References analysis of the Wikipedia article "Réseaux de régulation génique" in the French version

doi.org

dx.doi.org

« Inhibitory transcription factors », The International Journal of Biochemistry & Cell Biology, vol. 28, n^o 9,‎ septembre 1996, p. 965–74 (PMID 8930119, DOI 10.1016/1357-2725(96)00039-8)

« Transcriptional regulatory networks in Saccharomyces cerevisiae », Science, Young Lab, vol. 298, n^o 5594,‎ octobre 2002, p. 799–804 (PMID 12399584, DOI 10.1126/science.1075090, Bibcode 2002Sci...298..799L, lire en ligne)

« Gene regulatory networks », Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, vol. 102, n^o 14,‎ avril 2005, p. 4935 (PMID 15809445, PMCID 556010, DOI 10.1073/pnas.0502024102, Bibcode 2005PNAS..102.4935D)

« The combination of the functionalities of feedback circuits is determinant for the attractors' number and size in pathway-like Boolean networks », Scientific Reports, vol. 7,‎ février 2017, p. 42023 (PMID 28186191, PMCID 5301197, DOI 10.1038/srep42023, Bibcode 2017NatSR...742023A)

Banf et Rhee, « Computational inference of gene regulatory networks: Approaches, limitations and opportunities », Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Gene Regulatory Mechanisms, vol. 1860, n^o 1,‎ janvier 2017, p. 41–52 (ISSN 1874-9399, PMID 27641093, DOI 10.1016/j.bbagrm.2016.09.003)

« Uniform, optimal signal processing of mapped deep-sequencing data », Nature Biotechnology, vol. 31, n^o 7,‎ juillet 2013, p. 615–22 (PMID 23770639, DOI 10.1038/nbt.2596)

(en) « Network biology: understanding the cell's functional organization », Nature Reviews. Genetics, vol. 5, n^o 2,‎ février 2004, p. 101–13 (PMID 14735121, DOI 10.1038/nrg1272)

(en) « The pleiotropic structure of the genotype–phenotype map: the evolvability of complex organisms », Nature Reviews. Genetics, vol. 12, n^o 3,‎ mars 2011, p. 204–13 (PMID 21331091, DOI 10.1038/nrg2949)

(en) « Survival of the sparsest: robust gene networks are parsimonious », Molecular Systems Biology, vol. 4, n^o 1,‎ août 2008, p. 213 (PMID 18682703, PMCID 2538912, DOI 10.1038/msb.2008.52)

(en) « Opposite feedbacks in the Hippo pathway for growth control and neural fate », Science, vol. 342, n^o 6155,‎ octobre 2013, p. 1238016 (PMID 23989952, PMCID 3796000, DOI 10.1126/science.1238016)

(en) « Quantitative variation in autocrine signaling and pathway crosstalk in the Caenorhabditis vulval network », Current Biology, vol. 21, n^o 7,‎ avril 2011, p. 527–38 (PMID 21458263, PMCID 3084603, DOI 10.1016/j.cub.2011.02.040)

(en) « Network motifs in the transcriptional regulation network of Escherichia coli », Nature Genetics, vol. 31, n^o 1,‎ mai 2002, p. 64–8 (PMID 11967538, DOI 10.1038/ng881)

(en) « Transcriptional regulatory networks in Saccharomyces cerevisiae », Science, vol. 298, n^o 5594,‎ octobre 2002, p. 799–804 (PMID 12399584, DOI 10.1126/science.1075090, Bibcode 2002Sci...298..799L)

« Comparative analysis of regulatory information and circuits across distant species », Nature, vol. 512, n^o 7515,‎ août 2014, p. 453–6 (PMID 25164757, PMCID 4336544, DOI 10.1038/nature13668, Bibcode 2014Natur.512..453B)

« Convergent evolution of gene circuits », Nature Genetics, vol. 34, n^o 3,‎ juillet 2003, p. 264–6 (PMID 12819781, DOI 10.1038/ng1181)

« Structure and function of the feed-forward loop network motif », Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, vol. 100, n^o 21,‎ octobre 2003, p. 11980–5 (PMID 14530388, PMCID 218699, DOI 10.1073/pnas.2133841100, Bibcode 2003PNAS..10011980M)

