in cancer. BMC Bioinformatics (англ.). Т. 22, № S10. doi:10.1186/s12859-022-04964-9. ISSN 1471-2105. PMC 9703655. PMID 36443676. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Proctor, Lita M.; Creasy, Heather H.; Fettweis, Jennifer M.; Lloyd-Price, Jason; Mahurkar, Anup; Zhou, Wenyu; Buck, Gregory A.; Snyder, Michael P.; Strauss, Jerome F. (May 2019). The Integrative Human Microbiome Project. Nature. 569 (7758): 641—648. Bibcode:2019Natur.569..641I. doi:10.1038/s41586-019-1238-8. ISSN 1476-4687. PMC 6784865. PMID 31142853.
Snyder, Michael; Weinstock, George M.; Sodergren, Erica; McLaughlin, Tracey; Tse, David; Rost, Hannes; Piening, Brian; Kukurba, Kim; Rose, Sophia Miryam Schüssler-Fiorenza (May 2019). Longitudinal multi-omics of host–microbe dynamics in prediabetes. Nature. 569 (7758): 663—671. Bibcode:2019Natur.569..663Z. doi:10.1038/s41586-019-1236-x. ISSN 1476-4687. PMC 6666404. PMID 31142858.
Huttenhower, Curtis; Xavier, Ramnik J.; Vlamakis, Hera; Franzosa, Eric A.; Clish, Clary B.; Winter, Harland S.; Stappenbeck, Thaddeus S.; Petrosino, Joseph F.; McGovern, Dermot P. B. (May 2019). Multi-omics of the gut microbial ecosystem in inflammatory bowel diseases. Nature. 569 (7758): 655—662. Bibcode:2019Natur.569..655L. doi:10.1038/s41586-019-1237-9. ISSN 1476-4687. PMC 6650278. PMID 31142855.
Buck, Gregory A.; Strauss, Jerome F.; Jefferson, Kimberly K.; Hendricks-Muñoz, Karen D.; Wijesooriya, N. Romesh; Rubens, Craig E.; Gravett, Michael G.; Sexton, Amber L.; Chaffin, Donald O. (June 2019). The vaginal microbiome and preterm birth. Nature Medicine. 25 (6): 1012—1021. doi:10.1038/s41591-019-0450-2. ISSN 1546-170X. PMC 6750801. PMID 31142849.
Chu, Xiaojing; Zhang, Bowen; Koeken, Valerie A. C. M.; Gupta, Manoj Kumar; Li, Yang (2021). Multi-Omics Approaches in Immunological Research. Frontiers in Immunology. Т. 12. doi:10.3389/fimmu.2021.668045. ISSN 1664-3224. PMC 8226116. PMID 34177908. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Bonaguro, Lorenzo; Schulte-Schrepping, Jonas; Ulas, Thomas; Aschenbrenner, Anna C.; Beyer, Marc; Schultze, Joachim L. (2022-10). A guide to systems-level immunomics. Nature Immunology (англ.). Т. 23, № 10. с. 1412—1423. doi:10.1038/s41590-022-01309-9. ISSN 1529-2916. Процитовано 12 червня 2023.
Ota, Mineto; Fujio, Keishi (2021-12). Multi-omics approach to precision medicine for immune-mediated diseases. Inflammation and Regeneration (англ.). Т. 41, № 1. doi:10.1186/s41232-021-00173-8. ISSN 1880-8190. PMC 8325815. PMID 34332645. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Kidd, Brian A; Peters, Lauren A; Schadt, Eric E; Dudley, Joel T (21 січня 2014). Unifying immunology with informatics and multiscale biology. Nature Immunology. 15 (2): 118—127. doi:10.1038/ni.2787. ISSN 1529-2908. PMC 4345400. PMID 24448569.
