Khu bảo tồn Vân Long khi công nhận nằm trong địa phận 7 xã: Gia Hưng, Liên Sơn, Gia Hòa, Gia Tân, Gia Vân, Gia Lập, Gia Thanh. Phía bắc khu bảo tồn Vân Long giáp huyện Lạc Thủy, Hoà Bình qua sông Đáy. Phía nam giới hạn bởi con đê Đầm Cút, kéo dài từ thôn Mai Phương, xã Gia Hưng tới đồi Sói thuộc xã Gia Thanh. Phía tây giới hạn với núi Một (bên tả ngạn sông Bôi) thuộc xã Gia Hưng. Phía đông được giới hạn bởi chân núi Đồng Quyến đến núi Mây xã Gia Thanh, ven sông Đáy. Trung tâm khu bảo tồn ở Gia Vân cách huyện lỵ Gia Viễn 5 km về phía đông bắc, cách thành phố Ninh Bình gần 14 km về phía bắc tây bắc và cách Hà Nội khoảng 78 km về phía nam. Diện tích quy hoạch bảo tồn dự kiến là 2.643 ha. Khu bảo tồn thiên nhiên Vân Long có tọa độ địa lý từ 20°21′30″ tới 20°24′00″ vĩ bắc, và từ 105°48′53″ tới 105°54′ 40″ kinh đông 20°22′20″B105°52′30″Đ / 20,37222°B 105,875°Đ / 20.37222; 105.87500.