« The incoherent feedforward loop can provide fold-change detection in gene regulation », Molecular Cell, vol. 36, n^o 5,‎ décembre 2009, p. 894–9 (PMID 20005851, PMCID 2896310, DOI 10.1016/j.molcel.2009.11.018)

« The incoherent feed-forward loop accelerates the response-time of the gal system of Escherichia coli », Journal of Molecular Biology, vol. 356, n^o 5,‎ mars 2006, p. 1073–81 (PMID 16406067, DOI 10.1016/j.jmb.2005.12.003)

« The coherent feedforward loop serves as a sign-sensitive delay element in transcription networks », Journal of Molecular Biology, vol. 334, n^o 2,‎ novembre 2003, p. 197–204 (PMID 14607112, DOI 10.1016/j.jmb.2003.09.049)

« Evidence that fold-change, and not absolute level, of beta-catenin dictates Wnt signaling », Molecular Cell, vol. 36, n^o 5,‎ décembre 2009, p. 872–84 (PMID 20005849, PMCID 2921914, DOI 10.1016/j.molcel.2009.11.017)

« Whole genome, whole population sequencing reveals that loss of signaling networks is the major adaptive strategy in a constant environment », PLOS Genetics, vol. 9, n^o 11,‎ novembre 2013, e1003972 (PMID 24278038, PMCID 3836717, DOI 10.1371/journal.pgen.1003972)

« The evolution of genetic networks by non-adaptive processes », Nature Reviews. Genetics, vol. 8, n^o 10,‎ octobre 2007, p. 803–13 (PMID 17878896, DOI 10.1038/nrg2192)

« Feed-forward loop circuits as a side effect of genome evolution », Molecular Biology and Evolution, vol. 23, n^o 10,‎ octobre 2006, p. 1931–6 (PMID 16840361, DOI 10.1093/molbev/msl060)

Xiong, Lancaster, Siegal et Masel, « Feed-forward regulation adaptively evolves via dynamics rather than topology when there is intrinsic noise », Nature Communications, vol. 10, n^o 1,‎ 3 juin 2019, p. 2418 (PMID 31160574, PMCID 6546794, DOI 10.1038/s41467-019-10388-6, Bibcode 2019NatCo..10.2418X)

(en) « Models of transcription factor binding: sensitivity of activation functions to model assumptions », Journal of Theoretical Biology, vol. 257, n^o 3,‎ avril 2009, p. 419–29 (PMID 19121637, DOI 10.1016/j.jtbi.2008.11.026, lire en ligne)

« Metabolic stability and epigenesis in randomly constructed genetic nets », Journal of Theoretical Biology, vol. 22, n^o 3,‎ mars 1969, p. 437–67 (PMID 5803332, DOI 10.1016/0022-5193(69)90015-0)

« Boolean modelling reveals new regulatory connections between transcription factors orchestrating the development of the ventral spinal cord », PLOS ONE, vol. 9, n^o 11,‎ novembre 2014, e111430 (PMID 25398016, PMCID 4232242, DOI 10.1371/journal.pone.0111430, Bibcode 2014PLoSO...9k1430L)

« Neural model of the genetic network », The Journal of Biological Chemistry, vol. 276, n^o 39,‎ septembre 2001, p. 36168–73 (PMID 11395518, DOI 10.1074/jbc.M104391200)

« A gene network model for developing cell lineages », Artificial Life, vol. 11, n^o 3,‎ 2005, p. 249–67 (PMID 16053570, DOI 10.1162/1064546054407202)

(en) « Stochastic gene expression in a single cell », Science, vol. 297, n^o 5584,‎ août 2002, p. 1183–6 (PMID 12183631, DOI 10.1126/science.1070919, Bibcode 2002Sci...297.1183E, lire en ligne)

(en) « Noise in eukaryotic gene expression », Nature, vol. 422, n^o 6932,‎ avril 2003, p. 633–7 (PMID 12687005, DOI 10.1038/nature01546, Bibcode 2003Natur.422..633B)

(en) « Stochastic kinetic analysis of developmental pathway bifurcation in phage lambda-infected Escherichia coli cells », Genetics, vol. 149, n^o 4,‎ août 1998, p. 1633–48 (PMID 9691025, PMCID 1460268, DOI 10.1093/genetics/149.4.1633)

(en) « Noise in gene expression: origins, consequences, and control », Science, vol. 309, n^o 5743,‎ septembre 2005, p. 2010–3 (PMID 16179466, PMCID 1360161, DOI 10.1126/science.1105891, Bibcode 2005Sci...309.2010R)