Harris, Eva; Kasarskis, Andrew; Wolinsky, Steven M.; Suaréz‐Fariñas, Mayte; Zhu, Jun; Wang, Li; Balmaseda, Angel; Thomas, Guajira P.; Stewart, Michael G. (1 серпня 2018). Comprehensive innate immune profiling of chikungunya virus infection in pediatric cases. Molecular Systems Biology. 14 (8): e7862. doi:10.15252/msb.20177862. ISSN 1744-4292. PMC 6110311. PMID 30150281.
Firestein, Gary S.; Wang, Wei; Gay, Steffen; Ball, Scott T.; Bartok, Beatrix; Boyle, David L.; Whitaker, John W. (22 квітня 2015). Integrative Omics Analysis of Rheumatoid Arthritis Identifies Non-Obvious Therapeutic Targets. PLOS ONE. 10 (4): e0124254. Bibcode:2015PLoSO..1024254W. doi:10.1371/journal.pone.0124254. ISSN 1932-6203. PMC 4406750. PMID 25901943.
Pulendran, Bali; Li, Shuzhao; Nakaya, Helder I. (29 жовтня 2010). Systems Vaccinology. Immunity. 33 (4): 516—529. doi:10.1016/j.immuni.2010.10.006. ISSN 1074-7613. PMC 3001343. PMID 21029962.
Li, Shuzhao; Sullivan, Nicole L.; Rouphael, Nadine; Yu, Tianwei; Banton, Sophia; Maddur, Mohan S.; McCausland, Megan; Chiu, Christopher; Canniff, Jennifer (18 травня 2017). Metabolic Phenotypes of Response to Vaccination in Humans. Cell. 169 (5): 862—877.e17. doi:10.1016/j.cell.2017.04.026. ISSN 0092-8674. PMC 5711477. PMID 28502771.
Aging Atlas Consortium; Liu, Guang-Hui; Bao, Yiming; Qu, Jing; Zhang, Weiqi; Zhang, Tao; Kang, Wang; Yang, Fei; Ji, Qianzhao (8 січня 2021). Aging Atlas: a multi-omics database for aging biology. Nucleic Acids Research (англ.). Т. 49, № D1. с. D825—D830. doi:10.1093/nar/gkaa894. ISSN 0305-1048. PMC 7779027. PMID 33119753. Процитовано 14 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Zhang, Bohan; Lee, David E.; Trapp, Alexandre; Tyshkovskiy, Alexander; Lu, Ake T.; Bareja, Akshay; Kerepesi, Csaba; McKay, Lauren K.; Shindyapina, Anastasia V. (27 липня 2023). Multi-omic rejuvenation and life span extension on exposure to youthful circulation. Nature Aging (англ.). с. 1—17. doi:10.1038/s43587-023-00451-9. ISSN 2662-8465. Процитовано 5 серпня 2023.
Mavromatis, Lucas A.; Rosoff, Daniel B.; Bell, Andrew S.; Jung, Jeesun; Wagner, Josephin; Lohoff, Falk W. (19 квітня 2023). Multi-omic underpinnings of epigenetic aging and human longevity. Nature Communications (англ.). Т. 14, № 1. с. 2236. doi:10.1038/s41467-023-37729-w. ISSN 2041-1723. PMC 10115892. PMID 37076473. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Mahmood, Umer; Li, Xiaodong; Fan, Yonghai; Chang, Wei; Niu, Yue; Li, Jiana; Qu, Cunmin; Lu, Kun (2022). Multi-omics revolution to promote plant breeding efficiency. Frontiers in Plant Science. Т. 13. doi:10.3389/fpls.2022.1062952. ISSN 1664-462X. PMC 9773847. PMID 36570904. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Yang, Yaodong; Saand, Mumtaz Ali; Huang, Liyun; Abdelaal, Walid Badawy; Zhang, Jun; Wu, Yi; Li, Jing; Sirohi, Muzafar Hussain; Wang, Fuyou (2021). Applications of Multi-Omics Technologies for Crop Improvement. Frontiers in Plant Science. Т. 12. doi:10.3389/fpls.2021.563953. ISSN 1664-462X. PMC 8446515. PMID 34539683. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Sirangelo, Tiziana Maria; Ludlow, Richard Andrew; Chenet, Tatiana; Pasti, Luisa; Spadafora, Natasha Damiana (2023-04). Multi-Omics and Genome Editing Studies on Plant Cell Walls to Improve Biomass Quality. Agriculture (англ.). Т. 13, № 4. с. 752. doi:10.3390/agriculture13040752. ISSN 2077-0472. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Ichihashi, Yasunori; Date, Yasuhiro; Shino, Amiu; Shimizu, Tomoko; Shibata, Arisa; Kumaishi, Kie; Funahashi, Fumiaki; Wakayama, Kenji; Yamazaki, Kohei (23 червня 2020). Multi-omics analysis on an agroecosystem reveals the significant role of organic nitrogen to increase agricultural crop yield. Proceedings of the National Academy of Sciences (англ.). Т. 117, № 25. с. 14552—14560. doi:10.1073/pnas.1917259117. ISSN 0027-8424. PMC 7321985. PMID 32513689. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Aguiar-Pulido, Vanessa; Huang, Wenrui; Suarez-Ulloa, Victoria; Cickovski, Trevor; Mathee, Kalai; Narasimhan, Giri (2016-01). Metagenomics, Metatranscriptomics, and Metabolomics Approaches for Microbiome Analysis: Supplementary Issue: Bioinformatics Methods and Applications for Big Metagenomics Data. Evolutionary Bioinformatics (англ.). Т. 12s1. с. EBO.S36436. doi:10.4137/EBO.S36436. ISSN 1176-9343. PMC 4869604. PMID 27199545. Процитовано 12 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання)
Herold, Malte; Martínez Arbas, Susana; Narayanasamy, Shaman; Sheik, Abdul R.; Kleine-Borgmann, Luise A. K.; Lebrun, Laura A.; Kunath, Benoît J.; Roume, Hugo; Bessarab, Irina (19 жовтня 2020). Integration of time-series meta-omics data reveals how microbial ecosystems respond to disturbance. Nature Communications (англ.). Т. 11, № 1. с. 5281. doi:10.1038/s41467-020-19006-2. ISSN 2041-1723. Процитовано 12 червня 2023.
McDaniel, Elizabeth A.; Wahl, Sebastian Aljoscha; Ishii, Shun'ichi; Pinto, Ameet; Ziels, Ryan; Nielsen, Per Halkjær; McMahon, Katherine D.; Williams, Rohan B. H. (15 жовтня 2021). Prospects for multi-omics in the microbial ecology of water engineering. Water Research (англ.). Т. 205. с. 117608. doi:10.1016/j.watres.2021.117608. ISSN 0043-1354. Процитовано 12 червня 2023.
Meng, Chen; Kuster, Bernhard; Culhane, Aedín C; Gholami, Amin (2014). A multivariate approach to the integration of multi-omics datasets. BMC Bioinformatics. 15 (1): 162. doi:10.1186/1471-2105-15-162. ISSN 1471-2105. PMC 4053266. PMID 24884486.{{cite journal}}: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Hernandez-Ferrer, Carles; Ruiz-Arenas, Carlos; Beltran-Gomila, Alba; González, Juan R. (17 січня 2017). MultiDataSet: an R package for encapsulating multiple data sets with application to omic data integration. BMC Bioinformatics. 18 (1): 36. doi:10.1186/s12859-016-1455-1. ISSN 1471-2105. PMC 5240259. PMID 28095799.{{cite journal}}: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Conesa, Ana; Dopazo, Joaquín; García-López, Federico; García-Alcalde, Fernando (1 січня 2011). Paintomics: a web based tool for the joint visualization of transcriptomics and metabolomics data. Bioinformatics. 27 (1): 137—139. doi:10.1093/bioinformatics/btq594. ISSN 1367-4803. PMC 3008637. PMID 21098431.
Conesa, Ana; Pappas, Georgios J.; Furió-Tarí, Pedro; Balzano-Nogueira, Leandro; Martínez-Mira, Carlos; Tarazona, Sonia; Hernández-de-Diego, Rafael (2 липня 2018). PaintOmics 3: a web resource for the pathway analysis and visualization of multi-omics data. Nucleic Acids Research. 46 (W1): W503—W509. doi:10.1093/nar/gky466. ISSN 0305-1048. PMC 6030972. PMID 29800320.
Chari, Raj; Coe, Bradley P.; Wedseltoft, Craig; Benetti, Marie; Wilson, Ian M.; Vucic, Emily A.; MacAulay, Calum; Ng, Raymond T.; Lam, Wan L. (7 жовтня 2008). SIGMA2: A system for the integrative genomic multi-dimensional analysis of cancer genomes, epigenomes, and transcriptomes. BMC Bioinformatics. 9 (1): 422. doi:10.1186/1471-2105-9-422. ISSN 1471-2105. PMC 2571113. PMID 18840289.{{cite journal}}: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
Kanai, Masahiro; Maeda, Yuichi; Okada, Yukinori (19 червня 2018). Grimon: graphical interface to visualize multi-omics networks. Bioinformatics. 34 (22): 3934—3936. doi:10.1093/bioinformatics/bty488. ISSN 1367-4803. PMC 6223372. PMID 29931190.
Su, Andrew I.; Loguercio, Salvatore; Carland, Tristan M.; Ducom, Jean-Christophe; Gioia, Louis; Meißner, Tobias; Fisch, Kathleen M. (1 червня 2015). Omics Pipe: a community-based framework for reproducible multi-omics data analysis. Bioinformatics. 31 (11): 1724—1728. doi:10.1093/bioinformatics/btv061. ISSN 1367-4803. PMC 4443682. PMID 25637560.
Montague, Elizabeth; Stanberry, Larissa; Higdon, Roger; Janko, Imre; Lee, Elaine; Anderson, Nathaniel; Choiniere, John; Stewart, Elizabeth; Yandl, Gregory (June 2014). MOPED 2.5—An Integrated Multi-Omics Resource: Multi-Omics Profiling Expression Database Now Includes Transcriptomics Data. OMICS: A Journal of Integrative Biology. 18 (6): 335—343. doi:10.1089/omi.2014.0061. ISSN 1536-2310. PMC 4048574. PMID 24910945.
Zhang, Bing; Wang, Jing; Straub, Peter; Vasaikar, Suhas V. (4 січня 2018). LinkedOmics: analyzing multi-omics data within and across 32 cancer types. Nucleic Acids Research. 46 (D1): D956—D963. doi:10.1093/nar/gkx1090. ISSN 0305-1048. PMC 5753188. PMID 29136207.
Kan, Zhengyan; Rejto, Paul A.; Roberts, Peter; Ding, Ying; AChing, Keith; Wang, Kai; Deng, Shibing; Schefzick, Sabine; Estrella, Heather (January 2016). OASIS: web-based platform for exploring cancer multi-omics data. Nature Methods. 13 (1): 9—10. doi:10.1038/nmeth.3692. ISSN 1548-7105. PMID 26716558.
Wu, Jiaqi; Hu, Shuofeng; Chen, Yaowen; Li, Zongcheng; Zhang, Jian; Yuan, Hanyu; Shi, Qiang; Shao, Ningsheng; Ying, Xiaomin (May 2017). BCIP: a gene-centered platform for identifying potential regulatory genes in breast cancer. Scientific Reports. 7 (1): 45235. Bibcode:2017NatSR...745235W. doi:10.1038/srep45235. ISSN 2045-2322. PMC 5361122. PMID 28327601.