(en) « A synthetic oscillatory network of transcriptional regulators », Nature, vol. 403, n^o 6767,‎ janvier 2000, p. 335–8 (PMID 10659856, DOI 10.1038/35002125, Bibcode 2000Natur.403..335E)

(en) « Construction of a genetic toggle switch in Escherichia coli », Nature, vol. 403, n^o 6767,‎ janvier 2000, p. 339–42 (PMID 10659857, DOI 10.1038/35002131, Bibcode 2000Natur.403..339G)

(en) Gillespie DT, « A general method for numerically simulating the stochastic time evolution of coupled chemical reactions », J. Comput. Phys., vol. 22, n^o 4,‎ 1976, p. 403–34 (DOI 10.1016/0021-9991(76)90041-3, Bibcode 1976JCoPh..22..403G)

(en) « Validation of an algorithm for delay stochastic simulation of transcription and translation in prokaryotic gene expression », Physical Biology, vol. 3, n^o 4,‎ décembre 2006, p. 274–84 (PMID 17200603, DOI 10.1088/1478-3975/3/4/005, Bibcode 2006PhBio...3..274R)

« A general modeling strategy for gene regulatory networks with stochastic dynamics », Journal of Computational Biology, vol. 13, n^o 9,‎ novembre 2006, p. 1630–9 (PMID 17147485, DOI 10.1089/cmb.2006.13.1630)

« Computational limits to binary genes », Journal of the Royal Society, Interface, vol. 7, n^o 47,‎ juin 2010, p. 945–54 (PMID 20007173, PMCID 2871807, DOI 10.1098/rsif.2009.0474)

« Optimal parameter settings for information processing in gene regulatory networks », Bio Systems, vol. 104, n^os 2–3,‎ may–jun 2011, p. 99–108 (PMID 21256918, DOI 10.1016/j.biosystems.2011.01.006, lire en ligne)

« Negative feedback and physical limits of genes », Journal of Theoretical Biology, vol. 284, n^o 1,‎ septembre 2011, p. 82–91 (PMID 21723295, DOI 10.1016/j.jtbi.2011.06.021, arXiv 1408.1869)

« SGN Sim, a stochastic genetic networks simulator », Bioinformatics, vol. 23, n^o 6,‎ mars 2007, p. 777–9 (PMID 17267430, DOI 10.1093/bioinformatics/btm004)

« Models for synthetic biology », BMC Systems Biology, vol. 1,‎ novembre 2007, p. 47 (PMID 17986347, PMCID 2194732, DOI 10.1186/1752-0509-1-47)

« Gene expression prediction by soft integration and the elastic net-best performance of the DREAM3 gene expression challenge », PLOS ONE, vol. 5, n^o 2,‎ février 2010, e9134 (PMID 20169069, PMCID 2821917, DOI 10.1371/journal.pone.0009134, Bibcode 2010PLoSO...5.9134G)

Gnanakkumaar, Murugesan et Ahmed, « Gene Regulatory Networks in Peripheral Mononuclear Cells Reveals Critical Regulatory Modules and Regulators of Multiple Sclerosis », Scientific Reports, vol. 9, n^o 1,‎ 4 septembre 2019, p. 12732 (PMID 31484947, PMCID 6726613, DOI 10.1038/s41598-019-49124-x, Bibcode 2019NatSR...912732G)

harvard.edu

ui.adsabs.harvard.edu

(en) « Noise in eukaryotic gene expression », Nature, vol. 422, n^o 6932,‎ avril 2003, p. 633–7 (PMID 12687005, DOI 10.1038/nature01546, Bibcode 2003Natur.422..633B)

(en) « A synthetic oscillatory network of transcriptional regulators », Nature, vol. 403, n^o 6767,‎ janvier 2000, p. 335–8 (PMID 10659856, DOI 10.1038/35002125, Bibcode 2000Natur.403..335E)

(en) « Construction of a genetic toggle switch in Escherichia coli », Nature, vol. 403, n^o 6767,‎ janvier 2000, p. 339–42 (PMID 10659857, DOI 10.1038/35002131, Bibcode 2000Natur.403..339G)

issn.org

portal.issn.org

kent.ac.uk

kar.kent.ac.uk

nih.gov

ncbi.nlm.nih.gov