Husi, Holger; Patel, Alisha; Fernandes, Marco (12 листопада 2018). C/VDdb: A multi-omics expression profiling database for a knowledge-driven approach in cardiovascular disease (CVD). PLOS ONE. 13 (11): e0207371. Bibcode:2018PLoSO..1307371F. doi:10.1371/journal.pone.0207371. ISSN 1932-6203. PMC 6231654. PMID 30419069.
Gupta, Amit Kumar; Kaur, Karambir; Rajput, Akanksha; Dhanda, Sandeep Kumar; Sehgal, Manika; Khan, Md. Shoaib; Monga, Isha; Dar, Showkat Ahmad; Singh, Sandeep (16 вересня 2016). ZikaVR: An Integrated Zika Virus Resource for Genomics, Proteomics, Phylogenetic and Therapeutic Analysis. Scientific Reports. 6 (1): 32713. Bibcode:2016NatSR...632713G. doi:10.1038/srep32713. ISSN 2045-2322. PMC 5025660. PMID 27633273.
Tagkopoulos, Ilias; Violeta Zorraquino; Rai, Navneet; Kim, Minseung (7 жовтня 2016). Multi-omics integration accurately predicts cellular state in unexplored conditions for Escherichia coli. Nature Communications. 7: 13090. Bibcode:2016NatCo...713090K. doi:10.1038/ncomms13090. ISSN 2041-1723. PMC 5059772. PMID 27713404.
Li, Guojing; Lu, Zhongfu; Lin, Jiandong; Hu, Yaowen; Yunping Huang; Wang, Baogen; Wu, Xinyi; Wu, Xiaohua; Xu, Pei (26 лютого 2018). GourdBase: a genome-centered multi-omics database for the bottle gourd ( Lagenaria siceraria ), an economically important cucurbit crop. Scientific Reports. 8 (1): 3604. Bibcode:2018NatSR...8.3604W. doi:10.1038/s41598-018-22007-3. ISSN 2045-2322. PMC 5827520. PMID 29483591.
Liu, Haijun; Wang, Fan; Xiao, Yingjie; Tian, Zonglin; Wen, Weiwei; Zhang, Xuehai; Chen, Xi; Liu, Nannan; Li, Wenqiang (2016). MODEM: multi-omics data envelopment and mining in maize. Database. 2016: baw117. doi:10.1093/database/baw117. ISSN 1758-0463. PMC 4976297. PMID 27504011.
Xu, Dong; Nguyen, Henry T.; Stacey, Gary; Gaudiello, Eric C.; Endacott, Ryan Z.; Zhang, Hongxin; Liu, Yang; Chen, Shiyuan; Fitzpatrick, Michael R. (1 січня 2014). Soybean knowledge base (SoyKB): a web resource for integration of soybean translational genomics and molecular breeding. Nucleic Acids Research. 42 (D1): D1245—D1252. doi:10.1093/nar/gkt905. ISSN 0305-1048. PMC 3965117. PMID 24136998.
Samaras, Patroklos; Schmidt, Tobias; Frejno, Martin; Gessulat, Siegfried; Reinecke, Maria; Jarzab, Anna; Zecha, Jana; Mergner, Julia; Giansanti, Piero (8 січня 2020). ProteomicsDB: a multi-omics and multi-organism resource for life science research. Nucleic Acids Research (англ.). 48 (D1): D1153—D1163. doi:10.1093/nar/gkz974. ISSN 0305-1048. PMC 7145565. PMID 31665479.
Mubeen, Sarah; Hoyt, Charles Tapley; Gemünd, André; Hofmann-Apitius, Martin; Fröhlich, Holger; Domingo-Fernández, Daniel (2019). The Impact of Pathway Database Choice on Statistical Enrichment Analysis and Predictive Modeling. Frontiers in Genetics. Т. 10. doi:10.3389/fgene.2019.01203. ISSN 1664-8021. PMC 6883970. PMID 31824580. Процитовано 14 червня 2023.{{cite news}}: Обслуговування CS1: Сторінки з PMC з іншим форматом (посилання) Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)